Implementation of membrane processes for improvement of the detection of food contaminants

The EM3E Master is an Education Programme supported by the European Commission, the European Membrane Society (EMS), the European Membrane House (EMH), and a large international network of industrial companies, research centres and universities (http://www.em3e.eu)

Implementation of the I.S. EN 16001:2009 energy management standard into GlaxoSmithKline (GSK) Ltd, Cork

As manufacturers face an increasingly competitive environment, they seek out opportunities to reduce production costs without negatively affecting the yield or the quality of their finished products. The challenge of maintaining high product quality while simultaneously reducing production costs can often be met through investments in energy efficient technologies and energy efficiency practices. Energy management systems can offer both technological and best practice efficiencies in order to achieve substantial savings. A strong energy management system provides a solid foundation for an organisation to reduce production costs and improve site efficiency. The I.S EN16001 energy management standard specifies the requirements for establishing, implementing, maintaining and improving an energy management system and represents the latest best practice for energy management in Ireland. The objective of the energy management system is to establish a systematic approach for improving energy performance continuously. The I.S EN16001 standard specifies the requirements for continuous improvement through using energy more efficiently. The author analysed how GlaxoSmithKline’s (GSK) pharmaceutical manufacturing facility in Cork implemented the I.S. EN16001 energy management system model, and defined how energy saving opportunities where identified and introduced to improve efficiency performance. The author performed an extensive literature research in order to determine the current status of the pharmaceutical industry in Ireland, the processes involved in pharmaceutical manufacturing, the energy users required for pharmaceutical manufacturing and the efficiency measures that can be applied to these energy users in order to reduce energy consumption. The author then analysed how energy management standards are introduced to industry and critically analysed the driving factors for energy management performance in Ireland through case studies. Following an investigation as to how the I.S. EN16001 energy management standard is operated in GSK, a critical analysis of the performance achieved by the GSK energy management system is undertaken in order to determine if implementing the I.S EN16001 standard accelerates achieving energy savings. Since its introduction, the I.S. EN16001 model for energy management has enabled GSK to monitor, target and identify energy efficiency opportunities throughout the site. The model has put in place an energy management system that is continuously reviewed for improvement and to date has reduced GSK’s site operations cost by over 30% through technical improvements and generating energy awareness for smarter energy consumption within the GSK Cork site. Investment in I.S. EN16001 has proved to be a sound business strategy for GSK especially in today's manufacturing environment.

Implementation of a unified userspace time handling library under the Linux OS

An appropriate assessment of end-to-end network performance presumes highly efficient time tracking and measurement with precise time control of the stopping and resuming of program operation. In this paper, a novel approach to solving the problems of highly efficient and precise time measurements on PC-platforms and on ARM-architectures is proposed. A new unified High Performance Timer and a corresponding software library offer a unified interface to the known time counters and automatically identify the fastest and most reliable time source, available in the user space of a computing system. The research is focused on developing an approach of unified time acquisition from the PC hardware and accordingly substituting the common way of getting the time value through Linux system calls. The presented approach provides a much faster means of obtaining the time values with a nanosecond precision than by using conventional means. Moreover, it is capable of handling the sequential time value, precise sleep functions and process resuming. This ability means the reduction of wasting computer resources during the execution of a sleeping process from 100% (busy-wait) to 1-1.5%, whereas the benefits of very accurate process resuming times on long waits are maintained.

Assessing the assignation of public subsidies: Do the experts choose the most efficient R&D projects?

The implementation of public programs to support business R&D projects requires the establishment of a selection process. This selection process faces various difficulties, which include the measurement of the impact of the R&D projects as well as selection process optimization among projects with multiple, and sometimes incomparable, performance indicators. To this end, public agencies generally use the peer review method, which, while presenting some advantages, also demonstrates significant drawbacks. Private firms, on the other hand, tend toward more quantitative methods, such as Data Envelopment Analysis (DEA), in their pursuit of R&D investment optimization. In this paper, the performance of a public agency peer review method of project selection is compared with an alternative DEA method.

Finite field treatment of vibrational polarizabilities and hyperpolarizabilities: on the role of the Eckart conditions, their implementation, and their use in characterizing key vibrations

In the finite field (FF) treatment of vibrational polarizabilities and hyperpolarizabilities, the field-free Eckart conditions must be enforced in order to prevent molecular reorientation during geometry optimization. These conditions are implemented for the first time. Our procedure facilities identification of field-induced internal coordinates that make the major contribution to the vibrational properties. Using only two of these coordinates, quantitative accuracy for nuclear relaxation polarizabilities and hyperpolarizabilities is achieved in π-conjugated systems. From these two coordinates a single most efficient natural conjugation coordinate (NCC) can be extracted. The limitations of this one coordinate approach are discussed. It is shown that the Eckart conditions can lead to an isotope effect that is comparable to the isotope effect on zero-point vibrational averaging, but with a different mass-dependence

Assessing the assignation of public subsidies: Do the experts choose the most efficient R and D projects?

[spa] La implementación de un programa de subvenciones públicas a proyectos empresariales de I+D comporta establecer un sistema de selección de proyectos. Esta selección se enfrenta a problemas relevantes, como son la medición del posible rendimiento de los proyectos de I+D y la optimización del proceso de selección entre proyectos con múltiples y a veces incomparables medidas de resultados. Las agencias públicas utilizan mayoritariamente el método peer review que, aunque presenta ventajas, no está exento de críticas. En cambio, las empresas privadas con el objetivo de optimizar su inversión en I+D utilizan métodos más cuantitativos, como el Data Envelopment Análisis (DEA). En este trabajo se compara la actuación de los evaluadores de una agencia pública (peer review) con una metodología alternativa de selección de proyectos como es el DEA.

Assessing the assignation of public subsidies: Do the experts choose the most efficient R and D projects?

[spa] La implementación de un programa de subvenciones públicas a proyectos empresariales de I+D comporta establecer un sistema de selección de proyectos. Esta selección se enfrenta a problemas relevantes, como son la medición del posible rendimiento de los proyectos de I+D y la optimización del proceso de selección entre proyectos con múltiples y a veces incomparables medidas de resultados. Las agencias públicas utilizan mayoritariamente el método peer review que, aunque presenta ventajas, no está exento de críticas. En cambio, las empresas privadas con el objetivo de optimizar su inversión en I+D utilizan métodos más cuantitativos, como el Data Envelopment Análisis (DEA). En este trabajo se compara la actuación de los evaluadores de una agencia pública (peer review) con una metodología alternativa de selección de proyectos como es el DEA.

Assessing the assignation of public subsidies: Do the experts choose the most efficient R and D projects?

[spa] La implementación de un programa de subvenciones públicas a proyectos empresariales de I+D comporta establecer un sistema de selección de proyectos. Esta selección se enfrenta a problemas relevantes, como son la medición del posible rendimiento de los proyectos de I+D y la optimización del proceso de selección entre proyectos con múltiples y a veces incomparables medidas de resultados. Las agencias públicas utilizan mayoritariamente el método peer review que, aunque presenta ventajas, no está exento de críticas. En cambio, las empresas privadas con el objetivo de optimizar su inversión en I+D utilizan métodos más cuantitativos, como el Data Envelopment Análisis (DEA). En este trabajo se compara la actuación de los evaluadores de una agencia pública (peer review) con una metodología alternativa de selección de proyectos como es el DEA.

Paper 5: Surveillance of multiple congenital anomalies: implementation of a computer algorithm in European registers for classification of cases.

BACKGROUND: Surveillance of multiple congenital anomalies is considered to be more sensitive for the detection of new teratogens than surveillance of all or isolated congenital anomalies. Current literature proposes the manual review of all cases for classification into isolated or multiple congenital anomalies. METHODS: Multiple anomalies were defined as two or more major congenital anomalies, excluding sequences and syndromes. A computer algorithm for classification of major congenital anomaly cases in the EUROCAT database according to International Classification of Diseases (ICD)v10 codes was programmed, further developed, and implemented for 1 year's data (2004) from 25 registries. The group of cases classified with potential multiple congenital anomalies were manually reviewed by three geneticists to reach a final agreement of classification as "multiple congenital anomaly" cases. RESULTS: A total of 17,733 cases with major congenital anomalies were reported giving an overall prevalence of major congenital anomalies at 2.17%. The computer algorithm classified 10.5% of all cases as "potentially multiple congenital anomalies". After manual review of these cases, 7% were agreed to have true multiple congenital anomalies. Furthermore, the algorithm classified 15% of all cases as having chromosomal anomalies, 2% as monogenic syndromes, and 76% as isolated congenital anomalies. The proportion of multiple anomalies varies by congenital anomaly subgroup with up to 35% of cases with bilateral renal agenesis. CONCLUSIONS: The implementation of the EUROCAT computer algorithm is a feasible, efficient, and transparent way to improve classification of congenital anomalies for surveillance and research.

An efficient algorithm to perform multiple testing in epistasis screening

Background: Research in epistasis or gene-gene interaction detection for human complex traits has grown over the last few years. It has been marked by promising methodological developments, improved translation efforts of statistical epistasis to biological epistasis and attempts to integrate different omics information sources into the epistasis screening to enhance power. The quest for gene-gene interactions poses severe multiple-testing problems. In this context, the maxT algorithm is one technique to control the false-positive rate. However, the memory needed by this algorithm rises linearly with the amount of hypothesis tests. Gene-gene interaction studies will require a memory proportional to the squared number of SNPs. A genome-wide epistasis search would therefore require terabytes of memory. Hence, cache problems are likely to occur, increasing the computation time. In this work we present a new version of maxT, requiring an amount of memory independent from the number of genetic effects to be investigated. This algorithm was implemented in C++ in our epistasis screening software MBMDR-3.0.3. We evaluate the new implementation in terms of memory efficiency and speed using simulated data. The software is illustrated on real-life data for Crohn’s disease. Results: In the case of a binary (affected/unaffected) trait, the parallel workflow of MBMDR-3.0.3 analyzes all gene-gene interactions with a dataset of 100,000 SNPs typed on 1000 individuals within 4 days and 9 hours, using 999 permutations of the trait to assess statistical significance, on a cluster composed of 10 blades, containing each four Quad-Core AMD Opteron(tm) Processor 2352 2.1 GHz. In the case of a continuous trait, a similar run takes 9 days. Our program found 14 SNP-SNP interactions with a multiple-testing corrected p-value of less than 0.05 on real-life Crohn’s disease (CD) data. Conclusions: Our software is the first implementation of the MB-MDR methodology able to solve large-scale SNP-SNP interactions problems within a few days, without using much memory, while adequately controlling the type I error rates. A new implementation to reach genome-wide epistasis screening is under construction. In the context of Crohn’s disease, MBMDR-3.0.3 could identify epistasis involving regions that are well known in the field and could be explained from a biological point of view. This demonstrates the power of our software to find relevant phenotype-genotype higher-order associations.

Synchronous Digital Hierarchy implementation to a Radio Transmission Node

Kiristyville markkinoille on aina tuotava jotain uutta tarjottavaa ja SDH-kortti on yksi sellainen tuote jonka Nokia Networks julkistaa osaksi uutta Nokia Flexihub Nodea. Tavoitteena on suunnitella VC-12kanavoitu STM-1 kortti yhdistämään ylemmän tason tietoliikenneverkko suuren kapasiteetin radioon. Ennen kuin markkinoilla on valmis tuote, on sen takana valtaisa määrä työtä. Erilaisia dokumentteja on pitänyt tuottaa ja sopimuksia tehdä. Esimerkiksi vaatimusmäärittelyt on oltava selvät, jotta tiedetään mitä tuotteelta halutaan. Tätä ennen on kuitenkin pitänyt ymmärtää miten SDHtoimii ja miten otsikkotavuja käsitellään. Myös erilaiset piirivalinnat aiheuttavat miettimistä, sillä markkinoilla on runsaasti valmiita piirejä SDH signaalinkäsittelyyn. Varma tiedonsiirto on tärkeää puhelinoperaattorille ja siksi joudutaan miettimään varmennuksia ja niiden toteuttamista. Myös synkronointi on tärkeä osa SDH järjestelmää ja sen toteuttaminen hyvin on tärkeää. Hälytykset on otettava huomioon ja mietittävä, miten niiden käsittely saadaan hoidettua järkevästi, ilman että mikään järjestelmän osa ruuhkautuu kohtuuttomasti. Tässä Diplomityössä on tutustuttu SDH-järjestelmään, otsikkotavujen käsittelyyn ja vaatimusmäärittelyihin.

Reporting Framework: Implementation and Performance Analysis

Fenix on suuri metsäteollisuuden tuotannonohjausjärjestelmä. Fenix-järjestelmän raportointi- ja tulostuspalvelut elävätvaihdekautta. Aikaisemmin käytetyt raportointityökalut ovat vanhentumassa ja neon korvattava uusilla. Uusi raportointialusta, Global Printing System (GPS), onrakennettu StreamServe Business Communication Platformin ympärille. Uuden alustan on tarkoitus hoitaa Fenixin tulostus sekä raportointitehtävät. Työ kuvaa raportointialustan toteutuksen sekä sen tärkeimmät ominaisuudet. Uuden alustan suorituskyvyssä on ollut toivomisen varaa. Etenkin suurien raporttien generoiminen on kestänyt joskus toivottoman pitkään. Työssä analysoidaan raportointialustan suorituskykyä ja etsitään mahdolliset pullonkaulat. Suorituskyvyn heikkouksiin pyritään löytämään ratkaisut ja annetaan ehdotuksia suorituskyvyn parantamiseksi. XML pohjaisena järjestelmänä GPS:n suorituskyvyssä suurta osaaesittää XML:n tehokkuus. GPS sisääntuleva data tulee XML-muodossa ja sisääntulon parsimisen tehokkuus on avaintekijöitä koko GPS:n tehokkuuden kannalta. Suorituskyvyn parantamisessa keskitytäänki vahvasti XML:n tehokkaampaan käyttöön ja esitetään ehdotuksia sen parantamiseksi.

Procurement in Project Implementation

Tutkimus keskittyy hankintatoimen kehittämiseen osana laitosprojektien toteutusta. Työ pohjautuu empiiriseltä taustaltaan Pöyry Oyj:n projektiliiketoimintaan ja työn tarkastelunäkökulmaksi onvalittu projektihallinnosta vastaavan yrityksen näkökulma. Tutkimus on hyvin käytännönläheinen ¿ se lähtee hankinnan ja sen seurannan ongelmista ja pyrkii tarjoamaan niihin uudenlaisia ratkaisuja. Pohjimmiltaan tutkimus kuuluu teollisuustalouden piiriin, vaikka tietojärjestelmätieteellä on vahva tukirooli. Työn tavoitteet ja tulokset liittyvät teollisuustaloudelle ominaisesti yrityksen toiminnan kehittämiseen, käytetyt välineet ja ratkaisut puolestaan hyödyntävät tietojärjestelmätieteen antamia mahdollisuuksia. Tutkimuksessa on käytetty konstruktiivista tutkimusotetta, jonka mukaisesti on luotu innovatiivisia konstruktioita ratkaisemaan aitoja reaalimaailman ongelmia ja tätä kautta tuotettu kontribuutioita teollisuustaloudelle. Tavoitteena oli järjestää hankintatoimi ja sen seuranta suurissa laitosprojekteissa tehokkaammin. Tätä varten uudistettiin ensin projektihallinnon ja hankintatoimen toimintaohjeet vastaamaan paremmin nykyajan vaatimuksia. Toimintaohjeiden perusteella ryhdyttiin toteuttamaan hankintaohjelmistoa, joka pystyisi kattamaan kaikki toimintaohjeissa kuvatut piirteet. Lopulta hankintaohjelmisto toi mukanaan uusia piirteitä projektihallintoon ja hankintatoimeen ja nämä sisällytettiin toimintaohjeisiin. Tähän kehitystyöhön ryhdyttiin, jotta laitosprojektien projektihallinto ja hankintatoimi toimisivat paremmin, eli pienemmin kustannuksin tuottaen projekteissa tarvittavat tulokset nopeammin, tarkemmin ja laadukkaammin. Tutkimuksella on kolmenlaisia tuloksia: hankintatoimen parannetut metodit, hankintaohjelmiston pohjana olevat toiminta- ja laskentamallit sekä implementaationa hankintasovellus. Uudistetut projekti- ja hankintaohjeet kuvaavat hankintatoiminnan parannettuja metodeja. Hankintaohjelmistoasuunnitellessa ja kehitettäessä tehdyt kuvaukset sisältävät uusia malleja niin hankintaprosessille kuin hankinnan seuraamiseksi suurissa laitosprojekteissa. Itse ohjelmisto on tuloksena implementaatio, joka perustuu parannettuihin hankintametodeihin ja uusiin toiminta- ja laskentamalleihin. Uudistetut projekti- ja hankintaohjeet ovat olleet käytössä Pöyry Oyj:ssä vuodesta 1991. Vuosien varrella nämä toimintaohjeet ovat auttaneet ja tukeneet satojen laitosprojektientoteutusta ja ylläpitäneet Pöyry Oyj:n kilpailukykyä kansainvälisenä projektitalona. Hankintasovellus puolestaan on ollut käytössä useissa projekteissa ja sen on havaittu pienentävän hankintatoimen suoria työkustannuksia laitosprojekteissa. Sovelluksen katsotaan myös tuovan epäsuoria kustannussäästöjä parempien hankintapäätösten muodossa, mutta näiden säästöjen suuruutta ei pystytä luotettavasti arvioimaan.

The design and implementation of a standards-based mobile messaging platform - case WAP Push Proxy Gateway

Tässä diplomityössä perehdytään WAP:in Push -viitekehykseen. WAP-standardit määrittelevät kuinka Internet-tyyppisiä palveluita, joita voidaan käyttää erilaisia mobiileja päätelaiteitteita käyttäen, toteutetaan tehokkaalla ja verkkoteknologiasta riippumattomalla tavalla. WAP pohjautuu Internet:iin, mutta huomioi pienten päätelaitteiden ja mobiiliverkkojen rajoitukset ja erikoisominaisuudet. WAP Push viitekehys määrittelee verkon aloittaman palvelusisällön toimittamisen. Työn teoriaosassa käydään läpi yleinen WAP-arkkitehtuuri ja WAP-protokollapino käyttäen vertailukohtina lanka-Internetin arkkitehtuuria ja protokollapinoa. Edellistä perustana käyttäen tutustaan WAP Push -viitekehykseen. Käytännönosassa kuvataan WAP Push -välityspalvelimen suunnittelu ja kehitystyö. WAP Push -välityspalvelin on keskeinen verkkoelementti WAP Push -viitekehyksessä. WAP Push -välityspalvelin yhdistää Internetin ja mobiiliverkon tavalla, joka piilottaa teknologiaeroavaisuudet Internetissä olevalta palveluntuottajalta.

The Design and Implementation of Loudspeaker Control Network Protocols

The networking and digitalization of audio equipment has created a need for control protocols. These protocols offer new services to customers and ensure that the equipment operates correctly. The control protocols used in the computer networks are not directly applicable since embedded systems have resource and cost limitations. In this master's thesis the design and implementation of new loudspeaker control network protocols are presented. The protocol stack was required to be reliable, have short response times, configure the network automatically and support the dynamic addition and removal of loudspeakers. The implemented protocol stack was also required to be as efficient and lightweight as possible because the network nodes are fairly simple and lack processing power. The protocol stack was thoroughly tested, validated and verified. The protocols were formally described using LOTOS (Language of Temporal Ordering Specifications) and verified using reachability analysis. A prototype of the loudspeaker network was built and used for testing the operation and the performance of the control protocols. The implemented control protocol stack met the design specifications and proved to be highly reliable and efficient.