Detection of methotrexate using surface plasmon resonance biosensors for chemotherapy monitoring

Le méthotrexate (MTX), un agent anti-cancéreux fréquemment utilisé en chimiothérapie, requiert généralement un suivi thérapeutique de la médication (Therapeutic Drug Monitoring, TDM) pour surveiller son niveau sanguin chez le patient afin de maximiser son efficacité tout en limitant ses effets secondaires. Malgré la fenêtre thérapeutique étroite entre l’efficacité et la toxicité, le MTX reste, à ce jour, un des agents anti-cancéreux les plus utilisés au monde. Les techniques analytiques existantes pour le TDM du MTX sont coûteuses, requièrent temps et efforts, sans nécessairement fournir promptement les résultats dans le délai requis. Afin d’accélérer le processus de dosage du MTX en TDM, une stratégie a été proposée basée sur un essai compétitif caractérisé principalement par le couplage plasmonique d’une surface métallique et de nanoparticules d’or. Plus précisément, l’essai quantitatif exploite la réaction de compétition entre le MTX et une nanoparticule d’or fonctionnalisée avec l’acide folique (FA-AuNP) ayant une affinité pour un récepteur moléculaire, la réductase humaine de dihydrofolate (hDHFR), une enzyme associée aux maladies prolifératives. Le MTX libre mixé avec les FA-AuNP, entre en compétition pour les sites de liaison de hDHFR immobilisés sur une surface active en SPR ou libres en solution. Par la suite, les FA-AuNP liées au hDHFR fournissent une amplification du signal qui est inversement proportionnelle à la concentration de MTX. La résonance des plasmons de surface (SPR) est généralement utilisée comme une technique spectroscopique pour l’interrogation des interactions biomoléculaires. Les instruments SPR commerciaux sont généralement retrouvés dans les grands laboratoires d’analyse. Ils sont également encombrants, coûteux et manquent de sélectivité dans les analyses en matrice complexe. De plus, ceux-ci n’ont pas encore démontré de l’adaptabilité en milieu clinique. Par ailleurs, les analyses SPR des petites molécules comme les médicaments n’ont pas été explorés de manière intensive dû au défi posé par le manque de la sensibilité de la technique pour cette classe de molécules. Les développements récents en science des matériaux et chimie de surfaces exploitant l’intégration des nanoparticules d’or pour l’amplification de la réponse SPR et la chimie de surface peptidique ont démontré le potentiel de franchir les limites posées par le manque de sensibilité et l’adsorption non-spécifique pour les analyses directes dans les milieux biologiques. Ces nouveaux concepts de la technologie SPR seront incorporés à un système SPR miniaturisé et compact pour exécuter des analyses rapides, fiables et sensibles pour le suivi du niveau du MTX dans le sérum de patients durant les traitements de chimiothérapie. L’objectif de cette thèse est d’explorer différentes stratégies pour améliorer l’analyse des médicaments dans les milieux complexes par les biocapteurs SPR et de mettre en perspective le potentiel des biocapteurs SPR comme un outil utile pour le TDM dans le laboratoire clinique ou au chevet du patient. Pour atteindre ces objectifs, un essai compétitif colorimétrique basé sur la résonance des plasmons de surface localisée (LSPR) pour le MTX fut établi avec des nanoparticules d’or marquées avec du FA. Ensuite, cet essai compétitif colorimétrique en solution fut adapté à une plateforme SPR. Pour les deux essais développés, la sensibilité, sélectivité, limite de détection, l’optimisation de la gamme dynamique et l’analyse du MTX dans les milieux complexes ont été inspectés. De plus, le prototype de la plateforme SPR miniaturisée fut validé par sa performance équivalente aux systèmes SPR existants ainsi que son utilité pour analyser les échantillons cliniques des patients sous chimiothérapie du MTX. Les concentrations de MTX obtenues par le prototype furent comparées avec des techniques standards, soit un essai immunologique basé sur la polarisation en fluorescence (FPIA) et la chromatographie liquide couplée avec de la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS) pour valider l’utilité du prototype comme un outil clinique pour les tests rapides de quantification du MTX. En dernier lieu, le déploiement du prototype à un laboratoire de biochimie dans un hôpital démontre l’énorme potentiel des biocapteurs SPR pour utilisation en milieux clinique.

Evaluation of multiple reaction monitoring cubed for the analysis of tachykinin related peptides in rat spinal cord using a hybrid triple quadrupole–linear ion trap mass spectrometer

Targeted peptide methods generally use HPLC-MS/MRM approaches. Although dependent on the instrumental resolution, interferences may occur while performing analysis of complex biological matrices. HPLC-MS/MRM3 is a technique, which provides a significantly better selectivity, compared with HPLC-MS/MRM assay. HPLC-MS/MRM3 allows the detection and quantitation by enriching standard MRM with secondary product ions that are generated within the linear ion trap. Substance P (SP) and neurokinin A (NKA) are tachykinin peptides playing a central role in pain transmission. The objective of this study was to verify whether HPLC-HPLCMS/ MRM3 could provide significant advantages over a more traditional HPLC-MS/MRM assay for the quantification of SP and NKA in rat spinal cord. The results suggest that reconstructed MRM3 chromatograms display significant improvements with the nearly complete elimination of interfering peaks but the sensitivity (i.e. signal-to-noise ratio) was severely reduced. The precision (%CV) observed was between 3.5% - 24.1% using HPLC-MS/MRM and in the range of 4.3% - 13.1% with HPLC-MS/MRM3, for SP and NKA. The observed accuracy was within 10% of the theoretical concentrations tested. HPLC-MS/MRM3 may improve the assay sensitivity to detect difference between samples by reducing significantly the potential of interferences and therefore reduce instrumental errors.

A fibre optic evanescent wave sensor for monitoring the rate of pulsed laser deposition of metal thin films

A novel sensing technique for the in situ monitoring of the rate of pulsed laser deposition (PLD) of metal thin films has been developed. This optical fibre based sensor works on the principle of the evanescent wave penetration of waveguide modes into the uncladded portion of a multimode fibre. The utility of this optical fibre sensor is demonstrated in the case of PLD of silver thin films obtained by a Q-switched Nd:YAG laser which is used to irradiate a silver target at the required conditions for the preparation of thin films. This paper describes the performance and characteristics of the sensor and shows how the device can be used as an effective tool for the monitoring of the deposition rate of silver thin films. The fibre optic sensor is very simple, inexpensive and highly sensitive compared with existing techniques for thin film deposition rate measurements

A fibre optic evanescent wave sensor for monitoring the rate of pulsed laser deposition of metal thin films

A novel sensing technique for the in situ monitoring of the rate of pulsed laser deposition (PLD) of metal thin films has been developed. This optical fibre based sensor works on the principle of the evanescent wave penetration of waveguide modes into the uncladded portion of a multimode fibre. The utility of this optical fibre sensor is demonstrated in the case of PLD of silver thin films obtained by a Q-switched Nd:YAG laser which is used to irradiate a silver target at the required conditions for the preparation of thin films. This paper describes the performance and characteristics of the sensor and shows how the device can be used as an effective tool for the monitoring of the deposition rate of silver thin films. The fibre optic sensor is very simple, inexpensive and highly sensitive compared with existing techniques for thin film deposition rate measurements.

An Alternative Approach To Computer System Security Monitoring And Enhancement Through System Call Sequence Analysis

Modern computer systems are plagued with stability and security problems: applications lose data, web servers are hacked, and systems crash under heavy load. Many of these problems or anomalies arise from rare program behavior caused by attacks or errors. A substantial percentage of the web-based attacks are due to buffer overflows. Many methods have been devised to detect and prevent anomalous situations that arise from buffer overflows. The current state-of-art of anomaly detection systems is relatively primitive and mainly depend on static code checking to take care of buffer overflow attacks. For protection, Stack Guards and I-leap Guards are also used in wide varieties.This dissertation proposes an anomaly detection system, based on frequencies of system calls in the system call trace. System call traces represented as frequency sequences are profiled using sequence sets. A sequence set is identified by the starting sequence and frequencies of specific system calls. The deviations of the current input sequence from the corresponding normal profile in the frequency pattern of system calls is computed and expressed as an anomaly score. A simple Bayesian model is used for an accurate detection.Experimental results are reported which show that frequency of system calls represented using sequence sets, captures the normal behavior of programs under normal conditions of usage. This captured behavior allows the system to detect anomalies with a low rate of false positives. Data are presented which show that Bayesian Network on frequency variations responds effectively to induced buffer overflows. It can also help administrators to detect deviations in program flow introduced due to errors.

Wireless Sensor Networks for Paddy Field Crop Monitoring Application in Kuttanad

The evolution of wireless sensor network technology has enabled us to develop advanced systems for real time monitoring. In the present scenario wireless sensor networks are increasingly being used for precision agriculture. The advantages of using wireless sensor networks in agriculture are distributed data collection and monitoring, monitor and control of climate, irrigation and nutrient supply. Hence decreasing the cost of production and increasing the efficiency of production.This paper describes the application of wireless sensor network for crop monitoring in the paddy fields of kuttand, a region of Kerala, the southern state of India.

Ecology And Seasonal Variation Of Microalgal Community In An Oil Refinery Effluent Holding Pond: Monitoring And Assessment

The microalgal community as primary producers has to play a significant role in the biotic and abitoic interactions of any aquatic ecosystem. Whenever a community is exposed to a pollutant, responses can occur because individuals acclimate to pollutant caused changes and selection can occur favouring resistant genotypes within a population and selection among species can result in changes in community structure. The microalgal community of industrial effluent treatment systems are continuously exposed to pollutants and there is little data available on the structure and seasonal variation of microalgal community of industrial effluent holding ponds, especially of a complex effluent like that of refinery. The aim of the present study was to investigate the annual variation in the ecology, biomass, productivity and community structure of the algal community of a refinery effluent holding pond. The results of the study showed the pond to be a eutrophic system with a resistant microalgal community with distinct seasonal variation in species composition

Corrosion Health Monitoring System for Steel Ship Structures

Corrosion represents one of the largest through life cost component of ships. Ship owners and operators recognize that combating corrosion significantly impacts the vessels’ reliability, availability and through life costs. Primary objective of this paper is to review various inspections, monitoring systems and life cycle management with respect to corrosion control of ships and to develop the concept of “Corrosion Health” (CH) which would quantify the extent of corrosion at any point of ships’ operational life. A system approach in which the ship structure is considered as a corrosion system and divided into several corrosion zones, with distinct characteristics, is presented. Various corrosion assessment criteria for assessment of corrosion condition are listed. A CH rating system for representation of complex corrosion condition with a numeric number along with recommendations for repair/maintenance action is also discussed

The Role of Epistemic Monitoring in Language Comprehension

In der psycholinguistischen Forschung ist die Annahme weitverbreitet, dass die Bewertung von Informationen hinsichtlich ihres Wahrheitsgehaltes oder ihrer Plausibilität (epistemische Validierung; Richter, Schroeder & Wöhrmann, 2009) ein strategischer, optionaler und dem Verstehen nachgeschalteter Prozess ist (z.B. Gilbert, 1991; Gilbert, Krull & Malone, 1990; Gilbert, Tafarodi & Malone, 1993; Herbert & Kübler, 2011). Eine zunehmende Anzahl an Studien stellt dieses Zwei-Stufen-Modell von Verstehen und Validieren jedoch direkt oder indirekt in Frage. Insbesondere Befunde zu Stroop-artigen Stimulus-Antwort-Kompatibilitätseffekten, die auftreten, wenn positive und negative Antworten orthogonal zum aufgaben-irrelevanten Wahrheitsgehalt von Sätzen abgegeben werden müssen (z.B. eine positive Antwort nach dem Lesen eines falschen Satzes oder eine negative Antwort nach dem Lesen eines wahren Satzes; epistemischer Stroop-Effekt, Richter et al., 2009), sprechen dafür, dass Leser/innen schon beim Verstehen eine nicht-strategische Überprüfung der Validität von Informationen vornehmen. Ausgehend von diesen Befunden war das Ziel dieser Dissertation eine weiterführende Überprüfung der Annahme, dass Verstehen einen nicht-strategischen, routinisierten, wissensbasierten Validierungsprozesses (epistemisches Monitoring; Richter et al., 2009) beinhaltet. Zu diesem Zweck wurden drei empirische Studien mit unterschiedlichen Schwerpunkten durchgeführt. Studie 1 diente der Untersuchung der Fragestellung, ob sich Belege für epistemisches Monitoring auch bei Informationen finden lassen, die nicht eindeutig wahr oder falsch, sondern lediglich mehr oder weniger plausibel sind. Mithilfe des epistemischen Stroop-Paradigmas von Richter et al. (2009) konnte ein Kompatibilitätseffekt von aufgaben-irrelevanter Plausibilität auf die Latenzen positiver und negativer Antworten in zwei unterschiedlichen experimentellen Aufgaben nachgewiesen werden, welcher dafür spricht, dass epistemisches Monitoring auch graduelle Unterschiede in der Übereinstimmung von Informationen mit dem Weltwissen berücksichtigt. Darüber hinaus belegen die Ergebnisse, dass der epistemische Stroop-Effekt tatsächlich auf Plausibilität und nicht etwa auf der unterschiedlichen Vorhersagbarkeit von plausiblen und unplausiblen Informationen beruht. Das Ziel von Studie 2 war die Prüfung der Hypothese, dass epistemisches Monitoring keinen evaluativen Mindset erfordert. Im Gegensatz zu den Befunden anderer Autoren (Wiswede, Koranyi, Müller, Langner, & Rothermund, 2013) zeigte sich in dieser Studie ein Kompatibilitätseffekt des aufgaben-irrelevanten Wahrheitsgehaltes auf die Antwortlatenzen in einer vollständig nicht-evaluativen Aufgabe. Die Ergebnisse legen nahe, dass epistemisches Monitoring nicht von einem evaluativen Mindset, möglicherweise aber von der Tiefe der Verarbeitung abhängig ist. Studie 3 beleuchtete das Verhältnis von Verstehen und Validieren anhand einer Untersuchung der Online-Effekte von Plausibilität und Vorhersagbarkeit auf Augenbewegungen beim Lesen kurzer Texte. Zusätzlich wurde die potentielle Modulierung dieser Effeke durch epistemische Marker, die die Sicherheit von Informationen anzeigen (z.B. sicherlich oder vielleicht), untersucht. Entsprechend der Annahme eines schnellen und nicht-strategischen epistemischen Monitoring-Prozesses zeigten sich interaktive Effekte von Plausibilität und dem Vorhandensein epistemischer Marker auf Indikatoren früher Verstehensprozesse. Dies spricht dafür, dass die kommunizierte Sicherheit von Informationen durch den Monitoring-Prozess berücksichtigt wird. Insgesamt sprechen die Befunde gegen eine Konzeptualisierung von Verstehen und Validieren als nicht-überlappenden Stufen der Informationsverarbeitung. Vielmehr scheint eine Bewertung des Wahrheitsgehalts oder der Plausibilität basierend auf dem Weltwissen – zumindest in gewissem Ausmaß – eine obligatorische und nicht-strategische Komponente des Sprachverstehens zu sein. Die Bedeutung der Befunde für aktuelle Modelle des Sprachverstehens und Empfehlungen für die weiterführende Forschung zum Vehältnis von Verstehen und Validieren werden aufgezeigt.

Monitoring procedures in environmental geochemistry and compositional data analysis theory

First discussion on compositional data analysis is attributable to Karl Pearson, in 1897. However, notwithstanding the recent developments on algebraic structure of the simplex, more than twenty years after Aitchison’s idea of log-transformations of closed data, scientific literature is again full of statistical treatments of this type of data by using traditional methodologies. This is particularly true in environmental geochemistry where besides the problem of the closure, the spatial structure (dependence) of the data have to be considered. In this work we propose the use of log-contrast values, obtained by a simplicial principal component analysis, as LQGLFDWRUV of given environmental conditions. The investigation of the log-constrast frequency distributions allows pointing out the statistical laws able to generate the values and to govern their variability. The changes, if compared, for example, with the mean values of the random variables assumed as models, or other reference parameters, allow defining monitors to be used to assess the extent of possible environmental contamination. Case study on running and ground waters from Chiavenna Valley (Northern Italy) by using Na+, K+, Ca2+, Mg2+, HCO3-, SO4 2- and Cl- concentrations will be illustrated