Identification of damping: Part 4, error analysis

In previous papers (S. Adhikari and J. Woodhouse 2001 Journal of Sound and Vibration 243, 43-61; 63-88; S. Adhikari and J. Woodhouse 2002 Journal of Sound and Vibration 251, 477-490) methods were proposed to obtain the coefficient matrix for a viscous damping model or a non-viscous damping model with an exponential relaxation function, from measured complex natural frequencies and modes. In all these works, it has been assumed that exact complex natural frequencies and complex modes are known. In reality, this will not be the case. The purpose of this paper is to analyze the sensitivity of the identified damping matrices to measurement errors. By using numerical and analytical studies it is shown that the proposed methods can indeed be expected to give useful results from moderately noisy data provided a correct damping model is selected for fitting. Indications are also given of what level of noise in the measured modal properties is needed to mask the true physical behaviour.

PCR-SSCP and Isoelectric Focusing as Screening Methods for Identification of (Sub-) Tropical Fish Species

To ensure the authentication of fishery products lacking biological characters, rapid species identification methods are required. Two DNA- and protein-based methods, PCR-SSCP (polymerase chain reaction - single strand conformation polymorphism) of a 464 bp segment of the cytochrome b – gene and isoelectric focusing (IEF) of water-soluble proteins from fish fillets, were applied to identify fillets of (sub-) tropical fish species available on the European market. Among the samples analysed were two taxonomically identified species from the family Sciaenidae and one from Sphyraenidae. By comparison of DNA- and protein patterns of different samples, information about intra-species variability of patterns, and homogeneity of batches (e.g. fillet blocks or bags) can be obtained. PCR-SSCP and IEF may be useful for pre-checking of a large number of samples by food control laboratories. Zusammenfassung Zur Sicherstellung der Authentizität von Fischerei-Erzeugnissen ohne biologische Merkmale sind schnelle Verfahren zur Speziesidentifizierung hilfreich. Zwei Methoden der DNA- bzw. Protein-Analyse wurden eingesetzt, um Filets (sub-) tropischer Fischarten, die auf dem europäischen Markt angeboten werden, zu identifizieren. Bei diesen Methoden handelt es sich um die PCR-SSCP (Polymerase-Kettenreaktion – Einzelstrang-Konformationspolymorphismus) – Analyse der PCR-Produkte und die IEF (isoelektrische Fokussierung) der wasserlöslichen Fischmuskelproteine. Unter den untersuchten Proben waren zwei taxonomisch bestimmte Arten aus der Familie Sciaenidae und eine Spezies aus der Familie Sphyraenidae. Durch Vergleich der DNA- bzw. Proteinmuster lassen sich Informationen über die intra-spezifische Variabilität solcher Muster und die Einheitlichkeit von Partien (beispielsweise Filetblöcke oder Filetbeutel) gewinnen. PCR-SSCP und IEF können in Laboratorien der Lebensmittelüberwachung als Vortest gerade bei hohen Probenzahlen sinnvoll eingesetzt werden.

Os pecados capitais e a simbologia animal na prédica de Santo Antônio

O objetivo principal deste trabalho é a análise do sermão Pecados capitais e hipocrisia, simonia, detração e adulação, circunscrito no conjunto dos escritos antonianos que se reportam ao universo dos bestiários medievais. Na obra em questão, os respectivos vícios humanos são evocados, cada qual, a partir da analogia estabelecida com o comportamento de determinados animais. Santo Antônio de Lisboa (1192-1231) viveu a maior parte de sua vida durante as primeiras décadas do período conhecido como Baixa Idade Média (século XIII ao XV). Data do início dessa era o estabelecimento de uma arte de pregar medieval, que toma como referência as idéias propaladas no princípio do Cristianismo, a filosofia dos Padres da Igreja e, por fim, os diversos preceptores do século XIII, que espelhavam o novo contorno do qual havia se revestido a teoria da prédica, em que se sublinhava também a forma de pregar, até então preterida em função do conteúdo da oratória. É também nessa época que tomam vulto as ordens mendicantes, dentre as quais se destacam os franciscanos. Santo Antônio, como pregador dos Frades Menores, valeu-se dos conhecimentos adquiridos durante o período em que integrou a Ordem dos Cônegos Regrantes de Santo Agostinho; da filosofia propalada pelo fundador da Ordem instituída por São Francisco de Assis; e, por fim, de todos os artifícios que lhe oferecia a oratória de seu tempo. Dirigiu sua prédica, sobretudo, aos cátaros, hereges que desprezavam as coisas materiais, inclusive a natureza. Ao utilizar o simbolismo dos bestiários medievais, estima-se que Santo Antônio conciliou três fatores fundamentais na eficácia de seu discurso. O primeiro deles se refere à plena comunhão entre os recursos da ars praedicandi e a alegoria do bestiário medieval. Em seguida, ressalta-se a própria utilização do mundo animal como fator de eficaz eloqüência, considerando-se a concepção, em voga na sociedade medieval, de que a natureza seria um espelho codificado do universo espiritual, e nela estariam subjacentes os propósitos de Deus para com os homens. O terceiro fator a ser destacado é a harmonia entre a utilização do bestiário medieval como subsídio retórico e a filosofia dos franciscanos, que confere valor especial à natureza, sobretudo aos animais

Filogeografia e evolução molecular de lagostas sapateiras (Scyllarides spp.) da América do Sul

Nos últimos anos, duas espécies de lagostas sapateiras, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, vêm se destacando nos desembarques pesqueiros de lagostas do Atlântico Sul Ocidental. Para espécies comercialmente importantes, o desenvolvimento de estudos que permitam conhecer a variabilidade e entender a dinâmica populacional é fundamental. Assim, o objetivo do primeiro capítulo desta tese foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional dessas duas lagostas ao longo de aprox. 2.800 km da costa da América do Sul. Para as análises, foram empregados marcadores mitocondriais (citocromo oxidase I: COI; e a região controle: RC) e marcadores nucleares (13 loci de microssatélites desenvolvidos nesta tese). As duas espécies apresentaram altos níveis de variabilidade (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microssatélites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554), distribuídos homogeneamente entre as localidades (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, FST global = 0,001, Dest global = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: FST global = 0,004, Dest global = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). A ausência de estruturação nas duas espécies pode estar relacionada a características biológicas que promovem a conectividade entre localidades geograficamente distantes, como alta fecundidade e alto potencial de dispersão das larvas planctônicas. Além disso, os dados mitocondriais sugerem que a história demográfica de S. deceptor foi marcada por eventos de expansão populacionais e geográficos possivelmente relacionados às condições ambientais favoráveis dos episódios interglaciais do Pleistoceno Médio-Tardio. Diversos estudos têm mostrado que os fenômenos de inserção de regiões mitocondriais no DNA nuclear (NuMts) e heteroplasmia limitam a correta amplificação e identificação dos marcadores mitocondriais. Em estudos filogenéticos e de genética de populações, a presença inadvertida de sequências de diversas origens viola o principio de ortologia, o que pode resultar em inferências evolutivas erradas. Assim, o objetivo do segundo capítulo desta tese foi identificar e caracterizar os possíveis NuMts e sequências heteroplásmicas de três regiões mitocondriais (COI, RC e o gene da subunidade maior do RNA ribossomal: 16S) em quatro espécies do gênero Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). A clonagem e sequenciamento de extratos de DNA genômico e DNA enriquecido com mtDNA revelaram que os genomas destas espécies podem exibir NuMts (que divergem entre 0,6 e 17,6% do mtDNA) e heteroplasmia (que divergem < 0,2% do mtDNA prevalente). Os NuMts surgiram possivelmente de vários eventos independentes de integração ao núcleo ao longo da história evolutiva do gênero Scyllarides. Dependendo do seu grau de similaridade com o mtDNA, a presença de NuMts nas análises filogenéticas no nível de gênero pode causar superestimativa do número de espécies e alterações nos comprimentos dos ramos e nas relações filogenéticas entre espécies.