Using genomic DNA-based probe-selection to improve the sensitivity of high-density oligonucleotide arrays when applied to heterologous species

High-density oligonucleotide (oligo) arrays are a powerful tool for transcript profiling. Arrays based on GeneChip® technology are amongst the most widely used, although GeneChip® arrays are currently available for only a small number of plant and animal species. Thus, we have developed a method to improve the sensitivity of high-density oligonucleotide arrays when applied to heterologous species and tested the method by analysing the transcriptome of Brassica oleracea L., a species for which no GeneChip® array is available, using a GeneChip® array designed for Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. Genomic DNA from B. oleracea was labelled and hybridised to the ATH1-121501 GeneChip® array. Arabidopsis thaliana probe-pairs that hybridised to the B. oleracea genomic DNA on the basis of the perfect-match (PM) probe signal were then selected for subsequent B. oleracea transcriptome analysis using a .cel file parser script to generate probe mask files. The transcriptional response of B. oleracea to a mineral nutrient (phosphorus; P) stress was quantified using probe mask files generated for a wide range of gDNA hybridisation intensity thresholds. An example probe mask file generated with a gDNA hybridisation intensity threshold of 400 removed > 68 % of the available PM probes from the analysis but retained >96 % of available A. thaliana probe-sets. Ninety-nine of these genes were then identified as significantly regulated under P stress in B. oleracea, including the homologues of P stress responsive genes in A. thaliana. Increasing the gDNA hybridisation intensity thresholds up to 500 for probe-selection increased the sensitivity of the GeneChip® array to detect regulation of gene expression in B. oleracea under P stress by up to 13-fold. Our open-source software to create probe mask files is freely available http://affymetrix.arabidopsis.info/xspecies/ webcite and may be used to facilitate transcriptomic analyses of a wide range of plant and animal species in the absence of custom arrays.

Análisis comparativo regional e intercomunal de la variación del déficit habitacional: región de O'Higgins, 1992-2002

Incluye Bibliografía

Imaginary irishness: the feminine in dramatisations of the Paster Rising in Sean O’Casey’s the plough and the stars and Tom Murphy’s The Patriot Game

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Christina Higgins. 2009. English as a Local Language

Christina Higgins credibly presents the situation of English in East Africa as scrutinized from four areas, which she investigated in the field: the newspaper journalism, annual beauty pageants for young women, the hip hop music of the youth, and advertisements. For me, as a Tanzanian, it has been a pleasure to review a book that illuminatingly documents the language situation, the cultural conceptualization and the localization of English that is taking place in the multilingual society in Tanzania.

Evaluación espacial de procesos geodinámicos en el ambiente montañoso de la cuenca del río Cachapoal, Chile central. Impacto geodinámico sobre el potencial corredor de comercio Las Leñas, VI Región del Libertador Gral. Bernardo O'Higgins

En el contexto de la posible habilitación de una ruta entre Chile y Argentina a través del paso fronterizo Las Leñas en Chile central, alternativo al Cristo Redentor, se procedió a analizar las vulnerabilidades y los impactos provocados por la geodinámica en áreas montañosas. Se evaluaron procesos erosivos en los ambientes de baja, media y alta montaña en el valle del río Cachapoal. La alta energía de estos paisajes es causante de la generación y el aporte de sedimentos mediante erosión, la que es activada por las precipitaciones intensas y la acción periglacial. Las diferencias erosivas se entienden por la presencia de distintas formas del paisaje; así, los depósitos basales en alta montaña están asociados a movimientos del terreno en masa, y la erosión lineal se desarrolla sobre las terrazas fluviales ubicadas en fondo de valle, las que se encuentran estabilizadas por la mayor cobertura vegetal.

Evaluación espacial de procesos geodinámicos en el ambiente montañoso de la cuenca del río Cachapoal, Chile central. Impacto geodinámico sobre el potencial corredor de comercio Las Leñas, VI Región del Libertador Gral. Bernardo O'Higgins

En el contexto de la posible habilitación de una ruta entre Chile y Argentina a través del paso fronterizo Las Leñas en Chile central, alternativo al Cristo Redentor, se procedió a analizar las vulnerabilidades y los impactos provocados por la geodinámica en áreas montañosas. Se evaluaron procesos erosivos en los ambientes de baja, media y alta montaña en el valle del río Cachapoal. La alta energía de estos paisajes es causante de la generación y el aporte de sedimentos mediante erosión, la que es activada por las precipitaciones intensas y la acción periglacial. Las diferencias erosivas se entienden por la presencia de distintas formas del paisaje; así, los depósitos basales en alta montaña están asociados a movimientos del terreno en masa, y la erosión lineal se desarrolla sobre las terrazas fluviales ubicadas en fondo de valle, las que se encuentran estabilizadas por la mayor cobertura vegetal.

Evaluación espacial de procesos geodinámicos en el ambiente montañoso de la cuenca del río Cachapoal, Chile central. Impacto geodinámico sobre el potencial corredor de comercio Las Leñas, VI Región del Libertador Gral. Bernardo O'Higgins

En el contexto de la posible habilitación de una ruta entre Chile y Argentina a través del paso fronterizo Las Leñas en Chile central, alternativo al Cristo Redentor, se procedió a analizar las vulnerabilidades y los impactos provocados por la geodinámica en áreas montañosas. Se evaluaron procesos erosivos en los ambientes de baja, media y alta montaña en el valle del río Cachapoal. La alta energía de estos paisajes es causante de la generación y el aporte de sedimentos mediante erosión, la que es activada por las precipitaciones intensas y la acción periglacial. Las diferencias erosivas se entienden por la presencia de distintas formas del paisaje; así, los depósitos basales en alta montaña están asociados a movimientos del terreno en masa, y la erosión lineal se desarrolla sobre las terrazas fluviales ubicadas en fondo de valle, las que se encuentran estabilizadas por la mayor cobertura vegetal.

Pragmatica y declaracion sobre los que permiten que sus mugeres sean malas, se les da la pena que a los rufianes.

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