REMA: A computer-based mapping tool for analysis of restriction sites in multiple DNA sequences

REMA is an interactive web-based program which predicts endonuclease cut sites in DNA sequences. It analyses Multiple sequences simultaneously and predicts the number and size of fragments as well as provides restriction maps. The users can select single or paired combinations of all commercially available enzymes. Additionally, REMA permits prediction of multiple sequence terminal fragment sizes and suggests suitable restriction enzymes for maximally discriminatory results. REMA is an easy to use, web based program which will have a wide application in molecular biology research. Availability: REMA is written in Perl and is freely available for non-commercial use. Detailed information on installation can be obtained from Jan Szubert (jan.szubert@gmail.com) and the web based application is accessible on the internet at the URL http://www.macaulay.ac.uk/rema. Contact: b.singh@macaulay.ac.uk. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

StaRProtein: a web server for prediction of stability of repeat proteins

Repeat proteins have become increasingly important due to their capability to bind to almost any proteins and the potential as alternative therapy to monoclonal antibodies. In the past decade repeat proteins have been designed to mediate specific protein-protein interactions. The tetratricopeptide and ankyrin repeat proteins are two classes of helical repeat proteins that form different binding pockets to accommodate various partners. It is important to understand the factors that define folding and stability of repeat proteins in order to prioritize the most stable designed repeat proteins to further explore their potential binding affinities. Here we developed distance-dependant statistical potentials using two classes of alpha-helical repeat proteins, tetratricopeptide and ankyrin repeat proteins respectively, and evaluated their efficiency in predicting the stability of repeat proteins. We demonstrated that the repeat-specific statistical potentials based on these two classes of repeat proteins showed paramount accuracy compared with non-specific statistical potentials in: 1) discriminate correct vs. incorrect models 2) rank the stability of designed repeat proteins. In particular, the statistical scores correlate closely with the equilibrium unfolding free energies of repeat proteins and therefore would serve as a novel tool in quickly prioritizing the designed repeat proteins with high stability. StaRProtein web server was developed for predicting the stability of repeat proteins.

14C as a tool to trace terrestrial carbon in a complex lake system: implications for foodweb structure and carbon cycling

Carbon and nitrogen stable isotope analysis (SIA) has identified the terrestrial subsidy of freshwater food-webs but relies on different 13C fractionation in aquatic and terrestrial primary producers. However dissolved inorganic carbon (DIC) is partly comprised of 13C depleted respiration of terrestrial C and ‘old’ C derived from weathering of catchment geology. SIA thus fails to differentiate between the contribution of old and recently fixed terrestrial C. DIC in alkaline lakes is partially derived from weathering of 14C-free carbonaceous bedrock This
yields an artificial age offset leading samples to appear significantly older than their actual age. As such, 14C can be used as a biomarker to identify the proportion of autochthonous C in the food-web. With terrestrial C inputs likely to increase, the origin and utilisation of ‘old’ or ‘recent’ allochthonous C in the food-web can also be determined. Stable isotopes and 14C were measured for biota, particulate organic matter (POM), DIC and dissolved organic carbon (DOC) from Lough Erne, Northern Ireland, a humic but alkaline lake. High winter δ15N values in calanoid zooplankton (δ15N =24‰) relative to phytoplankton and POM (δ15N =6‰ and 12‰ respectively) may reflect several microbial trophic levels between terrestrial C and calanoids. Furthermore winter calanoid 14C ages are consistent with DOC from inflowing rivers (87 and 75 years BP respectively) but not phytoplankton (355 years BP). Summer calanoid δ13N, δ15N and 14C (312 years BP) indicate greater reliance on phytoplankton. There is also temporal and spatial variation in DIC, DOC and POM C isotopes.

Web 2.0 no desenvolvimento profissional docente do ensino não superior: o caso da interactic 2.0

O surgimento da Web 2.0 imprimiu uma mudança na postura dos utilizadores da Web que passaram a poder não apenas ler e pesquisar, como também colaborar e produzir e publicar informação, adotando uma postura ativa. As redes sociais são uma poderosa ferramenta à qual recorrem movimentos sociais e políticos, o mundo da publicidade e do marketing, com evidentes efeitos nos indivíduos e na sociedade. Por seu lado, o desenvolvimento profissional de professores é um processo permanente, pelo que é reconhecida a importância da aprendizagem ao longo da vida em ambientes formais, não-formais e informais. Neste contexto, as redes sociais surgem como potenciais instrumentos de comunicação, interação, partilha e trabalho colaborativo, determinantes para o crescimento profissional dos docentes que almejam uma contínua aprendizagem. Este estudo de caso, que se centra na Interactic 2.0, uma rede social profissional essencialmente dirigida a educadores e criada numa aplicação Web 2.0 (Ning), teve como principal objetivo verificar em que medida esta rede social, ao possibilitar a formação e o desenvolvimento de uma comunidade de prática online, contribui para o desenvolvimento profissional dos docentes do ensino não superior. Os dados obtidos através da aplicação de inquéritos por questionário aos membros da Interactic 2.0, de entrevistas aos administradores da rede e da análise de interações num grupo específico da rede, revelam que os docentes do ensino não superior utilizam as ferramentas Web 2.0 para fins profissionais, nomeadamente as redes sociais, as aplicações de escritório online e os blogues. Conscientes dos riscos associados às redes sociais, mas também da necessidade de um constante enriquecimento profissional, os professores do ensino não superior reconhecem o interesse das redes sociais em geral, e da Interactic 2.0 em particular, como privilegiados instrumentos de partilha que contribuem para a sua atualização sobre aspetos curriculares e pedagógicos. Muito embora apenas concorram para o fomento do trabalho colaborativo entre professores, a Interactic 2.0 contribui para o aumento das competências digitais dos seus membros e para uma melhor integração das TIC em contexto educativo. A Interactic 2.0 é, portanto, uma comunidade de prática, constituída por um vasto número de pessoas com um interesse comum, que partilham e constroem conhecimento em torno de um domínio, criando um espaço partilhado de reflexão crítica sobre os temas em torno da educação.

A Web 2.0 e a escrita no 3º ciclo do ensino básico: a utilização do blogue

A crescente dinamização de blogues no contexto escolar português, resultante das mais-valias e dos respetivos incentivos à utilização de ferramentas tecnológicas da Web 2.0, assumiu uma prática frequente a partir dos inícios do século XXI. Uma rápida pesquisa na Internet permite-nos verificar um número considerável de blogues usados na lecionação do Português, bem como uma diversidade no que diz respeito a propósitos e finalidades de utilização. Com a nossa investigação pretendemos estudar de que forma se processa o ensino-aprendizagem da Língua Portuguesa/Português em alunos do 3.º Ciclo do Ensino Básico (CEB), através do recurso a esta ferramenta, colocando o foco de análise no domínio da escrita. Procuramos percecionar as motivações e as dinâmicas privilegiadas e recorrentes na utilização pedagógica dos blogues no âmbito do ensino-aprendizagem da escrita a alunos do 3.º CEB. O nosso percurso de investigação foi delineado de acordo com duas fases de atuação. Numa primeira, fizemos um levantamento de “blogues estratégia” associados à prática docente da disciplina de Português no 3.º CEB, optando, nesta etapa, por uma análise quantitativa. A pesquisa e o contacto mais aprofundado que fomos fazendo conduziram-nos à definição de critérios de seleção e à construção e reformulação de uma grelha de identificação e caracterização geral dos blogues, que nos orientou nesta recolha. Elaborámos e aplicámos também um questionário a professores dinamizadores de blogues no âmbito do nosso trabalho que permitiu o alargamento do nosso corpus documental, bem como definir outros elementos para posterior análise. Tendo em conta a diversidade de objetivos e finalidades, muitas vezes referidos nos próprios blogues, optámos por definir três categorias, de forma a favorecer a recolha e a amostra no âmbito no nosso trabalho, designadamente “Blogue Cartolina", “Blogue Turma” e “Blogue Projeto”. Numa segunda fase, e depois da seleção dos posts no âmbito do ensinoaprendizagem da escrita que fazem parte da nossa base documental, partimos para uma análise mais aprofundada do conteúdo publicado. Para tal, elaborámos uma segunda grelha com indicadores para recolha de dados, tendo definido quatro práticas de escrita (Divulgação, Solicitação, Reformulação e Partilha), e uma terceira grelha, com tipos de interação, para uma análise da participação através de comentários que se desencadeia a partir das publicações. No fundo, o nosso propósito consistiu em aferir a organização e as dinâmicas de funcionamento dos “blogues estratégia” ligados ao ensino-aprendizagem da escrita do 3.º Ciclo do Ensino Básico e, neste sentido, percecionarmos de que forma estas funcionalidades tecnológicas poderão contribuir para o desenvolvimento da escrita junto dos alunos.

Autorregulação da aprendizagem em tarefas de pesquisa pela web : da avaliação à intervenção em contexto de sala de aula

Tese de doutoramento, Psicologia (Psicologia da Educação), Universidade de Lisboa, Faculdade de Psicologia, 2014

Suporte a testes automáticos em aplicações web geradas com a OutSystems Platform

Dissertação de natureza científica para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Otimização do sítio web e google adwords

Relatório de estágio apresentado ao Instituto de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Empreendedorismo e Internacionalização, sob orientação de Doutora Ana Azevedo.

A follow-up study on the quality of alcohol dependence-related information on the web.

ABSTRACT: In order to evaluate the one-year evolution of web-based information on alcohol dependence, we re-assessed alcohol-related sites in July 2007 with the same evaluating tool that had been used to assess these sites in June 2006. Websites were assessed with a standardized form designed to rate sites on the basis of accountability, presentation, interactivity, readability, and content quality. The DISCERN scale was also used, which aimed to assist persons without content expertise in assessing the quality of written health publications. Scores were highly stable for all components of the form one year later (r = .77 to .95, p < .01). Analysis of variance for repeated measures showed no time effect, no interaction between time and scale, no interaction between time and group (affiliation categories), and no interaction between time, group, and scale. The study highlights lack of change of alcohol-dependence-related web pages across one year.

Perception des professionnels de la santé par rapport à l'introduction d'une plateforme Web 2.0 dans leur pratique

Introduction : Les pressions sont fortes envers les professionnels de la santé pour qu’ils appliquent une pratique factuelle. Toutefois, un écart important demeure entre les résultats des recherches et la réalité clinique. Par son aspect interactif, le Web 2.0 peut contribuer à l’application des données probantes en facilitant l’accès et l’échange de connaissances. Objectif : Ce projet de recherche s’inscrit dans une étude visant à élaborer une plateforme informatisée pour les professionnels travaillant avec la clientèle ayant subi un accident vasculaire cérébral (AVC). L’objectif de la présente étude est de décrire la perception des professionnels de la santé face à l’introduction du Web 2.0 dans leur pratique. Méthode : Un devis de recherche qualitatif avec une approche phénoménologique a été utilisé. Des entrevues individuelles semi-structurées ont été menées auprès de 24 professionnels et gestionnaires. Résultats : Les personnes interviewées étaient toutes des femmes avec un âge moyen de 45 ans (± 18). Le transfert des connaissances est l’utilité du Web 2.0 qui émerge des participants comme étant la plus importante. Les répondants ont également exprimé avoir besoin d'une plateforme conviviale. Les résultats soulignent également un paradoxe lié au temps. En effet, les répondants estiment que le Web 2.0 pourrait leur permettre de sauver du temps, cependant ils affirment qu'ils n'auront pas le temps de l'utiliser. Conclusion : Bien que le Web 2.0 demeure un outil de transfert de connaissances peu intégré dans la pratique, les professionnels travaillant avec la clientèle AVC perçoivent généralement positivement son introduction dans leur pratique.

Advances in therapeutic risk management through signal detection and risk minimisation tool analyses

Les quatre principales activités de la gestion de risque thérapeutique comportent l’identification, l’évaluation, la minimisation, et la communication du risque. Ce mémoire aborde les problématiques liées à l’identification et à la minimisation du risque par la réalisation de deux études dont les objectifs sont de: 1) Développer et valider un outil de « data mining » pour la détection des signaux à partir des banques de données de soins de santé du Québec; 2) Effectuer une revue systématique afin de caractériser les interventions de minimisation de risque (IMR) ayant été implantées. L’outil de détection de signaux repose sur la méthode analytique du quotient séquentiel de probabilité (MaxSPRT) en utilisant des données de médicaments délivrés et de soins médicaux recueillis dans une cohorte rétrospective de 87 389 personnes âgées vivant à domicile et membres du régime d’assurance maladie du Québec entre les années 2000 et 2009. Quatre associations « médicament-événement indésirable (EI) » connues et deux contrôles « négatifs » ont été utilisés. La revue systématique a été faite à partir d’une revue de la littérature ainsi que des sites web de six principales agences réglementaires. La nature des RMIs ont été décrites et des lacunes de leur implémentation ont été soulevées. La méthode analytique a mené à la détection de signaux dans l'une des quatre combinaisons médicament-EI. Les principales contributions sont: a) Le premier outil de détection de signaux à partir des banques de données administratives canadiennes; b) Contributions méthodologiques par la prise en compte de l'effet de déplétion des sujets à risque et le contrôle pour l'état de santé du patient. La revue a identifié 119 IMRs dans la littérature et 1,112 IMRs dans les sites web des agences réglementaires. La revue a démontré qu’il existe une augmentation des IMRs depuis l’introduction des guides réglementaires en 2005 mais leur efficacité demeure peu démontrée.

The Courseware Watchdog: an ontology-based tool for finding and organizing learning material

Topics in education are changing with an ever faster pace. E-Learning resources tend to be more and more decentralised. Users need increasingly to be able to use the resources of the web. For this, they should have tools for finding and organizing information in a decentral way. In this, paper, we show how an ontology-based tool suite allows to make the most of the resources available on the web.

Info 2009- Group 3 -Interactive Flash Learning Tool

A flash learning resource that educates users about Web Accessibility.

Documental web hogar diverso

Hogar Diverso es un documental web que pretende ser un instrumento de expresión y argumentación para los integrantes de las familias diversas colombianas y para quienes desean conocer más acerca del tema; es una plataforma virtual que busca llenar vacíos así como crear nuevas discusiones acerca del tema de coyuntura nacional. Cuenta con diferentes formatos y productos periodísticos que revelan la intimidad de los hogares diversos colombianos, así como con los datos de las sentencias y los fallos que han determinado la historia de los derechos LGBT en el país.

A teaching/learning support tool for introductory programming courses

In This work we present a Web-based tool developed with the aim of reinforcing teaching and learning of introductory programming courses. This tool provides support for teaching and learning. From the teacher's perspective the system introduces important gains with respect to the classical teaching methodology. It reinforces lecture and laboratory sessions, makes it possible to give personalized attention to the student, assesses the degree of participation of the students and most importantly, performs a continuous assessment of the student's progress. From the student's perspective it provides a learning framework, consisting in a help environment and a correction environment, which facilitates their personal work. With this tool students are more motivated to do programming