Determinantes genéticos da hanseníase em uma população do Rio Grande do Norte

Background: Leprosy can cause severe disability and disfigurement and is still a major health in different parts of the world. Only a subset of those individuals exposed to the pathogen will go on to develop clinical disease and there is a broad clinical spectrum amongst leprosy patients. The outcome of infection is in part due to host genes that influence control of the initial infection and the host´s immune response to that infection. Aim: Evaluate if polymorphisms type SNP in the 17q118q21 chromosomic region contribute to development of leprosy in Rio Grande do Norte population. Material and methods: A sample composed of 215 leprosy patients and 229 controls drawn from the same population were genotyped by using a Snapshot assay for eight genes (NOS2A, CCL18, CRLF3, CCL23, TNFAIP1, STAT5B, CCR7 and CSF3) located in chromosomic region 17q118q21. The genotype and allele frequency were measured and statistical analysis was performed by chi-square in SPSS version 15 and graph prism pad version 4 software. Results: Ours results indicated that the markers NOS2A8277, NOS2A8rs16949, CCR78rs11574663 and CSF38rs2227322 presented strong association with leprosy and their risk genotype were GG, TT, AA and GG respectively. The risk genotypes for all markers associated to leprosy presented recessive inheritance standard. When we compared the interaction among the markers in different combination we find that the marker NOS2A8277 associated with CCR78rs11574663 presented highest risk probability to development of leprosy. When we evaluated the haplotype of the risk markers it was found a haplotype associated with increase of the protection (CSF38rs22273228CC, CCR78 rs115746638GA, NOS2A8rs169498CT and NOS2A82778GA). The association of the clinical forms paucibacilary and multibacilary with markers showed that to the markers NOS2A8 2778GG, CCR78rs115746638AA and CSF38rs22273228GG there were a strong influence to migration to multibacilary pole and to marker NOS2A8rs169498TT the high proportion was found to the paucibacilary form. Conclusions: Changes in the genes NOS2A, CCR7 and CSF3 can influence the immune response against Mycobacterium leprae. The combination among these polymorphisms alters the risk probability to develop leprosy. The markers type SNP associated to development of the leprosy also are linked to clinical forms and its severity being the polymorphism NOS2A8rs169498TT associated with paucibacilar form and the polymorphisms NOS2A82778GG, CCR78rs115746638AA and CSF38rs22273228GG associated to multibacilar form

Polimorfismos nos genes ERBB2 e PARK2/PACRG e sua associação com a hanseníase em populações do Rio Grande do Norte e Pará

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Prueba de envejecimiento acelerado para evaluar calidad de semillas de diferentes materiales genéticos de frijol (Phaseolus vulgaris L.)

El presente trabajo se realizó en Geneticos Nicaraguenses (REGEN) adscrito Nacional Agraria a finales de 1995 con el la Prueba de Envejecimiento Acelerado (PEA) el Programa a la Universidad propósito de utilizar de semillas como una herramienta más para evaluar vigor, atributo relacionado con la emergencia en campo y la almacenabilidad de las mismas. El estudio se realizó con seis variedades (dos mejoradas modernas y cuatro locales o tradicionales) sometidas a condiciones de envejecimiento acelerado a fin de diferenciar los genotipos en base a su comportamiento después de la prueba mencionada. Se evaluaron en laboratorio y en campo en un diseño completamente al azar, las variables siguientes: Germinación estándar. número de plantas emergidas. velocidad de emergencia, materia seca de plántulas y de raíces. Del análisis de los resultados se llego a las conclusiones siguientes: 1) De manera general. la PA permitió hacer una diferenciación entre los materiales estudiados: las variedades locales mostraron un comportamiento superior con relación a las mejoradas. 2) La variedad local "Chile" se vio menos afectada por la PEA considerándose como un material muy vigoroso y con alto potencial de almacenamiento. ) La reducción de la terminación inicial de las variedades locales después de la PEA fue hasta un 24%. en cambio para las mejoradas fue mayor de un 48%. 4)Las variables materia seca de plántula y de raíz no permitieron valorar objetivamente la calidad de las semillas debido a las variaciones observadas. 5) Al correlacionar los resultados de la Prueba de Germinación Estándar y de la PEA con la emergencia en campo, la primera mostró un mayor coeficiente de correlación (0.98 **)con relación a la segunda prueba (0.82*). 6) A fin de mejorar la metodología de la PEA se recomienda, para llegar a conclusiones más definitivas, uniformizar ciertos parámetros de las semillas de los materiales genéticos sujetos a estudio como son: Calidad fisiológica Inicial, contenido de humedad Inicial, condiciones previas de almacenamiento, color de testa, rugosidad etc.

Evaluación de la variabilidad fenotípica de catorce materiales genéticos de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en la localidad de San Marcos, Carazo

El presente trabajo se realizó en época de postrera 2000 en la estación experimental "La Compañía", San Marcos, Carazo con los objetivos de evaluar el comportamiento agronómico de catorce poblaciones de frijol común, determinar si existen diferencias significativas entre poblaciones para diferentes caracteres cuantitativos, determinar si existen diferencias significativas entre poblaciones locales clasificadas por color de semilla y entre materiales genéticos dentro del grupo de granos rojos. Las poblaciones objeto de estudio fueron colectadas en diferentes regiones del país, el diseño consistió en un experimento bifactorial jerárquico en un diseño de bloques completos al azar con cuatro repeticiones. Se observó gran variabilidad genética en las poblaciones estudiada, para los caracteres días a floración y madurez fisiológica, sobresalen con mayor precocidad las poblaciones de color rosado y crema suave. Se observó diferencias significativas para la mayoría de las variables cuantitativas estudiadas entre las poblaciones evaluadas, para la variable de mayor interés que es el rendimiento se encontró diferencia estadística sobresaliendo los materiales de color rosado, crema suave y V-16 y V-26 del grupo de variedades locales de grano rojo. También se encontró algunas limitantes como lo es la alta susceptibilidad a enfermedades.

Estabilidad y rendimiento de seis materiales genéticos de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en distintas zonas de Nicaragua

El presente trabajo se realizo con el objetivo de evaluar la estabilidad y capacidad derendimiento de seis poblaciones de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) (dos variedades mejoradas) DOR-364 e INTA-Masatepe, (cuatro variedades locales) V16, V29, V6 y V9 en seis localidades del país (Dulce Nombre de Jesús, Darío; Matagalpa; Tomatoya, Jinotega; Las Cámaras, Santa Cruz, Estelí; La Poma, Masaya; La Pita, Santo Tomas, Chontales y La Compañía, San Marcos, Carazo) El experimento consistió en un bifactorial en un diseño de Bloques Completamente al Azar (BCA). El rendimiento de los materiales genéticos se sometió al análisis de estabilidad mediante estadísticas univariadas de estabilidad y el análisis AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interactions) que permitió una mejor interpretación de la interacción material genético-localidad. Los resultados significativos de dicha interacción demostraron que los materiales genéticos se comportaron de manera diferente en las distintas localidades. La variedad INTA-Masatepe según el análisis combinado de estabilidad y rendimiento, resultó superior al resto. El análisis AMMI permitió detectar interacciones positivas y negativas entre los diferentes materiales genéticos y localidades resaltando el comportamiento de DOR-364 y V9 en San Marcos (ambiente de alta productividad) y las variedades locales V29 y V16 en las localidades de Dulce Nombre, Masaya y Estelí (ambiente de baja productividad). La variedad local V6 resultó tan estable como INTA-Masatepe pero deficiente en cuanto a rendimiento. El estudio no permitió detectar una interacción específica de INTA-Masatepe con una localidad en particular.

Comportamiento agronómico de diecisiete materiales genéticos de tomate (Lycopersicon esculentum Mill) bajo las condiciones ambientales del Valle de Sébaco, Matagalpa

El trabajo investigativo se realizó en la Estación Experimental ̈Raúl González del Valle de Sébaco, Matagalpa del 14 de Noviembre del 2002 al 21 de Marzo del 2003. Evaluándose 15 cultivares de tomate, de los cuales 10 eran de tipo industrial y 5 de mesa proveniente del AVRDC (Centro Asiático de Investigación en Hortalizas y Desarrollo) de Taiwán, y dos israelitas Ty -4 y Ty-13. Los objetivos que se perseguían eran: determinar el número de mosca blanca (Bemisia tabaci Genn) por planta, la tolerancia de los cultivares a la virosis transmitida por éste, evaluar variables de crecimiento y de rendimiento. El diseño experimental utilizado fue unifactorial en bloques completamente al azar (BCA) con cuatro réplicas y 17 tratamientos. Los cultivares israelitas mostraron el mayor número de mosca blanca, y una severidad de virosis de 3 (mosaico y corrugado de hojas generalizado) en la escala de 1 - 5 utilizada por el CEVAS. Los cultivares FMTT-907 y FMTT-934 presentaron las mayores alturas con valores de 86.75 y 86.35cm. Los cultivares Ty-13 y Ty-4 obtuvieron los mayores rendimientos con 14,140 y 10,699 kg/ha, debido a que estos presentaron frutos más grandes y mostraron tolerancia a la virosis transmitida por mosca blanca, lo que se refleja en un mejor rendimiento.

Germoplasma de tomate silvestre (Lycopersicum spp.) en la Reserva de Recurso Genéticos de Apacunca (RRGA), Chinandega

Considerando la importancia del tomate como cultivo hortícola, el presente estudio se realizó con el fin de aportar información in situ y ex situ usando seis muestras de poblaciones de tomate silvestre (Lycopersicum spp.), endémicas de la Reserva de Recursos Genéticos de Apacunca (RRGA). Se implementaron normas de riego (0.4, 0.7 y 1.1 litros/planta/día) y niveles de biofertilizante (0, 100, 200 y 300 cc por bombada de 20 litros). Los experimentos establecidos ex situ fueron arreglados en diseños en franjas con tres réplicas y se utilizaron análisis univariados y multivariados en datos morfológicos. Los estudios in situ y ex situindican que las poblaciones difieren en algunas variables, en donde variables de frutos y de planta fueron afectadas de manera significativa por las normas de riego y los niveles de biofertilizante, respectivamente. La mayor cantidad de frutos se obtuvieron con la dosis intermedia de riego, y los mayores niveles de biofertilizante. Los primeros tres componentes principales aislaron el 73.2 % de la variación total, y las dimensiones del fruto, longitud de tallo y entrenudos en la planta fueron las variables discriminantes entre los tratamiento conformados. Las poblaciones evaluadas in situ, con normas de riego y niveles de biofertilizante conformaron tres núcleos bien diferenciados. Las mediciones realizadas en las poblaciones en su hábitat natural (in situ) fueron menos variantes, en comparación con las poblaciones ex situ y expuestas a tratamientos. Las características encontradas en el tomate silvestre de la Reserva, sugieren que puede ser utilizado en la alimentación de las familias rurales, por lo tanto, se debe asegurar su conservación in situ y ex situ.

Estado actual del teocintle (Zea nicaraguensis Iltis & Benz) y potencial ecoturístico, con enfoque agroecológico en la Reserva de Recursos Genéticos de Apacunca (RRGA), Chinandega

Considerando la importancia que tienen las reservas genéticas en Nicaragua, se desarrolló el presente estudio en las comunidades de Apacunca, Aquespalapa y El Jicote, pertenecientes a los municipios de Somotillo y Villanueva , departamento de Chinandega , en la Reserva de Recursos Genéticos de Apacunca (RRGA) ubicada al noroccidente de Nicaragua, durante el período 2010 - 2014 . Dicho trabajo se desarrolló con el objetivo de analizar las condiciones básicas de las familias, estado actual del teocintle ( Zea nicaraguensis Iltis & Benz) en la Reserva de Recursos Genéticos de Apacunca (RRGA) y determinar el potencial de ecoturismo comunitario con un enfoque agroecológico. Se analizaron 150 unidades familiares de producción con 80 variables y 510 registros , aplicando estadísticos descriptivos, análisis de varianza, análisis multivariados y test de Kruskal-Wallis. Se determinó el índice de calidad de vida en la vivienda (ICVV) y en promedio mostraron un bajo nivel de vida. Asimismo, el 80% de la población en las comunidades rurales muestreada fue inferior a 45 años. Las poblaciones de teocintle están en peligro de extinción en el área de Apacunca, producto de las afectaciones naturales y los daños ocasionados por el hombre debido al avance de la frontera agrícola. Se determinó mediante el Índice de Sorense que existe poca uniformidad en la vegetación presente en la RRGA. Por otro lado se identificaron especies silvestres animales, vegetales y su uso; así como los principales atractivos turísticos.

Diversidad genética de polimorfismos autosómicos en poblaciones africanas

El continente africano es la fuente de todos los seres humanos anatómicamente modernos, que más tarde se dispersaron por todo el planeta. África posee el mayor nivel de variación genética, por lo que es una región de interés a estudiar. En este trabajo se ha analizado como se distribuye la variabilidad genética en África con cada uno de los polimorfismos estudiados, polimorfismos de nucleótido simple (SNP), grupos sanguíneos y microsatélites (STR) y se ha comparado la información que ofrece cada tipo de marcador. Se observa una diferenciación sobre todo de las familias Khoi-San y afroasiáticos pero con diferencias según que tipo de polimorfismo que se ha estudiado. En general la selección natural parece haber afectado de forma similar a SNPs de genes codificantes y a grupos sanguíneos.

Influencia de la edad y la menopausia en el origen de la Dehiscencia del Canal Semicircular Superior

145 p. : il., col.

Análise de polimorfismos e de expressão do gene p16INK4a em neoplasias cervicais

O câncer de colo do útero é o segundo carcinoma mais frequente em mulheres no mundo e um dos cânceres femininos mais incidentes no Brasil. Em lesões pré-malignas e malignas do colo uterino, a proteína p16INK4a, que participa do controle do ciclo celular, apresenta um aumento considerável de sua expressão, devido possivelmente à presença de oncoproteínas do papilomavírus humano (HPV). Dois polimorfismos no gene p16INK4a, p16 500C>G e p16 540C>T, estão localizados na região 3 não traduzida (3UTR), que está envolvida na regulação pós-transcricional da expressão gênica. O objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações entre os polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T e o desenvolvimento de neoplasias cervicais e/ou a severidade das lesões, considerando os níveis de expressão da proteína p16INK4a nas lesões cervicais e certos fatores de risco clássicos para o câncer cervical, incluindo a infecção pelo HPV. Para isso, foram selecionadas 567 mulheres residentes no Rio de Janeiro, 319 com citologia cervical alterada (grupo de casos) e 248 sem história prévia de alteração citológica do colo uterino (grupo de comparação). Amostras de sangue periférico de todas as participantes foram utilizadas na análise molecular dos polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T através da técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição), usando as enzimas de restrição MspI e HaeIII, respectivamente. A expressão da proteína p16INK4a em 137 biópsias de mulheres pertencentes ao grupo de casos foi avaliada por imunohistoquímica. A detecção de DNA do HPV em células cervicais foi feita em todas as amostras do grupo de comparação e em 194 amostras do grupo de casos pela técnica de PCR, usando dois pares de oligonucleotídeos, MY09/MY11 e GP05+/GP06+. Os dois grupos de estudo se encontram em equilíbrio de Hardy-Weinberg. As distribuições genotípicas para p16 500C>G e p16 540C>T e as distribuições de combinações haplotípicas nos dois grupos não apresentaram diferenças significativas. A análise do subgrupo HSIL+câncer (casos com lesão intraepitelial de alto grau ou carcinoma invasivo) em comparação com o subgrupo LSIL (casos com lesão intraepitelial de baixo grau) revelou diferença significativa entre as distribuições das combinações haplotípicas (p = 0,036) e diferenças marginais entre as distribuições genotípicas para p16 500C>G (p = 0,071) e p16 540C>T (p = 0,051). O alelo p16 540G, em heterozigose ou homozigose (OR = 1,91, IC 95% = 1,08-3,37), e a combinação haplotípica p16 500C-540C 500G-540C (OR = 2,34, IC 95% = 1,202-4,555) mostraram-se associados com a severidade da lesões cervicais. Já o genótipo p16 540T/T (OR = 0,25, IC 95% = 0,08-0,79), e a combinação haplotípica p16 500C-540T 500C-540T (OR = 0,27, IC 95% = 0,088-0,827) exibiram papel protetor contra o desenvolvimento de lesões mais severas. As análises de interação entre os polimorfismos de p16INK4a e a expressão de p16 ou a infecção pelo HPV foram comprometidas pelo número reduzido de amostras analisadas. Não se observou qualquer interação entre os polimorfismos estudados e os fatores de risco clássicos para o câncer de colo uterino. Nossos resultados apontam para a importância dos polimorfismos do gene p16INK4a como marcadores de severidade da neoplasia cervical.

Caracterização de alterações epigenéticas no gene JARID1C e desequilíbrios genéticos como causas do retardo mental ligado ao x de etiologia idiopática

O retardo mental (RM) é caracterizado por um funcionamento intelectual significantemente abaixo da média (QI<70). A prevalência de RM varia entre estudos epidemiológicos, sendo estimada em 2-3% da população mundial, constituindo assim, um dos mais importantes problemas de saúde pública. Há um consenso geral de que o RM é mais comum no sexo masculino, um achado atribuído às numerosas mutações nos genes encontrados no cromossomo X, levando ao retardo mental ligado ao X (RMLX). Dentre os genes presentes no cromossomo X, o Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) foi recentemente identificado como um potencial candidato etiológico do RM, quando mutado. O JARID1C codifica uma proteína que atua como uma desmetilase da lisina 4 da histona H3 (H3K4), imprescindível para a regulação epigenética. Tão recente como a identificação do gene JARID1C, é a descoberta de que mudanças no número de cópias de sequências de DNA, caracterizadas por microdeleções e microduplicações, poderiam ser consideradas como razões funcionalmente importantes de RMLX. Atualmente, cerca de 5-10% dos casos de RM em homens são reconhecidos por ocorrerem devido a estas variações do número de cópias no cromossomo X. Neste estudo, investigamos mutações no gene JARID1C, através do rastreamento dos éxons 9, 11, 12, 13, 15 e 16, em 121 homens de famílias com RM provavelmente ligado ao X. Paralelamente, realizamos a análise da variação do número de cópias em 16 genes localizados no cromossomo X através da técnica de MLPA no mesmo grupo de pacientes. Esta metodologia consiste em uma amplificação múltipla que detecta variações no número de cópias de até 50 sequências diferentes de DNA genômico, sendo capaz de distinguir sequências que diferem em apenas um nucleotídeo. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue periférico e as amostras foram amplificadas pela técnica de PCR, seguida da análise por sequenciamento direto. Foram identificadas três variantes na sequência do gene JARID1C entre os pacientes analisados: a variante intrônica 2243+11 G>T, que esteve presente em 67% dos pacientes, a variante silenciosa c.1794C>G e a mutação inédita nonsense c.2172C>A, ambas presentes em 0,82% dos indivíduos investigados. A análise através do MLPA revelou uma duplicação em um dos pacientes envolvendo as sondas referentes ao gene GDI1 e ao gene HUWE1. Este trabalho expande o estudo de mutações no gene JARID1C para a população brasileira ereforça a importância da triagem de mutações neste gene em homens portadores de RM familiar de origem idiopática, assim como, é primeiro relato científico relativo à investigação de variações no número de cópias de genes localizados no cromossomo X em homens brasileiros com RM, através da técnica de MLPA.

Algoritmos genéticos aplicados ao projeto de filtros com coeficientes em soma de potências de dois

Esta dissertação tem como objetivo aplicar um algoritmo genético (GA) ao projeto de filtros FIR com coeficientes quantizados representados em somas de potências de dois com sinal (SPT). Os filtros FIR apresentam configurações que permitem a obtenção de fase linear, atributo desejado em diversas aplicações que necessitam de atraso de grupo constante. A representação SPT, de fácil implementação em circuitos, foi discutida e uma comparação das representações SPT mínimas e canônicas foi feita, baseada no potencial de redução de operações e na variedade de valores representáveis. O GA é aplicado na otimização dos coeficientes SPTs do filtro, para que este cumpra as suas especificações de projeto. Foram feitas análises sobre o efeito que diversos parâmetros do GA como a intensidade de seleção, tamanho das populações, cruzamento, mutação, entre outros, têm no processo de otimização. Foi proposto um novo cruzamento que produz a recombinação dos coeficientes e que obteve bons resultados. Aplicou-se o algoritmo obtido na produção de filtros dos tipos passa-baixas, passa-altas, passa-faixas e rejeita-faixas.

Utilização de sistema multiplex de marcadores do tipo INDELs em identificação humana por DNA

Os INDELs são polimorfismos de comprimento, gerados a partir de inserções e/ou deleções de um ou mais nucleotídeos. Os marcadores INDELs, que estão amplamente distribuídos pelo genoma e se caracterizam pela alta estabilidade devido à baixa taxa mutacional (10-9), podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). A facilidade de análise e a possibilidade de construção de sistemas multiplex capazes de gerar amplicons curtos (menores que 100 pb) tornam os INDELs uma importante ferramenta para identificação humana por DNA. Para avaliar a eficiência e validar a metodologia que emprega os polimorfismos de inserção/deleção na identificação humana, utilizamos o sistema Indel-plex ID, capaz de amplificar simultaneamente 38 loci INDELs bialélicos de cromossomos autossomos. Diferentes amostras biológicas (cabelo, saliva, sangue, sêmen e urina) foram genotipadas apresentando reprodutibilidade entre todas as tipagens. A concentração mínima de DNA necessária para amplificação dos 38 loci INDELs foi de 0,5 ng. Artefatos do tipo split peaks foram observados em algumas amostras. Os produtos da PCR foram purificados em resina Sephadex proporcionando melhores condições de análise, redução de artefatos e aumento na intensidade média de fluorescência dos alelos amplificados. A eficiência do sistema Indel-plex ID na amplificação de DNA degradado foi verificada durante as análises das amostras de DNA extraídas de restos mortais (ossos e dentes). Comparativamente ao sistema Identifiler, o Indel-plex ID, se mostrou mais eficiente em termos de número de loci genotipados e qualidade de amplificação. Nas investigações de vínculos genéticos realizadas com o sistema Indel-plex ID foi possível corroborar resultados anteriores obtidos pela análise de marcadores STR. Nas análises com amostras in vivo foram obtidos valores máximos de Probabilidades de Paternidade de 99,99998%. Para casos envolvendo supostos pais falecidos, o sistema Indel-plex ID reforçou resultados obtidos com o sistema Identifiler e Minifiler. A Probabilidade de Paternidade de 99,953%, obtida com o sistema Indel-plex ID, conjugada com a Probabilidade de Paternidade de 99,957%, obtida como o sistema Minifiler, possibilitou um índice final de 99,99998%. Os resultados evidenciaram que os loci INDELs do sistema Indel-plex ID são altamente informativos, constituindo uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco