New human kallikrein 14: enzymatic characterization and inhibitors development.

RESUME DESTINE A UN LARGE PUBLIC En biologie, si une découverte permet de répondre à quelques questions, en général elle en engendre beaucoup d'autres. C'est ce qui s'est produit récemment dans le monde des kallicréines. De la famille des protéases, protéines ayant la faculté de couper plus ou moins spécifiquement d'autres protéines pour exercer un rôle biologique, la famille des kallicréines humaines n'était composée que de 3 membres lors du siècle dernier. Parmi eux, une kallicréine mondialement utilisée pour détecter le cancer de la prostate, le PSA. En 2000, un chercheur de l'hôpital universitaire Mont Sinaï à Toronto, le Professeur Eleftherios Diamandis, a découvert la présence de 12 nouveaux gènes appartenant à cette famille, situés sur le même chromosome que les 3 premières kallicréines. Cette découverte majeure a placé les spécialistes des kallicréines face à une montagne d'interrogations car les fonctions de ces nouvelles protéases étaient totalement inconnues. La kallicréine humaine 14 (hK14) présente un intérêt particulier, car elle se retrouve associée à différents cancers, notamment les carcinomes ovariens et mammaires. Cette association ne répond cependant pas à la fonction de cette protéase. L'objectif de ce travail de thèse était donc de découvrir, dans un premier temps, la spécificité de cette nouvelle kallicréine, c'est-à-dire le type de coupure qu'elle engendre au niveau des protéines qu'elle cible. Utilisant une technologie de pointe qui exploite la propriété des bactériophages à se répliquer dans les bactéries à l'infini, des dizaines de millions de combinaisons protéiques aléatoires ont été présentées à hK14, qui a pu sélectionner celles qui lui étaient favorables pour la coupure. Cette technique qualitative porte le nom de Phage Display Substrate. Une fois la sélection réalisée, il fallait transférer ces séquences coupées ou substrats dans un système permettant de donner une valeur quantitative à l'efficacité de coupure. Pour cela nous avons développé une technologie qui permet d'évaluer cette efficacité en utilisant des protéines fluorescentes de méduse, modifiées génétiquement, dont l'excitation de la première (CFP : cyan fluorescent protein) par la lumière à une certaine longue d'onde permet le transfert d'énergie à la seconde (YFP : yellow fluorescent protein), via un substrat qui les lie. Pour que ce transfert d'énergie se produise, il faut que les deux protéines fluorescentes soient proches, comme c'est le cas lorsqu'elles sont liées par un substrat. La coupure de ce lien provoque un changement de transfert d'énergie qui est quantifiable en utilisant un spectrofluoromètre. Cette technologie permet donc de suivre la réaction d'hydrolyse (coupure) des protéases. Afin de poursuivre certaines expériences permettant de mieux comprendre la fonction biologique d'hK14 ainsi que son éventuelle implication dans le cancer, nous avons développé des inhibiteurs spécifiques d'hK14. Les séquences qui on été le plus efficacement coupées par hK14 ont été utilisées pour transformer deux types d'inhibiteurs classiques, qui circulent dans notre sang, en inhibiteurs d'hK14 hautement efficaces et spécifiques. Selon les résultats obtenus in vitro, ils pourront être évalués in vivo en tant que traitement potentiel contre le cancer. RESUME Les protéases sont des enzymes impliquées dans des processus physiologiques mais aussi parfois pathologiques. La famille des kallicréines tissulaires humaines représente le plus grand groupe de protéases humaines, dont plusieurs pourraient participer au développement de certaines maladies. D'autre part, ces protéases sont apparues comme des marqueurs de pathogénicité potentiels, notamment dans les cas de cancers hormono-dépendants. La kallicréine humaine 14 a été récemment découverte et son implication dans quelques maladies, particulièrement dans le cas de tumeurs, semble probable. En effet, son expression génique est augmentée au niveau des tissus cancéreux de la prostate et du sein et son expression protéique s'est révélée plus élevée dans le sérum de patientes atteintes d'un cancer du sein ou des ovaires. Cependant, comme c'est le cas pour la plupart des kallicréines, sa fonction est encore inconnue. Afin de mieux connaître son rôle biologique et/ou pathologique, nous avons décidé de caractériser son activité enzymatique. Nous avons tout d'abord mis au point un système de substrats entièrement biologique permettant d'étudier in vitro l'activité des protéases. Ce système est basé sur le phénomène de FRET, à savoir le transfert d'énergie de résonance fluorescente qui intervient entre deux molécules fluorescentes voisines si le spectre d'émission de la protéine donneuse chevauche le spectre d'excitation de la protéine receveuse. Nous avons fusionné de manière covalente une protéine fluorescente bleue (CFP) et une jaune (YFP) en les liant avec diverses séquences. Par clivage de la séquence de liaison, une perte du transfert d'énergie peut être mesurée par un spectrofluoromètre. Cette technologie représente un moyen facile de suivre la réaction d'hydrolyse des protéases. Les conditions optimales de production de ces substrats CFP-YFP ont été déterminées, de même que les paramètres pouvant éventuellement influencer le FRET. Ce système possède une grande résistance à la protéolyse non spécifique et est applicable à un grand nombre de protéase. Contrairement aux substrats fluorogéniques, il permet d'étudier les acides aminés se trouvant des deux côtés du site de clivage. Ce système étant entièrement biologique, il est le reflet des interactions protéine-protéine et représente un outil biologique facile, bon marché et rapide pour caractériser les protéases. Dans un premier temps, hK14 a été mise en présence d' une banque de haute diversité de pentapeptides aléatoires présentée à la surface de phages afin d'identifier des substrats spécifiques. Ensuite, le système CFP-YFP a été employé pour trier les peptides sélectionnés afin d'identifier les séquences de substrats les plus sensibles et spécifiques pour hK14. Nous avons montré, qu'en plus de sa prévisible activité de type trypsine, hK14 possède aussi une très surprenante activité de type chymotrypsine. Les séquences les plus sensibles ont été choisies pour cribler la banque de donnée Swissprot, permettant ainsi l'identification de 6 substrats protéiques humains potentiels pour hK14. Trois d'entre eux, la laminine α-5, le collagène IV et la matriline-4, qui sont des composants de la matrice extracellulaire, ont démontré une grande susceptibilité à l'hydrolyse par hK14. De plus, la séparation éléctrophorétique a montré que la dégradation de la laminine α-5 et de la matriline-4 par hK14 devait se produire aux sites identifiés par la technologie du phage display. Pour terminer, nous avons transformé, par mutagenèse dirigée, deux serpines (inhibiteurs de protéases de type sérine) connues, AAT et ACT (alpha anti-trypsine et alpha anti-chymotrypsine), qui inhibent un vaste éventail d'enzymes humaines en inhibiteurs d'hK14 hautement efficaces et spécifiques. Ces inhibiteurs pourront être utilisés d'une part pour poursuivre certaines expériences permettant de mieux comprendre l'implication d'hK14 dans des voies physiologiques ou dans le cancer et d'autre part pour les évaluer in vivo en tant que traitement potentiel contre le cancer. SUMMARY Proteases consist of enzymes involved in physiological events, but also, in case of dysregulation, in pathogenicity. The human tissue kallikrein family represents the largest human protease cluster and includes several members that either could participate in the course of certain diseases or emerged as potential biological markers, especially in hormone dependent cancers. The human kallikrein 14 has been recently discovered and suggested implications in some disorders, particularly in tumors since its gene expression is up-regulated in prostate and breast cancer tissues and its protein expression increased in the serum of patients with breast and ovarian cancers. However, like most kallikreins, its function remains unknown. To better understand hK14 biological and/or pathological role, we decided to characterize its enzymatic activity. First of all, we developped a biological system suitable for in vitro study of protease activity. This system is based on the so-called FRET phenomenon, that is the Fluorescence Resonance Energy Transfer that occurs between two nearby fluorescent proteins if the emission spectrum of the donor overlaps the excitation spectrum of the acceptor. We fused covalently a cyan fluorescent protein (CFP) and a yellow fluorescent protein (YFP) with diverses sequences. Upon cleavage of the linker sequence by protease, the loss of energy transfer can be measured by a spectrofluorometer allowing an easy following of hydrolysis reaction. The optimal conditions to produce in bacterial system these CFP-YFP substrates were determined as well as the parameters that could eventually influence the FRET. This system demonstrated a high degree of resistance to non-specific proteolysis and applicability to various conditions corresponding to a great number of existing proteases. Other avantages are the possibility to study the amino acids located both sides of the cleavage site as well as the interest to work in a full biological system reflecting protein-protein interaction. A phage substrate library with exhaustive diversity was used prior to CFP-substrate-YFP system to isolate specific human kallikrein 14 substrates. After that the CFP-YFP system was used to sort peptides and identify highly sensitive and specific substrate sequences for hK14. We showed that besides its predictable trypsin-like activity, hK14 also possesses a surprising chymotrypsin-like activity. The screening of the Swissprot database was achieved with the most sensitive sequences and allowed the identification of 6 potential human protein substrates for hK14. Three of them, laminin α-5, collagen IV and matrilin-4, which are components of the extracellular matrix were incubated with hK14, by which they were efficiently hydrolyzed. Moreover, electrophoretic separation revealed that degradation of laminin α-5 and matrilin-4 by hK14 generated fragments with identical molecular size than the predicted N-terminal fragments that would result from hK14 specific cleavage, proving the value of phage display substrate to identify potential substrates. Finally, with site-directed mutagenesis, we transformed two well-known serpins (serine protease inhibitors), AAT and ACT (alpha anti-trypsin and alpha anti-chymotrypsin), which inhibit a vast spectrum of human enzymes into highly efficient and specific hK14 inhibitors. These inhibitors will be used to pursue experiments that could help understand hK14 implication in physiological pathways as well as in cancer biology and also to perform their in vivo evalution as potential cancer treatment.

Comparative bionomics of four populations of Meccus longipennis (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae) under laboratory conditions

The values of biological parameters related to the life cycles of four populations of Meccus longipennis (Reduviidae: Triatominae) were evaluated. Cohorts of each of the four studied populations from different geographical areas of Mexico were maintained under similar laboratory conditions and then compared. The population from El Saucito de Araujo was different from the other three studied populations, which could help explain the secondary importance of M. longipennis in the state of Chihuahua. This paper also supports the proposition that biological traits are important criteria for determining relationships between populations.

Role of c-Myc in homeostasis of memory CD8 T cells

RESUME La mémoire immunologique est essentielle durant la vie et permet aux lymphocytes de répondre plus rapidement et efficacement lors d'une deuxième rencontre avec un antigène connu. Les facteurs contrôlant l'homéostasie des cellules T CD8 mémoires in vivo ne sont pas encore bien définis. Cependant, la prolifération homéostatique de ces cellules dans un hôte déplété en cellules hématopoietiques nécessite l'intéraction du TCR avec les molecules du MHC de class I du soi. De plus, le rôle de cytokines, telles que 1'IL-15 et l'IL-7, est essentiel dans ce mécanisme, aussi bien que dans la maintenance des cellules T CD8 mémoires. Puisque la protéine c-Myc - impliquée dans des mécanismes tells que la division, la prolifération, l'apoptose et la differentiation - a été définie comme étant impliquée dans la réponse à différentes cytokines, nous nous sommes intéressés à l'analyse de l'homéostasie des lymphocytes T CD8 mémoires dans des souris déficientes en c-Myc (c_rnycΔORF/+), qui expriment un niveau réduit de cette protéine. Bien que le développement des cellules T dans le thymus soit normal dans les souris c_rnycΔORF/+, nous avons observé une réduction de 2 à 3 fois dans la population des cellules T CD8 de phenotype mémoire (CD44+) dans les organes lymphoïdes de la périphérie de ces souris. Cette différence ne correspond pas à une réduction de prolifération ou d'expression de protéines de survie telles que Bel-2. Cependant, la prolifération homéostatique de cellules T CD8 c_rnycΔORF/+, mais pas T CD4 c_rnycΔORF/+, est reduite de manière dramatique lorsqu'elles sont transférées dans un hôte irradié. De plus, le transfert adoptif de lymphocytes T dans des souris irradiées déficientes en l'IL-15 nous a permis de montrer que la prolifération homéostatique dépendante de l'IL-15 des cellules T CD8 nécessite l'expression de c-Myc. De plus, contrairement aux cellules T CD8 CD44+ de type sauvage, nous avons observé que l'expansion induite par l'IL-15 des cellules T CD8 CD44+ c_rnycΔORF/+ est altérée aussi bien in vivo (en réponse à une injection de polyI:C) et in vitro. Par conséquent, nos résultats identifient c-Myc comme une nouvelle protéine régulatrice de la signalisation par l'IL-15 impliquée dans l'homéostasie des cellules T CD8 CD44+. SUMMARY Immunological memory is essential throughout life and allows memory lymphocytes to respond faster and more efficiently upon re-encounter of a known antigen. Factors controlling homeostasis of memory CD8 T cells under steady-state conditions in vivo are currently not well defined. However, the homeostatic proliferation of memory CD8 T cells in lymphopenic hosts requires the interaction of the TCR with self MHC class I molecules. In addition, cytokines, such as IL-15 and to a lesser extent IL-7, are essential for both homeostatic proliferation and maintenance of memory CD8 T cells. Since c-Myc, a proto-oncogene involved in cell division, proliferation, apoptosis and differentiation, has been widely implicated in responsiveness to cytokines, we were interested in analyzing homeostasis of memory CD8 T cells in c-myc hypomorph (c_rnycΔORF/+) mice, which express reduced levels of c-Myc. Although T cell development in the thymus was normal in c_rnycΔORF/+ mice, we found a selective 2- to 3-fold reduction in the memory-phenotype CD44high CD8 T cell population in the periphery. Reduced numbers of CD44high CD8 T cells did not correlate with decreased steady-state turnover rate or low expression of survival factors such as Bcl- 2. However, homeostatic proliferation of c_rnycΔORF/+ CD8 T cells, but not c_rnycΔORF/+ CD4 T cells, was dramatically reduced upon transfer into sublethally irradiated wild-type recipients. In addition, upon transfer of c_rnycΔORF/+ and c-myc WT cells into IL-15-/- mice, we observed that IL-15-induced homeostatic proliferation of CD8 T cells requires c-Myc. Moreover, in contrast to c-myc WT CD44high CD8 T cells, IL-15-induced expansion of c_rnycΔORF/+ CD44high CD8 T cells was strongly impaired both in vivo (in response to polyI:C injection) and in vitro. Collectively, our data identify c-Myc as a novel downstream regulator of IL-15 signaling involved in homeostasis of memory CD8 T cells.

Functional heterogeneity of memory CD4 T cell responses in different conditions of antigen exposure and persistence.

Memory CD4 T cell responses are functionally and phenotypically heterogeneous. In the present study, memory CD4 T cell responses were analyzed in different models of Ag-specific immune responses differing on Ag exposure and/or persistence. Ag-specific CD4 T cell responses for tetanus toxoid, HSV, EBV, CMV, and HIV-1 were compared. Three distinct patterns of T cell response were observed. A dominant single IL-2 CD4 T cell response was associated with the model in which the Ag can be cleared. Polyfunctional (single IL-2 plus IL-2/IFN-gamma plus single IFN-gamma) CD4 T cell responses were associated with Ag persistence and low Ag levels. A dominant single IFN-gamma CD4 T cell response was associated with the model of Ag persistence and high Ag levels. The results obtained supported the hypothesis that the different patterns observed were substantially influenced by different conditions of Ag exposure and persistence.

Demographic fitness of Belminus ferroae (Hemiptera: Triatominae) on three different hosts under laboratory conditions

Triatominae are widely recognised for their role as vectors of Trypanosoma cruzi. One of the main biological characteristics of this subfamily is their obligate haematophagous condition. However, previous studies on Belminus herreri and Belminus ferroae suggested that cockroaches are their principal hosts in domiciles. Due to this peculiar behaviour, the aim of this study was to analyse several demographic and reproductive parameters of B. ferroae fed on three different hosts (mice, cockroaches and Rhodnius prolixus) and relate B. ferroae fitness to these alternative hosts. The cohorts were reared under constant conditions. The egg hatching rate was similar for cohorts fed on cockroaches (69.4%) and R. prolixus (63.8%), but was much lower for the cohort fed on mice (16%). The development time from the nymph to adult stage and the average age of first reproduction (α) presented lower values in the cohort fed on cockroaches, which is consistent with the higher population growth rate associated with this host. Demographic parameters [intrinsic rate of natural increase, finite rate of population growth, net reproductive rate and damping ratio] showed statistically significant differences between the cohorts. Analysis of the life history of B. ferroae revealed a higher fitness related to the cockroach. The implications of these results for the origin of the subfamily are discussed.

Construcción y explotación de un almacén de datos para el análisis del sistema de prestaciones sociales

El presente proyecto consiste en el análisis, diseño e implementación de un almacén de datos (data warehouse) para el Organismo de Análisis del Departamento de Trabajo (OADT). Mediante este proyecto se pretende construir un almacén de datos con la finalidad de analizar la sostenibilidad del sistema de prestaciones sociales, mediante la explotación de la información recogida de los distintos organismos que la gestionan.