Méthode numérique d'estimation du mouvement des masses molles

L’analyse biomécanique du mouvement humain en utilisant des systèmes optoélectroniques et des marqueurs cutanés considère les segments du corps comme des corps rigides. Cependant, le mouvement des tissus mous par rapport à l'os, c’est à dire les muscles et le tissu adipeux, provoque le déplacement des marqueurs. Ce déplacement est le fait de deux composantes, une composante propre correspondant au mouvement aléatoire de chaque marqueur et une composante à l’unisson provoquant le déplacement commun des marqueurs cutanés lié au mouvement des masses sous-jacentes. Si nombre d’études visent à minimiser ces déplacements, des simulations ont montré que le mouvement des masses molles réduit la dynamique articulaire. Cette observation est faite uniquement par la simulation, car il n'existe pas de méthodes capables de dissocier la cinématique des masses molles de celle de l’os. L’objectif principal de cette thèse consiste à développer une méthode numérique capable de distinguer ces deux cinématiques. Le premier objectif était d'évaluer une méthode d'optimisation locale pour estimer le mouvement des masses molles par rapport à l’humérus obtenu avec une tige intra-corticale vissée chez trois sujets. Les résultats montrent que l'optimisation locale sous-estime de 50% le déplacement des marqueurs et qu’elle conduit à un classement de marqueurs différents en fonction de leur déplacement. La limite de cette méthode vient du fait qu'elle ne tient pas compte de l’ensemble des composantes du mouvement des tissus mous, notamment la composante en unisson. Le second objectif était de développer une méthode numérique qui considère toutes les composantes du mouvement des tissus mous. Plus précisément, cette méthode devait fournir une cinématique similaire et une plus grande estimation du déplacement des marqueurs par rapport aux méthodes classiques et dissocier ces composantes. Le membre inférieur est modélisé avec une chaine cinématique de 10 degrés de liberté reconstruite par optimisation globale en utilisant seulement les marqueurs placés sur le pelvis et la face médiale du tibia. L’estimation de la cinématique sans considérer les marqueurs placés sur la cuisse et le mollet permet d'éviter l’influence de leur déplacement sur la reconstruction du modèle cinématique. Cette méthode testée sur 13 sujets lors de sauts a obtenu jusqu’à 2,1 fois plus de déplacement des marqueurs en fonction de la méthode considérée en assurant des cinématiques similaires. Une approche vectorielle a montré que le déplacement des marqueurs est surtout dû à la composante à l’unisson. Une approche matricielle associant l’optimisation locale à la chaine cinématique a montré que les masses molles se déplacent principalement autour de l'axe longitudinal et le long de l'axe antéro-postérieur de l'os. L'originalité de cette thèse est de dissocier numériquement la cinématique os de celle des masses molles et les composantes de ce mouvement. Les méthodes développées dans cette thèse augmentent les connaissances sur le mouvement des masses molles et permettent d’envisager l’étude de leur effet sur la dynamique articulaire.

L’histoire postglaciaire de la végétation et des feux dans la région du Lac Mégantic

La région du lac Mégantic est probablement la première zone à s'être déglacée au Québec, ce qui lui confère un intérêt particulier. L'analyse pollinique et anthracologique des sédiments des trois lacs situés à ses abords, soit les lacs Clinton, Dubuc et des Joncs ont permis de reconstituer l'histoire locale et régionale de la végétation et des feux. La présence d'un gradient altitudinal a entrainé des décalages surtout dans l'instauration des premières phases forestières. La région s'est déglacée vers 13 500 ans AA, et une toundra s'y est installée. Le début de l'afforestation est marqué par l'arrivée du sapin baumier et de l'épinette noire. Par la multiplication de leurs populations, la forêt s'est fermée vers 10 000 ans AA pour constituer une forêt boréale qui fût alors perturbée par plusieurs épisodes de feux. Vers 8000 ans AA, les nouvelles conditions climatiques favorisent les espèces feuillues et instaurent une érablière à bouleau jaune et une diminution de la fréquence des feux. Les résultats obtenus permettent d'enrichir les connaissances paléophytogéographiques et anthracologiques du Québec.

Des pères non-agresseurs face au dévoilement de l'agression sexuelle de leur enfant : impact psychologique et soutien paternel

Les agressions sexuelles envers les enfants sont un fléau social important. Elles portent atteinte à l’intégrité physique et psychologique des enfants qui en sont victimes, entraînant des conséquences délétères pour l’enfant et ses parents. Ces derniers sont d’ailleurs considérés comme des personnes clés dans le rétablissement des enfants. Toutefois, les connaissances scientifiques dans ce domaine ont été principalement acquises auprès des mères, reléguant ainsi le père à une place secondaire. Cette thèse a pour objectif général d’élargir notre compréhension du vécu et du rôle des pères ayant à faire face au dévoilement de l’agression sexuelle de leur enfant. La présente thèse est composée de deux articles empiriques. L’objectif du premier article est de décrire le vécu des pères non agresseurs ayant un ou plusieurs enfants victimes d’agression sexuelle extra ou intrafamiliale sous l’angle de leurs réactions émotionnelles, cognitives et comportementales à la suite du dévoilement de l’AS. Pour ce faire, 17 pères provenant soit du Centre d’Expertise Marie-Vincent de Montréal, soit du Centre d’Intervention en Abus Sexuels pour la Famille de Gatineau ou encore soit de la population générale et ayant un ou plusieurs enfants victimes d’agression sexuelle intra ou extra-familiale ont été rencontrés pour une entrevue individuelle semi-dirigée. Les résultats démontrent que les pères rencontrés dans le cadre de cette étude vivent un véritable choc psychologique, s’apparentant à un traumatisme secondaire, à l’annonce du dévoilement. Cette étude a également mis en lumière la mise en place d’un travail de deuil chez les pères qui sont confrontés à la perte de l’innocence de leur enfant. Les objectifs du deuxième article est de décrire les répercussions du dévoilement de l’agression sexuelle sur la façon dont les pères s’engagent auprès de leurs enfants et de dégager les dimensions du soutien paternel offert à l’enfant. L’analyse du discours de 17 pères ayant vécus le dévoilement d’une agression sexuelle par leur(s) enfant(s) suggèrent que le dévoilement peut être considéré comme un élément de rupture dans le lien à l’enfant nécessitant une adaptation à cette nouvelle réalité. Bien que l’ensemble pères rencontrés expriment leurs inquiétudes pour leur(s) enfant(s) et leur désir de le(s) soutenir, les résultats mettent en évidence les difficultés pour certains pères de s’engager auprès de leurs enfants en raison soit d’une détresse psychologique personnelle importante, soit d’une ambivalence à l’égard de l’enfant ou encore en raison d’une sensation d’inconfort ressentie lors des contacts physiques au cours des soins primaires à prodiguer ou des situations de jeu physique. Leurs propos témoignent également de leurs volontés et de leurs capacités à aider l’enfant à composer avec les conséquences de l’agression sexuelle subie. La mise à jour d’une nouvelle dimension spécifiquement paternelle soit la capacité d’ouvrir son enfant victime d’AS sur le monde extérieur et ainsi jouer un rôle dans le développement de sa confiance en soi apparait comme un résultat novateur de la présente thèse. Les implications cliniques concernant les résultats obtenus dans le cadre de cette thèse ainsi que les pistes de recherche sont finalement abordées.

Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Modélisation et analyse des interventions d’équitation thérapeutique utilisées à des fins de réadaptation

Contexte et problématique. Selon l’Association Canadienne d’Équitation Thérapeutique (ACET), l’équitation thérapeutique comprend toutes les activités équestres s’adressant à une clientèle présentant des déficiences. L’équitation thérapeutique compte plusieurs approches, notamment l’hippothérapie, une stratégie de réadaptation offerte par des ergothérapeutes, physiothérapeutes et orthophonistes. L’hippothérapie se base sur le mouvement tridimensionnel induit par le cheval lequel favorise l’amélioration de diverses fonctions neuromotrices notamment le tonus du tronc et de la tête, la posture debout et les ajustements posturaux. Bien que les approches d’équitation thérapeutique prennent de l’ampleur au Québec, il n’y a toujours aucune règlementation officielle. Il existe donc une confusion importante entre les différentes approches d’équitation thérapeutique et l’hippothérapie actuellement reconnue comme la seule approche médicale de réadaptation utilisant le cheval. Les clientèles présentant de lourdes déficiences neuro-musculo-squelettiques se voient donc régulièrement référées dans des centres qui n’offrent pas d’hippothérapie et sont confrontées à des risques importants. Objectifs. Modéliser les interventions d’équitation thérapeutique afin de rendre explicites les composantes de ces interventions et les liens qui les unissent ainsi qu’analyser la plausibilité des interventions à atteindre les résultats escomptés. Méthodologie. Les interventions d’équitation thérapeutique ont été modélisées par des entrevues réalisées auprès des principales personnes offrant des services d’équitation thérapeutique au Québec. Une revue de la littérature a été conduite sur les principes de réadaptation qui sous-tendent les interventions. L’ensemble des données recueillies ont été analysé selon une procédure habituelle d’analyse de contenu qualitatif. Résultats. Les modèles créés permettent d’améliorer les connaissances des pratiques d’équitation thérapeutiques et d’hippothérapie au Québec. Conséquences. Les modèles permettent d’entamer une réflexion sur la règlementation de ces pratiques au Québec et au Canada ainsi que de soutenir les processus de références dans les différents centres québécois.

La perspective des scripts appliquée aux homicides et implications pour les enquêtes criminelles

Contexte et objectifs. Plusieurs études sur l’homicide ont été réalisées avec l’objectif d’épauler les policiers lors de leurs enquêtes. Le lien entre l’agresseur et la victime représente le principal déterminant des types de meurtres. L’utilité de ces études a toutefois été remise en question tant par les policiers que par la communauté scientifique. En combinant la perspective du script et l’approche dimensionnelle, le but du présent mémoire est d’améliorer les connaissances sur le processus de commission de l’homicide. Méthodologie. Différents scripts de l’homicide seront proposés afin de reconstituer le processus de commission du crime et de mieux comprendre les dynamiques expressives et instrumentales qui y sont rattachées. Les données utilisées dans le cadre de la recherche ont été recueillies auprès de 100 dossiers d’homicide de femmes et d’enfants répertoriés entre 1988 et 2011. Résultats. Les scripts permettent de dresser divers constats. Tout d’abord, lorsque la victime a subi d’importants sévices, le meurtrier est généralement un proche, indépendamment du motif initial de l’agresseur (p. ex. commettre un vol ou tout simplement tuer la victime). La sévérité des sévices dépend également de la présence d’armes sur les lieux du crime et du degré de résistance de la victime. Finalement, les scripts ont démontré que la nature de la relation entre la victime et l’agresseur influence le lieu où le meurtre prend place. Conclusion. Les résultats obtenus s’inscrivent dans une perspective différente en ce sens où, sans négliger la question de la personnalité, des variables contextuelles, hors du contrôle de l’agresseur, ont une incidence sur le niveau de sévices infligé à la victime. Le profile pourrait dès lors intégrer des aspects situationnels afin de pister les enquêteurs.

Étude des tachykinines et de leurs dérivés peptidiques associés à la douleur neuropathique grâce à l’utilisation de modèles animaux et de la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse

Thèse réalisée en co-tutelle avec l'Université Claude Bernard de Lyon 1, en France.

Gestion des ressources dans les réseaux cellulaires sans fil

L’émergence de nouvelles applications et de nouveaux services (tels que les applications multimédias, la voix-sur-IP, la télévision-sur-IP, la vidéo-sur-demande, etc.) et le besoin croissant de mobilité des utilisateurs entrainent une demande de bande passante de plus en plus croissante et une difficulté dans sa gestion dans les réseaux cellulaires sans fil (WCNs), causant une dégradation de la qualité de service. Ainsi, dans cette thèse, nous nous intéressons à la gestion des ressources, plus précisément à la bande passante, dans les WCNs. Dans une première partie de la thèse, nous nous concentrons sur la prédiction de la mobilité des utilisateurs des WCNs. Dans ce contexte, nous proposons un modèle de prédiction de la mobilité, relativement précis qui permet de prédire la destination finale ou intermédiaire et, par la suite, les chemins des utilisateurs mobiles vers leur destination prédite. Ce modèle se base sur : (a) les habitudes de l’utilisateur en terme de déplacements (filtrées selon le type de jour et le moment de la journée) ; (b) le déplacement courant de l’utilisateur ; (c) la connaissance de l’utilisateur ; (d) la direction vers une destination estimée ; et (e) la structure spatiale de la zone de déplacement. Les résultats de simulation montrent que ce modèle donne une précision largement meilleure aux approches existantes. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous nous intéressons au contrôle d’admission et à la gestion de la bande passante dans les WCNs. En effet, nous proposons une approche de gestion de la bande passante comprenant : (1) une approche d’estimation du temps de transfert intercellulaire prenant en compte la densité de la zone de déplacement en terme d’utilisateurs, les caractéristiques de mobilité des utilisateurs et les feux tricolores ; (2) une approche d’estimation de la bande passante disponible à l’avance dans les cellules prenant en compte les exigences en bande passante et la durée de vie des sessions en cours ; et (3) une approche de réservation passive de bande passante dans les cellules qui seront visitées pour les sessions en cours et de contrôle d’admission des demandes de nouvelles sessions prenant en compte la mobilité des utilisateurs et le comportement des cellules. Les résultats de simulation indiquent que cette approche réduit largement les ruptures abruptes de sessions en cours, offre un taux de refus de nouvelles demandes de connexion acceptable et un taux élevé d’utilisation de la bande passante. Dans la troisième partie de la thèse, nous nous penchons sur la principale limite de la première et deuxième parties de la thèse, à savoir l’évolutivité (selon le nombre d’utilisateurs) et proposons une plateforme qui intègre des modèles de prédiction de mobilité avec des modèles de prédiction de la bande passante disponible. En effet, dans les deux parties précédentes de la thèse, les prédictions de la mobilité sont effectuées pour chaque utilisateur. Ainsi, pour rendre notre proposition de plateforme évolutive, nous proposons des modèles de prédiction de mobilité par groupe d’utilisateurs en nous basant sur : (a) les profils des utilisateurs (c’est-à-dire leur préférence en termes de caractéristiques de route) ; (b) l’état du trafic routier et le comportement des utilisateurs ; et (c) la structure spatiale de la zone de déplacement. Les résultats de simulation montrent que la plateforme proposée améliore la performance du réseau comparée aux plateformes existantes qui proposent des modèles de prédiction de la mobilité par groupe d’utilisateurs pour la réservation de bande passante.

Rôle du régulateur Fur et des petits ARN non codants RfrA et RfrB dans l’homéostasie du fer et la virulence de Salmonella

La régulation de l’homéostasie du fer est cruciale chez les bactéries. Chez Salmonella, l’expression des gènes d’acquisition et du métabolisme du fer au moment approprié est importante pour sa survie et sa virulence. Cette régulation est effectuée par la protéine Fur et les petits ARN non codants RfrA et RfrB. Le rôle de ces régulateurs est d’assurer que le niveau de fer soit assez élevé pour la survie et le métabolisme de Salmonella, et assez faible pour éviter l’effet toxique du fer en présence d’oxygène. Les connaissances concernant le rôle de ces régulateurs ont été principalement obtenues par des études chez S. Typhimurium, un sérovar généraliste causant une gastro-entérite chez les humains. Très peu d’informations sont connues sur le rôle de ces régulateurs chez S. Typhi, un sérovar humain-spécifique responsable de la fièvre typhoïde. Le but de cette étude était de déterminer les rôles de Fur, RfrA et RfrB dans l’homéostasie du fer et la virulence de Salmonella, et de démontrer qu’ils ont une implication distincte chez les sérovars Typhi et Typhimurium. Premièrement, Fur, RfrA et RfrB régulent l’homéostasie du fer de Salmonella. Les résultats de cette étude ont démontré que Fur est requis pour la résistance au stress oxydatif et pour une croissance optimale dans différentes conditions in vitro. La sensibilité du mutant fur est due à l’expression des petits ARN RfrA et RfrB, et cette sensibilité est beaucoup plus importante chez S. Typhi que chez S. Typhimurium. Également, Fur inhibe la transcription des gènes codant pour les sidérophores en conditions riches en fer, tandis que les petits ARN RfrA et RfrB semblent être importants pour la production d’entérobactine et de salmochélines chez S. Typhi lors de conditions pauvres en fer. Ensuite, ces régulateurs affectent la virulence de Salmonella. Fur est important pour la motilité de Salmonella, particulièrement chez S. Typhi. Fur est nécessaire pour l’invasion des deux sérovars dans les cellules épithéliales, et pour l’entrée et la survie de S. Typhi dans les macrophages. Chez S. Typhimurium, Fur ne semble pas impliqué dans l’interaction avec les macrophages. De plus, les petits ARN RfrA et RfrB sont importants pour la multiplication intracellulaire de Salmonella dans les macrophages pour les deux sérovars. Finalement, la protéine Fur et les petits ARN RfrA et RfrB régulent l’expression de l’opéron fimbriaire tcf, absent du génome de S. Typhimurium. Un site de liaison putatif de la protéine Fur a été identifié dans la région promotrice de tcfA chez S. Typhi, mais une régulation directe n’a pas été confirmée. L’expression de tcf est induite par le fer et par Fur, et est inhibée par les petits ARN RfrA et RfrB. Ainsi, ces régulateurs affectent des gènes de virulence qui sont retrouvés spécifiquement chez S. Typhi. En somme, ce projet a permis de démontrer que les régulateurs de l’homéostasie du fer de Salmonella peuvent affecter la résistance de cette bactérie pathogène à différents stress, notamment le stress oxydatif, la croissance en conditions de carence en fer ainsi que la virulence. Ces régulateurs jouent un rôle distinct chez les sérovars Typhi et Typhimurium.

Accompagnement de l'élève de 16 à 24 ans en formation générale des adultes du Québec et réussite au sein de l'école

Afin d’enrichir les outils en matière de solution au décrochage scolaire, cette recherche s’intéresse à l’accompagnement de l’élève et à la réussite au sein de l’école. Elle se déroule dans le cadre de la formation générale des adultes (FGA) âgés de 16 à 24 ans et fréquentant les centres d’éducation des adultes du Québec (CÉA). L’objectif général est de décrire ce qui se fait comme pratiques d’accompagnement de l’élève pour la réussite tout en identifiant les caractéristiques et les objectifs de ces pratiques. Pour ce faire, trois questions de recherche ont été étudiées à savoir : 1) que se fait-il comme pratiques d’accompagnement en FGA, 2) quels sont les objectifs poursuivis par ces pratiques et, enfin, 3) quelles sont les caractéristiques de ces pratiques? Cette étude s’appuie sur l’approche de la sociologie de l'éducation de François Dubet (1994) et propose d’examiner trois dimensions (pédagogique, personnelle et sociale) et sept formes de pratiques d’accompagnement de l’élève : le tutorat, le counseling, le compagnonnage, l’entraide par les pairs, le mentorat, le cybermentorat et les pratiques pédagogiques des enseignants. La démarche étant d’établir un ensemble de pratiques d’accompagnement de l’élève comme il se présente dans le milieu, puisque toutes les pratiques d'accompagnement n’avaient pas été, avant notre recherche, répertoriées en tant que telles. Les résultats obtenus permettent de constater la présence d’un déploiement important de plusieurs pratiques d’accompagnement de l’élève en FGA incluant les pratiques pédagogiques des enseignants. En effet, le tutorat et le counseling sont deux pratiques qui obtiennent des scores importants. De plus, il aura été possible de documenter de façon assez complète les pratiques pédagogiques des enseignantes dites « d’accompagnement de l’élève » et de comprendre l’articulation de l’ensemble de ces pratiques avec la réussite de l’élève au sein de l’école. Au terme de cette recherche, deux sources de connaissances ont été mises en évidence. D’abord, la première découle des composantes issues du modèle théorique à l’étude, ensuite, la deuxième concerne l’explicitation des pratiques pédagogiques des enseignants. Dans les deux cas, les résultats, ainsi que les analyses, révèlent le caractère central de la dimension pédagogique dans l’accompagnement de l’élève en FGA, ce qui nous renvoie à l’importante contribution, en matière d’accompagnement de l’élève en FGA, de l’enseignant, puisque ce dernier inclut l’accompagnement de l’élève dans l’acte même d’enseigner.

Évaluation économique des services écosystémiques dans la région de Montréal : analyse spatiale et préférences exprimées

Les services écosystémiques (SE) réfèrent aux bénéfices que produisent et soutiennent la biodiversité et les écosystèmes et qui profitent à l’être humain. Dans beaucoup de cas, ils ne sont pas pris en compte dans le système économique. Cette externalisation des SE engendre des décisions sur l’utilisation du territoire et des ressources naturelles qui ignorent leur contribution à la qualité de vie des communautés. Afin notamment de sensibiliser l’opinion publique à l’importance des SE et de mieux les intégrer dans les processus décisionnels, ont été développées des démarches d’évaluation économique des SE. Dans cette thèse, nous avons cherché à comprendre à la fois comment l’utilisation passée et actuelle des sols dans la région de Montréal affecte la valeur des SE et comment ces aménités naturelles sont perçues et valorisées par la population, dans une perspective d’aménagement futur du territoire. Pour ce faire, nous avons utilisé deux approches : l’analyse spatiale recourant aux systèmes d’information géographique et l’analyse des préférences exprimées par des techniques d’enquête. Pour l’analyse spatiale, nous avons combiné des analyses cartographiques à des valeurs monétaires associées aux SE publiées dans la littérature. Nous avons alors estimé la valeur des écosystèmes d’un territoire par le transfert de bénéfices, de prix de marchés directs et de coûts évités. Cette démarche nous a permis de comprendre la relation entre l’utilisation actuelle du territoire du Grand Montréal écologique et la valeur des services fournis par les écosystèmes, que nous avons estimée à 2,2 milliards de dollars par année. Elle nous a permis aussi de mesurer les effets sur la valeur des SE du changement d’utilisation des sols entre les années 1960 et 2010. Nous avons montré que malgré différentes politiques de contrôle et d’encadrement de l’étalement urbain au cours de cette période, les pertes économiques non marchandes liées aux SE s’élèvent à 236 millions de dollars par année. Pour l’analyse des préférences exprimées, nous avons utlilisé deux méthodes, l’évaluation contingente et le choix multi-attributs, avec l’objectif de mesurer le consentement à payer de répondants pour des variations dans l’aménagement du territoire. Nous avons montré d’une part que les répondants valorisent significativement l’incidence des pratiques agro-environnementales sur la qualité de l’environnement et des paysages en consentant à payer entre 159 et 333 dollars par ménage par année pour une amélioration de la diversité du paysage agricole. D’autre part, leur volonté à payer pour l’amélioration de l’état des milieux humides du Québec est estimée entre 389 et 455 dollars par ménage par année. L’utilisation conjointe des deux méthodes nous a permis d’en comparer les résultats. Nous avons en outre démontré que le choix du format de question de valorisation de l’évaluation contingente affecte la convergence des résultats. Enfin, nous avons proposé des pistes de recherches futures portant sur l’intégration des démarches d’analyse biophysique, économique et politique dans des outils de prise de décision mieux adaptés à la dynamique des écosystèmes, de la biodiversité et des communautés humaines.

Étude in vivo de la relation entre la structure et la fonction de la boucle variable de l'ARN de transfert de la sélénocystéine d'E. coli

La sélénocystéine est le 21e acide aminé encodé génétiquement et on la retrouve à travers les trois domaines de la vie. Elle est synthétisée sur l'ARNtSec par un processus unique. L'ARNtSec se distingue également au niveau structural. La tige acceptrice possède 8 (procaryotes) et 9 (eucaryotes) paires de bases, contrairement aux ARNt canoniques qui ont invariablement 7 paires de bases dans la tige acceptrice. De plus, la tige D a 2 paires de bases additionnelles qui remplacent les interactions tertiaires universelles 8-14, 15-48 qui sont absentes chez l'ARNtSec. D'autre part, la longueur de la boucle variable de l'ARNtSec est plus longue que la majorité des ARNt de type II. Dans ce mémoire, on se concentre sur la région de la boucle variable de l'ARNtSec . La recherche consiste à distinguer les paires de bases de la boucle variable qui sont essentielles à la biosynthèse et l’insertion de la sélénocystéine. De plus, on regarde si la paire de base additionnelle de la tige acceptrice de l'ARNtSec (procaryote) est essentielle pour l'insertion de la sélénocystéine. Pour répondre à ces questions, on a utilisé l'approche expérimentale Évolution Instantanée qui consiste au criblage in vivo d'ARNtSec fonctionnels chez E. coli. Dans ce travail, on montre que l'insertion de la sélénocystéine ne nécessite pas une spécificité de la longueur ou de la séquence de l'ARNtSec. On montre aussi que ni la longueur de la tige acceptrice ou du domaine tige acceptrice/tige T n'est essentielle pour avoir un ARNtSec fonctionnel.

Vers des assemblages de complexes métalliques oligonucléaires, servant d’antenne solaire au niveau moléculaire

Les fichiers additionnels sont les données cristallographiques en format CIF. Voir le site de la Cambridge Crystallographic Data Centre pour un visualiseur: http://www.ccdc.cam.ac.uk

Classification et relations entre les traits fonctionnels des crustacés zooplanctoniques : de l’organisme à l’écosystème

Les écologistes reconnaissent depuis longtemps que les organismes sont soutenus par le flux, l’emmagasinage et le renouvellement d’énergie et de matériel de l’écosystème, puisqu’ils sont nécessaires au métabolisme biologique et à la construction de biomasse. L’importance des organismes dans la régularisation des processus écosystémiques est maintenant de plus en plus considérée. Situé au centre des chaînes trophiques aquatiques, le zooplancton influence les flux d’énergie et de matériel dans les écosystèmes. Plusieurs de leurs caractéristiques sont connues comme étant de bons indicateurs de leur effet sur l’environnement, notamment leur taille, contenu corporel et taux métabolique. La plupart de ces caractéristiques peuvent être appelées « traits fonctionnels ». Alors que l’emploi des traits devient de plus en plus populaire en écologie des communautés aquatiques, peu ont su utiliser cette approche afin de concrètement lier la structure des communautés zooplanctoniques aux processus écosystémiques. Dans cette étude, nous avons colligé les données provenant d’une grande variété de littérature afin de construire une base de données sur les traits du zooplancton crustacé contribuant directement ou indirectement aux flux de C, N et P dans les écosystèmes. Notre méta-analyse a permis d’assembler plus de 9000 observations sur 287 espèces et d’identifier par le fait même ce qu’il manque à nos connaissances. Nous avons examiné une série de corrélations croisées entre 16 traits, dont 35 étaient significatives, et avons exploré les relations entre les unités taxonomiques de même qu’entre les espèces marines et d’eaux douces. Notre synthèse a entre autres révélé des patrons significativement différents entre le zooplancton marin et dulcicole quant à leur taux de respiration et leur allométrie (masse vs. longueur corporelle). Nous proposons de plus une nouvelle classification de traits liant les fonctions des organismes à celles de l’écosystème. Notre but est d’offrir une base de données sur les traits du zooplancton, des outils afin de mieux lier les organismes aux processus écosystémiques et de stimuler la recherche de patrons généraux et de compromis entre les traits.

Le devoir syndical de représentation sous l'angle de la Charte des droits et libertés de la personne: le cas des clauses" orphelin"

En raison des présentes transformations du marché du travail, le mouvement syndical est à la recherche d’un nouvel équilibre. Dans ce contexte plutôt changeant, réorganisations et flexibilité se négocient en échange d’une protection accrue pour ceux qui demeurent en emploi. Si d’une part, ceci mène à une prolifération de nouvelles formes d’emploi atypiques et de disparités de traitement, d’autre part la constitutionnalisation du droit du travail change le rapport quant à l’universalisme syndical. Nous nous sommes alors interrogée sur les impacts que cela peut avoir sur le devoir syndical de représentation. Prenant cela en considération, nous avons voulu au cours de notre recherche faire la lumière tant sur certains impacts de la négociation de clauses de disparité de traitement dans les milieux de travail syndiqués que sur les défis contemporains du droit du travail et de l’emploi. Cette thèse propre au champ d’études que sont les relations industrielles se distingue des autres recherches dans le même domaine en se concentrant sur l’effet empirique de la mise en œuvre d’une norme, par l’étude de deux cas suggestifs. Plus précisément, notre thèse avait comme principal objectif de répondre à la question suivante : Quels sont les effets sur l’acteur (action) syndical du recours à la norme d’égalité, à la suite la négociation de clauses « orphelin »? Pour y parvenir, nous avons dû reconstituer comment les acteurs syndicaux s’étaient approprié l’espace ouvert par la constitutionnalisation du droit du travail. Nous avons utilisé une méthode qualitative, impliquant une revue de la littérature sociohistorique, théorique et juridique, une analyse de la jurisprudence existant à ce sujet et l’étude de deux cas portant sur la négociation d’une clause « orphelin » le tout représentant soixante entrevues semi-dirigées dans plusieurs casernes et palais de justice. Les connaissances acquises permettent au plan empirique une meilleure compréhension des interactions possibles entre acteurs, institutions et stratégies lors de la mise en œuvre de la norme d’égalité ainsi que des déterminants de l’action (ou de l’inaction) syndicale. Sur le plan pratique, nous espérons que notre thèse puisse guider toute personne ou tout groupe de personnes désirant mettre en œuvre des mesures égalitaires, tant pour éviter certains écueils reliés à ces actions ou réactions suscitées par la mise en œuvre du droit à l’égalité, que pour mesurer l’efficacité des actions entreprises. De surcroît, sur le plan théorique, nous croyons que de mettre à l’épreuve un modèle théorique recoupant stratégies et institutions permettra d’aborder les problèmes à la fois au niveau de l’acteur et au niveau structurel. Les résultats obtenus aident à comprendre en quoi et comment peut se construire l’action syndicale dans certains (2) cas de mise en œuvre de la norme d’égalité. Le choix de différentes stratégies ne peut pas être dissocié des différents contextes économiques, sociaux et juridiques, ni des capacités stratégiques des différents acteurs en cause. Les principales contraintes identifiées ont pu être imputées tant aux structures de l’association syndicale qu’aux différents univers normatifs mobilisés. Les sources de tensions vécues dans les milieux à l’étude ont été rattachées notamment aux perceptions d’injustice et à la méconnaissance des différentes normes juridiques. En conséquence, il faut conclure que pour les associations syndicales (sans se restreindre à celles à l’étude), la question d’iniquité pourrait avoir de graves conséquences et non seulement sur le devoir de représentation. Nous avons spécialement souligné la fragilisation de leurs assises, dans leurs deux pôles d’actions : d’acteur économique (faille dans la capacité d’action traditionnelle) et d’acteur politique (climat hostile au syndicalisme). Nous souhaitons que l’acteur syndical puisse mobiliser, à la lumière des résultats de notre recherche, des arguments concourant à repenser l’action syndicale, que nous croyons être plus pertinente que jamais. Nous croyons également que les différents acteurs du monde du travail pourraient s’approprier certaines de nos recommandations afin de favoriser une citoyenneté au travail plus inclusive.