The effect of antiretroviral treatment of different durations in primary HIV infection.

OBJECTIVES: To compare immunological, virological and clinical outcomes in persons initiating combination antiretroviral therapy (cART of different durations within 6 months of seroconversion (early treated) with those who deferred therapy (deferred group). DESIGN: CD4 cell and HIV-RNA measurements for 'early treated' individuals following treatment cessation were compared with the corresponding ART-free period for the 'deferred' group using piecewise linear mixed models. Individuals identified during primary HIV infection were included if they seroconverted from 1st January 1996 and were at least 15 years of age at seroconversion. Those with at least 2 CD4 less than 350 cells/microl or AIDS within the first 6 months following seroconversion were excluded. RESULTS: Of 348 'early treated' patients, 147 stopped cART following treatment for at least 6 (n = 38), more than 6-12 (n = 40) or more than 12 months (n = 69). CD4 cell loss was steeper for the first 6 months following cART cessation, but subsequent loss rate was similar to the 'deferred' group (n = 675, P = 0.26). Although those treated for more than 12 months appeared to maintain higher CD4 cell counts following cART cessation, those treated for 12 months or less had CD4 cell counts 6 months after cessation comparable to those in the 'deferred' group. There was no difference in HIV-RNA set points between the 'early' and 'deferred' groups (P = 0.57). AIDS rates were similar but death rates, mainly due to non-AIDS causes, were higher in the 'deferred' group (P = 0.05). CONCLUSION: Transient cART, initiated within 6 months of seroconversion, seems to have no effect on viral load set point and limited beneficial effect on CD4 cell levels in individuals treated for more than 12 months. Its long-term effects remain inconclusive and need further investigation.

Efficacy of an eradication protocol in case of Pseudomonas aeruginosa primo-infections in children with cystic fibrosis

Introduction: Patients with cystic fibrosis (CF) are more susceptible to pathogens like P. aeruginosa (PA). PA primo-­‐infections require particular attention, as with failure in eradication, there is accelerated lung deterioration. The main aim of this study is to assess the rate of PA eradication according to our particular protocol with inhaled tobramycin and oral ciprofloxacin, as there is no consensus in the literature on what eradication protocol the best is. Methods: Retrospective single centre study with data analysis from June 1st 2007 to June 1st 2011 of patients who had primo-­‐infections exclusively treated by 3 x 28 days of inhaled tobramycin and oral ciprofloxacin for the first and last 21 days. Success in eradication is defined by ≥ 3 negative bacteriologies for 6 months after the beginning of the protocol. If ≥ 1 bacteriology is positive, we consider the eradication as a failure. Results: Out of 41 patients, 18 were included in our analysis. 7 girls (38.9%) and 11 boys (61.1%) followed the eradication protocol. Boys had 12 primo-­‐infections and girls had 8. Among these 20 primo-­‐infections, 16 (80%) had an all-­‐overall success in eradication and 4 (20%) a failure. No significant statistical difference for age between these groups (t-­‐test = 0.07, p = 0.94), neither for FEV1% (t-­‐test = 0.96, p = 0.41) nor BMI (t-­‐test = 1.35, p = 0.27). Rate of success was 100% for girls and 66.6% for boys. Conclusion: Our protocol succeeded in an overall eradication rate of 80%, without statistical significant impact on FEV1 % and BMI values. However, there is a sex difference with eradication rates in girls (100%) and boys (66.6%). A sex difference has not yet been reported in the literature. This should be evaluated in further studies.

Fills i fills de famílies immigrades als països rics. Informe 2010 sobre el cas de Catalunya al context de la Unió Europea

Aquest projecte ha consistit en la realització d'un informe actualitzat i ampli sobre la situació dels fills i filles de famílies immigrades a Catalunya en dos grups d’edat (0-17 i 18-29) i s'ha centrat en els àmbits socio-demogràfic, educatiu i jurídic, des d’una perspectiva comparativa internacional proporcionada pel projecte UNICEF Innocenti Children of Immigrant Families in 8 Affluent Countries (2009). S’ha treballat amb dades quantitatives, qualitatives i bibliogràfiques de diverses fonts primàries i secundàries. Per realitzar aquest informe, s’han ampliat els indicadors d’Innocenti en dos sentits: a) afegint, quan ha estat possible, els ja elaborats i experimentats per l’equip investigador al I i II Informes sobre Infància i Immigració a Catalunya en el marc del CIIMU els anys 2002 i 2005, així com els desenvolupats als capítols “Infancia e Inmigración” dels dos volums La Infancia en Cifras en España (Ministerio de Trabajo y Asuntos Sociales) els anys 2006 i el 2007 sobre una mostra del padró 2005 i amb projecció pel conjunt de l’estat; b) afegint una anàlisi jurídica transversal dels diferents marcs que regulen la situació dels fills i filles de famílies immigrades a la Unió Europea, Espanya, Catalunya i les cartes de drets internacionals, i s’ha contrastat aquestes regulacions amb l’anàlisi de casos obtinguts amb treball de camp etnogràfic a dues comarques (de Barcelona i Girona) que han permès il•lustrar les contradiccions de la seva aplicació. D’altra banda, seguint amb la perspectiva aplicada en estudis i informes precedents, l’abordatge ha permès analitzar comparativament la situació dels fills i filles de famílies immigrades amb els seus coetanis d’origen autòcton, pel que fa a les condicions de vida i les oportunitats socials en un sentit ampli. La Memòria que s’annexa consta de 4 grans apartats: 1) Sociodemografia, 2) Educació, 3) Marc jurídic, 4) Joves de famílies immigrades.

Simple finite field nuclear relaxation method for calculating vibrational contribution to degenerate four-wave mixing

A simple extended finite field nuclear relaxation procedure for calculating vibrational contributions to degenerate four-wave mixing (also known as the intensity-dependent refractive index) is presented. As a by-product one also obtains the static vibrationally averaged linear polarizability, as well as the first and second hyperpolarizability. The methodology is validated by illustrative calculations on the water molecule. Further possible extensions are suggested

Simple finite field method for calculation of static and dynamic vibrational hyperpolarizabilities: curvature contributions

In the static field limit, the vibrational hyperpolarizability consists of two contributions due to: (1) the shift in the equilibrium geometry (known as nuclear relaxation), and (2) the change in the shape of the potential energy surface (known as curvature). Simple finite field methods have previously been developed for evaluating these static field contributions and also for determining the effect of nuclear relaxation on dynamic vibrational hyperpolarizabilities in the infinite frequency approximation. In this paper the finite field approach is extended to include, within the infinite frequency approximation, the effect of curvature on the major dynamic nonlinear optical processes

Nuclear relaxation contribution to static and dynamic (infinite frequency approximation) nonlinear optical properties by means of electrical property expansions: Application to HF, CH4, CF4, and SF6

Electrical property derivative expressions are presented for the nuclear relaxation contribution to static and dynamic (infinite frequency approximation) nonlinear optical properties. For CF4 and SF6, as opposed to HF and CH4, a term that is quadratic in the vibrational anharmonicity (and not previously evaluated for any molecule) makes an important contribution to the static second vibrational hyperpolarizability of CF4 and SF6. A comparison between calculated and experimental values for the difference between the (anisotropic) Kerr effect and electric field induced second-harmonic generation shows that, at the Hartree-Fock level, the nuclear relaxation/infinite frequency approximation gives the correct trend (in the series CH4, CF4, SF6) but is of the order of 50% too small

Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design

La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.

On-farm animal welfare assessment in dairy cattle: improved lameness detection

Estudi realitzat a partir d’una estada a la University of British Columbia, Canada, entre 2010 i 2012. Primerament es va desenvolupar una escala per mesurar coixeses (amb valors de l’1 al 5). Aquesta escala es va utilitzar per estudiar l’associació entre factors de risc a nivell de granja (disseny de le instal.lacions i maneig) i la prevalencia de coixeses a Nord America. Les dades es van recollir en un total de 40 granges al Nord Est dels E.E.U.U (NE) i 39 a California (CA) . Totes les vaques del group mes productiu es van categoritzar segons la severitat de les coixeses: sanes, coixes i severament coixes. La prevalencia de coixeses en general fou del 55 % a NE i del 31% a CA. La prevalencia de coixeses severes fou del 8% a NE i del 4% a Ca. A NE, les coixeses en general increntaren amb la presencia de serradura als llits i disminuiren en granjes grans, amb major quantitat de llit i acces a pastura. Les coixeses mes severes incrementaren amb la falta d’higiene als llit i amb la presencia de serradura als llits, i disminuiren amb la quantitat de llit proveit, l’us de sorra als llits i amb la mida de la granja. A CA, les coixeses en general incrementaren amb la falta d’higiene al llit, i disminuiren amb la mida de la granja, la presencia de terres de goma, l’increment d’espai als cubicles , l’espai a l’abeuredor i la desinfeccio de les peulles. Les coixeses severes incrementaren amb la falta d’higiene al llit i disminuixen amb la frequencia de neteja del corral. En conclusio, canvis en el maneig i el disseny de les instal.lacions poden ajudar a disminuir la prevalencia de coixeses, tot i que les estrategies a seguir variaran segons la regio.

Anàlisi del sistema productiu i comercial del vi de la Tarraconensis a partir de la combinació de metodologies

Des del segon quart del s. I aC i, especialment, durant el regnat d’August, es va desenvolupar a l’antiga província Tarraconensis un sistema productiu centrat en l’explotació agrària vitivinícola amb una finalitat clarament comercial. La majoria d’assentament vitivinícoles es troben emplaçats al litoral català, associats de vegades a figlinae que fabricaven les àmfores per al transport i comerç de l’excedent vinícola. No obstant, a l’àrea del Vallès Occidental i del Baix Llobregat es troben una sèrie de vil•les vinculades a la producció de vi i a la fabricació d’àmfores que han proporcionat restes molt significatives sobre la contribució d’aquesta zona a l’expansió econòmica de la província. La caracterització arqueològica i arqueomètrica d’un gran nombre d’àmfores procedents de diversos tallers ceràmics situats al Vallès Occidental i al Baix Llobregat, utilitzant diverses tècniques d’anàlisi química, mineralògica i petrogràfica, ha portat a establir quins tipus d’àmfores es van fabricar a cada taller i de quina manera. S’han identificat alguns dels processos tecnològics de la cadena operativa: la selecció i processat de les matèries primeres per conformar la pasta procedents, generalment, de l’àrea on es troba cada centre de producció, el modelatge, l’assecat i la cocció de les peces. En alguns dels casos analitzats, s’ha identificat quins tipus de contenidors van ser importants a l’establiment i la seva provinença. La integració d’aquests resultats en la base de dades analítica que disposa l’ERAAUB ha permès avaluar el grau d’estandardització dels processos tecnològics en aquesta àrea. La contrastació final amb les dades històriques i arqueològiques contribueix al coneixement arqueològic de les àmfores vinàries de la Tarraconensis i, a través d’elles, al coneixement de les societats que les van fabricar, comercialitzar i utilitzar.

L'intégration de la sexualité en consultation gynécologique : discordances entre les perceptions des femmes et celles des gynécologues.

Dès les années 2000, l'Office Fédéral de la Santé Publique recommande aux médecins de premier recours, dont les gynécologues, d'aborder activement la sexualité en consultation, en raison notamment de l'augmentation des infections sexuellement transmissibles asymptomatiques (1ST). Dans le même sens, comme le montrent nombre d'études, plus de 70% des patientes souhaiteraient être interrogées au sujet de leur sexualité en consultation gynécologique. Or, il semble que peu de médecins intègrent systématiquement des questions de sexualité dans leur anamnèse. La revue de la littérature relève que les recherches réalisées à ce jour ont été menées principalement à l'aide de questionnaire selon une perspective naturaliste, qui étudie la sexualité de manière décontextualisée et qui la conçoit comme un invariant biologique et par conséquent universel. Notre objectif est de saisir en profondeur les perceptions et le vécu des gynécologues et des femmes, face à l'intégration de la sexualité en consultation gynécologique. Nous avons adopté une perspective critique en psychologie de la santé (Santiago-Delefosse & Chamberlain, 2008 ; Murray, 2004a ; Lyons & Chamberlain, 2006) qui permet de privilégier d'une part, l'étude de la signification que les sujets donnent à la sexualité dans leur contexte socio-historique et, d'autre part, une vision de l'être humain comprenant des dimensions corporelles, psychologiques et sociétales (Santiago-Delefosse, 2011). Pour ce faire, nous avons utilisé un dispositif de méthodes mixtes en deux phases. Dans la première phase, nous avons mené 21 entretiens semi directifs avec des gynécologues hommes et femmes. Puis, nous avons réalisé 3 groupes focalisés (N=16) avec des femmes âgées de 23 à 65 ans. La seconde phase a consisté à créer un questionnaire, élaboré à partir des résultats de la première phase, afin d'élargir l'expérience de l'intégration de la sexualité en consultation, à une population plus diversifiée de femmes (N=421). Les données récoltées par le biais de ces trois méthodes nous ont permis d'esquisser un modèle présentant les processus en jeu dans la situation de non intégration de la sexualité en consultation gynécologique. Celui-ci relève non seulement des lacunes dans le cursus universitaire de médecine en matière de sexualité, mais également d'importantes discordances entre les gynécologues et les femmes interviewés concernant le rôle du gynécologue, la perception de l'intime, la perception d'introduire le sujet de la sexualité en consultation, ainsi que de la définition même de la sexualité. Nos résultats ouvrent sur des perspectives pratiques pour la consultation gynécologique, ainsi que sur des pistes pour des recherches futures dans l'étude de la sexualité, selon une perspective plus intégrative. -- Since the 2000's, the Swiss Federal Office of Public Health recommended primary care physicians, including gynaecologists, to actively address sexuality issues in consultation, namely because of the increasing incidence of Sexually Transmitted Infections (STI). In line with this, studies have shown that more than 70% of patients would like to be asked about their sexuality by their gynaecologist. However, physicians do not take systematically sexual histories from their patients. Literature in the field has highlighted that most research has been restricted to using questionnaires following a naturalist theoretical perspective according to which sexual behaviour is defined as biologically invariant, hence, universal. Our objective is to deepen understand perceptions from gynaecologists and women with regard to the integration of sexuality in consultations. A critical health psychology approach allows us to consider on the one hand sexuality as a construct that is inseparable from a given socio-historical context. On the other hand, this approach takes into consideration an embodied, social and psychological definition of human beings. Therefore, we used a mixed methods design that included two main research steps : First, we conducted 21 semi-structured interviews with male and female gynaecologists. In this phase, we also led 3 focus groups made up of 16 women aged from 21 to 65. Second, a survey was implemented (N= 421) based on findings stemming from the first phase. This allowed us to further analyse experiences on the integration of sexuality and to extend findings to a more diversified population of women. The data analysis allowed us to create a model that highlights the processes involved in the non integration of sexuality during gynaecological consultation. It shows a lack of training in sexology within medical programs. Moreover, it emphasises the mismatches on perceptions between gynaecologists and women concerning the gynaecologist's role ; intimacy, the issue of whether introducing sexuality topics, and finally, on the actual definition of sexuality itself. Our findings open new research perspectives for the study of sexuality by proposing a more integrative approach. They also provide practical and clinical perspectives concerning consultations in gynaecology.

Bloodstream infections related to totally implantable venous access port: What is the situation in our hospital?

Port-a-Cath© (PAC) are totally implantable devices that offer an easy and long term access to venous circulation. They have been extensively used for intravenous therapy administration and are particularly well suited for chemotherapy in oncologic patients. Previous comparative studies have shown that these devices have the lowest catheter-related bloodstream infection rates among all intravascular access systems. However, bloodstream infection (BSI) still remains a major issue of port use and epidemiology data for PAC-associated BSI (PABSI) rates differ strongly depending on studies. Also, current literature about PABSI risk factors is scarce and sometimes controversial. Such heterogeneity may depend on type of studied population and local factors. Therefore, the aim of this study was to describe local epidemiology and risk factors for PABSI in adult patients in our tertiary- care university hospital. We conducted a retrospective cohort study in order to describe local epidemiology. We also performed a nested case-control study to identify local risk factors of PABSI. We analyzed medical files of adult patients who had a PAC implanted between January 1st, 2008 and December 31st, 2009 and looked for PABSI occurrence before May 1st, 2011 to define cases. Thirty nine PABSI occurred in this population with an attack rate of 5.8%. We estimated an incidence rate of 0.08/1000 PAC-days using the case-control study. PABSI causative agents were mainly Gram positive cocci (62%). We identified three predictive factors of PABSI by multivariate statistical analysis: neutropenia on outcome date (Odds Ratio [OR]: 4.05; 95% confidence interval [CI]:1.05- 15.66; p=0.042), diabetes (OR: 11.53; 95% CI: 1.07-124.70; p=0.044) and having another infection than PABSI on outcome date (OR: 6.35; 95% CI: 1.50-26.86; p=0.012). Patients suffering from acute or renal failure (OR: 4.26; 95% CI: 0.94-19.21; p=0.059) or wearing another invasive device (OR: 2.99; 95%CI:0.96-9.31; p=0.059) did not have a statistically increased risk for developing a PABSI according to classical threshold (p<0.05) but nevertheless remained close to significance. Our study demonstrated that local epidemiology and microbiology of PABSI in our institution was similar to previous reports. A larger prospective study is required to confirm our results or to test preventive measures.