Extensive characterization of Campylobacter jejuni chicken isolates to uncover genes involved in the ability to compete for gut colonization

Background: Campylobacter jejuni is responsible for human foodborne enteritis. This bacterium is a remarkable colonizer of the chicken gut, with some strains outcompeting others for colonization. To better understand this phenomenon, the objective of this study was to extensively characterize the phenotypic performance of C. jejuni chicken strains and associate their gut colonizing ability with specific genes. Results: C. jejuni isolates (n = 45) previously analyzed for the presence of chicken colonization associated genes were further characterized for phenotypic properties influencing colonization: autoagglutination and chemotaxis as well as adhesion to and invasion of primary chicken caecal cells. This allowed strains to be ranked according to their in vitro performance. After their in vitro capacity to outcompete was demonstrated in vivo, strains were then typed by comparative genomic fingerprinting (CGF). In vitro phenotypical properties displayed a linear variability among the tested strains. Strains possessing higher scores for phenotypical properties were able to outcompete others during chicken colonization trials. When the gene content of strains was compared, some were associated with different phenotypical scores and thus with different outcompeting capacities. Use of CGF profiles showed an extensive genetic variability among the studied strains and suggested that the outcompeting capacity is not predictable by CGF profile. Conclusion: This study revealed a wide array of phenotypes present in C. jejuni strains, even though they were all recovered from chicken caecum. Each strain was classified according to its in vitro competitive potential and its capacity to compete for chicken gut colonization was associated with specific genes. This study also exposed the disparity existing between genetic typing and phenotypical behavior of C. jejuni strains.

Studies on Ribotyping, Integron Genes and Pathogenicity of Marine Vibrios

A rare horizontal gene transfer event could be traced. The movement of the SXT element among the Vibrionaceae could be followed. This element was first reported from Vibrio cholerae and in this study the same could be confirmed in Vibrio alginolyticus. Events such as these, which take place with respect to other virulence/virulence associated genes, may lead to the emergence of pathogenic strains from hitherto non-pathogens or may even give rise to new pathogens. The results generated in the course of this study paves way for further characterization and detailed study, especially with respect to those strains which showed gastric fluid accumulation in the in vivo suckling mouse assay. Antibiotic resistance pattern shown by a sample population of Vibrios can be used for deciding treatment options. There is enough scope for further research on these topics towards generating basic knowledge, which can be of immense significance in human and aquaculture health.

Molecular genetic profiling of functional genes of pearl oyster, Pinctada fucata

There are a number of genes involved in the regulation of functional process in marine bivalves. In the case of pearl oyster, some of these genes have major role in the immune/defence function and biomineralization process involved in the pearl formation in them. As secondary filter feeders, pearl oysters are exposed to various kinds of stressors like bacteria, viruses, pesticides, industrial wastes, toxic metals and petroleum derivatives, making susceptible to diseases. Environmental changes and ambient stress also affect non-specific immunity, making the organisms vulnerable to infections. These stressors can trigger various cellular responses in the animals in their efforts to counteract the ill effects of the stress on them. These include the expression of defence related genes which encode factors such as antioxidant genes, pattern recognition receptor proteins etc. One of the strategies to combat these problems is to get insight into the disease resistance genes, and use them for disease control and health management. Similarly, although it is known that formation of pearl in molluscs is mediated by specialized proteins which are in turn regulated by specific genes encoding them, there is a paucity of sufficient information on these genes.In view of the above facts, studies on the defence related and pearl forming genes of the pearl oyster assumes importance from the point of view of both sustainable fishery management and aquaculture. At present, there is total lack of sufficient knowledge on the functional genes and their expressions in the Indian pearl oyster Pinctada fucata. Hence this work was taken up to identify and characterize the defence related and pearl forming genes, and study their expression through molecular means, in the Indian pearl oyster Pinctada fucata which are economically important for aquaculture at the southeast coast of India. The present study has successfully carried out the molecular identification, characterization and expression analysis of defence related antioxidant enzyme genes and pattern recognition proteins genes which play vital role in the defence against biotic and abiotic stressors. Antioxidant enzyme genes viz., Cu/Zn superoxide dismutase (Cu/Zn SOD), glutathione peroxidise (GPX) and glutathione-S-transferase (GST) were studied. Concerted approaches using the various molecular tools like polymerase chain reaction (PCR), random amplification of cDNA ends (RACE), molecular cloning and sequencing have resulted in the identification and characterization of full length sequences (924 bp) of the Cu/Zn SOD, most important antioxidant enzyme gene. BLAST search in NCBI confirmed the identity of the gene as Cu/Zn SOD. The presence of the characteristic amino acid sequences such as copper/zinc binding residues, family signature sequences and signal peptides were found out. Multiple sequence alignment comparison and phylogenetic analysis of the nucleotide and amino acid sequences using bioinformatics tools like BioEdit,MEGA etc revealed that the sequences were found to contain regions of diversity as well as homogeneity. Close evolutionary relationship between P. fucata and other aquatic invertebrates was revealed from the phylogenetic tree constructed using SOD amino acid sequence of P. fucata and other invertebrates as well as vertebrates

Selecting Relevant Genes with a Spectral Approach

Array technologies have made it possible to record simultaneously the expression pattern of thousands of genes. A fundamental problem in the analysis of gene expression data is the identification of highly relevant genes that either discriminate between phenotypic labels or are important with respect to the cellular process studied in the experiment: for example cell cycle or heat shock in yeast experiments, chemical or genetic perturbations of mammalian cell lines, and genes involved in class discovery for human tumors. In this paper we focus on the task of unsupervised gene selection. The problem of selecting a small subset of genes is particularly challenging as the datasets involved are typically characterized by a very small sample size ?? the order of few tens of tissue samples ??d by a very large feature space as the number of genes tend to be in the high thousands. We propose a model independent approach which scores candidate gene selections using spectral properties of the candidate affinity matrix. The algorithm is very straightforward to implement yet contains a number of remarkable properties which guarantee consistent sparse selections. To illustrate the value of our approach we applied our algorithm on five different datasets. The first consists of time course data from four well studied Hematopoietic cell lines (HL-60, Jurkat, NB4, and U937). The other four datasets include three well studied treatment outcomes (large cell lymphoma, childhood medulloblastomas, breast tumors) and one unpublished dataset (lymph status). We compared our approach both with other unsupervised methods (SOM,PCA,GS) and with supervised methods (SNR,RMB,RFE). The results clearly show that our approach considerably outperforms all the other unsupervised approaches in our study, is competitive with supervised methods and in some case even outperforms supervised approaches.

Confección de un banco de pruebas para estudiantes de COU y primeros cursos de universidad.

Confeccionar un amplio banco de pruebas contrastadas y validadas que sirvan para minimizar los riesgos de heterogeneidad ocasionados, tanto por parte de las pruebas utilizadas como por parte de los examinadores. Configurar un modelo susceptible de generalizarse. Hipótesis de partida: se pronostica que las pruebas objetivas, realizadas según un modelo y éste generalizado y validado, minimizan los riesgos de heterogeneidad en la evaluación de pruebas y exámenes realizados con los distintos alumnos a los que se aplica.. Alumnos de COU de varios centros públicos y privados de Asturias.. Las acciones realizadas han sido: 1. Constitución de un seminario de evaluación de aprendizajes, 2. Realización de un estudio sobre la evaluación de aprendizajes, 3. Construcción de un banco de pruebas de evaluación.. Seminarios y visitas a centros.. Se toma como punto de partida el modelo Tri y la aplicación de las pruebas elaboradas por el grupo seminario. Los parámetros de los ítems se estimarán mediante el programa Bilog y se realizarán los oportunos contrastes entre pruebas paralelas y formatos diferentes de las mismas.. Seminario de evaluación de aprendizajes: se ha construido una base de 50 ítems. Estudio sobre la evaluación de aprendizajes: se han analizado los apartados siguientes: la evaluación educativa, su historia y concepto; la medida en educación, concepto y valoración crítica; instrumento de evaluación de aprendizaje -pruebas objetivas, verdadero/falso, múltiple elección de respuesta, otros tipos de pruebas objetivas, pruebas libres y pruebas diagnóstico-; y la toma de decisiones en la evaluación. Banco de pruebas: se proporciona una lista de ítems de Física, Química, Matemáticas, Biología y Geología, en cada uno de los cuales figura el código del objetivo con el que se relaciona, el diseño o situación en que se va a situar al alumno, contenido y posibles respuestas de la prueba y diagnóstico o respuesta correcta..

Variability in the Stability and Productivity of Transfected Genes in Chinese Hamster Ovary (CHO) cells

In the field of biologics production, productivity and stability of the transfected gene of interest are two very important attributes that dictate if a production process is viable. To further understand and improve these two traits, we would need to further our understanding of the factors affecting them. These would include integration site of the gene, gene copy number, cell phenotypic variation and cell environment. As these factors play different parts in the development process, they lead to variable productivity and stability of the transfected gene between clones, the well-known phenomenon of “clonal variation”. A study of this phenomenon and how the various factors contribute to it will thus shed light on strategies to improve productivity and stability in the production cell line. Of the four factors, the site of gene integration appears to be one of the most important. Hence, it is proposed that work is done on studying how different integration sites affect the productivity and stability of transfected genes in the development process. For the study to be more industrially relevant, it is proposed that the Chinese Hamster Ovary dhfr-deficient cell line, CHO-DG44, is used as the model system.

En busca de los or??genes del hombre : un recorrido did??ctico por la antropolog??a f??sica

Se trata de un CD multimedia que desarrolla de una forma did??ctica, pero sin perder el rigor cient??fico y filos??fico, una serie de materiales de antropolog??a evolutiva pensados para el Bachillerato. Se pretende que el alumnado comprenda cu??les han sido los or??genes del hombre. Para ello se desarrollan: un tema introductorio sobre c??mo entender la evoluci??n org??nica y c??mo ha ido evolucionando la idea de evoluci??n desde Arist??teles a la Teor??a Sint??tica y otro, que es propiamente el contenido del CD, sobre la evoluci??n humana desde los primates hasta el hombre moderno.

El rol, la influencia y los intereses de Brasil y Venezuela en el fortalecimiento de la Cooperación para el Desarrollo en Suramérica. Caso de estudio : creación Banco del Sur

La presente monografía se intenta demostrar que además de diseñar un ideal común de progreso y desarrollo, existe por parte de Brasil y Venezuela, un interés particular en plantear una estrategia de cooperación. En este sentido se pretende analizar el rol fundamental que juegan Brasil y Venezuela mediante la creación del Banco del Sur.

Análisis de los alcances y limitaciones de los programas de microcrédito como instrumentos mundiales para superar la condición de pobreza. Caso de estudio : aplicación de la metodología del Banco Grameen en Colombia

La presente Monografía tiene por objeto realizar un análisis respecto a los alcances y las limitaciones de los programas de microcrédito, desde la teoría institucionalista neoliberal y teniendo presente la cooperación internacional Sur – Sur, como instrumentos mundiales para superar la condición de pobreza en cumplimiento del Primer Objetivo de Desarrollo del Milenio de Naciones Unidas. Toma como caso de estudio la aplicación de la metodología del Banco Grameen en Colombia

Polimorfismos de los genes P53, CYP1A1, CYP1B1, GSTM1, GSTT1 y GSTP1 en cáncer de seno familiar en una población colombiana

Se considera que la susceptibilidad al cáncer de seno es poligenética1; es necesario estudiar otros factores genéticos. Se realizó un estudio analítico de casos y controles (1:2) 120:240. Se tomó una muestra de sangre periférica, y posteriormente se realizó la extracción de ADN (PROBE) y se determinó la presencia de los polimorfismos. Se encontraron asociaciones estadísticamente significativas con el cáncer de seno para: del grupo p53 exón 4, la Arginina con un OR 1,923 IC 95% (1,117 – 3.309); del grupo p53 intrón 3 el I3wm con OR 30,887 IC 95% (3,709 – 257,209); del grupo p53 intrón 6 el I6wm con OR 2.061 IC 95% (1.059 - 4,013); del grupo CYP1B1 Val432leu, la Valina con un OR 2.273 con un IC del 95% (1.084 – 4.855); del grupo CYP1B1 Asn453se la Asparagina/Serina con un OR 1,987 con IC 95% (1.076 – 3.670). El polimorfismo gstm 1r reporta un OR 0,366 con IC 95% (0,219 – 0,613) el cual se considera como protector para cáncer de seno.

El Banco del Sur: una institución financiera de apoyo al desarrollo y consolidación del proceso de integración suramericano, UNASUR

Esta investigación Monográfica busca fundamentalmente, evaluar si la creación de una institución financiera como Banco del Sur, representa una alternativa de apoyo financiero para el fortalecimiento del proceso de integración de la Unión Sudamericana de Naciones, por medio del financiamiento de proyectos transnacionales de infraestructura que permitan la integración física de Sudamérica. A partir de esto, se plantean como propósitos particulares: la identificación de los objetivos y funciones que tendrá el Banco del Sur para su funcionamiento, de acuerdo con los objetivos definidos por la UNASUR; así mismo, se pretende identificar los diferentes tipos de asimetrías en la región sudamericana y analizar de que manera, éstas constituyen un problema para el proceso de integración de la UNASUR y finalmente evaluar como el Banco del Sur, puede contribuir al fortalecimiento del proceso de integración de UNASUR, a través del financiamiento de proyectos de infraestructura física, para la construcción de la interconexión física de la región. Esta es una investigación aplicada de carácter prescriptivo, la cual identificará el problema de acuerdo a las principales dificultades, que pueden generar inconvenientes para la consolidación del proceso de integración de la UNASUR, tomando como referencia la creación del Banco del Sur como una posible alternativa aplicable para la solución del problema diagnosticado.

Análisis de la cooperación del Banco Mundial en materia de desplazamiento forzado. Estudio de caso: programa Paz y Desarrollo en el Oriente Antioqueño entre 2004-2007.

Analiza la cooperación técnica y financiera proveniente del Banco Mundial en materia de desplazamiento forzado en la región el Oriente Antioqueño, una de las afectadas por esta problemática en Colombia, teniendo en cuenta el Programa Paz y Desarrollo. Establece las características del desplazamiento forzado en Colombia y contextualiza esta dinámica particularmente en la región del Oriente Antioqueño. Se hace un análisis de la cooperación internacional teniendo en cuenta la teoría del Neoliberalismo Institucional, logrando vincular la temática del desplazamiento con las modalidades cooperación utilizadas por el Banco Mundial como gestor de recursos para el tratamiento de esta temática. Finalmente describe el Programa Paz y Desarrollo, logrando identificar y evaluar las acciones realizadas durante los años 2004 y 2007, tiempo durante el cual estuvo vigente el Programa en la región.

“Cooperación Internacional entre el Banco Mundial y Colombia en educación superior proyecto: “Improving Acces And Quality In Higher Education Program P105164” 2008

Las relaciones internacionales, entendidas como una disciplina altamente interdisciplinaria, que estudia la relación y el comportamiento de los Estados y los diferentes actores internacionales, organizaciones internacionales y organizaciones no gubernamentales, reconoce la importancia de la existencia de una cooperación internacional para la integración y conocimiento de dichos actores. La cooperación internacional puede verse como un elemento esencial, ya que permite a países, entidades públicas y privadas compartir sus experiencias, conocimientos y capacidades en espacios donde los desafíos, oportunidades y limitaciones son similares; en el caso Latino Americano, debido a su historia, pueden identificarse necesidades y objetivos comunes en los diferentes países. Durante la primera década del siglo XXI, América Latina, al igual que el resto del mundo, está pasando por momentos de acople con el nuevo milenio. El aumento del alfabetismo, los desarrollos tecnológicos, la erradicación de enfermedades, la expansión cultural, la reducción de las fronteras entre países, son algunas de los muchos fenómenos que vemos día a día. Sin embargo, no han dejado de existir los niveles altos de pobreza, la violencia, las diferencias sociales marcadas, la discriminación y altos índices de desempleo. Muchos teóricos han propuesto soluciones para enmendar los errores que se han cometido en el pasado para sanar a la sociedad y brindarle herramientas para dicho progreso. El PNUD (Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo) manifiesta que una de las herramientas más importantes para lograr resultados reales en relación al desarrollo social, es la educación.