Maintenance of polymorphism : a theoretical approach using multilocus systems

Résumé La thématique de cette thèse peut être résumée par le célèbre paradoxe de biologie évolutive sur le maintien du polymorphisme face à la sélection et par l'équation du changement de fréquence gamétique au cours du temps dû, à la sélection. La fréquence d'un gamète xi à la génération (t + 1) est: !!!Equation tronquée!!! Cette équation est utilisée pour générer des données utlisée tout au long de ce travail pour 2, 3 et 4 locus dialléliques. Le potentiel de l'avantage de l'hétérozygote pour le maintien du polymorphisme est le sujet de la première partie. La définition commune de l'avantage de l'hétérozygote n'etant applicable qu'a un locus ayant 2 allèles, cet avantage est redéfini pour un système multilocus sur les bases de précédentes études. En utilisant 5 définitions différentes de l'avantage de l'hétérozygote, je montre que cet avantage ne peut être un mécanisme général dans le maintien du polymorphisme sous sélection. L'étude de l'influence de locus non-détectés sur les processus évolutifs, seconde partie de cette thèse, est motivée par les travaux moléculaires ayant pour but de découvrir le nombre de locus codant pour un trait. La plupart de ces études sous-estiment le nombre de locus. Je montre que des locus non-détectés augmentent la probabilité d'observer du polymorphisme sous sélection. De plus, les conclusions sur les facteurs de maintien du polymorphisme peuvent être trompeuses si tous les locus ne sont pas détectés. Dans la troisième partie, je m'intéresse à la valeur attendue de variance additive après un goulot d'étranglement pour des traits sélectionés. Une études précédente montre que le niveau de variance additive après goulot d'étranglement augmente avec le nombre de loci. Je montre que le niveau de variance additive après un goulot d'étranglement augmente (comparé à des traits neutres), mais indépendamment du nombre de loci. Par contre, le taux de recombinaison a une forte influence, entre autre en regénérant les gamètes disparus suite au goulot d'étranglement. La dernière partie de ce travail de thèse décrit un programme pour le logiciel de statistique R. Ce programme permet d'itérer l'équation ci-dessus en variant les paramètres de sélection, recombinaison et de taille de populations pour 2, 3 et 4 locus dialléliques. Cette thèse montre qu'utiliser un système multilocus permet d'obtenir des résultats non-conformes à ceux issus de systèmes rnonolocus (la référence en génétique des populations). Ce programme ouvre donc d'intéressantes perspectives en génétique des populations. Abstract The subject of this PhD thesis can be summarized by one famous paradox of evolu-tionary biology: the maintenance of polymorphism in the face of selection, and one classical equation of theoretical population genetics: the changes in gametic frequencies due to selection and recombination. The frequency of gamete xi at generation (t + 1) is given by: !!! Truncated equation!!! This equation is used to generate data on selection at two, three, and four diallelic loci for the different parts of this work. The first part focuses on the potential of heterozygote advantage to maintain genetic polymorphism. Results of previous studies are used to (re)define heterozygote advantage for multilocus systems, since the classical definition is for one diallelic locus. I use 5 different definitions of heterozygote advantage. And for these five definitions, I show that heterozygote advantage is not a general mechanism for the maintenance of polymorphism. The study of the influence of undetected loci on evolutionary processes (second part of this work) is motivated by molecular works which aim at discovering the loci coding for a trait. For most of these works, some coding loci remains undetected. I show that undetected loci increases the probability of maintaining polymorphism under selection. In addition, conclusions about the factor that maintain polymorphism can be misleading if not all loci are considered. This is, therefore, only when all loci are detected that exact conclusions on the level of maintained polymorphism or on the factor(s) that maintain(s) polymorphism could be drawn. In the third part, the focus is on the expected release of additive genetic variance after bottleneck for selected traits. A previous study shows that the expected release of additive variance increases with an increase in the number of loci. I show that the expected release of additive variance after bottleneck increases for selected traits (compared with neutral), but this increase is not a function of the number of loci, but function of the recombination rate. Finally, the last part of this PhD thesis is a description of a package for the statistical software R that implements the Equation given above. It allows to generate data for different scenario regarding selection, recombination, and population size. This package opens perspectives for the theoretical population genetics that mainly focuses on one locus, while this work shows that increasing the number of loci leads not necessarily to straightforward results.

Uncovering the genetic basis of adaptive change: on the intersection of landscape genomics and theoretical population genetics

A workshop recently held at the Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL, Switzerland) was dedicated to understanding the genetic basis of adaptive change, taking stock of the different approaches developed in theoretical population genetics and landscape genomics and bringing together knowledge accumulated in both research fields. Indeed, an important challenge in theoretical population genetics is to incorporate effects of demographic history and population structure. But important design problems (e.g. focus on populations as units, focus on hard selective sweeps, no hypothesis-based framework in the design of the statistical tests) reduce their capability of detecting adaptive genetic variation. In parallel, landscape genomics offers a solution to several of these problems and provides a number of advantages (e.g. fast computation, landscape heterogeneity integration). But the approach makes several implicit assumptions that should be carefully considered (e.g. selection has had enough time to create a functional relationship between the allele distribution and the environmental variable, or this functional relationship is assumed to be constant). To address the respective strengths and weaknesses mentioned above, the workshop brought together a panel of experts from both disciplines to present their work and discuss the relevance of combining these approaches, possibly resulting in a joint software solution in the future.

Machine learning for geospatial data : algorithms, software tools and case studies

Résumé Cette thèse est consacrée à l'analyse, la modélisation et la visualisation de données environnementales à référence spatiale à l'aide d'algorithmes d'apprentissage automatique (Machine Learning). L'apprentissage automatique peut être considéré au sens large comme une sous-catégorie de l'intelligence artificielle qui concerne particulièrement le développement de techniques et d'algorithmes permettant à une machine d'apprendre à partir de données. Dans cette thèse, les algorithmes d'apprentissage automatique sont adaptés pour être appliqués à des données environnementales et à la prédiction spatiale. Pourquoi l'apprentissage automatique ? Parce que la majorité des algorithmes d'apprentissage automatiques sont universels, adaptatifs, non-linéaires, robustes et efficaces pour la modélisation. Ils peuvent résoudre des problèmes de classification, de régression et de modélisation de densité de probabilités dans des espaces à haute dimension, composés de variables informatives spatialisées (« géo-features ») en plus des coordonnées géographiques. De plus, ils sont idéaux pour être implémentés en tant qu'outils d'aide à la décision pour des questions environnementales allant de la reconnaissance de pattern à la modélisation et la prédiction en passant par la cartographie automatique. Leur efficacité est comparable au modèles géostatistiques dans l'espace des coordonnées géographiques, mais ils sont indispensables pour des données à hautes dimensions incluant des géo-features. Les algorithmes d'apprentissage automatique les plus importants et les plus populaires sont présentés théoriquement et implémentés sous forme de logiciels pour les sciences environnementales. Les principaux algorithmes décrits sont le Perceptron multicouches (MultiLayer Perceptron, MLP) - l'algorithme le plus connu dans l'intelligence artificielle, le réseau de neurones de régression généralisée (General Regression Neural Networks, GRNN), le réseau de neurones probabiliste (Probabilistic Neural Networks, PNN), les cartes auto-organisées (SelfOrganized Maps, SOM), les modèles à mixture Gaussiennes (Gaussian Mixture Models, GMM), les réseaux à fonctions de base radiales (Radial Basis Functions Networks, RBF) et les réseaux à mixture de densité (Mixture Density Networks, MDN). Cette gamme d'algorithmes permet de couvrir des tâches variées telle que la classification, la régression ou l'estimation de densité de probabilité. L'analyse exploratoire des données (Exploratory Data Analysis, EDA) est le premier pas de toute analyse de données. Dans cette thèse les concepts d'analyse exploratoire de données spatiales (Exploratory Spatial Data Analysis, ESDA) sont traités selon l'approche traditionnelle de la géostatistique avec la variographie expérimentale et selon les principes de l'apprentissage automatique. La variographie expérimentale, qui étudie les relations entre pairs de points, est un outil de base pour l'analyse géostatistique de corrélations spatiales anisotropiques qui permet de détecter la présence de patterns spatiaux descriptible par une statistique. L'approche de l'apprentissage automatique pour l'ESDA est présentée à travers l'application de la méthode des k plus proches voisins qui est très simple et possède d'excellentes qualités d'interprétation et de visualisation. Une part importante de la thèse traite de sujets d'actualité comme la cartographie automatique de données spatiales. Le réseau de neurones de régression généralisée est proposé pour résoudre cette tâche efficacement. Les performances du GRNN sont démontrées par des données de Comparaison d'Interpolation Spatiale (SIC) de 2004 pour lesquelles le GRNN bat significativement toutes les autres méthodes, particulièrement lors de situations d'urgence. La thèse est composée de quatre chapitres : théorie, applications, outils logiciels et des exemples guidés. Une partie importante du travail consiste en une collection de logiciels : Machine Learning Office. Cette collection de logiciels a été développée durant les 15 dernières années et a été utilisée pour l'enseignement de nombreux cours, dont des workshops internationaux en Chine, France, Italie, Irlande et Suisse ainsi que dans des projets de recherche fondamentaux et appliqués. Les cas d'études considérés couvrent un vaste spectre de problèmes géoenvironnementaux réels à basse et haute dimensionnalité, tels que la pollution de l'air, du sol et de l'eau par des produits radioactifs et des métaux lourds, la classification de types de sols et d'unités hydrogéologiques, la cartographie des incertitudes pour l'aide à la décision et l'estimation de risques naturels (glissements de terrain, avalanches). Des outils complémentaires pour l'analyse exploratoire des données et la visualisation ont également été développés en prenant soin de créer une interface conviviale et facile à l'utilisation. Machine Learning for geospatial data: algorithms, software tools and case studies Abstract The thesis is devoted to the analysis, modeling and visualisation of spatial environmental data using machine learning algorithms. In a broad sense machine learning can be considered as a subfield of artificial intelligence. It mainly concerns with the development of techniques and algorithms that allow computers to learn from data. In this thesis machine learning algorithms are adapted to learn from spatial environmental data and to make spatial predictions. Why machine learning? In few words most of machine learning algorithms are universal, adaptive, nonlinear, robust and efficient modeling tools. They can find solutions for the classification, regression, and probability density modeling problems in high-dimensional geo-feature spaces, composed of geographical space and additional relevant spatially referenced features. They are well-suited to be implemented as predictive engines in decision support systems, for the purposes of environmental data mining including pattern recognition, modeling and predictions as well as automatic data mapping. They have competitive efficiency to the geostatistical models in low dimensional geographical spaces but are indispensable in high-dimensional geo-feature spaces. The most important and popular machine learning algorithms and models interesting for geo- and environmental sciences are presented in details: from theoretical description of the concepts to the software implementation. The main algorithms and models considered are the following: multi-layer perceptron (a workhorse of machine learning), general regression neural networks, probabilistic neural networks, self-organising (Kohonen) maps, Gaussian mixture models, radial basis functions networks, mixture density networks. This set of models covers machine learning tasks such as classification, regression, and density estimation. Exploratory data analysis (EDA) is initial and very important part of data analysis. In this thesis the concepts of exploratory spatial data analysis (ESDA) is considered using both traditional geostatistical approach such as_experimental variography and machine learning. Experimental variography is a basic tool for geostatistical analysis of anisotropic spatial correlations which helps to understand the presence of spatial patterns, at least described by two-point statistics. A machine learning approach for ESDA is presented by applying the k-nearest neighbors (k-NN) method which is simple and has very good interpretation and visualization properties. Important part of the thesis deals with a hot topic of nowadays, namely, an automatic mapping of geospatial data. General regression neural networks (GRNN) is proposed as efficient model to solve this task. Performance of the GRNN model is demonstrated on Spatial Interpolation Comparison (SIC) 2004 data where GRNN model significantly outperformed all other approaches, especially in case of emergency conditions. The thesis consists of four chapters and has the following structure: theory, applications, software tools, and how-to-do-it examples. An important part of the work is a collection of software tools - Machine Learning Office. Machine Learning Office tools were developed during last 15 years and was used both for many teaching courses, including international workshops in China, France, Italy, Ireland, Switzerland and for realizing fundamental and applied research projects. Case studies considered cover wide spectrum of the real-life low and high-dimensional geo- and environmental problems, such as air, soil and water pollution by radionuclides and heavy metals, soil types and hydro-geological units classification, decision-oriented mapping with uncertainties, natural hazards (landslides, avalanches) assessments and susceptibility mapping. Complementary tools useful for the exploratory data analysis and visualisation were developed as well. The software is user friendly and easy to use.

Poètiques del desig. Alteritat i escriptura a l’obra de Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses

[cat] La present investigació parteix de la urgència de revisar la poesia catalana contemporània des dels paràmetres de la teoria literària que abracen la representació del desig. Partint de l’estreta vinculació entre aquest marc teòric i les noves formulacions del subjecte líric postmodern, hem proposat l’estudi de tres grans poètiques que han marcat, cada una d’elles en el seu context socioliterari, un punt d’inflexió a la poesia catalana des d’aquest quadre teòric: Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses. Per aquest motiu, l’objectiu central de la tesi és demostrar, a través de la categoria del desig, com l’alteritat eroticoamorosa és un dels centres de representació i experimentació dels límits del subjecte poètic i quins efectes té en la construcció de la identitat textual i en el que hem anomenat matèria-emoció. La tesi no pretén ser un estudi comparatiu dels tres autors, sinó que, capturant les tres trajectòries en paral•lel, situa cada poètica en un punt de no retorn respecte al desig i la seva representació. Atès això, és, metafòricament, el signe desig, en els seus tres plans, el que unifica els tres paradigmes que hem sotmès a anàlisi: Gabriel Ferrater com a referent, Maria-Mercè Marçal en qualitat de significat i Enric Casasses, portador del significant. El primer capítol va més enllà de la ruptura moderna entre escriptura i exaltació d’una subjectivitat única i monolítica, per comprendre en què consisteix la dissolució del jo líric en tant que fonament de l’enunciació del subjecte en el vers. És una proposta metodològica que, prenent com a centre l’intent de construcció d’una teoria del poema basada en l’expansió del jo cap a l’Altre, analitza algunes de les variables retòriques i ontològiques que coparticipen en la formulació teòrica de subjecte líric incomplet o fragmentat en el moment d’enunciar-se. D’aquesta manera, amb una voluntat de teixir uns ítems teòrics per on circuli el concepte de jo líric versus l’Altre (poesia de l’alteritat, “llei de l’assentiment”, “apropiació” de l’enunciat o, sobretot, matèria-emoció), l’escriptura poètica es concep com un joc de forces entre la performativitat del subjecte líric i la recerca de la seva pròpia subjectivitat. Aquesta crisi del subjecte i la impossibilitat de restituir una relació unilateral respecte a l’Altre, cobren una especial rellevància quan el motor o força que activa la relació d’alteritat és el moviment que impulsa el jo fora de les seves pròpies estructures per atènyer l’altre/a (subjecte desitjat) o absorbir-lo: el desig. La segona part del primer capítol està destinada a definir les aproximacions teòriques sobre la representació del desig —encercades en un posicionament postestructuralista conjuminat amb la crítica literària feminista—, que ens permeten assentar les coordenades interpretatives per portar a terme l’estudi de la formalització de tres subjectes lírics que cerquen en l’escriptura el seu propi esdevenir com a subjectes desitjants. Així és que al llarg del segon capítol hem interrogat les tres poètiques resseguint els espais comuns erigits en la nostra proposta de marc interpretatiu. Per fer-ho, ens hem centrat en Les dones i els dies de Gabriel Ferrater, amb especial èmfasi a “Teoria dels cossos”. En el cas de Maria-Mercè Marçal, hem estudiat exhaustivament el primer poemari que inaugura l’escriptura del desig lèsbic, Terra de Mai, tot establint una contigüitat temàtica amb “Sang presa” (dins de La germana, l’estrangera). I, finalment, hem resseguit la poesia d’Enric Casasses d’una forma transversal, a partir de les obres més significatives entorn al subjecte de recerca, com ara La cosa aquella, “Alquímia d’amor” (dins de Començament dels començaments i ocasió de les ocasions), D’equivocar-se així, Calç i, sobretot, Do’m. Drama en tres actes. Primer de tot, hem definit les coordenades del subjecte desitjant en relació amb el subjecte del desig, la qual cosa ens ha exigit l’anàlisi de l’enunciació del jo líric, respectivament. La recerca de les directrius fundacionals de les subjectivitats líriques —actives des del moment en què sorgeix la demanda del desig (implícita o explícita)―, han fet palesa, progressivament, la problemàtica suficiència ontològica del subjecte que deriva, al seu torn, de l’encontre amb l’altre/a. Així hem arribat a mesurar la distància inexorable que separa el jo del tu, amb resultats ben diferents. Ferrater, que anihila sorprenentment el subjecte líric, ha estat el primer port d’una singladura que, en arribar a Marçal, ens ha permès conèixer la continuïtat del ser: el despertar del desig és l’origen de la individuació dels subjectes agents del plaer en detriment de la compleció identitària. I hem navegat, finalment, fins a Casasses, qui defensa al llarg de la seva obra una individuació com a centre ètic de l’acte amorós. En una segona part, hem estudiat la representació de l’altre/a en cada corpus poètic. En el cas de Ferrater, les dones no només activen l’alteritat eroticoamorosa concreta en cada poema, sinó que, des d’un punt de vista metapoètic, esdevenen constitutives de la subjectivitat lírica en la recerca de la identitat que té lloc al llarg de Les dones i els dies. Partint de la figura de “Teseu”, poema que emmiralla i significa el procés d’escriptura poètica, hem explorat la formalització del desig en funció de les diferents representacions de la dona en paral•lel amb les posicions enunciatives del jo líric. Al llarg d’aquest recorregut, la representació del cos del desig (la fragmentació, la carícia, la mirada, etc.) i l’espai on aquest cos s’esdevé (la cambra), han estat els dos epicentres mitjançant els quals hem conclòs que la dona es presenta com un cos resistent que guia el jo líric a negar, paradoxalment, el mateix desig. La impossibilitat de satisfer el desig es manifesta, així, amb una reformulada pèrdua dels límits del subjecte desitjant. En els versos marçalians el desig emergeix com un gran torrent que arrossega al jo líric a mesurar-se en la distància que la separa de l’altra. A partir de l’altra especular, les primeres sextines de Terra de mai obren un nou ordre del jo i del tu en el discurs amorós: l’equivalència física dels cossos amants/amats extrema la fusió tant física com amorosa que es convertirà en l’acció transformadora i afirmativa de la identitat. Amb això, Marçal desarticula la gestió fal•logocèntrica del desig i l’ubica com una categoria des de la qual emprèn la construcció d’una subjectivitat lírica femenina i lèsbica. En aquest sentit, mitjançant la presència nítida d’una exploració i reconstrucció del cos de dona albirat des del desig homoeròtic, la poeta desplega la renovació d’una simbologia eròtica que configura un cosmos corporal totalment nou: cossos d’aigua i sang. Marçal busca en els fluids corporals femenins (l’aigua, la sang menstrual, la sang del trau o, fins i tot, el vòmit), la transposició dels marges corporals als textuals, convertint el poema no en un paral•lel verbal de l’experiència del desig sinó en un paral•lel corporal. En un primer moment, la representació de l’altra és indissociable de les imatges especulars (aigua o mirall). Aquesta és la fase de continuïtat, de la compleció identitària a través de l’experiència de la jouissance, i està constituïda per tres eixos: la confusió dels límits entre el jo i la seva altra, la fusió de les dues subjectivitats i l’afirmació de la unicitat amb el verb “som”. A continuació, hem resseguit com aquest “ser u” es trenca a mesura que el jo poètic es va singularitzant. Aquest segon moment és on el desig irromp al llenguatge del plaer i es converteix en una passió altament destructiva. La dissimilació amb el tu i la nostàlgia de la “fal•laç utopia d’una fusió absoluta” bolquen el poema cap a un jo poètic mutilat, que cerca un cos absent i l’espai de plenitud d’un subjecte líric que es troba irreparablement ferit (“Sang presa”). La poesia de Casasses trava la representació de l’altre amorós en la modalitat dialògica dels versos (el parlar). El fenomen de l’enunciació poètica casassiana s’emmarca en unes estructures poemàtiques que invoquen, des de l’origen, el Tu, apel•lant, així, al problema estrictament postmodern de la unicitat del jo líric i de la identitat en el procés d’escriptura. Atès això, el poema es convertirà en un dir ofert a l’Altre com a demanda del llenguatge, motiu pel qual el desig emergeix com a motor de l’escriptura poètica. Abans d’endinsar-nos específicament a l’eclosió del Tu en tant que altre amorós, ha calgut esclarir les coordenades generals del Tu en majúscules per esbossar els trets fonamentals de la significació poètica. Així, doncs, hem analitzat com es despleguen els diferents tu en l’enunciació, ja sigui quan aquest refereix al lector o a la poesia (recursos metapoètics), quan correspon a l’amor/desig (governador del subjecte de l’escriptura) i, finalment, quan el tu condensa l’altre amorós (amor particular). En aquest darrer cas, hem proposat una possible escala de transcendència del tu respecte al jo líric: d’un tu amorós totalitzador (la lluna) fins al subjecte del desig, la dona. Paral•lelament, la representació de l’amada és indissociable del concepte d’emoció lírica creada a través de la modelització del dir del jo poètic. Per aquest fet, hem classificat la irrupció del subjecte desitjat en diferents graus de referencialitat: el “tu” present, el “tu” absent i el “tu” de destinació. En un tercer apartat, hem intentat respondre a una de les grans problemàtiques que giren entorn a les escriptures del desig: és possible la seva representació? Ferrater ens enfronta davant de l’indicible. La poètica ferrateriana se situa en un distanciament deliberat de les emocions, la qual cosa circumscriu l’expressió del desig en el marc d’allò incomunicable de l’experiència. Consegüentment, hem abordat la formalització del desig a través del concepte d’imaginació tot analitzant com el poeta aconsegueix elevar l’energia emotiva del llenguatge a partir de les relacions entre la paraula i els seus absents, i com això ens permet parlar del poema en tant que matèria-emoció. Així mateix, hem conclòs que Ferrater captura l’indicible en el text jugant amb els límits representatius del llenguatge. Per abordar les escriptures del desig marçaliana i casassiana hem recorregut als plecs de la matèria-emoció encarats a l’écart: la fractura de l’epidermis del poema causada per l’erupció de la vida corporal, pulsional i afectiva del subjecte de l’escriptura. El ritme pulsional del desig (escena d’escriptura i escena amorosa) i la veu (poiesis) es converteixen en els fonaments de la construcció d’unes subjectivitats líriques que s’inscriuen en una posició femenina, allà on el cos amb estat d’apetència cerca la continuïtat en l’escriptura. Concretament, hem resseguit la formalització de l’absència de l’altra en els versos de Marçal, la qual recorre a figuracions com l’espera, el buit, la desfeta del mirall, l’assassinat dels cossos en plenitud, entre altres imatges que activen el salt de l’eros al thanatos; així com, també, les estructures interrogatives que signifiquen la impossibilitat d’experimentar el desig del desig de l’altra. Respecte a l’obra de Casasses, el poeta troba en la forma dramàtica el mitjà idoni per experimentar les possibilitats de la representació del desig: Do’m. Mitjançant una exegesi detallada del drama, hem pogut concloure que, tal com postula Barthes, l’única construcció textual possible d’allò amorós es troba en formular el que té d’intractable, i això només es pot representar a partir de l’acció mateixa. Talment, Casasses porta a l’extrem la modalitat dialògica pròpia de la seva poesia per escenificar l’encontre amorós i la construcció in progress del subjecte desitjant a través del dir-se l’amor. Finalment, la investigació intenta oferir una resposta al voltant de la conjunció desig, subjectivitat lírica i identitat. Aquestes tres coordenades ens permeten elevar les diferents representacions del desig a l’alçada de les millors poètiques contemporànies. L’ètica i l’estètica ferrateriana es congreguen en l’espai de l’erotisme moral. Ferrater concep el vers com un mètode fenomenològic a través del qual inscriu una actitud poètica que no es pot pensar sense la formalització del subjecte desitjant. Atès això, amb Les dones i els dies s’inaugura la categoria del desig en relació amb els límits d’expressió del subjecte líric. Marçal obre les portes a l’espai literari femení i lèsbic amb una escriptura poètica creadora de nous àmbits per a l’expressió del desig. La cerca d’un nou ordre simbòlic en el llenguatge poètic està estretament vinculada amb la construcció d’una subjectivitat tant política com poètica, un dels trets principals de la qual és la reivindicació i afirmació del plaer sexual femení. D’aquesta manera, el desig a l’obra de la poeta és portador d’una actitud i praxi política que troba la seva màxima expressió en la conquesta d’una llengua abolida. Per acabar, Casasses invoca l’espai de la paraula viva per articular l’acompliment de la funció poètica. A través de la poesia recitada, ja sigui des d’un punt de vista teòric com en la seva performance escènica, construeix una nova i fundacional experiència poètica que troba el seu paral•lel amb l’experiència amorosa. En aquest nou espai de circulació de la paraula poètica hi situa una subjectivitat lírica fundada en el moviment ètic cap a l’altre encarnat en el cos, la veu i el ritme.

Methodological adaptation for nematodes extration in forest soils of the southern Mata Atlântica

The objective of this work was to clarify whether the method to extract nematodes from European soils is suitable for forest soils and litter in the eastern of Paraná state, Brazil, and whether nematode abundance differs between sites with different ecosystems and levels of human interference. The study sites were situated in the coastal area of the Serra do Mar, near the town of Antonina, in Eastern Paraná, Brazil. Cobb's sieving and decanting method was more appropriate than ISO method, since extraction efficiency was higher and intra-sample variability was significantly lower. In order to achieve an extraction efficiency higher than 90%, Cobb's method was modified. For the extraction of nematodes from litter, the Baermann funnel, with an extraction time of 48 hours, yielded an extraction efficiency higher than 90%. Nematode abundance in litter was higher than in soil. The mean number of individuals extracted from the litter increased with the age stage of the forest sites sampled, and there was no difference in the number of individuals in the soil of the four forest sites. Mean nematode abundance in soil in banana plantations was about twice as high compared to the banana-palmito mixed stands and to the forest sites.

Intervenció en educació per la sostenibilitat en centres preescolars a Nicaragua. Aplicació d'una Agenda 21 escolar

Es presenta un cas d’intervenció en educació per la sostenibilitat en un centre de preescolar d’Estelí ( Nicaragua) que es duu a terme creant una Agenda 21 Escolar. El marc teòric de la investigació es recolza en l’educació per la sostenibilitat i el marc metodològic es recolza en el model d’ Agenda 21 Escolar de Barcelona, adaptant-ho a la realitat del país i del centre de preescolar concret. Els resultats destaquen: una millora de la qualitat ambiental , una promoció de nous hàbits més sensibilitzats cap al medi ambient, una millora de la participació de la comunitat educativa i una bona cohesió de l’equip docent a partir del procés de creació de l’A21 E. Seguint com a model l’ A21 E de BCN i un cop fetes les adaptacions corresponents i creades les activitats dinamitzadores l’aplicació de la A21 E en preescolars d’ Estelí és una intervenció en educació per la sostenibilitat satisfactòria .

An assurance-based model to holistically assess the information security posture

EXECUTIVE SUMMARY : Evaluating Information Security Posture within an organization is becoming a very complex task. Currently, the evaluation and assessment of Information Security are commonly performed using frameworks, methodologies and standards which often consider the various aspects of security independently. Unfortunately this is ineffective because it does not take into consideration the necessity of having a global and systemic multidimensional approach to Information Security evaluation. At the same time the overall security level is globally considered to be only as strong as its weakest link. This thesis proposes a model aiming to holistically assess all dimensions of security in order to minimize the likelihood that a given threat will exploit the weakest link. A formalized structure taking into account all security elements is presented; this is based on a methodological evaluation framework in which Information Security is evaluated from a global perspective. This dissertation is divided into three parts. Part One: Information Security Evaluation issues consists of four chapters. Chapter 1 is an introduction to the purpose of this research purpose and the Model that will be proposed. In this chapter we raise some questions with respect to "traditional evaluation methods" as well as identifying the principal elements to be addressed in this direction. Then we introduce the baseline attributes of our model and set out the expected result of evaluations according to our model. Chapter 2 is focused on the definition of Information Security to be used as a reference point for our evaluation model. The inherent concepts of the contents of a holistic and baseline Information Security Program are defined. Based on this, the most common roots-of-trust in Information Security are identified. Chapter 3 focuses on an analysis of the difference and the relationship between the concepts of Information Risk and Security Management. Comparing these two concepts allows us to identify the most relevant elements to be included within our evaluation model, while clearing situating these two notions within a defined framework is of the utmost importance for the results that will be obtained from the evaluation process. Chapter 4 sets out our evaluation model and the way it addresses issues relating to the evaluation of Information Security. Within this Chapter the underlying concepts of assurance and trust are discussed. Based on these two concepts, the structure of the model is developed in order to provide an assurance related platform as well as three evaluation attributes: "assurance structure", "quality issues", and "requirements achievement". Issues relating to each of these evaluation attributes are analysed with reference to sources such as methodologies, standards and published research papers. Then the operation of the model is discussed. Assurance levels, quality levels and maturity levels are defined in order to perform the evaluation according to the model. Part Two: Implementation of the Information Security Assurance Assessment Model (ISAAM) according to the Information Security Domains consists of four chapters. This is the section where our evaluation model is put into a welldefined context with respect to the four pre-defined Information Security dimensions: the Organizational dimension, Functional dimension, Human dimension, and Legal dimension. Each Information Security dimension is discussed in a separate chapter. For each dimension, the following two-phase evaluation path is followed. The first phase concerns the identification of the elements which will constitute the basis of the evaluation: ? Identification of the key elements within the dimension; ? Identification of the Focus Areas for each dimension, consisting of the security issues identified for each dimension; ? Identification of the Specific Factors for each dimension, consisting of the security measures or control addressing the security issues identified for each dimension. The second phase concerns the evaluation of each Information Security dimension by: ? The implementation of the evaluation model, based on the elements identified for each dimension within the first phase, by identifying the security tasks, processes, procedures, and actions that should have been performed by the organization to reach the desired level of protection; ? The maturity model for each dimension as a basis for reliance on security. For each dimension we propose a generic maturity model that could be used by every organization in order to define its own security requirements. Part three of this dissertation contains the Final Remarks, Supporting Resources and Annexes. With reference to the objectives of our thesis, the Final Remarks briefly analyse whether these objectives were achieved and suggest directions for future related research. Supporting resources comprise the bibliographic resources that were used to elaborate and justify our approach. Annexes include all the relevant topics identified within the literature to illustrate certain aspects of our approach. Our Information Security evaluation model is based on and integrates different Information Security best practices, standards, methodologies and research expertise which can be combined in order to define an reliable categorization of Information Security. After the definition of terms and requirements, an evaluation process should be performed in order to obtain evidence that the Information Security within the organization in question is adequately managed. We have specifically integrated into our model the most useful elements of these sources of information in order to provide a generic model able to be implemented in all kinds of organizations. The value added by our evaluation model is that it is easy to implement and operate and answers concrete needs in terms of reliance upon an efficient and dynamic evaluation tool through a coherent evaluation system. On that basis, our model could be implemented internally within organizations, allowing them to govern better their Information Security. RÉSUMÉ : Contexte général de la thèse L'évaluation de la sécurité en général, et plus particulièrement, celle de la sécurité de l'information, est devenue pour les organisations non seulement une mission cruciale à réaliser, mais aussi de plus en plus complexe. A l'heure actuelle, cette évaluation se base principalement sur des méthodologies, des bonnes pratiques, des normes ou des standards qui appréhendent séparément les différents aspects qui composent la sécurité de l'information. Nous pensons que cette manière d'évaluer la sécurité est inefficiente, car elle ne tient pas compte de l'interaction des différentes dimensions et composantes de la sécurité entre elles, bien qu'il soit admis depuis longtemps que le niveau de sécurité globale d'une organisation est toujours celui du maillon le plus faible de la chaîne sécuritaire. Nous avons identifié le besoin d'une approche globale, intégrée, systémique et multidimensionnelle de l'évaluation de la sécurité de l'information. En effet, et c'est le point de départ de notre thèse, nous démontrons que seule une prise en compte globale de la sécurité permettra de répondre aux exigences de sécurité optimale ainsi qu'aux besoins de protection spécifiques d'une organisation. Ainsi, notre thèse propose un nouveau paradigme d'évaluation de la sécurité afin de satisfaire aux besoins d'efficacité et d'efficience d'une organisation donnée. Nous proposons alors un modèle qui vise à évaluer d'une manière holistique toutes les dimensions de la sécurité, afin de minimiser la probabilité qu'une menace potentielle puisse exploiter des vulnérabilités et engendrer des dommages directs ou indirects. Ce modèle se base sur une structure formalisée qui prend en compte tous les éléments d'un système ou programme de sécurité. Ainsi, nous proposons un cadre méthodologique d'évaluation qui considère la sécurité de l'information à partir d'une perspective globale. Structure de la thèse et thèmes abordés Notre document est structuré en trois parties. La première intitulée : « La problématique de l'évaluation de la sécurité de l'information » est composée de quatre chapitres. Le chapitre 1 introduit l'objet de la recherche ainsi que les concepts de base du modèle d'évaluation proposé. La maniéré traditionnelle de l'évaluation de la sécurité fait l'objet d'une analyse critique pour identifier les éléments principaux et invariants à prendre en compte dans notre approche holistique. Les éléments de base de notre modèle d'évaluation ainsi que son fonctionnement attendu sont ensuite présentés pour pouvoir tracer les résultats attendus de ce modèle. Le chapitre 2 se focalise sur la définition de la notion de Sécurité de l'Information. Il ne s'agit pas d'une redéfinition de la notion de la sécurité, mais d'une mise en perspectives des dimensions, critères, indicateurs à utiliser comme base de référence, afin de déterminer l'objet de l'évaluation qui sera utilisé tout au long de notre travail. Les concepts inhérents de ce qui constitue le caractère holistique de la sécurité ainsi que les éléments constitutifs d'un niveau de référence de sécurité sont définis en conséquence. Ceci permet d'identifier ceux que nous avons dénommés « les racines de confiance ». Le chapitre 3 présente et analyse la différence et les relations qui existent entre les processus de la Gestion des Risques et de la Gestion de la Sécurité, afin d'identifier les éléments constitutifs du cadre de protection à inclure dans notre modèle d'évaluation. Le chapitre 4 est consacré à la présentation de notre modèle d'évaluation Information Security Assurance Assessment Model (ISAAM) et la manière dont il répond aux exigences de l'évaluation telle que nous les avons préalablement présentées. Dans ce chapitre les concepts sous-jacents relatifs aux notions d'assurance et de confiance sont analysés. En se basant sur ces deux concepts, la structure du modèle d'évaluation est développée pour obtenir une plateforme qui offre un certain niveau de garantie en s'appuyant sur trois attributs d'évaluation, à savoir : « la structure de confiance », « la qualité du processus », et « la réalisation des exigences et des objectifs ». Les problématiques liées à chacun de ces attributs d'évaluation sont analysées en se basant sur l'état de l'art de la recherche et de la littérature, sur les différentes méthodes existantes ainsi que sur les normes et les standards les plus courants dans le domaine de la sécurité. Sur cette base, trois différents niveaux d'évaluation sont construits, à savoir : le niveau d'assurance, le niveau de qualité et le niveau de maturité qui constituent la base de l'évaluation de l'état global de la sécurité d'une organisation. La deuxième partie: « L'application du Modèle d'évaluation de l'assurance de la sécurité de l'information par domaine de sécurité » est elle aussi composée de quatre chapitres. Le modèle d'évaluation déjà construit et analysé est, dans cette partie, mis dans un contexte spécifique selon les quatre dimensions prédéfinies de sécurité qui sont: la dimension Organisationnelle, la dimension Fonctionnelle, la dimension Humaine, et la dimension Légale. Chacune de ces dimensions et son évaluation spécifique fait l'objet d'un chapitre distinct. Pour chacune des dimensions, une évaluation en deux phases est construite comme suit. La première phase concerne l'identification des éléments qui constituent la base de l'évaluation: ? Identification des éléments clés de l'évaluation ; ? Identification des « Focus Area » pour chaque dimension qui représentent les problématiques se trouvant dans la dimension ; ? Identification des « Specific Factors » pour chaque Focus Area qui représentent les mesures de sécurité et de contrôle qui contribuent à résoudre ou à diminuer les impacts des risques. La deuxième phase concerne l'évaluation de chaque dimension précédemment présentées. Elle est constituée d'une part, de l'implémentation du modèle général d'évaluation à la dimension concernée en : ? Se basant sur les éléments spécifiés lors de la première phase ; ? Identifiant les taches sécuritaires spécifiques, les processus, les procédures qui auraient dû être effectués pour atteindre le niveau de protection souhaité. D'autre part, l'évaluation de chaque dimension est complétée par la proposition d'un modèle de maturité spécifique à chaque dimension, qui est à considérer comme une base de référence pour le niveau global de sécurité. Pour chaque dimension nous proposons un modèle de maturité générique qui peut être utilisé par chaque organisation, afin de spécifier ses propres exigences en matière de sécurité. Cela constitue une innovation dans le domaine de l'évaluation, que nous justifions pour chaque dimension et dont nous mettons systématiquement en avant la plus value apportée. La troisième partie de notre document est relative à la validation globale de notre proposition et contient en guise de conclusion, une mise en perspective critique de notre travail et des remarques finales. Cette dernière partie est complétée par une bibliographie et des annexes. Notre modèle d'évaluation de la sécurité intègre et se base sur de nombreuses sources d'expertise, telles que les bonnes pratiques, les normes, les standards, les méthodes et l'expertise de la recherche scientifique du domaine. Notre proposition constructive répond à un véritable problème non encore résolu, auquel doivent faire face toutes les organisations, indépendamment de la taille et du profil. Cela permettrait à ces dernières de spécifier leurs exigences particulières en matière du niveau de sécurité à satisfaire, d'instancier un processus d'évaluation spécifique à leurs besoins afin qu'elles puissent s'assurer que leur sécurité de l'information soit gérée d'une manière appropriée, offrant ainsi un certain niveau de confiance dans le degré de protection fourni. Nous avons intégré dans notre modèle le meilleur du savoir faire, de l'expérience et de l'expertise disponible actuellement au niveau international, dans le but de fournir un modèle d'évaluation simple, générique et applicable à un grand nombre d'organisations publiques ou privées. La valeur ajoutée de notre modèle d'évaluation réside précisément dans le fait qu'il est suffisamment générique et facile à implémenter tout en apportant des réponses sur les besoins concrets des organisations. Ainsi notre proposition constitue un outil d'évaluation fiable, efficient et dynamique découlant d'une approche d'évaluation cohérente. De ce fait, notre système d'évaluation peut être implémenté à l'interne par l'entreprise elle-même, sans recourir à des ressources supplémentaires et lui donne également ainsi la possibilité de mieux gouverner sa sécurité de l'information.

Validation des SCORES cliniques: notions théoriques et pratiques de base. [Validation of clinical scores: theoretical and practical basic notions].

Chaque jour, le médecin utilise dans sa pratique des scores cliniques. Ces scores sont souvent des aides à la décision médicale. Les étapes de validation des scores cliniques sont par contre souvent méconnues du médecin. Cette revue rappelle les bases théoriques de la validation d'un score clinique et propose des exercices pratiques. [Abstract] Physicians are using clinical scores on a regular basis. These scores are generally helpful in making medical decisions. However, the process of validation of clinical scores is often unknown to the physicians. This paper reviews the theory of validation of clinical scores and proposes practical exercises.

Métropolisation, morphologie urbaine et développement durable : transformations urbaines et régulation de l'étalement : le cas de l'agglomération lausannoise

Résumé Métropolisation, morphologie urbaine et développement durable. Transformations urbaines et régulation de l'étalement : le cas de l'agglomération lausannoise. Cette thèse s'inscrit clans la perspective d'une analyse stratégique visant à un définir et à expliciter les liens entre connaissance, expertise et décision politique. L'hypothèse fondamentale qui oriente l'ensemble de ce travail est la suivante : le régime d'urbanisation qui s'est imposé au cours des trente dernières années correspond à une transformation du principe morphogénétique de développement spatial des agglomérations qui tend à alourdir leurs bilans écologiques et à péjorer la qualité du cadre de vie des citadins. Ces enjeux environnementaux liés aux changements urbains et singulièrement ceux de la forme urbaine constituent un thème de plus en plus important dans la recherche de solutions d'aménagement urbain dans une perspective de développement durable. Dans ce contexte, l'aménagement urbain devient un mode d'action et une composante de tout premier ordre des politiques publiques visant un développement durable à l'échelle locale et globale. Ces modalités de développement spatial des agglomérations émergent indiscutablement au coeur de la problématique environnementale. Or si le concept de développement durable nous livre une nouvelle de de lecture des territoires et de ses transformations, en prônant le modèle de la ville compacte et son corollaire la densification, la traduction à donner à ce principe stratégique reste controversée, notamment sous l'angle de l'aménagement du territoire et des stratégies de développement urbain permettant une mise en oeuvre adéquate des solutions proposées. Nous avons ainsi tenté dans ce travail de répondre à un certain nombre de questions : quelle validité accorder au modèle de la ville compacte ? La densification est-elle une réponse adéquate ? Si oui, sous quelles modalités ? Quelles sont, en termes de stratégies d'aménagement, les alternatives durables au modèle de la ville étalée ? Faut-il vraiment densifier ou simplement maîtriser la dispersion ? Notre objectif principal étant in fine de déterminer les orientations et contenus urbanistiques de politiques publiques visant à réguler l'étalement urbain, de valider la faisabilité de ces principes et à définir les conditions de leur mise en place dans le cas d'une agglomération. Pour cela, et après avoir choisi l'agglomération lausannoise comme terrain d'expérimentation, trois approches complémentaires se sont révélées indispensables dans ce travail 1. une approche théorique visant à définir un cadre conceptuel interdisciplinaire d'analyse du phénomène urbain dans ses rapports à la problématique du développement durable liant régime d'urbanisation - forme urbaine - développement durable ; 2. une approche méthodologique proposant des outils d'analyse simples et efficaces de description des nouvelles morphologies urbaines pour une meilleure gestion de l'environnement urbain et de la pratique de l'aménagement urbain ; 3. une approche pragmatique visant à approfondir la réflexion sur la ville étalée en passant d'une approche descriptive des conséquences du nouveau régime d'urbanisation à une approche opérationnelle, visant à identifier les lignes d'actions possibles dans une perspective de développement durable. Cette démarche d'analyse nous a conduits à trois résultats majeurs, nous permettant de définir une stratégie de lutte contre l'étalement. Premièrement, si la densification est acceptée comme un objectif stratégique de l'aménagement urbain, le modèle de la ville dense ne peut être appliqué saris la prise en considération d'autres objectifs d'aménagement. Il ne suffit pas de densifier pour réduire l'empreinte écologique de la ville et améliorer la qualité de vie des citadins. La recherche d'une forme urbaine plus durable est tributaire d'une multiplicité de facteurs et d'effets de synergie et la maîtrise des effets négatifs de l'étalement urbain passe par la mise en oeuvre de politiques urbaines intégrées et concertées, comme par exemple prôner la densification qualifiée comme résultante d'un processus finalisé, intégrer et valoriser les transports collectifs et encore plus la métrique pédestre avec l'aménagement urbain, intégrer systématiquement la diversité à travers les dimensions physique et sociale du territoire. Deuxièmement, l'avenir de ces territoires étalés n'est pas figé. Notre enquête de terrain a montré une évolution des modes d'habitat liée aux modes de vie, à l'organisation du travail, à la mobilité, qui font que l'on peut penser à un retour d'une partie de la population dans les villes centres (fin de la toute puissance du modèle de la maison individuelle). Ainsi, le diagnostic et la recherche de solutions d'aménagement efficaces et viables ne peuvent être dissociés des demandes des habitants et des comportements des acteurs de la production du cadre bâti. Dans cette perspective, tout programme d'urbanisme doit nécessairement s'appuyer sur la connaissance des aspirations de la population. Troisièmement, la réussite de la mise en oeuvre d'une politique globale de maîtrise des effets négatifs de l'étalement urbain est fortement conditionnée par l'adaptation de l'offre immobilière à la demande de nouveaux modèles d'habitat répondant à la fois à la nécessité d'une maîtrise des coûts de l'urbanisation (économiques, sociaux, environnementaux), ainsi qu'aux aspirations émergentes des ménages. Ces résultats nous ont permis de définir les orientations d'une stratégie de lutte contre l'étalement, dont nous avons testé la faisabilité ainsi que les conditions de mise en oeuvre sur le territoire de l'agglomération lausannoise. Abstract This dissertation participates in the perspective of a strategic analysis aiming at specifying the links between knowledge, expertise and political decision, The fundamental hypothesis directing this study assumes that the urban dynamics that has characterized the past thirty years signifies a trans-formation of the morphogenetic principle of agglomerations' spatial development that results in a worsening of their ecological balance and of city dwellers' quality of life. The environmental implications linked to urban changes and particularly to changes in urban form constitute an ever greater share of research into sustainable urban planning solutions. In this context, urban planning becomes a mode of action and an essential component of public policies aiming at local and global sustainable development. These patterns of spatial development indisputably emerge at the heart of environmental issues. If the concept of sustainable development provides us with new understanding into territories and their transformations, by arguing in favor of densification, its concretization remains at issue, especially in terms of urban planning and of urban development strategies allowing the appropriate implementations of the solutions offered. Thus, this study tries to answer a certain number of questions: what validity should be granted to the model of the dense city? Is densification an adequate answer? If so, under what terms? What are the sustainable alternatives to urban sprawl in terms of planning strategies? Should densification really be pursued or should we simply try to master urban sprawl? Our main objective being in fine to determine the directions and urban con-tents of public policies aiming at regulating urban sprawl, to validate the feasibility of these principles and to define the conditions of their implementation in the case of one agglomeration. Once the Lausanne agglomeration had been chosen as experimentation field, three complementary approaches proved to be essential to this study: 1. a theoretical approach aiming at definying an interdisciplinary conceptual framework of the ur-ban phenomenon in its relation to sustainable development linking urban dynamics - urban form - sustainable development ; 2. a methodological approach proposing simple and effective tools for analyzing and describing new urban morphologies for a better management of the urban environment and of urban planning practices 3. a pragmatic approach aiming at deepening reflection on urban sprawl by switching from a descriptive approach of the consequences of the new urban dynamics to an operational approach, aiming at identifying possible avenues of action respecting the principles of sustainable development. This analysis approach provided us with three major results, allowing us to define a strategy to cur-tail urban sprawl. First, if densification is accepted as a strategic objective of urban planning, the model of the dense city can not be applied without taking into consideration other urban planning objectives. Densification does not suffice to reduce the ecological impact of the city and improve the quality of life of its dwellers. The search for a more sustainable urban form depends on a multitude of factors and effects of synergy. Reducing the negative effects of urban sprawl requires the implementation of integrated and concerted urban policies, like for example encouraging densification qualified as resulting from a finalized process, integrating and developing collective forms of transportation and even more so the pedestrian metric with urban planning, integrating diversity on a systematic basis through the physical and social dimensions of the territory. Second, the future of such sprawling territories is not fixed. Our research on the ground revea-led an evolution in the modes of habitat related to ways of life, work organization and mobility that suggest the possibility of the return of a part of the population to the center of cities (end of the rule of the model of the individual home). Thus, the diagnosis and the search for effective and sustainable solutions can not be conceived of independently of the needs of the inhabitants and of the behavior of the actors behind the production of the built territory. In this perspective, any urban program must necessarily be based upon the knowledge of the population's wishes. Third, the successful implementation of a global policy of control of urban sprawl's negative effects is highly influenced by the adaptation of property offer to the demand of new habitat models satisfying both the necessity of urbanization cost controls (economical, social, environ-mental) and people's emerging aspirations. These results allowed us to define a strategy to cur-tail urban sprawl. Its feasibility and conditions of implementation were tested on the territory of the Lausanne agglomeration.

Early Iron Age Pottery: A Quantitative Approach. Proceedings of the International Round Table organized by the Swiss School of Archaeology in Greece (Athens, Novembre 28-30, 2008).

Quantitative approaches in ceramology are gaining ground in excavation reports, archaeological publications and thematic studies. Hence, a wide variety of methods are being used depending on the researchers' theoretical premise, the type of material which is examined, the context of discovery and the questions that are addressed. The round table that took place in Athens on November 2008 was intended to offer the participants the opportunity to present a selection of case studies on the basis of which methodological approaches were discussed. The aim was to define a set of guidelines for quantification that would prove to be of use to all researchers. Contents: 1) Introduction (Samuel Verdan); 2) Isthmia and beyond. How can quantification help the analysis of EIA sanctuary deposits? (Catherine Morgan); 3) Approaching aspects of cult practice and ethnicity in Early Iron Age Ephesos using quantitative analysis of a Protogeometric deposit from the Artemision (Michael Kerschner); 4) Development of a ceramic cultic assemblage: Analyzing pottery from Late Helladic IIIC through Late Geometric Kalapodi (Ivonne Kaiser, Laura-Concetta Rizzotto, Sara Strack); 5) 'Erfahrungsbericht' of application of different quantitative methods at Kalapodi (Sara Strack); 6) The Early Iron Age sanctuary at Olympia: counting sherds from the Pelopion excavations (1987-1996) (Birgitta Eder); 7) L'aire du pilier des Rhodiens à Delphes: Essai de quantification du mobilier (Jean-Marc Luce); 8) A new approach in ceramic statistical analyses: Pit 13 on Xeropolis at Lefkandi (David A. Mitchell, Irene S. Lemos); 9) Households and workshops at Early Iron Age Oropos: A quantitative approach of the fine, wheel-made pottery (Vicky Vlachou); 10) Counting sherds at Sindos: Pottery consumption and construction of identities in the Iron Age (Stefanos Gimatzidis); 11) Analyse quantitative du mobilier céramique des fouilles de Xombourgo à Ténos et le cas des supports de caisson (Jean-Sébastien Gros); 12) Defining a typology of pottery from Gortyn: The material from a pottery workshop pit, (Emanuela Santaniello); 13) Quantification of ceramics from Early Iron Age tombs (Antonis Kotsonas); 14) Quantitative analysis of the pottery from the Early Iron Age necropolis of Tsikalario on Naxos (Xenia Charalambidou); 15) Finding the Early Iron Age in field survey: Two case studies from Boeotia and Magnesia (Vladimir Stissi); 16) Pottery quantification: Some guidelines (Samuel Verdan).

Cancer chronotherapeutics: experimental, theoretical, and clinical aspects.

The circadian timing system controls cell cycle, apoptosis, drug bioactivation, and transport and detoxification mechanisms in healthy tissues. As a consequence, the tolerability of cancer chemotherapy varies up to several folds as a function of circadian timing of drug administration in experimental models. Best antitumor efficacy of single-agent or combination chemotherapy usually corresponds to the delivery of anticancer drugs near their respective times of best tolerability. Mathematical models reveal that such coincidence between chronotolerance and chronoefficacy is best explained by differences in the circadian and cell cycle dynamics of host and cancer cells, especially with regard circadian entrainment and cell cycle variability. In the clinic, a large improvement in tolerability was shown in international randomized trials where cancer patients received the same sinusoidal chronotherapy schedule over 24h as compared to constant-rate infusion or wrongly timed chronotherapy. However, sex, genetic background, and lifestyle were found to influence optimal chronotherapy scheduling. These findings support systems biology approaches to cancer chronotherapeutics. They involve the systematic experimental mapping and modeling of chronopharmacology pathways in synchronized cell cultures and their adjustment to mouse models of both sexes and distinct genetic background, as recently shown for irinotecan. Model-based personalized circadian drug delivery aims at jointly improving tolerability and efficacy of anticancer drugs based on the circadian timing system of individual patients, using dedicated circadian biomarker and drug delivery technologies.

Modeling morphogen gradient formation from arbitrary realistically shaped sources.

Much of the analytical modeling of morphogen profiles is based on simplistic scenarios, where the source is abstracted to be point-like and fixed in time, and where only the steady state solution of the morphogen gradient in one dimension is considered. Here we develop a general formalism allowing to model diffusive gradient formation from an arbitrary source. This mathematical framework, based on the Green's function method, applies to various diffusion problems. In this paper, we illustrate our theory with the explicit example of the Bicoid gradient establishment in Drosophila embryos. The gradient formation arises by protein translation from a mRNA distribution followed by morphogen diffusion with linear degradation. We investigate quantitatively the influence of spatial extension and time evolution of the source on the morphogen profile. For different biologically meaningful cases, we obtain explicit analytical expressions for both the steady state and time-dependent 1D problems. We show that extended sources, whether of finite size or normally distributed, give rise to more realistic gradients compared to a single point-source at the origin. Furthermore, the steady state solutions are fully compatible with a decreasing exponential behavior of the profile. We also consider the case of a dynamic source (e.g. bicoid mRNA diffusion) for which a protein profile similar to the ones obtained from static sources can be achieved.

European Integration Without EU Membership : Models, Experiences, Perspectives

At the beginning of the 1990s, the concept of "European integration" could still be said to be fairly unambiguous. Nowadays, it has become plural and complex almost to the point of unintelligibility. This is due, of course, to the internal differentiation of EU membership, with several Member States pulling out of key integrative projects such as establishing an area without frontiers, the "Schengen" area, and a common currency. But this is also due to the differentiated extension of key integrative projects to European non-EU countries - Schengen is again a case in point. Such processes of "integration without membership", the focus of the present publication, are acquiring an ever-growing topicality both in the political arena and in academia. International relations between the EU and its neighbouring countries are crucial for both, and their development through new agreements features prominently on the continent's political agenda. Over and above this aspect, the dissemination of EU values and standards beyond the Union's borders raises a whole host of theoretical and methodological questions, unsettling in some cases traditional conceptions of the autonomy and separation of national legal orders. This publication brings together the papers presented at the Integration without EU Membership workshop held in May 2008 at the EUI (Max Weber Programme and Department of Law). It aims to compare different models and experiences of integration between the EU, on the one hand, and those European countries that do not currently have an accession perspective on the other hand. In delimiting the geographical scope of the inquiry, so as to scale it down to manageable proportions, the guiding principles have been to include both the "Eastern" and "Western" neighbours of the EU, and to examine both structured frameworks of cooperation, such as the European Neighbourhood Policy and the European Economic Area, and bilateral relations developing on a more ad hoc basis. These principles are reflected in the arrangement of the papers, which consider in turn the positions of Ukraine, Russia, Norway, and Switzerland in European integration - current standing, perspectives for evolution, consequences in terms of the EU-ization of their respective legal orders1. These subjects are examined from several perspectives. We had the privilege of receiving contributions from leading practitioners and scholars from the countries concerned, from EU highranking officials, from prominent specialists in EU external relations law, and from young and talented researchers. We wish to thank them all here for their invaluable insights. We are moreover deeply indebted to Marise Cremona (EUI, Law Department, EUI) for her inspiring advice and encouragement, as well as to Ramon Marimon, Karin Tilmans, Lotte Holm, Alyson Price and Susan Garvin (Max Weber Programme, EUI) for their unflinching support throughout this project. A word is perhaps needed on the propriety and usefulness of the research concept embodied in this publication. Does it make sense to compare the integration models and experiences of countries as different as Norway, Russia, Switzerland, and Ukraine? Needless to say, this list of four evokes a staggering diversity of political, social, cultural, and economic conditions, and at least as great a diversity of approaches to European integration. Still, we would argue that such diversity only makes comparisons more meaningful. Indeed, while the particularities and idiosyncratic elements of each "model" of integration are fully displayed in the present volume, common themes and preoccupations run through the pages of every contribution: the difficulty in conceptualizing the finalité and essence of integration, which is evident in the EU today but which is greatly amplified for non-EU countries; the asymmetries and tradeoffs between integration and autonomy that are inherent in any attempt to participate in European integration from outside; the alteration of deeply seated legal concepts, and concepts about the law, that are already observable in the most integrated of the non-EU countries concerned. These issues are not transient or coincidental: they are inextricably bound up with the integration of non-EU countries in the EU project. By publishing this collection, we make no claim to have dealt with them in an exhaustive, still less in a definitive manner. Our ambition is more modest: to highlight the relevance of these themes, to place them more firmly on the scientific agenda, and to provide a stimulating basis for future research and reflection.