Development of a Java-based Unified and Flexible Natural Language Discourse System

This paper outlines the design and development of a Java-based, unified and flexible natural language dialogue system that enables users to interact using natural language, e.g. speech. A number of software development issues are considered with the aim of designing an architecture that enables different discourse components to be readily and flexibly combined in a manner that permits information to be easily shared. Use of XML schemas assists this component interaction. The paper describes how a range of Java language features were employed to support the development of the architecture, providing an illustration of how a modern programming language makes tractable the development of a complex dialogue system.

sscMap: An extensible Java application for connecting small-molecule drugs using gene-expression signatures

Background
Connectivity mapping is a process to recognize novel pharmacological and toxicological properties in small molecules by comparing their gene expression signatures with others in a database. A simple and robust method for connectivity mapping with increased specificity and sensitivity was recently developed, and its utility demonstrated using experimentally derived gene signatures.

Results
This paper introduces sscMap (statistically significant connections' map), a Java application designed to undertake connectivity mapping tasks using the recently published method. The software is bundled with a default collection of reference gene-expression profiles based on the publicly available dataset from the Broad Institute Connectivity Map 02, which includes data from over 7000 Affymetrix microarrays, for over 1000 small-molecule compounds, and 6100 treatment instances in 5 human cell lines. In addition, the application allows users to add their custom collections of reference profiles and is applicable to a wide range of other 'omics technologies.

Conclusion
The utility of sscMap is two fold. First, it serves to make statistically significant connections between a user-supplied gene signature and the 6100 core reference profiles based on the Broad Institute expanded dataset. Second, it allows users to apply the same improved method to custom-built reference profiles which can be added to the database for future referencing. The software can be freely downloaded from http://purl.oclc.org/NET/sscMap

SecGOD - Google Docs: Now I Feel Safer!

This paper presents SecGOD. A tool that protects the privacy of documents created with online office suites. SecGOD is implemented as a Greasemonkey java-script making it deployable on all popular greesemonkey compatible browsers and utilizes symmetric key encryption. All operations run on the client side, with SecGOD operating invisibly as concerned by the cloud, with no changes needed to the code that is provided to the cloud server provider. Finally, the effectiveness of SecGOD is demonstrated by conducting extensive experiments measuring the processing time for the three versions of AES (128, 192, 256 bits).

Multi-agent based electricity market simulator with VPP: Conceptual and implementation issues

This paper presents a new architecture for the MASCEM, a multi-agent electricity market simulator. This is implemented in a Prolog which is integrated in the JAVA program by using the LPA Win-Prolog Intelligence Server (IS) provides a DLL interface between Win-Prolog and other applications. This paper mainly focus on the MASCEM ability to provide the means to model and simulate Virtual Power Producers (VPP). VPPs are represented as a coalition of agents, with specific characteristics and goals. VPPs can reinforce the importance of these generation technologies making them valuable in electricity markets.

A Java expression evaluator for nonlinear programming

Finding the optimal value for a problem is usual in many areas of knowledge where in many cases it is needed to solve Nonlinear Optimization Problems. For some of those problems it is not possible to determine the expression for its objective function and/or its constraints, they are the result of experimental procedures, might be non-smooth, among other reasons. To solve such problems it was implemented an API contained methods to solve both constrained and unconstrained problems. This API was developed to be used either locally on the computer where the application is being executed or remotely on a server. To obtain the maximum flexibility both from the programmers’ and users’ points of view, problems can be defined as a Java class (because this API was developed in Java) or as a simple text input that is sent to the API. For this last one to be possible it was also implemented on the API an expression evaluator. One of the drawbacks of this expression evaluator is that it is slower than the Java native code. In this paper it is presented a solution that combines both options: the problem can be expressed at run-time as a string of chars that are converted to Java code, compiled and loaded dynamically. To wide the target audience of the API, this new expression evaluator is also compatible with the AMPL format.

Avaliação dos mecanismos de concorrência na API do Java 8

As plataformas com múltiplos núcleos tornaram a programação paralela/concorrente num tópico de interesse geral. Diversos modelos de programação têm vindo a ser propostos, facilitando aos programadores a identificação de regiões de código potencialmente paralelizáveis, deixando ao sistema operativo a tarefa de as escalonar dinamicamente em tempo de execução, explorando o maior grau possível de paralelismo. O Java não foge a esta tendência, disponibilizando ao programador um número crescente de bibliotecas de mecanismos de sincronização e paralelização de código. Neste contexto, esta tese apresenta e discute um conjunto de resultados obtidos através de testes intensivos à eficiência de algoritmos de ordenação implementados com recurso aos mecanismos de concorrência da API do Java 8 (Threads, Threadpools, ExecutorService, CountdownLach, ExecutorCompletionService e ForkJoinPools) em sistemas com um número de núcleos variável. Para cada um dos mecanismos, são apresentadas conclusões sobre o seu funcionamento e discutidos os cenários em que o seu uso pode ser rentabilizado de modo a serem obtidos melhores tempos de execução.

Desenho e desenvolvimento de um Sistema de Informação em Oracle ADF

Um Sistema de Informação consiste num sistema capaz de armazenar, organizar e estruturar dados para ajudar a responder às necessidades das empresas, passando também pela capacidade de resposta às questões diárias das empresas. Assim, um Sistema de Informação pode ser definido como o software que ajuda a organizar e analisar dados, tendo como objetivo fornecer informação útil na altura certa para que possa ser utilizada para a tomada de decisões ou para uma gestão mais eficiente dos diversos fluxos que uma empresa pode conter. Neste sentido, o projeto apresentado centra-se no desenho e construção de um Sistema de Informação capaz de gerir o negócio de uma empresa do setor alimentar, mais propriamente do setor da transformação de carnes. Foi desenvolvido em Oracle ADF, de forma a aproveitar as vantagens inerentes à tecnologia e ao desenvolvimento web. Sendo uma tecnologia relativamente nova no mercado e dominada por poucos, a sua utilização neste momento pode tornar-se uma grande vantagem. Para o desenvolvimento da aplicação foi realizado o levantamento e análise de requisitos, foi criada a base de dados capaz de suportar o funcionamento do software e desenvolvido um sistema de login, capaz de gerir as sessões de cada utilizador. Foi implementado um processo de introdução e edição de informação, nomeadamente o registo de entradas, transformações e saídas. Contemplou-se também uma secção com dados mestre da empresa com a possibilidade de inserção, atualização e/ou remoção. Além disso, foram incorporadas validações em todos os processos que são usados pelos utilizadores, de modo a evitar a existência de dados incoerentes ou duplicados. Relativamente à lógica de negócio, foi embutida na aplicação de forma a permitir consultar a informação de forma clara, rápida e em diversos lugares, reduzindo tempo e tarefas ao colaborador/utilizador, visto que os processos foram automatizados. Com a implementação deste Sistema de Informação, a empresa pode usufruir de um sistema integrado capaz de gerir e controlar todo o seu processo produtivo, reduzindo custos e desperdícios, aumentando a produtividade e eficiência.