In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

Évaluation des effets de l'utilisation des aides à la mobilité motorisées chez les personnes âgées de plus de 50 ans

Le vieillissement démographique augmente rapidement la représentation des personnes âgées de plus de 50 ans parmi les utilisateurs d’aides à la mobilité motorisées (AMMs), telles que le fauteuil roulant motorisé et le quadriporteur. Le but général de la thèse est de rendre compte d’une démarche d’analyse des effets des AMMs au cours des premiers 18 mois d’utilisation chez les adultes d’âge moyen et les aînés. Notre question de recherche concerne la nature et l'importance des effets sur le fonctionnement, la pertinence sociale et le bien-être subjectif, ainsi que les liens entre les divers facteurs impliqués dans leur impact optimal. La thèse s’articule en trois volets, synthétique, méthodologique et analytique, dont les principaux résultats sont présentés dans quatre articles scientifiques. Le volet synthétique comprend une recension systématique qui révèle la représentation marginale des personnes âgées de plus de 50 ans dans les publications scientifiques sur les effets des AMMs et le faible niveau de preuve dans ce champ d’études. Les travaux liés à ce volet proposent également un cadre d’analyse reliant l’intention d’utiliser l’AMM, les habitudes de déplacements, les dimensions d’effets des AMMs sur le fonctionnement, la pertinence sociale et le bien-être subjectif, ainsi que quatre catégories de cofacteurs associés à l’utilisation (personne, aide technique, intervention, environnement). Le volet méthodologique assemble un dispositif de mesure comprenant 5 questionnaires et 18 indicateurs arrimés au cadre d’analyse et démontre l’applicabilité de l’ensemble des questionnaires pour une administration téléphonique. La validation transculturelle de deux questionnaires implique deux études réalisées auprès d’utilisateurs d’AMMs âgés de 50 à 84 ans (n=45). Ces travaux confirment la fidélité test-retest et l’équivalence des questionnaires traduits avec la version d’origine. Finalement, le volet analytique se concentre sur l’étude des habitudes de déplacements chez 3 cohortes (n=116) de personnes âgées de 50 à 89 ans, recrutées en fonction du stade d’utilisation de l’AMM. Les résultats suggèrent une amélioration de l’aire de mobilité après l’utilisation initiale ou long terme de l’AMM en comparaison avec une cohorte en attente de l’AMM, ainsi qu’une augmentation significative de la fréquence des déplacements autour du domicile et dans le voisinage. Trois facteurs associés à une aire de mobilité optimale, à savoir le genre, la nature des objectifs de participation de l’utilisateur et le type d’appareil utilisé, sont identifiés par des analyses de régression linéaires contrôlant pour l’âge. La thèse soutient l’importance de tenir compte de l’environnement et d’une combinaison de facteurs reliés à la personne et à l’aide technique pour saisir les effets des AMMs au cours des premiers mois d’utilisation. Ces résultats ouvrent la voie au suivi systématique des utilisateurs d’AMMs par les professionels de réadaptation, puisqu’ils confirment l’utilité du dispositif pour en mesurer les effets et ciblent les déterminants de la mobilité des utilisateurs d’AMMs âgés de plus de 50 ans.

Influences des structures familiales sur les connaissances et comportements de prévention du VIH/SIDA chez les adolescents et les jeunes au Cameroun

En dépit de nombreuses interventions en santé reproductive en Afrique subsaharienne, la trilogie « IST/VIH/SIDA - grossesses précoces - avortements » persiste à des niveaux très élevés par rapport aux autres parties du monde. Cela indique que les nombreuses interventions en santé reproductive auprès des adolescents et des jeunes ont enregistré peu de succès en ce qui concerne le changement des comportements sexuels. Ces interventions se focalisent souvent sur l’individu, et négligent les environnements sociaux et culturels dans lesquels se forge le vécu de la sexualité chez les jeunes. Un de ces agents de socialisation est la famille, où les individus naissent, grandissent, et sont socialisés selon les valeurs et normes en vigueur. Fort de ce constat, l’objectif principal de la présente thèse est de resituer l’environnement familial au cœur des débats en santé reproductive chez les adolescents et les jeunes en Afrique subsaharienne. Trois questions spécifiques sont examinées dans cette thèse. Premièrement, elle aborde les associations entre les structures familiales et l’entrée en sexualité. Deuxièmement, elle analyse leurs influences sur les connaissances des modes de transmission et des moyens de prévention du VIH/SIDA. Troisièmement, elle cherche à déterminer les forces potentielles dans les familles dites « à risque » (ayant au plus un parent biologique) à partir de la théorie de résilience selon laquelle des facteurs familiaux et contextuels peuvent atténuer les comportements sexuels à risque chez les adolescents et jeunes. Cette thèse démontre substantiellement que vivre avec ses deux parents biologiques, la nature des relations entre parents/tuteurs et le jeune et un niveau élevé du contrôle parental sont significativement associés à de faibles risques des rapports sexuels prémaritaux. Par contre, les unions polygamiques, un statut socioéconomique élevé du ménage, et le fait d’être orphelin augmentent significativement le risque de rapports sexuels prémaritaux. L’étude démontre aussi que l’environnement familial et la communication sur la sexualité, aussi bien avec les parents/tuteurs qu’avec les pairs, jouent un rôle fondamental dans l’acquisition des connaissances correctes des modes de transmission et de prévention du VIH/SIDA. Néanmoins, le rôle des parents/tuteurs sur l’acquisition des connaissances sur le VIH/SIDA s’avère indirect puisqu’elle repose sur une hypothèse implicite. Seule une mesure directe des connaissances des parents sur les modes de transmission et les moyens de prévention peut mieux rendre compte de cette association. Les résultats obtenus à partir de la théorie de résilience indiquent, dans chaque type de familles, que la qualité des relations entre les parents/tuteurs et le jeune est significativement associée à une faible probabilité de comportement sexuel à risque, défini comme étant la cooccurrence de plusieurs partenaires sexuels au cours de 12 derniers mois et de non-utilisation du condom. Par contre, le contrôle parental est associé à une faible probabilité de comportement sexuel à risque seulement dans les familles à deux parents biologiques. Ce résultat suggère que l’influence du contrôle parental baisse une fois que les jeunes ont eu une expérience sexuelle. Les interventions en santé reproductive devraient promouvoir chez les parents/tuteurs les facteurs familiaux susceptibles de réduire les comportements sexuels à risque.

Pour une utilisation optimale des données personnelles à des fins de recherche : vers un réseau de ressources collectives

Thèse par articles. Articles (4) annexés à la thèse en fichiers complémentaires.