Identity, non-identity, and near-identity: Addressing the complexity of coreference

This article examines the mainstream categorical definition of coreference as "identity of reference." It argues that coreference is best handled when identity is treated as a continuum, ranging from full identity to non-identity, with room for near-identity relations to explain currently problematic cases. This middle ground is needed to account for those linguistic expressions in real text that stand in relations that are neither full coreference nor non-coreference, a situation that has led to contradictory treatment of cases in previous coreference annotation efforts. We discuss key issues for coreference such as conceptual categorization, individuation, criteria of identity, and the discourse model construct. We redefine coreference as a scalar relation between two (or more) linguistic expressions that refer to discourse entities considered to be at the same granularity level relevant to the linguistic and pragmatic context. We view coreference relations in terms of mental space theory and discuss a large number of real life examples that show near-identity at different degrees.

Cálculo independente de dose para tratamentos de arco dinâmico com colimador micromultilâminas

OBJETIVO: Em técnicas de tratamento como o arco dinâmico, a verificação manual dos cálculos do sistema de planejamento é muito difícil. Assim, a utilização de ferramentas computacionais é de utilidade e torna-se componente essencial do programa de controle de qualidade. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi criado um programa computacional de tipo planilha eletrônica para realizar cálculo independente da dose, ou equivalente das unidades monitoras, nos tratamentos realizados pela técnica de arco dinâmico com micromultilâminas. Os valores de dose calculados, por arco e por tratamento completo, foram comparados aos valores obtidos do sistema de planejamento BrainScan v5.3. O programa desenvolvido foi testado com 229 campos de arco dinâmico que representam 42 tratamentos de crânio. Desses, 109 campos foram calculados em reconstrução tridimensional feita a partir das imagens de tomografia dos pacientes, 109 na reconstrução de um objeto simulador de polimetilmetacrilato e 21 na de um objeto simulador sólido equivalente à água. RESULTADOS: A diferença média de doses totais encontrada nos 42 tratamentos (compostos de um ou mais arcos dinâmicos), entre o programa de verificação e o sistema de planejamento, foi de +1,73%, com desvio-padrão de 0,76%. A diferença máxima encontrada foi de 3,32% e a mínima, de -0,20%. No caso dos 229 arcos testados um a um, a diferença média encontrada foi de 1,61%, com desvio-padrão de 1,04%. Os valores máximos e mínimos das diferenças foram de 4,01% e -2,04%, respectivamente. Em 80,35% dos arcos testados, as doses calculadas acham-se na faixa de ± 2,5% de diferença com relação às doses geradas pelo sistema de planejamento. CONCLUSÃO: O programa apresentado é recomendado para a verificação da dose pontual dos planos de tratamento, como parte do procedimento de garantia de qualidade em radioterapia e radiocirurgia estereotáxica quando se utiliza a técnica de arco dinâmico por meio de um colimador micromultilâminas, nos quais um cálculo manual é muito difícil ou inviável, pela complexidade da técnica.

Grades computacionais na recuperação de imagens médicas baseada em conteúdo

OBJETIVO: Utilizar o poder de processamento da tecnologia de grades computacionais para viabilizar a utilização do algoritmo de medida de similaridade na recuperação de imagens baseada em conteúdo. MATERIAIS E MÉTODOS: A técnica de recuperação de imagens baseada em conteúdo é composta de duas etapas seqüenciais: análise de textura e algoritmo de medida de similaridade. Estas são aplicadas em imagens de joelho e cabeça, nas quais se avaliaram a eficiência em recuperar imagens do mesmo plano e a seqüência de aquisição em um banco de 2.400 imagens médicas para testar a capacidade de recuperação de imagens baseada em conteúdo. A análise de textura foi utilizada inicialmente para pré-selecionar as 1.000 imagens mais semelhantes a uma imagem de referência escolhida por um clínico. Essas 1.000 imagens foram processadas utilizando-se o algoritmo de medida de similaridade na grade computacional. RESULTADOS: A precisão encontrada na classificação por análise de textura foi de 0,54 para imagens sagitais de joelho e de 0,40 para imagens axiais de cabeça. A análise de textura foi útil como filtragem, pré-selecionando imagens a serem avaliadas pelo algoritmo de medida de similaridade. A recuperação de imagens baseada em conteúdo utilizando o algoritmo de medida de similaridade aplicado nas imagens pré-selecionadas por análise de textura resultou em precisão de 0,95 para as imagens sagitais de joelho e de 0,92 para as imagens axiais de cabeça. O alto custo computacional do algoritmo de medida de similaridade foi amortizado pela grade computacional. CONCLUSÃO: A utilização da abordagem mista das técnicas de análise de textura e algoritmo de medida de similaridade no processo de recuperação de imagens baseada em conteúdo resultou em eficiência acima de 90%. A grade computacional é indispensável para utilização do algoritmo de medida de similaridade na recuperação de imagens baseada em conteúdo, que de outra forma seria limitado a supercomputadores.

A comparison of three established age estimation methods on an adult Spanish sample.

Most current methods for adult skeletal age-at-death estimation are based on American samples comprising individuals of European and African ancestry. Our limited understanding of population variability hampers our efforts to apply these techniques to various skeletal populations around the world, especially in global forensic contexts. Further, documented skeletal samples are rare, limiting our ability to test our techniques. The objective of this paper is to test three pelvic macroscopic methods (1-Suchey-Brooks; 2- Lovejoy; 3- Buckberry and Chamberlain) on a documented modern Spanish sample. These methods were selected because they are popular among Spanish anthropologists and because they never have been tested in a Spanish sample. The study sample consists of 80 individuals (55 ♂ and 25 ♀) of known sex and age from the Valladolid collection. Results indicate that in all three methods, levels of bias and inaccuracy increase with age. The Lovejoy method performs poorly (27%) compared with Suchey-Brooks (71%) and Buckberry and Chamberlain (86%). However, the levels of correlation between phases and chronological ages are low and comparable in the three methods (< 0.395). The apparent accuracy of the Suchey-Brooks and Buckberry and Chamberlain methods is largely based on the broad width of the methods" estimated intervals. This study suggests that before systematic application of these three methodologies in Spanish populations, further statistical modeling and research into the co-variance of chronological age with morphological change is necessary. Future methods should be developed specific to various world populations, and should allow for both precision and flexibility in age estimation.

Considerações radiodosimétricas da braquiterapia ocular com iodo-125 e rutênio/ródio-106

OBJETIVO: Analisar, por meio de um modelo computacional da região ocular, as características da distribuição da dose utilizando placas contendo iodo-125 e rutênio/ródio-106. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi utilizado um modelo computacional de voxels da região ocular incluindo os diversos tecidos, com a placa posicionada sobre a esclera. O código Monte Carlo foi utilizado para simular a irradiação. A distribuição da dose é apresentada por curvas de isodoses. RESULTADOS: As simulações computacionais apresentam a distribuição da dose no interior do bulbo e nas estruturas externas. Os resultados permitem comparar a distribuição espacial das doses geradas por partículas beta e por fótons. As simulações mostram que a aplicação de sementes de iodo-125 implica alta dose no cristalino, enquanto o rutênio/ródio-106 produz alta dose na superfície da esclera. CONCLUSÃO: A dose no cristalino depende da espessura do tumor, da posição e do diâmetro da placa, e do radionuclídeo utilizado. No presente estudo, a fonte de rutênio/ródio-106 é recomendada para tumores de dimensões reduzidas. A irradiação com iodo-125 gera doses maiores no cristalino do que a irradiação com rutênio/ródio-106. O valor máximo de dose no cristalino corresponde a 12,75% do valor máximo de dose com iodo-125 e apenas 0,005% para rutênio/ródio-106.

A Collation of Recently published Western European Formulae for Age Estimation of Subadult Skeletal Remains: Recommendations For Forensic Anthropology and Osteoarchaeology

The aim of this study is to provide an effective and quick reference guide based on the most useful European formulae recently published for subadult age estimation. All of these formulae derive from studies on postnatal growth of the scapula, innominate, femur, and tibia, based on modern skeletal data (173 ♂, 173 ♀) from five documented collections from Spain, Portugal, and Britain. The formulae were calculated from Inverse Regression. For this reason, these formulae are especially useful for modern samples from Western Europe and in particular on 20th century human remains from the Iberian Peninsula. Eleven formulae were selected as the most useful because they can be applied to individuals from within a wide age range and in individuals of unknown sex. Due to their high reliability and because they derive from documented European skeletal samples, we recommend these formulae be used on individuals of Caucasoid ancestry from Western Europe.

A test of Suchey-Brooks (pubic symphysis) and Buckberry-Chamberlain (auricular surface) methods on an identified Spanish sample: paleodemographic implications

Forensic Anthropology and Bioarchaeology studies depend critically on the accuracy and reliability of age-estimation techniques. In this study we have evaluated two age-estimation methods for adults based on the pubic symphysis (Suchey-Brooks) and the auricular surface (Buckberry-Chamberlain) in a current sample of 139 individuals (67 women and 72 men) from Madrid in order to verify the accuracy of both methods applied to a sample of innominate bones from the central Iberian Peninsula. Based on the overall results of this study, the Buckberry-Chamberlain method seems to be the method that provides better estimates in terms of accuracy (percentage of hits) and absolute difference to the chronological age taking into account the total sample. The percentage of hits and mean absolute difference of the Buckberry-Chamberlain and Suchey-Brooks methods are 97.3% and 11.24 years, and 85.7% and 14.38 years, respectively. However, this apparently greater applicability of the Buckberry-Chamberlain method is mainly due to the broad age ranges provided. Results indicated that Suchey-Brooks method is more appropriate for populations with a majority of young individuals, whereas Buckberry-Chamberlain method is recommended for populations with a higher percentage of individuals in the range 60-70 years. These different age estimation methodologies significantly influence the resulting demographic profile, consequently affecting the biological characteristics reconstruction of the samples in which they are applied.

Uso de software como ferramenta pedagógica no processo de ensino-aprendizagem da mamografia digital

OBJETIVO: Avaliar o impacto sobre o treinamento de residentes utilizando uma ferramenta computacional dedicada à avaliação do desempenho da leitura de imagens radiológicas convencionais e digitais. MATERIAIS E MÉTODOS: O treinamento foi realizado no Laboratório de Qualificação de Imagens Médicas (QualIM). Os residentes de radiologia efetuaram cerca de 1.000 leituras de um total de 60 imagens obtidas de um simulador estatístico (Alvim®) que apresenta fibras e microcalcificações de dimensões variadas. O desempenho dos residentes na detecção dessas estruturas foi avaliado por meio de parâmetros estatísticos. RESULTADOS: Os resultados da probabilidade de detectabilidade foram de 0,789 e 0,818 para os sistemas convencional e digital, respectivamente. As taxas de falso-positivos foram de 8% e 6% e os valores de verdadeiro-positivos, de 66% e 70%, respectivamente. O valor de kappa total foi 0,553 para as leituras em negatoscópio e 0,615 em monitor. A área sob a curva ROC foi de 0,716 para leitura em filme e 0,810 para monitor. CONCLUSÃO: O treinamento proposto mostrou ser efetivo e apresentou impacto positivo sobre o desempenho dos residentes, constituindo-se em interessante ferramenta pedagógica. Os resultados sugerem que o método de treinamento baseado na leitura de simuladores pode produzir um melhor desempenho dos profissionais na interpretação das imagens mamográficas.

Identificación de características forenses avanzadas a partir del ADN: etnogeografía, patología delictiva y morfoanatomía

Resumen: El uso de la molécula de ADN ha revolucionado el mundo de la Genética forense, convirtiéndose en una herramienta poderosa para resolver un gran número de casos judiciales. El ADN permite identificar a una persona determinada con una probabilidad de error ínfima. Utilizando el análisis del ADN los ámbitos clásicos de actuación han sido: la resolución de grandes delitos, las pruebas de paternidad o de parentesco en general y por último la identificación de restos humanos que estuviesen muy dañados. Sin embargo, los investigadores policiales buscan obtener más información a partir de las moléculas de ADN extraídas de muestras biológicas (sangre, saliva, semen, células epiteliales, etc.). En este trabajo abordaremos los conocimientos que en la actualidad se tienen de algunas de las características del aspecto externo de los individuos a partir del análisis del ADN de las muestras, su interés desde el punto de vista jurídico y sus limitaciones. En concreto nos centraremos en cuatro grandes áreas de estudio: el análisis del origen geográfico de los ancestros, la genética del comportamiento, la genética médica y las predicciones de características externas tales como el color de los ojos, del cabello, de la piel, la estatura y la edad. Palabras clave: Genética forense, ADN. Origen étnico-geográfico. Patología delictiva. Características externas visibles.

Tracking Invasion Histories in the Sea: Facing Complex Scenarios Using Multilocus Data

In recent years, new analytical tools have allowed researchers to extract historical information contained in molecular data, which has fundamentally transformed our understanding of processes ruling biological invasions. However, the use of these new analytical tools has been largely restricted to studies of terrestrial organisms despite the growing recognition that the sea contains ecosystems that are amongst the most heavily affected by biological invasions, and that marine invasion histories are often remarkably complex. Here, we studied the routes of invasion and colonisation histories of an invasive marine invertebrate Microcosmus squamiger (Ascidiacea) using microsatellite loci, mitochondrial DNA sequence data and 11 worldwide populations. Discriminant analysis of principal components, clustering methods and approximate Bayesian computation (ABC) methods showed that the most likely source of the introduced populations was a single admixture event that involved populations from two genetically differentiated ancestral regions - the western and eastern coasts of Australia. The ABC analyses revealed that colonisation of the introduced range of M. squamiger consisted of a series of non-independent introductions along the coastlines of Africa, North America and Europe. Furthermore, we inferred that the sequence of colonisation across continents was in line with historical taxonomic records - first the Mediterranean Sea and South Africa from an unsampled ancestral population, followed by sequential introductions in California and, more recently, the NE Atlantic Ocean. We revealed the most likely invasion history for world populations of M. squamiger, which is broadly characterized by the presence of multiple ancestral sources and non-independent introductions within the introduced range. The results presented here illustrate the complexity of marine invasion routes and identify a cause-effect relationship between human-mediated transport and the success of widespread marine non-indigenous species, which benefit from stepping-stone invasions and admixture processes involving different sources for the spread and expansion of their range.

A hybrid approach to treebank construction

Este artículo describe investigación sobre los efectos de la desambiguación morfosintáctica usada como un preproceso de un analizador sint´actico profundo basado en HPSG, en el contexto del desarrollo de un treebank del español de código abierto, en el entorno de DELPH-IN. La anotación treebank se realiza manualmente tomando las decisiones apropiadas entre las opciones propuestas por el sistema y ordenadas por un módulo estadístico. Los experimentos presentados muestran que el uso de un etiquetador reduce la ambigüedad de las frases, y contribuye a limitar la cantidad de frases cuyo análisis sobrepasa a el límite de tiempo, y ayuda a al m´odulo estadístico a clasificar el árbol correcto entre los n mejores. Por un lado, nuestros resultados validan los beneficios ya reportados en la literatura de tal preproceso de análisis profundo con respecto a la velocidad, cobertura y precisión. Por otro lado, proponemos una estrategia basada en existentes herramientas de código abierto y recursos para desarrollar con alta consitencia treebanks de sintaxis profunda para idiomas con limitada disponibilidad de recursos lingüísticos.

El Proyecto CLARIN: Una infraestructura de investigación científica para las Humanidades y las Ciencias Sociales

En aquest article presentem CLARIN (Common Language Resources and Technologies), un projecte de col·laboració europea a gran escala l"objectiu del qual és potenciar l"ús d"instruments tecnològics en la recerca en els àmbits de les humanitats i les ciències socials. CLARIN és un dels trenta-cinc projectes seleccionats pel Comitè ESFRI (European Strategy Forum on Research Infraestructures) per a la llista de les infraestructures que s"han d"haver construït, per la seva importància per a la recerca, d"aquí a deu anys. CLARIN vol portar a les humanitats i a les ciències socials els beneficis de l"accés compartit i en col·laboració a recursos digitals, i també l"ús del còmput intensiu amb instruments específics d"anàlisi i explotació per a l"accés intel·ligent a grans bases de dades. Amb aquest objectiu, CLARIN crearà la infraestructura necessària per a poder donar un accés genèric a grans bancs de dades i als instruments d"anàlisi i explotació d"aquestes dades mitjançant la utilització de tecnologia. Per a això implementarà, en una estructura de xarxa grid, i mitjançant tecnologia de serveis web i de web semàntic, una única interfície d"accés a les dades i als instruments d"anàlisi, i també a eines de processament i altres serveis necessaris. Aquesta interfície, pel fet de ser dissenyada per a servir els objectius comuns de la recerca en humanitats i ciències socials, en facilitarà l"ús a investigadors de diferents àmbits sense necessitat de tenir coneixements sobre les tecnologies implicades.

The Tibidabo Treebank

En este artículo presentamos el desarrollo de un nuevo recurso de código abierto para el español: el treebank Tibidabo. La anotación se está llevando a cabo de forma semiautomática en la que, en primer lugar, el corpus es analizado automaticamente con una gramática simbólica del español basada en HPSG e implementada en el sistema Linguistic Knowledge Builder, y, en segundo lugar, los resultados del proceso de análisis se desambiguan manualmente. La existencia del treebank Tibidabo nos permitirá futuros trabajos de investigación para el desarrollo y evaluación de una arquitectura híbrida que combine métodos simbólicos y estadísticos para el PLN, así como investigaciones orientadas a la hibridización de técnicas de bajo y alto nivel para el PLN.

Análise da distribuição espacial de dose absorvida em próton terapia ocular

OBJETIVO: Propõe-se avaliar os perfis de dose em profundidade e as distribuições espaciais de dose para protocolos de radioterapia ocular por prótons, a partir de simulações computacionais em código nuclear e modelo de olho discretizado em voxels. MATERIAIS E MÉTODOS: As ferramentas computacionais empregadas foram o código Geant4 (GEometry ANd Tracking) Toolkit e o SISCODES (Sistema Computacional para Dosimetria em Radioterapia). O Geant4 é um pacote de software livre, utilizado para simular a passagem de partículas nucleares com carga elétrica através da matéria, pelo método de Monte Carlo. Foram executadas simulações computacionais reprodutivas de radioterapia por próton baseada em instalações pré-existentes. RESULTADOS: Os dados das simulações foram integrados ao modelo de olho através do código SISCODES, para geração das distribuições espaciais de doses. Perfis de dose em profundidade reproduzindo o pico de Bragg puro e modulado são apresentados. Importantes aspectos do planejamento radioterápico com prótons são abordados, como material absorvedor, modulação, dimensões do colimador, energia incidente do próton e produção de isodoses. CONCLUSÃO: Conclui-se que a terapia por prótons, quando adequadamente modulada e direcionada, pode reproduzir condições ideais de deposição de dose em neoplasias oculares.

Simulação e análise dosimétrica de protonterapia e íons de carbono no tratamento do melanoma uveal

OBJETIVO: Este artigo apresenta a avaliação dosimétrica da radioterapia por íons de carbono em comparação à protonterapia. MATERIAIS E MÉTODOS: As simulações computacionais foram elaboradas no código Geant4 (GEometry ANd Tracking). Um modelo de olho discretizado em voxels implementado no sistema Siscodes (sistema computacional para dosimetria em radioterapia) foi empregado, em que perfis de dose em profundidade e curvas de isodose foram gerados e superpostos. Nas simulações com feixe de íons de carbono, distintos valores de energia do feixe foram adotados, enquanto nas simulações com feixe de prótons os dispositivos da linha de irradiação foram incluídos e diferentes espessuras do material absorvedor foram aplicadas. RESULTADOS: As saídas das simulações foram processadas e integradas ao Siscodes para gerar as distribuições espaciais de dose no modelo ocular, considerando alterações do posicionamento de entrada do feixe. Os percentuais de dose foram normalizados em função da dose máxima para um feixe em posição de entrada específica, energia da partícula incidente e número de íons de carbono e de prótons incidentes. CONCLUSÃO: Os benefícios descritos e os resultados apresentados contribuem para o desenvolvimento das aplicações clínicas e das pesquisas em radioterapia ocular por íons de carbono e prótons.