Clustering algorithms and shape factor methods to discriminate among small GTPase phenotypes using DIC image analysis.

Naïvement perçu, le processus d’évolution est une succession d’événements de duplication et de mutations graduelles dans le génome qui mènent à des changements dans les fonctions et les interactions du protéome. La famille des hydrolases de guanosine triphosphate (GTPases) similaire à Ras constitue un bon modèle de travail afin de comprendre ce phénomène fondamental, car cette famille de protéines contient un nombre limité d’éléments qui diffèrent en fonctionnalité et en interactions. Globalement, nous désirons comprendre comment les mutations singulières au niveau des GTPases affectent la morphologie des cellules ainsi que leur degré d’impact sur les populations asynchrones. Mon travail de maîtrise vise à classifier de manière significative différents phénotypes de la levure Saccaromyces cerevisiae via l’analyse de plusieurs critères morphologiques de souches exprimant des GTPases mutées et natives. Notre approche à base de microscopie et d’analyses bioinformatique des images DIC (microscopie d’interférence différentielle de contraste) permet de distinguer les phénotypes propres aux cellules natives et aux mutants. L’emploi de cette méthode a permis une détection automatisée et une caractérisation des phénotypes mutants associés à la sur-expression de GTPases constitutivement actives. Les mutants de GTPases constitutivement actifs Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V ont été analysés avec succès. En effet, l’implémentation de différents algorithmes de partitionnement, permet d’analyser des données qui combinent les mesures morphologiques de population native et mutantes. Nos résultats démontrent que l’algorithme Fuzzy C-Means performe un partitionnement efficace des cellules natives ou mutantes, où les différents types de cellules sont classifiés en fonction de plusieurs facteurs de formes cellulaires obtenus à partir des images DIC. Cette analyse démontre que les mutations Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V induisent respectivement des phénotypes amorphe, allongé, rond et large qui sont représentés par des vecteurs de facteurs de forme distincts. Ces distinctions sont observées avec différentes proportions (morphologie mutante / morphologie native) dans les populations de mutants. Le développement de nouvelles méthodes automatisées d’analyse morphologique des cellules natives et mutantes s’avère extrêmement utile pour l’étude de la famille des GTPases ainsi que des résidus spécifiques qui dictent leurs fonctions et réseau d’interaction. Nous pouvons maintenant envisager de produire des mutants de GTPases qui inversent leur fonction en ciblant des résidus divergents. La substitution fonctionnelle est ensuite détectée au niveau morphologique grâce à notre nouvelle stratégie quantitative. Ce type d’analyse peut également être transposé à d’autres familles de protéines et contribuer de manière significative au domaine de la biologie évolutive.

Le Projet SI–RIL et l’intégration de la technologie dans le réseau de la santé du Québec

Le Projet SI–RIL a pour objectif d’améliorer l’accessibilité, la rapidité et la continuité des services de santé à Laval en permettant un échange d’information clinique entre les établissements du réseau de la santé, les cliniques médicales et les services diagnostiques publics et privés de Laval. Ce projet bien qu’ayant reçu un avis favorable de la Commission d’Accès à l’Information du Québec soulève néanmoins certaines questions que le présent article vise à mettre de l’avant

Contrat de communication électronique de longue durée entre commerçants utilisant un « réseau ouvert »

"Le contrat-type que voici est une adaptation d’un précédent contrat dont l’intitulé était « Contrat-type d’échange de documents informatisés (EDI) par le biais des « réseaux ouverts » ». La première version de ce contrat-type visait expressément les échanges de documents informatisés (EDI), on l’aura compris; notre nouvelle version est délestée de l’excès de poids que leur présence aurait constitué par rapport à l’équilibre du texte si on y avait laissé en l’état tous les éléments présents à l’origine. Nous avons voulu mettre au point un contrat-type beaucoup plus général, susceptible de convenir à tout type de relation électronique de longue durée. En renonçant à focaliser l’attention sur les EDI, nous avons pu étendre l’applicabilité de l’acte juridique envisagé à d’autres types de communications électroniques, quels qu’ils puissent être. Évidemment, à cause de sa généralité, un contrat-type ne peut couvrir toutes les hypothèses. Il faudra tout spécialement prendre garde aux situations particulières qui naîtront de la présence au contrat de parties dont les besoins et les goûts tout autant que les intérêts et les exigences seront forcément très diversifiés."

Études de réseaux d’expression génique : utilité pour l’élucidation des déterminants génétiques des traits complexes

Les traits quantitatifs complexes sont des caractéristiques mesurables d’organismes vivants qui résultent de l’interaction entre plusieurs gènes et facteurs environnementaux. Les locus génétiques liés à un caractère complexe sont appelés «locus de traits quantitatifs » (QTL). Récemment, en considérant les niveaux d’expression tissulaire de milliers de gènes comme des traits quantitatifs, il est devenu possible de détecter des «QTLs d’expression» (eQTL). Alors que ces derniers ont été considérés comme des phénotypes intermédiaires permettant de mieux comprendre l’architecture biologique des traits complexes, la majorité des études visent encore à identifier une mutation causale dans un seul gène. Cette approche ne peut remporter du succès que dans les situations où le gène incriminé a un effet majeur sur le trait complexe, et ne permet donc pas d’élucider les situations où les traits complexes résultent d’interactions entre divers gènes. Cette thèse propose une approche plus globale pour : 1) tenir compte des multiples interactions possibles entre gènes pour la détection de eQTLs et 2) considérer comment des polymorphismes affectant l’expression de plusieurs gènes au sein de groupes de co-expression pourraient contribuer à des caractères quantitatifs complexes. Nos contributions sont les suivantes : Nous avons développé un outil informatique utilisant des méthodes d’analyse multivariées pour détecter des eQTLs et avons montré que cet outil augmente la sensibilité de détection d’une classe particulière de eQTLs. Sur la base d’analyses de données d’expression de gènes dans des tissus de souris recombinantes consanguines, nous avons montré que certains polymorphismes peuvent affecter l’expression de plusieurs gènes au sein de domaines géniques de co-expression. En combinant des études de détection de eQTLs avec des techniques d’analyse de réseaux de co-expression de gènes dans des souches de souris recombinantes consanguines, nous avons montré qu’un locus génétique pouvait être lié à la fois à l’expression de plusieurs gènes au niveau d’un domaine génique de co-expression et à un trait complexe particulier (c.-à-d. la masse du ventricule cardiaque gauche). Au total, nos études nous ont permis de détecter plusieurs mécanismes par lesquels des polymorphismes génétiques peuvent être liés à l’expression de plusieurs gènes, ces derniers pouvant eux-mêmes être liés à des traits quantitatifs complexes.

L’intervention de réseau auprès de personnes âgées aux prises avec un problème de toxicomanie : exploration de stratégies d’intervention à partir d’un service de soutien à domicile

Essai présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en service social

Impacts de la réforme du réseau québécois de la santé et des services sociaux (2003) sur la représentation qu’ont les gestionnaires de leur travail

Cette thèse porte sur le travail des gestionnaires d’établissements de santé et de services sociaux québécois suite à la réforme de ce secteur mise en œuvre à partir de 2003 par le ministre de l’époque, Philippe Couillard. Le projet de réingénierie de l’État dans lequel s’inscrit cette réforme se fonde sur une certaine représentation des organisations publiques découlant du Nouveau Management Public (NMP). Concrètement la réforme a profondément modifié le contexte dans lequel œuvre le personnel d’encadrement des établissements de ce secteur. En effet, celle-ci a entraîné une modification majeure des structures des établissements composant le système de santé et de services sociaux québécois, des règles encadrant les relations du travail dans ces établissements, des conditions d’exercice du travail du personnel d’encadrement, ainsi que des responsabilités qui leur sont dévolues. Dans ce contexte, l’objectif de cette recherche était de saisir les impacts de cette réforme sur la nature du travail des gestionnaires œuvrant dans les centres de santé et de services sociaux (CSSS). Privilégiant une approche microsociologique et adoptant une posture épistémologique compréhensive, nous nous sommes intéressés aux représentations qu’ont les gestionnaires de leur travail. C’est donc dire que nous avons cherché à comprendre comment les gestionnaires définissent leur travail en terme du rôle qu’ils jouent dans l’organisation. Sur le plan méthodologique, nous avons fait le choix de procéder à une étude de cas multiples. Nous avons sélectionné deux CSSS et y avons réalisé quarante-neuf entrevues semi-dirigées auprès de gestionnaires provenant de tous les secteurs et de tous les niveaux hiérarchiques. De manière à accéder aux représentations qu’ont les gestionnaires de leur travail, deux idéaux types représentant deux conceptions opposées du travail de gestion ont été créés. Ces idéaux types nous ont permis de constater que nous assistons actuellement à une homogénéisation de la représentation qu’ont les gestionnaires de leur travail. Ainsi, suite à la réforme Couillard, les gestionnaires d’établissements de santé et de services sociaux sont de plus en plus nombreux à adhérer à une représentation managériale de leur rôle. Surtout, cette thèse montre comment se réalise cette évolution. Il appert que la structure des CSSS entraîne des conditions d’exercice qui favorisent une certaine représentation du travail de gestion et font obstacle à une autre. Qui plus est, cette nouvelle structure et les conditions d’exercice qui en découlent ont bousculé les rapports de pouvoir au sein même de la catégorie des gestionnaires. Ce faisant, certains sous-groupes voient leur représentation valorisée et sont en mesure d’imposer celle-ci à leurs collègues. Si certains gestionnaires émettent des doutes quant à ces changements, il appert que très peu d’entre eux ont les moyens d’y résister.

Principe de finalité, protection des renseignements personnels et secteur public : étude sur la gouvernance des structures en réseau

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université de Montréal et l'Université Panthéon-Assas Paris II

Recherche et développement dans les sciences de l’environnement : l’Université entre impératifs scientifico-techniques, économiques et socio-politiques. Le cas du Réseau de centres d’excellence ArcticNet.

Cette thèse cible l’étude d’une organisation sociotechnique pluraliste, le Réseau de centres d’excellence ArcticNet, établi depuis 2003 au sein de l’Université Laval et financé par le programme fédéral des Réseaux de centres d’excellence (RCE). Ce programme, effectif depuis 1988, est issu d’une initiative du ministère de l’Industrie Canada et des trois Conseils fédéraux de financement de la recherche scientifique (CRSNG, CRSH et IRSC). Par sa dimension interdisciplinaire et interinstitutionnelle, le RCE ArcticNet sollicite la mise en place de divers accommodements sur une thématique environnementale controversée, celle du développement de l’Arctique canadien côtier. Notre approche se concentre sur la description de ces collaborations pluralistes et l’analyse des stratégies de consensus mises en place par une organisation universitaire médiatrice. Si cette étude illustre le cas d’ArcticNet, elle questionne toutefois deux réalités d’ensemble: (1) D’un point de vue théorique, prépondérant dans cette thèse, les enjeux environnementaux et de développement durable s’inscrivent dans les nouvelles réalités de la production des connaissances portées par une coévolution entre science et société, contribuant à l’expansion des domaines de R&D ciblés; et, (2) D’un point de vue empirique illustratif, les éléments de formation et d’évolution d’un réseau sociotechnique intersectoriel et les stratégies des scientifiques dans la recherche et le développement de l’Arctique canadien côtier présentent un profil basé sur l’accommodement des parties prenantes. Cette recherche adhère au postulat épistémologique des théories des organisations sociotechniques pluralistes, plutôt qu’aux modèles théoriques de la société/économie de la connaissance. L’étude regroupe un total de 23 entrevues recueillies en 2008 et en 2010 auprès de l’administration, de membres scientifiques et de partenaires d’ArcticNet, suivant une logique de témoignage. Elle ouvre ainsi une nouvelle réflexion sur leur milieu de pratique de la science, plus particulièrement des sciences de l’environnement, vers lequel la société actuelle oriente la nouvelle production des connaissances, à travers les divers financements de la recherche et du développement.

Déployer le réseau en images : les Googlegrams d'Abu Ghraib

Le web et les images qui y foisonnent font désormais partie de notre quotidien et ils façonnent notre manière de penser le monde. Certaines œuvres d’art permettent, semble-t-il, de réfléchir à la fois sur l’image, les technologies web, les relations qu’elles entretiennent et les enjeux sociopolitiques qui les sous-tendent. C’est dans cette perspective que ce mémoire s’intéresse aux travaux de la série des Googlegrams (2004-2006) de Joan Fontcuberta, particulièrement à deux œuvres qui reprennent les photographies de torture de la prison d’Abu Ghraib devenues iconiques. Ce sont des photomosaïques utilisant ces images comme matrices dans lesquelles viennent s’insérer des milliers de petites images qui ont été trouvées dans le web grâce au moteur de recherche d’images de Google, selon certains mots-clés choisis par l’artiste de façon à faire écho à ces photographies-matrices. Ces œuvres sont ici considérées en tant qu’outils d’études actifs nous permettant de déployer les assemblages d’images et de technologies qu’elles font interagir. Il s’agit de suivre les acteurs et les réseaux qui se superposent et s’entremêlent dans les Googlegrams : d’abord les photographies d’Abu Ghraib et leur iconisation ; ensuite le moteur de recherche et sa relation aux images ; finalement les effets de la photomosaïque. Cette étude s’effectue donc à partir des interactions entre ces différents éléments qui constituent les œuvres afin de réfléchir sur leurs rôles dans le façonnement de la représentation de l’information.

Modélisation de l'évolution du réseau magnétique au cours du cycle solaire

Le réseau magnétique consiste en un ensemble de petites concentrations de flux magnétique sur la photosphère solaire. Vu sa petite échelle de taille et de flux, à la limite de détection, son comportement n'est connu que depuis récemment. Les interactions du réseau sont pourtant cruciales afin de comprendre la dynamo et l'irradiance solaires, car beaucoup de caractérisques du réseau dépendent de ces interactions. De plus, le réseau est la principale contribution magnétique surfacique à l'irradiance solaire. Les modèles existants du réseau ne tenaient jusqu'à maintenant pas compte des interactions du réseau. Nous avons tenté de combler cette lacune avec notre modèle. Nos simulations impliquent une marche aléatoire en 2D de tubes de flux magnétiques sur la photosphère solaire. Les tubes de flux sont injectés puis soumis à des règles de déplacement et d'interaction. L'injection se fait à deux échelles, respectivement la plus petite et la plus grande observables: les tubes de flux élémentaires et les taches solaires. Des processus de surface imitant ceux observés sont inclus, et consistent en l'émergence, la coalescence, l'annulation et la submergence de flux. La fragmentation des concentrations n'est présente que pour les taches, sous forme de désintégration libérant des tubes de flux. Le modèle est appliqué au cycle solaire 21 (1976-1986, le mieux documenté en termes de caractéristiques de taches solaires. Il en résulte des réponses à deux questions importantes en physique solaire. La première est: l'injection de flux magnétique à deux échelles très distinctes peut-elle conduire à une distribution de flux en loi de puissance comme on l'observe, si l'on inclut des processus de surface qui retraitent le flux? Cette question est étroitement liée à l'origine de la dynamo solaire, qui pourrait produire ladite distribution. Nous trouvons qu'on peut effectivement produire une telle distribution avec ce type d'injection et ce type de processus de surface. Cela implique que la distribution de flux observée ne peut servir à déterminer quel type de dynamo opère dans le Soleil. La deuxième question à laquelle nous avons apporté un élément de réponse est celle à savoir combien de temps il faut au réseau pour retrouver son état d'activité de base. Cet état a été observé lors du minimum de Maunder en 1645-1715 et touche de près la question de l'influence de l'activité solaire sur le climat terrestre. Le récent minimum d'activité est considéré par certains comme ayant atteint cet état. Nous trouvons plutôt que ça n'a pas été le cas. En effet, le temps de relaxation du réseau que nous avons calculé est supérieur au temps écoulé entre la fin du dernier cycle solaire d'activité et celui de l'amorce du présent cycle.

Intimité au Québec : étude ethnographique d'un réseau personnel

Cette recherche a pour objectif général de rendre compte de l’expérience de l’intimité, de la famille à l’amitié, tel qu’elle est quotidiennement vécue dans la vie de différentes personnes dans mon réseau personnel. Elle tient compte du contexte postmoderne du vécu de l’intimité, caractérisé par des relations plus flexibles et une multiplication des modèles (Allan, 2008 ; Stacey, 1991). J’y problématise l’intimité sous l’angle des tensions qui émergent dans notre expérience quotidienne par rapport aux normes et aux idéaux d’intimité. M’inspirant de la pensée queer, j’aborde l’intimité d’un point de vue critique, à partir de plusieurs auteures (notamment Berlant, 2000 et Butler, 2002) qui remettent en question les normes d’une intimité durable, associée notamment à l’amour familial et un idéal communicationnel de dévoilement de soi. L’expérience personnelle constitue alors un lieu où des tensions s’expriment et peuvent être saisies, un lieu qui est un point de départ pour développer une critique nuancée. L’ethnographie que j’ai réalisée auprès de gens dans la vingtaine et la trentaine a mobilisé un ensemble de méthodes : observation, réflexivité, entrevues individuelles et de groupes avec treize personnes, méthodes visuelles (création de schémas et de dessins). Ancrée en communication, elle constitue une recherche transdisciplinaire qui mobilise notamment des études sociologiques et des textes critiques. Elle propose un portrait de l’intimité spécifique au Québec et à mon réseau personnel, constitué de petits groupes et de relations dyadiques. Ce réseau est majoritairement composé de jeunes adultes ouverts à certaines intimités non traditionnelles (comme les couples de même sexe) et vivant dans la région métropolitaine de Montréal. Mes analyses explorent d’abord les formes d’intimité caractérisant mon réseau, tant conventionnelles, comme le couple et la famille, que moins conventionnelles, comme le célibat. Ainsi, je me penche sur certaines normes d’intimité, comme celle du couple, en analysant comment elles s’accomplissent, produisent du sens et ont des effets inégaux sur différents sujets. Mes analyses lient des idéaux à des pratiques concrètes et matérielles, notamment l’investissement de l’intimité dans la maison et la propriété privée. Je me tourne également vers certaines formes d’intimité moins souvent abordées, principalement les petits groupes d’amis. J’aborde la communication de manière à décentrer le dévoilement de soi entre deux personnes, souvent perçu comme élément central à l’intimité (Jamieson, 1998), et à prendre en compte les dynamiques de groupe et leurs effets de pouvoir. Ciblant l’idéal de dévoilement, j’analyse en quoi il s’articule à des normes (de couple, familiales, des groupes d’amis) et côtoie différentes autres pratiques communicationnelles comme celles impliquant les médias mobiles et numériques. En guise de discussion finale, je reviens sur les grandes lignes du projet et je développe une réflexion sur les défis posés par la combinaison d’approches critiques et ethnographiques. En somme, la contribution de ma recherche consiste à analyser le vécu de l’intimité en regard de concepts issus d’études culturelles et critiques.

Travail des chefs d'établissement et pilotage des équipes pédagogiques : analyse de l'activité de chefs d'établissement en collège réseau ambition réussite en France

Le travail des chefs d’établissement (ChE) a évolué au gré des politiques éducatives. Ces derniers deviennent des agents du changement ou managers dans des établissements autonomes soumis à l'obligation de résultats. En France en 2006, les ChE rencontrent de nouveaux défis avec les réseaux ambition réussite (RAR) au collège. Une situation inédite qui pose une question nouvelle aux ChE : comment piloter des équipes composites dans un collège en RAR ? Le parti pris dans cette thèse est celui de l’ergonomie de l’activité qui questionne un paradoxe : d’un côté, la focale est mise sur le développement du travail collectif dans les établissements et son impact sur les performances, d’un autre côté sont négligés l'organisation du travail à laquelle se livrent les cadres pédagogiques comme le travail d'organisation des professeurs pour faire vivre ces collectifs. Le but ici est de montrer l’importance du travail réel pour comprendre les conditions et difficultés des cadres pédagogiques pour organiser le travail des professeurs.

La production de connaissances dans le cluster montréalais de l’aérospatiale. Le cas d’un réseau local d’innovation

L’importance que revêt la localisation des entreprises dans le fonctionnement et la compétitivité de celles-ci amène à porter l’attention sur la problématique des clusters et l’influence qu’ils peuvent avoir sur la production de connaissances. À travers une perspective théorique qui repose sur la prise en compte des travaux portant sur les districts industriels et ceux plus récents, sur les clusters, nous mettons en évidence une évolution conceptuelle du phénomène de la localisation des entreprises. La place qu’occupe la production de connaissances constitue désormais un élément central des travaux récents qui portent sur les districts et les clusters industriels. Notre examen des dynamiques de fonctionnement de ces systèmes permet d’affirmer que la production de connaissances est une caractéristique centrale des clusters ainsi que leur principal avantage compétitif. Étroitement liée aux réseaux inter-organisationnels, la production de connaissances n’est pas un phénomène naturel, elle découle des mécanismes intrinsèques aux clusters, qu’on cherche à mettre en évidence. Pour ce faire, notre méthodologie qui emprunte les principaux repères de l’analyse stratégique des organisations conduit à l’étude du fonctionnement concret d’un réseau local d’innovation, constitué d’entreprises et d’institutions locales présentes dans le cluster montréalais de l’aérospatiale. Un réseau constitué par l’intermédiaire du Consortium de Recherche et d’Innovation en Aérospatiale du Québec, une institution centrale dans le fonctionnement de ce cluster.

Étude de la distribution de Salmonella comme un descripteur des enjeux de biosécurité dans un réseau de production: élevages et abattoir de porcs.

La production porcine a fait l’objet de plusieurs études visant à réduire la prévalence de Salmonella sur les carcasses à l’abattoir. Ces études ont ciblé l’élevage comme une source de la contamination observée. Malgré la multitude de facteurs de risques identifiés dans les travaux antérieurs, des étapes restent à investiguer dans le réseau de production primaire porcin. L’objectif de ce projet était de décrire la contamination à l’interface du réseau de production porcin: entre la ferme et l’abattoir. Pour ce faire, un réseau composé de dix fermes et un abattoir a été choisi incluant les trasporteurs. Trente visites de fermes, 36 suivis de camions lors du chargement - livraison et 18 investigations de la cour arrière de l’abattoir ont été réalisés au cours des 13 mois de la phase terrain du projet. De ces 738 échantillons, les résultats ont démontré des profils spécifiques de fermes cumulant 9 sérovars de Salmonella et 4 lysotypes différents de S. Typhimurium. Le quai de chargement à la ferme présentait 34,21% d’échantillons positifs. Des isolats non différenciables de S. Derby contaminaient ce site pour quatre fermes distinctes. Dans la cour d’abattoir, Salmonella a été retrouvée abondamment sur tous les trajets de circulation des camions (67% n=144). L’existence d’un lien dynamique de contamination par le camion de livraison des porcs lors des opérations de livraison à l’interface élevage- abattoir a été documentée. Cette interface représente un réservoir de Salmonella et donc un risque permanent de contamination croisée du réseau de production vers l’abattoir mais aussi de retour vers l’élevage