Evaluación poblacional de concha de abanico Argopecten purpuratus, Bahía Independencia – Pisco (10-21 Octubre 2012)

Entre el 10 y 21 de octubre 2012, se evaluó concha de abanico Argopecten purpuratus en los bancos naturales de Bahía Independencia. Temperatura superficial del mar presentó isotermas de 15, 16 y 17 °C desde Morro Quemado hasta Canastones. Densidad poblacional de adultos no superó 6 ind/m2. Biomasa estimada 422,514 t, la población 10,99 millones de individuos; el 19,2% de la población y 51,2% de la biomasa fueron ejemplares de talla comercial (≥ 65 mm). Se midieron 203 ejemplares, entre 3 y 101 mm de altura valvar, moda 49 mm y talla media 44,9 mm. Sexualmente se presentaron estadíos madurante (33,5%), inmaduro (31,5 %), desovante (28,6%) y desovado (5,9 %).

Anuario Científico y Tecnológico IMARPE 2012

Reúne información sobre los Programas de investigación y actividades/proyectos realizados por las Direcciones de Investigación de la Sede Central y las diez Sedes Descentralizadas del IMARPE. Se destacan los resultados logrados en base a la Matriz de Actividades y Proyectos de Investigaciones Científicas y Tecnológicas durante el año 2012.

Dr. Rómulo Guillermo Jordan Sotelo 1929- 2007: biólogo marino cultor de principios ecológico-pesquero

Biografía y relación de artículos científicos.

Biología y pesquería de Paralonchurus peruanus "suco" desembarcado en la Región La Libertad de mayo 2011 - abril 2012

Se determinaron las características biológicas y se analizó la pesquería de Paralonchurus peruanus. La muestra estuvo constituida por 1 803 individuos, procedentes de la pesca artesanal en la Región La Libertad, durante mayo 2011 a abril 2012, mediante muestreos al azar de los desembarques artesanales de Puerto Salaverry, Caleta huanchaco, Puerto Malabrigo, Puerto Pacasmayo y Caleta Puerto Morín .La base de datos se estratificó por tallas, siendo la amplitud de 1cm, se consideraron 10 ejemplares máximo por cada estrato de talla. Para determinar el alimento y los hábitos alimentarios, se realizó el análisis cualitativo y cuantitativo para el que se utilizaron los métodos numérico, gravimétrico y frecuencia de ocurrencia, la época de desove se determinó mediante la interpretación de los estadios de madurez sexual en base a ocho estadios (Johansen, 1924), se determinó el grado de bienestar mediante el factor de condición de Fulton; las constantes de crecimiento fueron calculadas mediante el uso del software FISAT II. La estructura de tallas estuvo conformada por individuos de 18 a 51 cm con un 88.5% de juveniles. La especie en estudio fue carnívora y el ítem alimentario de mayor preferencia fueron los poliquetos, presentó una actividad reproductiva continua, con un pico de desove a finales de verano y continuando en otoño. La relación longitud - peso se ajusta al modelo potencial, con un crecimiento alométrico negativo, el mejor grado de bienestar se presentó en la estación de otoño para ambos sexos. Se reportó un volumen de desembarque de 191 156 kg. La embarcación tipo bote y las redes cortina fueron las más utilizadas para la pesca de P. peruanus. La CPUE estandarizada mostró una relación inversa con el esfuerzo de pesca estandarizado en el periodo de estudio.

Edad y crecimiento de Mugil cephalus “lisa” de la Región La Libertad, 2012

La investigación se realizó con el objetivo de determinar la edad y crecimiento de Mugil cephalus “lisa”. Los especímenes fueron colectados en los Puertos de la región La Libertad (Pacasmayo, Malabrigo, Huanchaco, Salaverry, Pto. Morín) durante el 2012. La edad fue determinada mediante la lectura e interpretación de los anillos de crecimiento de los otolitos sagita. La muestra estuvo constituida por 358 otolitos (169 correspondieron a machos y 189 a hembras). Se estimaron los parámetros de crecimiento de von Bertalanffy mediante el programa Table Curve 2D V5.01, siendo el crecimiento en longitud: Lt = 48,08 (1-e(-0,3233*(t-0,2284))) y el crecimiento en peso: Wt = 1159,37 (1-e(-0,3233(t-0,2284)))2,722, no encontrándose diferencias significativas entre sexos. Asimismo se elaboró la clave talla-edad. Del análisis se encontraron 5 grupos de edad (2-6), de los cuales predominaron los grupos de 2 y 3 años. El análisis de borde e incremento marginal permitieron comprobar que la periodicidad de formación de los anillos de crecimiento es anual con un pico máximo en julio.

Compositional and structural variabilities of Mg-rich iron oxide spinels from tuffite

Maghemite (γFe2O3) from tuffite is exceptionally rich in Mg, relatively to most of those reportedly found in other mafic lithosystems. To investigate in detail the compositional and structural variabilities of this natural magnetic iron oxide, sets of crystals were isolated from samples collected at different positions in a tuffite weathering mantle. These sets of crystal were individually powdered and studied by X-ray diffractometry, Mössbauer spectroscopy, magnetization measurements and chemical analysis. Lattice parameter of the cubic cell (a0) was found to vary from 0.834(1) to 0.8412(1) nm. Lower a0-values are characteristic of maghemite whereas higher ones are related to a magnetite precursor. FeO content ranges up to 17 mass % and spontaneous magnetization ranges from 8 to 32 J T-1 kg-1. Zero-field room temperature Mössbauer spectra are rather complex, indicating that the hyperfine field distributions due to Fe3+ and mixed valence Fe3+/2+ overlap. The structural variabilities of the (Mg, Ti)-rich iron oxide spinels is essentially related to the range of chemical composition of its precursor (Mg, Ti)-rich magnetite, and probably to the extent to which it has been oxidized during transformation in soil.

Analyses of six homologous proteins of Protochlamydia amoebophila UWE25 encoded by large GC-rich genes (lgr): a model of evolution and concatenation of leucine-rich repeats.

BACKGROUND: Along the chromosome of the obligate intracellular bacteria Protochlamydia amoebophila UWE25, we recently described a genomic island Pam100G. It contains a tra unit likely involved in conjugative DNA transfer and lgrE, a 5.6-kb gene similar to five others of P. amoebophila: lgrA to lgrD, lgrF. We describe here the structure, regulation and evolution of these proteins termed LGRs since encoded by "Large G+C-Rich" genes. RESULTS: No homologs to the whole protein sequence of LGRs were found in other organisms. Phylogenetic analyses suggest that serial duplications producing the six LGRs occurred relatively recently and nucleotide usage analyses show that lgrB, lgrE and lgrF were relocated on the chromosome. The C-terminal part of LGRs is homologous to Leucine-Rich Repeats domains (LRRs). Defined by a cumulative alignment score, the 5 to 18 concatenated octacosapeptidic (28-meric) LRRs of LGRs present all a predicted alpha-helix conformation. Their closest homologs are the 28-residue RI-like LRRs of mammalian NODs and the 24-meres of some Ralstonia and Legionella proteins. Interestingly, lgrE, which is present on Pam100G like the tra operon, exhibits Pfam domains related to DNA metabolism. CONCLUSION: Comparison of the LRRs, enable us to propose a parsimonious evolutionary scenario of these domains driven by adjacent concatenations of LRRs. Our model established on bacterial LRRs can be challenged in eucaryotic proteins carrying less conserved LRRs, such as NOD proteins and Toll-like receptors.

Evaluación poblacional de concha de abanico Argopecten purpuratus en Bahía Independencia-Pisco, 2012

Entre el 10 y 21 de octubre 2012, se evaluó la población de concha de abanico en los bancos naturales de la bahía Independencia. Entre Morro Quemado y Canastones se registraron las isotermas 15, 16 y 17 °C. A pesar de la presencia de “El Niño” “débil”, los resultados mostraron baja densidad poblacional de la especie que no superaron los 6 ind/ m2. La biomasa total estimada fue 422,514 t (±23,15%) y la población 10,99 millones de individuos (±23,09%), de los cuales el 19,2% de la población y 51,17% de la biomasa correspondieron a ejemplares de tamaño comercial (≥65 mm). Se midieron 203 ejemplares de concha de abanico, con tallas entre 3 y 101 mm de altura valvar, con moda en 49 mm y talla media 44,88 mm. Sexualmente predominaron los estadios madurante (33,5%), inmaduro (31,5%), desovante (28,6%) y desovado (5,9%).

Calidad del ambiente marino y costero en la Región Áncash, 2012

Entre abril y octubre 2012, se evaluó la línea costera y las bahías Coishco, El Ferrol, Samanco, Tortuga, Casma, Huarmey y Caleta Culebras y los ríos Santa, Lacramarca, Casma, Culebras, Huarmey y Samanco. Se localizaron valores termohalinos propios de Aguas Costeras Frías (ACF) con influencias de vertidos antropogénicos y variaciones locales del proceso de evaporación. En abril el oxígeno disuelto presentó valores >5,00 mg/L en toda el área a excepción de la bahía Coishco (3,72 mg/L); en octubre la concentración más alta estuvo en Samanco (7,51 mg/L) y la más baja en Huarmey (2,53 mg/L), el pH estuvo en relación directa con el oxígeno. En abril y octubre los agentes contaminantes de sólidos suspendidos totales presentaron valores >30,00 mg/L en las bahías Coishco, El Ferrol y Tortuga, superando lo permitido por los Estándares Nacionales de Calidad Ambiental para Agua, categoría 4. En abril y octubre la calidad de agua en la cuenca baja de los ríos Santa, Lacramarca, Casma, Culebras y Huarmey respecto a la concentración de la demanda bioquímica de oxígeno estuvo dentro de los Estándares Nacionales de Calidad Ambiental para Agua, categoría 4.

Variabilidad espacial de la pesquería de Dosidicus gigas (d’Orbigny, 1835) calamar gigante del 2004 al 2012

Se efectuó un análisis de la distribución espacial de operaciones de pesca de la flota calamarera industrial dentro y fuera de la zona económica exclusiva peruana (ZEE) con relación a la temperatura superficial de mar (TSM) y concentración de clorofila-a (Cl-a) para el periodo 2004-2012. La data de operaciones de pesca se dividió en tres periodos en función a distancia a la costa considerando regulaciones de pesca, de enero 2004 a octubre 2010, de noviembre 2010 a diciembre 2011 y 2012. Durante el primer periodo, se identificaron dos patrones mensuales de distribución espacial, de enero a julio fue a lo largo del litoral desde Paita (5°S) hasta San Juan de Marcona (15°22’S) y de agosto a diciembre entre Chimbote y Paita. En el segundo periodo, las operaciones de pesca formaron pequeñas concentraciones y puntos de pesca dispersas debido a la restricción de pesca dentro de las 80 millas náuticas desde noviembre del 2010. Durante el 2012 la flota se localizó fuera de la ZEE. Las mayores concentraciones de la flota se ubicaron entre 30 a 90 millas náuticas de la costa. Mayores concentraciones de pesca se localizaron en Paita-Chimbote (5°-9°S) y Callao- San Juan de Marcona (12°03’-15°22’S). Las faenas de pesca se realizaron en un rango amplio de TSM entre 14,1 y 26,8 °C, con mayor incidencia en temperaturas entre 18,4 a 22 °C, con tendencia a localizarse en áreas de mayor temperatura durante los últimos años. Respecto a la clorofila-a, la flota faenó entre concentraciones de clorofila-a de 0 a 9,5 mg/m3 dentro de la ZEE, y entre 0,2 y 0,5 mg/m3 fuera de la ZEE. Se observó un patrón de distribución de flota, asociado a las anomalías de temperatura superficial de mar del área El Niño 1+2, a la distribución latitudinal y una variabilidad cíclica mensual de la TSM.

L'année 2012 de la perspective de l'interniste hospitalier [What is new in 2012 for the specialist in hospital internal medicine?].

The knowledge in internal medicine is constantly and so rapidly evolving that practices have to be updated and adjusted to recent scientific rules, in order to improve quality and efficiency in the day to day activities. Residents in the Service of internal medicine of the Lausanne University present several relevant papers published in 2012, whose results are susceptible to change the daily hospital practices. From modest impacts to real revolution, a variety of subjects are discussed in the perspective of evidence based medicine.

"And the rich man also died; and he was buried in hell" : the social ethos in mendicant sermons

Doctoral dissertation, University of Tampere

Molecular evolution of the Drosophila olfactory system

The olfactory system is an attractive model to study the genetic mechanisms underlying evolution of the nervous system. This sensory system mediates the detection and behavioural responses to an enormous diversity of volatile chemicals in the environment and displays rapid evolution, as species acquire, modify and discard olfactory receptors and circuits to adapt to new olfactory stimuli. Drosophilids provide an attractive model to study these processes. The availability of 12 sequenced genomes of Drosophila species occupying diverse ecological niches provides a rich resource for genomic analyses. Moreover, one of these species, Drosophila melanogaster, is amenable to a powerful combination of genetic and electrophysiological analyses. D. melanogaster has two distinct families of olfactory receptors to detect odours, the well-characterised Odorant Receptors (ORs) and the recently identified lonotropic Receptors (IRs). In my thesis, I have provided new insights into the genetic mechanisms underlying olfactory system evolution through three distinct, but interrelated projects. First, I performed a comparative genomic analysis of the IR repertoire in 12 sequenced Drosophila species, which has revealed that the olfactory IRs are highly conserved across species. By contrast, a large fraction of IRs that are not expressed in the olfactory system - and which may be gustatory receptors - are much more variable in sequence and gene copy number. Second, to identify ligands for IR expressing olfactory sensory neurons, I have performed an electrophysiological screen in D. melanogaster using a panel of over 160 odours. I found that the IRs respond to a number of amines, aldehydes and acids, contrasting with the chemical specificity of the OR repertoire, which is mainly tuned to esters, alcohols and ketones. Finally, the identification of ligands for IRs in this species allowed me to investigate in detail the molecular and functional evolution of a tandem array of IRs, IR75a/IR75b/IR75c, in D. sechellia. This species is endemic to the Seychelles archipelago and highly specialised to breed on the fruits of Morinda citrifolia, which is repulsive and toxic for other Drosophila species. These studies led me to discover that receptor loss, changes in receptor specificity and changes in receptor expression have likely played an important role during the evolution of these IRs in D. sechellia. These changes may explain, in part, the unique chemical ecology of this species. - Le système olfactif est un excellent modèle pour étudier les mécanismes génétiques impliqués dans l'étude de l'évolution du système nerveux. Ce système sensoriel permet la détection de nombreux composés volatils présents dans l'environnement et est à la base des réponses comportementales. Il est propre à chaque espèce et évolue rapidement en modifiant ou en éliminant des récepteurs et leurs circuits olfactifs correspondants pour s'adapter à de nouvelles odeurs. Pour étudier le système olfactif et son évolution, nous avons décidé d'utiliser la drosophile comme modèle. Le séquençage complet de 12 souches de drosophiles habitant différentes niches écologiques permet une analyse génomique conséquente. De plus, l'une de ces espèces Drosophila melanogaster permet la combinaison d'analyses génétiques et électrophysiologiques. En effet, D. melanogaster possède 2 familles distinctes de récepteurs olfactifs qui permettent la détection d'odeurs: les récepteurs olfactifs (ORs) étant les mieux caractérisés et les récepteurs ionotropiques (IRs), plus récemment identifiés. Au cours de ma thèse, j'ai apporté des nouvelles connaissances qui m'ont permis de mieux comprendre les mécanismes génétiques à la base de l'évolution du système olfactif au travers de trois projets différents, mais interdépendants. Premièrement, j'ai réalisé une analyse génomique comparative de l'ensemble des IRs dans les 12 souches de drosophiles séquencées jusqu'à présent. Ceci a montré que les récepteurs olfactifs IRs sont hautement conservés parmi l'ensemble de ces espèces. Au contraire, une grande partie des IRs qui ne sont pas exprimés dans le système olfactif, et qui semblent être des récepteurs gustatifs, sont beaucoup plus variables dans leur séquence et dans le nombre de copie de gènes. Deuxièmement, pour identifier les ligands des récepteurs IRs exprimés par les neurones sensoriels olfactifs, j'ai réalisé une étude électrophysiologique chez D. melanogaster e η testant l'effet de plus de 160 composés chimiques sur les IRs. J'ai trouvé que les IRs répondent à un nombre d'amines, d'aldéhydes et d'acides, contrairement aux récepteurs olfactifs ORs qui eux répondent principalement aux esthers, alcools et cétones. Finalement, l'identification de ligands pour les IRs dans ces espèces m'a permis d'étudier en détail l'évolution fonctionnelle et moléculaire des IR75a/IR75b/IR75c dans D. sechellia. Cette espèce est endémique de l'archipel des Seychelles et se nourrit spécifiquement du fruit Morinda citrifolia qui est répulsif et toxique pour d'autres souches de drosophiles. Ces études m'ont poussé à découvrir que, la perte de IR75a, le changement dans la spécificité de IR75b ainsi que le changement dans l'expression de IR75c ont probablement joué un rôle important dans l'évolution des IRs chez D. sechellia. Ces changements peuvent expliquer, en partie, l'écologie chimique propre à cette espèce. Résumé français large public Le système olfactif permet aux animaux de détecter des milliers de molécules odorantes, les aidant ainsi à trouver de la nourriture, à distinguer si elle est fraîche ou avariée, à trouver des partenaires sexuels, ainsi qu'à éviter les prédateurs. Selon l'environnement et le mode de vie des espèces, le système olfactif doit détecter des odeurs très diverses ; en effet, un moustique qui recherche du sang humain pour se nourrir doit détecter des odeurs bien différentes d'une abeille qui recherche des fleurs. Dans ma thèse, j'ai essayé de comprendre comment les systèmes olfactifs d'une espèce évoluent pour s'adapter aux exigences induites par son environnement. Un très bon modèle pour étudier cela est la drosophile dont les différentes espèces se nichent dans des habitats très divers. Pour ce faire, j'ai étudié les récepteurs olfactifs de différentes espèces de la drosophile. Ces récepteurs sont des protéines qui se lient à des odeurs spécifiques. Lorsqu'ils se lient, ils activent un neurone qui envoie un signal électrique au cerveau. Ce signal est ensuite traité par ce dernier qui indique à la mouche si l'odeur est attractive ou répulsive. J'ai identifié les récepteurs olfactifs de plusieurs espèces de drosophile et étudié s'il y avait des différences entre elles. La plupart des récepteurs sont similaires entre les espèces, cependant dans l'une d'entre elles, certains récepteurs sont différents. Ce fait est particulièrement intéressant car cette espèce de drosophile se nourrit de fruits que les autres espèces n'apprécient pas. Comme nous ne savons pas quels récepteurs se lient à quelles odeurs, j'ai testé un grand nombre de composants odorants. Ceci m'a permis de constater que, effectivement, certains changements produits dans ces récepteurs expliquent pourquoi cette espèce aime particulièrement ces fruits. En outre, mes résultats contribuent à mieux comprendre les changements génétiques qui sont impliqués dans l'évolution du système olfactif.