Feasibility of Therapeutic Drug Monitoring (TDM) for Imatinib: Preliminary considerations on the dosage adjustment approach for CML patients enrolled in the Imatinib Concentration Monitoring (I-COME) study

Background: As imatinib pharmacokinetics are highly variable, plasma levels differ largely between patients under the same dosage. Retrospective studies in chronic myeloid leukemia (CML) patients showed significant correlations between low levels and suboptimal response, and between high levels and poor tolerability. Monitoring of plasma levels is thus increasingly advised, targeting trough concentrations of 1000 μg/L and above. Objectives: Our study was launched to assess the clinical usefulness of systematic imatinib TDM in CML patients. The present preliminary evaluation questions the appropriateness of dosage adjustment following plasma level measurement to reach the recommended trough level, while allowing an interval of 4-24 h after last drug intake for blood sampling. Methods: Initial blood samples from the first 9 patients in the intervention arm were obtained 4-25 h after last dose. Trough levels in 7 patients were predicted to be significantly away from the target (6 <750 μg/L, and 1 >1500 μg/L with poor tolerance), based on a Bayesian approach using a population pharmacokinetic model. Individual dosage adjustments were taken up in 5 patients, who had a control measurement 1-4 weeks after dosage change. Predicted trough levels were confronted to anterior model-based extrapolations. Results: Before dosage adjustment, observed concentrations extrapolated at trough ranged from 359 to 1832 μg/L (median 710; mean 804, CV 53%) in the 9 patients. After dosage adjustment they were expected to target between 720 and 1090 μg/L (median 878; mean 872, CV 13%). Observed levels of the 5 recheck measurements extrapolated at trough actually ranged from 710 to 1069 μg/L (median 1015; mean 950, CV 16%) and had absolute differences of 21 to 241 μg/L to the model-based predictions (median 175; mean 157, CV 52%). Differences between observed and predicted trough levels were larger when intervals between last drug intake and sampling were very short (~4 h). Conclusion: These preliminary results suggest that TDM of imatinib using a Bayesian interpretation is able to bring trough levels closer to 1000 μg/L (with CV decreasing from 53% to 16%). While this may simplify blood collection in daily practice, as samples do not have to be drawn exactly at trough, the largest possible interval to last drug intake yet remains preferable. This encourages the evaluation of the clinical benefit of a routine TDM intervention in CML patients, which the randomized Swiss I-COME study aims to.

Plagas de los espacios verdes urbanos: bases para su control integrado

En España, las plagas de los espacios verdes urbanos suponen cada año un notable esfuerzo de control y la aplicación de plaguicidas es la estrategia de control empleada casi exclusivamente, con los subsiguientes riesgos que conlleva para las personas, animales y el medio ambiente. El control integrado es una alternativa pero requiere, para poder ser aplicada, un conocimiento profundo de las especies-plaga implicadas, de su biología, dinámica de poblaciones, daños, metodologías de muestreo y posibles sistemas de control. Esta información es difícil de encontrar en España debido a que existen pocos trabajos publicados sobre plagas de zonas verdes urbanas llevados a cabo de una forma sistematizada y a medio o largo plazo. En el presente artículo se analizan los condicionantes del control integrado de plagas en espacios verdes urbanos y se presenta un ejemplo, a partir de los estudios llevados a cabo en la ciudad de Lleida durante el período 2001-2003, de cómo la información básica necesaria para la implementación de posibles programas de control integrado puede ser obtenida.

Hakevirrasta otettavan näytteen luotettavuus ja näytteenottimen kehittäminen

Työn tavoitteena oli saada tietoa yleisesti partikkelivirtauksessa tapahtuvasta näytteenotosta ja näytteenottomenetelmistä. Työssä tutkittiin UPM-Kymmenen Kaukaan tehtaan nykyisen ostohakkeen automaattisen näytteenottimen toimintaa sekä sen ottamien näytteiden luotettavuutta kokeellisesti ja tilastollisesti. Lopuksi tutkimuksessa ideoitiin uusi näytteenottimen konstruktio. Uuden konstruktion suunnittelun lähtökohtana oli, että näytteenottimen konstruktiolla tulisi voida ottaa toistuvasti ja turvallisesti luotettavia hakenäytteitä aiheuttamatta muulle vastaanottoaseman toiminnalle häiriöitä Tutkimusta varten tehtiin eri haketoimittajien kanssa koenäytteenottoja. Hakenäytteet otettiin kolmessa eri haketoimituksen vaiheessa niiden keskinäistä vertailua varten. Hakenäytteistä määritettiin kuiva-ainepitoisuus ja laatuanalyysin tekoa varten palakokojakauma koeseulonnoilla. Palakokojakauma-analyysistä saatuja jakaumapainoprosenttiosuuksien ja niistä laskettujen laatuarvojen pohjalta tutkittiin automaattisen näytteenottimen ottaman näytteen luotettavuutta ja näytteenottimen toimintaa. Konstruointityössä noudatettiin pääpiirteittäin ohjeistoa VDI 2221. Uuden näytteenottimen suunnittelutyön tavoitteet määriteltiin tutkimuksessa tehtyjen päätelmien ja kokeiden pohjalta. Uudelle näytteenottimen konstruktiolle etsittiin toteutuskelpoisia ratkaisuja jo olemassa olevista laitteistoista ja uusista ideoista. Uudet konstruktiovaihtoehdot suunniteltiin noudattamaan näytteenottoteoriaa ja sijoituspaikan asettamia vaatimuksia.

MRI/TRUS fusion software-based targeted biopsy: the new standard of care?

The advent of multiparametric MRI has made it possible to change the way in which prostate biopsy is done, allowing to direct biopsies to suspicious lesions rather than randomly. The subject of this review relates to a computer-assisted strategy, the MRI/US fusion software-based targeted biopsy, and to its performance compared to the other sampling methods. Different devices with different methods to register MR images to live TRUS are currently in use to allow software-based targeted biopsy. Main clinical indications of MRI/US fusion software-based targeted biopsy are re-biopsy in men with persistent suspicious of prostate cancer after first negative standard biopsy and the follow-up of patients under active surveillance. Some studies have compared MRI/US fusion software-based targeted versus standard biopsy. In men at risk with MRI-suspicious lesion, targeted biopsy consistently detects more men with clinically significant disease as compared to standard biopsy; some studies have also shown decreased detection of insignificant disease. Only two studies directly compared MRI/US fusion software-based targeted biopsy with MRI/US fusion visual targeted biopsy, and the diagnostic ability seems to be in favor of the software approach. To date, no study comparing software-based targeted biopsy against in-bore MRI biopsy is available. The new software-based targeted approach seems to have the characteristics to be added in the standard pathway for achieving accurate risk stratification. Once reproducibility and cost-effectiveness will be verified, the actual issue will be to determine whether MRI/TRUS fusion software-based targeted biopsy represents anadd-on test or a replacement to standard TRUS biopsy.

Dynamic patterns of flow in the workplace: characterizing within-individual variability using a complexity science approach

As a result of the growing interest in studying employee well-being as a complex process that portrays high levels of within-individual variability and evolves over time, this present study considers the experience of flow in the workplace from a nonlinear dynamical systems approach. Our goal is to offer new ways to move the study of employee well-being beyond linear approaches. With nonlinear dynamical systems theory as the backdrop, we conducted a longitudinal study using the experience sampling method and qualitative semi-structured interviews for data collection; 6981 registers of data were collected from a sample of 60 employees. The obtained time series were analyzed using various techniques derived from the nonlinear dynamical systems theory (i.e., recurrence analysis and surrogate data) and multiple correspondence analyses. The results revealed the following: 1) flow in the workplace presents a high degree of within-individual variability; this variability is characterized as chaotic for most of the cases (75%); 2) high levels of flow are associated with chaos; and 3) different dimensions of the flow experience (e.g., merging of action and awareness) as well as individual (e.g., age) and job characteristics (e.g., job tenure) are associated with the emergence of different dynamic patterns (chaotic, linear and random).

Influence of the sample area in the variability of losses in the mechanical harvesting of soybeans

The mechanical harvesting is an important stage in the production process of soybeans and, in this process; the loss of a significant number of grains is common. Despite the existence of mechanisms to monitor these losses, it is still essential to use sampling methods to quantify them. Assuming that the size of the sample area affects the reliability and variability between samples in quantifying losses, this paper aimed to analyze the variability and feasibility of using different sizes of sample area (1, 2 and 3 m²) in quantifying losses in the mechanical harvesting of soybeans. Were sampled 36 sites and the cutting losses, losses by other mechanisms of the combine and total losses were evaluated, as well as the water content in seeds, straw distribution and crop productivity. Data were subjected to statistical analysis (descriptive statistics and analysis of variance) and Statistical Control Process (SCP). The coefficients of variation were similar for the three frames available. Combine losses showed stable behavior, whereas cutting losses and total losses showed unstable behavior. The frame size did not affect the quantification and variability of losses in the mechanical harvesting of soybeans, thus a frame of 1 m² can be used for determining losses.

Automated UI testing. WBCT, a computer-automated user test environment tool.

Today, the user experience and usability in software application are becoming a major design issue due to the adaptation of many processes using new technologies. Therefore, the study of the user experience and usability might be included in every software development project and, thus, they should be tested to get traceable results. As a result of different testing methods to evaluate the concepts, a non-expert on the topic might have doubts on which option he/she should opt for and how to interpret the outcomes of the process. This work aims to create a process to ease the whole testing methodology based on the process created by Seffah et al. and a supporting software tool to follow the procedure of these testing methods for the user experience and usability.

Using a Bayesian model for bankruptcy prediction : a comparative approach

The purpose of this study is to examine the impact of the choice of cut-off points, sampling procedures, and the business cycle on the accuracy of bankruptcy prediction models. Misclassification can result in erroneous predictions leading to prohibitive costs to firms, investors and the economy. To test the impact of the choice of cut-off points and sampling procedures, three bankruptcy prediction models are assessed- Bayesian, Hazard and Mixed Logit. A salient feature of the study is that the analysis includes both parametric and nonparametric bankruptcy prediction models. A sample of firms from Lynn M. LoPucki Bankruptcy Research Database in the U. S. was used to evaluate the relative performance of the three models. The choice of a cut-off point and sampling procedures were found to affect the rankings of the various models. In general, the results indicate that the empirical cut-off point estimated from the training sample resulted in the lowest misclassification costs for all three models. Although the Hazard and Mixed Logit models resulted in lower costs of misclassification in the randomly selected samples, the Mixed Logit model did not perform as well across varying business-cycles. In general, the Hazard model has the highest predictive power. However, the higher predictive power of the Bayesian model, when the ratio of the cost of Type I errors to the cost of Type II errors is high, is relatively consistent across all sampling methods. Such an advantage of the Bayesian model may make it more attractive in the current economic environment. This study extends recent research comparing the performance of bankruptcy prediction models by identifying under what conditions a model performs better. It also allays a range of user groups, including auditors, shareholders, employees, suppliers, rating agencies, and creditors' concerns with respect to assessing failure risk.

Échantillonnage et modélisation de l’habitat des communautés de poissons de rivière des basses Laurentides

Plusieurs études à grande échelle ont identifié la modification ou la perte d’habitats comme menace principale à la conservation des communautés de poissons d’eau douce. Au Canada, « aucune perte nette dans la capacité productive des habitats » (NNL) est le principe directeur de la politique de gestion des habitats du ministère des Pêches et Océans. Le respect du NNL implique l’avancement des connaissances au niveau des relations entre les poissons et leurs habitats, de même que des outils pour quantifier l’impact de la modification des habitats sur les poissons. Les modèles d’utilisation de l’habitat des poissons (FHUM) sont des outils qui permettent d’améliorer nos connaissances des relations poissons – habitat, de prédire la distribution des espèces, mais aussi leurs densités, biomasses ou abondances, sur la base des caractéristiques de l’environnement. L’objectif général de mon mémoire est d’améliorer la performance des FHUM pour les rivières des basses Laurentides, en suggérant des perfectionnements au niveau de 2 aspects cruciaux de l’élaboration de tels modèles : la description précise de la communauté de poissons et l’utilisation de modèles statistiques efficaces. Dans un premier chapitre, j’évalue la performance relative de la pêcheuse électrique et de l’échantillonnage en visuel (plongée de surface) pour estimer les abondances des combinaisons d’espèces et de classes de taille des poissons en rivière. J’évalue aussi l’effet des conditions environnementales sur les différences potentielles entre les communautés observées par ces 2 méthodes d’échantillonnage. Pour ce faire, 10 sections de rivière de 20 m de longueur ont été échantillonnées à l’aide de ces 2 méthodes alors qu’elles étaient fermées par des filets de blocage. 3 plongeurs performèrent l’échantillonnage en visuel en se déplaçant de l’aval vers l’amont des sections, tout en dénombrant les espèces et classes de taille. Par la suite, nous avons fait 3 passages de pêcheuse électrique et les abondances furent estimées grâce à un modèle restreint de maximum de vraisemblance, basé sur la diminution des abondances observées. De plus grandes abondances de poissons furent observées en visuel qu’avec la pêcheuse électrique à tous les sites. La richesse spécifique observée en visuel était plus élevée (6/10) ou égale (4/10) à celle observée avec la pêcheuse électrique. Les différences entre les communautés de poissons observées à l’aide de ces 2 méthodes ne purent être reliées aux conditions environnementales. Les résultats de cette expérience sont contraires à ceux de toutes les études comparant ces 2 méthodes d’échantillonnage, lesquels suggèrent une supériorité de la pêcheuse électrique. Les conditions environnementales de notre expérience étaient distinctes de celles observées dans les autres études (absence d’arbres tombés dans l’eau, très peu de substrats grossiers), mais la différence la plus marquante était en terme de communauté de poissons observée (dominance des cyprinidés et des centrarchidés plutôt que des salmonidés). Je termine ce chapitre en suggérant que les caractéristiques comportementales favorisant l’évitement de la capture (formation de bancs) et facilitant l’observation en visuel (curiosité) sont responsables de la supériorité de la plongée de surface pour échantillonner les communautés dans les rivières des basses Laurentides. Dans un deuxième chapitre, je développe des FHUM pour des communautés de poissons de rivière ayant plusieurs espèces. Dans le but de simplifier la modélisation de telles communautés et d’améliorer notre compréhension des relations poissons – habitat, j’utilise les concepts de guilde écologique et de filtre environnemental pour explorer les relations entre les guildes formées sur la bases de différents types de traits (reproducteurs, taxonomiques, éco-morphologiques et alimentaires) et les conditions environnementales locales à l’échelle du méso-habitat. Les modèles d’habitats basés sur les guildes reproductrices ont clairement surpassé les autres modèles, parce que l’habitat de fraie reflète l’habitat de préférence en dehors de la période de reproduction. J’ai également utilisé l’approche inverse, c’est à dire définir des guildes d’utilisation de l’habitat et les mettre en relation avec les traits des espèces. Les traits reliés à l’alimentation des poissons ont semblés être les meilleurs pour expliquer l’appartenance aux groupes d’utilisation de l’habitat, mais le modèle utilisé ne représentait pas bien la relation entre les groupes. La validation de notre modèle basé sur les guildes reproductrices avec un jeu de données indépendant pourrait confirmer notre découverte, laquelle représente une manière prometteuse de modéliser les relations poissons – environnement dans des communautés de poissons complexes. En conclusion, mon mémoire suggère d’importantes améliorations aux FHUM pour les communautés de poissons des basses Laurentides, en suggérant de prendre en compte les caractéristiques biologiques des cours d’eau dans le choix d’une méthode d’échantillonnage, et également en utilisant une méthode prometteuse pour simplifier les FHUM de communautés de poissons complexes : les guildes reproductrices.

Développement d’une approche quantitative pour l’étude du poumon équin : fixation et échantillonnage pour l’application des principes de la stéréologie

La présente étude visait à développer un protocole de fixation et d'échantillonnage pour le poumon équin suivant les directives publiées sur l’utilisation d’une approche stéréologique de type « design-based ». Les poumons gauches de chevaux contrôles et atteints du souffle ont été fixés avec du formaldéhyde 10% pendant 48h à une pression constante de 25-30 cm d’H2O. Les poumons ont été sectionnés en 20-21 tranches d’une épaisseur d'environ 2,5 cm chacune; de 10-11 tranches ont été sélectionnées de façon aléatoire et systématique pour la mesure du volume de référence avec la méthode de Cavalieri. Un protocole d’échantillonnage systématique, aléatoire et uniforme utilisant le principe du « smooth fractionator » et un poinçon à biopsie de 17 mm ont été utilisés pour échantillonner une fraction représentative de chaque poumon. Les méthodes d’échantillonnage de sections verticales, uniformes et aléatoires (VUR) et d’échantillonnage isotropique, uniforme et aléatoire (IUR) ont toutes deux été effectuées pour comparer le nombre de voies respiratoires en coupe perpendiculaire obtenues à partir de chaque méthode. L'architecture globale et la qualité des tissus fixés ont également été évaluées. Des spécimens pulmonaires équins ont été échantillonnés avec succès selon un protocole visant à produire des données morphométriques valides. Les tissus ont été fixés avec un minimum d'artéfacts et contenaient une quantité suffisante de voies respiratoires en coupe perpendiculaire dans les deux types d’échantillons. En conclusion, un protocole de fixation et d'échantillonnage adapté au poumon équin permettant l'utilisation d'une approche stéréologique de type « design-based » a été élaboré pour l’étude du remodelage des voies respiratoires.

Contributions of local, lateral and contextual habitat variables to explaining variation in fisheries productivity metrics in the littoral zone of a reservoir

Puisque l’altération des habitats d’eau douce augmente, il devient critique d’identifier les composantes de l’habitat qui influencent les métriques de la productivité des pêcheries. Nous avons comparé la contribution relative de trois types de variables d’habitat à l’explication de la variance de métriques d’abondance, de biomasse et de richesse à l’aide de modèles d’habitat de poissons, et avons identifié les variables d’habitat les plus efficaces à expliquer ces variations. Au cours des étés 2012 et 2013, les communautés de poissons de 43 sites littoraux ont été échantillonnées dans le Lac du Bonnet, un réservoir dans le Sud-est du Manitoba (Canada). Sept scénarios d’échantillonnage, différant par l’engin de pêche, l’année et le moment de la journée, ont été utilisés pour estimer l’abondance, la biomasse et la richesse à chaque site, toutes espèces confondues. Trois types de variables d’habitat ont été évalués: des variables locales (à l’intérieur du site), des variables latérales (caractérisation de la berge) et des variables contextuelles (position relative à des attributs du paysage). Les variables d’habitat locales et contextuelles expliquaient en moyenne un total de 44 % (R2 ajusté) de la variation des métriques de la productivité des pêcheries, alors que les variables d’habitat latérales expliquaient seulement 2 % de la variation. Les variables les plus souvent significatives sont la couverture de macrophytes, la distance aux tributaires d’une largeur ≥ 50 m et la distance aux marais d’une superficie ≥ 100 000 m2, ce qui suggère que ces variables sont les plus efficaces à expliquer la variation des métriques de la productivité des pêcheries dans la zone littorale des réservoirs.

Evaluation of major feed resources in crop-livestock mixed farming systems, southern Ethiopia: Indigenous knowledge versus laboratory analysis results

Evaluation of major feed resources was conducted in four crop-livestock mixed farming systems of central southern Ethiopia, with 90 farmers, selected using multi-stage purposive and random sampling methods. Discussions were held with focused groups and key informants for vernacular name identification of feed, followed by feed sampling to analyse chemical composition (CP, ADF and NDF), in-vitro dry matter digestibility (IVDMD), and correlate with indigenous technical knowledge (ITK). Native pastures, crop residues (CR) and multi-purpose trees (MPT) are the major feed resources, demonstrated great variations in seasonality, chemical composition and IVDMD. The average CP, NDF and IVDMD values for grasses were 83.8 (ranged: 62.9–190), 619 (ranged: 357–877) and 572 (ranged: 317–743) g kg^(−1) DM, respectively. Likewise, the average CP, NDF and IVDMD for CR were 58 (ranged: 20–90), 760 (ranged: 340–931) and 461 (ranged: 285–637)g kg^(−1) DM, respectively. Generally, the MPT and non-conventional feeds (NCF, Ensete ventricosum and Ipomoea batatas) possessed higher CP (ranged: 155–164 g kg^(−1) DM) and IVDMD values (611–657 g kg^(−1) DM) while lower NDF (331–387 g kg^(−1) DM) and ADF (321–344 g kg^(−1) DM) values. The MPT and NCF were ranked as the best nutritious feeds by ITK while crop residues were the least. This study indicates that there are remarkable variations within and among forage resources in terms of chemical composition. There were also complementarities between ITK and feed laboratory results, and thus the ITK need to be taken into consideration in evaluation of local feed resources.

Experimental verification of suction sampler capture efficiency in grasslands of differing vegetation height and structure

1. Suction sampling is a popular method for the collection of quantitative data on grassland invertebrate populations, although there have been no detailed studies into the effectiveness of the method. 2. We investigate the effect of effort (duration and number of suction samples) and sward height on the efficiency of suction sampling of grassland beetle, true bug, planthopper and spider Populations. We also compare Suction sampling with an absolute sampling method based on the destructive removal of turfs. 3. Sampling for durations of 16 seconds was sufficient to collect 90% of all individuals and species of grassland beetles, with less time required for the true bugs, spiders and planthoppers. The number of samples required to collect 90% of the species was more variable, although in general 55 sub-samples was sufficient for all groups, except the true bugs. Increasing sward height had a negative effect on the capture efficiency of suction sampling. 4. The assemblage structure of beetles, planthoppers and spiders was independent of the sampling method (suction or absolute) used. 5. Synthesis and applications. In contrast to other sampling methods used in grassland habitats (e.g. sweep netting or pitfall trapping), suction sampling is an effective quantitative tool for the measurement of invertebrate diversity and assemblage structure providing sward height is included as a covariate. The effective sampling of beetles, true bugs, planthoppers and spiders altogether requires a minimum sampling effort of 110 sub-samples of duration of 16 seconds. Such sampling intensities can be adjusted depending on the taxa sampled, and we provide information to minimize sampling problems associated with this versatile technique. Suction sampling should remain an important component in the toolbox of experimental techniques used during both experimental and management sampling regimes within agroecosystems, grasslands or other low-lying vegetation types.

Epidemic K-Means clustering

The K-Means algorithm for cluster analysis is one of the most influential and popular data mining methods. Its straightforward parallel formulation is well suited for distributed memory systems with reliable interconnection networks. However, in large-scale geographically distributed systems the straightforward parallel algorithm can be rendered useless by a single communication failure or high latency in communication paths. This work proposes a fully decentralised algorithm (Epidemic K-Means) which does not require global communication and is intrinsically fault tolerant. The proposed distributed K-Means algorithm provides a clustering solution which can approximate the solution of an ideal centralised algorithm over the aggregated data as closely as desired. A comparative performance analysis is carried out against the state of the art distributed K-Means algorithms based on sampling methods. The experimental analysis confirms that the proposed algorithm is a practical and accurate distributed K-Means implementation for networked systems of very large and extreme scale.

Fault tolerant decentralised K-Means clustering for asynchronous large-scale networks

The K-Means algorithm for cluster analysis is one of the most influential and popular data mining methods. Its straightforward parallel formulation is well suited for distributed memory systems with reliable interconnection networks, such as massively parallel processors and clusters of workstations. However, in large-scale geographically distributed systems the straightforward parallel algorithm can be rendered useless by a single communication failure or high latency in communication paths. The lack of scalable and fault tolerant global communication and synchronisation methods in large-scale systems has hindered the adoption of the K-Means algorithm for applications in large networked systems such as wireless sensor networks, peer-to-peer systems and mobile ad hoc networks. This work proposes a fully distributed K-Means algorithm (EpidemicK-Means) which does not require global communication and is intrinsically fault tolerant. The proposed distributed K-Means algorithm provides a clustering solution which can approximate the solution of an ideal centralised algorithm over the aggregated data as closely as desired. A comparative performance analysis is carried out against the state of the art sampling methods and shows that the proposed method overcomes the limitations of the sampling-based approaches for skewed clusters distributions. The experimental analysis confirms that the proposed algorithm is very accurate and fault tolerant under unreliable network conditions (message loss and node failures) and is suitable for asynchronous networks of very large and extreme scale.