Simplified sample handing in mass spectrometry based protein research - focus on protein phosphorylation

The human genome comprises roughly 20 000 protein coding genes. Proteins are the building material for cells and tissues, and proteins are functional compounds having an important role in many cellular responses, such as cell signalling. In multicellular organisms such as humans, cells need to communicate with each other in order to maintain a normal function of the tissues within the body. This complex signalling between and within cells is transferred by proteins and their post-translational modifications, one of the most important being phosphorylation. The work presented here concerns the development and use of tools for phosphorylation analysis. Mass spectrometers have become essential tools to study proteins and proteomes. In mass spectrometry oriented proteomics, proteins can be identified and their post-translational modifications can be studied. In this Ph.D. thesis the objectives were to improve the robustness of sample handling methods prior to mass spectrometry analysis for peptides and their phosphorylation status. The focus was to develop strategies that enable acquisition of more MS measurements per sample, higher quality MS spectra and simplified and rapid enrichment procedures for phosphopeptides. Furthermore, an objective was to apply these methods to characterize phosphorylation sites of phosphopeptides. In these studies a new MALDI matrix was developed which allowed more homogenous, intense and durable signals to be acquired when compared to traditional CHCA matrix. This new matrix along with other matrices was subsequently used to develop a new method that combines multiple spectra from different matrises from identical peptides. With this approach it was possible to identify more phosphopeptides than with conventional LC/ESI-MS/MS methods, and to use 5 times less sample. Also, phosphopeptide affinity MALDI target was prepared to capture and immobilise phosphopeptides from a standard peptide mixture while maintaining their spatial orientation. In addition a new protocol utilizing commercially available conductive glass slides was developed that enabled fast and sensitive phosphopeptide purification. This protocol was applied to characterize the in vivo phosphorylation of a signalling protein, NFATc1. Evidence for 12 phosphorylation sites were found, and many of those were found in multiply phosphorylated peptides

A simple spectrophotometric method for the determination of tetracycline and doxycycline in pharmaceutical formulations using chloramine-T

A simple, rapid, accurate and inexpensive spectrophotometric method for the determination of tetracycline and doxycycline has been developed. The method is based on the reaction between these drugs and chloramine-T in alkaline medium producing red color products with absorbance maximum at the Λ = 535 and 525 nm for the tetracycline and doxycycline, respectively. The best conditions for the reactions have been found using multivariate method. Beer´s law is obeyed in a concentration ranges 1.03 x 10-5 to 3.61 x 10-4 mol L-1 and 1.75 x 10-5 to 3.48 x 10-4 mol L-1 for the tetracycline and doxycycline, respectively. The quantification limits were 5.63 x 10-6 mol L-1 and 7.12 x 10-7 mol L-1 for the tetracycline and doxycycline, respectively. The proposed method was successfully applied to the determination of these drugs in pharmaceutical formulations and the results obtained were in good agreement with those obtained by the comparative method at the 95% confidence level.

Caracterização hidroambiental da bacia hidrográfica do rio Debossan, Nova Friburgo, RJ

O objetivo deste trabalho foi caracterizar o comportamento hidrológico, o volume de entrada e saída de água da bacia hidrográfica do rio Debossan, onde se localiza uma importante estação de captação de água, administrada pela Concessionária de Águas e Esgotos de Nova Friburgo LTDA. (CAENF), inserida na Reserva Ecológica de Macaé de Cima, Município de Nova Friburgo, Rio de Janeiro. Para isso, foram obtidos dados de vazão e precipitação diários do período de janeiro de 2002 a dezembro de 2004. A partir desses dados, foram calculados alguns parâmetros hidrológicos, como vazão específica e deflúvio. A precipitação média observada nos três anos foi de 2.163 mm, sendo que os meses de dezembro/2002 e janeiro/2003 apresentaram os máximos valores. A vazão média anual no período foi de 0,86 m³/s, apresentando o mês de dezembro de 2002 com maior índice e setembro de 2004 com o menor. O balanço hídrico, em termos médios anuais nos três anos de medições, apresentou uma evapotranspiração de 1.923,04 mm, equivalendo a 88% da precipitação convencional. Pode-se dizer que o ecossistema florestal exerce efeito tamponante sobre a quantidade de água da bacia hidrográfica, mantendo uma grande vazão nos meses de menor pluviosidade. Ao analisar a relação entre a entrada de água na bacia, o uso atual do solo e a quantidade de água produzida, concluiu-se que uma bacia hidrográfica bem preservada tem fundamental importância na manutenção constante da vazão ao longo do ano, além da visível participação na qualidade da água.

Application of fuzzy logic for the evaluation of livestock slaughtering

The fuzzy logic admits infinite intermediate logical values between false and true. With this principle, it developed in this study a system based on fuzzy rules, which indicates the body mass index of ruminant animals in order to obtain the best time to slaughter. The controller developed has as input the variables weight and height, and as output a new body mass index, called Fuzzy Body Mass Index (Fuzzy BMI), which may serve as a detection system at the time of livestock slaughtering, comparing one another by the linguistic variables "Very Low", "Low", "Average ", "High" and "Very High". For demonstrating the use application of this fuzzy system, an analysis was made with 147 Nellore beeves to determine Fuzzy BMI values for each animal and indicate the location of body mass of any herd. The performance validation of the system was based on a statistical analysis using the Pearson correlation coefficient of 0.923, representing a high positive correlation, indicating that the proposed method is appropriate. Thus, this method allows the evaluation of the herd comparing each animal within the group, thus providing a quantitative method of farmer decision. It was concluded that this study established a computational method based on fuzzy logic that mimics part of human reasoning and interprets the body mass index of any bovine species and in any region of the country.

Resultados maternos e perinatais em gestações complicadas por doenças falciformes

OBJETIVO: avaliar os resultados maternos e perinatais de gestações complicadas por doenças falciformes, comparando-as com portadoras de traço falciforme. MÉTODOS: este estudo é uma coorte retrospectiva, abrangendo o período de Março de 2001 a Abril de 2008, tendo sido incluídas todas as gestantes portadoras de doença falciforme (n=42) acompanhadas em hospital universitário da região sudeste do Brasil. Os resultados maternos e perinatais foram comparados com os de gestantes portadoras de traço falciforme (n=56) acompanhadas no mesmo serviço. RESULTADOS:a hemoglobinopatia SS foi diagnosticada em 42 gestantes (82,4%) e a SC em nove (17,6%). A idade materna foi significativamente menor no grupo com doença falciforme (média=26,0; SD=4,3) quando comparadas às com traço falciforme (média=28,7, DP=7,1; p=0,018). As seguintes complicações maternas foram significativamente mais frequentes no grupo com doença falciforme em comparação ao grupo com traço falciforme: infecção do trato urinário (25,5 versus 8,9%; p=0,04), pneumonia (23,5 versus 1,8%; p=0,002), hipertensão pulmonar (15,7 versus 0%; p=0,002), e transfusão no parto/pós-parto (33,3 versus 5,4%; p=0,001). Resultados perinatais adversos foram significativamente mais frequentes no grupo com doença falciforme quando comparados ao grupo com traço falciforme: prematuridade (49 versus 25%; p=0,01), média da idade gestacional no parto (35,2 versus 37,9 semanas; p<0,001), diagnóstico de sofrimento fetal (56,9 versus 28,6%; p=0,006), peso do recém-nascido <2.500g (62,7 versus 17,9%; p<0,001), média do peso do recém-nascido (2.183 versus 2.923 g; p<0,001) e recém-nascidos pequenos para a idade gestacional (29,4 versus 10,7%; p=0,02). Duas mortes maternas (3,9%) ocorreram no grupo com doença falciforme. CONCLUSÕES: gestantes portadoras de doença falciforme apresentam maior risco para morbidade materna e resultados perinatais adversos quando comparadas às portadoras de traço falciforme.

Pré-eclâmpsia precoce e tardia: uma classificação mais adequada para o prognóstico materno e perinatal?

OBJETIVO: avaliar as diferenças entre o resultado materno e perinatal de gestações complicadas pela pré-eclâmpsia, segundo classificação em sua forma grave/leve e de início precoce/tardio. MÉTODOS: estudo retrospectivo envolvendo 211 gestações complicadas pela pré-eclâmpsia, avaliadas em centro universitário de referência, no período de 2000 a 2010. O diagnóstico e a gravidade da doença foram baseados nos valores da pressão arterial, proteinúria e nos achados clínicos e laboratoriais. A idade da gestante, cor da pele, paridade, pressão arterial, valores de proteinúria semiquantitativa, presença de incisura bilateral em artérias uterinas à doplervelocimetria e as condições de nascimento foram comparados entre os casos de forma leve/grave, assim como entre aqueles de surgimento precoce/tardio. A doença foi considerada precoce quando diagnosticada antes da 34ª semana. RESULTADOS: a maioria das gestantes apresentava a forma grave da pré-eclâmpsia (82,8%) e 50,7%, de início precoce. Os valores da pressão arterial (133,6±14,8 versus 115,4 mmHg, p=0,0004, e 132,2±16,5 versus 125,7 mmHg, p=0,0004) e proteinúria semiquantitativa (p=0,0003 e p=0,0005) foram mais elevados nas formas grave e precoce em relação às formas leve e tardia. O peso ao nascimento (1.435,4±521,6 versus 2.710±605,0 g, 1.923,7±807,9 versus 2.415,0±925,0 g, p<0,0001 para ambos) e o índice de Apgar (p=0,01 para ambos) foram menores nas formas grave e precoce da pré-eclâmpsia, em relação às formas leve e tardia. Por outro lado, a presença de incisura bilateral em artérias uterinas se associou às formas de início precoce (69,2 versus 47,9%, p=0,02), enquanto a restrição de crescimento fetal foi mais frequente nas formas graves da pré-eclâmpsia (30 versus 4,4%, p=0,008). CONCLUSÃO: a classificação da pré-eclâmpsia baseada em parâmetros clínicos maternos refletiu melhor as condições de nutrição fetal, enquanto o seu surgimento precoce se associou melhor à vasculopatia placentária detectada à doplervelocimetria.

Freqüência de anticorpos anti-Neospora caninum em soros de caprinos do estado de São Paulo e sua relação com o manejo dos animais

Com o objetivo de se avaliar a freqüência de caprinos leiteiros soropositivos para Neospora caninum, no estado de São Paulo, e se verificarem possíveis associações com idade, sexo e problemas reprodutivos, nos capris, e, também, presença de cães, nas propriedades, foram obtidos soros de 923 caprinos de ambos os sexos e idade acima de 3 meses. Os animais eram provenientes de 17 propriedades de diferentes municípios. Para o diagnóstico, foi utilizado o teste de aglutinação para Neospora (NATe"25), e, em todos os capris, aplicou-se um inquérito a partir do qual se obtiveram informações epidemiológicas e de esfera reprodutiva. Todos os resultados estatísticos foram discutidos no nível de 5% de significância. Assim, chegou-se à conclusão de que a freqüência percentual de positividade para N. caninum foi de 19,77%, e, em apenas uma propriedade, não houve registro de animal soropositivo, o que revela difusão do agente, no Estado. Não foram verificadas diferenças significativas entre freqüências de positividade quanto ao sexo, idade ou problemas reprodutivos. Porém, ressalta-se que a presença de cães, nos capris, foi associada a uma maior freqüência de caprinos soropositivos a N. caninum. A representação geográfica da distribuição de caprinos soropositivos para o protozoário, em mapa coroplético em hachuras, pode implicar em um ganho considerável para estudos da epidemiologia geográfica, na elaboração de um planejamento de controle da enfermidade.

Avaliação da ocorrência de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, em soros de caprinos do estado de São Paulo, e associação com variáveis epidemiológicas, problemas reprodutivos e riscos à saúde pública

Objetivando avaliar a ocorrência de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, em caprinos leiteiros do estado de São Paulo, e verificar possíveis associações com idade, sexo, presença de gatos, problemas reprodutivos e potenciais riscos à saúde pública, foram considerados soros de 923 caprinos, de ambos os sexos e idade acima de três meses, provenientes de 17 propriedades de diferentes municípios. Para o diagnóstico, utilizou-se a reação de imunofluorescência indireta (RIFIe"16) e, também, um inquérito sobre saúde, a fim de se coletarem informações epidemiológicas e de esfera reprodutiva de todos os capris. Os resultados foram discutidos no nível de 5% de significância. Do total das 17 propriedades, foram diagnosticados 15 focos de T. gondii, com positividade entre 2,70% e 81,25%. Não foram verificadas associações entre freqüência de soropositividade e sexo dos animais nem ocorrência de falhas reprodutivas, nos capris. Constatou-se influência positiva na taxa de anticorpos anti-T. gondii pelo aumento da idade dos caprinos e presença de gatos, nos capris. Além de a enfermidade encontrar-se amplamente difundida no estado de São Paulo, o risco eminente de transmissão de T. gondii à saúde pública também deve ser considerado, uma vez que se encontraram focos onde se comercializavam produtos "in natura", como leite e carne.

Perfil bioquímico, inclusive proteinograma, do soro lácteo de búfalas primíparas e pluríparas sadias ao longo da lactação

Resumo: Para avaliar o perfil bioquímico, inclusive proteínas, do soro lácteo de búfalas Murrah primíparas e pluríparas sadias foram analisadas amostras de leite de 30 fêmeas bubalinas durante uma lactação completa. Os animais foram distribuídos em três grupos: G1 - 10 búfalas primíparas, G2 - 10 búfalas pluríparas com duas a três lactações e G3 - 10 búfalas pluríparas com mais de três lactações. O período de lactação foi dividido em: fase inicial (I: primeiro ao terceiro mês de lactação), fase intermediária (T: quarto ao sexto mês de lactação) e fase final (F: sétimo ao nono mês de lactação). Antes da colheita das amostras de leite foram realizados o exame físico da glândula mamária, o teste da caneca de fundo escuro e o California Mastitis Test (CMT). Após a assepsia dos quartos mamários, foram colhidas mensalmente, durante uma lactação completa, amostras de 20mL de leite de cada quarto mamário, em frascos plásticos esterilizados e sem conservante, para a realização do isolamento microbiológico, determinação do perfil bioquímico e fracionamento proteico por meio de eletroforese em gel de poliacrilamida contendo dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE), e amostras de 30mL de leite de cada quarto mamário, em frascos plásticos esterilizados contendo conservante bronopol, para contagem de células somáticas (CCS). Das 1.042 amostras de leite colhidas dos três grupos experimentais durante a lactação, 923 amostras de leite apresentaram reação negativa ao CMT e isolamento microbiológico negativo e foram selecionadas para as análises do perfil bioquímico e fracionamento proteico em SDS-PAGE. Notou-se influência da ordem de parto e da fase da lactação no perfil bioquímico e no proteinograma do soro lácteo de búfalas da raça Murrah sadias. As búfalas primíparas (G1) apresentaram maior atividade das enzimas gamaglutamiltransferase (GGT: 2.346U/L) e fosfatase alcalina (ALP: 181U/L) e maiores concentrações de fósforo (P: 56,6mg/dL), potássio (K: 32,0mg/dL) e α-lactoalbumina (458mg/dL). As fêmeas com duas a três lactações (G2) apresentaram maior CCS (70.700 células/mL) e maiores concentrações de proteína total (1,55g/dL), albumina (100mg/dL), magnésio (Mg: 8,80mg/dL), cloretos (Cl: 176mg/dL), ferro (Fe: 10,7μg/dL), sódio (Na: 178mMol/L) e lactoferrina (59,5mg/dL). As fêmeas com mais de três lactações (G3) apresentaram maiores concentrações de cálcio total (Ca: 41,8mg/dL), cálcio ionizado (Cai: 2,92mMol/L), imunoglobulina A (IgA: 1,32mg/dL), albumina sérica (99,1mg/dL), imunoglobulina G (IgG: 49,7mg/dL) e b-lactoglobulina (1.068mg/dL). Durante a lactação foi observado aumento da CCS, aumento das atividades das enzimas GGT e ALP, aumento das concentrações de proteína total, albumina, P, Mg, Cl, Na, lactoferrina, albumina sérica, IgG, α-lactoalbumina e redução das concentrações de Ca, Fe, Cai, K, IgA e b-lactoglobulina no soro lácteo das búfalas. Os resultados obtidos podem ser utilizados como referências para a espécie bubalina e auxiliar no diagnóstico e no prognóstico de doenças de ocorrência comum na fase de lactação.

Ta vara på din åker : tips för arrendegivaren och arrendatorn

Andelen arrendejord av Finlands odlade areal är nästan en tredjedel. Korta avtal försvårar planeringen av produktionen och sporrar inte arrendatorn till att satsa på åkerns markkvalitet trots att det skulle vara viktigt både för miljön och gårdens ekonomi. Även arrendegivaren kan, om han eller hon så vill, med villkor som definieras i arrendeavtalet påverka hur miljöfrågorna beaktas på arrendeåkrarna. Viktiga tilläggsvillkor ska dock beaktas då arrendebeloppet fastställs. Publikationen har producerats som en del av projektet TEHO Plus - Effektivisering av vattenskyddet inom jordbruket. Förhoppningen är att guiden ökar i synnerhet arrendegivarnas intresse i jordbrukets vattenskydd.

The availability of full match sibling donors and feasibility of allogeneic bone marrow transplantation in Brazil

The feasibility of allogeneic bone marrow transplantation (alloBMT) in a developing country has not yet been demonstrated. Many adverse factors including social and economic limitations may reduce the overall results of this complex and expensive procedure. Our objective was to characterize the most important clinical, social and economic features of candidates for transplantation and their potential donors as well as the influence of these factors on overall survival in a retrospective and exploratory analysis at a university hospital. From July 1993 to July 2001, candidates for BMT were referred to the Bone Marrow Transplantation Unit by Hematology and Oncology Centers from several regions of Brazil. A total of 1138 patients were referred to us as candidates for alloBMT. Median age was 25 years (range: 2 months-60 years), 684 (60.1%) were males and 454 (39.9%) were females. The clinical indications were severe aplastic anemia and hematological malignancies. From the total of 1138 patients, 923 had HLA-typing; 497/923 (53.8%) candidates had full match donors; 352/1138 (30.8%) were eligible for alloBMT. Only 235 of 352 (66.7%) were transplanted. Schooling was 1st to 8th grade for 123/235 (52.3%); monthly family income ranged from US$60 (7%) to more than US$400 (36%). Overall survival for patients with chronic myeloid leukemia, severe aplastic anemia and acute myeloid leukemia was 58, 60 and 30%, respectively. Thus, overall survival rates for the most frequent hematological diseases were similar to those reported in the International Registry, except for acute myeloid leukemia. This descriptive and exploratory analysis suggests the feasibility of alloBMT in a developing country like Brazil.

De anima separata

Variantti B.

De anima separata

Variantti A.

De anima separata

Variantti C.