Élaboration d’un bioessai à haut débit pour la découverte de nouveaux ligands péptidiques chez les végétaux

Suite au projet de séquençage du génome d’Arabidopsis thaliana, plus de 400 récepteurs de types serine/thréonine kinases (Protein Receptor Kinase ou PRK) ont été prédits. Par contre, seulement sept paires de récepteurs/ligands ont été caractérisées jusqu’à présent par des techniques de biochimie et d’analyse, de mutants. Parmi ceux-ci figurent les PRK : BRI1, CLV1, SRK, SR160, Haesa-IDA et PEPR1 qui jouent un rôle important dans le développement, l’auto-incompatibilité sporophytique et les mécanismes de défense. Le but de mon projet de maîtrise était de développer un bioessai à haut débit qui permettra la découverte de ligands peptidiques. Le bioessai utilisera des PRK chimériques composés du domaine extracellulaire (l’ectodomaine) de la PRK à l’étude fusionnée au domaine intracellulaire d’une PRK qui agira comme rapporteur. Deux stratégies sont présentement développées dans notre laboratoire : la première consiste à fusionner la PRK à l’étude avec le domaine intracellulaire (l’endodomaine) du récepteur tyrosine kinase animal EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor). Suite à l’interaction avec une fraction protéique contenant un ligand correspondant à la PRK étudiée, une transphosphorylation de l’endodomaine (le domaine kinase) serait détectable. La seconde stratégie utilise l’endodomaine du récepteur BRI1, un récepteur répondant aux brassinostéroïdes. Suite à l’interaction avec une fraction protéique contenant un ligand correspondant à la PRK étudiée, cette fois-ci nous devrions être en mesure de mesurer l’activation d’un gène rapporteur répondant normalement à une activation par les brassinostéroïdes.

Relevé et analyse spectroscopiques d'étoiles naines blanches brillantes et riches en hydrogène

Nous présentons un relevé et une analyse spectroscopiques de plus de 1300 naines blanches brillantes (V < 17.5) et riches en hydrogène. Des spectres dans le domaine du visible avec un rapport signal-sur-bruit élevé ont été obtenus et les données ont ensuite été analysées avec notre méthode spectroscopique habituelle qui compare les profils observés des raies de Balmer à des spectres synthétiques calculés à partir de la dernière génération de modèles d’atmosphère. D’abord, nous présentons une analyse détaillée de 29 naines blanches de type DAO utilisant une nouvelle grille de modèles qui inclut du carbone, de l’azote et de l’oxygène aux abondances solaires. Nous démontrons que l’ajout de ces métaux dans les modèles d’atmosphère est essentiel pour surmonter le problème des raies de Balmer qui empêche un ajustement simultané de toutes les raies de Balmer avec des paramètres atmosphériques cohérents. Nous identifions également 18 naines blanches chaudes de type DA qui souffrent aussi du problème des raies de Balmer. Des spectres dans l’ultraviolet lointain obtenus des archives du satellite FUSE sont ensuite examinés pour démontrer qu’il existe une corrélation entre les abondances métalliques élevées et les cas du problème des raies de Balmer. Les conséquences de ces résultats pour toutes les naines blanches chaudes et riches en hydrogène sont discutées. En particulier, le scénario évolutif pour les naines blanches DAO est révisé et nous n’avons plus besoin d’évoquer l’évolution post-EHB pour expliquer la majorité des étoiles DAO. Finalement, nous élaborons un scénario dans lequel les métaux engendrent un faible vent stellaire qui expliquerait la présence d’hélium dans les étoiles DAO. Ensuite, nous présentons les résultats globaux de notre relevé, ce qui inclut une analyse spectroscopique de plus de 1200 naines blanches de type DA. En premier lieu, nous présentons le contenu spectroscopique de notre échantillon qui contient de nombreuses classifications erronées ainsi que plusieurs naines blanches de type DAB, DAZ et magnétiques. Nous discutons ensuite des nouveaux modèles d'atmosphère utilisés dans notre analyse. De plus, nous utilisons des modèles de naines M pour obtenir de meilleures valeurs des paramètres atmosphériques pour les naines blanches qui sont membres de systèmes binaires DA+dM. Certaines naines blanches uniques et quelques systèmes binaires double-dégénérées sont également analysés de manière plus détaillée. Nous examinons ensuite les propriétés globales de notre échantillon incluant la distribution de masse et la distribution de masse en fonction de la température. Nous étudions également la façon dont les nouveaux profils de raies de Balmer affectent la détermination des paramètres atmosphériques. Nous testons la précision et la robustesse de nos méthodes en comparant nos résultats avec ceux du projet SPY, dans le cadre duquel plus de 300 des mêmes naines blanches ont été analysées d'une manière complètement indépendante. Finalement, nous faisons un retour sur la bande d'instabilité des naines blanches pulsantes de type ZZ Ceti pour voir quels effets ont les nouveaux profils de raies sur la détermination de ses frontières empiriques.

Développement d'une méthode d'isolation des noyaux adaptée aux macrophages pour une caractérisation protéomique d'une nouvelle structure autophagique induite par le virus HSV-1

L’autophagie est un processus cellulaire catabolique qui a été conservé durant l’évolution de la levure à l’homme. Cet important mécanisme consiste en une dégradation des composants cytoplasmiques dans une structure lytique, le lysosome. Il existe trois types de l’autophagie : la microautophagie, l’autophagie médiée par les chaperones et la macroautophagie nommée « autophagie ». Il a été démontré que lors de l’autophagie, le matériel cytoplasmique (protéines cytosoliques et organites) est séquestré dans l’autophagosome qui finit par fusionner avec le lysosome, formant ainsi l’autophagolysosome. Le matériel séquestré et la membrane interne de l’autophagosome seront dégradés par les hydrolases lysosomales. Plusieurs études se sont focalisées sur la détermination de la machinerie moléculaire et les mécanismes de l’autophagie. Il a été démontré l’implication de 31 molécules Atg essentielles dans le processus de l’autophagie. L’identification de ces protéines a permis de déceler le rôle de l’autophagie non seulement dans le maintien de l’homéostasie cellulaire mais aussi dans la défense contre les agents pathogènes. En effet, l’autophagie joue un rôle important dans l’immunité innée conduisant à contrôler l’évasion des pathogènes dont les bactéries et les virus. Également, l’autophagie est impliquée dans l’immunité adaptative en favorisant la présentation des antigènes viraux par le CMH de classe II aux cellules T CD4+. De plus, une étude récente suggère que l’autophagie contribue à la présentation antigénique par le CMH de classe I aux cellules T CD8+ durant une infection virale par le virus HSV-1 (Herpes simplex type 1). Toutefois, certains virus y compris HSV-1 ont pu développer des mécanismes pour contourner et inhiber en partie le rôle protecteur de l’autophagie. Récemment, une étude dans notre laboratoire a mis en évidence, lors d’une infection virale par HSV-1 des cellules macrophages BMA, la présence d’une nouvelle structure autophagique dans une phase tardive de l’infection. Cette nouvelle structure est différente des autophagosomes classiques à double membrane et est caractérisée morphologiquement par quatre membranes dérivées de l’enveloppe nucléaire interne et externe. Peu de choses ont été rapportées sur cette nouvelle voie autophagique qui peut être un mécanisme de défense cellulaire quand l’autophagie classique dans le cytosol est inhibée par HSV-1. Il devient donc intéressant de caractériser les molécules impliquées dans la formation de ces autophagosomes issus du noyau par spectrométrie de masse. Pour ce faire, il était impératif d’établir un outil d’isolation des noyaux à partir de macrophages infectés par HSV-1 dans lesquels les autophagosomes issus des noyaux seront formés. La validation de cette méthode d’isolation a été effectuée en déterminant la pureté et l’intégrité des noyaux isolés à partir des cellules non infectées (contrôle) et infectées par HSV-1. La pureté des préparations de noyaux isolés a été caractérisée par l’absence de contaminants cellulaires et un enrichissement en noyaux. Également, il a fallu déterminer la cinétique de formation des autophagosomes issus des noyaux pour les deux lignées cellulaires de macrophages utilisées dans ce projet. Dans une perspective future, l’analyse protéomique à partir des échantillons purs des noyaux isolés (non infectés et infectés) mènera à identifier les protéines impliquées dans la formation des autophagosomes dérivés des noyaux, ce qui permettra ultérieurement d’effectuer des études sur les mécanismes moléculaires et les fonctions de cette nouvelle voie autophagique.

Multimodal image fusion of anatomical structures for diagnosis, therapy planning and assistance

This paper provides an overview of work done in recent years by our research group to fuse multimodal images of the trunk of patients with Adolescent Idiopathic Scoliosis (AIS) treated at Sainte-Justine University Hospital Center (CHU). We first describe our surface acquisition system and introduce a set of clinical measurements (indices) based on the trunk's external shape, to quantify its degree of asymmetry. We then describe our 3D reconstruction system of the spine and rib cage from biplanar radiographs and present our methodology for multimodal fusion of MRI, X-ray and external surface images of the trunk We finally present a physical model of the human trunk including bone and soft tissue for the simulation of the surgical outcome on the external trunk shape in AIS.

A Comparative Study Of Tensile And Microstructural Characteristics Of Friction Welded Joints And Conventionally Welded Joints Of Aluminium Alloy 6061

Welding of high strength and low weight materials like Aluminium Alloys without any defects by conventional welding techniques is a major challenge in industries. Hence research on solid state welding techniques like Friction stir welding and Friction welding techniques have got much importance in joining of Aluminium alloys. However most of the industries are not changing conventional techniques as skilled workers are available on that area. Most common conventional welding techniques used for joining of Aluminium alloys are Gas welding and Arc welding. Friction welding is a solid-state welding process that generates heat through mechanical friction between a moving and a stationary component with the addition of a lateral force called “upset” to plast ically displace and fuse the materials. In this work, experimental study on tensile and micro structural characteristics of welded joints formed from conventional welding techniques and Rotary friction welding(suitable for weld specimens with circular cross section) has been carried out and the same were compared. The process parameters for arc welding used was 50-70 Amp reverse polarity DC and electrodes of 2.3mm diameter. In Gas welding, the parameters were oxy acetylene neural flame at 3200°C and 3mm electrodes . In the case of friction welding an axial pressure loading of 3Mpa with 5 MPa as upsetting pressure and 500 rpm were used to obtain good welded joints. Tensile characteristic studies of Arc welded joints and Gas welded joints showed 48% and 60 % variations respectively from the maximum load bearing characteristics of parent metal. In the case of friction welded joint, the variation was found to 46%. Micro structural evaluation of conventionally welded joints exhibited clear distinct zones of various weld regions. In the case of friction welded joint micro structural photographs showed comparable features both in parent metal and welded region. Thus the tensile characteristic study and microstructure evaluations proved that friction welded joints are good in both aspects compared to conventionally welded joints.

Funktionelle Analyse der LC-FACS in Dictyostelium discoideum

"Funktionelle Analyse der LC-FACS in Dictyostelium discoideum" Das Dictyostelium discoideum Gen fcsA kodiert für ein 75 kDa großes Protein. Es kann durch Homologieanyalysen der Amino-säuresequenz zu den "long-chain fatty acyl-CoA"-Synthetasen ge-rechnet werden, die lang-kettige Fettsäuren durch die kovalente Bindung von Coenzym A akti-vie-ren und damit für diverse Reak-tionen in Stoffwechsel und Molekül-Synthese der Zelle verfügbar machen. Die hier untersuchte D. discoideum LC-FACS lokalisiert als peripher assoziiertes Protein an der cytosolischen Seite der Membran von Endo-somen und kleiner Vesikel. Bereits kurz nach der Bildung in der frühen sauren Phase kann die Lokalisation der LC-FACS auf Endosomen ge-zeigt werden. Sie dissoziiert im Laufe ihrer Neutra-li-sierung und kann auf späten Endosomen, die vor ihrer Exocytose stehen nicht mehr nach-gewiesen werden. Ein Teil der kleinen die in der gesamte Zelle verteilten kleinen Vesikel zeigt eine Kolokalisation mit lysosomalen Enzymen. Trotz des intrazellulären Verteilungs-mus-ters, das eine Beteiligung dieses Pro-teins an der Endocytose nahe-legt, konnte kein signifikanter Rückgang der Pino- und Phagocytose-Rate in LC-FACS Nullmutanten beobachtet werden. Der endo-cy-to-ti-sche Transit ist in diesen Zellen etwas verlängert, außerdem zeigen die Endosomen einen deutlich erhöhten pH-Wert, was zu einer weniger effektiven Prozessierung eines lysosomalen Enzyms führt (a-Mannosidase). Die Funktion der LC-FACS ist die Aufnahme von langkettigen Fettsäuren aus dem Lumen der Endosomen.

Role of Rab5 in synaptic vesicle recycling

During synaptic transmission, NT-filled synaptic vesicles are released by Ca2+-triggered exocytosis at the active zone. Following exocytosis, SV membrane is immediately re-internalized and synaptic vesicles (SVs) are regenerated by a local recycling mechanism within the presynaptic terminal. It is debated whether an endosomal compartment is involved in this recycling process. In contrast, it is well known from cultured mammalian cells, that endocytic vesicles fuse to the early sorting endosome. The early endosome is a major sorting station of the cell where cargo is send into the degradative pathway to late endosome and lysosome or towards recycling. Each trafficking step is mediated by a certain protein of the Rab family. Rab proteins are small GTPases belonging to the Ras superfamily. They accumulate at their target compartments and have thereby been used as markers for the different endocytic organelles in cultured mammalian cells. Rab5 controls trafficking from the PM to the early endosome and has thereby been used as marker for this compartment. A second marker is based on the specific binding of the FYVE zinc finger protein domain to the lipid PI(3)P that is specifically generated at the early endosomal membrane. This study used the Drosophila NMJ as a model system to investigate the SV recycling process. In particular, three questions were addressed: First, is an endosomal compartment present at the synapse? Second, do SVs recycle through an endosome? Third, is Rab5 involved in SV recycling? We used GFP fusions of Rab5 and 2xFYVE to visualize endosomal compartments at the presynaptic terminal of Drosophila third instar larval NMJs. Furthermore, the endosomes are located within the pool of recycling SVs, labeled with the styryl-dye FM5-95. Using the temperature-sensitive mutation in Dynamin, shibirets, we showed that SV recycling involves trafficking through an intermediate endosomal compartment. In cultured mammalian cells, interfering with Rab5 function by expressing the dominant negative version, Rab5SN causes the fragmentation of the endosome and the accumulation of endocytic vesicles. In contrast, when Rab5 is overexpressed enlarged endosomal compartments were observed. In Drosophila, the endosomal compartment was disrupted when loss of function and dominant negative mutants of Rab5 were expressed. In addition, at the ultrastructural we observed an accumulation of endocytic vesicles in Rab5S43N expressing terminals and enlarged endosomes when Rab5 was overexpressed. Furthermore, interfering with Rab5 function using the dominant negative Rab5S43N caused a decrease in the SV recycling kinetics as shown by FM1-43 experiments. In contrast, overexpression of Rab5 or GFP-Rab5 caused an increase in the FM1-43 internalization rate. Finally, standard electrophysiological techniques were used to measure synaptic function. We found that the Rab5-mediated endosomal SV recycling pathway generates vesicles with a higher fusion efficacy during Ca2+-triggered release, compared to SVs recycled when Rab5 function was impaired. We therefore suggest a model in which the endosome serves as organelle to control the SV fusion efficacy and thereby the synaptic strength. Since changes in the synaptic strength are occuring during learning and memory processes, controlling endosomal SV recycling might be a new molecular mechanism involved in learning and memory.

Cell entry by enveloped viruses: redox considerations for HIV and SARS-coronavirus

For enveloped viruses, genome entry into the target cell involves two major steps: virion binding to the cell-surface receptor and fusion of the virion and cell membranes. Virus-cell membrane fusion is mediated by the virus envelope complex, and its fusogenicity is the result of an active virus-cell interaction process that induces conformation changes within the envelope. For some viruses, such as influenza, exposure to an acidic milieu within the cell during the early steps of infection triggers the necessary structural changes. However, for other pathogens which are not exposed to such environmental stress, activation of fusogenicity can result from precise thiol/disulfide rearrangements mediated by either an endogenous redox autocatalytic isomerase or a cell-associated oxidoreductase. Study of the activation of HIV envelope fusogenicity has revealed new knowledge about how redox changes within a viral envelope trigger fusion. We discuss these findings and their implication for anti-HIV therapy. In addition, to compare and contrast the situation outlined for HIV with an enveloped virus that can fuse with the cell plasma membrane independent of the redox status of its envelope protein, we review parallel data obtained on SARS coronavirus entry.

The challenges of creating actionable knowledge: an action research perspective

Academia has a critical role in developing new knowledge which construction industry practitioners need to envision, undertake and sustain successful innovation. The new knowledge produced by academia, however, often does not satisfy the needs of practitioners. This unsatisfactory state of affairs is frequently taken to be the consequence of the cultural, motivational and operational differences between the two communities. Actionable knowledge is presented as a useful concept which can fuse the expectations, contributions and outputs of academia and practitioners. Within this context, action research is argued to be an appropriate methodology to develop successful actionable knowledge. Results from an action research project are given which provide researchers and practitioners greater understanding of the key factors that shape the degree to which action research produces actionable knowledge: change focus, collaboration capabilities and systematic process. The criteria intrinsic to Mode 2 research (Gibbons et al., 1994) are demonstrated to have utility in evidencing actionable knowledge. The implication for policy is that there is a need to develop and use appropriate actionable knowledge frameworks and measures to design funding calls, and to evaluate research proposals and outputs.

Knowledge-elicitation and data-mining: fusing human and industrial plant information

Knowledge-elicitation is a common technique used to produce rules about the operation of a plant from the knowledge that is available from human expertise. Similarly, data-mining is becoming a popular technique to extract rules from the data available from the operation of a plant. In the work reported here knowledge was required to enable the supervisory control of an aluminium hot strip mill by the determination of mill set-points. A method was developed to fuse knowledge-elicitation and data-mining to incorporate the best aspects of each technique, whilst avoiding known problems. Utilisation of the knowledge was through an expert system, which determined schedules of set-points and provided information to human operators. The results show that the method proposed in this paper was effective in producing rules for the on-line control of a complex industrial process. (C) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Fusing data-mining and knowledge elicitation for the supervisory control of an aluminium plate mill

Knowledge-elicitation is a common technique used to produce rules about the operation of a plant from the knowledge that is available from human expertise. Similarly, data-mining is becoming a popular technique to extract rules from the data available from the operation of a plant. In the work reported here knowledge was required to enable the supervisory control of an aluminium hot strip mill by the determination of mill set-points. A method was developed to fuse knowledge-elicitation and data-mining to incorporate the best aspects of each technique, whilst avoiding known problems. Utilisation of the knowledge was through an expert system, which determined schedules of set-points and provided information to human operators. The results show that the method proposed in this paper was effective in producing rules for the on-line control of a complex industrial process.

Pre-CME onset fuses: do the STEREO heliospheric imagers hold the clues to the CME onset process?

Understanding the onset of coronal mass ejections (CMEs) is surely one of the holy grails of solar physics today. Inspection of data from the Heliospheric Imagers (HI), which are part of the SECCHI instrument suite aboard the two NASA STEREO spacecraft, appears to have revealed pre-eruption signatures which may provide valuable evidence for identifying the CME onset mechanism. Specifically, an examination of the HI images has revealed narrow rays comprised of a series of outward-propagating plasma blobs apparently forming near the edge of the streamer belt prior to many CME eruptions. In this pilot study, we inspect a limited dataset to explore the significance of this phenomenon, which we have termed a pre-CME ‘fuse’. Although, the enhanced expulsion of blobs may be consistent with an increase in the release of outward-propagating blobs from the streamers themselves, it could also be interpreted as evidence for interchange reconnection in the period leading to a CME onset. Indeed, it is argued that the latter could even have implications for the end-of-life of CMEs. Thus, the presence of these pre-CME fuses provides evidence that the CME onset mechanism is either related to streamer reconnection processes or the reconnection between closed field lines in the streamer belt and adjacent, open field lines. We investigate the nature of these fuses, including their timing and location with respect to CME launch sites, as well as their speed and topology.

Structural characterisation of bisintercalation in higher-order DNA at a junction-like quadruplex

We report the single-crystal X-ray structure for the complex of the bisacridine bis-(9-aminooctyl(2-(dimethylaminoethyl)acridine-4-carboxamide)) with the oligonucleotide d(CGTACG)2 to a resolution of 2.4 Å. Solution studies with closed circular DNA show this compound to be a bisintercalating threading agent, but so far we have no crystallographic or NMR structural data conforming to the model of contiguous intercalation within the same duplex. Here, with the hexameric duplex d(CGTACG), the DNA is observed to undergo a terminal cytosine base exchange to yield an unusual guanine quadruplex intercalation site through which the bisacridine threads its octamethylene linker to fuse two DNA duplexes. The 4-carboxamide side-chains form anchoring hydrogen-bonding interactions with guanine O6 atoms on each side of the quadruplex. This higher-order DNA structure provides insight into an unexpected property of bisintercalating threading agents, and suggests the idea of targeting such compounds specifically at four-way DNA junctions.

Multicamera trajectory analysis for semantic behaviour characterisation

In this paper we propose an innovative approach for behaviour recognition, from a multicamera environment, based on translating video activity into semantics. First, we fuse tracks from individual cameras through clustering employing soft computing techniques. Then, we introduce a higher-level module able to translate fused tracks into semantic information. With our proposed approach, we address the challenge set in PETS 2014 on recognising behaviours of interest around a parked vehicle, namely the abnormal behaviour of someone walking around the vehicle.

Deficiency of the Cytoskeletal Protein SPECC1L Leads to Oblique Facial Clefting

Genetic mutations responsible for oblique facial clefts (ObFC), a unique class of facial malformations, are largely unknown. We show that loss-of-function mutations in SPECC1L. are pathogenic for this human developmental disorder and that SPECC1L is a critical organizer of vertebrate facial morphogenesis. During murine embryogenesis, Speed 1 1 is expressed in cell populations of the developing facial primordial, which proliferate and fuse to form the face. In zebrafish, knockdown of a SPECC1L homolog produces a faceless phenotype with loss of jaw and facial structures, and knockdown in Drosophila phenocopies mutants in the integrin signaling pathway that exhibit cell-migration and -adhesion defects. Furthermore, in mammalian cells, SPECC1L colocalizes with both tubulin and actin, and its deficiency results in defective actin-cytoskeleton reorganization, as well as abnormal cell adhesion and migration. Collectively, these data demonstrate that SPECC1L functions in actin-cytoskeleton reorganization and is required for proper facial morphogenesis.