Biogeografia macaronésia: factores de diversidade e endemicidade na avifauna

Abordam-se os factores determinantes da diversidade de aves características das ilhas dos arquipélagos dos Açores, Madeira, Canárias e Cabo Verde, que se incluem na região biogeográfica designada por Macaronésia. Ensaiam-se e avaliam-se modelos biométricos relativos à explicação da diversidade e endemicidade insulares no Atlântico Norte. Dá-se particular relevo a inovações relativas à longitude, para explicação do número de aves nidificantes, e à latitude, para explicar a constituição de endeismos insulares. Recorre-se à utilização da simulação biométrica na procura de indicadores ambientais que possam apoiar a viabilização do desenvolvimento económico apoiado em recursos naturais renováveis.

Induced Labor– Is There an Increased Risk of Perinatal Infection?

Objectives: To assess induced labor-associated perinatal infection risk at Hospital D.Estefânia from January to June of 2010 at Hospital de D. Estefânia’s delivery rooms, reviewing the indications for inducing labor as well as the techniques used. Material and Methods: Performing an historical prospective study searching the clinical processes as well as the mother and newborn’s computer database from January to June of 2010. An exposed and an unexposed group were created; the first group comprises pregnant women and their newborns whose labor was induced. The unexposed group is constituted by newborns and pregnant women whose labor was spontaneous. Labor induction was performed using intra-vaginal prostaglandins in women who didn’t start it spontaneously; perinatal infection was defined either clinically or using blood tests. The gestational age was ≥ 37 weeks for both groups. 19 variables were studied for both groups. Results: A total of 190 mother-newborn pairs were included: 55 in the exposed group and 135 in the unexposed group. 3 cases of perinatal infection were reported, two in the exposed group and one in the unexposed group. Preliminary data resulted in a perinatal infection rate of 3.6% in the exposed group and 0.7% in the unexposed group; preliminary data suggest that the risk of perinatal infection may be increased in up to 5-fold when labor is inducted. Conclusions: A larger series of patients and a multivariable analysis using logistic regression are both necessary in order to perform a more thorough assessment of labor induction’s role in perinatal infection risk. One must also try to distinguish labor inducing- and clinical practicesrelated factors.

Transmissão do vírus citomegálico através do aleitamento materno em prematuros

RESUMO: Nas últimas quatro décadas, desenvolveram-se vários estudos, dispersos por todo o mundo, visando analisar a importância da transmissão perinatal do CMV pelo leite materno, nos recém-nascidos prematuros e de baixo peso à nascença. Comparando estes estudos, as taxas de incidência de infecção e doença são extremamente variáveis, não havendo consenso entre os autores. Surgiu, assim, a necessidade de realizar a presente dissertação, pioneira ao nível nacional, com o objectivo de determinar a incidência da infecção perinatal citomegálica, transmitida através do aleitamento materno a recémnascidos prematuros, e identificar as suas consequências clínicas. Para a elaboração deste trabalho foram seleccionados todos os recém-nascidos com idade gestacional inferior a 35 semanas e respectivas mães seropositivas para CMV, internados na Unidade de Cuidados Intensivos de Neonatalogia do Hospital de São Francisco Xavier, entre o período de 1 de Outubro de 2010 e 31 Julho de 2011. Foram analisadas as urinas dos recém-nascidos e o leite materno das mães na primeira, sexta e décima segunda semana pós-parto, utilizando a técnica de Nested-PCR e, posteriormente, a PCR em Tempo Real, para determinar a carga viral do leite materno. Constatou-se que a aquisição da infecção perinatal de CMV no recém-nascido prematuro ocorre com alguma frequência (40,5%), sendo muito provável que a via de transmissão em 38,1% destes casos seja o leite materno infectado, não devendo esta ser desvalorizada. Relativamente às consequências clínicas, não foram observadas alterações clínico-laboratoriais associadas à infecção citomegálica. Analisando os factores que condicionam a transmissão da infecção citomegálica perinatal, estabeleceu-se uma correlação entre a carga viral do leite materno e a transmissão do vírus, permitindo deduzir que quanto maior a carga viral, maior o risco de transmissão. Finalmente, os resultados obtidos sugerem que o risco de transmissão da infecção e suas consequências clínicas não justificam a contra-indicação da amamentação, pois esta comporta, também, elevados benefícios. ----------------ABSTRACT: In the last four decades, several studies were developed all over the world to analyze the importance of CMV perinatal transmission through mother´s milk in the preterm and low birthweight newborns. Comparing these studies, the infection and disease incidence rates are extremely variable, without agreement between the authors. The aim of this study, the first of the kind made in Portugal, is to define the rate of perinatal cytomegalovirus infection in preterm newborns via breastfeeding and its clinical consequences. All the newborns with gestational age below 35 weeks and their CMV seropositive mothers, admitted between the October 1, 2010 and July 31, 2011 in the Neonatology Intensive Care Unit of the São Francisco Xavier Hospital, were included in this study. Human breast milk and urine specimens were collected from mothers and their preterms infants around the 1st, 6th and 12th week after delivery and analyzed by Nested-PCR. The PCR in Real Time was used to determine the breast milk viral load. It was found that the CMV perinatal infection in preterm infants occurs in 40,5% of the cases and most likely 38,1% of these were infected via breastmilk and therefore this should not be overlooked. Considering the clinical consequences, no clinical and laboratory changes associated with cytomegalovirus infection were observed. Analyzing the factors that determine the perinatal transmission of the cytomegalovirus, it was established a correlation between breast milk viral load and viral transmission, allowing to conclude that the higher the viral load the greater the risk of transmission. Finally, the obtained results suggest that the risk of CMV infection and its clinical consequences don´t justify the breastfeeding contraindication because it also provides high benefits.

Efeito dos factores do hospedeiro e parasitários na susceptibilidade à Malária e gravidade da Doença

A malária é considerada como a doença parasitária mais séria em humanos, infectando cerca de 5 a 10% da população mundial, estimando-se entre 300 a 600 milhões de casos e mais de dois milhões de mortes, anualmente. Apesar da severidade da doença, a compreensão da variabilidade da resposta do hospedeiro à infecção (traduzida desde a infecção silenciosa até formas crónicas da doença, passando por quadros clínicos potencialmente fatais), continua a ser um dos grandes desafios da investigação médica. Vários factores genéticos parasitários ou do hospedeiro, estado imune e níveis de exposição, contribuem para esta variabilidade, mas a sua importância relativa para a carga total da doença tem sido pouco estudada. Entre outros, é possível salientar como fontes importantes de variabilidade na susceptibilidade à malária e gravidade da doença, factores intrínsecos ao hospedeiro tais como polimorfismos genéticos relacionados com as células sanguíneas e factores parasitários como a composição da(s) população(ões) parasitária(s) presentes na infecção. Factores do hospedeiro humano relacionados com as células sanguíneas (drepanocitose e deficiência na glucose-6-fosfato desidrogenase - G6PD) têm sido tradicionalmente estudados e relacionados com a gravidade da malária causada por Plasmodium falciparum. Relativamente às populações parasitárias, das cinco espécies que infectam humanos, P. falciparum continua a ser responsável pela malária grave, apesar de muito recentemente alguma gravidade ser atribuída a Plasmodium vivax. Sabe-se que nas mesmas áreas outras espécies coexistem em muito maior prevalência, contrariando o que se pensava há algum tempo. Apesar de poucos estudos terem focado o tema das infecções mistas, existem alguns relatos de que eventuais interacções entre as diferentes espécies presentes simultaneamente no mesmo hospedeiro poderem afectar a susceptibilidade à doença. Com o objectivo geral de avaliar o efeito e a contribuição destes factores na susceptibilidade e gravidade da malária, analisando e comparando três grupos (estudo de caso-controlo) doentes com malária grave (MG), doentes com malária não-complicada (Mnc) e indivíduos infectados assintomáticos (IA), realizámos em Angola de 2007 a 2010, um estudo em sete das 18 províncias com distintos níveis de endemicidade. Foram obtidas 1.416 amostras de sangue periférico de 1.198 indivíduos assintomáticos e 218 doentes. O DNA obtido a partir destes isolados foi utilizado para detecção da presença de variantes genéticos relacionados com os eritrócitos (drepanocitose – análise do gene HBB, deficiência G6PD – análise do gene G6PD, antigénio Duffy-análise do gene DARC) e identificação das espécies de Plasmodium presentes, através de nested-PCR mediante a amplificação dos genes que codificam a subunidade menor do RNA ribossomal. Os resultados demonstraram prevalências superiores às anteriormente descritas em relação às seguintes espécies parasitárias: P. falciparum 98,2% vs 92,0% e Plasmodium malariae 10,7% vs 1,0% e inferior em relação a P. vivax 2,5% vs 7,0%. Foi reconfirmada a presença de Plasmodium ovale (descrita anteriormente), mas não publicada em documentos oficiais e relatada pela primeira vez em Angola a presença de infecções mistas (duplas e triplas) (15,7%) e de infecção por P. vivax em indivíduos Duffy-negativos (dados publicados). Relativamente aos polimorfismos relacionados com os genes HBB e G6PD e provável associação com a protecção à malária, os nossos resultados confirmam a associação do traço falciforme (heterozigotia HbS), com a protecção à doença (OR = 0,30; IC 95% 0,18-0,49; p<0,001). Contudo, não foi encontrada, quer nos indivíduos hemizigóticos, quer nos heterozigóticos para o alelo G6PD (A-) nenhuma evidência para a protecção a malária (MG e Mnc) (OR = 1,69; IC 95% 0,91-3,13; p=0,096). Os resultados desta investigação requerem um estudo mais aprofundado, com uma dimensão amostral maior, necessário à confirmação da nossa observação.

Consumo e prevenção de resíduos de embalagens: atitudes e factores determinantes nos alunos da FCSH-UNL

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ecologia Humana e Problemas Sociais Contemporâneos

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Protective and risk factors for toxocariasis in children from two different social classes of Brazil

The aim of this study was to analyze the prevalence of Toxocara spp. antibodies in children from two different socioeconomic classes in the Presidente Prudente municipality, São Paulo State, Brazil, and the protective and risk factors associated with toxocariasis. One hundred and twenty-six middle-class (MC) and 126 disadvantaged children (DC) were included in this study. Anti-Toxocara ELISA test was performed in order to evaluate seroprevalence. A survey was applied to the children's guardians/parents in order to analyze the protective and risk factors. The overall prevalence was 11.1%, and of 9.5% (12/126) and 12.7% (16/126) for MC and DC subgroups, respectively. Toxocara seropositivity was inversely proportional to the family income. A high household income was considered a protective factor for toxocariasis in the total population and in both MC and DC subgroups. Being a girl was considered a protective factor for the total population and for both subgroups. Whilst being an owner of cat was a risk factor for children belonging to the total and for both MC and DC subgroups, having dog was considered as a risk factor for only the MC. Epidemiologic protective/factor risks can be distinct depending on the strata of the same population. Thus, it is relevant to evaluate these factors independently for different socioeconomic classes in order to design future investigations and programs for preventing the infection of human beings by Toxocara spp. and other geohelminths.

Prospective Risk of Intrauterine Death of Monochorionic-Diamniotic Twins

OBJECTIVE: The purpose of this study was to calculate the prospective risk of fetal death in monochorionic-diamniotic twins. STUDY DESIGN: We evaluated 193 monochorionic diamniotic twin pregnancies that were followed and delivered after 24 weeks. Surveillance included cardiotocography and sonography performed at least once weekly. The prospective risk of fetal death was calculated as the total number of deaths at the beginning of the gestational period divided by the number of continuing pregnancies at or beyond that period. RESULTS: The fetal death rate was 5 of 193 pregnancies (2.6%; 95% CI, 1.1, 5.9); the prospective risk of stillbirth per pregnancy after 32 weeks of gestation was 1.2% (95% CI, 0.3% - 4.2%). CONCLUSION: Under intensive surveillance, the prospective risk of fetal death in monochorionic-diamniotic pregnancies after 32 weeks of gestation is much lower than reported and does not support a policy of elective preterm delivery.

Risk-based decision support system for life cycle management of industrials plants

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Factores Preditivos de Cicatriz Renal após Pielonefrite em Crianças com Menos de Dois Anos de Idade

Objectivos. Identificar factores laboratoriais e imagiológicos associados ao desenvolvimento de cicatriz renal sequelar após pielonefrite em doentes com menos de dois anos de idade e avaliar o papel da ecografia no estudo não invasivo de pielonefrite. Local. Hospital pediátrico universitário de nível III. População. Crianças com idade inferior a dois anos hospitalizadas com o diagnóstico de primeira pielonefrite. Métodos. Avaliação prospectiva do risco de cicatriz renal, através de parâmetros laboratoriais e imagiológicos. Estudo de efectividade da ecografia renal e vesical para identificar pielonefrite aguda e refluxo vesico-ureteral (RVU). Admite-se como método padrão para detecção de pielonefrite aguda e cicatriz renal a cintigrafia renal com DMSA e para detecção de RVU, a cisto-uretografia permiccional (CUM). Resultados. Estudaram-se 134 crianças, com mediana de idades de 3 meses (p25-p75: 1-9 meses) sendo 60% do sexo masculino. Acintigrafia em ambulatório evidenciou a presença de cicatriz renal em 42% das crianças. Valores de proteína C reactiva superiores a 5 mg/dl estiveram associados a alterações da cintigrafia em ambulatório [RR 2,7 (IC95% 1,1-7), VP+ 64,3%, VP– 76,5%]. A presença de RVU grau ≥ II esteve associada a cicatriz renal na cintigrafia em ambulatório [RR 2,6 (IC95% 1,7-4,2), VP+ 100%, VP–51,7%]. Vinte por cento das crianças tinha RVU verificado pela CUM, tendo a ecografia excluído de forma significativa a sua presença, em relação à CUM [LR+ 9,9 (1,4-69,3), VP– 94,4%]. Conclusões. No grupo estudado, o valor de proteína C reactiva e a presença de RVU grau ≥ II foram os principais factores preditivos de cicatriz renal. O papel da ecografia parece ser relevante no estudo de pielonefrite, sobretudo para excluir RVU.

Recurrence After Operative Management of Intrahepatic Cholangiocarcinoma

INTRODUCTION: Data on recurrence after operation for intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) are limited. We sought to investigate rates and patterns of recurrence in patients after operative intervention for ICC. METHODS: We identified 301 patients who underwent operation for ICC between 1990 and 2011 from an international, multi-institutional database. Clinicopathologic data, recurrence patterns, and recurrence-free survival (RFS) were analyzed. RESULTS: During the median follow up duration of 31 months (range 1-208), 53.5% developed a recurrence. Median RFS was 20.2 months and 5-year actuarial disease-free survival, 32.1%. The most common site for initial recurrence after operation of ICC was intrahepatic (n = 98; 60.9%), followed by simultaneous intra- and extrahepatic disease (n = 30; 18.6%); 33 (21.0%) patients developed extrahepatic recurrence only as the first site of recurrence. Macrovascular invasion (hazard ratio [HR], 2.08; 95% confidence interval [CI], 1.34-3.21; P < .001), nodal metastasis (HR, 1.55; 95% CI, 1.01-2.45; P = .04), unknown nodal status (HR, 1.57; 95% CI, 1.10-2.25; P = .04), and tumor size ≥5 cm (HR, 1.84; 95% CI, 1.28-2.65; P < .001) were independently associated with increased risk of recurrence. Patients were assigned a clinical score from 0 to 3 according to the presence of these risk factors. The 5-year RFS for patients with scores of 0, 1, 2, and 3 was 61.8%, 36.2%, 19.5%, and 9.6%, respectively. CONCLUSION: Recurrence after operative intervention for ICC was common. Disease recurred both at intra- and extrahepatic sites with roughly the same frequency. Factors such as lymph node metastasis, tumor size, and vascular invasion predict highest risk of recurrence.

Frequency of human bocavirus respiratory infections among at-risk patients in São Paulo, Brazil

BACKGROUND AND OBJECTIVES: Human Bocavirus (HBoV) has been described since 2005 as an etiological agent of respiratory virus infections. From 2001 to 2008 we investigated the etiology of HBoV among adults and children in different groups at risk of presenting complications arising from acute respiratory infection, the investigation was carried out in a tertiary hospital health care system in Brazil. METHODS: HBoV DNA was assayed in 598 respiratory samples from community and hospitalized patients by PCR. RESULTS: Of the 598 tested samples, 2.44% (8/328) of children, including five children with heart disease, and 0.4% (1/270) of adult bone-marrow-transplant were HBoV positive. CONCLUSIONS: These data suggested lower HBoV frequency among different at-risk patients and highlights the need to better understand the real role of HBoV among acute respiratory symptomatic patients.

Prevalence and risk factors for intestinal protozoa infection in elderly residents at Long Term Residency Institutions in Southeastern Brazil

This study determined the prevalence of intestinal protozoa in Long Term Residency Institutions for the Elderly (ILPI) in elders, nurses and food handlers, identifying the risk factors associated with the infections. Stool samples taken from the elderly (n = 293), nurses (63) and food handlers (19) were studied. Questionnaires were used with questions related to sociodemographic variables, health, behavior and health characteristics. Stool samples were examined using the techniques of Faust and Ziehl Neelsen, and the prevalence of G. duodenalis, Cryptosporidium spp., E. histolytica/dispar in the elderly was 4.0%, 1.0% and 0.3% respectively. Nurses and food handlers showed 4.8% and 5.2% positivity only for G. duodenalis, respectively. The origin of the individuals and contact with domestic animals has been associated with infection by G. duodenalis in the elderly, and contact with domestic animals was considered a risk factor for infection. The last stool examinations were related to Cryptosporidium spp.. None of the variables were associated with E. histolytica/dispar. The frequency of hand washing was significantly associated with G. duodenalis among nurses. The frequency of positive samples of G. duodenalis, Cryptosporidium spp., E. histolytica/dispar showed that ILPIs environments are conducive to this occurring due to contact between the elderly, nurses and food handlers, which are often poorly trained in hygiene procedures and food handling.

Integration of sediment contamination with multi–biomarker responses in a novel bioindicator candidate (Sepia officinalis) for risk assessment in impacted estuaries

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente