Estudi d'un receptor quinasa atípic (Mark) i de les proteïnes que interaccionen amb el seu domini intracel·lular. Transducció del senyal i desenvolupament en blat de moro (Zea mays)

Aquesta tesi doctoral s'engloba dins d'un projecte general d'estudi de gens implicats en l'embriogènesi del blat de moro. L'embriogènesi del blat de moro, i en general la de totes les plantes superiors, es dóna en tres etapes: una primera etapa on es diferencien tots els diversos teixits que formaran l'embrió, una segona etapa on l'embrió acumula productes de reserva i un tercer període, la dormància, que finalitza quan les condicions ambientals són les idònies per a la germinació. En el laboratori estàvem interessats, concretament, en l'estudi de gens implicats en la primera etapa morfogenètica, on els diferents teixits i estructures embrionàries queden definides. Per tal d'estudiar gens que s'expressaven en aquest període, una de les estratègies que es va realitzar fou un crivellat diferencial entre teixit embrionari i teixit de planta adulta. D'entre els diferents clons obtinguts, un corresponia a un clon parcial que presentava similitud amb receptors quinasa i que fou objecte d'estudi. A partir d'aquest clon es va obtenir el clon complet i es va anomenar MARK (per Maize Atypical Receptor Kinase). MARK presenta una estructura típica d'un receptor quinasa amb un domini extracel.lular, que conté 6 còpies imperfectes de LRR (Leucine- Rich Repeats), un únic domini transmembrana i un domini quinasa intracel.lular. El domini quinasa de MARK presenta, però, algunes variacions en els residus aminoacídics que es consideren claus per a la funció catalítica dels dominis quinasa. En concret cinc dels aminoàcids considerats essencials per a la fosforilació es troben substituits en el domini quinasa de MARK (DK-MARK). Els experiments de fosforilació in vitro que es van realitzar al laboratori, van mostrar com MARK era incapaç de fosforilar in vitro. Aquesta característica no és, però, exclusiva de MARK. Una búsqueda en les bases de dades ens van permetre identificar altres seqüències que també presentaven els mateixos o altres canvis en aquestes posicions aminoacídiques. En les bases de dades de plantes es van identificar un conjunt de seqüències genòmiques o ESTs amb aquestes característiques i només una d'elles, la proteïna TMKL1 d'Arabidopsis, ha sigut descrita com un receptor quinasa incapaç de fosforilar in vitro. Respecte a la búsqueda de receptors similars a MARK en les bases de dades d'animals, es van identificar també un conjunt de proteïnes que, en alguns casos, s'ha descrit que no tenen activitat quinasa in vivo. Per exemple, un dels casos més ben estudiats és el del receptor erbB3 que forma part de la família de receptors del EGF (Epidermal Growth Factor). Aquesta família de receptors està formada per 4 receptors: erbB1, erbB2, erbB3 i erbB4, dels quals només l'erbB3 no presenta activitat catalítica. S'ha descrit que erbB3 és capaç, tot i no fosforilar in vivo, de participar activament en la transducció del senyal formant heterodímers amb els altres membres de la família. Així, erbB3 és fosforilat pel seu partner i pot iniciar la cascada de transducció del senyal. La participació d'erbB3 en la transducció del senyal és essencial ja que embrions de ratolí knock-out pel gen erbB3 són inviables. Així doncs, el fet que receptors quinasa catalíticament inactius participin en les cascades de transducció del senyal, suggereix l'existència de nous mecanismes d'acció per a la transducció del senyal. Per tant, l'objectiu d'aquest treball fou l'estudi del mecanisme d'acció de MARK mitjançant la caracterització les proteïnes capaces d'interaccionar amb el seu domini quinasa. Per tal d'assolir aquest objectiu, es va realitzar un crivellat de doble-híbrid amb una llibreria de cDNA d'embrions de blat de moro de 7 DAP. D'aquest crivellat es va obtenir un conjunt de possibles clons positius que foren seqüenciats i entre els quals es van escollir per un estudi més detallat aquells que s'havien obtingut més vegades com a clons independents. Aquests clons codificaven per: una SAMDC (S-Adenosil Descarboxilasa), una eIF5 (Eukaryotic translation initiation), una hypothetical protein, una unknown protein, una gamma-adaptina i una MAP4K. Amb aquests 6 clons es van fer estudis in vitro i in vivo per tal de confirmar al seva interacció amb DK-MARK. Els estudis in vivo es van realitzar amb la soca de llevat AH109, una soca més astringent que la utilitzada en el crivellat, ja que presenta tres gens marcadors: Histidina, Adenina i Lacz. Els resultats obtinguts van mostrar que els clons codificants per SAMDC i eIF5 no van créixer en un medi selectiu per His i Ade i, per tant o es tracta de falsos positius del sistema o la seva interacció amb DK-MARK és dèbil. D'altra banda, la resta dels clons analitzats (proteïna hipotètica, una proteïna de funció desconeguda, la gamma-adaptina i una MAP4K) van créixer en medis en absència de Histidina i Adenina. Els assatjos de b-galactosidasa van ser tots positius a excepció de la proteïna hipotètica suggerint que potser aquesta interacció sigui més feble. D'altra banda també es van realitzar estudis in vitro amb la tècnica del pull-down. Els resultats obtinguts amb aquesta tècnica van recolzar els obtinguts en cèl.lules de llevat, ja que tots els clons analitzats a excepció dels codificants per SAMDC i eIF5 van donar un resultat d'interacció amb KD-MARK in vitro positiu. Davant aquests resultats ens vam centrar en l'estudi de la proteïna similar a MAP4K, doncs algunes proteïnes de la seva família s'han relacionat amb receptors de membrana. Els clons que es va obtenir del crivellat codificaven per una proteïna similar amb el domini C-terminal a les proteïnes BnMAP4Ka1 i a2 de Brassica napus. Aquestes proteïnes presenten una forta similitud de seqüència amb proteïnes de la família GCK/SPS1 que formen part d'un grup particular de MAPK relacionades amb la proteïna Ste20 (sterile 20 protein) de llevat. Ste20p activa la MAP3K de llevat Ste11 directament per fosforilació, transduint d'aquesta manera el senyal del receptor de feromones de creuament de les cèl.lules de llevat i es pot, doncs, considerar com una proteïna del tipus MAP4K (mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase). En els darrers anys, s'han identificat un gran nombre de proteïnes similars a Ste20: fins a una trentena en mamífers, en Drosophila, en Caenorhabditis elegans i en altres organismes. Segons la seva estructura aminoacídica, la família Ste20 s'ha classificat en dues subfamílies: les proteïnes STE20/PAK (p21-activated kinases) i la subfamília GCK/SPS1 (germinal center kinases). Les dues subfamílies estan formades per proteïnes que contenen un domini quinasa i un domini regulador, però, mentre que les proteïnes PAK presenten el domini quinasa en la part C-terminal, les GCKs el presenten en la regió N terminal. Les proteïnes GCK presenten una elevada diversitat estructural en el domini regulador permetent la seva classificació en 6 subfamílies. Mitjançant la tècnica del RACE es va obtenir el clon de cDNA complet que es va anomenar MIK (MARK Interacting Kinase). Amb la tècnica del Southern blot es va poder determinar que el gen MIK és un gen de còpia única en el genoma de blat de moro. Per tal d'analitzar la possible interacció entre DK-MARK i MIK, es va estudiar tant el patró d'expressió d'ambdós gens com el seu patró d'acumulació d'ambdues proteïnes durant l'embriogènesi del blat de moro. El patró d'expressió, analitzat per Northen blot va mostrar uns patrons coincidents al llarg de l'embriogènesi des del seu inici fins als 20 DAP amb una acumulació màxima de mRNA en embrions de 15 DAP. D'altra banda per tal d'estudiar el patró d'acumulació de la proteïna MIK així com per comparar-lo amb el de MARK, es van realitzar estudis de Westerns blot. Els resultats també van mostrar una coincidència en el temps de l'acumulació de les proteïnes MARK i MIK durant l'embriogènesi de blat de moro amb una major acumulació en embrions de 15 i 20 DAP. Es van dur a terme també estudis d'immunolocalitzacions sobre embrions de blat de moro de 15 DAP per tal d'estudiar en quins teixits s'acumulaven ambdues proteïnes. Les immunolocalitzacions van mostrar una major acumulació tant de MARK com de MIK en les zones meristemàtiques i en el teixit vascular sobretot del coleòptil on s'aprecia una forta co-localització de MARK i MIK. Totes aquestes dades són compatibles, doncs, amb una possible interacció de les proteïnes MARK i MIK, tot i que no la demostren. Per tal de demostrar la interacció es van realitzar experiments d'immunoprecipitació in vivo a partir d'extractes d'embrions. Malauradament, els resultats no són clars i en aquests moments en el laboratori s'estan posant a punt aquests experiments. També es van realitzar estudis comparatius de seqüència amb diferents proteïnes de la família GCK, mostrant una major similitud amb les proteïnes de la subfamília GCK-III. La subfamília GCK-III ha estat molt poc estudiada i en formen part un conjunt de proteïnes amb funcions molt diverses des de l'apoptosi, la citoquinesi o l'anòxia cel.lular. Per tant, la similitud de seqüència possiblement fa referència a una conservació en el mecanisme d'acció més que no pas a una conservació funcional. La possible interacció de MARK amb el domini C-terminal de MIK (el domini regulador) podria activar aquesta última iniciant una cascada de transducció del senyal en un model en el que una proteïna del tipus GCK-III faria de lligam directa entre un receptor de membrana i una cascada de senyalització intracel.lular. Aquest tipus de lligam entre un recepctor de membrana i mòduls intracel.lulars de senyalització s'ha descrit per a altres proteïnes GCK, si bé no directament sinó a través de proteïnes adaptadores. D'altra banda, la interacció directa de MARK, un receptor quinasa atípic que no té activitat catalítica, amb MIK suggereix un mecanisme on receptors atípics podrien interaccionar en la transducció del senyal activant la via de les MAPK.

An integrated multi-stage model of knowledge management in international joint ventures: identifying a trigger for knowledge exploration and knowledge harvest

This paper examines the evolution of knowledge management from the initial knowledge migration stage, through adaptation and creation, to the reverse knowledge migration stage in international joint ventures (IJVs). While many studies have analyzed these stages (mostly focusing on knowledge transfer), we investigated the path-dependent nature of knowledge flow in IJVs. The results from the empirical analysis based on a survey of 136 Korean parent companies of IJVs reveal that knowledge management in IJVs follows a sequential, multi-stage process, and that the knowledge transferred from parents to IJVs must first be adapted within its new environment before it reaches the creation stage. We also found that only created knowledge is transferred back to parents.

Dilepton mass spectra in p plus p collisions at root s=200 GeV

PHENIX has measured the electron-positron pair mass spectrum from 0 to 8 GeV/c(2) in p + p collisions at root s = 200 GeV. The contributions from light meson decays to e(+)e(-) pairs have been determined based on measurements of hadron production cross sections by PHENIX. Within the systematic uncertainty of similar to 20% they account for all e(+)e(-) pairs in the mass region below similar to 1 GeV/c(2). The e(+)e(-) pair yield remaining after subtracting these contributions is dominated by semileptonic decays of charmed hadrons correlated through flavor conservation. Using the spectral shape predicted by PYTHIA, we estimate the charm production cross section to be 544 +/- 39(stat) +/- 142(syst) +/- 200(model) pb. which is consistent with QCD calculations and measurements of single leptons by PHENIX. (C) 2008 Elsevier BV. All rights reserved.

Kartläggning av plastkorkar och förslag till förbättringar för den australiensiska marknaden

The project Design analysis and proposals of plastic screw caps in Australia was performed at Högskolan Dalarna incooperation with University of Western Sydney, Australia. The Swedish company Tetra Pak, in Lund, were assigner forthe project that was performed 2006-2007. The commission was to do a survey about the packages for non-carbonateddrinks in Australia. The bottles had to be plastic, able to open in one step and with focus on the caps.The project has result in design analysis and a new proposal of a plastic screw cap for the Australian market. Sixbottles were choosen and they were all testet on 20 consumers each with a Likert-scale test. The result from the test andthe survey underlied the work with a proposal of a new design. The most important qualities for a optimal opening is:a tamper that is easy to break and also guarantee that is not been opened before, wide and soft grip, ergonomics, easyto close and that is good looking.

Avaliação da eficiência da lavagem de embalagens plásticas provenientes do resíduo sólido urbano domiciliar do município de Porto Alegre

O presente trabalho relata o estudo realizado na área de lavagem de embalagens provenientes da coleta domiciliar de resíduos sólidos. Foram triadas três tipos de embalagens muito utilizados no dia-a-dia: garrafas PET, embalagens cartonadas (Tetra Pak) e embalagens diversas de PP (polipropileno). Após a triagem das embalagens, as mesmas foram cortadas de forma padronizada com uma guilhotina e submetidas à lavagem por 3 horas com cinco soluções diferentes: água da torneira, solução de detergente a 0,5 % e 1 % e solução de soda cáustica (NaOH) a 1 % e 2 %. Foram feitas coletas da água de lavagem ao início de cada experimento (0 h), antes da adição das embalagens e ao final da lavagem (3h). Foram coletadas, também, amostras aos 15 min, 45 min, 1h 30 min e 2h 30 min, para análise da Demanda Bioquímica de Oxigênio (DBO5). Em complemento, realizou-se a análise das variáveis físico-químicos potencial hidrogeniônico (pH), cor, turbidez, demanda química de oxigênio (DQO), fósforo total, nitrogênio total de Kjeldahl, sólidos totais, sólidos totais fixos, sólidos totais voláteis, sólidos suspensos totais, sólidos suspensos fixos, sólidos suspensos voláteis, sólidos dissolvidos totais, sólidos dissolvidos fixos, sólidos dissolvidos voláteis, sólidos sedimentáveis, coliformes totais, coliformes fecais e demanda bioquímica de oxigênio (DBO5), além de uma avaliação visual do material lavado. Os resultados da caracterização do efluente de cada lavagem mostraram uma grande variabilidade nas variáveis, presença elevada de sólidos e efluente de mau aspecto. É proposto um tratamento para estes efluentes. Houve uma eficiência elevada nas lavagens, o que viabiliza a técnica, com vistas à reciclagem.

Preservação do inóculo de Plasmodiophora brassicae utilizando o método de congelamento

A preservação das estruturas de resistência de Plasmodiophora brassicae, em condições laboratoriais, é dificultada pelo fato de se tratar de um parasita obrigatório. O método de congelamento, utilizando freezer, comum foi testado com o objetivo de viabilizar a sobrevivência e a preservação de suas características infectivas. Raízes de diferentes brássicas, naturalmente infectadas por P. brassicae, contendo sintomas típicos de hérnia, de uma mesma propriedade localizada no município de Pardinho, Estado de São Paulo, foram coletadas em diferentes épocas e imediatamente congeladas, em freezer, a aproximadamente -20ºC. Os tratamentos foram divididos da seguinte maneira: T1: hérnias congeladas por 389 dias (rúcula); T2: hérnias congeladas por 242 dias (brócolis); T3: hérnias congeladas por 21 dias (couve chinesa) e T4: testemunha (sem inóculo). Os testes de patogenicidade, após diferentes períodos de armazenamento, foram realizados em condições de casa de vegetação (25±2ºC). Cada planta de uma variedade suscetível de couve-chinesa (Pak choi) foi inoculada com 2mL da suspensão de esporos de cada tratamento, na concentração de 10(7) esporos.mL-1. Cada tratamento contou com seis repetições distribuídas em blocos ao acaso. Passadas cinco semanas após a inoculação, as raízes das plantas foram lavadas e avaliadas. Houve diferença significativa entre os tratamentos. Os materiais congelados, entre 21 a 242 dias preservaram suas características infectivas, mostrando que o método de congelamento em freezer, nesse período, pode ser uma boa opção para a preservação das estruturas de resistência deste patógeno.

Efeito da temperatura sobre a severidade de Plasmodiophora brassicae

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

High-performance liquid chromatographic determination of amfepramone hydrochloride, mazindol, and diazepam in tablets

Simple and rapid procedures were developed for the quantification of amfepramone hydrochloride and diazepam and mazindol and diazepam in tablets using high performance liquid chromatography (HPLC) with UV detection. These techniques provided conditions for the separation of each active ingredient from the complex matrices of the dosage forms by dilution or extraction in methanol. Isocratic reversed phase chromatography was performed using acetonitrile, methanol, and aqueous 0,1% ammonium carbonate (70:10:20, v/v/v) as a mobile phase, Radial-Pak C-18 column (100 x 8 mm id, 4 mu m), a column temperature of 25+/-1 degrees C and detection at 255 nm. The calibration curves were linear over a wide concentration range (100-1000 mu g.mL(-1) to amfepramone hydrochloride and mazindol and 10-100 mu g.mL(-1) to diazepam) with good correlation factors of 0.9978, 0.9956 and 0.9997 for amfepramone hydrochloride, mazindol, and diazepam, respectively.Mean recoveries obtained from the two kinds of samples ranged from 83.2 to 102.5%, with coefficients of variation ranging from 1.0 to 6.1.These results demonstrated the efficiency of the proposed methods, as well as advantages such as simplicity and short duration of analysis.

TMJ Vibrations in Asymptomatic Patients Using Old and New Complete Dentures

Purpose: The aim of this study was to assess the presence of temporomandibular joint (TMJ) noises in subjects with severe bone resorption, who have worn the same complete dentures for over 10 years, and 5 months after treatment with increments of acrylic resin on the occlusal surface after having new dentures in place.Methods: After applying the research diagnostic criteria (RDC)/temporomandibular disorder (TMD) questionnaire, 20 asymptomatic subjects were assessed before and 5 months after the new dentures were put in place. Joint vibrations were assessed by the Sono Pak program by selecting the vibrations that occurred during the opening and closing cycle.Results: The means of the results revealed a nonnormal distribution and were submitted to Kruskal-Wallis statistical analysis (p < 0.05). The vibration means were of low intensity (<= 9.96 Hz). After rehabilitation, there was a reduction in the vibrations (<= 5.2 Hz) statistically significant only at the end of mouth opening with the old dentures when compared with the other cycles.Conclusion: The intensity and number of occurrences of joint vibrations were reduced after 5 months of wearing new dentures.

Method development for the simultaneous determination of carboxylic acids, phenolic compounds, and sorbic acid in white wines

A reversed phase liquid chromatographic method was developed for the simultaneous determination of carboxylic acids and phenolics in white wines. The samples, diluted, were injected onto a Spherisorb ODS-2 column with a gradient of sulfuric acid (pH 2.5)/methanol as mobile phase. A diode array detector was used which was set at 210nm for carboxylic acids and altered to 278nm, during the run, far phenolics and sorbic acid. The identification of compounds was based on retention time, co-chromatography and UV spectrum. Some clean-up methods (sep-pak C-18 and an ion exchange column) mere tested and did not improve the results.The analysis was simple, with no sample preparation. Application of this method was illustrated by analyses of Brazilian Welchriesling wines.

Inhibitory activity of compounds isolated from Polymnia sonchifolia on aflatoxin production by Aspergillus flavus

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Determination of pesticide residues in coconut water by liquid-liquid extraction and gas chromatography with electron-capture plus thermionic specific detection and solid-phase extraction and high-performance liquid chromatography with ultraviolet detection

Two simple methods were developed to determine, 11 pesticides in coconut water, a natural isotonic drink rich in salts, sugars and vitamins consumed by the people and athletes. The first procedure involves solid-phase extraction using Sep-Pak Vac C-18 disposable cartridges with methanol for elution. Isocratic analysis was carried out by means of high-performance liquid chromatography with ultraviolet detection at 254 nm to analyse captan, chlorothalonil, carbendazim, lufenuron and diafenthiuron. The other procedure is based on liquid-liquid extraction with hexane-dichloromethane (1:1, v/v), followed by gas chromatographic analysis with effluent splitting to electron-capture detection for determination of endosulfan, captan, tetradifon and trichlorfon and thermionic specific detection for determination of malathion, parathion-methyl and monocrotophos. The methods were validated with fortified samples at different concentration levels (0.01-12.0 mg/kg). Average recoveries ranged from 75 to 104% with relative standard deviations between 1.4 and 11.5%. Each recovery analysis was repeated at least five times. Limits of detection ranged from 0.002 to 2.0 mg/kg. The analytical procedures were applied to 15 samples and no detectable amounts of the pesticides were found in any samples under the conditions described. (C) 2002 Elsevier B.V. B.V. All rights reserved.

Solid-phase extraction of sugar cane soot extract for analysis by gas chromatography with flame ionisation and mass spectrometric detection

The incomplete combustion of biomass is one of the most important sources of emissions of organic compounds into the atmosphere, like polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) which show genotoxic activity. Since environmental samples generally contain interferents and trace amounts of PAHs of interest, concentration and clean-up procedures are usually required prior to the final chromatographic analysis. This paper discusses the performance of Sep-Pak cartridges (silica gel and RP18) on clean-up of sugar cane soot extract. The best results were obtained with a silica Sep-Pak cartridge. The recoveries ranged from 79% (benzo[b]fluoranthene) to 113% (benzo[e]pyrene). (C) 2000 Elsevier B.V. B.V. All rights reserved.

Comparison of different clean-up procedures for the determination of N-methylcarbamate insecticides in vegetable matrices by high-performance liquid chromatography with UV detection

Several clean-up procedures which included the use of glass chromatography columns (silica gel, alumina, Florisil, silanized Celite-charcoal), Sep-Pak cartridges and standard solutions were compared for the determination of the following N-methylcarbamate (NMC) insecticides: aldicarb, carbaryl, carbofuran, methomyl and propoxur. According to recovery results of the compounds after elution in a glass column, the most efficient systems employed 4.6% deactivated alumina and a silanized Celite-charcoal (4:1) as adsorbents, using dichloromethane-methanol (99:1) and toluene-acetonitrile (75:25) mixtures, respectively, as binary eluents. The recoveries of the compounds studied varied from 84 to 120%. Comparable recoveries (75-100%) for Sep-Pak cartridges in normal phase (NH2, CN) and reversed phase (C-8) were observed. Different temperatures were tested during the concentration step in a rotary evaporator, and we verified a strong influence of this parameter on the stability of some compounds, such as carbofuran and carbaryl. Recovery studies employing the best clean up procedures were performed at the Brazilian agricultural level in potato and carrot samples; Validation methodology of the US Food and Drug Administration was adapted for the N-methylcarbamate analysis. Their recoveries ranged between 79 and 93% with coefficients of variation of 2.3-8%. (C) 1998 Elsevier B.V. B.V.