Biases in comparative analyses of extinction risk: mind the gap

1. Comparative analyses are used to address the key question of what makes a species more prone to extinction by exploring the links between vulnerability and intrinsic species’ traits and/or extrinsic factors. This approach requires comprehensive species data but information is rarely available for all species of interest. As a result comparative analyses often rely on subsets of relatively few species that are assumed to be representative samples of the overall studied group. 2. Our study challenges this assumption and quantifies the taxonomic, spatial, and data type biases associated with the quantity of data available for 5415 mammalian species using the freely available life-history database PanTHERIA. 3. Moreover, we explore how existing biases influence results of comparative analyses of extinction risk by using subsets of data that attempt to correct for detected biases. In particular, we focus on links between four species’ traits commonly linked to vulnerability (distribution range area, adult body mass, population density and gestation length) and conduct univariate and multivariate analyses to understand how biases affect model predictions. 4. Our results show important biases in data availability with c.22% of mammals completely lacking data. Missing data, which appear to be not missing at random, occur frequently in all traits (14–99% of cases missing). Data availability is explained by intrinsic traits, with larger mammals occupying bigger range areas being the best studied. Importantly, we find that existing biases affect the results of comparative analyses by overestimating the risk of extinction and changing which traits are identified as important predictors. 5. Our results raise concerns over our ability to draw general conclusions regarding what makes a species more prone to extinction. Missing data represent a prevalent problem in comparative analyses, and unfortunately, because data are not missing at random, conventional approaches to fill data gaps, are not valid or present important challenges. These results show the importance of making appropriate inferences from comparative analyses by focusing on the subset of species for which data are available. Ultimately, addressing the data bias problem requires greater investment in data collection and dissemination, as well as the development of methodological approaches to effectively correct existing biases.

A trophic cascade induced by predatory ants in a fig-fig wasp mutualism

Summary 1. A trophic cascade occurs when predators directly decrease the densities, or change the behaviour, of herbivores and thus indirectly increase plant productivity. The predator–herbivore– plant context is well known, but some predators attack species beneficial to plants (e.g. pollinators) and/or enemies of herbivores (e.g. parasites), and their role in the dynamics of mutualisms remains largely unexplored. 2. We surveyed the predatory ant species and studied predation by the dominant ant species, the weaver ant Oecophylla smaragdina, associated with the fig tree Ficus racemosa in southwest China. We then tested the effects of weaver ants on the oviposition behaviour of pollinating and non-pollinating fig wasps in an ant-exclusion experiment. The effects of weaver ants on fig wasp community structure and fig seed production were then compared between trees with and without O. smaragdina. 3. Oecophylla smaragdina captured more non-pollinating wasps (Platyneura mayri) than pollinators as the insects arrived to lay eggs. When ants were excluded, more non-pollinators laid eggs into figs and fewer pollinators entered figs. Furthermore, trees with O. smaragdina produced more pollinator offspring and fewer non-pollinator offspring, shifting the community structure significantly. In addition, F. racemosa produced significantly more seeds on trees inhabited by weaver ants. 4. Oecophylla smaragdina predation reverses the dominance of the two commonest wasp species at the egg-laying stage and favours the pollinators. This behavioural pattern is mirrored by wasp offspring production, with pollinators’ offspring dominating figs produced by trees inhabited by weaver ants, and offspring of the non-pollinator P. mayri most abundant in figs on trees inhabited by other ants. 5. Overall, our results suggest that predation by weaver ants limits the success of the non-pollinating P. mayri and therefore indirectly benefits the mutualism by increasing the reproductive success of both the pollinators and the plant. Predation is thus a key functional factor that can shape the community structure of a pollinator-plant mutualistic system. Key-words: competitive release, fig wasp, mutualism, predation, predator-exclusion experiment, trophic cascade

The nested assembly of individual-resource networks

P>1. Much of the current understanding of ecological systems is based on theory that does not explicitly take into account individual variation within natural populations. However, individuals may show substantial variation in resource use. This variation in turn may be translated into topological properties of networks that depict interactions among individuals and the food resources they consume (individual-resource networks). 2. Different models derived from optimal diet theory (ODT) predict highly distinct patterns of trophic interactions at the individual level that should translate into distinct network topologies. As a consequence, individual-resource networks can be useful tools in revealing the incidence of different patterns of resource use by individuals and suggesting their mechanistic basis. 3. In the present study, using data from several dietary studies, we assembled individual-resource networks of 10 vertebrate species, previously reported to show interindividual diet variation, and used a network-based approach to investigate their structure. 4. We found significant nestedness, but no modularity, in all empirical networks, indicating that (i) these populations are composed of both opportunistic and selective individuals and (ii) the diets of the latter are ordered as predictable subsets of the diets of the more opportunistic individuals. 5. Nested patterns are a common feature of species networks, and our results extend its generality to trophic interactions at the individual level. This pattern is consistent with a recently proposed ODT model, in which individuals show similar rank preferences but differ in their acceptance rate for alternative resources. Our findings therefore suggest a common mechanism underlying interindividual variation in resource use in disparate taxa.

Taxonomic review of Haliclystus antarcticus Pfeffer, 1889 (Stauromedusae, Staurozoa, Cnidaria), with remarks on the genus Haliclystus Clark, 1863

Difficulties concerning the taxonomy of stauromedusae are long known, and there is a clear need for taxonomic revision of the genus Haliclystus, as well as the reevaluation of some species. Haliclystus antarcticus Pfeffer, 1889 is recorded from Admiralty Bay, King George Island, Antarctic Peninsula. Due to the lack of detailed information on this species, we provide a redescription, presenting new data on the cnidome, morphometry, geographical distribution and intraspecific variation. Based on these characters, we propose that our specimens and Haliclystus auricula from Chile and Argentina are synonymous and should be classified as H. antarcticus. We also review the worldwide distribution of the genus Haliclystus Clark, 1863 and discuss taxonomic issues, concluding that some characters traditionally used in the taxonomy of the group should be used cautiously.

Estudo da variabilidade genética e ecológica de comunidades de Drosophila em regiões de Mata Atlântica de ilhas do continente de Santa Catarina

Foi realizado um estudo da dinâmica de assembléias de Drosofilídeos em oito amostras insulares e continentais de Santa Catarina através de dados coletados em várias visitas ao longo de dois anos. Dentre os resultados obtidos está a estimativa do grau de diversidade destas assembléias. Nossas coletas mostraram que a predição de qual espécie será dominante, num determinado período amostrado, é razoavelmente possível. A análise dos índices de diversidade nos indica que o Morro da Lagoa é o ponto de menor diversidade específica, seguido de Ratones Grande. Contudo, os dois pontos têm um grande número de espécies diferentes, sendo a sua diversidade baixa em função da alta dominância do subgrupo willistoni neles encontrada. Analisando o componente S (número de espécies) da diversidade, nas ilhas pontos de coleta, percebe-se que a ilha maior (Ilha de Santa Catarina) tem realmente um maior número de espécies coletadas – 46 no ponto A além de 10 espécies diferentes coletadas no ponto D (56 espécies no total) – do que as ilhas menores (42, 44, 40 e 50), o que corrobora a teoria da biogeografia de ilhas. No continente, a curva espécie/área se comportou da mesma forma que nas ilhas se considerarmos a diversidade como um todo. Realmente estes pontos foram uns dos que apresentaram maior diversidade, principalmente o ponto F, com um H’ de 2,22, que se manteve com Mata Atlântica Primária até o final do período de coletas, sendo portanto o ponto mais preservado de todos utilizados e, teoricamente, o que apresentava maior diversidade de nichos ecológicos para serem ocupados Outros Drosofilídeos como Zaprionus, Zygotricha, Gitona, Cladochaeta, Diathoneura, Micodrosophila, Leucophenga e Amiota foram coletados. Embora nosso interesse preliminar fosse apenas o gênero Drosophila, a inclusão destes outros gêneros em nosso estudo visou uma maior compreensão das possíveis associações que podem ocorrer entre eles e espécies de Drosophila. Os dois primeiros gêneros foram mais freqüentes nas nossas coletas. Zaprionus indianus foi considerada uma espécie invasora, pois surgiu com freqüências baixíssimas que aumentaram gradualmente nas coletas subsequentes, superando em freqüência as espécies nativas. Isto confirma o caráter generalista e polifágico deste tipo de espécie. Neste trabalho, é relatado o primeiro registro do Gênero Zaprionus (Diptera, Drosophilidae) para o Estado de Santa Catarina, na região litorânea central que inclui as Ilhas de Santa Catarina, Arvoredo, Ratones Grande, Ratones Pequeno e Campeche. Drosophila roerhae, D. unipunctata, D. schineri, D. bifilum, D. fuscolineata, D. meridionalis, D. neosaltans, D. bocainoides e D. platitarsus foram pela primeira vez registradas para a região Sul do Brasil, aumentando, portanto o limite meridional de suas distribuições. Como um ponto de partida para estudar o polimorfismo para inversões cromossômicas em D. neocardini, foi construído um fotomapa de referência dos cromossomos politênicos de glândulas salivares de larvas de terceiro estágio. Pelo menos 258 indivíduos (aproximadamente três núcleos por glândula) de sete diferentes localidades (Sertão do Peri, Ilha do Arvoredo, Serra do Tabuleiro, Ilha de Ratones Grande, Ilha de Ratones Pequeno, Morro da Lagoa da Conceição e Ilha do Campeche, todos no Estado de Santa Catarina) foram analisados e fotomicrografias foram obtidas, até se chegar a um consenso sobre a identidade dos elementos cromossômicos. Uma nova inversão no braço cromossômico IIIL foi registrada e denominada de IIILA. A variabilidade cromossômica encontrada nas espécies de Drosophila do grupo cardini em todas as localidades também foi pesquisada, e foi comparada visando contribuir para uma melhor compreensão da evolução destas comunidades. Analisando o polimorfismo cromossômico de D. polymorpha encontramos nove inversões diferentes pela primeira vez descritas. Uma das inversões novas foi encontrada no cromossomo X, duas outras foram encontradas para o braço IIL; quatro foram catalogadas para o braço cromossômico IIIR e duas inversões novas foram achadas no braço cromossômico IIIL. Com relação ao polimorfismo, em D. neocardini foi encontrada apenas uma nova inversão no braço IIIL e para D. cardinoides uma nova inversão no braço IIIL. O estudo discute as implicações ecológicas e evolutivas deste tipo de polimorfismo, para um maior entendimento da evolução deste grupo de espécies.

Revitalização do centro histórico de São Paulo e habitação popular: microeconomia e microgerografia

Esta tese de doutorado estuda a produção de unidades habitacionais para famílias de baixa renda coordenada com o programa de revitalização da região central do município de São Paulo. O estudo recupera o discurso da teoria microeconômica tradicional aplicada a estudos urbanos e o contrapõe a um discurso alternativo. Foi criada uma base de dados original na forma de um levantamento dos imóveis subutilizados nos distritos Sé e República a partir de visitas a campo, com observações diretas dos imóveis e utilizando técnicas de identificação por imagens de satélite e sistemas de geoprocessamento para avaliar a extensão e os padrões da degradação imobiliária. Os resultados da análise do banco de dados demonstram a plausibilidade do discurso alternativo e apontam para alguns fatores significativos que contribuem para o atual estado de degradação. Retoma-se então a análise da política de repovoamento da região central por meio de um programa de moradias para famílias de baixa renda e mostra-se como as técnicas empregadas permitem avaliar as razões para o baixo desempenho dessa agenda política no contexto de um amplo programa de revitalização urbana.

Defensoria pública e sua legitimidade à tutela jurídica dos direitos humanos

The realization of human rights is a prerequisite to the development of peoples, this requires legal mechanisms and techniques to its consistent and effective promotion, protection and fulfillment. So, agree that there is an institution or public agency created for the purpose of protecting those who suffer most in the face of human rights violations: the needy. In Brazil, among other institutions and public agencies, the responsibility of the Public Defender to promote the protection of human rights. The constitutional system recognizes the institution in its essence the role of the state court, whose duty is to provide guidance and legal defense of the needy. The legal system as a whole sufraga the relevance of the Ombudsman as a mainspring of human rights. In the prison system, with the ultimate regulatory changes, such as Law 12.313 of 2010 which introduced changes to the Law 7.210 of 1984, the institution must ensure the correct and humane enforcement of sentences and the security measures pertaining to the needy. With the Complementary Law 132 of 2009, to systematize other duties of the Public Defender, highlighting their contribution to the movement of access to justice. Within the OAS, to adopt Resolution 2656, 2011, characterizing, with ruler and compass, the relevance of the Ombudsman access to justice and protection of human rights. In this step, the present study concerns the role of Defender in the legal protection of human rights, through monographic and deductive methods, as there remains a technical and theoretical connection between these two points themed legal phenomenon, since the rights humans, especially after the second half of the twentieth century, form the basis of the legal system of the major Western nations in the world. This led, therefore, the emergence of technical and legal institutions aimed at realizing human rights. This applies to the Defender. Access to justice and public service provision of legal assistance are human rights, therefore, essential to humans and necessary for social inclusion. Countries such as Brazil, marked by social inequality, depend on the structuring of institutions like the Defender, designed to promote citizenship to the Brazilian people

Locus coeruleus is a central chemoreceptive site in toads

The locus coeruleus (LC) has been suggested as a CO2 chemoreceptor site in mammals. This nucleus is a mesencephalic structure of the amphibian brain and is probably homologous to the LC in mammals. There are no data available for the role of LC in the central chemoreception of amphibians. Thus the present study was designed to investigate whether LC of toads (Bufo schneideri) is a CO2/H+ chemoreceptor site. Fos immunoreactivity was used to verify whether the nucleus is activated by hypercarbia (5% CO2 in air). In addition, we assessed the role of noradrenergic LC neurons on respiratory and cardiovascular responses to hypercarbia by using 6-hydroxydopamine lesion. To further explore the role of LC in central chemosensitivity, we examined the effects of microinjection of solutions with different pH values (7.2, 7.4, 7.6, 7.8, and 8.0) into the nucleus. Our main findings were that 1) a marked increase in c-fos-positive cells in the LC was induced after 3 h of breathing a hypercarbic gas mixture; 2) chemical lesions in the LC attenuated the increase of the ventilatory response to hypercarbia but did not affect ventilation under resting conditions; and 3) microinjection with acid solutions (pH = 7.2, 7.4, and 7.6) into the LC elicited an increased ventilation, indicating that the LC of toads participates in the central chemoreception.

Histopathological and ultrastructural characteristics of myeloid leukosis in broiler chicken

Caracterizaram-se a linhagem e o grau de diferenciação das células neoplásicas no estudo histopatológico e ultraestrutural da leucose mielóide. Histologicamente as células neoplásicas apresentaram pleomorfismo, núcleos ovais, nucléolos proeminentes, cromatina distribuída de maneira irregular, figuras de mitose atípicas e moderada quantidade de citoplasma contendo granulações eosinofílicas esféricas. Essas características indicam a linhagem mielóide. Ultraestruturalmente evidenciaram-se células com núcleo oval, volumoso, eletrodenso, com predomínio de eucromatina e citoplasma com numerosos grânulos esféricos, eletrodensos e homogêneos, indicando mielócitos com diferenciação para eosinófilos. Constatou-se também a presença de partículas virais tipo-C no espaço intercelular dos túbulos renais, no interior de vesículas intracitoplasmáticas dos mielócitos imaturos presentes na medula óssea e ovário, e PCR positivo para ALV-J.

Muscle strength assessment among children and adolescents with growing pains and joint hypermobility

OBJETIVO: Avaliar, por meio de teste quantitativo, a força muscular em crianças e adolescentes com dores de crescimento, associada ou não com hipermobilidade articular e comparadas com controles saudáveis. MÉTODO: Quarenta e sete casos de crianças e adolescentes acompanhados por dores de crescimento, sendo 24 com hipermobilidade articular (DC-HA), 23 sem hipermobilidade articular (DC) e 47 controles saudáveis pareados por idade e gênero foram submetidos a dois testes quantitativos para a avaliação da força muscular, o Childhood Myositis Assessment Scale (CMAS) e o Manual Muscle Strength Test (MMT). Os dados antropométricos como altura, peso, índice de massa corporal, prega cutânea tricipital, circunferência média do braço e a área muscular do braço foram comparados entre os três grupos. RESULTADOS: Os três grupos não apresentaram diferença estatística entre as medidas antropométricas. Houve diferença significante entre a mediana da pontuação do CMAS, sendo menores no grupo DC (47, mínimo e máximo 39-52) e DC-HA (46, mínimo e máximo 40-51), comparados com controles (50, mínimo e máximo 45-52; p<0,0001). Dois dos exercícios cronometrados do CMAS, a elevação da cabeça e a duração da elevação das pernas, tiveram menor pontuação nos pacientes comparados aos controles (p<0.0001). A pontuação mediana do MMT no grupo DC (79, mínimo e máximo 73-80) e DC-HA (78, mínimo e máximo 32-80) também apresentou diferença significante, sendo menor nos pacientes que nos controles (80, mínimo e máximo 78-80; p<0,0001). A melhor correlação entre a pontuação do CMAS e MMT foi no grupo DC-HA (Spearman r=0,65; p=0,0007). A aplicação do CMAS e MMT em duas ocasiões apresentou boa concordância e coeficiente de correlação intraclasse de 0,87 (IC 95% 0,64-0,96; p<0,0001) e 0,92 (IC 95% 0,76-0,97; p<0,0001), respectivamente. CONCLUSÃO: Os pacientes com dores de crescimento com ou sem hipermobilidade articular apresentaram fraqueza muscular de leve a moderada quando comparados com controles saudáveis.

MORPHOMETRIC AND BIOCHEMICAL EVALUATION OF RAT PROSTATE AND SEMINAL-VESICLE FOLLOWING CHEMICAL SYMPATHECTOMY WITH GUANETHIDINE

Selective chemical sympathectomy of the internal genital organs of adult male rats was undertaken by chronic treatment with low doses of guanethidine. Biochemical and morphometric methods revealed that removal of sympathetic innervation prevents fructose secretion in the prostate and seminal vesicle, in addition to promoting reduced efficiency of delivery by the latter.