Unifying Time to Contact Estimation and Collision Avoidance across Species

The -function and the -function are phenomenological models that are widely used in the context of timing interceptive actions and collision avoidance, respectively. Both models were previously considered to be unrelated to each other: is a decreasing function that provides an estimation of time-to-contact (ttc) in the early phase of an object approach; in contrast, has a maximum before ttc. Furthermore, it is not clear how both functions could be implemented at the neuronal level in a biophysically plausible fashion. Here we propose a new framework the corrected modified Tau function capable of predicting both -type ("") and -type ("") responses. The outstanding property of our new framework is its resilience to noise. We show that can be derived from a firing rate equation, and, as , serves to describe the response curves of collision sensitive neurons. Furthermore, we show that predicts the psychophysical performance of subjects determining ttc. Our new framework is thus validated successfully against published and novel experimental data. Within the framework, links between -type and -type neurons are established. Therefore, it could possibly serve as a model for explaining the co-occurrence of such neurons in the brain.

Correcting for the bias due to expression specificity improves the estimation of constrained evolution of expression between mouse and human.

MOTIVATION: Comparative analyses of gene expression data from different species have become an important component of the study of molecular evolution. Thus methods are needed to estimate evolutionary distances between expression profiles, as well as a neutral reference to estimate selective pressure. Divergence between expression profiles of homologous genes is often calculated with Pearson's or Euclidean distance. Neutral divergence is usually inferred from randomized data. Despite being widely used, neither of these two steps has been well studied. Here, we analyze these methods formally and on real data, highlight their limitations and propose improvements. RESULTS: It has been demonstrated that Pearson's distance, in contrast to Euclidean distance, leads to underestimation of the expression similarity between homologous genes with a conserved uniform pattern of expression. Here, we first extend this study to genes with conserved, but specific pattern of expression. Surprisingly, we find that both Pearson's and Euclidean distances used as a measure of expression similarity between genes depend on the expression specificity of those genes. We also show that the Euclidean distance depends strongly on data normalization. Next, we show that the randomization procedure that is widely used to estimate the rate of neutral evolution is biased when broadly expressed genes are abundant in the data. To overcome this problem, we propose a novel randomization procedure that is unbiased with respect to expression profiles present in the datasets. Applying our method to the mouse and human gene expression data suggests significant gene expression conservation between these species. CONTACT: marc.robinson-rechavi@unil.ch; sven.bergmann@unil.ch SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Populaarikulttuurin raskaassa lastissa

Kirja-arvio

Unifying Time to Contact Estimation and Collision Avoidance across Species

The -function and the -function are phenomenological models that are widely used in the context of timing interceptive actions and collision avoidance, respectively. Both models were previously considered to be unrelated to each other: is a decreasing function that provides an estimation of time-to-contact (ttc) in the early phase of an object approach; in contrast, has a maximum before ttc. Furthermore, it is not clear how both functions could be implemented at the neuronal level in a biophysically plausible fashion. Here we propose a new framework- the corrected modified Tau function- capable of predicting both -type ("") and -type ("") responses. The outstanding property of our new framework is its resilience to noise. We show that can be derived from a firing rate equation, and, as , serves to describe the response curves of collision sensitive neurons. Furthermore, we show that predicts the psychophysical performance of subjects determining ttc. Our new framework is thus validated successfully against published and novel experimental data. Within the framework, links between -type and -type neurons are established. Therefore, it could possibly serve as a model for explaining the co-occurrence of such neurons in the brain.

Dissertationer, Kungliga Akademin i Åbo

Kungliga Akademin i Åbo var verksam mellan åren 1640 och 1827. Det finns en omfattande samling dissertationer från den tiden vid akademibiblioteket. Samlingen är inte fullständig. Samlingen har tillkommit genom gåvor från både Sverige och Finland. De svenska universitetsbiblioteken sände frikostigt dupletter från sina samlingar, och från tryckerihistoriska biblioteket på Skansen kom betydande mängder gammalt åbotryck. Bland privata välgörare kan nämnas professor Artur Rindell, generalkonsul Axel Solitander och generalkonsul Sven A. Lovén, men framför allt en svensk donator, löjnant Thore Virgin, en av Sveriges mest betydande boksamlare under 1900-talet. Han bidrog med en betydande kollektion, och ställde därtill en penningsumma för antikvariska förvärv till bibliotekets förfogande. Samlingen är okatalogiserad, men de tryck som ingår är förprickade i ett referensexemplar av Vallinkoski, Jorma Turun akatemian väitöskirjat 1642-1828. Helsinki 1828. En presentation av samlingen återfinns på bibliotekets hemsida, http://bibbild.abo.fi/diss/dissaml.htm Samlingen omfattar totalt 3.249 volymer.

Etnologi och antropologi

Samlingen med signum HF Etnol omfattar litteratur om etnologi och antropologi dels vid Humanistiska biblioteket och dels vid ämnet Etnologi. Vid huvudbiblioteket finns också etnologisk och antropologisk litteratur. De etnologiska och antropologiska samlingarna vid akademibiblioteket har byggts upp under lång tid genom bytesverksamhet, inköp och omfattande gåvor. Tidskrifter och årsböcker från hela Europa har kommit genom bytesverksamheten och en aktiv inköpspolitik har kompletterat samlingarna med såväl inhemsk som utländsk litteratur. Professorerna Gabriel Nikander och K.Rob.V.Wikman skaffade bägge stora samlingar etnologisk litteratur, som utgör stommen till de etnologiska samlingarna. Vidare har professor Sven-Erik Åströms samling av sockenhistoriker över svenska socknar i Finland donerats till institutionen. Värdefulla särtryckssamlingar om etnologi och antropologi samlade av professorerna Sigurd Erixon, Helmer Tegengren och Nils Storå förvaras på institutionen. Litteraturen i samlingen söks i databasen Alma med sökfunktionen Signum och söktermen HF Etnol.

Litteraturvetenskap

Samlingen med signum HF Litt finns vid Humanistiska biblioteket i anslutning till ämnet Litteraturvetenskap. Vid huvudbiblioteket finns dessutom en stor samling litteraturvetenskapliga böcker. Till grund för samlingen ligger donationer. En tidig donation är Baers samling. Senare har tillkommit donationer av bl.a. Olaf Homén, Sven Linnér och Johannes Salminen. Medel ur Ester-Margareta von Frenckells fond för teatervetenskap har möjliggjort införskaffande av material inom ämnesområdena teater och drama. Den litteraturvetenskapliga litteraturen vid Humanistiska biblioteket söks i databasen Alma med sökfunktionen Signum och söktermen HF Litt.

Sjöhistoria

Sjöhistoriska institutet vid Åbo Akademi (SHIÅA) är ett specialarkiv och bibliotek med inriktning på sjöhistoria och maritimetnologi. En närmare presentation av institutet och dess samlingar finns under adressen www.abo.fi/instut/sjohistoriska. I samlingarna ingår stora depositioner t.ex. från Navigationsskolan. Mycket material har kommit genom donationer av enskilda privata samlingar. Bland donatorerna kan nämnas Björn Landström, Jarl Gallén, Göran-Fredrik Mustelin, Börje Herold, Rainer Westman, Sven Andersson, Alfons Kvarnström, Sven Olof Ahlstedt, Nils-Erik Wikeström, Holger Stolzmann, Christoffer H. Ericsson, Laivateollisuus, Wärtsilä och Sjöofficersföreningen. Samlingarna i biblioteket är finindelade enligt ämne i 30 klasser. Litteraturen i Sjöhistoriska institutets bibliotek söks i Alma med sökfunktionen Signum och söktermen HF Sjöhist. Den sjöhistoriska litteraturen vid huvudbiblioteket finns i klassen HB Xg till och med år 1999 och ingår därefter i en numerus currens-samling

Ressenya: Sidereus Nuncius. O Mensageiro das Estrelas de Galileu Galilei. Tradução, estúdio e notas por Henrique Leitão

Acaba d"aparèixer març de 2010 de la mà d"Henrique Leitão, la primera traducció realitzada a Portugal del Sidereus Nuncius. O Mensageiro das Estrelas , de Galileo Galilei, editat per la Fundació Calouste Gulbenkian, en la seva col·lecció de clàssics. El volum és molt més que una traducció: en tapa dura amb sobre-coberta però lleuger i manejable, conté una nota d"obertura de Sven Dupré; un prefaci, estudi introductori, breu cronologia, traducció i notes, tot a càrrec d"Henrique Leitão; i, a més, el facsímil de l"edició original, publicada a Venècia, per Tommaso Baglioni, el 1610 ...

De sensibus hominis

Invocatio: Numine trisagio auspice et duce.

Om sjöstaden Raumo

Invocatio: I.J.N.