Integration and visualization of systems biology data in context of the genome

Background: High-density tiling arrays and new sequencing technologies are generating rapidly increasing volumes of transcriptome and protein-DNA interaction data. Visualization and exploration of this data is critical to understanding the regulatory logic encoded in the genome by which the cell dynamically affects its physiology and interacts with its environment. Results: The Gaggle Genome Browser is a cross-platform desktop program for interactively visualizing high-throughput data in the context of the genome. Important features include dynamic panning and zooming, keyword search and open interoperability through the Gaggle framework. Users may bookmark locations on the genome with descriptive annotations and share these bookmarks with other users. The program handles large sets of user-generated data using an in-process database and leverages the facilities of SQL and the R environment for importing and manipulating data. A key aspect of the Gaggle Genome Browser is interoperability. By connecting to the Gaggle framework, the genome browser joins a suite of interconnected bioinformatics tools for analysis and visualization with connectivity to major public repositories of sequences, interactions and pathways. To this flexible environment for exploring and combining data, the Gaggle Genome Browser adds the ability to visualize diverse types of data in relation to its coordinates on the genome. Conclusions: Genomic coordinates function as a common key by which disparate biological data types can be related to one another. In the Gaggle Genome Browser, heterogeneous data are joined by their location on the genome to create information-rich visualizations yielding insight into genome organization, transcription and its regulation and, ultimately, a better understanding of the mechanisms that enable the cell to dynamically respond to its environment.

Cooperative framework for open real-time systems

Actualmente, os sistemas embebidos estão presentes em toda a parte. Embora grande parte da população que os utiliza não tenha a noção da sua presença, na realidade, se repentinamente estes sistemas deixassem de existir, a sociedade iria sentir a sua falta. A sua utilização massiva deve-se ao facto de estarem practicamente incorporados em quase os todos dispositivos electrónicos de consumo, telecomunicações, automação industrial e automóvel. Influenciada por este crescimento, a comunidade científica foi confrontada com novos problemas distribuídos por vários domínios científicos, dos quais são destacados a gestão da qualidade de serviço e gestão de recursos - domínio encarregue de resolver problemas relacionados com a alocação óptima de recursos físicos, tais como rede, memória e CPU. Existe na literatura um vasto conjunto de modelos que propõem soluções para vários problemas apresentados no contexto destes domínios científicos. No entanto, não é possível encontrar modelos que lidem com a gestão de recursos em ambientes de execução cooperativos e abertos com restrições temporais utilizando coligações entre diferentes nós, de forma a satisfazer os requisitos não funcionais das aplicações. Devido ao facto de estes sistemas serem dinâmicos por natureza, apresentam a característica de não ser possível conhecer, a priori, a quantidade de recursos necessários que uma aplicação irá requerer do sistema no qual irá ser executada. Este conhecimento só é adquirido aquando da execução da aplicação. De modo a garantir uma gestão eficiente dos recursos disponíveis, em sistemas que apresentam um grande dinamismo na execução de tarefas com e sem restrições temporais, é necessário garantir dois aspectos fundamentais. O primeiro está relacionado com a obtenção de garantias na execução de tarefas de tempo-real. Estas devem sempre ser executadas dentro da janela temporal requirida. O segundo aspecto refere a necessidade de garantir que todos os recursos necessários à execução das tarefas são fornecidos, com o objectivo de manter os níveis de performance quer das aplicações, quer do próprio sistema. Tendo em conta os dois aspectos acima mencionados, o projecto CooperatES foi especificado com o objectivo de permitir a dispositivos com poucos recursos uma execução colectiva de serviços com os seus vizinhos, de modo a cumprir com as complexas restrições de qualidade de serviço impostas pelos utilizadores ou pelas aplicações. Decorrendo no contexto do projecto CooperatES, o trabalho resultante desta tese tem como principal objectivo avaliar a practicabilidade dos conceitos principais propostos no âmbito do projecto. O trabalho em causa implicou a escolha e análise de uma plataforma, a análise de requisitos, a implementação e avaliação de uma framework que permite a execução cooperativa de aplicações e serviços que apresentem requisitos de qualidade de serviço. Do trabalho desenvolvido resultaram as seguintes contribuições: Análise das plataformas de código aberto que possam ser utilizadas na implementação dos conceitos relacionados com o projecto CooperatES; Critérios que influenciaram a escolha da plataforma Android e um estudo focado na análise da plataforma sob uma perspectiva de sistemas de tempo-real; Experiências na implementação dos conceitos do projecto na plataforma Android; Avaliação da practicabilidade dos conceitos propostos no projecto CooperatES; Proposta de extensões que permitam incorporar características de sistemas de tempo real abertos na plataforma Android.

Optimized near real-time remote device tracking and monitoring system

Os serviços baseados em localização vieram dar um novo alento à criatividade dos programadores de aplicações móveis. A vulgarização de dispositivos com capacidades de localização integradas deu origem ao desenvolvimento de aplicações que gerem e apresentam informação baseada na posição do utilizador. Desde então, o mercado móvel tem assistido ao aparecimento de novas categorias de aplicações que tiram proveito desta capacidade. Entre elas, destaca-se a monitorização remota de dispositivos, que tem vindo a assumir uma importância crescente, tanto no sector particular como no sector empresarial. Esta dissertação começa por apresentar o estado da arte sobre os diferentes sistemas de posicionamento, categorizados pela sua eficácia em ambientes internos ou externos, assim como diferentes protocolos de comunicação em tempo quase-real. É também feita uma análise ao estado actual do mercado móvel. Actualmente o mercado possui diferentes plataformas móveis com características únicas que as fazem rivalizar entre si, com vista a expandirem a sua quota de mercado. É por isso elaborado um breve estudo sobre os sistemas operativos móveis mais relevantes da actualidade. É igualmente feita uma abordagem mais profunda à arquitectura da plataforma móvel da Apple - o iOS – que serviu de base ao desenvolvimento de uma solução optimizada para localização e monitorização de dispositivos móveis. A monitorização implica uma utilização intensiva de recursos energéticos e de largura de banda que os dispositivos móveis da actualidade não estão aptos a suportar. Dado o grande consumo energético do GPS face à precária autonomia destes dispositivos, é apresentado um estudo em que se expõem soluções que permitem gerir de forma optimizada a utilização do GPS. O elevado custo dos planos de dados facultados pelas operadoras móveis é também considerado, pelo que são exploradas soluções que visam minimizar a utilização de largura de banda. Deste trabalho, nasce a aplicação EyeGotcha, que para além de permitir localizar outros utilizadores de dispositivos móveis de forma optimizada, permite também monitorizar as suas acções baseando-se num conjunto de regras pré-definidas. Estas acções são reportadas às entidades monitoras, de modo automatizado e sob a forma de alertas. Visionando-se a comercialização da aplicação, é portanto apresentado um modelo de negócio que permite obter receitas capazes de cobrirem os custos de manutenção de serviços, aos quais o funcionamento da aplicação móvel está subjugado.

Implementação de plataforma web e android no âmbito da associação Anddvis

Trabalho de Projeto apresentado ao Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto para a obtenção do grau de Mestre em Marketing Digital, sob orientação do Mestre Paulo Gonçalves

WIFI indoor positioning for mobile devices, an application for the UJI Smart Campus

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Desenvolupament d'una aplicació Android per a Moodle

L'evolució que la tecnologia de les comunicacions sense fils ha experimentat en els darrers anys permet que avui en dia els dispositius mòbils proporcionin una resposta més que acceptable. Ja s'han superat molts dels problemes de mobilitat, d'infraestructura i d'ample de banda que fins ara dificultaven l'ús d'aquests dispositius. Aquest fet ha fomentat l'expansió de diferents sistemes dels que es pot destacar Android, iPhone OS i Windows Mobile/Windows Phone 7. Els dos primers són els que actualment es disputen el lideratge del mercat dels dispositius i aplicacions mòbils i és Android el que ha experimentat el major creixement els darrers anys. Paral·lelament, la constant introducció de programari d'e-learning destinat a activitats de formació no presencial basades en Internet ha permès arribar a milions d'usuaris en diferents àmbits, com ara universitats, empreses i institucions d'arreu del món. D'aquest conjunt de programari destaca Moodle, suite de codi obert que permet crear llocs web de formació en línia de forma senzilla i eficaç.Aquest Projecte de Final de Carrera, emmarcat en l'àrea de Xarxes de Computadors, conjugaaquests tres conceptes mitjançant el desenvolupament d'una aplicació per a dispositius mòbils Android que connecta a un servidor Moodle. La comunicació entre ells utilitza intensivament les xarxes sense fils i fa crides als serveis que aquest ofereix gràcies als Web Services, mètode de comunicacions composat d'un conjunt de protocols i de programari que permet la comunicació entre dos dispositius a través de la xarxa.

Implantación de plataforma de visualización de Worldsensing en dispositivos con sistema operativo Android

El documento muestra el desarrollo de una aplicación para móviles con Sistema Operativo Android. Esta aplicación muestra, por medio de Google Maps, la localización de plazas de aparcamiento con ayuda del sistema de sensores instalado por Worldsensing.

Estudio de alternativas para el desarrollo del proyecto FastPark

Este documento recoge un estudio i valoración de las herramientas de desarrollo "cross-platform" para el desarrollo de aplicaciones para dispositivos móviles, utilizando tecnologia HTML5 i Javascript.

Preventive medicine for epidemic outbreaks and risky behavior through mobile devices and ubiquitous computing

In this work, we have developed the first free software for mobile devices with the Android operating system that can preventively mitigate the number of contagions of sexually transmitted infections (STI), associated with risk behavior. This software runs in two modes. The normal mode allows the user to see the alerts and nearby health centers. The second mode enables the service to work in the background. This software reports the health risks, as well as the location of different test centers.

eDenuncia : Creació d'una aplicació mòbil per a dispositius Android

La realització d'aquest projecte pretén desenvolupar una aplicació mòbil que permeti a l'usuari documentar queixes sobre aspectes de l'espai o dels equipaments públics que són responsabilitat de les administracions amb el suport d'imatges i d'informació de localització precisa, per tal de ser enviades en forma de correu electrònic als destinataris més adients.

Horizontal innovation in the theory of growth and development

We analyze recent contributions to growth theory based on the model of expanding variety of Romer (1990). In the first part, we present different versions of the benchmark linear model with imperfect competition. These include the labequipment model, labor-for-intermediates and directed technical change . We review applications of the expanding variety framework to the analysis of international technology diffusion, trade, cross-country productivity differences, financial development and fluctuations. In many such applications, a key role is played by complementarities in the process of innovation.

Multi-purpose infrastructure for delivering and supporting mobile context-aware applications

The use of contextual information in mobile devices is receiving increasing attention in mobile and ubiquitous computing research. An important requirement for mobile development today is that devices should be able to interact with the context. In this paper we present a series of contributions regarding previous work on context-awareness. In the first place, we describe a client-server architecture that provides a mechanism for preparing target non context-aware applications in order to be delivered as context-aware applications in a semi-automatic way. Secondly, the framework used in the server to instantiate specific components for context-awareness, the Implicit Plasticity Framework, provides independence from the underlying mobile technology used in client device, as it is shown in the case studies presented. Finally, proposed infrastructure deals with the interaction among different context constraints provided by diverse sensors. All of these contributions are extensions to the infrastructure based on the Dichotomic View of plasticity, which now offers multi-purpose support.

Aplicación móvil GStock

Aplicación de servicio móvil destinada a ofrecer la posibilidad de realizar pedidos entre establecimientos y sus proveedores de manera sencilla y rápida.

The role of advanced nursing in lung cancer: A framework based development.

PURPOSE: Advanced Practice Lung Cancer Nurses (APLCN) are well-established in several countries but their role has yet to be established in Switzerland. Developing an innovative nursing role requires a structured approach to guide successful implementation and to meet the overarching goal of improved nursing sensitive patient outcomes. The "Participatory, Evidence-based, Patient-focused process, for guiding the development, implementation, and evaluation of advanced practice nursing" (PEPPA framework) is one approach that was developed in the context of the Canadian health system. The purpose of this article is to describe the development of an APLCN model at a Swiss Academic Medical Center as part of a specialized Thoracic Cancer Center and to evaluate the applicability of PEPPA framework in this process. METHOD: In order to develop and implement the APLCN role, we applied the first seven phases of the PEPPA framework. RESULTS: This article spreads the applicability of the PEPPA framework for an APLCN development. This framework allowed us to i) identify key components of an APLCN model responsive to lung cancer patients' health needs, ii) identify role facilitators and barriers, iii) implement the APLCN role and iv) design a feasibility study of this new role. CONCLUSIONS: The PEPPA framework provides a structured process for implementing novel Advanced Practice Nursing roles in a local context, particularly where such roles are in their infancy. Two key points in the process include assessing patients' health needs and involving key stakeholders.

Anàlisi i disseny d'una aplicació gestora de curses via GPS per a dispositius mòbils amb SO Android

Aquest treball consisteix en analitzar la viabilitat d'una aplicació gestora de curses via GPS per a dispositius Android i, en cas afirmatiu, desenvolupar-ne un prototip. Per tal d'aconseguir-ho, es passa per una sèrie de fases d'estudi de l'aplicació i d'aprenentatge en la implementació.