Avaliação da organização da variabilidade genética em populações de anfíbios de hábitats antropizados por meio marcadores microssatélites

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo da biologia reprodutiva, diversidade genética e química de populações de Ocimum selloi Benth

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Biotecnologia para conservação ex-situ de plantas medicinais do Cerrado

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Ocorrência e caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em bezerros (Bos taurus e Bos indicus) da região Centro-Oeste de Minas Gerais

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Epidemiologia molecular das infecções por rotavírus G2 ao longo de 16 anos (1992 a 2008) na região amazônica, Brasil

No Brasil, estima-se que os rotavírus causem 3.352.053 episódios de diarreia, 655.853 ambulatoriais, 92.453 hospitalizações e 850 mortes envolvendo crianças menores de 5 anos de idade. Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. A partícula viral é constituída por três camadas proteicas concêntricas e pelo genoma viral reunindo 11 segmentos de RNA com dupla fita. Reconhecem-se 23 genótipos G e 31 genótipos P. Dentre os genótipos G detectados até o momento, o G2 atua como um dos mais importantes, estando geralmente associado ao genótipo P[4]. Nos últimos três anos se tem observado em larga escala global a reemergência do genótipo G2, sendo um dos mais detectados nos anos que sucederam a implantação da vacina contra rotavírus, particularmente no Brasil. Este estudo teve como objetivo a caracterização molecular de amostras do tipo G2 obtidas de crianças participantes de estudos em gastroenterites virais na região amazônica, Brasil, no período de 1992 a 2008. Foram selecionadas 53 amostras positivas para rotavírus genótipo G2 que foram sequenciadas para VP7 e 38 para VP4. Inicialmente, as amostras foram genotipadas por RT-PCR e seus produtos purificados, quantificados e sequenciados. As amostras também foram testadas quanto ao perfil de migração dos segmentos de RNA. As sequências obtidas dos genes VP4 e VP7 foram alinhadas e editadas no programa Bioedit (v.6.05) e comparadas a outras sequências de RV registradas no banco de genes utilizando o programa BLAST. A árvore filogenética foi feita utilizando o programa Mega 2.1. Do total de 53 amostras sequenciadas para o gene VP7, a análise filogenética revelou a existência de duas linhagens (II e III) e três sublinhagens (IIa, IIc, IId) que circularam em períodos diferentes na população. Amostras das sub-linhagem IIa e IIc apresentaram mutação na posição no aminoácido da posição 96 (Asp/ Asn) . Essa modificação pode resultar em uma alteração conformacional dos epítopos reconhecidos por anticorpos neutralizantes. As linhagens de G2 que circularam em Belém foram idênticas àquelas de outros Estados da região amazônica envolvidos no estudo. O gene VP[4] foi sequenciado na região da VP8*, sendo 36 pertencentes do genótipo P[4] e 3 ao P[6]. No genótipo P[4] foi identificada a circulação de duas linhagens, P[4]-4 ocorrendo nos anos de 1998-2000, e P[4]-5 que circulou nos períodos de 1993-1994 e 2006-2008. Nossos resultados reforçam dados de ocorrência continental que evidenciam a reemergência do genótipo G2 com a variante gênica IIc, a qual se estabeleceu na população em associação com o genótipo P[4]-5. A grande homologia entre as cepas de G2 que circularam entre os diferentes estados envolvidos no estudo sugere que as mutações registradas ultrapassaram barreiras geográficas e temporais.

Caracterização molecular de cepas do Vírus da raiva (Lyssavirus; Rhabdoviridae) isoladas no Estado do Pará

A raiva é uma das zoonoses mais antigas e temidas pelo homem devido a seu desfecho fatal. Os cães ainda são considerados os principais responsáveis pela manutenção e transmissão da raiva para o homem. Porém, nos últimos anos os morcegos hematófagos têm ganhado destaque como potenciais transmissores de raiva para animais e humanos nas Américas. Recentemente, várias epidemias de raiva humana transmitida por morcegos hematófagos foram relatados no estado do Pará, o que mostra uma grande alteração no ambiente natural destes animais. A amplificação parcial do gene N pela técnica de RT-PCR foi aplicada em 62 amostras positivas para o Vírus da raiva, pela imunofluorescência direta e prova biológica. As seqüências nucleotídicas obtidas foram comparadas entre si e com outras amostras de vírus rábico isoladas no Brasil, utilizando os métodos de análise filogenética máxima verossimilhança e Bayesiano. Estas análises permitiram traçar o perfil epidemiológico molecular das variantes virais circulantes no estado do Pará, observando a emergência da transmissão de casos associados à variante antigênica 3 (VAg3), comumente encontrada em morcegos hematófagos Desmodus rotundus em detrimento dos casos relacionados à variante antigênica 2 (VAg2) associada a cães domésticos, bem como a identificação de três linhagens genéticas relacionadas a VAg3 e uma relacionada a VAg2 e uma possível nova variante isolada de morcego frugívoro Uroderma bilobatum.

Filogenia molecular da família Dipsadidae (serpentes : Colubroidea)

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBRC

Estudos estruturais por dinâmica molecular do peptídeo Polybia-MPI via Replica Exchange

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Atividade alelopática de Copaifera langsdorffii DESF: abordagem fitoquímica e molecular

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Botânica) - IBB

Caracterização molecular de genes do sistema imune de búfalo

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV

Análise da distribuição dos subtipos de Linepithema micans (Formicidae: Dolichoderinae) na região sul do Brasil através da ferramenta molecular barcode

Formigas do gênero Linepithema se encontram distribuídas amplamente por todo o globo, algumas delas, como Linepithema humile são muito conhecidas por sua ação invasora, comprometendo fauna e flora dos ambientes que invadem. Devido a notoriedade dessa espécie, há uma tendência em identificar erroneamente como L. humile as espécies próximas. Assim ocorreu com outras espécies da região Sul do Brasil com características próximas a ela. L. micans é a principal espécie que se associa com a pérola-da-terra Eurhizococcus brasiliensis (Hemíptera: Margarodidae), importante praga na vinicultura gaúcha. Análises preliminares revelaram a existência de três subtipos de L. micans. No presente estudo foram analisadas diferentes populações de L. micans das vinícolas do Estado do Rio Grande do Sul com a utilização de dois genes mitocondriais, utilizados para DNA Barcode de animais, com o propósito de estabelecer a distribuição dos diferentes mitótipos de L. micans. O resultado obtido revelou a existência de 14 haplótipos, sendo 12 novos e a análise da rede de haplótipos sugere a existência de dois possíveis grupos ancestrais

Prevalência da excreção e caracterização molecular do poliomavírus humano JC em amostras de urina de pacientes com aids sem leucoencefalopatia multifocal pro-gressiva

The human poliomavirus is the etiologic agente of Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a disease characterized by focal lesions not expansives of the central nervous system that develops in imunocompromissed patients, specially people with aids. The main aim of the study was to evalute the prevalence of the JCV excretion in urine samples of patients with aids, without PML, to compare two JCV DNA detection techniques through of two diferents genomic regions and to evaluate the genotypic characterization of the positive samples. A total of 75 samples were colected in the Instituto de Infectologia Emílio Ribas, in Sao Paulo, Brazil, between may and november, 2009. To detect the JC virus it was made the DNA extraction and then the polimerase chain reaction (PCR). Firstly a fragment of 215 bp was amplified, which corresponds to the codifying gene of the strutural protein of de JC vírus capsid VP1. All the samples were later submitted to another PCR that uses a pair of primers complementaries to the early region of the JCV (T antigen) amplifying a fragment of 173 bp. Followed by the digestion of the amplified product with the restriction enzime BamH1, resulting in two smaller fragments (120 bp and 53 bp). The JC vírus was detected in 53 samples, for both techniques (70,7% for VP1 PCR, and the restriction enzime BamH1), 34/46 were men (73,9%) and 19/29 were women (65,5%). The JCV excretion was higher in individuals that were over 46 years old. Regarding the seven genotypes described in the literature, the ones that were more prevalent among the JC positive patients were 3B and 3A with 10 samples each (21,0%), the 2B with 9 samples (19,0%) and genotype 6, with six samples (13,0%). As in the brown patients as the white ones, the most prevalent genotype was 3B. In the present study it was observed a high prevalence of JCV DNA (70,7%) and the genotype 3 (43,0%)... (Complete abstract click electronic access below)

Identificação molecular e genotipagem pela técnica de Spoligotyping de Mycobacterium tuberculosis isolado da população indígena e não-indígena no Mato Grosso do Sul (MS)

O presente trabalho baseou-se na análise de amostras de isolados de M. tuberculosis provenientes da população indígena e não indígena do Mato Grosso do Sul. As análises foram feitas basicamente por três técnicas de Biologia Molecular: PCR-IS6110 e PRA (para identificação) e Spoligotyping (para genotipagem), ressaltando que somente as amostras negativas para PCR-IS6110 foram submetidas ao PRA. Os objetivos do estudo eram: confirmar por técnicas moleculares de PCR e de PRA a identificação do complexo M. tuberculosis e de outras micobactérias, após o descongelamento e cultivo, analisar a incidência de isolados de M. tuberculosis da região do Mato Grosso do Sul que não tem o IS6110, avaliar a incidência de outras micobactérias entre a população indígena e não indígena do Mato Grosso do Sul, agrupar em famílias, por similaridade epidemiológica os isolados de M. tuberculosis procedentes da população indígena e não indígena com TB e avaliar a presença efetiva de grupos genéticos predominantes; Pela técnica de PCR-IS6110, analisamos um total de 119 isolados clínicos, sendo que apenas 6 apresentaram negatividade, sendo assim submetidos à técnica do PRA. Feito isso, também apresentaram resultado positivo para CMTB, nos permitindo concluir que essas técnicas podem se tornar ferramentas de grande valia no diagnóstico rápido da TB. Pela técnica de genotipagem do Spoligotyping foram analisadas 97 amostras e foi constatado um maciço predomínio da família LAM, principalmente da subfamília LAM 9, representados por 4 SITs, sendo SIT 42 com 44 isolados e SITs 177, 1337 e 1075 com respectivamente 4, 2 e 1 isolados cada (essa subfamília representou 52,6% do total de isolados). Outras famílias, tais como T, H e U também estiveram presentes no estudo em menores proporções

Clonagem, expressão e purificação de três mutantes truncados da proteína LaRPA-1 de Leishmania amazonensis

A leishmaniose é uma doença que atinge milhões de pessoas no mundo e, de acordo com a FUNASA, está se espalhando por todas as regiões do Brasil. O tratamento desta zoonose é ineficaz, pois os fármacos utilizados apresentam muitos efeitos colaterais e colaboram com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Portanto um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar o descobrimento de novas terapias e desenvolvimento de drogas antiparasitárias. O complexo telomérico é formado pela interação de DNA com proteínas, sendo que estas últimas podem também interagir entre si. A proteína RPA de eucariotos compreende um complexo trimérico subdividido em três subunidades. Este cumpre independentemente ou juntamente com outras proteínas diversas funções vitais para a célula, entre elas, auxiliar na manutenção dos telômeros e ajudar a recrutar a telomerase. Além disso, ela parece ser um dos principais componentes do complexo de proteínas que interagem com o terminal simples fita telomérico de protozoários tripanosomatídeos. Curiosamente, em Leishmania spp., as subunidades 2 e 3, ao contrário da subunidade 1 da RPA, não fazem parte do complexo telomérico. Portanto a LaRPA-1 pode apresentar comportamentos peculiares quando comparada a RPA dos outros eucariotos, e se tornar um importante alvo ao se estudar a biologia molecular do parasita. Este trabalho tem como objetivo clonar, expressar e purificar os três diferentes mutantes truncados da proteína LaRPA-1 para, futuramente, utilizar-se estas proteínas recombinantes como ligantes em ensaios de interação proteína:proteína, visando mapear possíveis sítios ou domínios na proteína LaRPA-1.O gene que codifica LaRPA-1 já encontrava-se clonado e sequenciado no laboratório de Telômeros da UNESP de Botucatu....(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise da expressão gênica de pequenos RNAs derivados de tRNAs (tRFs) em plantas

Small non coding RNAs emerged as important characters in several biology aspects. Among then, the most studied are microRNAs (miRNAs) and short interfering RNAs (siRNAs), that regulate their target gene post-transcriptionally in plants, animals and RNAi pathway intermediates, respectively. Both of classes have similar biogenesis being processed by Dicer enzymes and subsequent association with Argonaute enzymes. In plants, miRNAs and siRNAs have important functions in development, genome integrity and biotic and abiotic stress responses. The advances in high-throughtput sequencing and in silico analisys provide the uncover of new small non coding RNAs classes, many of them with unknown functions and biogenesis. tRNA derived small RNAs (tRFs) are a small non coding RNA class, that have as precursor a tRNA molecule. These were uncovers in the last decade in many organisms and, recently, in plants. Recent works detected tRFs from different sizes, with different source portions of the mature tRNA molecule (5’ end; 3’ end, anti-codon loop) and some from the tRNA precursor (pre-tRNA), suggesting that may be a novel class of small RNA and not random degradation products. Works in humans showed that some tRFs are processed by the Dicer enzymes, have association with the Argonaute enzymes and cell differentiation, tumor appearance and gene silencing related functions. Works in Arabidopsis and pumpkin (Cucurbita maxima) showed, respectively, that the tRFs have nutritional stress response possible functions and long distance signaling function between source and drain tissues, and may affect the translation. The tRFs biogenesis in plants are, until now an unknown, absence information about it in the literature and its possible biological functions are few studied yet, making then interesting target for studies among the small non coding RNAs in plants