Mode of interaction of the Gαo subunit of heterotrimeric G proteins with the GoLoco1 motif of Drosophila Pins is determined by guanine nucleotides.

Drosophila GoLoco motif-containing protein Pins is unusual in its highly efficient interaction with both GDP- and the GTP-loaded forms of the α-subunit of the heterotrimeric Go protein. We analysed the interactions of Gαo in its two nucleotide forms with GoLoco1-the first of the three GoLoco domains of Pins-and the possible structures of the resulting complexes, through combination of conventional fluorescence and FRET measurements as well as through molecular modelling. Our data suggest that the orientation of the GoLoco1 motif on Gαo significantly differs between the two nucleotide states of the latter. In other words, a rotation of the GoLoco1 peptide in respect with Gαo must accompany the nucleotide exchange in Gαo. The sterical hindrance requiring such a rotation probably contributes to the guanine nucleotide exchange inhibitor activity of GoLoco1 and Pins as a whole. Our data have important implications for the mechanisms of Pins regulation in the process of asymmetric cell divisions.

Chemical study of leaves of Chrysophyllum marginatum (Hook. & Arn.) Radlk (Sapotaceae)

The fractionation of the antioxidant ethyl acetate extract obtained from the dried leaves of Chrysophyllum marginatum afforded six substances identified as: alpha-amirin, gallic acid, myricitrin, quercitrin, (-)-epigallocatechin and (-)-epigallocatechin-3-O-gallate. This study contributes to the knowledge of the secondary metabolites produced by one more species of the Brazilian Flora, until now not investigated. Moreover, this study allowed the identification of three substances with antioxidant activity previously detected in this species.

Respuestas morfológicas y anatómicas de Tessaria absinthioides (Hook. et Arn.) DC. a la salinidad

T. absinthioides, Inuleae, Compositae, is a weedy species that is spreading in the irrigation area of the Colorado River, Argentina. This species can be found in normal and saline soils. Morphological and anatomical variables were measured with two salts, sodium chloride and sodium sulfate, with three levels of osmotic potential -0.4, -0.8 and -1.5 MPa, in hydroponic culture, using Hoagland solution as the cultivation media. The total diameter of the roots of plants growing in Na2SO4 and NaCl increased when the osmotic potential was -0.4 MPa. In plants growing in NaCl this may have resulted from the increase in the size of the cortical cells and in plants growing in Na2SO4, the diameter increased may be due to an increase in the cambial activity. The number and length of shoot internodes decreased with increasing salinity, even though this was not statistically significant. In comparison to the control, the total diameter of the shoot increased at -0.4 MPa and decreased with the reduction of the osmotic potential. In comparison to the control, the length of the leaves decreased at -0.4 MPa and the leaves width increased at the same concentration. The palisade parenchyma appeared less developed in saline conditions. In comparison to the control, the number of hairs increased at -0.4 MPa. T. absinthioides acts as a semihalophytic species, according to the salt ranks it tolerates. The mechanisms of adaptation to saline conditions are succulence in root and stunted growth if the salt in the media is NaCl, and the production of haloxeromorphic characters if the salt in the media is Na2 SO4

Identification of the divergent calmodulin binding motif in yeast Ssb1/Hsp75 protein and in other HSP70 family members

Yeast soluble proteins were fractionated by calmodulin-agarose affinity chromatography and the Ca2+/calmodulin-binding proteins were analyzed by SDS-PAGE. One prominent protein of 66 kDa was excised from the gel, digested with trypsin and the masses of the resultant fragments were determined by MALDI/MS. Twenty-one of 38 monoisotopic peptide masses obtained after tryptic digestion were matched to the heat shock protein Ssb1/Hsp75, covering 37% of its sequence. Computational analysis of the primary structure of Ssb1/Hsp75 identified a unique potential amphipathic alpha-helix in its N-terminal ATPase domain with features of target regions for Ca2+/calmodulin binding. This region, which shares 89% similarity to the experimentally determined calmodulin-binding domain from mouse, Hsc70, is conserved in near half of the 113 members of the HSP70 family investigated, from yeast to plant and animals. Based on the sequence of this region, phylogenetic analysis grouped the HSP70s in three distinct branches. Two of them comprise the non-calmodulin binding Hsp70s BIP/GR78, a subfamily of eukaryotic HSP70 localized in the endoplasmic reticulum, and DnaK, a subfamily of prokaryotic HSP70. A third heterogeneous group is formed by eukaryotic cytosolic HSP70s containing the new calmodulin-binding motif and other cytosolic HSP70s whose sequences do not conform to those conserved motif, indicating that not all eukaryotic cytosolic Hsp70s are target for calmodulin regulation. Furthermore, the calmodulin-binding domain found in eukaryotic HSP70s is also the target for binding of Bag-1 - an enhancer of ADP/ATP exchange activity of Hsp70s. A model in which calmodulin displaces Bag-1 and modulates Ssb1/Hsp75 chaperone activity is discussed.

Transduction motif analysis of gastric cancer based on a human signaling network

To investigate signal regulation models of gastric cancer, databases and literature were used to construct the signaling network in humans. Topological characteristics of the network were analyzed by CytoScape. After marking gastric cancer-related genes extracted from the CancerResource, GeneRIF, and COSMIC databases, the FANMOD software was used for the mining of gastric cancer-related motifs in a network with three vertices. The significant motif difference method was adopted to identify significantly different motifs in the normal and cancer states. Finally, we conducted a series of analyses of the significantly different motifs, including gene ontology, function annotation of genes, and model classification. A human signaling network was constructed, with 1643 nodes and 5089 regulating interactions. The network was configured to have the characteristics of other biological networks. There were 57,942 motifs marked with gastric cancer-related genes out of a total of 69,492 motifs, and 264 motifs were selected as significantly different motifs by calculating the significant motif difference (SMD) scores. Genes in significantly different motifs were mainly enriched in functions associated with cancer genesis, such as regulation of cell death, amino acid phosphorylation of proteins, and intracellular signaling cascades. The top five significantly different motifs were mainly cascade and positive feedback types. Almost all genes in the five motifs were cancer related, including EPOR,MAPK14, BCL2L1, KRT18,PTPN6, CASP3, TGFBR2,AR, and CASP7. The development of cancer might be curbed by inhibiting signal transductions upstream and downstream of the selected motifs.

Patterns in space : a regional study of motif in Minoan wall painting

This thesis consists of a quantitative analysis of the regional prevalence of certain artistic motifs as they appear in Minoan wall painting of the Neopalatial period. This will help to establish the relative degree of artistic autonomy exercised by each of the sites included in this study. The results show that the argument for itinerant artists during this time period is a strong one, but the assumption that these travelling artists were being controlled by any one palace-centre is erroneous. Rather, the similarities and differences seen suggest that the choices were predicated either by the specific patrons, or by the function of the associated building or room. Thus, the motifs found within this study should be understood as constituting a cultural identity, with greater or lesser degrees of regional homogeneity, which act as one facet of a number of cultural indicators that can be used to better understand the role of artists and regional dynamics on the island during the Bronze Age.

A Multi-Objective Genetic Algorithm with Side Effect Machines for Motif Discovery

Understanding the machinery of gene regulation to control gene expression has been one of the main focuses of bioinformaticians for years. We use a multi-objective genetic algorithm to evolve a specialized version of side effect machines for degenerate motif discovery. We compare some suggested objectives for the motifs they find, test different multi-objective scoring schemes and probabilistic models for the background sequence models and report our results on a synthetic dataset and some biological benchmarking suites. We conclude with a comparison of our algorithm with some widely used motif discovery algorithms in the literature and suggest future directions for research in this area.

L'âge, un motif autorisé de discrimination? : étude critique des effets conjugués des articles 10 de la Charte des droits et libertés de la personne et 15 de la Charte canadienne des droits et libertés comme obstacles à la protection contre la discrimination fondée sur l'âge

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

Phosphorylation du CTD de l'ARN polymérase II et impact de l'histone H2A.Z sur le positionnement des nucléosomes chez S. cerevisiae

La phosphorylation du domaine C-terminal de l’ARN polymérase II permet à ce complexe protéique d’exécuter la transcription des gènes, en plus de coupler à la transcription des événements moléculaires comme la maturation des ARNm. Mes résultats montrent que même si cette phosphorylation suit un patron similaire à l’ensemble des gènes, il existe des exceptions pouvant être dues à des mécanismes alternatifs de phosphorylation du CTD. Le présent ouvrage s’intéresse également au rôle qu’occupe la variante d’histone H2A.Z dans l’organisation de la chromatine. Des études précédentes on montré que le positionnement de certains nucléosomes le long de l’ADN serait influencé par H2A.Z et aurait une influence sur la capacité de transcrire les gènes. Par une approche génomique utilisant les puces à ADN, j’ai cartographié l’impact de la délétion de H2A.Z sur la structure des nucléosomes. Enfin, des résultats intéressants sur la dynamique d’incorporation de H2A.Z à la chromatine ont été obtenus.

« Accommodements raisonnables » pour motif religieux : étude d’un débat public

Ce mémoire porte sur la polémique qui a eu lieu au Québec entre mars 2006 et décembre 2007 autour des pratiques d’« accommodements raisonnables » pour motif religieux. À partir d’une approche compréhensive et d’un cadre théorique propre à la sociologie des relations ethniques, il propose une analyse qualitative de lettres d’opinion publiées dans des quotidiens québécois. Une première analyse, thématique, a permis de constituer des registres argumentaires dans lesquels ont puisé les participants au débat public sur les « accommodements raisonnables » par le biais de lettres d’opinion. Une seconde analyse, comparative, a permis de construire des figures d’intervenants du débat public qui témoignent non seulement des forces idéologiques qui se sont affrontées dans le débat public, mais également de leur positionnement au croisement des axes saillants de la différenciation sociale dans cette polémique Les résultats de ces analyses suggèrent d’abord que la polémique résulte d’un conflit entre marqueurs identitaires devant servir au positionnement des frontières ethniques, et ensuite que la polémique des « accommodements raisonnables » a donné lieu à une reconfiguration des rapports ethniques au Québec, attribuable à la dissociation entre le conflit entre deux nations et celui sur les critères d’inclusion à la nation.

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences.

Représentation et recherche de motifs cycliques et structuraux d’ARN connus dans les structures secondaires

L'acide désoxyribonucléique (ADN) et l'acide ribonucléique (ARN) sont des polymères de nucléotides essentiels à la cellule. À l'inverse de l'ADN qui sert principalement à stocker l'information génétique, les ARN sont impliqués dans plusieurs processus métaboliques. Par exemple, ils transmettent l’information génétique codée dans l’ADN. Ils sont essentiels pour la maturation des autres ARN, la régulation de l’expression génétique, la prévention de la dégradation des chromosomes et le ciblage des protéines dans la cellule. La polyvalence fonctionnelle de l'ARN résulte de sa plus grande diversité structurale. Notre laboratoire a développé MC-Fold, un algorithme pour prédire la structure des ARN qu'on représente avec des graphes d'interactions inter-nucléotidiques. Les sommets de ces graphes représentent les nucléotides et les arêtes leurs interactions. Notre laboratoire a aussi observé qu'un petit ensemble de cycles d'interactions à lui seul définit la structure de n'importe quel motif d'ARN. La formation de ces cycles dépend de la séquence de nucléotides et MC-Fold détermine les cycles les plus probables étant donnée cette séquence. Mon projet de maîtrise a été, dans un premier temps, de définir une base de données des motifs structuraux et fonctionnels d'ARN, bdMotifs, en terme de ces cycles. Par la suite, j’ai implanté un algorithme, MC-Motifs, qui recherche ces motifs dans des graphes d'interactions et, entre autres, ceux générés par MC-Fold. Finalement, j’ai validé mon algorithme sur des ARN dont la structure est connue, tels que les ARN ribosomaux (ARNr) 5S, 16S et 23S, et l'ARN utilisé pour prédire la structure des riborégulateurs. Le mémoire est divisé en cinq chapitres. Le premier chapitre présente la structure chimique, les fonctions cellulaires de l'ARN et le repliement structural du polymère. Dans le deuxième chapitre, je décris la base de données bdMotifs. Dans le troisième chapitre, l’algorithme de recherche MC-Motifs est introduit. Le quatrième chapitre présente les résultats de la validation et des prédictions. Finalement, le dernier chapitre porte sur la discussion des résultats suivis d’une conclusion sur le travail.

Conception de miARN artificiels basée sur la caractérisation de la boucle de régulation miR-20/E2F

La biologie moléculaire et, plus spécifiquement, la régulation de l’expression génique ont été révolutionnées par la découverte des microARN (miARN). Ces petits ARN d’une vingtaine de nucléotides sont impliqués dans la majorité des processus cellulaires et leur expression est dérégulée dans plusieurs maladies, comme le cancer. Un miARN reconnaît ses cibles principalement par son noyau, ce qui lui permet de réguler simultanément la traduction de centaines d’ARN messagers. Nos travaux ont montré l’existence d’une boucle de rétro-activation négative, entre deux miARN du polycistron miR-17-92 et trois facteurs de transcription de la famille E2F. E2F1, 2 et 3 induisent la transcription de miR-20 et miR-17 qui par la suite inhibent leur traduction. Nos résultats suggèrent l’implication de cette boucle dans la résistance à l’apoptose induite par E2F1 dans les cellules du cancer de la prostate, ce qui expliquerait en partie le potentiel oncogénique du polycistron miR-17-92. L’étude de ce motif de régulation nous a donc permis de réaliser le potentiel incroyable qu’ont les miARN à inhiber la traduction de plusieurs gènes. Basé sur les règles de reconnaissance des miARN, nous avons développé et validé MultiTar. Cet outil bioinformatique permet de trouver la séquence d’un miARN artificiel ayant le potentiel d’inhiber la traduction de gènes d’intérêts choisis par l’utilisateur. Afin de valider MultiTar, nous avons généré des multitargets pouvant inhiber l’expression des trois E2F, ce qui nous a permis de comparer leur efficacité à celle de miR-20. Nos miARN artificiels ont la capacité d’inhiber la traduction des E2F et de neutraliser leur fonction redondante de la progression du cycle cellulaire de façon similaire ou supérieur à miR-20. La fonctionnalité de notre programme, ouvre la voie à une stratégie flexible pouvant cibler le caractère multigénique de différents processus cellulaires ou maladies complexes, tel que le cancer. L’utilisation de miARN artificiels pourrait donc représenter une alternative intéressante aux stratégies déjà existantes, qui sont limitées à inhiber des cibles uniques. En plus d’élucider un réseau de régulation complexe impliquant les miARN, nous avons pu tirer profit de leur potentiel d’inhibition par la conception de miARN artificiels.