Étude fonctionnelle de l’opéron fimbriaire stg de Salmonella enterica sérovar Typhi

La bactérie Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) provoque la fièvre typhoïde chez les humains et constitue un problème de santé publique important. La majorité de nos connaissances sur la pathogenèse de cette bactérie provient du modèle de fièvre entérique chez la souris causée par le sérovar Typhimurium. Peu d’études se sont penchées sur les facteurs de virulence uniques au sérovar Typhi, ni sur la possibilité que les pseudogènes retrouvés dans son génome puissent être fonctionnels. Le fimbria stg, unique au sérovar Typhi, renferme un codon d’arrêt TAA prématuré dans le gène stgC qui code pour le placier responsable de l’assemblage des sous-unités fimbriaires à la surface de la bactérie. Ainsi, le fimbria stg a été classifié dans la liste des pseudogènes non-fonctionnels. Les objectifs de cette étude étaient d’évaluer l’implication du fimbria stg lors de l’interaction avec les cellules humaines, puis de vérifier l’importance du pseudogène stgC lors de la biogenèse fimbriaire. Dans une première partie, la transcription de stg a été évaluée à l’aide d’une fusion lacZ. Malgré des niveaux d’expression observés généralement faibles en milieu riche, la croissance en milieu minimal a favorisé la transcription de l’opéron. La délétion complète de l’opéron fimbriaire stgABCD du génome de S. Typhi a été réalisée par échange allélique, puis a été complémentée sur un plasmide. Il a été démontré que la présence de stg chez S. Typhi, S. Typhimurium et E. coli contribue à une adhérence accrue sur les cellules épithéliales humaines. De plus, ce fimbria semble agir comme une structure anti-phagocytaire lors de l’interaction avec des macrophages humains. Ainsi, l’opéron stg semble fonctionnel, malgré son codon d’arrêt prématuré, puisque des phénotypes ont été observés. La seconde partie de cette étude consistait à vérifier le rôle joué par le pseudogène stgC dans la biogenèse du fimbria. Différentes variantes de l’opéron ont été générées, clonées dans un vecteur inductible à l’arabinose, puis transformées dans la souche afimbriaire d’E. coli ORN172. La translocation de la sous-unité fimbriaire StgD à la surface de la bactérie a été évaluée chez ces différents mutants par immunobuvardage de type Western. Cette expérience a permis de démontrer que le pseudogène stgC est essentiel pour l’exportation de la sous-unité StgD à la surface. L’ajout d’une étiquette de 6-histidines en C-terminal de StgC a permis de confirmer la traduction complète du gène, malgré le codon d’arrêt TAA prématuré. Le séquençage peptidique a révélé l’insertion d’une tyrosine à ce codon. Une fusion traductionnelle avec la protéine verte fluorescente a révélé qu’environ 0.8% de l’ARNm peut être traduit et permet la production complète du placier. Ce projet a permis la caractérisation d’un facteur de virulence unique à S. Typhi et constitue une étape de plus vers la compréhension de ses mécanismes de pathogenèse. Il s’agit de la première démonstration chez les bactéries de la fonctionnalité d’un gène interrompu prématurément par un codon d’arrêt TAA.

Molecular tectonics : supramolecular 2D nanopatterning of surfaces by self-assembly

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Identification et localisation des préoccupations fonctionnelles dans un code légataire Java

Traditionnellement, les applications orientées objets légataires intègrent différents aspects fonctionnels. Ces aspects peuvent être dispersés partout dans le code. Il existe différents types d’aspects : • des aspects qui représentent des fonctionnalités métiers ; • des aspects qui répondent à des exigences non fonctionnelles ou à d’autres considérations de conception comme la robustesse, la distribution, la sécurité, etc. Généralement, le code qui représente ces aspects chevauche plusieurs hiérarchies de classes. Plusieurs chercheurs se sont intéressés à la problématique de la modularisation de ces aspects dans le code : programmation orientée sujets, programmation orientée aspects et programmation orientée vues. Toutes ces méthodes proposent des techniques et des outils pour concevoir des applications orientées objets sous forme de composition de fragments de code qui répondent à différents aspects. La séparation des aspects dans le code a des avantages au niveau de la réutilisation et de la maintenance. Ainsi, il est important d’identifier et de localiser ces aspects dans du code légataire orienté objets. Nous nous intéressons particulièrement aux aspects fonctionnels. En supposant que le code qui répond à un aspect fonctionnel ou fonctionnalité exhibe une certaine cohésion fonctionnelle (dépendances entre les éléments), nous proposons d’identifier de telles fonctionnalités à partir du code. L’idée est d’identifier, en l’absence des paradigmes de la programmation par aspects, les techniques qui permettent l’implémentation des différents aspects fonctionnels dans un code objet. Notre approche consiste à : • identifier les techniques utilisées par les développeurs pour intégrer une fonctionnalité en l’absence des techniques orientées aspects • caractériser l’empreinte de ces techniques sur le code • et développer des outils pour identifier ces empreintes. Ainsi, nous présentons deux approches pour l’identification des fonctionnalités existantes dans du code orienté objets. La première identifie différents patrons de conception qui permettent l’intégration de ces fonctionnalités dans le code. La deuxième utilise l’analyse formelle de concepts pour identifier les fonctionnalités récurrentes dans le code. Nous expérimentons nos deux approches sur des systèmes libres orientés objets pour identifier les différentes fonctionnalités dans le code. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de nos approches pour identifier les différentes fonctionnalités dans du code légataire orienté objets et permettent de suggérer des cas de refactorisation.

Le code d'éthique dans les organisations du réseau de la santé: outil de régulation des conduites?

Au Québec, la Loi sur les services de santé et les services sociaux, Chapitre S-4.2, à son article 233, demande à ce que chacun des établissements de santé, dispose d’un code d’éthique qui essentiellement demande de préciser les droits des usagers et de fixer les conduites attendues du personnel. Le législateur souhaitait améliorer les conduites du personnel dès le début des années 1990 et envisageait désigner un organisme de surveillance pour s’en assurer. Cette contrainte ne fut pas retenue et 20 ans plus tard, la volonté d’assurer des conduites attendues n’est toujours pas assujettie de contraintes ou de contrôles même si elle est toujours souhaitée. En 2003 toutefois, le Ministre a mis en place un processus de visites ministérielles dans les milieux d’hébergement et à ce jour quelques 150 établissements ont été visités. Ces équipes se sont préoccupées entre autre de la fonction du code d’éthique pour soutenir les directions de ces établissements. Elles ne réussissent pas à pouvoir s’appuyer sur le code d’éthique pour qu’il soit l’assise pour baser les décisions cliniques, organisationnelles et de gestion de chacune des organisations du réseau de la santé et des services sociaux du Québec. Il faut à ce moment-ci faire le constat que le code d’éthique, obligatoire, figure au nombre des nombreuses contraintes rencontrées par les organisations. Les établissements doivent passer un processus d’agrément aux trois ans et le code d’éthique n’est pas davantage un élément dynamique retenu à ce processus de validation de normes de qualité. De plus, une revue québécoise spécialisée en gestion de la santé a consacré un numéro complet de 15 articles sur « éthique et comportements » et le code d’éthique y est absent sauf pour deux articles qui s’y attardent spécifiquement. Est-ce une question d’éthique dont il est question par ce code, ou si ce n’est pas davantage de la déontologie, d’autant que le législateur veut avant tout s’assurer de comportements adéquats de la part des employés et des autres personnes qui exercent leur profession. Est-ce qu’un code de conduite ne serait pas plus approprié pour atteindre les fins visées? Cette question est répondue dans ce mémoire qui regarde les concepts d’éthique, de déontologie, de codes, de régulation des comportements. De plus, des analyses détaillées de 35 codes d’éthique actuels de divers établissements et de diverses régions du Québec iv sont présentées. La littérature nous donne les conditions de réussite pour un code et outre l’importance à accorder aux valeurs énoncées dans l’organisation, il est également question des sanctions à prévoir au non-respect de ces valeurs. Elles se doivent d’être claires et appliquées. Enfin, beaucoup d’organisations parlent maintenant de code de conduite et ce terme serait tout à fait approprié pour rejoindre le souhait du législateur qui veut assurer des conduites irréprochables des employés et autres personnes qui y travaillent. C’est la conclusion de ce travail, énoncée sous forme de recommandation.

Improvements in Fermentative Hydrogen Production through Physiological Manipulation and Metabolic Engineering

La production biologique d'hydrogène (H2) représente une technologie possible pour la production à grande échelle durable de H2 nécessaire pour l'économie future de l'hydrogène. Cependant, l'obstacle majeur à l'élaboration d'un processus pratique a été la faiblesse des rendements qui sont obtenus, généralement autour de 25%, bien en sous des rendements pouvant être atteints pour la production de biocarburants à partir d'autres processus. L'objectif de cette thèse était de tenter d'améliorer la production d'H2 par la manipulation physiologique et le génie métabolique. Une hypothèse qui a été étudiée était que la production d'H2 pourrait être améliorée et rendue plus économique en utilisant un procédé de fermentation microaérobie sombre car cela pourrait fournir la puissance supplémentaire nécessaire pour une conversion plus complète du substrat et donc une production plus grande d'H2 sans l'aide de l'énergie lumineuse. Les concentrations optimales d’O2 pour la production de H2 microaérobie ont été examinées ainsi que l'impact des sources de carbone et d'azote sur le processus. La recherche présentée ici a démontré la capacité de Rhodobacter capsulatus JP91 hup- (un mutant déficient d’absorption-hydrogénase) de produire de l'H2 sous condition microaérobie sombre avec une limitation dans des quantités d’O2 et d'azote fixé. D'autres travaux devraient être entrepris pour augmenter les rendements d'H2 en utilisant cette technologie. De plus, un processus de photofermentation a été créé pour améliorer le rendement d’H2 à partir du glucose à l'aide de R. capsulatus JP91 hup- soit en mode non renouvelé (batch) et / ou en conditions de culture en continu. Certains défis techniques ont été surmontés en mettant en place des conditions adéquates de fonctionnement pour un rendement accru d'H2. Un rendement maximal de 3,3 mols de H2/ mol de glucose a été trouvé pour les cultures en batch tandis que pour les cultures en continu, il était de 10,3 mols H2/ mol de glucose, beaucoup plus élevé que celui rapporté antérieurement et proche de la valeur maximale théorique de 12 mols H2/ mol de glucose. Dans les cultures en batch l'efficacité maximale de conversion d’énergie lumineuse était de 0,7% alors qu'elle était de 1,34% dans les cultures en continu avec un rendement de conversion maximum de la valeur de chauffage du glucose de 91,14%. Diverses autres approches pour l'augmentation des rendements des processus de photofermentation sont proposées. Les résultats globaux indiquent qu'un processus photofermentatif efficace de production d'H2 à partir du glucose en une seule étape avec des cultures en continu dans des photobioréacteurs pourrait être développé ce qui serait un processus beaucoup plus prometteur que les processus en deux étapes ou avec les co-cultures étudiés antérieurément. En outre, l'expression hétérologue d’hydrogenase a été utilisée comme une stratégie d'ingénierie métabolique afin d'améliorer la production d'H2 par fermentation. La capacité d'exprimer une hydrogénase d'une espèce avec des gènes de maturation d'une autre espèce a été examinée. Une stratégie a démontré que la protéine HydA orpheline de R. rubrum est fonctionnelle et active lorsque co-exprimée chez Escherichia coli avec HydE, HydF et HydG provenant d'organisme différent. La co-expression des gènes [FeFe]-hydrogénase structurels et de maturation dans des micro-organismes qui n'ont pas une [FeFe]-hydrogénase indigène peut entraîner le succès dans l'assemblage et la biosynthèse d'hydrogénase active. Toutefois, d'autres facteurs peuvent être nécessaires pour obtenir des rendements considérablement augmentés en protéines ainsi que l'activité spécifique des hydrogénases recombinantes. Une autre stratégie a consisté à surexprimer une [FeFe]-hydrogénase très active dans une souche hôte de E. coli. L'expression d'une hydrogénase qui peut interagir directement avec le NADPH est souhaitable car cela, plutôt que de la ferrédoxine réduite, est naturellement produit par le métabolisme. Toutefois, la maturation de ce type d'hydrogénase chez E. coli n'a pas été rapportée auparavant. L'opéron hnd (hndA, B, C, D) de Desulfovibrio fructosovorans code pour une [FeFe]-hydrogénase NADP-dépendante, a été exprimé dans différentes souches d’E. coli avec les gènes de maturation hydE, hydF et hydG de Clostridium acetobutylicum. L'activité de l'hydrogénase a été détectée in vitro, donc une NADP-dépendante [FeFe]-hydrogénase multimérique active a été exprimée avec succès chez E. coli pour la première fois. Les recherches futures pourraient conduire à l'expression de cette enzyme chez les souches de E. coli qui produisent plus de NADPH, ouvrant la voie à une augmentation des rendements d'hydrogène via la voie des pentoses phosphates.

Code source et sources codifiées : pour une cyberjustice québécoise ouverte et accessible

Dans cet article issu d’une conférence prononcée dans le cadre du Colloque Leg@l.IT (www.legalit.ca), l’auteur offre un rapide survol des fonctionnalités offertes par les systèmes de dépôt électronique de la Cour fédérale et de la Cour canadienne de l’impôt afin de dégager les avantages et inconvénients de chacune des technologies proposées. Cet exercice s’inscrit dans une réflexion plus large sur les conséquences de la migration progressive de certaines juridictions vers le dépôt électronique. Si cette tentative de moderniser le processus judiciaire se veut bénéfique, il demeure qu’un changement technologique d’une telle importance n’est pas sans risques et sans incidences sur les us et coutumes de l’appareil judiciaire. L’auteur se questionne ainsi sur la pratique adoptée par certains tribunaux judiciaires de développer en silo des solutions d’informatisation du processus de gestion des dossiers de la Cour. L’absence de compatibilité des systèmes et le repli vers des modèles propriétaires sont causes de soucis. Qui plus est, en confiant le développement de ces systèmes à des firmes qui en conservent la propriété du code source, ils contribuent à une certaine privatisation du processus rendant la mise en réseau de l’appareil judiciaire d’autant plus difficile. Or, dans la mesure où les systèmes de différents tribunaux seront appelés à communiquer et échanger des données, l’adoption de solutions technologiques compatibles et ouvertes est de mise. Une autre problématique réside dans l’apparente incapacité du législateur de suivre l’évolution vers la  virtualisation du processus judiciaire. Le changement technologique impose, dans certains cas, un changement conceptuel difficilement compatible avec la législation applicable. Ce constat implique la nécessité d’un questionnement plus profond sur la pertinence d’adapter le droit à la technologie ou encore la technologie au droit afin d’assurer une coexistence cohérente et effective de ces deux univers.