Fish species identification in Canned Tuna by DNA Analysis (PCR-SSCP)

DNA in canned tuna is degraded into short fragments of a rew hundred base pairs. The polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify short sequences of mitochondrial DNA, which were denatured and analysed by polyacrylamide gel electrophoresis (native PAGE) for detection of single strand conformation polymorphisms. Species specific patterns of DNA bands were obtained for a number of tuna and bonito species. DE: In Thunfischkonserven liegt die DNA in Form kurzkettiger Fragmente von wenigen Hundert Basenpaaren Länge vor. Mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) wurden kurze Sequenzen der mitochondrialen DNA vervielfältigt. Anschließend wurde die gebildete DNA in Einzelsträngen überführt, die durch eine native Polyacrylamidgel-Elektrophorese (PAGE) aufgetrennt wurde. Für eine Reihe von Thunfischen und Boniten ergaben die Einzelstränge artspezifische Bandenmuster, die auf unterschiedliche Konformationen der DNA-Stränge der einzelnen Fischarten zurückzuführen sind.

Estudo do magmatismo máfico de complexos alcalinos do sudeste do Brasil

Nesta dissertação foram estudas rochas máficas dos complexos alcalinos de Morro de São João, Rio Bonito, Tanguá, Gericinó-Mendanha, Morro Redondo, Itatiaia e Passa Quatro. Essas rochas ocorrem na forma de diques e/ou sills. As amostras coletadas foram classificadas como lamprófiros, fonolitos, gabros e diabásios alcalinos. A análise geoquímica permitiu identificar um trend fortemente insaturado e um trend moderadamente alcalino para os complexos estudados. O primeiro é caracterizado por foiditos e fonolitos como membros parentais e mais evoluídos, respectivamente, enquanto o segundo tem basaltos alcalinos como membros parentais e traquitos como os mais evoluídos. Todas as amostras plotam no campo da série alcalina, sendo majoritariamente miaskíticas, sódicas ou potássicas. Adicionalmente, o estudo geoquímico indicou que os complexos alcalinos representam câmaras magmáticas distintas, onde diferentes processos evolutivos tiveram lugar. As modelagens apontaram dois processos de diferenciação distintos nos complexos estudados. Os complexos alcalinos de Morro de São João, Morro Redondo, Gericinó-Mendanha e Itatiaia estariam relacionados a processos de cristalização fracionada. Por outro lado, o Complexo Alcalino de Passa Quatro teria sido diferenciado por processos de cristalização fracionada com esvaziamento e posterior reabastecimento da câmara magmática (RTF). De um modo geral, esses modelos indicaram a presença de mais do que uma série magmática nos complexos estudados e a não cogeneticidade entre as séries agpaíticas e miaskíticas. A discriminação de fontes foi feita com base na análise dos elementos terras raras das amostras parentais de cada um dos complexos (gabro em Morro de São João e lamprófiro nos demais). No entanto, este procedimento não foi aplicado para o Complexo Alcalino de Morro Redondo, uma vez que todas as suas amostras apresentaram valores de MgO muito abaixo do típico para líquidos parentais. O líquido parental do Complexo Alcalino do Gericinó-Mendanha apresentou razões de La/Yb e La/Nb, maior e menor que a unidade, respectivamente, típicas de derivação a partir fontes férteis. Os líquidos parentais dos outros complexos alcalinos tiveram suas razões La/Yb e La/Nb maiores que a unidade, típicas de derivação a partir de fontes enriquecidas. Os modelos desenvolvidos revelaram que os líquidos parentais de cada um dos complexos estudados estariam relacionados a fontes lherzolíticas com granada residual. Além disso, a fusão parcial destas fontes teria ocorrido num intervalo de 1 a 7% dentro da zona da granada. Finalmente, as modelagens petrogenéticas elaboradas permitiram a proposição de um cenário geodinâmico, envolvendo a descompressão adiabática do manto litosférico e sublitosférico anomalamente aquecidos. As características geoquímicas dos líquidos parentais parecem ter sido controladas essencialmente pela mistura desses dois tipos de fontes.

The fourfold serial killer in Bret Easton Elliss American Psycho

Patrick Bateman, o protagonista narrador do romance American Psycho (1991), de Bret Easton Ellis, confunde por ser rico, bonito e educado e, ao mesmo tempo, torturador, assassino e canibal. Mas esta personalidade antagônica não o torna singular. O que o particulariza são as quatro faces que ele apresenta ao longo de sua narrativa: (1) ele consome mercadorias e humanos, (2) compete para ter reconhecimento, (3) provoca horror por suas ações, e (4) não é um narrador confiável. Sendo um yuppie (termo popular usado nos Estados Unidos na década de 1980 para denominar jovens e bem sucedidos profissionais urbanos), Bateman é materialista e hedonista. Ele está imerso em uma sociedade de consumo, fato que o impossibilita de perceber diferenças entre produtos e pessoas. Sendo um narcisista, ele se torna um competidor em busca de admiração. No entanto, Bateman também é um serial killer e suas descrições detalhadas de torturas e assassinatos horrorizam. Por fim, nós leitores duvidamos de sua narrativa ao notarmos inconsistências e ambiguidades. Zygmunt Bauman (2009) afirma que uma sociedade extremamente capitalista transforma tudo que nela existe em algo consumível. Christopher Lasch (1991) afirma que o lendário Narciso deu lugar a um novo, controverso, dependente e menos confiante. A maioria das vítimas de Bateman são membros de grupos socialmente marginalizados, como mendigos, homossexuais, imigrantes e prostitutas, o que o torna uma identidade predatória, segundo Arjun Appadurai (2006). A voz autodiegética e a narrativa incongruente do protagonista, contudo, impedem que confiemos em suas palavras. Estas são as quatro faces que pretendo apresentar deste serial killer

Exploitation of tunas in Ceylon's coastal waters

Ceylon’s fishery for the tunas is presently limited to the coastal waters which in the present context have an off-shore limit of 15 miles and our contribution to the world tuna production is a little over 1%. Four varieties of tuna are largely exploited in the coastal waters. Of these, Baleya or the skipjack (Katsuwonus pelamis Linn. 1758) is the predominant variety followed by attavalla or mackerel tuna (Euthynnus ajfinis, Cantor, 1850), kelawalla or yellowfin (Thunnus albacares, Bonnaterre, 1788) and alagoduwa or frigate mackerel (Auxis thazard Lacepede, 1802). Other varieties like the thora-baleya or bonito (Sarda orientalis) and asgedi kelawalla or big eye tuna (Thunnus obesus) are also landed frequently but in extremely small quantities. Figure 1 illustrates the relative composition of the tuna varieties in the catch and their percentage composition further sub-divided according to the type of effort applied. It is evident that Ceylon's coastal fishery for tunas is greatly influenced by the production of smaller varieties of the tunas.

Distribution and length-weight relationship of tunas and tuna-like fishes around Ceylon

Tunas and tuna-like fishes have contributed considerably towards the increase in fish production from Ceylon's coastal waters, during the last five years and in this blood fish group lies a potential resource for a further increase in production. Consequently considerable attention is being paid to the study of these species. Length frequency sampling of these species are being carried out and quite often it becomes necessary to convert catch in terms of weight to catch in terms of number, when estimating apparent abundance of the stock. The length-weight relationship in addition to its usefulness in converting length frequency data to weight frequency data for such purpose is of general value to biologists and even to fishermen. The six species studied are yellowfin tuna (Thunnus alacares, Bonneterre), skipjack tuna (Katsuwonus pelamis, Linnaeus), mackerel tuna (Buthynnus affinis, Cantor), frigate mackerel (narrow corseleted Auxis thazard, Lacepede and broad corseleted A. rochie, Risso) and bonito (Saida orientalis, T&S).

The complete amino acid sequence of growth hormone and partial amino acid sequence of prolactin and somatolactin from sea perch (Lateolabrax japonicus)

Growth hormone (GH), prolactin (PRL) and somatolactin (SL) were purified simultaneously under alkaline condition (pH 9.0) from pituitary glands of sea perch (Lateolabrax japonicas) by a two-step procedure involving gel filtration on Sephadex G-100 and reverse-phase high-performance liquid chromatography (rpHPLC). At each step of purification, fractions were monitored by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and by immunoblotting with chum salmon GH. PRL and SL antisera. The yields of sea perch GH, PRL and SL were 4.2, 1.0 and 0.28 mg/g wet tissue, respectively. The molecular weights of 19,200 and 20,370 Da were estimated by SDS-PAGE for sea perch GH and PRL, respectively. Two forms of sea perch SL were found: one (28,400 Da) is probably glycosylated, while the other one (23,200 Da) is believed to be deglycosylated. GH bioactivity was examined by an in vivo assay. Intraperitoneal injection of sea perch GH at a dose of 0.01 and 0.1 mug/g body weight at 7-day intervals resulted in a significant increase in body weight and length of juvenile rainbow trout. The complete sea-perch GH amino acid sequence of 187 residues was determined by sequencing fragments cleaved by chemicals and enzymes. Alignment of sea-perch GH with those of other fish GHs revealed that sea-perch GH is most similar to advanced marine fish, such as tuna, gilthead sea bream, yellowfin porgy, red sea bream, bonito and yellow tail with 98.4, 96.2%, 95.7%, 95.2%, 94.1% and 91% sequence identity, respectively. Sea-perch GH has low identity to Atlantic cod (76.5%), hardtail (73.3%), flounder (68.4%), chum salmon (66.3%), carp (54%) and blue shark (38%). Partial amino-acid sequences of 127 of sea-perch PRL and the N-terminal of 16 amino-acid sequence of sea-perch SL have been determined. The data show that sea-perch PRL has a slightly higher sequence identity with tilapia PRL( 73.2%) than with chum salmon PRL(70%) in this 127 amino-acid sequence. (C) 2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Diagnósticos rurais participativos e adoção de tecnologias obtidos no projeto "Inserção e competitividade do agricultor familiar do Extremo Sul da Bahia no agronegócio da mandioca e do abacaxi".

Para romper o processo verticalizado que impõe um modelo produtivo para o campo sem a participação dos principais interessados, foi proposto, como parte do projeto ?Inserção e Competitividade do Agricultor Familiar do Extremo Sul da Bahia no Agronegócio da Mandioca e do Abacaxi?, o uso de metodologias participativas, visando à melhoria do processo de socialização das tecnologias e de construção do conhecimento. Nos assentamentos Lajedo Bonito e São Miguel, localizados nos municípios de Guaratinga e Porto Seguro, respectivamente, foram utilizados o Diagnóstico Rural Participativo e de grupo focal, para identificar as características dos grupos relativas às formas de organização, sistema produtivo, organização da produção e alocação de mão-de-obra, dentre outros fatores. Foram realizadas incursões nos lotes para reconhecimento dos sistemas de produção adotados nas unidades familiares. A partir do diagnóstico, foi realizado o planejamento participativo das comunidades. Em ambos os processos foram identificadas necessidades de melhorias estruturais e estruturantes, relacionadas, principalmente, ao processo produtivo e às condições sociais. Posteriormente aos diagnósticos, foram instaladas nos assentamentos áreas com mandioca e abacaxi, nas quais os agricultores praticaram diferentes formas de cultivo com especial atenção às tecnologias e novos processos propostos. Após três anos de condução dos trabalhos em campo com os agricultores, as metodologias participativas mostraram-se como ferramentas eficientes no processo de autoconhecimento das comunidades assentadas, permitindo não só a identificação dos problemas, mas também o seu dimensionamento e a proposição de soluções. A instalação de unidades de observação nas áreas dos agricultores constitui-se numa ferramenta clássica para a oferta de tecnologias. No entanto, para que os novos conhecimentos sejam consolidados, fazem-se necessários tanto o acompanhamento regular pela assistência técnica como o financiamento das atividades agrícolas, sem o que o aprendizado pode ser perdido ao longo do tempo.

Matéria orgânica e a relação com os solos da Reunião Brasileira de Classificação e Correlação: Pantanal e Cerrado do Estado do Mato Grosso do Sul.

A matéria orgânica é um importante elemento para a separação e classificação de horizontes dos solos nos diversos sistemas taxonômicos, devido à relação com a morfologia, atributos químicos, físicos e mineralógicos. Este trabalho teve como objetivo avaliar os teores de carbono orgânico e as rações húmicas dos horizontes superficiais e subsuperficiais dos solos da X Reunião Brasileira de Classificação e Correlação. Foram selecionados perfis e nestes, horizontes superficiais e subsuperficias que identificam as classes de solo. Em amostras de terra, foram determinados os teores do carbono orgânico do solo e das frações húmicas. A fração humina predominou, seguido da fração ácidos húmicos nos pedoambientes Salina e Capão (sedimentos arenosos e calcário), enquanto, para os demais pedoambientes a fração humina é seguida da fração ácidos fúlvicos. Exceção com o predomínio das frações alcalinosolúveis no horizonte A2 do perfil MS03 (Capão) e horizontes A2 e Bw1 do perfil MS17 (Planalto). Com base na distribuição das frações húmicas não foi detectado acúmulo das frações alcalinosolúveis para os horizontes subsuperficiais caracterizados como Bh dos perfis MS01 e MS12 (Salina).

Branqueamento Dentário

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

Structure, function, and phylogeny of the mating locus in the Rhizopus oryzae complex.

The Rhizopus oryzae species complex is a group of zygomycete fungi that are common, cosmopolitan saprotrophs. Some strains are used beneficially for production of Asian fermented foods but they can also act as opportunistic human pathogens. Although R. oryzae reportedly has a heterothallic (+/-) mating system, most strains have not been observed to undergo sexual reproduction and the genetic structure of its mating locus has not been characterized. Here we report on the mating behavior and genetic structure of the mating locus for 54 isolates of the R. oryzae complex. All 54 strains have a mating locus similar in overall organization to Phycomyces blakesleeanus and Mucor circinelloides (Mucoromycotina, Zygomycota). In all of these fungi, the minus (-) allele features the SexM high mobility group (HMG) gene flanked by an RNA helicase gene and a TP transporter gene (TPT). Within the R. oryzae complex, the plus (+) mating allele includes an inserted region that codes for a BTB/POZ domain gene and the SexP HMG gene. Phylogenetic analyses of multiple genes, including the mating loci (HMG, TPT, RNA helicase), ITS1-5.8S-ITS2 rDNA, RPB2, and LDH genes, identified two distinct groups of strains. These correspond to previously described sibling species R. oryzae sensu stricto and R. delemar. Within each species, discordant gene phylogenies among multiple loci suggest an outcrossing population structure. The hypothesis of random-mating is also supported by a 50:50 ratio of plus and minus mating types in both cryptic species. When crossed with tester strains of the opposite mating type, most isolates of R. delemar failed to produce zygospores, while isolates of R. oryzae produced sterile zygospores. In spite of the reluctance of most strains to mate in vitro, the conserved sex locus structure and evidence for outcrossing suggest that a normal sexual cycle occurs in both species.

An environment for OpenMP code parallelization

This chapter discusses the code parallelization environment, where a number of tools that address the main tasks, such as code parallelization, debugging, and optimization are available. The parallelization tools include ParaWise and CAPO, which enable the near automatic parallelization of real world scientific application codes for shared and distributed memory-based parallel systems. The chapter discusses the use of ParaWise and CAPO to transform the original serial code into an equivalent parallel code that contains appropriate OpenMP directives. Additionally, as user involvement can introduce errors, a relative debugging tool (P2d2) is also available and can be used to perform near automatic relative debugging of an OpenMP program that has been parallelized either using the tools or manually. In order for these tools to be effective in parallelizing a range of applications, a high quality fully inter-procedural dependence analysis, as well as user interaction is vital to the generation of efficient parallel code and in the optimization of the backtracking and speculation process used in relative debugging. Results of parallelized NASA codes are discussed and show the benefits of using the environment.

The ParaWise expert assistant - widening accessibility to efficient and scalable tool Generated OpenMP code

Despite the apparent simplicity of the OpenMP directive shared memory programming model and the sophisticated dependence analysis and code generation capabilities of the ParaWise/CAPO tools, experience shows that a level of expertise is required to produce efficient parallel code. In a real world application the investigation of a single loop in a generated parallel code can soon become an in-depth inspection of numerous dependencies in many routines. The additional understanding of dependencies is also needed to effectively interpret the information provided and supply the required feedback. The ParaWise Expert Assistant has been developed to automate this investigation and present questions to the user about, and in the context of, their application code. In this paper, we demonstrate that knowledge of dependence information and OpenMP are no longer essential to produce efficient parallel code with the Expert Assistant. It is hoped that this will enable a far wider audience to use the tools and subsequently, exploit the benefits of large parallel systems.

Using an interactive software environment for the parallelization of real-world scientific applications

The parallelization of real-world compute intensive Fortran application codes is generally not a trivial task. If the time to complete the parallelization is to be significantly reduced then an environment is needed that will assist the programmer in the various tasks of code parallelization. In this paper the authors present a code parallelization environment where a number of tools that address the main tasks such as code parallelization, debugging and optimization are available. The ParaWise and CAPO parallelization tools are discussed which enable the near automatic parallelization of real-world scientific application codes for shared and distributed memory-based parallel systems. As user involvement in the parallelization process can introduce errors, a relative debugging tool (P2d2) is also available and can be used to perform nearly automatic relative debugging of a program that has been parallelized using the tools. A high quality interprocedural dependence analysis as well as user-tool interaction are also highlighted and are vital to the generation of efficient parallel code and in the optimization of the backtracking and speculation process used in relative debugging. Results of benchmark and real-world application codes parallelized are presented and show the benefits of using the environment

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHS) (I): Measures of prevention and control

Measures of prevention and control against polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) focus on an official food control, a code of best practice to reduce PAHs levels by controlling industry and in the development of a chemopreventive strategy. Regulation (EU) 835/2011 establishes maximum levels of PAHs for each food group. In addition, Regulations (EU) 333/2007 and 836/2011 set up the methods of sampling and analysis for its official control. Scientific studies prove that the chemopreventive strategy is effective against these genotoxic compounds effects. Most chemopreventive compounds studied with proven protective effects against PAHs are found in fruit and vegetables.