Diversity and three-dimensional structures of the alpha Mcr of the methanogenic Archaea from the anoxic region of Tucuruí Lake, in Eastern Brazilian Amazonia

ABSTRACT: Methanogenic archaeans are organisms of considerable ecological and biotechnological interest that produce methane through a restricted metabolic pathway, which culminates in the reaction catalyzed by the Methyl-coenzyme M reductase (Mcr) enzyme, and results in the release of methane. Using a metagenomic approach, the gene of the a subunit of mcr (mcrα) was isolated from sediment sample from an anoxic zone, rich in decomposing organic material, obtained from the Tucuruí hydroelectric dam reservoir in eastern Brazilian Amazonia. The partial nucleotide sequences obtained were 83 to 95% similar to those available in databases, indicating a low diversity of archaeans in the reservoir. Two orders were identified -the Methanomicrobiales, and a unique Operational Taxonomic Unit (OTU) forming a clade with the Methanosarcinales according to low bootstrap values. Homology modeling was used to determine the three-dimensional (3D) structures, for this the partial nucleotide sequence of the mcrα were isolated and translated on their partial amino acid sequences. The 3D structures of the archaean mcrα observed in the present study varied little, and presented approximately 70% identity in comparison with the mcrα of Methanopyrus klanderi. The results demonstrated that the community of methanogenic archaeans of the anoxic C1 region of the Tucurui reservoir is relatively homogeneous.

Carcass quality of buffalo (Bubalus bubalis) finished in silvopastoral system in the Eastern Amazon, Brazil

Avaliou-se a influência da dieta sobre a qualidade de carcaça de búfalos mestiços das raças Murrah e Mediterrâneo, alimentados com concentrado tradicional - milho/soja - ou resíduos agroindustriais - tortas de coco e dendê. Os animais foram sacrificados em abatedouro comercial, e realizadas análises físicas e físico-químicas na carcaça, após 24 horas, e de cor e textura instrumentais no músculo Longissimus dorsi, após 48 horas de resfriamento. Os animais suplementados com a torta de dendê adquiriram melhor conformação de carcaça e acabamento de gordura, e observaram-se diferenças (P<0,05) no percentual de gordura na carcaça e na espessura de gordura de cobertura.

Seasonal changes in the gonadossomatic index, allometric condition factor and sex ratio of an auchenipterid catfish from eastern Amazonia

O objetivo deste estudo foi avaliar alterações sazonais no índice gonadossomático (IGS%), fator de condição (K) e proporção sexual, a fim de determinar o período de atividade reprodutiva do bagre Auchenipterichthys longimanus (Siluriformes: Auchenipteridae), a partir da análise de exemplares coletados em igarapés da Floresta Nacional de Caxiuanã, estado do Pará, Brasil. Através de coletas bimestrais entre julho de 2008 e julho de 2009, foram capturados 589 exemplares de A. longimanus, sendo 251 machos e 338 fêmeas. Dentre os machos, 171 exemplares foram classificados como adultos e 80 foram jovens, e dentre as fêmeas, 249 eram adultas e 89 jovens. Por meio do estabelecimento de uma equação senoidal, a análise do IGS% evidenciou uma assincronia reprodutiva entre os sexos, pois os machos obtiveram maiores valores de IGS% em janeiro e as fêmeas apresentaram seu pico em março. Para os valores de IGS% de machos, a equação senoide mostrou-se significante somente para os valores brutos (P=0,001), sendo não identificada uma tendência com os valores médios do IGS% (P=0,136). Para as fêmeas, os valores de significância da equação senoide para o IGS% foram obtidos tanto para os dados brutos (P=0,012) quanto para os dados médios (P=0,026). Para o Fator de Condição, a equação senoide demonstrou variação nos valores brutos e médios de machos adultos (P=0,02 e P=0,00, respectivamente) e nos valores brutos de fêmeas (P=0,04), refletindo diferenças nos padrões de investimento energético entre os sexos. Em relação à proporção sexual, foi observada uma maior frequência de capturas de fêmeas reprodutivas em relação aos machos nos meses de Janeiro e Março de 2009, sugerindo um padrão de segregação sexual com fins reprodutivos. Esses parâmetros são fundamentais na avaliação, conservação e manejo dos estoques naturais de peixes, assim como para subsidiar estratégias e procedimentos para a preservação e conservação da ictiofauna.

Feeding ecology of Auchenipterichthys longimanus (Siluriformes: Auchenipteridae) in a riparian flooded forest of Eastern Amazonia, Brazil

Neste estudo foram investigados os hábitos alimentares do bagre Auchenipterichthys longimanus coletados em rios da Floresta Nacional de Caxiuanã (Amazônia Oriental, Brasil) ao longo de diferentes períodos hidrológicos (seco, enchendo, cheio e vazando). Foram coletados 589 espécimes durante sete amostragens, entre julho de 2008 e julho de 2009, dos quais 74eram machos jovens, 177 machos adultos, 89 fêmeas jovens e 249 fêmeas adultas. A composição da dieta, analisada pelo Índice de Importância Alimentar (IAi%) foi avaliada por um escalonamento multidimensional não-métrico (nMDS) e pela análise de similaridade (ANOSIM), que incluiu 37 itens alimentares agrupados em nove categorias (insetos aquáticos, outros invertebrados aquáticos, fragmento de artrópodes, peixe, fragmento de planta, sementes, insetos terrestres, outros invertebrados terrestrese vertebrados terrestres). Também foram obtidos a amplitude de nicho (Índice de Levins) e o Índice de Repleção (IR%) da dieta do bagre. Foram observadas diferenças na composição da dieta entre os períodos hidrológicos, principalmente relacionada à estação seca e cheia, mas não houve variação na composição da dieta entre os sexos e maturidade. No período de cheia (especificamente no mês de março/2009) o bagre mostrou uma alimentação mais especialista enquanto que no período de seca (novembro/2008) os valores de amplitude de nicho classificaram-no com hábitos mais generalistas quanto a alimentação. A quantidade de alimentos ingeridos por A. longimanus com base no Índice de Repleção (IR%), não diferiram significativamente entre o sexo e maturidade. No entanto, foram evidenciadas diferenças quando comparados os meses estudados. Estes resultados fornecem informações biológicas importantes sobre a ecologia trófica de peixes da família Auchenipteridae. Tendo em vista a maior ocorrência de itens alóctones na dieta deste bagre, esta pesquisa também reforça a importância das matas ciliares em ambientes críticos na manutenção e conservação das populações selvagens de peixes na bacia amazônica.

Feeding ecology of Liophis reginae semilineatus (Serpentes: Colubridae: Xenodontinae) in eastern Amazon, Brazil

We studied the diet of Liophis reginae semilineatus (Wagler, 1824) from eastern Amazon, Brazil, based on the analysis of 182 preserved specimens. Thirty-six individuals had prey in their stomachs; 34 (95%) contained exclusively anurans and 2 (5%) contained both anurans and lizards. The most common prey items were small Leptodactylus sp. (33.3%), followed by Physalaemus ephippifer (Steindachner, 1864) (10.3%). Prey ingested head-first (78%; n = 25) were significantly larger than prey ingested tail-first (22%; n = 7). Females of L. reginae semilineatus have longer and wider heads than conspecific males with the same body length, which correspond to sexual divergences in the diet (size of the prey). No correlation was found between snake head length vs. prey size (SVL, width and mass). Liophis reginae semilineatus is an anurophagous snake that probably forages actively on the ground.

Chemical composition of phytoplankton from the estuaries of Eastern Amazonia

O fitoplancton é de grande importância para os estudos das interações solo-água, como indicadores de modificações químicas e biológicas nos ecossistemas naturais. O objetivo desse estudo foi determinar a composição química total do fitoplâncton nos estuários do rio Pará e Mocajuba (Pará, Brasil). As análises químicas foram realizadas na água superficial, sedimento de fundo (amostra total e fração biodisponível) e no fitoplancton, por espectrometria óptica e de massa com plasma indutivamente acoplado. A composição química elementar do fitoplancton é composta por elevadas concentrações de Ca, P, Mn, Fe, Zn, Al, Ba e Pb. O fitoplancton do estuário do rio Mocajuba é rico em Fe (2.967 a 84.750 µg g^-1) e do rio Pará rico em Al (1.216 a 15.389 µg g^-1), provavelmente com contribuição antropogênica. O material fitoplanctonico apresentou elevado fator de bioconcentração proveniente tanto da água quanto da fração biodisponível, e reflete a eficiência desses organismos em concentrar metais.

Evaluation of the therapeutic response of hepatitis C in coinfected patients (HIV/HCV): a study of cases from a hospital for chronic liver diseases in the Eastern Brazilian Amazon

INTRODUCTION: The aim of this study was to evaluate the therapeutic response of hepatitis C in patients coinfected with human immunodeficiency virus (HIV-1). METHODS: A retrospective study of 20 patients coinfected with HIV-1/HCV who were treated in the outpatient liver clinic at the Sacred House of Mercy Foundation Hospital of Pará (Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará - FSCMPA) from April 2004 to June 2009. Patients were treated with 180µg PEG interferon-α2a in combination with ribavirin (1,000 to 1,250mg/day) for 48 weeks. The end point was the sustained virological response (SVR) rate (HCV RNA negative 24 weeks after completing treatment). RESULTS: The mean age of the patients was 40±9.5 years, of which 89% (n=17) were male, and the HCV genotypes were genotype 1 (55%, n=11/20), genotype 2 (10%, n=2/20) and genotype 3 (35%, n=7/20). The mean CD4+ lymphocyte count was 507.8, and the liver fibrosis stages were (METAVIR) F1 (25%), F2 (55%), F3 (10%) and F4 (10%). The early virological response (EVR) was 60%, the end-of-treatment virological response (EOTVR) was 45% and the SVR was 45%. CONCLUSIONS: The median HCV viral load was high, and in 85% of cases in which highly active antiretroviral therapy (HAART) was used, none of the patients with F3-F4 fibrosis responded to treatment. Of the twenty patients treated, 45% achieved SVR and 45% achieved EOTVR. Studies that include cases from a wider region are needed to better evaluate these findings.

Climate estimates for Eastern Amazon with OLAM model

O modelo OLAM tem como característica a vantagem de representar simultaneamente os fenômenos de escala global e regional através de um esquema de refinamento de grades. Durante o projeto REMAM o modelo foi aplicado para alguns estudos de caso com objetivo de avaliar o desempenho do modelo na estimativa do clima da região leste da Amazônia em períodos de El Niño e La Niña. Estudos de caso foram feitos para os períodos chuvosos dos anos 2010 e 2011que apresentaram condições oceânicas distintas. Inicialmente, os resultados do modelo foram comparados com dados observados da região de estudo. Os resultados mostraram que o modelo consegue representar bem os principais centros convectivos da região e adjacências, da evolução local do ciclo diurno de temperatura, e da dinâmica dos ventos. Posteriormente, a análise dos resultados mostrou que, se tivermos bons dados de condição inicial e boa representação da evolução das condições de temperatura da superfície do mar, o modelo consegue prever com antecedência de dois e três meses se uma estação chuvosa será mais seca ou úmida.

Weather forecasting for Eastern Amazon with OLAM model

O modelo OLAM tem como característica a vantagem de representar simultaneamente os fenômenos meteorológicos de escala global e regional através de um esquema de refinamento de grades. Durante o projeto REMAM, o modelo foi aplicado para alguns estudos de caso com objetivo de avaliar o desempenho do modelo na previsão numérica de tempo para a região leste da Amazônia. Estudos de caso foram feitos para os doze meses do ano de 2009. Os resultados do modelo para estes casos foram comparados com dados observados na região de estudo. A análise dos dados de precipitação mostrou que o modelo consegue representar a distribuição média da precipitação acumulada e os aspectos da sazonalidade da ocorrência dos eventos, mas não consegue prever individualmente a acumulação de precipitação local. No entanto, avaliação individual de alguns casos mostrou que o modelo OLAM conseguiu representar dinamicamente e prever, com alguns dias de antecedência, o desenvolvimento de fenômenos meteorológicos costeiros como as linhas de instabilidade, que são um dos mais importantes sistemas precipitantes da Amazônia.

Palm community transitions along a topographic gradient from floodplain to terra firme in the eastern Amazon

Palmeiras apresentam padrões claros de segregação de nicho ao longo de gradientes topográficos, com algumas espécies associadas a florestas de terra firme e outras a áreas alagáveis. O objetivo desse estudo foi descrever quantitativamente as variações em pequena escala dentro de uma comunidade de palmeiras, investigando as mudanças na abundância de espécies ao longo de gradientes ambientais associados com um igarapé perene na Amazônia Oriental. O estudo de comunidades de palmeiras foi baseado em 60 parcelas florestais em que todos os adultos de palmeiras foram contados. Encontramos um total de 566 palmeiras em uma comunidade contendo 11 espécies. Além disso, encontramos uma separação significativa na comunidade de palmeiras entre florestas sazonalmente inundadas e florestas de terra firme e um gradiente das densidades das três espécies mais abundantes, ao longo dos primeiros 100 m de distância da área alagada. A abundância das seis espécies mais comuns variou em relação ao gradiente de umidade das áreas alagáveis para a terra firme, com a distribuição das palmeiras da mais tolerante a alagamentos a menos tolerante a alagamentos da seguinte forma: Euterpe oleracea, Attalea phalerata, Socratea exorrhiza (espécies associadas a áreas alagadas), Astrocaryum gynacanthum, Astrocaryum aculeatum, Attalea maripa (espécies com afinidade por terra firme).