Variabilidad genética de subpoblaciones de Anopheles vestitipennis(Díptera: culicidae) mediante el uso de RAPD-PCR

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Entomología Médica) UANL

Caracterización de Germoplasma sobresaliente de papa solanum tuberosum L. en México mediante RAPD y SSR

1Tesis ( Doctor en Ciencias con Especialidad en Biotecnología ) U.A.N.L.

Evaluation of Somaclonal Variation in Callus Cultures of Jatropha curcas Maintained on Different Hormonal Combinations Using RAPD Markers

Random genetic changes generated during in vitro culture are not desirable for plant micropropagation and genetic transformation. RAPD markers were used to detect the variation in leaf disc callus cultures of Jatropha curcas, maintained in Murashige and Skoog (MS) medium with different auxin and cytokinin combinations. In total 41 scorable bands were produced with 11 primers. Out of 41 bands, 37 were polymorphic (91.12%). The average number of polymorphic bands was 3.36 per primer. The highest similarity (0.82) with mother plant was seen in callus maintained on MS with hormonal combination Indole butyric acid - 0.4mg/l+ N6-benzyladenine purine - 4.0 mg/l. The callus grown on MS with hormonal combinations IBA- 0.4mg/l+ BAP- 2.0mg/l, IBA- 0.4mg/l+ BAP- 2.5mg/l and IBA- 0.6 mg/l+ BAP- 2.0 mg/l also showed similarity with the mother plant. Callus maintained on MS with hormonal combination IBA- 0.2mg/l+ BAP- 2.0 mg/l was found to show least similarity (0.53) with mother plant

Identification of Hammondia heydorni oocysts by a heminested-PCR (hnPCR-AP10) based on the H-heydorni RAPD fragment AP10

Toxoplasma gondii, Hammondia hammondi, Neospora caninum, Neospora hughesi and Hammondia heydorni are members of the Toxoplasmatinae sub-family. They are closely related coccidians with similarly sized oocysts. Molecular diagnostic techniques, especially those based on polymerase chain reaction (PCR), can be successfully applied for the differentiation of Hammondia-like oocysts. In this paper, we describe a rapid and simple method for the identification of H. heydorni oocysts among other members of the Toxoplasmatinae sub-family, using a heminested-PCR (hnPCR-AP10) based on a H. heydorni RAPD fragment available in molecular database. DNA of oocysts of H. heydorni yielded a specific fragment of 289-290 bp in the heminested-PCR assay. No product was yielded when the primers were used for the amplification of DNA extracted from T. gondii, N. caninum, N. hughesi and H. hammondi, thus allowing the differentiation of H. heydorni among other members of the Toxoplasmatinae sub-family. The hnPCR-AP10 was capable of detecting H. heydorni genetic sequences from suspensions with at least 10 oocysts. In conclusion, the hnPCR-AP10 proved to be a reliable method to be used in the identification of H. heydorni oocysts from feces of dogs. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

GENOTYPE CHARACTERIZATION OF THE Haematobia irritans (DIPTERA: MUSCIDAE) FROM BRAZIL, DOMINICAN REPUBLIC AND COLOMBIA BASED ON RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) ANALYSIS

Blood-sucking flies are important parasites in animal production systems, especially regarding confinement conditions. Haematobia irritans, the horn fly, is one of the most troublesome species within bovine production systems, due to the intense stress imposed to the animals. H. irritans is one of the parasites of cattle that cause significant economic losses in many parts of the world, including South America. In the present work, Brazilian, Colombian and Dominican Republic populations of this species were studied by Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) to assess basically genetic variability between populations. Fifteen different decamer random primers were employed in the genomic DNA amplification, yielding 196 fragments in the three H. irritans populations. Among h. irritans samples, that from Colombia produced the smallest numbers of polymorphic hands. This high genetic homogeneity may be ascribed to its geographic origin, which causes high isolation, low gene flow, unlike the other American populations, from Brazil and Dominican Republic. Molecular marker fragments, which its produced exclusive bands, detected in every sample enabled the population origin to be characterized, but they are also potentially useful for further approaches such as the putative origin of Brazilian, Colombian and Dominican Republic populations of horn fly from South America. Similarity indices produced by chemo metric analysis showed the closest relationships between flies from Brazil and Dominican Republic, while flies from Colombia showed the greatest genotypic differentiation relative to the others populations.

Genotipificação de amostras sorotipificáveis e não sorotipificáveis de Actinobacillus pleuropneumoniae através de RAPD.

Actinobacillus pleuropneumoniae é o agente etiológico da pleuropneumonia suína, enfermidade amplamente distribuída no rebanho suíno mundial, responsável por prejuízos econômicos relevantes. Possui 12 sorotipos, determinados por técnicas de sorotipificação. Além disso é descrita a ocorrência de amostras não sorotipificáveis. O conhecimento do sorotipo prevalente nos surtos da enfermidade é necessário aos programas de profilaxia. Procurando contornar as dificuldades normalmente encontradas na sorotipificação de A. pleuropneumpnoae, a técnica de RAPD foi avaliada na genotipificação de amostras sorotipificáveis e não sorotipificáveis do agente. Foram utilizados amostras ATCC dos 12 sorotipos e amostras dos sorotipos, 1, 3, 5a, 5b, 7, 11 e 12 isolados no Brasil. Os primers OPG e OPG-19, utilizados individualmente nas reações, foram mais adequados para a diferenciação dos sorotipos. O primer OPG-19 detectou polimorfismos semelhantes entrer os sorotipos 1, 3, 4, 5 e 11; e sorotipos 7 e 12. O perfil de RAPD detectado pelo primier OPGF-10 diferenciou os isolados de campo dos sorotipos 1, 7, 11 e 12. Os sorotipos 3 e 5 apresentaram padrão de RAPD semelhantes, sendo diferenciados pelo perfil de exotoxinas característico, determinado previamente através de PCR. Este primer identificou quatro diferentes perfis de RAPD no sorotipo 3. Um destes foi semelhante ao obtido como sorotipo 11. Neste isolado, foi detecta a presença dos genes para ApxI e ApxII, características do sorotipo 11. As amostras do sorotipo 4 apresentaram perfil de RAPD semelhante ao identificado nos sorotipos 3 ou 5 com o primeir OPG-10, sendo identificada, por PCR, a presença dos genes para ApxI e ApxI, os quais não são característicos do sorotipo. Estas amostras foram isoladas em anos posteriores à amostras dos sorotipos 3 e 5 analisadas. Foi possível caracterizar 14 das 14 amostras não sorotipificáveis de A.pleuropneumpniae obtidas de suínos com sinais da doença. Entre as 4 amostras não sorotipificáveis isoladas de leitões sem sinais clínicos, apenas uma foi caracterizada através de RAPD. É possível que as demais amostras sejam outrtas bactérias NAD-dependente isoladas do trato respiratório de suínos. Amostras caracterizadas como A. minor e A. indolicus apresentaram perfis de RAPD divergentes dos identificados em isolados puros de A. pleuropneumoniae, comprovando a capacidade da técnica na caracterização do agente. Diferentes amostras do mesmo sorotipo de A. pleuropneumoniae apresentaram polimorfismos de RAPD idênticos, demonstrando reprodutividade da técnica. Os resultados comprovam a capacidade de tipificação de A. Pleuropneumoniae através de RAPD. A pesquisa de primers adequados para a diferenciação dos sorotipos 3, 4 e 5 aprimorar sua caracterização, o que pode vir a contribuir com as técnicas de sorotipificação tradicionalmente utilizados, ou permitir o uso como método de confirmação nas amostras cuja sorotipificação é problemática.

Caracterização de espécies brasileiras de Adesmia DC. por RAPD

Dentro do gênero Adesmia, as técnicas moleculares ainda não foram empregadas na caracterização de germoplasma e na análise da diversidade genética das espécies brasileiras que compôem o gênero. Portanto os objetivos deste trabalho foram: caracterizar, com a utilização de marcador molecular do tipo RAPD, as espécies brasileiras do gênero Adesmia DC; com base nestas informações estabelecer relações de diversidade genética entre as espécies e os acessos analisados; relacionar dados de diversidade com dados morfológicos e de reprodução.

Caracterização por susceptibilidade a antimicrobianos, PCR-ribotipificação e RAPD de Salmonella Enteritidis envolvidas em surtos de doenças veiculadas por alimentos ocorridas no Rio Grande do Sul, nos anos de 2001 e 2002

A Salmonella é uma das principais causas de doenças transmitidas por alimentos em todo o mundo, sendo que no Rio Grande do Sul ela tem sido apontada como o principal agente de toxinfecções alimentares nos últimos anos. Nesse trabalho, foram caracterizadas linhagens de Salmonella isoladas de alimentos envolvidos em Salmoneloses ocorridas no Rio Grande do Sul, no período de 2001 a 2002. Entre os 85 isolados investigados, 79 (93%) foram sorotipificados como S. Enteritidis, enquanto os outros seis isolados foram classificados como S. Javiana (n=1), S. Infantis (n=1), S. Agona (n=1), S. Typhimurium (n=1) e S. enterica subsp. enterica (1,4,5) (n=2). A resistência das amostras de S. Enteritidis a dez agentes antimicrobianos foi investigada. De modo geral, altas porcentagens de sensibilidade foram verificadas. As maiores porcentagens de resistência foram apresentadas em relação ao ácido nalidíxico (21,5%), à gentamicina (12,7%) e à estreptomicina (11,4%). A resistência a um ou mais antimicrobianos foi verificada em 30 amostras (37,97%), o que permitiu que os isolados fossem agrupados em 32 perfis de susceptibilidade. Apenas duas amostras apresentaram resistência múltipla a quatro drogas. Quando os isolados de S. Enteritidis foram submetidos à PCR-Ribotipificação, somente dois perfis (R1 e R2) foram identificados, sendo que o perfil R1 agrupou 92,4% dos isolados. . Os mesmos isolados também foram analisados por RAPD, sendo possível identificar quatro perfis de bandas (A a D). O perfil A agrupou 81% das amostras, enquanto os perfis B, C e D agruparam 9%, 5% e 5% dos isolados, respectivamente. Os resultados das análises de PCR-Ribotipificação e de RAPD sugerem que uma mesma linhagem de S. Enteritidis foi isolada a partir de alimentos envolvidos em Salmoneloses ocorridas em diferentes cidades do Estado durante o período de 2001 a 2002.

RAPD marker use for improving resistance to Helicoverpa zea in corn

Helicoverpa zea is responsible for great losses to the corn, Zen mays L., crops final productivity, and the best way to control it is by improving genetic resistance. In collaboration with corn improvement and increasing resistance to insects through molecular marker assisted selection, this work had as an objective the selection of resistant (RP) and susceptible progenies (SP) to H. zea based on the RAPD technique. Molecular markers were Found, among the resistant progenies and it is suggested that linkage of these within the Zapalote Chico corn race, be used to extract resistance genes from this race as a donor. The progenies were selected from a population of half-sibs exhibiting a broader genetic base (FCAVJ-VF14). After DNA extraction, two sample bulks were formed; one made up of the six most resistant plants, the other of the six least resistant plants. Eighty-six primers were tested for PCR reactions with the resistant and susceptible bulks and analyzed on agarose electrophoresis for the detection of RAPD band polymorphism. The results of the banding patterns and similarity values indicated a nucleotide sequence amplified by the primer OPC-2 as a possible molecular marker for the identification of resistant progenies and a homology region between them and the Zapalote Chico corn race.

Soroprevalência da infecção pelo Trypanosoma cruzi no município de Caicó, RN, e caracterização genética por RAPD do parasito isolado de humanos e de triatomíneos no semiárido potiguar

Trypanosoma cruzi infection was evaluated in 390 resident individuals in different rural communities of Caicó municipality, State of Rio Grande do Norte (RN). Of 28 investigated communities the soroprevalence of T. cruzi infection was 2.8% in eight rural communities individuals. The epidemiological characteristics of seropositive shown that the age ranged from 22 to 64 years, being significantly raised from 31 years (90.9%). The female gender was predominant and low education degree. Those individuals reported that they never donated blood, but they had direct contact with triatomines bug. The isolation of the parasite was performed by blood culture and xenoculture methods to determine the genetic variability of the samples. Twenty seven T. cruzi isolates were analyzed by RAPD as genetic marker using three random primers (M13-40, gt11-F and L15996). The T. cruzi isolates showed 73.7% of shared bands considering the average obtained with the three primers, and were genetically well correlated. Using this marker it was possible to separate the populations of the parasite in three distinct groups. The first group composed by isolates obtained of triatomines and humans from four different districts (Caicó, Caraúbas, Serra Negra doNorte and Governador Dix-Sept Rosado); the second contained isolates obtained of triatomines of two different species (T. brasiliensis and P. lutzi) captured in Caraúbas and Serra Negra do Norte. The third grouped isolates obtained from humans of Angicos and Caicó municipalities. In different localities of distinct mesoregions, State of RN, a profile genetic well correlated was identified among all isolates and the presence of three distinct groups of the parasite circulating among vertebrate and invertebrate hosts

Caracterização molecular de isolados de Flavobacterium columnare de tilapia do nilo e piracanjuba por meio de RAPD-PCR

Flavobacterium columnare is a cosmopolite bacteria and it is one of the main problem in Brazilian aquaculture, causing high mortalities index and economic damage. The main factors that contribute to columnaris disease are inadequate water quality, excess handling, high density of fish and temperature variations. For a successful epidemiological study and disease control, it is essential to differentiate the F. columnare from other yellow pigmentation bacteria. The present study used molecular techniques to characterize, by RAPD-PCR, two strains of F. columnare isolated from Oreochromis niloticus and Brycon orbignyanus. Data were analyzed as binary (0 and 1) and a genetic similarity matrix was generated by Jaccard's coefficient. Cluster analysis was performed by the neighbor joining method. The RAPD-PCR technique confirmed to be a usefull tool to obtain genetic profiles from F. columnare isolates based on the oligonucleotides used and to verify genetic similarity.

Characterization of the genetic variability among Caesalpinia pulcherrima (L.) Sw. (Fabaceae) plants using RAPD molecular markers

O flamboyanzinho (Caesalpinia pulcherrima, Fabaceae) é muito utilizado como cerca-viva e na arborização de ruas, parques e jardins. de florescimento exuberante, suas flores podem apresentar coloração rosa, laranja ou amarela, conforme a variedade. Como características florais são essenciais para a definição do valor comercial de espécies ornamentais, o objetivo principal do trabalho foi verificar a existência de polimorfismo entre plantas de C. pulcherrima, que produzem flores de diferentes colorações, por marcadores moleculares RAPD. Foram escolhidas aleatoriamente 30 plantas adultas, cultivadas no município de Jaboticabal, Estado de São Paulo, para a retirada de amostras foliares para a extração de DNA. Dentre essas matrizes, 20 possuem flores alaranjadas, oito, flores amarelas, e apenas duas produzem flores de coloração rosa. Dos 140 primers de RAPD avaliados, 94 foram capazes de ampliar fragmentos definidos, gerando 246 bandas, das quais se observou 100% de bandas monomórficas, indicando que nenhum dos primers utilizados detectou polimorfismo entre os tratamentos. Concluiu-se que a técnica para detecção de polimorfismo por marcadores RAPD não foi eficiente, e que existe a necessidade de se testarem marcadores moleculares mais específicos. Além disso, a característica morfológica cor de flor é, possivelmente, controlada por vários genes ou pela combinação deles.

Caracterização de três genótipos de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) por marcadores RAPD

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Marcadores RAPD para detecção de resistência à ferrugem-asiática-da-soja

Os objetivos deste trabalho foram confirmar a herança da resistência da PI 459025 (Rpp4) à ferrugem-asiática-da-soja e identificar marcadores moleculares do tipo RAPD, ligados a este gene de resistência, em populações de soja. Pelo cruzamento dos genitores contrastantes PI 459025 x Coodetec 208 obteve-se uma população, cujas populações das gerações F2 e F2:3 foram artificialmente infectadas e avaliadas quanto à reação ao fungo Phakopsora pachyrhizi, pelo tipo de lesão (RB - resistente e TAN - suscetível). Com os resultados da avaliação fenotípica, dois bulks foram obtidos com DNA de plantas homozigóticas resistentes e suscetíveis, respectivamente, pela análise de bulks segregantes. de 600 iniciadores RAPD aleatórios, foram identificados três com fragmentos polimórficos entre os bulks e parentais contrastantes quanto à resistência. Pela análise do qui-quadrado, confirmaram-se: a herança monogênica, com dominância completa quanto à resistência ao patógeno, e a segregação 3:1 para a presença de banda dos três marcadores. Os três marcadores são ligados respectivamente a 5,1, 6,3 e 14,7 cM de distância do loco de resistência, em fase de repulsão no grupo de ligação G, o que foi confirmado pela utilização do marcador microssatélite Satt288. Estes marcadores são promissores na seleção assistida para resistência à ferrugem-asiática-da-soja.

AVALIAÇÃO DE PLANTAS MATRIZES DE ABACAXIZEIRO CULTIVAR SMOOTH CAYENNE UTILIZANDO MARCADORES RAPD E PADRÕES ISOENZIMÁTICOS

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)