Développement psychomoteur des enfants nés prématurément avec retard de croissance

La grande prématurité, soit une naissance avant 32/40 semaines de gestation, concerne 1% des enfants en Suisse. L'avenir développemental de ces enfants prématurés est influencé pai" des facteurs présents avant la naissance, durant le séjour néonatal, puis par l'environnement. Certains enfants, à terme ou prématurés, naissent avec un poids trop petit pour l'âge gestationnel (Retard de Croissance Intra-utérin, RCIU). Chez les enfants nés à terme, les recherches montrent que cet élément est associé à des troubles du comportement, et notamment une hyperactivité. Chez l'enfant grand prématuré, les résultats sont plus mitigés, certaines études montrent plus de déficiences cognitives, d'autres plus d'hyperactivité, et finalement d'autres aucune séquelle. L'objectif de cette analyse rétrospective était donc d'évaluer l'impact, dans une cohorte d'enfants prématurés nés entre 2000 et 2005, du RCIU sur les scores cognitifs, le risque de déficience motrice, visuelle ou auditive, et le comportement. Durant cette période, 523 patients nés avant 32 semaines de gestation ont été hospitalisés dans notre centre tertiaire, dont 450 ont survécu et 343 (76%) ont été évalués à l'âge de 5 ans. L'évaluation à 5 ans comprenait une anamnèse, un examen neurologique détaillé, une évaluation cognitive au moyen d'un test standardisé, le K-ABC, et un questionnaire de dépistage des troubles du comportement (Strengths and Difficulties Questionnaire). Les analyses de régression ont montré l'absence d'association entre le petit poids de naissance et les score cognitifs, le risque de déficience neuro dé veloppementale (retard mental, paralysie cérébrale, cécité ou surdité), ou l'utilisation de thérapies. Par contre, comme chez les enfants nés à terme, cet élément était significativement associé au comportement hyperactif. Les facteurs néonataux associés au score cognitif dans l'analyse multi variée étaient l'âge gestationnel, le niveau socio-économique et les lésions cérébrales majeures. Le risque de déficience était influencé par l'âge gestationnel, les lésions cérébrales, la consommation de tabac durant la grossesse et l'asphyxie néonatale (pH< 7.0 et encéphalopathie). La présence de lésions cérébrales majeures était associée à l'utilisation de plusieurs thérapies, alors que 1 utilisation d'une seule thérapie était associée à l'âge gestationnel, à la présence d'une entérocolite nécrosante, ou d'une asphyxie néonatale. Conclusion : Dans notre cohorte, le petits poids de naissance chez les enfants grands prématurés n'était associé qu'au comportement hyperactif, et à aucune autre séquelle neurodeveloppementale. Pour mieux définir l'impact du RCIU chez les grands prématurés, des etudes complémentaires, permettant de distinguer les patients avec petit poids constitutionnel de ceux avec retard de croissance, sont nécessaires.

Functional impact of genetic variation on gene expression

Numerous links between genetic variants and phenotypes are known and genome-wide association studies dramatically increased the number of genetic variants associated with traits during the last decade. However, how changes in the DNA perturb the molecular mechanisms and impact on the phenotype of an organism remains elusive. Studies suggest that many traitassociated variants are in the non-coding region of the genome and probably act through regulation of gene expression. During my thesis I investigated how genetic variants affect gene expression through gene regulatory mechanisms. The first chapter was a collaborative project with a pharmaceutical company, where we investigated genome-wide copy number variation (CNVs) among Cynomolgus monkeys (Macaca fascicularis) used in pharmaceutical studies, and associated them to changes in gene expression. We found substantial copy number variation and identified CNVs linked to tissue-specific expression changes of proximal genes. The second and third chapters focus on genetic variation in humans and its effects on gene regulatory mechanisms and gene expression. The second chapter studies two human trios, where the allelic effects of genetic variation on genome-wide gene expression, protein-DNA binding and chromatin modifications were investigated. We found abundant allele specific activity across all measured molecular phenotypes and show extended coordinated behavior among them. In the third chapter, we investigated the impact of genetic variation on these phenotypes in 47 unrelated individuals. We found that chromatin phenotypes are organized into local variable modules, often linked to genetic variation and gene expression. Our results suggest that chromatin variation emerges as a result of perturbations of cis-regulatory elements by genetic variants, leading to gene expression changes. The work of this thesis provides novel insights into how genetic variation impacts gene expression by perturbing regulatory mechanisms. -- De nombreux liens entre variations génétiques et phénotypes sont connus. Les études d'association pangénomique ont considérablement permis d'augmenter le nombre de variations génétiques associées à des phénotypes au cours de la dernière décennie. Cependant, comprendre comment ces changements perturbent les mécanismes moléculaires et affectent le phénotype d'un organisme nous échappe encore. Des études suggèrent que de nombreuses variations, associées à des phénotypes, sont situées dans les régions non codantes du génome et sont susceptibles d'agir en modifiant la régulation d'expression des gènes. Au cours de ma thèse, j'ai étudié comment les variations génétiques affectent les niveaux d'expression des gènes en perturbant les mécanismes de régulation de leur expression. Le travail présenté dans le premier chapitre est un projet en collaboration avec une société pharmaceutique. Nous avons étudié les variations en nombre de copies (CNV) présentes chez le macaque crabier (Macaca fascicularis) qui est utilisé dans les études pharmaceutiques, et nous les avons associées avec des changements d'expression des gènes. Nous avons découvert qu'il existe une variabilité substantielle du nombre de copies et nous avons identifié des CNVs liées aux changements d'expression des gènes situés dans leur voisinage. Ces associations sont présentes ou absentes de manière spécifique dans certains tissus. Les deuxième et troisième chapitres se concentrent sur les variations génétiques dans les populations humaines et leurs effets sur les mécanismes de régulation des gènes et leur expression. Le premier se penche sur deux trios humains, père, mère, enfant, au sein duquel nous avons étudié les effets alléliques des variations génétiques sur l'expression des gènes, les liaisons protéine-ADN et les modifications de la chromatine. Nous avons découvert que l'activité spécifique des allèles est abondante abonde dans tous ces phénotypes moléculaires et nous avons démontré que ces derniers ont un comportement coordonné entre eux. Dans le second, nous avons examiné l'impact des variations génétiques de ces phénotypes moléculaires chez 47 individus, sans lien de parenté. Nous avons observé que les phénotypes de la chromatine sont organisés en modules locaux, qui sont liés aux variations génétiques et à l'expression des gènes. Nos résultats suggèrent que la variabilité de la chromatine est due à des variations génétiques qui perturbent des éléments cis-régulateurs, et peut conduire à des changements dans l'expression des gènes. Le travail présenté dans cette thèse fournit de nouvelles pistes pour comprendre l'impact des différentes variations génétiques sur l'expression des gènes à travers les mécanismes de régulation.

Sleep in vitro : Erk pathway regulates sleep duration and sleep related genes

To date, for most biological and physiological phenomena, the scientific community has reach a consensus on their related function, except for sleep, which has an undetermined, albeit mystery, function. To further our understanding of sleep function(s), we first focused on the level of complexity at which sleep-like phenomenon can be observed. This lead to the development of an in vitro model. The second approach was to understand the molecular and cellular pathways regulating sleep and wakefulness, using both our in vitro and in vivo models. The third approach (ongoing) is to look across evolution when sleep or wakefulness appears. (1) To address the question as to whether sleep is a cellular property and how this is linked to the entire brain functioning, we developed a model of sleep in vitro by using dissociated primary cortical cultures. We aimed at simulating the major characteristics of sleep and wakefulness in vitro. We have shown that mature cortical cultures display a spontaneous electrical activity similar to sleep. When these cultures are stimulated by waking neurotransmitters, they show a tonic firing activity, similar to wakefulness, but return spontaneously to the "sleep-like" state 24h after stimulation. We have also shown that transcriptional, electrophysiological, and metabolic correlates of sleep and wakefulness can be reliably detected in dissociated cortical cultures. (2) To further understand at which molecular and cellular levels changes between sleep and wakefulness occur, we have used a pharmacological and systematic gene transcription approach in vitro and discovered a major role played by the Erk pathway. Indeed, pharmacological inhibition of this pathway in living animals decreased sleep by 2 hours per day and consolidated both sleep and wakefulness by reducing their fragmentation. (3) Finally, we tried to evaluate the presence of sleep in one of the most primitive species with a neural network. We set up Hydra as a model organism. We hypothesized that sleep as a cellular (neuronal) property may occur with the appearance of the most primitive nervous system. We were able to show that Hydra have periodic rest phases amounting to up to 5 hours per day. In conclusion, our work established an in vitro model to study sleep, discovered one of the major signaling pathways regulating vigilance states, and strongly suggests that sleep is a cellular property highly conserved at the molecular level during evolution. -- Jusqu'à ce jour, la communauté scientifique s'est mise d'accord sur la fonction d'une majorité des processus physiologiques, excepté pour le sommeil. En effet, la fonction du sommeil reste un mystère, et aucun consensus n'est atteint le concernant. Pour mieux comprendre la ou les fonctions du sommeil, (1) nous nous sommes d'abord concentré sur le niveau de complexité auquel un état ressemblant au sommeil peut être observé. Nous avons ainsi développé un modèle du sommeil in vitro, (2) nous avons disséqué les mécanismes moléculaires et cellulaires qui pourraient réguler le sommeil, (3) nous avons cherché à savoir si un état de sommeil peut être trouvé dans l'hydre, l'animal le plus primitif avec un système nerveux. (1) Pour répondre à la question de savoir à quel niveau de complexité apparaît un état de sommeil ou d'éveil, nous avons développé un modèle du sommeil, en utilisant des cellules dissociées de cortex. Nous avons essayé de reproduire les corrélats du sommeil et de l'éveil in vitro. Pour ce faire, nous avons développé des cultures qui montrent les signes électrophysiologiques du sommeil, puis quand stimulées chimiquement passent à un état proche de l'éveil et retournent dans un état de sommeil 24 heures après la stimulation. Notre modèle n'est pas parfait, mais nous avons montré que nous pouvions obtenir les corrélats électrophysiologiques, transcriptionnels et métaboliques du sommeil dans des cellules corticales dissociées. (2) Pour mieux comprendre ce qui se passe au niveau moléculaire et cellulaire durant les différents états de vigilance, nous avons utilisé ce modèle in vitro pour disséquer les différentes voies de signalisation moléculaire. Nous avons donc bloqué pharmacologiquement les voies majeures. Nous avons mis en évidence la voie Erkl/2 qui joue un rôle majeur dans la régulation du sommeil et dans la transcription des gènes qui corrèlent avec le cycle veille-sommeil. En effet, l'inhibition pharmacologique de cette voie chez la souris diminue de 2 heures la quantité du sommeil journalier et consolide l'éveil et le sommeil en diminuant leur fragmentation. (3) Finalement, nous avons cherché la présence du sommeil chez l'Hydre. Pour cela, nous avons étudié le comportement de l'Hydre pendant 24-48h et montrons que des périodes d'inactivité, semblable au sommeil, sont présentes dans cette espèce primitive. L'ensemble de ces travaux indique que le sommeil est une propriété cellulaire, présent chez tout animal avec un système nerveux et régulé par une voie de signalisation phylogénétiquement conservée.

Motivations résidentielles et pratiques de mobilité des classes moyennes supérieures dans les villes suisses

Cet article analyse le regain d'attractivité des villes pour les catégories socio-professionnelles supérieures dans le cas de trois centres urbains suisses. Les choix résidentiels étudiés sont étroitement liés à la recherche d'un capital spatial spécifique de la part de ménages qui placent les questions de proximité et de mobilité au coeur de leur décision de vivre en ville, qui adoptent un comportement multimodal, et qui apparaissent attachés à la proximité tout en étant potentiellement hypermobiles (à l'instar de certains pendulaires interurbains). Cette dotation en capital spatial s'explique par des stratégies d'adaptation (afin de concilier les différentes facettes de la vie quotidienne) et par certaines valeurs (notamment environnementales). Le choix résidentiel apparaît dans l'ensemble comme un choix stratégique, la localisation centrale et le potentiel de mobilité qui lui est associé devant permettre aux ménages de rendre compatible contraintes spatio-temporelles et modes de vie.

Actualisation de la théorie d'action du projet Girasole et proposition d'indicateurs en vue de l'évaluation

Face au fardeau croissant que représentent les maladies non transmissibles, et face à une proportion plus élevée de sa population qui est insuffisamment active physiquement par rapport au reste de la Suisse, le canton du Tessin (Service de promotion et d'évaluation sanitaire, SPVS) lance le projet pilote « Girasole » qui s'adresse aux médecins de premier recours et à leurs patients sédentaires. Ce projet s'appuie sur le concept « Coaching Santé », porté par le Collège de médecine de premier recours, et sur le concept « Paprica », développé notamment par la Policlinique médicale universitaire de Lausanne. Le projet s'appuie sur une vision de prise en charge qui s'inspire du « Chronic care model ». Le réseau de soin, centré autour des compétences et des ressources du patient et de sa communauté, comprend le médecin de premier recours ainsi que les éventuels autres professionnels et les structures existantes susceptibles de faciliter la mise en oeuvre du changement de comportement visé par le patient. Les patients présentant des atteintes à leur santé ou des risques particuliers pourront également bénéficier d'un conseil adapté à leur situation (activité physique adaptée).

La politique suisse de réduction des émissions de gaz à effet de serre : une analyse de la mise en oeuvre = Die Politik der Schweiz zur Reduktion der Treibhausgasemissionen : eine Vollzugsanalyse

Afin de se préparer à la seconde période de mise en oeuvre du protocole de Kyoto (2013-2020), la Confédération a mené une révision totale de la loi fédérale sur la réduction des émissions de CO2, entrée en vigueur au 1er janvier 2013. La Confédération a ainsi renforcé ses objectifs en matière de lutte contre le changement climatique et a introduit de nouveaux instruments d'intervention pour y parvenir. Depuis lors, la nécessité politique de réduire les émissions de gaz à effet de serre s'est encore accentuée. Lors de la COP21 en décembre 2015 à Paris, la Suisse s'est engagée à réduire ses émissions de gaz à effet de serre de 50 % par rapport à 1990 à l'horizon 2030. En outre, la stratégie énergétique 2050 ambitionne de ramener les émissions de CO2 par habitant dans une fourchette de 1 à 1,5 tonne d'ici à 2050, contre 5,3 tonnes par habitant à l'heure actuelle. Cette recherche mandatée par l'OFEV analyse l'impact de la politique climatique sur le comportement des acteurs économiques et leurs réactions face aux instruments publics introduits pour réduire les émissions de CO2. L'étude, réalisée au cours de l'année 2015, questionne la cohérence du dispositif institutionnel actuel ainsi que sa capacité à stimuler l'action des acteurs économiques en matière de réduction des émissions de CO2. Elle livre un diagnostic de l'efficacité, de l'effectivité et de la désirabilité de la politique publique menée par la Confédération.

Les besoins en soins de support chez les patients en phase d'un traitement ambulatoire, suivant l'annonce d'un diagnostic de cancer : étude descriptive transversale

Problématique L'incidence du cancer ne cesse d'augmenter dans les pays occidentaux et en Suisse, en constituant la deuxième cause de mortalité après les maladies cardiovasculaires. Si d'une part, les différents traitements oncologiques ont le potentiel de guérir certains cancers et d'augmenter l'espérance de vie des personnes concernées, ils sont associés à de multiples problèmes physiques et psychosociaux. De même, l'annonce de la maladie provoque une fragilité émotionnelle et sociale et la phase de traitement qui suit le diagnostic de cancer est souvent associé à des besoins psychologiques et d'information élevés. But Cette étude vise à décrire les besoins en soins de support insatisfaits chez les patients nouvellement diagnostiqués d'un cancer, au cours d'un traitement ambulatoire dans un Hôpital Cantonal de la Suisse. Elle vise également à identifier les associations entre les besoins en soins de support insatisfaits et les caractéristiques sociodémographiques et médicales. Méthode Cette étude corrélationnelle descriptive a été conduite auprès de 67 patients nouvellement atteints d'un cancer primaire ou d'une récidive, recrutés selon un échantillonnage non probabiliste par convenance consécutive. Le questionnaire auto-administré comprenait le Supportive Care Needs Survey Short Form 34 et un questionnaire sur des données sociodémographiques. Les données médicales ont été collectées par les chercheurs à travers les dossiers médicaux. Résultats Les trois besoins exprimés comme les plus insatisfaits étaient « la peur que le cancer se propage » (48,5%), « l'incertitude face à l'avenir » (45,4%) et « vos préoccupations face à l'incertitude de vos proches » (43,9%). Nous constatons une insatisfaction plus élevée des besoins psychologiques (M: 32,6 ; ET: 20,4) et des besoins d'information (M: 29,3 ; ET: 17,5) par rapport aux autres dimensions de besoins. À propos des caractéristiques associées a un plus haut niveau de besoins insatisfaits, nous trouvons qu'être plus jeune (29-56 ans) ou âgés de > 72 ans est positivement associé aux besoins insatisfaits du domaine psychologique (F = 3,50 ; p = 0,02) et de l'information/système de santé (F = 3,48 ; p = 0,02). Le jeune âge est aussi associé à plus de besoins dans le domaine sexuel (F = 2,85 ; p = 0,04). Il semble exister une association négative entre le niveau d'instruction et le degré d'insatisfaction des besoins psychologiques (F = 2,92, p = 0,06). Être retraité coïncide avec un plus grand degré d'insatisfaction dans les besoins physiques et des activités de la vie quotidienne (F = 4,64 ; p = 0,013). Finalement, avoir un moins bon état général est relié à plus de besoins physiques et de besoins issus du domaine des activités de la vie quotidienne (t = -2,85 ; p = 0,005). Conclusions Les présents résultats concordent avec les études antérieures. Cette étude a la particularité d'avoir identifié les besoins insatisfaits durant la phase de traitement qui suit l'annonce du diagnostic, sans se restreindre à une maladie cancéreuse spécifique, ce qui a été peu effectué auparavant. Les chercheurs infirmiers devraient poursuivre, en collaboration avec d'autres professionnels de la santé, les recherches visant le développement d'approches efficaces pour réduire les besoins insatisfaits chez des personnes atteintes de maladies cancéreuses.

Estimation de l'impact économique de l'introduction d'un test diagnostique rapide pour le dépistage des MRSA au CHUV

Contexte : Parmi les infections nosocomiales, le Staphylocoque méticilline résistant (MRSA) est le germe pathogène le plus couramment identifié dans les hôpitaux du monde entier. La stratégie de contrôle des MRSA au CHUV implique le dépistage des patients à risque. Avec la méthode de dépistage par culture, le temps d'attente est de plusieurs jours. Ceci occasionne des problèmes dans la gestion des flux des patients, principalement à cause des mesures d'isolement. Pour réduire le temps d'attente, l'hôpital envisage d'utiliser une méthode de diagnostic rapide par "polymerase chain reaction" (PCR). Méthodologie : Les données concernant les dépistages réalisés, dans trois services durant l'année 2007, ont été utilisées. Le nombre de jours d'isolement a d'abord été déterminé par patient et par service. Ensuite une analyse des coûts a été effectuée afin d'évaluer la différence des coûts entre les deux méthodes pour chaque service. Résultats : Le principal impact économique de la méthode par PCR dépend principalement du nombre de jours d'isolements évités par rapport à la méthode de culture. Aux services de soins, l'analyse a été menée sur 192 dépistages. Quand la différence de jours d'isolement est de deux jours, le coût des dépistages diminue de plus de 12kCHF et le nombre de jours d'isolement diminue de 384 jours. Au centre interdisciplinaire des urgences, sur 96 dépistages, le gain potentiel avec la méthode PCR est de 6kCHF avec une diminution de 192 jours d'isolement. Aux soins intensifs adultes, la méthode de dépistage par PCR est la méthode la plus rentable avec une diminution des coûts entre 4KCHF et 20K CHF et une diminution des jours d'isolement entre 170 et 310. Pour les trois services analysés, les résultats montrent un rapport coût-efficacité favorable pour la méthode PCR lorsque la diminution des jours d'isolement est supérieure à 1.3 jour. Quand la différence de jours d'isolement est inférieure à 1.3, il faut tenir compte d'autres paramètres, comme le coût de matériel qui doit être supérieur à 45.5 CHF, et du nombre d'analyses par dépistage, qui doit être inférieur à 3, pour que la PCR reste l'alternative la plus intéressante. Conclusions : La méthode par PCR montre des avantages potentiels importants, tant économiques qu'organisationnels qui limitent ou diminuent les contraintes liées à la stratégie de contrôle des MRSA au CHUV. [Auteure, p. 3]

Financement et mode d'organisation des hôpitaux suisses : revue du recueil législatif de 1991 à 2009

Le financement des établissements de soins a connu dans le courant de l'année 2007 d'importants changements législatifs. De l'introduction de la tarification à l'activité sur la base des diagnostic-related groups (DRG) à la mise en concurrence directe des hôpitaux, qu'ils appartiennent au secteur public ou au secteur privé, de l'ingérence de la Confédération dans la planification hospitalière (jusque là domaine réservé des Cantons) à la mise au premier plan des critères de qualité dans l'évaluation des établissements hospitaliers, les exemples ne manquent pas pour illustrer le changement conceptuel auquel nous assistons. L'auteur de ces lignes, privilégiant l'approche historique à l'approche normative, s'est demandé quels étaient les prémices de ce changement législatif et s'est confronté aux différents textes qui ont émaillé les débats de ces vingt dernières années, qu'ils émanent du pouvoir exécutif (messages aux chambres fédérales, ordonnances d'application) ou du pouvoir législatif (textes de loi) afin d'en dégager la cohérence politique. Ce mémoire suit donc une ligne strictement chronologique. Il s'inspire des différents travaux parlementaires. A la lecture de ces textes, il apparaît que, pour les parlementaires, la question du financement des hôpitaux n'est qu'une partie, parfois essentielle, parfois accessoire, selon les époques et l'amplitude du champ d'application du document législatif, du financement des soins par l'assurance-maladie. Les grands principes qui régissent l'assurance-maladie s'appliquent donc nécessairement au financement des hôpitaux. Pour cette raison, il est apparu judicieux à l'auteur de ces lignes de ne pas séparer les deux problèmes et de se plonger dans un premier temps dans les débats qui ont eu cours lors de l'adoption de la nouvelle loi sur l'assurance-maladie (LAMaI) en 1994. [Auteur, p. 5]