Implementation of a Neural Network Classifier for Noise Sources in the Ocean

The paper investigates the feasibility of implementing an intelligent classifier for noise sources in the ocean, with the help of artificial neural networks, using higher order spectral features. Non-linear interactions between the component frequencies of the noise data can give rise to certain phase relations called Quadratic Phase Coupling (QPC), which cannot be characterized by power spectral analysis. However, bispectral analysis, which is a higher order estimation technique, can reveal the presence of such phase couplings and provide a measure to quantify such couplings. A feed forward neural network has been trained and validated with higher order spectral features

Soft Computing Approach for Optimization of siRNA Efficiency Prediction for Post-transcriptional Gene Silencing

Post-transcriptional gene silencing by RNA interference is mediated by small interfering RNA called siRNA. This gene silencing mechanism can be exploited therapeutically to a wide variety of disease-associated targets, especially in AIDS, neurodegenerative diseases, cholesterol and cancer on mice with the hope of extending these approaches to treat humans. Over the recent past, a significant amount of work has been undertaken to understand the gene silencing mediated by exogenous siRNA. The design of efficient exogenous siRNA sequences is challenging because of many issues related to siRNA. While designing efficient siRNA, target mRNAs must be selected such that their corresponding siRNAs are likely to be efficient against that target and unlikely to accidentally silence other transcripts due to sequence similarity. So before doing gene silencing by siRNAs, it is essential to analyze their off-target effects in addition to their inhibition efficiency against a particular target. Hence designing exogenous siRNA with good knock-down efficiency and target specificity is an area of concern to be addressed. Some methods have been developed already by considering both inhibition efficiency and off-target possibility of siRNA against agene. Out of these methods, only a few have achieved good inhibition efficiency, specificity and sensitivity. The main focus of this thesis is to develop computational methods to optimize the efficiency of siRNA in terms of “inhibition capacity and off-target possibility” against target mRNAs with improved efficacy, which may be useful in the area of gene silencing and drug design for tumor development. This study aims to investigate the currently available siRNA prediction approaches and to devise a better computational approach to tackle the problem of siRNA efficacy by inhibition capacity and off-target possibility. The strength and limitations of the available approaches are investigated and taken into consideration for making improved solution. Thus the approaches proposed in this study extend some of the good scoring previous state of the art techniques by incorporating machine learning and statistical approaches and thermodynamic features like whole stacking energy to improve the prediction accuracy, inhibition efficiency, sensitivity and specificity. Here, we propose one Support Vector Machine (SVM) model, and two Artificial Neural Network (ANN) models for siRNA efficiency prediction. In SVM model, the classification property is used to classify whether the siRNA is efficient or inefficient in silencing a target gene. The first ANNmodel, named siRNA Designer, is used for optimizing the inhibition efficiency of siRNA against target genes. The second ANN model, named Optimized siRNA Designer, OpsiD, produces efficient siRNAs with high inhibition efficiency to degrade target genes with improved sensitivity-specificity, and identifies the off-target knockdown possibility of siRNA against non-target genes. The models are trained and tested against a large data set of siRNA sequences. The validations are conducted using Pearson Correlation Coefficient, Mathews Correlation Coefficient, Receiver Operating Characteristic analysis, Accuracy of prediction, Sensitivity and Specificity. It is found that the approach, OpsiD, is capable of predicting the inhibition capacity of siRNA against a target mRNA with improved results over the state of the art techniques. Also we are able to understand the influence of whole stacking energy on efficiency of siRNA. The model is further improved by including the ability to identify the “off-target possibility” of predicted siRNA on non-target genes. Thus the proposed model, OpsiD, can predict optimized siRNA by considering both “inhibition efficiency on target genes and off-target possibility on non-target genes”, with improved inhibition efficiency, specificity and sensitivity. Since we have taken efforts to optimize the siRNA efficacy in terms of “inhibition efficiency and offtarget possibility”, we hope that the risk of “off-target effect” while doing gene silencing in various bioinformatics fields can be overcome to a great extent. These findings may provide new insights into cancer diagnosis, prognosis and therapy by gene silencing. The approach may be found useful for designing exogenous siRNA for therapeutic applications and gene silencing techniques in different areas of bioinformatics.

Case Management in der ambulanten gerontopsychiatrischen Versorgung

In der vorliegenden Arbeit wird ein am Strengths-Modell orientiertes Case Management-Projekt zur Prozess- und Ergebnisoptimierung der bereits bestehenden ambulanten gerontopsychiatrischen Versorgungsstruktur untersucht. Dazu arbeitete eine Krankenpflegerin mit psychiatrischer Fachausbildung in einer Berliner Sozialstation auf Basis einer professionellen Beziehung für 4-6 Wochen bei Klientinnen mit gerontopsychiatrischen Problemlagen, erstellte ein Assessment, leistete notwendige Unterstützung zunächst selbst, vermittelte gestützt auf die eigenen Erfahrungen weiterführende Dienste, leitete diese Dienste an, zog sich dann aus dem direkten Kontakt mit den Klientinnen zurück und blieb beratend für die weiterführenden Dienste verfügbar. Zur Untersuchung des Projekts wurden qualitative und quantitative Verfahren eingesetzt. Zur Beschreibung der Inhalte wurden die für jede Klientin verfasste Dokumentation und die Ergebnisse von grob strukturierten Interviews mit der Case Managerin, angelehnt an eine reduzierte Form der Methode Grounded Theory, in einem iterativen Prozess analysiert. In einem zweiten Schritt wurde dann untersucht, inwieweit die einzelnen Arbeitsinhalte des Case Managements die sozial-räumlichdingliche Umweltanpassung und Proaktivität der Klientinnen unterstützten. Die Wirkungen des Projektes auf Kognition, Aktivitäten des täglichen Lebens (ADL), Instrumentelle Aktivitäten des täglichen Lebens (IADL), Stimmung sowie soziales und störendes Verhalten wurden mittels eines standardisierten Fragebogens mit einem quasi-experimentellen prospektiven Untersuchungsdesign analysiert. Zur Analyse der subjektiven Wirkung des Projektes auf Angehörige wurden in den Ergebnissen von grob strukturierten Interviews mittels eines iterativen Prozesses Themen identifiziert. Die Klientinnen (n=11) erhielten durchschnittlich 23 Stunden Case Management. Neben den typischen Case Management-Aufgaben führte die Case Managerin, basierend auf den Gewohnheiten, Interessen und Selbsteinschätzungen der Klientinnen, therapeutische und pflegerische Maßnahmen durch und unterstützte dabei die sozial-dinglichräumliche Umweltanpassung und Proaktivität der Klientinnen. Zusätzlich wurden Hauspflegerinnen von der Case Managerin individuell in der Wohnung von Klientinnen hinsichtlich der Kommunikation mit und Unterstützung der Proaktivität von Klientinnen angeleitet. Die Hauspflegerinnen führten die von der Case Managerin eingeleiteten Maßnahmen erfolgreich fort. Bei den Klientinnen zeigten sich signifikante Verbesserungen in Gedächtnis, Stimmung, IADL-Funktionen und Sozialverhalten, aber nicht in ADL-Funktionen und störendem Verhalten. Diese Verbesserungen wurden subjektiv von den Angehörigen (n=7) bestätigt. Zusätzlich empfanden Angehörige eine zeitliche aber keine psychische Entlastung. Mit diesem Projekt wurde gezeigt, dass ein zeitlich begrenztes klientenzentriertes Case Management kognitive, soziale und emotionale Funktionen von gerontopsychiatrisch Erkrankten verbessert, Angehörige zeitlich entlastet und dass Hauspflegerinnen bei entsprechender Anleitung die vom Case Management eingeleiteten Maßnahmen fortführen können. In Folgestudien mit größerem Umfang sollten diese Ergebnisse überprüft werden um dann zu entscheiden, ob dieser Ansatz geeignet ist, die ambulante gerontopsychiatrische Versorgung gemeindenah zu verbessern.

Entwicklung und Validierung der Steigbildmethode zur Differenzierung von ausgewählten Lebensmitteln aus verschiedenen Anbausystemen und Verarbeitungsprozessen

Zusammenfassung (deutsch) Seit den 1980iger Jahren wächst die Bedeutung der sog. Bildschaffenden Methoden für die Bestimmung der Qualität ökologischer Produkte. Zu diesen Methoden gehört die Biokristallisation, Steigbild und Rundfilter-Chromatographie. Die Ergebnisse dieser Methoden sind Bilder, die anhand definierter Kriterien ausgewertet werden. Bei der Biokristallisation sind es mehr oder weniger geordnete Kristallisationen auf einer Glasplatte, bei dem Steigbild zweidimensionale Strukturen auf Chromatographiepapier. In der Vergangenheit wurden die Bilder von Spezialisten ausgewertet, die nach einer längeren Schulung produktspezifische Kriterien entwickelt hatten. Im Gegensatz zur Dünnschicht-Chromatographie, wo der einzelne Stoff von der Matrix separiert wird, ist das Ziel beim Steigbild, Strukturen der möglichst ganzen Probe zu erzeugen. Die Methode wurde von Kolisko in den 1929iger Jahren entwickelt, wobei eine Kombination aus Chromatographieprozess und Metallkomplexreaktionen genutzt wurde. Die Firma WALA entwickelte die Methode für die Kontrolle ihrer Produkte und setze Silbernitrat und Eisensulfat ein. Bisher wurde die Methode qualitativ beschreibend ausgewertet, wobei einzelne Bildelemente und deren Interaktion beschrieben wurden. Deshalb musste für die vorliegende Arbeit Auswertungsmethoden entwickelt werden, mit denen auch eine statistische Bearbeitung der Ergebnisse möglich ist (nominale Unterscheidung von proben anhand der Bilder). Die Methode wurde bisher in einer Reihe von Studien eingesetzt (u.a. die Unterscheidung von Produktionsweisen). Obwohl die Bilder nur qualitativ ausgewertet wurden, konnten geschulte Prüfpersonen Proben aus verschiedenen Anbausystemen anhand der Bilder trennen. Die Ergebnisse wurden aber nicht so dokumentiert, dass sie den Erfordernissen internationaler Standardnormen für Laboratorien genügten. Deshalb mussten für diese Arbeit zunächst die Prozeduren dokumentiert und eine systematische Untersuchung zu den Einflussgrößen durchgeführt werden. Dazu wurde die visuelle Bildauswertung entwickelt und standardisiert. Die visuelle Bildauswertung basiert auf morphologischen Kriterien der Bilder von den untersuchten Weizen- und Möhrenproben. Ein Panel aus geschulten Personen entwickelte dann die Kriterien und legte sie anhand von Referenzbildern fest. Die Bilder der vorliegenden Arbeit wurden mit der einfach beschreibenden Prüfung ausgewertet, wie sie aus der sensorischen Prüfung von Lebensmitteln übernommen werden konnte. Mit geschulten und ungeschulten Prüfpersonen wurden Weizenproben und verschiedene Möhrensäfte mit der sog. Dreiecksprüfung ausgewertet (von ISO 4120). Alle Laborprozeduren wurden dokumentiert. Mit der Anwendung dieser Prozeduren wurden Vergleichsversuche mit Laboren in Dänemark und Holland (BRAD, LBI) durchgeführt. Die Ergebnisse waren sowohl für Weizen- als auch für Möhrenproben vergleichbar, wobei alle drei Labore zwischen jeweils zwei Proben unterscheiden konnten. Die systematische Untersuchung zu den Einflussgrößen zeigte, dass das Unterscheidungsvermögen der Methode vor allem von den klimatischen Bedingungen während der Steigphasen beeinflusst wird. Auch die Präkonditionierung der Papiere hat einen großen Einfluss, während die Wasserqualität (ultra-filtriert, de-ionisiert, destilliert) eine untergeordnete Bedeutung hat. Für Weizen- und Möhrenproben wurde sowohl die Wiederholbarkeit als auch die Reproduzierbarkeit getestet. Die Unterschiede in den Bildern der verschiedenen Proben waren dabei immer größer als die Variation durch Proben- und Bildwiederholung und das Labor. Die so charakterisierte Methode wurde auf kodierte Proben von definierten Feldversuchen und auf Marktproben (Paarvergleich von Anbausystemen ökologisch und konventionell) angewandt, wobei als Ergebnis mehr als 90% der Proben mit der einfach beschreibenden Prüfung anhand der Bilder unterschieden werden konnten. Die Auswertung mit der Dreiecksprüfung zeigte, dass sowohl Sorten und Verarbeitungsschritte (Saft) als auch Anbauweisen signifikant getrennt wurden. Darüber hinaus wurde die Methode auch erfolgreich auf Apfelproben angewandt. Weitere Untersuchungen müssen zeigen, ob sich das Potential der Methode, verschiedene Fragen wie die Authentizitätsprüfung von Lebensmitteln verifizieren lassen.

Evaluation of the agricultural vocational training programmes conducted by the Krishi Vigyan Kendras (Farm Science Centres) in Indian Punjab

Krishin Vigyan Kendras-KVKs (Farm Science Centres) have been established by the Indian Council of Agricultural Research in 569 districts. The trust areas of KVKs are refinement and demonstration of technologies, and training of farmers and extension functionaries. Imparting vocational trainings in agriculture and allied fields for the rural youth is one of its mandates. The study was undertaken to do a formative and summative (outcome and impact) evaluation of the beekeeping and mushroom growing vocational training programmes in the Indian state of Punjab. One-group pre and post evaluation design was employed for conducting a formative and outcome evaluation. The knowledge tests were administered to 35 beekeeping and 25 mushroom cultivation trainees, before and after the training programmes organized in 2004. The trainees significantly gained in knowledge. A separate sample of 640 trainees, trained prior to 2004, was selected for finding the adoption status. Out of 640, a sample of 200 was selected by proportionate sampling technique out of three categories, namely: non-adopters, discontinued-adopters and continued-adopters for evaluating the long-term impact of these training programmes. Ex-post-facto one-shot case study design was applied for this impact analysis. The vocational training programmes have resulted in continued-adoption of beekeeping and mushroom cultivation enterprises by 20% and 51% trained farmers, respectively. Age and trainee occupation had significant influence on the adoption decision of beekeeping vocation, whereas education and family income significantly affected the adoption decision of mushroom cultivation. The continued adopters of beekeeping and mushroom growing had increased their family income by 49% and 24%, respectively. These training programmes are augmenting the dwindling farm income of the farmers in Indian Punjab.

A Study of a Comprehensive Career Services System in Chinese Universities

Since 1999, with the adoption of expansion policy in higher education by the Chinese government, enrollment and graduate numbers have been increasing at an unprecedented speed. Accustomed to a system in which university graduates were placed, many students are not trained in “selling themselves”, which exacerbates the situation leading to a skyrocketing unemployment rate among new graduates. The idea of emphasizing career services comes with increasing employment pressure among university graduates in recent years. The 1998 “Higher Education Act” made it a legislative requirement. Thereafter, the Ministry of Education issued a series of documents in order to promote the development of career services. All higher education institutions are required to set up special career service centers and to set a ratio of 1:500 between career staff and the total number of students. Related career management courses, especially career planning classes, are required to be clearly included as specific modules into the teaching plan with a requirement of no less than 38 sessions in one semester at all universities. Developing career services in higher education has thus become a hot issue. One of the more notable trends in higher education in recent years has been the transformation of university career service centers from merely being the coordinators of on-campus placement into full service centers for international career development. The traditional core of career services in higher education had been built around guidance, information and placements (Watts, 1997). This core was still in place, but the role of higher education career services has changed considerably in recent years and the nature of each part is being transformed (Watts, 1997). Most services are undertaking a range of additional activities, and the career guidance issue is emphasized much more than before. Career management courses, especially career planning classes, are given special focus in developing career services in the Chinese case. This links career services clearly and directly with the course provision function. In China, most career service centers are engaging in the transformation period from a “management-oriented” organization to a “service-oriented” organization. Besides guidance services, information services and placement activities, there is a need to blend them together with the new additional teaching function, which follows the general trend as regulated by the government. The role of career services has been expanding and this has brought more challenges to its development in Chinese higher education. Chinese universities still remain in the period of exploration and establishment in developing their own career services. In the face of the new situation, it is very important and meaningful to explore and establish a comprehensive career services system to address student needs in the universities. A key part in developing this system is the introduction of career courses and delivering related career management skills to the students. So there is the need to restructure the career service sectors within the Chinese universities in general. The career service centers will operate as a hub and function as a spoke in the wheel of this model system, providing support and information to staff located in individual teaching departments who are responsible for the delivery of career education, information, advice and guidance. The career service centers will also provide training and career planning classes. The purpose of establishing a comprehensive career services system is to provide a strong base for student career development. The students can prepare themselves well in psychology, ideology and ability before employment with the assistance of effective career services. To conclude, according to the different characteristics and needs of students, there will be appropriate services and guidance in different stages and different ways. In other words, related career services and career guidance activities would be started for newly enrolled freshmen and continue throughout their whole university process. For the operation of a comprehensive services system, there is a need for strong support by the government in the form of macro-control and policy guarantee, but support by the government in the form of macro-control and policy guarantee, but also a need for close cooperation with the academic administration and faculties to be actively involved in career planning and employment programs. As an integral function within the universities, career services must develop and maintain productive relationships with relevant campus offices and key stakeholders both within the universities and externally.

Factors influencing a conversion to organic farming in Nepalese tea farms

Organic agriculture in developing countries has increased in past decades especially due to the high demand of organic products in developed countries. The rate of conversion to organic production in Nepal, however, is observed much slower than expected. This study investigates factors that determine the conversion to organic production using Nepalese tea producers as a case study. A survey of 181 farmers was conducted in the Ilam and Panchthar district of Nepal, among which 86 were organic farmers and 95 were conventional farmers. A discriminant analysis was used to identify socio-economic characteristics that distinguish conventional and organic farmers. Results from the estimated discriminant function suggest that farmers located in a distance from regional markets, older in age, better trained, affiliated with institutions and having larger farms are more likely to adopt organic production. Similarly, a factor analysis shows that environmental awareness, bright market prospects, observable economic benefit and health consciousness are the major factors influencing farmers’ decisions on the conversion to organic production. While planning programs for the development of the organic tea sector in Nepal, policy makers should consider the support of farmers’ institutions, provision of training to farmers and raise farmers’ awareness about the environmental, economic and health benefits of organic farming.