Nonparametric Bayesian sparse factor models with application to gene expression modeling

A nonparametric Bayesian extension of Factor Analysis (FA) is proposed where observed data $\mathbf{Y}$ is modeled as a linear superposition, $\mathbf{G}$, of a potentially infinite number of hidden factors, $\mathbf{X}$. The Indian Buffet Process (IBP) is used as a prior on $\mathbf{G}$ to incorporate sparsity and to allow the number of latent features to be inferred. The model's utility for modeling gene expression data is investigated using randomly generated data sets based on a known sparse connectivity matrix for E. Coli, and on three biological data sets of increasing complexity.

小麦WHM基因的抗性分析

植物抗病研究一直是科学领域的一个热点，它不仅能从形态结构到分子基础对植物抗病进行机理的阐释，而且能够直接应用于农业生产，提高农业产值。 玉米基因组中Hm基因是编码一种依赖NADPH的HC-toxin 还原酶。Hm基因的序列和玉米，矮牵牛及金鱼草中的二氢黄酮醇-4-还原酶(Dihydroflavonol -4- reductase，DFR)基因的序列具有较高的同源性；对水稻中Hm同源基因YK1的研究表明，过表达YK1后植物抗胁迫能力增强。本实验室从小麦中克隆得到了Hm同源基因WHM，由于在双子叶植物中不含有Hm的同源基因，为了检测WHM在双子叶植物中是否具有生物学功能，我们选取了烟草为模式植物进行了相关研究。 WHM基因cDNA全长1255bp，编码361个氨基酸，WHM基因序列与Hm基因序列具有78%的同源性。为分析此基因在双子叶植物中的功能，我们构建了WHM基因的pBI121植物表达载体，并通过农杆菌介导叶圆片法转化烟草，成功获得了转基因植株。同时我们还构建了WHM基因的原核表达载体并成功诱导了WHM蛋白的表达。对转基因烟草进行抗病与抗盐实验，实验结果表明，对烟草叶片接种烟草黑胫病菌后，转基因烟草的抗病能力显著性的高于对照烟草；烟草叶片接种黑胫病菌后，与对照烟草相比，转基因烟草积累了更多的H2O2，具有更高的POD活性。烟草种子在含不同浓度NaCl的培养基上萌发一定时间后，发现对照烟草的根长变化倍数高于转基因烟草的根长变化倍数，说明转基因烟草对NaCl浓度变化不敏感，尤其是在高浓度时，转基因烟草的生长状态明显好于对照烟草。我们还对IPTG诱导的WHM基因的原核表达载体表达的总蛋白进行了DFR活性的检测，结果表明WHM蛋白在总蛋白中能够竞争性的结合NADPH，但是由于蛋白没有进行纯化，其是否具有DFR的活性还不能确定。

Molecular cloning, characterization and localization of chicken type II procollagen gene

Chicken type II procollagen (ccol2a1) has become as an important oral tolerance protein for effective treatment of rheumatoid arthritis. However, its molecular identity remains unclear. Here, we reported the full-length cDNA and nearly complete genomic DN