Variabilidade genética e filogeografia de populações de Prochilodus lineatus (Pisces: prochilodontidae) das bacias dos rios Paraguai-Paraná e da bacia Amazônica: bases para programas de conservação e de psicultura

A espécie Prochilodus lineatus, considerada um migrador por excelência, possui intensa ocorrência durante a migração reprodutiva. São peixes de elevado valor econômico e a sua adaptação em cativeiro os tornam altamente interessantes para desenvolvimento de programas de piscicultura. O monitoramento regular das variações genéticas nos estoques é importante em programas de conservação, evitando o declínio da variabilidade genética, essencial para a conservação das espécies. No entanto, os poucos dados moleculares populacionais para Prochilodus lineatus justificam a presente proposta. Nesse sentido, tivemos como objetivo caracterizar a variabilidade genética e estabelecer as relações filogeográficas entre 6 populações de P. lineatus das bacias dos rios Paraguai (2 do rio Paraguai e 3 do rio Cuiabá, MT) e Paraná (1 do rio Mogi-Guaçu, SP), num total de 34 indivíduos. Outros 16 indivíduos dos rios: da Prata, Uruguai, Paraná, Bermejo, Paraguai, Amazonas e Madeira, cujas sequências foram obtidas do National Center for Biotechnology Information (Genbank), foram analisados, totalizando assim, 50 indivíduos. Como grupo externo foi utilizado Salminus brasiliensis. O estudo foi realizado através das análises das sequências do gene mitocondrial ATPase 8/6. O interesse do uso de um gene mitocondrial está na vasta literatura que esse possui em análises filogenéticas e na confiança que existe nos dados gerados de tais análises. O gene citado foi completamente sequenciado (842pb), as análises filogenéticas foram conduzidas pelos métodos “Neighbor Joining (NJ)”, “Minimum Evolution (ME)” e “Máxima Parcimônia (MP)”, com 1000 réplicas de bootstrap no programa MEGA 5.0. Para análises filogeográficas as sequências foram analisadas no programa TCS e no programa Arlequin. Os resultados auxiliarão em uma melhor compreensão da história evolutiva, migração... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Caracterização da diversidade genética em queixadas (Tayassu pecari) e catetos (Pecari tajacu) isolados em um fragmento florestal

A fragmentação de ambientes naturais é um processo que pode ocasionar a redução e isolamento das populações de mamíferos. Entre os mamíferos tropicais mais afetados pela fragmentação estão os pecarídeos. Neste trabalho, foi analisada a variabilidade genética das populações de dois pecarídeos simpátricos, os catetos (Pecari tajacu) e as queixadas (Tayassu pecari), isoladas em um fragmento de Mata Atlântica do sudeste do Brasil (a Estação Ecológica de Caetetus, EEC). Por conta desse isolamento, esperava-se encontrar baixo grau de variabilidade genética, além de evidência de endogamia e gargalo populacional para ambas as espécies. Comparando-se as duas espécies, devido as suas diferenças comportamentais e por terem sido registrados vários bandos de catetos e apenas um de queixadas na EEC, esperava-se que a variabilidade genética estimada para queixadas fosse menor do que para catetos. Foram genotipadas 16 amostras de queixadas e 17 de catetos para cinco locos de microssatélites. Contrariando a hipótese de que a diversidade genética seria menor em queixadas do que em catetos, foram encontrados níveis de diversidade similares para ambas as espécies (número médio de alelos = 2,60 para queixada e 2,80 para catetos; riqueza alélica = 2,52 para queixadas e 2,54 para catetos; e heterozigosidade média observada = 0,50 para queixada e 0,48 para cateto e esperada = 0,41 para queixada e 0,38 para cateto). Houve evidência de gargalo populacional recente para queixadas, mas não para catetos, o que pode estar relacionado à maior vulnerabilidade daquela espécie a fragmentação do habitat e à caça. Entretanto, os coeficientes de endocruzamento FIS (-0,16 para queixadas e -0,18, para catetos) encontrados não foram positivos e nem significativos (p > 0,02), não evidenciando endogamia para ambas as espécies. O fato de não ter sido encontrada evidência... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Abordagem multivariada na análise de diversidade genética em cruzamentos para alto teor de óleo em soja

The soybean crop is considered a high expression around the world. In plant breeding programs, knowledge of genetic diversity is extremely important and in this context, are frequently used multivariate analyzes. Thus, the aim of the present study was to evaluate the genetic divergence between soybean crosses through multivariate techniques. In total, 16 crosses were evaluated, which were in the F2 generation of inbreeding. The evaluated characteristics were plant height at maturity, height of the first pod, number of branches per plant, number of pods per plant, number of nodes per plant, hundred seed weight, grain yield and oil content. For the analyzes was used Euclidean distance, methods of hierarchical clustering UPGMA and Ward and principal component analysis. Genetic distances estimated using Euclidean distance ranged from 1.24 to 8.13, with the smallest distance observed between crosses C1 and C4, and the greatest distance between the C2 crosses and C6. The methods UPGMA clustering and Ward met crossings in five different groups. The principal component analysis explained 86.2% of the variance contained in the original eight variables with three main components. The APM characters, NV, NR, NN, PG% and oil were the main contributors to genetic divergence among traits. Multivariate techniques were crucial to the analysis of genetic diversity, and the methods of Ward and UPGMA clustering and principal components have consistent results in this way, the simultaneous use of these tools in genetic analysis of crosses is indicated

Diversidade genética por marcadores microssatélites de progênies de Tabebuia heptaphylla da região da bacia do médio Tietê

Os recursos genéticos existentes, atualmente, são de suma importância para garantir a preservação de espécies florestais, uma vez que parte delas vem sofrendo excessiva exploração por se tratar de espécies economicamente importantes ou simplesmente devido à ação antrópica. Tendo em vista este panorama, o presente trabalho foi realizado com o objetivo de fornecer subsídios genéticos para a conservação da espécie ipê-roxo. Analisou-se 31 progênies de Tabebuia heptaphylla da região da Bacia do Médio Tiête. Utilizaram-se três locos, sendo um dos primers desenvolvido para o gênero Tabebuia e os outros para outros gêneros. O parâmetro Fst analisado mostrou haver uma menor diversidade entre progênies (21,47%) que dentro delas (78,53%). O coeficiente médio de endogamia, Fis, para a espécie, apresentou um valor relativamente alto (0,276) quando comparado com a literatura para espécies florestais. A taxa de cruzamento foi de 0,808, revelou que a espécie tem sistema reprodutivo misto, com tendência para a alogamia. As autofecundações foram de 19,2%, a percentagem de irmãos completos foi de 11,23%, de meios-irmãos foi igual a 69,57% e o coeficiente de coancestria ( xy) foi de 0,1776

Redução bacteriana via terapia fotodinâmica

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Infecção bacteriana da cavidade amniótica em gestantes com trabalho de parto prematuro

O trabalho de parto prematuro (TPP) é uma intercorrência obstétrica com etiologia multifatorial, que tem como principal complicação a prematuridade. A infecção da cavidade amniótica (CA) é um fator associado ao TPP e, nos últimos anos, trabalhos têm demonstrado a presença de diferentes espécies bacterianas no líquido amniótico (LA) de pacientes em TPP. O objetivo desse estudo foi identificar as espécies bacterianas presentes no líquido amniótico de gestantes em trabalho de parto prematuro. Foram incluídas, no grupo de estudo, 20 gestantes em TPP e como grupo controle, 20 gestantes, fora de trabalho de parto prematuro, com indicação para amniocentese transabdominal para avaliação da maturidade fetal. As pacientes foram atendidas no Serviço de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, no período de junho de 2005 a outubro de 2007. Para avaliação da presença de infecção na CA, foi realizada a reação em cadeia da polimerase (PCR) em amostras de líquido amniótico para detecção de Mycoplasma hominis, de Ureaplasma urealyticum e da seqüência conservada inter-espécie do gene RNAr 16S. Os produtos da reação de PCR para o gene RNAr 16S foram clonados para realização do seqüenciamento com a finalidade de identificar as espécies bacterianas da CA das gestantes incluídas no estudo. A incidência de TPP no período do estudo foi de 5,8%. No grupo TPP, a pesquisa de invasão microbiana da CA foi positiva para M. hominis (35,0%), U. urealyticum (15,0%) e gene RNAr 16S (30,0%), sendo todas as frequências superiores às encontradas no grupo controle (p<0,05). A pesquisa de microrganismos no LA através da pesquisa do gene bacteriano RNAr 16S revelou positividade de seis amostras de LA pertencente...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise de interação genética entre mutantes de eIF5A e de fatores de degradação de mRNA e busca de supressores extragênicos em S. cerevisae

O provável fator de início de tradução 5A (eIF5A) é altamente conservado de arqueas a mamíferos e sofre uma modificação pós-traducional única e essencial chamada hipusinação. Este fator já foi relacionado ao transporte nucleocitoplasmático, à degradação de mRNA e à proliferação celular. Dados recentes restabelecem uma função para eIF5A na tradução e sugerem a sua atuação na etapa de elongação ao invés de início, como originalmente proposto. Uma vez que o envolvimento de eIF5A com a degradação de mRNA ainda não foi elucidado, tornou-se interessante estudar qual a natureza desta relação. O metabolismo de mRNA é um processo complexo que envolve as etapas da tradução, repressão da tradução e degradação de mRNA. Na primeira parte deste trabalho, foi avaliada a existência de interação genética sintética entre os mutantes tif51A-1 e tif51A-3 e mutantes de fatores envolvidos com a repressão da tradução e/ou degradação de mRNA. Foi revelada uma supressão parcial do fenótipo de termossensibilidade com nocautes dos genes SBP1, DHH1 e PAT1, que codificam fatores ativadores da remoção do capacete de metilguanosina e repressores da tradução. Por outro lado, uma interação sintético doente (“synthetic sick”) entre os mutantes tif51A-1 e xrn1Δ foi observada.Os dados obtidos reforçam o envolvimento de eIF5A com a elongação da tradução, mostram que o efeito de eIF5A na degradação de mRNA é secundário e sugerem uma função para eIF5A como ativador da tradução. Na segunda etapa são apresentados os resultados do rastreamento de supressores extragênicos do mutante tif51A-1 através de deleções genômicas induzidas por transposon. Foram rastreados aproximadamente 2,2x105 transformantes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Influência do SNP T3801C CYP1A1 sobre os níveis de danos oxidativos no DNA de células da mucosa gástrica de pacientes infectados pelo H. Pylori

Helicobacter pylori (H. pylori) is a common gastric pathogen that has infected more than 50% of the population of the world and it has been associated with chronic gastritis, gastric ulcers, duodenal ulcer, and gastric cancer. Although, almost all infected people develop gastritis, there is a variety of clinical outcomes, and only a minority (<1%) of infected individuals develop gastric cancer. There are evidences which suggest that the chronic inflammatory reaction caused by the bacterial infection may be involved in the production of reactive oxygen species or reactive nitrogen species. It may lead to DNA damage, which together with the cellular response could lead to gene mutations, chromosomal aberrations characterizing genomic instability that may represent the early step in gastric carcinogenesis. The extent and severity of gastric mucosal inflammation, as well as the clinical outcome of the infection, depend on a number of factors, including the host genetic susceptibility such SNP T3801 CYP1A1, immune response, age at which the infection was acquired, environmental factors, especially dietary and bacterial virulence factors. Due to the risk of developing gastric cancer in humans infected by H. pylori, we used the Comet Assay to investigate the influence of the SNP T3801C CYP1A1 on levels of oxidative DNA damage in gastric epithelial cells. The study was conducted with biopsies from the gastric antrum and corpus of 103 H. pylori-infected patients and 24 uninfected control patients. Genotype of SNP T3801C CYP1A1 was determined by PCR-RFLP and DNA damage levels were measured in gastric mucosal cells from antrum and corpus by the Comet assay. Levels of DNA damage in gastric mucosa cells from antrum and corpus of H. pylori-infected patients with mild, moderate, severe gastritis, and gastric cancer were significantly higher compared to uninfected normal mucosa cells. However, levels... (Complete abstract click electronic access below)

Variabilidade e diversidade genética de populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez (Lauraceae)

O presente trabalho analisou os parâmetros genéticos populacionais de variabilidade e diversidade genética de diferentes populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez, através de marcadores de DNA do tipo ISSR (Inter Single Sequence Repeats). Para tanto, foram amostrados 243 indivíduos de 12 populações selecionadas na Bahia e Espírito Santo, que ocorrem em campos rupestres e vegetações de restinga, a saber, morfotipos de Ocotea glaucina (Meisn.) Mez: Morro do Chapéu: populações do Tabuleiro dos Guaribas, Ferro Doido, Cria Bode e Lajes; Umburanas; Jacobina; Lençóis: população da Serra das Paridas, e os morfotipos de O. notata, Esplanada: população de Baixios; Salvador: população das Dunas do Abaeté, Alcobaça, Mucuri, e Vila Velha, ES: população de Jacarenema. O DNA total já se encontrava extraído e quantificado em gel de agarose. Foram testados 20 primers de ISSR (University of British Columbia), dos quais quatro apresentaram resultados adequados para as análises, a saber: Manny, Mao, John e UBC 844. A otimização dos protocolos de reações de PCR foi feita no Laboratório de Evolução Molecular, da UNESP de Rio Claro, com a execução das reações de PCR para cada um dos primers, para cada população, e subsequentemente foram feitas as análises dos resultados sob o arcabouço teóricometodológico da genética de populações. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) indicou que 23% da variabilidade ocorre entre populações dentro de regiões e 76% entre indivíduos dentro de populações, com variação significativa de 1% ocorrendo entre regiões (populações de Restinga vs. Campos Rupestres)

Estimativa da diversidade genética de Queixadas (Tayassu pecari) da região do Taboco (Corguinho, MS)

The Brazilian fauna has been constantly threatened by deforestation and forest fragmentation. As a result, many populations become isolated and small which negatively impacts their genetic diversity, putting them at a higher risk of extinction than large and stable populations. The aim of this work was to estimate the genetic diversity of white-lipped peccaries (Tayassu pecari) in the region of Taboco (Corguinho, MS), a fragmented area; and to compare these estimates with that obtained previously for two populations from Brazilian Pantanal, which is considered a relatively well-preserved biome and where the species is not threatened. A total of 18 blood and 72 hair samples of white-lipped peccaries had their DNA extracted and amplified for five polymorphic microsatellite loci. With the individuals identified, genetic diversity indicators (such as number of alleles, allelic richness, expected end and observed) and the inbreeding coefficient FIS were calculated. In addition, to verify if the population suffered a recent population bottleneck, we used the tests implemented in the program Bottleneck. The population of Taboco showed no evidence of recent population bottleneck (p > 0.05) or inbreeding (FIS = 0.008; p > 0.022). In addition, the levels of genetic diversity in this population (mean number of alleles = 2.60; mean allelic richness = 2.56 mean observed and expected heterozygosities = 0.45 and 0.47, respectively) were statistically similar to those found previously for the two populations from Pantanal (p > 0,05); although the region of Taboco is more impacted than the Pantanal. Even though we showed no evidence of loss of genetic diversity, it does not mean that the population is not suffering with fragmentation; but that there was not sufficient time to evidence the genetic changes. In addition, may be occurring gene flow with populations of nearby fragments, which is maintaining... (Complete abstract click electronic access below)