Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.

Le livre à la télévision : dispositifs comparés des émissions littéraires en Allemagne, Espagne et France (1950-2010)

Siegfried Kracauer a fait remarquer, déjà en 1931, que le bestseller est un « signe d’une expérience sociologique réussie ». Dans le cas des émissions littéraires à la télévision, nous assistons à une double configuration d’un succès : celui de l’émission, puis celui du livre. Au- delà de leur influence sur la consommation des livres, les programmes médiatiques sur la littérature font partie de l’ensemble de lieux communs (Robert, 2002) et, comme les écoles ou les institutions littéraires, participent à l’établissement des traditions de lecture. Ils présentent explicitement ou implicitement les titres désirables et prescrivent les normes de lecture acceptées. En présélectionnant des livres pour des milliers de gens à la fois, en invitant des auteurs à présenter leur œuvres ou en mettant en vedette des critiques littéraires, ces programmes de formats fort différents participent aux processus de légitimation culturelle. Cette thèse décrit les différentes modalités des formes de présentation du fait littéraire à la télévision et leurs évolutions. À travers une analyse d’une sélection d’émissions qui ont connu du succès à différentes époques et dans différents contextes culturels, cette recherche vise à cerner la relation médiatique qui existe entre la littérature et la télévision. Établissant ainsi les caractéristiques d’une expérience socio-médiatique réussie, cette thèse explore le dispositif de l’émission littéraire télévisuelle tel qu’il s’est développé entre 1950 et 2010, principalement en étudiant les émissions qui ont marqué la télévision nationale et le paysage littéraire en Allemagne, en Espagne et en France. En décrivant le dispositif médiatique qui fait le lien entre la conception, la production, le contenu et la portée de ces émissions, à travers une approche comparée et intermédiale, cette recherche analyse le complexe réseau de médiations qui entrent en jeu dans la construction et dans la réception de ces émissions, suivant quatre axes thématiques: le dispositif médiatique, la relation avec l’écrivain, le rôle primordial du présentateur et la mise en scène des lecteurs.

Impacto de la apertura en la conectividad e integración de Colombia en la red mundial de comercio

La liberalización colombiana es analizada, con frecuencia, con los coeficientes de apertura, este documento, en cambio, presenta un análisis complementario a través de algoritmos usados en la teoría de redes para caracterizar sistemas complejos. Esta nueva aproximación devela estructuras de la red mundial de comercio antes y después de la apertura, así como cambios en la posición colombiana.

iudad Visible versus ciudad invisible: la gestión del riesgo por inundaciones en la ciudad de Buenos Aires.

Floods are the main risk of natural origin in the city of Buenos Aires. Although they are originated by intense rainfall or level rising of the Río de la plata, the complex network of urban actions and decisions has amplied the treta and the natural hydric system has become a technological one.

Enfoques para la gestión del riesgo sistémico

En el contexto organizacional actual, que se caracteriza por ser hiper-conectado, cambiante, globalizado y cargado de incertidumbre, la capacidad de las organizaciones para identificar y tratar provechosamente el riesgo se hace necesaria e ineludible. Dicho más claro: gestionar adecuadamente el riesgo se convierte en un aspecto crítico para la perdurabilidad de las organizaciones. Más allá de las comprensiones tradicionales del riesgo, cuyo núcleo es el riesgo financiero, nuevas tendencias –más generales y abarcadoras– se han gestado en las últimas décadas. Una de la más destacada es la gestión del riesgo sistémico. Pese a este reconocimiento, sin embargo, siguen predominando los enfoques analítico-financieros, sobre todo en el ámbito latinoamericano. Este trabajo de grado pretende, por tanto, hacer un análisis sobre la gestión del riesgo sistémico e identificar las diferentes tendencias del riesgo y sus potencialidades de cara al ambiente organizacional actual.

Ciencias de la complejidad: estado actual

Los aportes teóricos y aplicados de la complejidad en economía han tomado tantas direcciones y han sido tan frenéticos en las últimas décadas, que no existe un trabajo reciente, hasta donde conocemos, que los compile y los analice de forma integrada. El objetivo de este proyecto, por tanto, es desarrollar un estado situacional de las diferentes aplicaciones conceptuales, teóricas, metodológicas y tecnológicas de las ciencias de la complejidad en la economía. Asimismo, se pretende analizar las tendencias recientes en el estudio de la complejidad de los sistemas económicos y los horizontes que las ciencias de la complejidad ofrecen de cara al abordaje de los fenómenos económicos del mundo globalizado contemporáneo.

Metabolism of Maillard reaction products by the human gut microbiota - implications for health

The human colonic microbiota imparts metabolic versatility on the colon, interacts at many levels in healthy intestinal and systemic metabolism, and plays protective roles in chronic disease and acute infection. Colonic bacterial metabolism is largely dependant on dietary residues from the upper gut. Carbohydrates, resistant to digestion, drive colonic bacterial fermentation and the resulting end products are considered beneficial. Many colonic species ferment proteins but the end products are not always beneficial and include toxic compounds, such as amines and phenols. Most components of a typical Western diet are heat processed. The Maillard reaction, involving food protein and sugar, is a complex network of reactions occurring during thermal processing. The resultant modified protein resists digestion in the small intestine but is available for colonic bacterial fermentation. Little is known about the fate of the modified protein but some Maillard reaction products (MRP) are biologically active by, e.g. altering bacterial population levels within the colon or, upon absorption, interacting with human disease mechanisms by induction of inflammatory responses. This review presents current understanding of the interactions between MRP and intestinal bacteria. Recent scientific advances offering the possibility of elucidating the consequences of microbe-MRP interactions within the gut are discussed.

Metabolism of Maillard reaction products by the human gut microbiota: implications for health

The human colonic microbiota imparts metabolic versatility on the colon, interacts at many levels in healthy intestinal and systemic metabolism, and plays protective roles in chronic disease and acute infection. Colonic bacterial metabolism is largely dependant on dietary residues from the upper gut. Carbohydrates, resistant to digestion, drive colonic bacterial fermentation and the resulting end products are considered beneficial. Many colonic species ferment proteins but the end products are not always beneficial and include toxic compounds, such as amines and phenols. Most components of a typical Western diet are heat processed. The Maillard reaction, involving food protein and sugar, is a complex network of reactions occurring during thermal processing. The resultant modified protein resists digestion in the small intestine but is available for colonic bacterial fermentation. Little is known about the fate of the modified protein but some Maillard reaction products (MRP) are biologically active by, e.g. altering bacterial population levels within the colon or, upon absorption, interacting with human disease mechanisms by induction of inflammatory responses. This review presents current understanding of the interactions between MRP and intestinal bacteria. Recent scientific advances offering the possibility of elucidating the consequences of microbe-MRP interactions within the gut are discussed.

Peroxyl radical-scavenging activity of coffee brews

The ORAC(FL) assay was used in non-automated mode to evaluate the specific peroxyl radical scavenging properties of the aqueous soluble components of green and roasted Arabica and Robusta coffee samples. A relationship between ORAC(FL) and the concentration of CQAs (caffeoyl quinic acids) was found for the extracts from green coffee beans. Aqueous extracts from roasted coffee beans possessed equal or stronger scavenging power than that obtained for the green coffee beans extracts and the scavenging activity depended on the variety of coffee and the roasting conditions. Brews from Robusta coffee beans showed the highest ORAC(FL). The best scavenging properties for the brews from Arabica coffee beans were detected in samples prepared from coffee beans roasted under light conditions. The data indicate that, during roasting, a complex network of reactions takes place leading to the formation of a wide number of compounds possessing specific scavenging properties. Under mild roasting conditions, caffeoyl quinic acids appear to be the main components responsible for the free radical scavenging power of coffee brews. In contrast, Maillard reaction products may be the principal components with free radical scavenging activity in more severely (medium and dark) roasted coffees.

Future directions for child anxiety theory and treatment

The aim of this introductory paper, and of this special issue of Cognition and Emotion, is to stimulate debate about theoretical issues that will inform child anxiety research in the coming years. Papers included in this special issue have arisen from an Economic and Social Research Council (ESRC, UK) funded seminar series, which we called Child Anxiety Theory and Treatment (CATTS). We begin with an overview of the CATTS project before discussing (1) the application of adult models of anxiety to children, and (2) the role of parents in child anxiety. We explore the utility of adult models of anxiety for child populations before discussing the problems that are associated with employing them uncritically in this context. The study of anxiety in children provides the opportunity to observe the trajectory of anxiety and to identify variables that causally influence its development. Parental influences are of particular interest and new and imaginative strategies are required to isolate the complex network of causal relationships therein. We conclude by suggesting that research into the causes and developmental course of anxiety in children should be developed further. We also propose that, although much is known about the role of parents in the development of anxiety, it would be useful for research in this area to move towards an examination of the specific processes involved. We hope that these views represent a constructive agenda for people in the field to consider when planning future research.

Film as literature, or the Truffaldian Malaise

This chapter looks at L’Homme qui aimait les femmes (1977) as a privileged instance of the self-effacing, obliquely disruptive, reflexive aesthetics that characterizes Truffaut’s cinema, by means of an intermedial approach. Although an original story, written by Truffaut in collaboration with Suzanne Schiffman and Michel Fermaud, the film’s subject is the writing of a book containing the protagonist’s story. More importantly, its mode of address presents this story as literature, through a complex network of flashbacks and voiceover narrations that comment on and make sense of the fragmentary present-tense action scenes. As well as a film, this method resulted in an actual novel, or cinéroman, this time authored exclusively by the director under the same title of L’Homme qui aimait les femmes, thus giving material form to the literary aim of the cinematic enterprise: a book.

Pre-Columbian landscape impact and agriculture in the Monumental Mound region of the Llanos de Moxos, lowland Bolivia

We present a multiproxy study of land use by a pre-Columbian earth mounds culture in the Bolivian Amazon. The Monumental Mounds Region (MMR) is an archaeological sub-region characterized by hundreds of pre-Columbian habitation mounds associated with a complex network of canals and causeways, and situated in the forest–savanna mosaic of the Llanos de Moxos. Pollen, phytolith, and charcoal analyses were performed on a sediment core from a large lake (14 km2), Laguna San José (14°56.97′S, 64°29.70′W).We found evidence of high levels of anthropogenic burning from AD 400 to AD 1280, corroborating dated occupation layers in two nearby excavated habitation mounds. The charcoal decline pre-dates the arrival of Europeans by at least 100 yr, and challenges the notion that the mounds culture declined because of European colonization. We show that the surrounding savanna soils were sufficiently fertile to support crops, and the presence of maize throughout the record shows that the area was continuously cultivated despite land-use change at the end of the earthmounds culture. We suggest that burning was largely confined to the savannas, rather than forests, and that pre-Columbian deforestation was localized to the vicinity of individual habitation mounds, whereas the inter-mound areas remained largely forested.

Pasolini and Third World hunger: an approach to Cinema Novo through 'La ricotta'

Among the links between Pier Paolo Pasolini and Brazilian Cinema Novo, one of the most inspiring is the political approach to hunger and consumption. In this text, I analyse this topic to look at how some of the aesthetic ideas in Pasolini’s La ricotta (1963) can also be found in some of the most important films of Cinema Novo. In 'La ricotta' (1963), the irresistible need to eat of a subproletarian interacts and clashes with his responsibilities as an actor in a movie version of the Passion of Christ, so that the film creates a complex network of relations between film shooting, social differences, art, hunger, consumption, time and light, which turns the film set into a space for displaying political relations, differences, exploitation and revolution. The correspondences between these concepts and some aggression techniques of Cinema Novo are numerous and confirm the capacity of Pasolini’s film to project ideas on cinema and politics beyond its particular production context.

SEM and Neurohistological Observations of Nerve Endings in the Middle Region of the Tongue of the Collared Peccary (Tayassu tajacu): A Silver Impregnation Method

The presence of lingual papillae and the nerve endings in the middle region of the tongue mucosa of collared peccary (Tayassu tajacu) were studied using scanning electron microscopy and light microscopy, based upon the silver impregnation method. The middle region of tongue mucosa revealed numerous filiform and fungiform papillae. The thick epithelial layer showed epithelial cells and a dense connective tissue layer containing nerve fibre bundles and capillaries. The sensory nerve endings, intensely stained by silver impregnation, were usually non-encapsulated and extended into the connective tissue of the filiform and fungiform papillae very close to the epithelial cells. In some regions, the sensory nerves fibres formed a dense and complex network of fine fibrils. The presence of these nerve fibrils may characterize the mechanisms of transmission of sensitive impulses to the tongue mucosa.

The web of connections between tourism companies: Structure and dynamics

Tourism destination networks are amongst the most complex dynamical systems, involving a myriad of human-made and natural resources. In this work we report a complex network-based systematic analysis of the Elba (Italy) tourism destination network, including the characterization of its structure in terms of several traditional measurements, the investigation of its modularity, as well as its comprehensive study in terms of the recently reported superedges approach. In particular, structural (the number of paths of distinct lengths between pairs of nodes, as well as the number of reachable companies) and dynamical features (transition probabilities and the inward/outward activations and accessibilities) are measured and analyzed, leading to a series of important findings related to the interactions between tourism companies. Among the several reported results, it is shown that the type and size of the Companies influence strongly their respective activations and accessibilities, while their geographical position does not seem to matter. It is also shown that the Elba tourism network is largely fragmented and heterogeneous, so that it could benefit from increased integration. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.