Secretion and processing of a novel multi-domain cystatin-like protein by intracellular stages of Trichinella spiralis

The excretory-secretory (ES) proteins of nematode parasites are of major interest as they function at the host-parasite interface and are likely to have roles crucial for successful parasitism. Furthermore, the ES proteins of intracellular nematodes such as Trichinella spiralis may also function to regulate gene expression in the host cell. In a recent proteomic analysis we identified a novel secreted cystatin-like protein from T. spiralis L1 muscle larva. Here we show that the protein, MCD-1 (multi-cystatin-like domain protein 1), contains three repeating cystatin-like domains and analysis of the mcd-1 gene structure suggests that the repeated domains arose from duplication of an ancestral cystatin gene. Cystatins are a diverse group of cysteine protease inhibitors and those secreted by parasitic nematodes are important immuno-modulatory factors. The cystatin superfamily also includes cystatin-like proteins that have no cysteine protease inhibitory activity. A recombinant MCD-1 protein expressed as a GST-fusion protein in Escherichia coli failed to inhibit papain in vitro suggesting that the T. spiralis protein is a new member of the non-inhibitory cystatin-related proteins. MCD-1 secreted from T. spiralis exists as high- and low-molecular weight isoforms and we show that a recombinant MCD-1 protein secreted by HeLa cells undergoes pH-dependent processing that may result in the release of individual cystatin-like domains. Furthermore, we found that mcd-1 gene expression is largely restricted to intracellular stages with the highest levels of expression in the adult worms. It is likely that the major role of the protein is during the intestinal stage of T. spiralis infections.

Removal of ortho-phosphate from aqueous solution by adsorption onto dolomite

An experimental study on the adsorption of phosphate onto cost effective fine dolomite powder is presented. The effect of solution pH, solution ionic strength and adsorption isotherm were examined. The adsorption of phosphate was pH dependent and phosphate adsorption favoured acidic conditions. The adsorption was significantly influenced by solution ionic strength indicating outer-sphere complexation reactions. The experimental data further indicated that the removal of phosphate increased with increase in the ionic strength of solution. The experimental data were modelled with different isotherms: Langmuir, Freundlich and Redlich–Peterson isotherms. It was found that the Redlich–Peterson isotherm depicted the equilibrium data most accurately. The overall kinetic data fitted very well the pseudo-first-order rate model.

An uncertainty and sensitivity analysis applied to the prioritisation of pharmaceuticals as surface water contaminants from wastewater treatment plant direct emissions

In this study, the concentration probability distributions of 82 pharmaceutical compounds detected in the effluents of 179 European wastewater treatment plants were computed and inserted into a multimedia fate model. The comparative ecotoxicological impact of the direct emission of these compounds from wastewater treatment plants on freshwater ecosystems, based on a potentially affected fraction (PAF) of species approach, was assessed to rank compounds based on priority. As many pharmaceuticals are acids or bases, the multimedia fate model accounts for regressions to estimate pH-dependent fate parameters. An uncertainty analysis was performed by means of Monte Carlo analysis, which included the uncertainty of fate and ecotoxicity model input variables, as well as the spatial variability of landscape characteristics on the European continental scale. Several pharmaceutical compounds were identified as being of greatest concern, including 7 analgesics/anti-inflammatories, 3 β-blockers, 3 psychiatric drugs, and 1 each of 6 other therapeutic classes. The fate and impact modelling relied extensively on estimated data, given that most of these compounds have little or no experimental fate or ecotoxicity data available, as well as a limited reported occurrence in effluents. The contribution of estimated model input variables to the variance of freshwater ecotoxicity impact, as well as the lack of experimental abiotic degradation data for most compounds, helped in establishing priorities for further testing. Generally, the effluent concentration and the ecotoxicity effect factor were the model input variables with the most significant effect on the uncertainty of output results.

Functional genomics of O-glucosyltransferases from Concord grape (Vitis labrusca)

Grape (Vitis spp.) is a culturally and economically important crop plant that has been cultivated for thousands of years, primarily for the production of wine. Grape berries accumulate a myriad of phenylpropanoid secondary metabolites, many of which are glucosylated in plantae More than 90 O-glucosyltransferases have been cloned and biochemically characterized from plants, only two of which have been isolated from Vitis spp. The world-wide economic importance of grapes as a crop plant, the human health benefits associated with increased consumption of grape-derived metabolites, the biological relevance of glucosylation, and the lack of information about Vitis glucosyltransferases has inspired the identification, cloning and biochemical characterization of five novel "family 1" O-glucosyltransferases from Concord grape (Vitis labrusca cv. Concord). Protein purification and associated protein sequencIng led to the molecular cloning of UDP-glucose: resveratrollhydroxycinnamic acid O-glucosyltransferase (VLRSGT) from Vitis labrusca berry mesocarp tissue. In addition to being the first glucosyltransferase which accepts trans-resveratrol as a substrate to be characterized in vitro, the recombinant VLRSGT preferentially produces the glucose esters of hydroxycinnamic acids at pH 6.0, and the glucosides of trans-resveratrol and flavonols at 'pH 9.0; the first demonstration of pH-dependent bifunctional glucosylation for this class of enzymes. Gene expression and metabolite profiling support a role for this enzyme in the bifuncitonal glucosylation ofstilbenes and hydroxycinnamic acids in plantae A homology-based approach to cloning was used to identify three enzymes from the Vitis vinifera TIGR grape gene index which had high levels of protein sequence iii identity to previously characterized UDP-glucose: anthocyanin 5-0-glucosyltransferases. Molecular cloning and biochemical characterization demonstrated that these enzymes (rVLOGTl, rVLOGT2, rVLOGT3) glucosylate the 7-0-position of flavonols and the xenobiotic 2,4,5-trichlorophenol (TCP), but not anthocyanins. Variable gene expression throughout grape berry development and enzyme assays with native grape berry protein are consistent with a role for these enzymes in the glucosylation of flavonols; while the broad substrate specificity, the ability of these enzymes to glucosylate TCP and expression of these genes in tissues which are subject to pathogen attack (berry, flower, bud) is consistent with a role for these genes in the plant defense response. Additionally, the Vitis labrusca UDP-glucose: flavonoid 3-0-glucosyltransferase (VL3GT) was identified, cloned and characterized. VL3GT has 96 % protein sequence identity to the previously characterized Vitis vinifera flavonoid 3-0-glucosyltransferase (VV3GT); and glucosylates the 3-0-position of anthocyanidins and flavonols in vitro. Despite high levels of protein sequence identity, VL3GT has distinct biochemical characteristics (as compared to VV3GT), including a preference for B-ring methylated flavonoids and the inability to use UDP-galactose as a donor substrate. RT-PCR analysis of VL3GT gene expression and enzyme assays with native grape protein is consistent with an in planta role for this enzyme in the glucosylation of anthocyanidins,but not flavonols. These studies reveal the power of combining several biochemistry- and molecular biology-based tools to identify, clone, biochemically characterize and elucidate the in planta function of several biologically relevant O-glucosyltransferases from Vitis spp.

GABA accumulation and the hypersensitive response in isolated mesophyll cells treated with the G protein activator mastoparan

GABA (y-amino butyric acid) is a non-protein amino acid synthesized through the a-decarboxylation of L-glutamate. This reaction is catalyzed by L-glutamate decarboxylase (EC 4.1.1.15), a cytosolic Ca2+/calmodulin-stimulated enzyme. The purpose of this study is to determine whether or not GABA accumulation is associated with the hypersensitive response of isolated Asparagus sprengeri mesophyll cells. The addition of 25 J.lM mastoparan, a G protein activator, to suspensions of isolated asparagus mesophyll cells significantly increased GABA synthesis and cell death. Cell death was assessed using Evan's blue dye and fluorescein diacetate tests for cell viability. In addition, mastoparan stimulated pH-dependent alkalinization of the external medium, and a rapid and large 02 consumption followed by a loss of photosynthetic activity. The rate of 02 consumption and the net decrease in 02 in the dark was enhanced by light. The inactive mastoparan analogue Mas17 was ineffective in stimulating GABA accumulation, medium alkalinization, 02 uptake and cell death. Accumulation of H202 in response tomastoparan was not detected, however, mastoparan caused the cell-dependent degradation of added H202. The pH dependence of mastoparan-stimulated alkalinization suggests cellular electrolyte leakage, while the consumption of 02 corresponds to the oxidative burst in which 02 at the cell surface is reduced to form various active oxygen species. The results are indicative of the "hypersensitive response" of plants to pathogen attack, namely, the death of cells in the locality of pathogen invasion. The data are compatible with a model in which mastoparan triggers G protein activity, subsequent intracellular signal transduction pathway/s, and the hypersensitive response. It is postulated that the physiological elicitation of the hypersensitive response involves G protein signal transduction. The synthesis of GABA during the hypersensitive response has not been documented previously; however the role/s of GABA synthesis in the hypersensitive response, if any, remain unclear.

Études Structurales par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) du Site Actif du Ribozyme VS de Neurospora.

Nous étudions le ribozyme VS de Neurospora, en tant que système modèle, pour augmenter nos connaissances sur la relation entre la structure et la fonction chez les ARNs, ainsi que pour mieux comprendre le mécanisme de clivage de ce ribozyme. Il a été proposé précédemment que la boucle interne A730 dans la tige-boucle VI (SLVI) contient le site actif du ribozyme et lie un ou plusieurs ions métalliques qui pourraient participer au mécanisme réactionnel. Nous avons déterminé par spectroscopie RMN la structure de la tige-boucle SLVI contenant la boucle A730 afin d’éclaircir ce mécanisme. La structure obtenue est en accord avec les études biochimiques antérieures et présente un ou plusieurs sites de liaison au magnésium associé à la boucle interne. Suite à des études de cinétique et de mutagenèse, il a été proposé qu’une adénine localisée dans le site actif, A756, participe à la catalyse par acide/base générale. Des études de pH effectuées précédemment ont identifié un pKa catalytique (5.2-5.8) qui correspond probablement à l’équilibre de protonation du A756. À l’aide de méthodes utilisant le carbone-13, nous avons identifié un pKa modifié appartenant au A756, ce qui supporte le rôle de ce résidu dans la catalyse par acide/base générale. Les études structurales présentées ici aident donc à augmenter notre compréhension du mécanisme de clivage chez le ribozyme VS.

Synthèse et caractérisation physicochimique de peptides de polyglutamines

Neuf maladies neurodégénératives sont le produit de l’expression de gènes mutés, dans lesquels le codon CAG est répété au-delà d’un seuil pathologique. Ceci produit des protéines mutantes dans lesquelles sont insérés des segments de polyglutamines (polyGln), qui perdent leur activité et acquièrent une nouvelle fonction, ce qui est toxique pour le neurone. Ces altérations sont attribuables aux propriétés particulières de la polyGln. En effet, ces dernières possèdent la capacité de s’assembler pour former des corps d’inclusion intracellulaires. Cette propension à l’agrégation de la polyGln rend difficile l’étude de ces pathologies. C’est ainsi que l’utilisation de peptides peut s’avérer une approche avantageuse. Toutefois, la synthèse de polyGln est associée à de nombreuses délétions et nécessite l’ajout de groupements chargés afin de permettre leur purification. Cependant, ce prérequis donne lieu à des interactions électrostatiques qui biaisent la structure et la cinétique d’agrégation de ces peptides, en plus d’interférer avec l’évaluation d’éventuels agents thérapeutiques. L’objectif du projet est de développer un système permettant l’étude de la polyGln en s’affranchissant des effets de charges. Pour ce faire, deux approches ont été explorées, la première utilise la polyGln non chargée et la seconde utilise une structure polyGln-morpholine ayant des charges labiles en fonction du pH. Ces peptides ont été produits en utilisant une approche linéaire de synthèse peptidique sur support solide avec protection maximale des chaînes latérales. La purification a été effectuée par chromatographie de haute performance en phase inverse en milieu acide. Ces stratégies ont permis de produire des peptides de polyGln de grande pureté avec des rendements acceptables. Une procédure de solubilisation des peptides alliant sonication et lyophilisation a été développée afin d’étudier chacun de ces peptides à l’aide de diverses techniques physicochimiques, telles que la diffusion de la lumière, la spectroscopie de résonance magnétique nucléaire, Raman et UV-visible, le dichroïsme circulaire et la microscopie optique polarisée. La polyGln non chargée solubilisée dans le trifluoroéthanol-eau a montré que la taille des particules et la vitesse d’agrégation sont proportionnelles à la fraction volumique en eau. De plus, la structure secondaire en solution est à prédominance alpha et semble être peu sensible à la fraction d’eau jusqu’à un certain seuil (25%) après lequel la structure aléatoire prédomine. L’analyse des agrégats à l’état solide montre des structures hélicoïdales > aléatoires et ont les caractéristiques des fibrilles amyloïdes. Le peptide de polyGln-morpholines a un pKa de 7,3 en milieu aqueux. Il demeure en solution lorsque le pH < pKa et à faible force ionique, alors qu’il s’autoassemble lorsque ces conditions ne sont pas respectées. Ceci suggère que la répulsion électrostatique est responsable de la stabilisation du peptide en solution. La dimension fractale nous indique que le peptide forme des agrégats compacts dont les constituants ont une taille de 2,5 nm, compatibles avec une conformation aléatoire compacte, en coude bêta ou hélicoïdale. Ceci est en accord avec l’étude structurale des peptides en solution qui a montré des espèces aléatoires > bêta > alpha. De plus, en RMN, l’élargissement des signaux du 1Hγ en cours d’agrégation suggère une interaction via les chaînes latérales. Les analyses en phase solide ont plutôt montré une prédominance de structures bêta et alpha. L’inhibition de l’agrégation à pH 8 varie selon rouge de Congo > tréhalose, alors que le peptide liant la polyGln 1 et la thioflavine T ne semble pas avoir d’effet. Ces approches ont donc permis pour la première fois de s’affranchir des effets de charges auparavant inhérents à l’étude de la polyGln en solution et par conséquent d’obtenir des informations inédites quant à la solubilité, la structure et la cinétique d’agrégation. Enfin, le dispositif à charges labiles permet d’évaluer l’efficacité d’éventuels agents thérapeutiques à pH quasi physiologique.

Développement de tensioactifs à base d’acides biliaires pegylés pour des applications pharmaceutiques

Les acides biliaires sont reconnus comme des tensioactifs d’origine biologique potentiellement applicables dans le domaine pharmaceutique. Leurs structures en font une plateforme idéale pour l’obtention de nouvelles architectures polymères. Des composés synthétisés par polymérisation anionique de dérivés d’oxirane comme l’oxyde d’éthylène, offre des dérivés amphiphiles pegylés démontrant des propriétés d’agrégation intéressantes en vue d’une amélioration de la biocompatibilité et de la capacité d’encapsulation médicamenteuse. Une large gamme d’acides biliaires pegylés (BA(EGn)x) a été préparée avec comme objectif premier leurs applications dans la formulation de principes actifs problématiques. Pour cela, une caractérisation rigoureuse du comportement de ces dérivés (modulation de la longueur (2 < n < 19) et du nombre de bras (2 < x < 4) de PEG) en solution a été réalisée. Dans le but d’améliorer la biodisponibilité de principes actifs lipophiles (cas de l’itraconazole), des nanoémulsions spontanées, composées de BA(EGn)x et d’acide oléique, ont été développées. L’évaluation in vitro, de la toxicité (cellulaire), et de la capacité de solubilisation des systèmes BA(EGn)x, ainsi que les paramètres pharmacocinétiques in vivo (chez le rat), suggèrent une livraison contrôlée par nos systèmes auto-assemblés lors de l’administration orale et intraveineuse. Aussi, la synthèse de copolymères en blocs en étoile à base d’acide cholique pegylés a été effectuée par polymérisation anionique par addition d’un second bloc au caractère hydrophobe de poly(éther d’allyle et de glycidyle) (CA(EGn-b-AGEm)4). Selon le ratio de blocs hydrophiles-hydrophobes CA(EGn-b-AGEm)4, des réponses thermiques en solution (LCST) ont été observées par un point de trouble (Cp) entre 8 oC et 37 oC. Un mécanisme de formation d’agrégats en plusieurs étapes est suggéré. La thiolation des allyles des PAGE permet une fonctionnalisation terminale à haute densité, comparable aux dendrimères. Les caractérisations physico-chimiques des CA(EGn-b-AGEm-NH2)4 et CA(EGn-b-AGEm-COOH)4 indiquent la formation de structures auto-assemblées en solution, sensibles à la température ou au pH. Cette fonctionnalisation élargie le domaine d’application des dérivés d’acides biliaires pegylés en étoile vers la transfection d’ADN, la livraison de siRNA thérapeutiques ou encore à une sélectivité de livraison médicamenteux (ex. sensibilité au pH, greffage ligands).

Analyse du métabolisme du soufre de la bactérie autotrophique acidophile Acidithiobacillus thiooxidans ATCC 19377

Les impacts environnementaux dues à l'extraction minière sont considérables. C'est l'action des microorganismes, en utilisant leur métabolisme du soufre sur les déchets miniers, qui engendre les plus grands défis. Jusqu'à présent, peu de recherches ont été effectués sur les microorganismes environnementaux pour la compréhension globale de l'action du métabolisme du soufre dans une optique de prévention et de rémédiation des impacts environnementaux de l'extraction minière. Dans cette étude, nous avons étudié une bactérie environnementale, Acidithiobacillus thiooxidans, dans le but de comprendre le métabolisme du soufre selon le milieu de culture et le niveau d'acidité du milieu. Nous avons utilisé la transcriptomique à haut débit, RNA-seq, en association avec des techniques de biogéochimie et de microscopie à électrons pour déterminer l'expression des gènes codants les enzymes du métabolisme du soufre. Nous avons trouvé que l'expression des gènes des enzymes du métabolisme du soufre chez ce microorganisme sont dépendantes du milieu, de la phase de croissance et du niveau d'acidité présent dans le milieu. De plus, les analyses biogéochimiques montrent la présence de composés de soufre réduits et d'acide sulfurique dans le milieu. Finalement, une analyse par microscopie électronique révèle que la bactérie emmagasine des réserves de soufre dans son cytoplasme. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de son métabolisme et nous rapprochent de la possibilité de développer une technique de prédiction des réactions ayant le potentiel de causer des impacts environnementaux dus à l'extraction minière.

Aprofitament de residus vegetals per a la concentració i separació d'ions metàl·lics de solucions aquoses

La adsorció sobre carbó actiu és un tractament habitual para a l'eliminació de metalls contaminants d'afluents aquosos. Amb la finalitat de reduir el cost dels tractament actuals s'està estudiant la utilització d'adsorbents de baix cost com a substituts dels sorbents convencionals que s'utilitzen usualment en els tractaments d'aigües. En aquesta tesi s'ha avaluat la possibilitat d'aprofitar diversos residus vegetals procedents de processos agrícoles o residus industrials, com a sorbents per a l'eliminació de metalls de solucions aquoses. En concret, el treball s'ha centrat en assolir dos grans objectius, primer de tot, conèixer la possibilitat d'utilitzar el pinyol d'oliva com a adsorbent de metalls divalents de solucions aquoses, com són el Cd(II), Cu(II), Ni(II) i Pb(II), i en segon lloc, avaluar la utilització de quatre residus vegetals (escorça de yohimbe, rapa de raïm, suro i pinyol d'oliva) per a l'extracció de Cr(VI) de solucions aquoses i utilitzar el residu vegetal més apropiat com a base per tal d'obtenir un nou sorbent, amb més bona morfologia per ser utilitzat en sistemes d'eliminació de Cr(VI) en continu. Les dades cinètiques d'adsorció es van tractar amb el model cinètic de pseudo-segon ordre, amb el que es van determinar la velocitat inicial d'adsorció dels metalls. Els models d'isotermes d'equilibri de Langmuir i Freundlich es van utilitzar per descriure els equilibris d'adsorció i calcular els paràmetres de les isotermes. En els assajos amb mescles binàries de metalls, els resultats es van tractar amb el model ampliat de Langmuir. En aquest treball s'ha determinat, primerament, que el pinyol d'oliva és un bon sorbent dels metalls divalents estudiats. S'ha determinat que l'adsorció dels metalls varia amb el pH de la solució i que la presència de sals en la solució provoca una davallada en l'adsorció. També es va determinar la competència en l'adsorció entre els metalls al realitzar assajos en mescles binàries. Amb els estudis d'extracció de Cr(VI) amb els quatre materials s'ha determinat que aquests vegetals poden adsorbir el Cr(VI) en solució, tot i que la rapa i la yohimbe són els materials que presenten unes capacitats d'adsorció més elevades. Les anàlisis amb espectroscòpia electrònica de Raig-X realitzats en la rapa de raïm i la yohimbe en contacte amb Cr(VI) varen demostrar la presència del metall en els dos estats d'oxidació, Cr(VI) i Cr(III), evidenciant la participació del mecanisme de reducció de Cr(VI) en l'adsorció del metall sobre els materials. Amb l'encapsulació de la rapa de raïm es va incrementar significativament la capacitat d'adsorció del metall respecta a la seva utilització en la forma original. Les dades experimentals es van tractar amb un model de difusió i es va determinar el coeficient de difusió en l'adsorció en el sorbent amb diferent percentatge de rapa en l'interior. Finalment s'han realitzat estudis preliminars d'adsorció de crom hexavalent en continu utilitzant columnes de petites dimensions farcides amb el sorbent format per boles de rapa encapsulada en alginat càlcic. En aquests assajos s'ha determinat l'efecte en l'adsorció de metall de diversos paràmetres d'operació, com la concentració inicial de metall, el cabal i l'alçada de llit. El model de transferència de matèria i difusió en columna emprat pel tractament de les dades experimentals va mostrar l'efecte de la concentració inicial i del cabal en els coeficients de difusió i transferència de matèria. El model BDST no va predir correctament el temps de servei en els diferents paràmetres d'operació experimentats a causa de la complexitat del procés d'adsorció. Amb aquests assajos preliminars s'han establert les bases de l'adsorció de Cr(VI) amb el nou sorbent en sistemes en continu amb la finalitat de realitzar estudis posteriors d'eliminació del metall en columnes de majors dimensions.

Mapping the landscape of the lymphocytic choriomeningitis virus stable signal peptide reveals novel functional domains

The stable signal peptide (SSP) of the lymphocytic choriomeningitis virus surface glycoprotein precursor has several unique characteristics. The SSP is unusually long, at 58 amino acids, and contains two hydrophobic domains, and its sequence is highly conserved among both Old and New World arenaviruses. To better understand the functions of the SSP, a panel of point and deletion mutants was created by in vitro mutagenesis to target the highly conserved elements within the SSP. We were also able to confirm critical residues required for separate SSP functions by trans-complementation. Using these approaches, it was possible to resolve functional domains of the SSP. In characterizing our SSP mutants, we discovered that the SSP is involved in several distinct functions within the viral life cycle, beyond translocation of the viral surface glycoprotein precursor into the endoplasmic reticulum lumen. The SSP is required for efficient glycoprotein expression, posttranslational maturation cleavage of GP1 and GP2 by SKI-1/S1P protease, glycoprotein transport to the cell surface plasma membrane, formation of infectious virus particles, and acid pH-dependent glycoprotein-mediated cell fusion.

Synthesis, structure, and redox states of homoleptic d-block metal complexes with bis-1,2,4-triazin-3-yl-pyridine and 1,2,4-triazin-3-yl-bipyridine extractants

it has been established that triazinyl bipyridines (hemi-BTPs) and bis-triazinyl pyridines (BTPs), ligands which are currently being investigated as possible ligands for the separation of actinides from lanthanides in nuclear waste, are able to form homoleptic complexes with first row transition metals such as cobalt(IT), copper(II), iron(II), manganese(II), nickel(II) and zinc(II). The metal complexes exhibit six-co-ordinate octahedral structures and redox states largely analogous to those of the related terpyridine complexes. The reactivity of the different redox states of cobalt bis-hemi-BTP complex in aqueous environments has been studied with two-phase electrochemistry by immobilisation of the essentially water-insoluble metal complexes on graphite electrodes and the immersion of this modified electrode in an aqueous electrolyte. It was found that redox potentials for the metal-centred reactions were pH-independent whereas the potentials for the ligand-centred reactions were strongly pH-dependent. The reductive degradation of these complexes has been investigated by computational methods. Solvent extraction experiments have been carried out for a range of metals and these show that cobalt(II) and nickel(II) as well as palladium(II), cadmium(II) and lead(II) were all extracted with the ligands 1e and 2c with higher distribution ratios that was observed for americium(III) under the same conditions. The implications of this result for the use of these ligands to separate actinides from nuclear waste are discussed. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Lactobacilli antagonize the growth, motility, and adherence of brachyspira pilosicoli: a potential intervention against avian intestinal spirochetosis

Avian intestinal spirochetosis (AIS) results from the colonization of the ceca and colorectum of poultry by pathogenic Brachyspira species. The number of cases of AIS has increased since the 2006 European Union ban on the use of antibiotic growth promoters, which, together with emerging antimicrobial resistance in Brachyspira, has driven renewed interest in alternative intervention strategies. Probiotics have been reported as protecting livestock against infection with common enteric pathogens, and here we investigate which aspects of the biology of Brachyspira they antagonize in order to identify possible interventions against AIS. The cell-free supernatants (CFS) of two Lactobacillus strains, Lactobacillus reuteri LM1 and Lactobacillus salivarius LM2, suppressed the growth of Brachyspira pilosicoli B2904 in a pH-dependent manner. In in vitro adherence and invasion assays with HT29-16E three-dimensional (3D) cells and in a novel avian cecal in vitro organ culture (IVOC) model, the adherence and invasion of B. pilosicoli in epithelial cells were reduced significantly by the presence of lactobacilli (P < 0.001). In addition, live and heat-inactivated lactobacilli inhibited the motility of B. pilosicoli, and electron microscopic observations indicated that contact between the lactobacilli and Brachyspira was crucial in inhibiting both adherence and motility. These data suggest that motility is essential for B. pilosicoli to adhere to and invade the gut epithelium and that any interference of motility may be a useful tool for the development of control strategies.

Thermodynamic characterization of the palm tree Roystonea regia peroxidase stability

The structural stability of a peroxidase, a dimeric protein from royal palm tree (Roystonea regia) leaves, has been characterized by high-sensitivity differential scanning calorimetry, circular dichroism, steady-state tryptophan fluorescence and analytical ultracentifugation under different solvent conditions. It is shown that the thermal and chemical (using guanidine hydrochloride (Gdn-HCl)) folding/unfolding of royal palm tree peroxidase (RPTP) at pH 7 is a reversible process involving a highly cooperative transition between the folded dimer and unfolded monomers, with a free stabilization energy of about 23 kcal per mol of monomer at 25 degrees C. The structural stability of RPTP is pH-dependent. At pH 3, where ion pairs have disappeared due to protonation, the thermally induced denaturation of RPTP is irreversible and strongly dependent upon the scan rate, suggesting that this process is under kinetic control. Moreover, thermally induced transitions at this pH value are dependent on the protein concentration, allowing it to be concluded that in solution RPTP behaves as dimer, which undergoes thermal denaturation coupled with dissociation. Analysis of the kinetic parameters of RPTP denaturation at pH 3 was accomplished on the basis of the simple kinetic scheme N ->(k) D, where k is a first-order kinetic constant that changes with temperature, as given by the Arrhenius equation; N is the native state, and D is the denatured state, and thermodynamic information was obtained by extrapolation of the kinetic transition parameters to an infinite heating rate. Obtained in this way, the value of RPTP stability at 25 degrees C is ca. 8 kcal per mole of monomer lower than at pH 7. In all probability, this quantity reflects the contribution of ion pair interactions to the structural stability of RPTP. From a comparison of the stability of RPTP with other plant peroxidases it is proposed that one of the main factors responsible for the unusually high stability of RPTP which enhances its potential use for biotechnological purposes, is its dimerization. (c) 2008 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Novel Zn(2+)-binding Sites in Human Transthyretin IMPLICATIONS FOR AMYLOIDOGENESIS AND RETINOL-BINDING PROTEIN RECOGNITION

Human transthyretin (TTR) is a homotetrameric protein involved in several amyloidoses. Zn(2+) enhances TTR aggregation in vitro, and is a component of ex vivo TTR amyloid fibrils. We report the first crystal structure of human TTR in complex with Zn(2+) at pH 4.6-7.5. All four structures reveal three tetra-coordinated Zn(2+)-binding sites (ZBS 1-3) per monomer, plus a fourth site (ZBS 4) involving amino acid residues from a symmetry-related tetramer that is not visible in solution by NMR.Zn(2+) binding perturbs loop E-alpha-helix-loop F, the region involved in holo-retinol-binding protein (holo-RBP) recognition, mainly at acidic pH; TTR affinity for holo-RBP decreases similar to 5-fold in the presence of Zn(2+). Interestingly, this same region is disrupted in the crystal structure of the amyloidogenic intermediate of TTR formed at acidic pH in the absence of Zn(2+). HNCO and HNCA experiments performed in solution at pH 7.5 revealed that upon Zn(2+) binding, although the alpha-helix persists, there are perturbations in the resonances of the residues that flank this region, suggesting an increase in structural flexibility. While stability of the monomer of TTR decreases in the presence of Zn(2+), which is consistent with the tertiary structural perturbation provoked by Zn(2+) binding, tetramer stability is only marginally affected by Zn(2+). These data highlight structural and functional roles of Zn(2+) in TTR-related amyloidoses, as well as in holo-RBP recognition and vitamin A homeostasis.