Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

Rôle de SOCS1 dans l’immunogénicité de la tumeur en particulier au niveau du carcinome hépatocellulaire

Résumé : Le carcinome hépatocellulaire (HCC) est la troisième cause commune de décès de cancer et affecte plus les hommes que les femmes. Le HCC résulte d’une dérégulation des voies de signalisation impliquées dans l’initiation de l’inflammation menant ainsi à des répercussions désastreuses. De part la complexité de ce type de cancer, les traitements qui existent à ce jour ne sont pas très prometteurs et ont un faible pourcentage de « rémission ». L’immunothérapie soulève beaucoup d’espoir quant à l’orientation vers un traitement efficace plausible. En effet, plusieurs suppresseurs de tumeur se retrouvent réprimés, parmi lesquels le SOCS1. C’est dans cette optique que nos recherches se sont orientées en mettant la lumière sur le SOCS1 «suppresseur de signalisation des cytokines 1 (SOCS1) » qui est réprimé au niveau du HCC et dont la restauration pourrait contribuer à un pronostic favorable à la rémission. La protéine SOCS1 a beaucoup attisé la curiosité des chercheurs de part son rôle suppresseur de tumeur. Pour comprendre les mécanismes d’action de SOCS1 et son implication dans la neutralisation de la tumeur, nous avons généré trois types stables de la lignée cellulaire du carcinome hépatocellulaire de souris Hepa1-6, une portant un vecteur vide, l’autre exprimant le type sauvage du gène SOCS1 (SOCS1-WT; Hepa-S) et une portant une mutation au niveau du domaine SH2 (SOCS1-R105K; Hepa-R). Le mutant ne peut plus inhiber la signalisation des cytokines. Lors de l'implantation sous-cutanée des cellules Hepa1-6 modifiées, chez des souris C57BL/6 et NOD.scid.gamma (NSG). Nous avons observé que les cellules Hepa1-6 exprimant le vecteur de contrôle (Hepa-V) formaient de grosses tumeurs tandis que les cellules Hepa-S formaient de petites tumeurs chez les deux types de souris. Les cellules Hepa-R quant à elles, formaient de grosses tumeurs seulement chez des souris immunodéficientes (NSG) mais montraient une croissance nettement retardée lorsqu’elles étaient greffées aux souris (C57BL/6) immunocompétentes. Partant de ce constat intrigant, nous avons postulé que SOCS1 favorise l'immunogénicité des cellules tumorales par son domaine SOCS Box. Par conséquent, les cellules Hepa-R offrent une occasion unique de démêler le potentiel pro-immunogène de SOCS1, et ceci dans le but d'élucider les fonctions immunogènes de SOCS1 dans le cancer du foie. Jusqu'à présent aucune précédente recherche ne s’est aventurée à chercher l’implication de SOCS1 dans l’augmentation de l’immunogénicité.

Influence de l’hypoxie dans la régulation du pH et les conséquences dans la progression tumorale et la résistance à la chimiothérapie

Résumé : La formation de métastases s’inscrit comme la finalité d’un processus darwinien dans lequel les cellules tumorales subissent des altérations génétiques et épigénétiques dans l’unique but de préserver un avantage prolifératif. L’environnement hypoxique, caractéristique des tumeurs solides, se révèle comme une pression de sélection et un facteur déterminant dans la progression tumorale. Face à l’hypoxie, une des adaptations majeures des cellules tumorales est le déséquilibre du pH cellulaire qui mène à la formation de métastases et à la résistance à la chimiothérapie. Cette thèse met en lumière de nouveaux liens moléculaires entre l’hypoxie et la régulation du pH dans des contextes d’invasion cellulaire et de chimiorésistance. Les échangeurs d’ions NHE1 et NHE6 sont au cœur de ces études où de nouveaux rôles dans la progression du cancer leur ont été attribués. Premièrement, nous avons observé l’influence de l’hypoxie sur la régulation de NHE1 par p90RSK et les conséquences fonctionnelles de cette interaction dans l’invasion cellulaire par les invadopodes. En conditions hypoxiques, NHE1 est activé par p90RSK résultant en une acidification extracellulaire. En modifiant le pH, NHE1 stimule la formation des invadopodes et la dégradation de la matrice extracellulaire. Ainsi, la phosphorylation de NHE1 par p90RSK en hypoxie apparaît comme un biomarqueur potentiel des cancers métastatiques. Peu étudié, le pH endosomal peut intervenir dans la chimiorésistance mais les mécanismes sont inconnus. Nous avons développé une méthode pour mesurer précisément le pH endosomal par microscopie. Ceci a permis d’illuminer un nouveau mécanisme de résistance induit par l’hypoxie et mettant en vedette l’échangeur NHE6. L’hypoxie favorise l’interaction de NHE6 avec RACK1 à la membrane plasmique empêchant la localisation endosomale de l’échangeur. Cette interaction mène à la séquestration de la doxorubicine dans des endosomes sur-acidifiés. Ces travaux mettent en évidence pour la première fois le rôle du pH endosomal et l’échangeur NHE6 comme des éléments centraux de la chimiorésistance induite par l’hypoxie. Cette thèse renforce donc l’idée voulant que les interactions entre les cellules tumorales et le microenvironnement hypoxique sont le « talon d’Achille » du cancer et la régulation du pH cellulaire est primordiale dans l’adaptation des cellules à l’hypoxie et l’instauration du phénotype malin du cancer. La découverte de nouveaux rôles pro-tumoraux pour NHE1 et NHE6 les placent à l’avant-plan pour le développement de stratégies thérapeutiques orientées contre la formation de métastases et la chimiorésistance.

Implication du gène de l'obésité (leptine) et de son récepteur dans la fonction des cellules ovariennes chez le porc

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Identification des métalloprotéases de la matrice extracellulaire synthétisées et sécrétées par des cellules dérivées de la lignée MDCK, les cellules MSV-MDCK-INV aux propriétés tumorales et invasives

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Implication du gène de l'obésité (leptine) et de son récepteur dans la fonction des cellules ovariennes chez le porc

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Identification des métalloprotéases de la matrice extracellulaire synthétisées et sécrétées par des cellules dérivées de la lignée MDCK, les cellules MSV-MDCK-INV aux propriétés tumorales et invasives

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôle du gène Polycomb BMI1 dans le maintien et la radiorésistance des cellules souches cancéreuses

Le glioblastome multiforme (GBM) est la tumeur cérébrale la plus commune et létale chez l’adulte. Malgré les avancés fulgurantes dans la dernière décennie au niveau des thérapies contre le cancer, le pronostique reste inchangé. Le manque de spécificité des traitements est la cause première de la récurrence de cette tumeur. Une meilleure compréhension au niveau des mécanismes moléculaires et biologiques de cette tumeur est impérative. La découverte des cellules souches cancéreuses (CD133+) au niveau du GBM offre une nouvelle opportunité thérapeutique contre cette tumeur. Effectivement, les cellules CD133+ seraient responsables de l’établissement, le maintien et la progression du GBM. De plus, elles sont également la cause de la résistance du GBM faces aux traitements de radiothérapies. Ces cellules représentent une cible de choix dans le but d’éradiquer le GBM. L’oncogène BMI1 a été associé à plusieurs types de tumeurs et est également essentielle au maintien de différentes populations de cellules souches normales et cancéreuses. Une forte expression de BMI1 est observée au niveau du GBM et plus précisément, un enrichissement préférentiel de cette protéine est noté au niveau des cellules CD133+. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer le rôle potentiel de BMI1 dans le maintien et la radiorésistance des cellules souches cancéreuses (CSC), CD133+ du GBM. La fonction principale de BMI1 est la régulation négative du locus INK4A/ARF. Ce locus est impliqué dans l’activation de deux voies majeurs anti-tumorales : P53 et RB. Or, la perte de BMI1 induit in vitro une diminution des capacités prolifératives, une augmentation de la différentiation et de l’apoptose, ainsi qu’une augmentation de la radiosensibilité des CSC du GBM indépendamment de la présence du locus INK4A/ARF. Effectivement, deux tumeurs sur trois possèdent une délétion de ce locus, ce qui suggère que BMI1 possède d’autre(s) cible(s) transcriptionnelle(s). Parmi ces nouvelles cibles ont retrouve la protéine P21, un régulateur négatif du cycle cellulaire. De plus, la perte de BMI1 inhibe l’établissement d’une tumeur cérébrale lors d’études de xénogreffe chez la souris NOD/SCID. Également, une nouvelle fonction de BMI1 indépendante de son activité transcriptionnel a été démontrée. Effectivement, suite à l’induction d’un bris double brin (BDB) de l’ADN, BMI1 est rapidement recruté au niveau de la lésion et influence le recrutement des protéines de reconnaissance du dommage à l’ADN. La perte de BMI1 mène à un défaut au niveau de la reconnaissance et la réparation de l’ADN, alors que sa surexpression induit plutôt une augmentation de ces mécanismes et procure une radiorésistance. Ces résultats décrivent pour la première fois l’importance de BMI1 au niveau du maintien, de l’auto-renouvellement et la radiorésistance des CSC du GBM. Ainsi, ces travaux démontrent que la protéine BMI1 représente une cible thérapeutique de choix dans le but d’éradiquer le GBM, une tumeur cérébrale létale.

Estudio de marcadores tumorales citológicos e histológicos relacionados con las alteraciones cromosómicas de tumores sólidos

Si bien hay diferencias en cuanto a incidencia y tasa de morbilidad y mortalidad de cada una de las formas de cáncer en los diversos países, se calcula que aproximadamente una de cada cinco personas en el mundo mueren de cáncer. Aunque ha habido considerables avances en el tratamiento, incluyendo procedimientos de alta precisión en cirugía y protocolos detallados para radio y quimioterapia, los tumores malignos siguen siendo una de las causas de muerte más prominentes de la sociedad moderna. Las estrategias para el tratamiento dependen de un diagnóstico preciso y temprano. Algunos tumores presentan dificultades para clasificarlos, lo que lleva consigo una incertidumbre en el pronóstico y tratamiento. Los tumores sólidos tanto de órganos como de tejidos blandos y óseo, son un grupo de neoplasias muy diverso, que ocurren en todas las edades. El diagnóstico/ pronóstico puede ser complicado y el dilema del diagnóstico diferencial depende frecuentemente de los métodos histopatológicos y radiológicos. El presente proyecto intenta correlacionar los parámetros histopatológicos e inmunohistoquimicos con las aberraciones cromosómicas que ellos presentan a los efectos de contribuir en el diagnóstico y tratamiento más eficientes. La detección de alteraciones cromosomicas como anillos, cromosomas dicéntricos, deleciones, traslocaciones, etc., que están asociadas con tipos específicos de tumores sólidos relacionándolos con su morfología permitirá contribuir a un mejor diagnóstico y por ende tratamientos más precisos, ya que ciertos tumores, a pesar de morfología similar pueden tener comportamiento diferente

Marcadores tumorales (p53 y Ki67) en la secuencia metaplasia, displasia, adenocarcinoma en el esófago de Barrett

La Enfermedad de Reflujo Gastroesofágico (ERGE) constituye en gastroenterología, junto con el síndrome de intestino irritable y la dispepsia, la patología de más alta prevalencia. El reflujo gastroesofágico (RGE) crónico y severo puede conducir a lesiones de la mucosa del esófago distal, objetivables endoscópicamente, como Erosiones, Estenosis, Ulceras y Metaplasia Columnar. La Metaplasia Columnar (reemplazo del epitelio esofágico por epitelio columnar) puede ser del tipo Cardial (transicional), Gástrico Fúndico o Intestinal. La Metaplasia Intestinal (MI) se denomina Esófago de Barrett, y es una condición precancerosa con alta prevalencia (del 5 al 20%). En nuestra casuística de los últimos años gira siempre alrededor del 20%. La historia natural de la Enfermedad por Reflujo Gastroesofágico es la siguiente: RGE – metaplasia cardial del epitelio esofágico – carditis por reflujo - metaplasia intestinal – displasia – adenocarcinoma. ¿Cómo se podría modificar esta historia natural?. A través de la prevención, la detección precoz y el desarrollo de terapéuticas efectivas. La lesión histológica que aparece precediendo, y/o acompañando al adenocarcinoma (ACa) , es la displasia (D), definida como una alteración citoarquitectural de los tejidos y de las células, muchas veces imprecisa y subjetiva, y que puede ser de bajo (DBG) y de alto grado (DAG). Como acercamiento al diagnóstico temprano del ACa, además de la búsqueda de displasia, es posible detectar alteraciones moleculares o genéticas en los tejidos, mediante técnicas inmunohistoquímicas, utilizando ciertos tipos de Marcadores Tumorales (MT). El objetivo principal de este trabajo es la detección precoz (diagnóstico temprano del cáncer) en el esófago de Barrett en nuestro medio, mediante la utilización de los mencionados MT.

Estudio de marcadores tumorales citológicos e histológicos relacionados con las alteraciones cromosómicas de tumores sólidos.

Si bien hay diferencias en cuanto a la incidencia y la tasa de morbilidad y mortalidad de cada una de las formas de cáncer en los diversos países, se calcula que aproximadamente una de cada cinco personas en el mundo mueren de cáncer. Aunque ha habido considerables avances en el tratamiento, incluyendo procedimientos de alta precisión en cirugía y protocolos detallados para radio y quimioterapia, los tumores malignos siguen siendo una de las causas de muerte más prominentes de la sociedad moderna. Las estrategias para el tratamiento dependen de un diagnóstico preciso y temprano. Algunos tumores presentan dificultades para clasificarlos, lo que lleva consigo una incertidumbre en el pronóstico y tratamiento. Los tumores sólidos tanto de órganos como de tejidos blandos y óseo, son un grupo de neoplasias muy diverso, que ocurren en todas las edades. El diagnóstico/ pronóstico puede ser complicado y el dilema del diagnóstico diferencial depende frecuentemente de los métodos histopatológicos y radiológicos. El presente proyecto intenta correlacionar los parámetros histopatológicos e inmunohistoquímicos con las aberraciones cromosómicas que ellos presentan a los efectos de contribuir en el diagnóstico y tratamiento más eficientes. La detección de alteraciones cromosómicas como anillos, cromosomas dicéntricos, deleciones, traslocaciones, etc., que están asociadas con tipos específicos de tumores sólidos relacionándolos con su morfología permitirá contribuir a un mejor diagnóstico y por ende tratamientos más precisos, ya que ciertos tumores, a pesar de morfología similar pueden tener comportamiento diferente.

USO DE MARCADORES TUMORALES COMO VALORES PREDICTIVOS DE MALIGNIDAD EN EL TUMOR VENEREO TRANSMISIBLE CANINO

Entre los tumores frecuentes en los caninos, se encuentra el denominado Tumor Venéreo Transmisible (TVT). El origen celular exacto del TVT no está claro, aunque estudios inmunohistoquímicos muestran las características de compatibilidad con células histiocíticas. En nuestra región se diagnostican con frecuencia aunque no se tienen datos precisos de su incidencia. El diagnóstico precoz es la mejor herramienta utilizada tanto en medicina veterinaria como humana para el control de tumores. El tumor puede ser muy agresivo localmente, rara vez metastiza. El manejo terapéutico no ha sido sencillo. Se han probado distintos tratamientos como cirugía, radioterapia, bioterapia y quimioterapia- La quimioterapia ha demostrado ser el tratamiento mas efectivo y la droga mas utilizada es el sulfato de vincristina, pero el tiempo del tratamiento hasta la remisión completa varía ampliamente entre individuos. Si bien existen estadificaciones clínicas y diagnósticos citológicos e histológicos que permiten establecer el grado de malignidad, los mismos tienen componentes subjetivos por su naturaleza cualitativa. Los marcadores tumorales se han utilizado especialmente en el establecimiento de un pronóstico acertado. Entre estos están las Regiones Organizadoras Nucleolares (NORs), que pueden colorearse con tinciones argénticas (AgNOR). dichas regiones corresponden a segmentos de cromosomas que contienen genes ribosomales. Por otro lado, existen marcadores de proliferación celular como el anticuerpo monoclonal Ki 67, el cual detecta un antígeno nuclear que se expresa en las células que entran al ciclo celular (fases G1, S, G2 y mitosis), proporcionando una medida directa de la fracción de crecimiento del tejido. El uso de estos marcadores fue eficiente en patología humana, mientras en veterinaria existen escasos reportes La mayoría de los marcadores se han usado sobre muestras histológicas, existiendo escasa información de su uso en muestras citológicas. Conocer el diagnóstico y el pronóstico del tumor relacionándolo con el tratamiento instaurado permitiría predecir las expectativas y calidad de vida del paciente. El contar en Medicina Veterinaria con una herramienta cuantitativa como son los marcadores tumorales que soporte las observaciones subjetivas que aporta el diagnóstico citomorfológico, podría contribuir a establecer de manera confiable el pronóstico del paciente con TVT, así como también definir el modelo terapéutico. Por esto sería importante la búsqueda de técnicas rápidas y seguras que permitan establecer pronósticos cada vez más precisos.

Influence de deux milieux séquentiels pour la culture d'embryons sur la production d'hormone gonadotrophine chorionique et de progestérone par des cellules JEG-3 et BeWo [Effects of different embryo development media on hCG and progesterone release by JEG-3 and BeWo cells]

Current in vitro fertilisation (IVF) practice requires synchronisation between the¦environment of cultured oocytes and embryos and the surroundings to what they would have¦been exposed to in vivo. Commercial, sequential media follow this requirement but their exact¦composition is not available. We have compared two widely used IVF culture media systems using¦the two choriocarcinoma cell lines JEG-3 and BeWo. The two hormones hCG and progesterone¦were determined in the culture supernatants as endpoints. In both cell lines, but in a more¦pronounced way in JEG-3, progesterone rather than hCG production was stimulated, and a¦higher hormone release was observed in the fertilisation than in the cleavage media. Differences¦between manufacturers were small and did not favour one system over the other. We conclude¦that both sequential media systems can be equally well used in current IVF laboratory practice.¦© 2012 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.