El injerto en pepino corto tipo español (Cucumis sativus L.) recomencaciones para su empleo en la zona central española

El injerto en hortalizas es uno de los temas de más actualidad en el panorama hortícola, no solo español, sino occidental, y recalcamos occidental, pues en muchos países que no corresponden a ese ámbito, sobre todo asiáticos: Japón, Corea, China, Filipinas, etc., esta es una técnica que cuenta con una gran difusión desde hace décadas, siendo, por ejemplo en Japón, la mayoría de sus cultivos de cucurbitáceas y solanáceas realizados con planta injertada. A finales de los noventa quedó claro que el empleo de bromuro de metilo tenía una fecha de caducidad y que las zonas que tenían una fuerte dependencia de este desinfectante de suelo debían de buscar alternativas a un plazo lo más corto posible, con un punto añadido sobre etapas anteriores, debían ser alternativas lo más respetuosas posible con el medio ambiente y que no incrementaran, de forma importante, los costes de producción. En la zona centro y concretamente en los invernaderos de la Comunidad de Madrid y zonas cercanas de Toledo y Guadalajara el pepino era y es el cultivo predominante, los horticultores empleaban el bromuro de metilo de forma sistemática para desinfectar sus suelos y la desaparición de este producto les planteaba una gran incertidumbre, lo que llevó a que desde diferentes instancias se buscaran diferentes alternativas. Tras analizar las posibilidades que se podían implementar y conocido el buen resultado que había dado el injerto en sandía en Almería, se decidió acometer los trabajos que conforman esta Tesis Doctoral, planteando en la zona, diferentes ensayos con la idea de conocer, si el injerto en pepino, con los cultivares empleados habitualmente, podía ser una alternativa real para los horticultores, tanto de Madrid, como los de las zonas cercanas de Toledo y Guadalajara. Se pretendía conocer sobre todo las repercusiones agronómicas y si esta técnica podría emplearse en solitario o era necesario complementarla con otras alternativas: desinfectantes químicos, solarización, biofumigación e incluso desinfección con vapor de agua. Los ensayos fueron realizados de forma secuencial entre el año 1999 y el 2011, comprobándose en primer lugar que el empleo de portainjertos híbridos de calabaza era posible con los cultivares de pepino corto tipo español, mayoritariamente empleados en los últimos años del siglo XX y primeros del XXI, fundamentalmente: Serena. Tras los primeros ensayos, Shintoza parecía el portainjerto híbrido de calabaza (Cucurbita maxima x C. moschata) con mejores perspectivas de empleo, pues presentaba la ventaja adicional de ser bien conocido por los semilleros que producen planta injertada al ser, en esos momentos, el portainjerto más empleado en sandía, lo que garantizaba por su lado, su empleo en pepino, y que los horticultores pudiesen disponer de planta injertada. Más adelante los trabajos se encaminaron hacia la determinación de la densidad y tipo de poda más adecuado para la planta injertada, realizándose múltiples ensayos en esta dirección, que culminaron con la conclusión de que el extravigor que los portainjertos conferían a las plantas permitía conducir estas a dos o más brazos (se suelen emplear dos, por mejor adaptación a los trabajos de manejo de la planta por parte de los agricultores), con lo que se podría disminuir la densidad de planta y por tanto ahorrar en este capítulo, cosa que preocupaba y preocupa a los agricultores. Se llegó a determinar que es posible reducir la densidad de plantación en alrededor de un 25%, estando la densidad de brazos más adecuada entre 3 y 3.5 br•m-2. Tras las primeras decisiones tomadas sobre el portainjerto y la densidad más adecuada, se continuó con el estudio de adaptación de estas propuestas a los nuevos cultivares que las empresas de semillas iban proponiendo y los agricultores adoptando. Estas acciones se complementaron con la introducción de nuevos portainjertos susceptibles de sustituir a Shintoza o rotar con él para cambiar de sistema radicular, lo que es conveniente cuando se emplean, como es el caso, portainjertos que no son resistentes a nematodos, principalmente de la especie Meloidogyne incognita, el mayor problema en la zona, debido al suelo. Cultivares como Trópico, en un primer momento, y Urano y Motril más recientemente, se adaptaron muy bien a esta técnica. Entre los portainjertos que mostraron buena adaptación a la técnica de injerto y suficientemente buena compatibilidad con la mayoría de los cultivares ensayados destacan: RS-841, Strongtosa y Camel. Azman también mostró un comportamiento relevante, pero este portainjerto no podrá ser empleado, al ser recientemente retirado del mercado por la empresa que lo obtuvo y comercializó Aunque no era el objetivo principal de esta Tesis Doctoral, se ha comprobado que puede ser interesante combinar el empleo del injerto con otras técnicas alternativas al bromuro de metilo para superar los problemas debidos a enfermedades del suelo o nematodos, pero debe seguirse trabajando pues este es un tema en continua evolución, tanto si se trata de desinfectantes, a la mayoría de los cuales les está siendo retirado el permiso para su comercialización, como de otros métodos como la biofumigación o el empleo de vapor de agua. Queda muy claro que el injerto puede considerarse entre los métodos respetuosos con el medio ambiente, si no el que más, en lo que alternativas al bromuro de metilo se refiere. También en otro momento, se comprobó que con plantas injertadas es posible reducir el aporte de nutrientes, sobre todo nitrógeno, lo que además de un ahorro supone una mejora más desde el punto de vista medioambiental. En definitiva, queda demostrado que es factible el empleo del injerto en pepino corto tipo español, que las selecciones de los híbridos entre Cucurbita maxima y C. moschata que habitualmente se están empleando en sandía son también de aplicación en estos pepinos y que su empleo puede llevarnos a producciones suficientemente remuneradoras, alargándose en muchos casos el ciclo y no modificando, de forma apreciable, la calidad. Queda también demostrado que aunque los portainjertos no sean resistentes a nematodos, su extravigor les hace desarrollarse, desde el punto de vista productivo, suficientemente, llegando por tanto, a “convivir” con ese problema. Al no ser resistentes los portainjertos, y permanecer e incluso agravarse el problema de nematodos es conveniente poder contar con diferentes portainjertos que nos permitan rotar entre ellos y utilizar diferentes sistemas radiculares que harán menos fácil el parasitismo de los nematodos, como recomiendan los nematólogos que se haga. ABSTRACT Vegetable grafting is one of the most current practices in horticulture, not only in Spain, but also in other Western and Asian countries, such as Japan, South Korea, China, the Philippines, etc. This is a decades-old, widespread technique: In fact, most cucurbit and solanaceous crops in Japan and Korea are grafted. At the end of the 1990s, it was clear that methyl bromide had an expiry date. Consequently, the areas strongly dependant on this soil disinfectant had to look for alternatives as quickly as possible. Besides, these had to be as environmentally friendly as possible and should not increase production costs significantly. The cucumber has been and still is the most important crop in greenhouses of the Comunidad de Madrid and in areas near Toledo and Guadalajara. Cucumber growers used methyl bromide systematically to disinfect the soil. The banning of this chemical product brought about uncertainty, which encouraged the search for different alternatives. After analyzing the different possibilities and taking into account the good results of watermelon grafting in Almería, it was decided to carry out the works that make up this doctoral thesis. Different trials were made in order to know if the cultivars used in cucumber grafting might be a real alternative for farmers, not only in Madrid, but also in the areas near Toledo and Guadalajara. The main aim was to assess the agronomic repercussions and whether that technique could be used alone, or if other complementary alternatives, such as chemical disinfectants, solarisation, biofumigation, or even steam disinfection, were necessary. Trials were carried out sequentially from 1999 to 2011. It was observed that the use of pumpkin hybrid rootstocks could be applied to cultivars of Spanish short cucumbers, mainly grown in the late 20th and early 21st centuries eg Serena. After the early trials, Shintoza (Cucurbita maxima x C. moschata), a pumpkin hybrid rootstock, seemed to be the best option, as it had the additional advantage of being well known by nurseries growing grafting plants. Bearing this in mind, Shintoza was then the hybrid rootstock to be used in cucumbers and consequently growers could have grafted plants at their disposal. Later on, research was focused on density and the most adequate type of pruning, by carrying out several trials. These experiments showed that, the extra vigour the rootstocks gave to the plants, allowed them to have two or three stems, (normally nurserymen use two, as it is easier for them to manage the plants). These findings would lead to the lessening the density of the plant and thus reduce costs, something which worried and still worries farmers. It was stated that it would be possible to reduce the density of the plants by about 25%, the optimum density of the stems ranging from 3 to 3.5 stem-m-2. Once decisions were taken both on the rootstock and the appropriate density, we went on to study how to apply these proposals to the new cultivars which the seed companies were proposing and the farmers were applying. These measures were complemented with the introduction of new rootstocks capable of replacing Shintoza, or rotating with it in order to change the root system. This is particularly necessary when rootstocks, non-resistant to nematodes, mainly of the species Meloidogyne incognita, are used. This is the main problem due to the soil of that area. Cultivars such as Trópico, at first, and Urano and Motril, more recently, adapted quite well to this technique. Among the rootstocks which adapted well to grafting and which were compatible with most tested cultivars, were, in particular, RS-841 Strongtosa and Camel. The behaviour of Azman was worth studying, but this rootstock was removed from the market by the company which had bought and commercialized it. Although not the main purpose of the research, it was observed that combining grafting with other alternatives to methyl bromide in order to overcome problems due to soil diseases or nematodes may be worthwhile. However, further research is needed, as this topic is in constant evolution, not only when we come to disinfectants, most of which are being affected by the removal of the permit for commercialization, but also when we refer to other techniques such as biofumigation or the use of steam. Results also showed that grafted plants may reduce the amount of fertilizers, particularly nitrogen, used: This means both saving money and the protection of the environment. We may conclude by saying that grafting Spanish short cucumbers is feasible, that the selections of the hybrids between Cucurbita maxima and C. moschata, habitually used in watermelon grafting, can also be applied to these cucumbers. It can also be concluded that the use of these grafting techniques may lead to profitable yields, by lengthening the growing cycle in many cases and by maintaining the quality to a large extent. Although these rootstocks are not resistant to nematodes, the results showed that their extra vigour enables them to develop in terms of production, and thus they cope with this problem. Since these rootstocks are not resistant to nematodes and the problem with these nematodes may even worsen, it is recommended that different types of rootstocks should be available to enable both the rotation and the use of different root systems, which will encourage the parasitism of nematodes.

Coevolución virus-planta: impacto de las infecciones virales en poblaciones silvestres de Chiltepín (capsicum annuum var. Aviculare (dierbach) d’arcy & eshbaugh) en México.

El impacto negativo que tienen los virus en las plantas hace que estos puedan ejercer un papel ecológico como moduladores de la dinámica espacio-temporal de las poblaciones de sus huéspedes. Entender cuáles son los mecanismos genéticos y los factores ambientales que determinan tanto la epidemiología como la estructura genética de las poblaciones de virus puede resultar de gran ayuda para la comprensión del papel ecológico de las infecciones virales. Sin embargo, existen pocos trabajos experimentales que hayan abordado esta cuestión. En esta tesis, se analiza el efecto de la heterogeneidad del paisaje sobre la incidencia de los virus y la estructura genética de sus poblaciones. Asimismo, se explora como dichos factores ambientales influyen en la importancia relativa que los principales mecanismos de generación de variabilidad genética (mutación, recombinación y migración) tienen en la evolución de los virus. Para ello se ha usado como sistema los begomovirus que infectan poblaciones de chiltepín (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D´Arcy & Eshbaugh) en México. Se analizó la incidencia de diferentes virus en poblaciones de chiltepín distribuidas a lo largo de seis provincias biogeográficas, representando el área de distribución de la especie en México, y localizadas en hábitats con diferente grado de intervención humana: poblaciones sin intervención humana (silvestres); poblaciones toleradas (lindes y pastizales), y poblaciones manejadas por el hombre (monocultivos y huertos familiares). Entre los virus analizados, los begomovirus mostraron la mayor incidencia, detectándose en todas las poblaciones y años de muestreo. Las únicas dos especies de begomovirus que se encontraron infectando al chiltepín fueron: el virus del mosaico dorado del chile (Pepper golden mosaic virus, PepGMV) y el virus huasteco del amarilleo de venas del chile (Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV). Por ello, todos los análisis realizados en esta tesis se centran en estas dos especies de virus. La incidencia de PepGMV y PHYVV, tanto en infecciones simples como mixtas, aumento cuanto mayor fue el nivel de intervención humana en las poblaciones de chiltepín, lo que a su vez se asoció con una menor biodiversidad y una mayor densidad de plantas. Además, la incidencia de infecciones mixtas, altamente relacionada con la presencia de síntomas, fue también mayor en las poblaciones cultivadas. La incidencia de estos dos virus también varió en función de la población de chiltepín y de la provincia biogeográfica. Por tanto, estos resultados apoyan una de las hipótesis XVI clásicas de la Patología Vegetal según la cual la simplificación de los ecosistemas naturales debida a la intervención humana conduce a un mayor riesgo de enfermedad de las plantas, e ilustran sobre la importancia de la heterogeneidad del paisaje a diferentes escalas en la determinación de patrones epidemiológicos. La heterogeneidad del paisaje no solo afectó a la epidemiología de PepGMV y PHYVV, sino también a la estructura genética de sus poblaciones. En ambos virus, el nivel de diferenciación genética mayor fue la población, probablemente asociado a la capacidad de migración de su vector Bemisia tabaci; y en segundo lugar la provincia biogeográfica, lo que podría estar relacionado con el papel del ser humano como agente dispersor de PepGMV y PHYVV. La estima de las tasas de sustitución nucleotídica de las poblaciones de PepGMV y PHYVV mostró una rápida dinámica evolutiva. Los árboles filogenéticos de ambos virus presentaron una topología en estrella, lo que sugiere una expansión reciente en las poblaciones de chiltepín. La reconstrucción de los patrones de migración de ambos virus indicó que ésta expansión parece haberse producido desde la zona central de México siguiendo un patrón radial, y en los últimos 30 años. Es importante tener en cuenta que el patrón espacial de la diversidad genética de las poblaciones de PepGMV y PHYVV es similar al descrito previamente para el chiltepín lo que podría dar lugar a la congruencia de las genealogías del huésped y la de los virus. Dicha congruencia se encontró cuando se tuvieron en cuenta únicamente las poblaciones de hábitats silvestres y tolerados, lo que probablemente se debe a una codivergencia en el espacio pero no en el tiempo, dado que la evolución de virus y huésped han ocurrido a escalas temporales muy diferentes. Finalmente, el análisis de la frecuencia de recombinación en PepGMV y PHYVV indicó que esta juega un papel importante en la evolución de ambos virus, dependiendo su importancia del nivel de intervención humana de la población de chiltepín. Este factor afectó también a la intensidad de la selección a la que se ven sometidos los genomas de PepGMV y PHYVV. Los resultados de esta tesis ponen de manifiesto la importancia que la reducción de la biodiversidad asociada al nivel de intervención humana de las poblaciones de plantas y la heterogeneidad del paisaje tiene en la emergencia de nuevas enfermedades virales. Por tanto, es necesario considerar estos factores ambientales a la hora de comprender la epidemiologia y la evolución de los virus de plantas.XVII SUMMARY Plant viruses play a key role as modulators of the spatio-temporal dynamics of their host populations, due to their negative impact in plant fitness. Knowledge on the genetic and environmental factors that determine the epidemiology and the genetic structure of virus populations may help to understand the ecological role of viral infections. However, few experimental works have addressed this issue. This thesis analyses the effect of landscape heterogeneity in the prevalence of viruses and the genetic structure of their populations. Also, how these environmental factors influence the relative importance of the main mechanisms for generating genetic variability (mutation, recombination and migration) during virus evolution is explored. To do so, the begomoviruses infecting chiltepin (Capsicum annuum var. aviculare (Dierbach) D'Arcy & Eshbaugh) populations in Mexico were used. Incidence of different viruses in chiltepin populations of six biogeographical provinces representing the species distribution in Mexico was determined. Populations belonged to different habitats according to the level of human management: populations with no human intervention (Wild); populations naturally dispersed and tolerated in managed habitats (let-standing), and human managed populations (cultivated). Among the analyzed viruses, the begomoviruses showed the highest prevalence, being detected in all populations and sampling years. Only two begomovirus species infected chiltepin: Pepper golden mosaic virus, PepGMV and Pepper huasteco yellow vein virus, PHYVV. Therefore, all the analyses presented in this thesis are focused in these two viruses. The prevalence of PepGMV and PHYVV, in single and mixed infections, increased with higher levels of human management of the host population, which was associated with decreased biodiversity and increased plant density. Furthermore, cultivated populations showed higher prevalence of mixed infections and symptomatic plants. The prevalence of the two viruses also varied depending on the chiltepin population and on the biogeographical province. Therefore, these results support a classical hypothesis of Plant Pathology stating that simplification of natural ecosystems due to human management leads to an increased disease risk, and illustrate on the importance of landscape heterogeneity in determining epidemiological patterns. Landscape heterogeneity not only affected the epidemiology of PepGMV and PHYVV, but also the genetic structure of their populations. Both viruses had the highest level of genetic differentiation at the population scale, probably associated with the XVIII migration patterns of its vector Bemisia tabaci, and a second level at the biogeographical province scale, which could be related to the role of humans as dispersal agents of PepGMV and PHYVV. The estimates of nucleotide substitution rates of the virus populations indicated rapid evolutionary dynamics. Accordingly, phylogenetic trees of both viruses showed a star topology, suggesting a recent diversification in the chiltepin populations. Reconstruction of PepGMV and PHYVV migration patterns indicated that they expanded from central Mexico following a radial pattern during the last 30 years. Importantly, the spatial genetic structures of the virus populations were similar to that described previously for the chiltepin, which may result in the congruence of the host and virus genealogies. Such congruence was found only in wild and let-standing populations. This is probably due to a co-divergence in space but not in time, given the different evolutionary time scales of the host and virus populations. Finally, the frequency of recombination detected in the PepGMV and PHYVV populations indicated that this mechanism plays an important role in the evolution of both viruses at the intra-specific scale. The level of human management had a minor effect on the frequency of recombination, but influenced the strength of negative selective pressures in the viral genomes. The results of this thesis highlight the importance of decreased biodiversity in plant populations associated with the level of human management and of landscape heterogeneity on the emergence of new viral diseases. Therefore it is necessary to consider these environmental factors in order to fully understand the epidemiology and evolution of plant viruses.

Discovery of ferromanganese hydrocarbon-related nodules associated with the Meknes mud volcano (Western Moroccan margin)

A suite of ferromanganese nodules were sampled during the MVSEIS-2008 cruise aboard of the R/V Hespérides in the flanks of Meknes mud volcano (Moroccan margin, NE Central Atlantic). The nodules were collected at water depths between 750-850 m within a seabed area characterized by high acoustic backscatter values. Debris of cold water corals and hydrocarbon-derived authigenic carbonate crusts were sampled at same time. The nodules show tabular morphology, up to 20 cm in maximum diameter and 2 kg of weight, brown-reddish external color and they are internally composed by a concentric to complex arrangement of laminae. The results of X-ray diffraction analysis show that these ferromanganese nodules are essentially composed of goethite and lepidocrocite, being Mn-oxides, silicates (quartz and clay minerals) and carbonates (calcite, dolomite and siderite) accessory to occasional minerals. All the samples display micritic to micro-sparitic mosaic under the petrographic microscope which forms massive, laminated or dendritic-mottled textures. The nodules show a high abundance of Fe, minor Mn and low contents of trace metals and REEs. Mature hydrocarbons, as n-alkanes derived from marine bacterial activity, and phenanthrene have been detected in all the ferromanganese nodules analyzed. These nodules display analogous characteristics (textural, mineralogical and geochemical) to the nodules studied by González et al (2009) in the carbonate mud-mounds in the Gulf of Cadiz, offshore Iberian margin. In this way, the same preliminary genetic model proposed for these nodules might be applicable to those find in the Meknes mud volcano. Therefore, the anaerobic oxidation of hydrocarbon-rich fluids within the mud-breccia sediments in the flanks of Meknes mud volcano would induce the formation of early diagenetic Fe-(Mn) carbonate nodules. Thus, the nodules were later exhumed by the erosive action of sea bottom currents generating the replacement of ferromanganese carbonates by Fe-Mn oxy-hydroxides. Thus, the hydrocarbon-rich fluid venting from deep seated reservoirs and erosive action of bottom currents must have been essential actors, as mineralization controls, for ferromanganese nodules generation and evolution. These findings imply that this type of nodules must be considered as new product as derived from the anaerobic/aerobic oxidation of hydrocarbons in areas of active seepages.

Caracterización de la necrosis sistémica inducida por la interacción sinérgica entre el Virus X de la patata y potyvirus en Nicotiana benthamiana

Los virus de plantas pueden causar enfermedades severas que conllevan serias pérdidas económicas a nivel mundial. Además, en la naturaleza son comunes las infecciones simultáneas con distintos virus que conducen a la exacerbación de los síntomas de enfermedad, fenómeno al que se conoce como sinergismo viral. Una de las sintomatologías más severas causadas por los virus en plantas susceptibles es la necrosis sistémica (NS), que incluso puede conducir a la muerte del huésped. Este fenotipo ha sido comparado en ocasiones con la respuesta de resistencia de tipo HR, permitiendo establecer una serie de paralelismos entre ambos tipos de respuesta que sugieren que la NS producida en interacciones compatibles sería el resultado de una respuesta hipersensible sistémica (SHR). Sin embargo, los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de la NS, su relación con procesos de defensa antiviral o su relevancia biológica aún no son bien entendidos, al igual que tampoco han sido estudiados los cambios producidos en la planta a escala genómica en infecciones múltiples que muestran sinergismo en patología. En esta tesis doctoral se han empleado distintas aproximaciones de análisis de expresión génica, junto con otras técnicas genéticas y bioquímicas, en el sistema modelo de Nicotiana benthamiana para estudiar la NS producida por la infección sinérgica entre el Virus X de la patata (PVX) y diversos potyvirus. Se han comparado los cambios producidos en el huésped a nivel genómico y fisiológico entre la infección doble con PVX y el Virus Y de la patata (PVY), y las infecciones simples con PVX o PVY. Además, los cambios transcriptómicos y hormonales asociados a la infección con la quimera viral PVX/HC‐Pro, que reproduce los síntomas del sinergismo entre PVX‐potyvirus, se han comparado con aquellos producidos por otros dos tipos de muerte celular, la PCD ligada a una interacción incompatible y la PCD producida por la disfunción del proteasoma. Por último, técnicas de genética reversa han permitido conocer la implicación de factores del huésped, como las oxilipinas, en el desarrollo de la NS asociada al sinergismo entre PVXpotyvirus. Los resultados revelan que, respecto a las infecciones con solo uno de los virus, la infección doble con PVX‐PVY produce en el huésped diferencias cualitativas además de cuantitativas en el perfil transcriptómico relacionado con el metabolismo primario. Otros cambios en la expresión génica, que reflejan la activación de mecanismos de defensa, correlacionan con un fuerte estrés oxidativo en las plantas doblemente infectadas que no se detecta en las infecciones simples. Además, medidas en la acumulación de determinados miRNAs implicados en diversos procesos celulares muestran como la infección doble altera de manera diferencial tanto la acumulación de estos miRNAs como su funcionalidad, lo cual podría estar relacionado con los cambios en el transcriptoma, así como con la sintomatología de la infección. La comparación a nivel transcriptómico y hormonal entre la NS producida por PVX/HC‐Pro y la interacción incompatible del Virus del mosaico del tabaco en plantas que expresan el gen N de resistencia (SHR), muestra que la respuesta en la interacción compatible es similar a la que se produce durante la SHR, si bien se presenta de manera retardada en el tiempo. Sin embargo, los perfiles de expresión de genes de defensa y de respuesta a hormonas, así como la acumulación relativa de ácido salicílico (SA), ácido jasmonico (JA) y ácido abscísico, en la interacción compatible son más semejantes a la respuesta PCD producida por la disfunción del proteasoma que a la interacción incompatible. Estos datos sugieren una contribución de la interferencia sobre la funcionalidad del proteasoma en el incremento de la patogenicidad, observado en el sinergismo PVX‐potyvirus. Por último, los resultados obtenidos al disminuir la expresión de 9‐LOX, α‐DOX1 y COI1, relacionados con la síntesis o con la señalización de oxilipinas, y mediante la aplicación exógena de JA y SA, muestran la implicación del metabolismo de las oxilipinas en el desarrollo de la NS producida por la infección sinérgica entre PVXpotyvirus en N. benthamiana. Además, estos resultados indican que la PCD asociada a esta infección, al igual que ocurre en interacciones incompatibles, no contiene necesariamente la acumulación viral, lo cual indica que necrosis e inhibición de la multiplicación viral son procesos independientes. ABSTRACT Plant viruses cause severe diseases that lead to serious economic losses worldwide. Moreover, simultaneous infections with several viruses are common in nature leading to exacerbation of the disease symptoms. This phenomenon is known as viral synergism. Systemic necrosis (SN) is one of the most severe symptoms caused by plant viruses in susceptible plants, even leading to death of the host. This phenotype has been compared with the hypersensitive response (HR) displayed by resistant plants, and some parallelisms have been found between both responses, which suggest that SN induced by compatible interactions could be the result of a systemic hypersensitive response (SHR). However, the molecular mechanisms involved in the development of SN, its relationship with antiviral defence processes and its biological relevance are still unknown. Furthermore, the changes produced in plants by mixed infections that cause synergistic pathological effects have not been studied in a genome‐wide scale. In this doctoral thesis different approaches have been used to analyse gene expression, together with other genetic and biochemical techniques, in the model plant Nicotiana benthamiana, in order to study the SN produced by the synergistic infection of Potato virus X (PVX) with several potyviruses. Genomic and physiological changes produced in the host by double infection with PVX and Potato virus Y (PVY), and by single infection with PVX or PVY have been compared. In addition, transcriptional and hormonal changes associated with infection by the chimeric virus PVX/HC‐Pro, which produces synergistic symptoms similar to those caused by PVX‐potyvirus, have been compared with those produced by other types of cell death. These types of cell death are: PCD associated with an incompatible interaction, and PCD produced by proteasome disruption. Finally, reverse genetic techniques have revealed the involvement of host factors, such as oxylipins, in the development of SN associated with PVX‐potyvirus synergism. The results revealed that compared with single infections, double infection with PVX‐PVY produced qualitative and quantitative differences in the transcriptome profile, mainly related to primary metabolism. Other changes in gene expression, which reflected the activation of defence mechanisms, correlated with a severe oxidative stress in doubly infected plants that was undetected in single infections. Additionally, accumulation levels of several miRNAs involved in different cellular processes were measured, and the results showed that double infection not only produced the greatest variations in miRNA accumulation levels but also in miRNA functionality. These variations could be related with transcriptomic changes and the symptomatology of the infection. Transcriptome and hormone level comparisons between SN induced by PVX/HCPro and the incompatible interaction produced by Tobacco mosaic virus in plants expressing the N resistance gene (SHR), showed some similarities between both responses, even though the compatible interaction appeared retarded in time. Nevertheless, the expression profiles of both defence‐related genes and hormoneresponsive genes, as well as the relative accumulation of salicylic acid (SA), jasmonic acid (JA) and abscisic acid in the compatible interaction are more similar to the PCD response produced by proteasome disruption. These data suggest that interference with proteasome functionality contributes to the increase in pathogenicity associated with PVX‐potyvirus synergism. Finally, the results obtained by reducing the expression of 9‐LOX, α‐DOX1 and COI1, related with synthesis or signalling of oxylipins, and by applying exogenously JA and SA, revealed that oxylipin metabolism is involved in the development of SN induced by PVX‐potyvirus synergistic infections in N. benthamiana. Moreover, these results also indicated that PVX‐potyvirus associated PCD does not necessarily restrict viral accumulation, as is also the case in incompatible interactions. This indicates that both necrosis and inhibition of viral multiplication are independent processes.

La metáfora. Herramienta característica de renovación arquitectónica tras el movimiento moderno

Esta tesis estudia el papel de la metáfora como instrumento arquitectónico en el debate y las propuestas para superar la ortodoxia de la arquitectura moderna a partir de mediados del siglo XX. En arquitectura, la utilización del procedimiento que constituye la metáfora se apoya en una consideración semántica de la arquitectura y se ha usado constantemente a lo largo de la historia para desarrollar nuevas propuestas, basándose en la comparación con modelos conocidos. En este trabajo se examina la notable presencia que adquirió este instrumento en las propuestas críticas a la arquitectura moderna ortodoxa, debido a la importancia que tuvieron los aspectos semánticos en el debate sobre la continuidad y vigencia de los postulados de la arquitectura moderna. Con este estudio se ha indagado sobre las razones y la frecuencia con las que aquellos arquitectos que adoptaron una actitud crítica hacia la arquitectura moderna se refirieron a las relaciones metafóricas en sus propuestas alternativas. Para mostrar cómo las metáforas formaron parte de los mecanismos de cambio de la arquitectura en este periodo, recuperando un mayor potencial creativo para abordar los proyectos arquitectónicos, se han estudiado una serie de ejemplos pertinentes y relevantes. En cada uno de los capítulos se han analizado las objeciones más importantes que fueron planteadas frente a la arquitectura moderna por un arquitecto o grupo de arquitectos, seleccionados entre aquéllos que tomaron parte en este debate, y se estudia la inclusión de la metáfora en las alternativas que propusieron en cada caso. Además de una actitud crítica con la arquitectura moderna, todos los arquitectos seleccionados comparten una consideración semántica de la arquitectura y han expuesto sus ideas y posturas tanto en obras proyectadas y construidas, como en escritos o comentarios sobre su manera de entender y proyectar arquitectura. Esta doble producción ha permitido analizar, comparativamente, el papel de la metáfora en sus enfoques y propuestas críticas y en la realización de sus obras como alternativas a las mismas. Al mismo tiempo, la investigación profundiza en el conocimiento de la utilización de la metáfora como herramienta arquitectónica. A través del recorrido por las distintas maneras de entender este instrumento que pueden observarse en algunos de los arquitectos de la segunda mitad del siglo XX, se exponen tanto las posibilidades como los aspectos más críticos de la utilización de la metáfora en arquitectura. La variada utilización de la noción de metáfora en arquitectura se ve reflejada en las diversas consideraciones que hacen de la misma los arquitectos estudiados. La tesis se ha ocupado de distinguir cada uno de estos enfoques, haciéndose eco de la pluralidad con la que puede abordarse el concepto de metáfora de manera general y en arquitectura en particular. Así, algunos arquitectos del Team 10, la utilizan como un instrumento de ampliación y renovación semántica de la arquitectura moderna, que propone una síntesis de lo viejo y lo nuevo. Para Robert Venturi, se trata de un recurso con capacidad de persuadir y recrear, renovando semánticamente la arquitectura. Charles Jencks considera que es un procedimiento semántico esencial de la arquitectura, olvidado por los arquitectos modernos, cuya recuperación supone un rasgo diferencial de la arquitectura posmoderna respecto a la moderna. Para Aldo Rossi, es una manera de materializar las relaciones analógicas que constituyen su propuesta para proyectar una arquitectura de racionalismo exaltado frente a un racionalismo convencional. Peter Eisenman la valora porque inventa otras arquitecturas diferentes a las preconcebidas anteriormente, a pesar de que rechaza su capacidad representativa y expresiva. Rafael Moneo la utiliza para contraponerse al determinismo, como instrumento de innovación de la forma arquitectónica que construye una dinámica entre la contingencia y la necesidad. Finalmente, para Frank Gehry supone un procedimiento creativo y subjetivo con el que enfrentarse tanto a la arquitectura moderna como a la posmoderna con una arquitectura nueva y abierta a referencias inusuales. De esta manera, a través de los distintos capítulos, el estudio pretende componer un mosaico de posturas que manifieste los vínculos y las diferencias existentes entre estos arquitectos con relación a los temas estudiados: crítica y alternativas a la arquitectura moderna, semántica de la arquitectura, metáfora y otros conceptos relacionados. A su vez, la aparición continuada de la metáfora en los diferentes capítulos, y de los temas con los que está relacionada, manifiesta el protagonismo de esta herramienta arquitectónica en las propuestas de evolución y cambio de la arquitectura del periodo estudiado. ABSTRACT This thesis studies the role of the metaphor as an architectural tool in the debate and proposals to overcome the orthodoxy of modern architecture that took place since the middle part of the Twentieth Century. In architecture, the usage of the process which the metaphor constitutes is based in a semantic consideration of architecture and historically it has been used many times to develop new proposals, always based in the comparison with known models. This work examines the significant presence that this tool acquired in the proposals critical with orthodox modern architecture, due to the importance that the semantic aspects had in the debate on the continuity and validity of modern architecture’s postulates. This study also looks into the motives and frequency that those architects which adopted a critical attitude towards modern architecture alluded to the metaphorical relations in their alternative proposals. To demonstrate how during that period metaphors were imbued in the mechanisms of change of architecture, recovering a higher creative potential to approach architectural projects, a series of pertinent and relevant examples are studied. Each chapter examines the most important objections on modern architecture made by an architect or group of architects, selected among those who participated in this debate, and studies the inclusion of metaphor in the alternatives proposed in each case. Besides a critical attitude towards modern architecture, all the selected architects share a semantic consideration of architecture and have exposed their ideas and postures through projected and finalized works as in writings or commentaries on their way of understanding and projecting architecture. This double production allowed to analyse, in a comparatively manner, the role of metaphor in their approaches and critical proposals as in the execution of their works. At the same time, the research conducted further analyses the body of knowledge on the usage of metaphor as an architectural tool. By looking over the different ways some of the architects of the second half of the Twentieth Century understood this tool, both the possibilities and the most critical aspects of the usage of the metaphor in architecture can be exposed. The various usages of the notion of metaphor in architecture are reflected in the multiple considerations done about it by the selected architects. This thesis differentiates each one of those approaches, echoing the plurality with which the concept of metaphor can be addressed both in broader terms and more particularly in architecture. In this sense, some architects of Team 10 used it as a mean of semantic extension and renewal of modern architecture, proposing a synthesis between the old and the new. For Robert Venturi it is a resource with the capacity to persuade and recreate, semantically renewing architecture. Charles Jencks considers it an essential semantic procedure of architecture, forgotten by the modern architects, and which recovery represents a differential trait of post-modern architecture in relation to modern architecture. For Aldo Rossi, is a way of materializing the analogical relations which represent his proposal to project architecture of exalted rationalism as opposed to a more conventional rationalism. Peter Eisenman values it because it invents other architectures different from the preconceived before, even if he refuses its representational and expressive capacity. Rafael Moneo uses it to counter determinism, as an innovation tool of the architectonical form which generates dynamics between contingency and necessity. Finally, for Frank Gehry it supposes a creative and subjective process to face both modern architecture and post-modern architecture with a new architecture open to unusual references. As such, through its different chapters, this study aims to compose a mosaic of postures which expresses the links and the differences between those architects in relation to the topics examined: criticism and alternatives to modern architecture, semantics of architecture, metaphor and other related concepts. At the same time, the continuous presence of the metaphor in the different chapters, and of the issues it relates to, shows the importance of this tool in the proposals of evolution and change of architecture in the period considered.

Aerial Coverage Path Planning applied to Mapping

In the last decade we have seen how small and light weight aerial platforms - aka, Mini Unmanned Aerial Vehicles (MUAV) - shipped with heterogeneous sensors have become a 'most wanted' Remote Sensing (RS) tool. Most of the off-the-shelf aerial systems found in the market provide way-point navigation. However, they do not rely on a tool that compute the aerial trajectories considering all the aspects that allow optimizing the aerial missions. One of the most demanded RS applications of MUAV is image surveying. The images acquired are typically used to build a high-resolution image, i.e., a mosaic of the workspace surface. Although, it may be applied to any other application where a sensor-based map must be computed. This thesis provides a study of this application and a set of solutions and methods to address this kind of aerial mission by using a fleet of MUAVs. In particular, a set of algorithms are proposed for map-based sampling, and aerial coverage path planning (ACPP). Regarding to map-based sampling, the approaches proposed consider workspaces with different shapes and surface characteristics. The workspace is sampled considering the sensor characteristics and a set of mission requirements. The algorithm applies different computational geometry approaches, providing a unique way to deal with workspaces with different shape and surface characteristics in order to be surveyed by one or more MUAVs. This feature introduces a previous optimization step before path planning. After that, the ACPP problem is theorized and a set of ACPP algorithms to compute the MUAVs trajectories are proposed. The problem addressed herein is the problem to coverage a wide area by using MUAVs with limited autonomy. Therefore, the mission must be accomplished in the shortest amount of time. The aerial survey is usually subject to a set of workspace restrictions, such as the take-off and landing positions as well as a safety distance between elements of the fleet. Moreover, it has to avoid forbidden zones to y. Three different algorithms have been studied to address this problem. The approaches studied are based on graph searching, heuristic and meta-heuristic approaches, e.g., mimic, evolutionary. Finally, an extended survey of field experiments applying the previous methods, as well as the materials and methods adopted in outdoor missions is presented. The reported outcomes demonstrate that the findings attained from this thesis improve ACPP mission for mapping purpose in an efficient and safe manner.

Aerial Coverage Path Planning applied to Mapping

In the last decade we have seen how small and light weight aerial platforms - aka, Mini Unmanned Aerial Vehicles (MUAV) - shipped with heterogeneous sensors have become a 'most wanted' Remote Sensing (RS) tool. Most of the off-the-shelf aerial systems found in the market provide way-point navigation. However, they do not rely on a tool that compute the aerial trajectories considering all the aspects that allow optimizing the aerial missions. One of the most demanded RS applications of MUAV is image surveying. The images acquired are typically used to build a high-resolution image, i.e., a mosaic of the workspace surface. Although, it may be applied to any other application where a sensor-based map must be computed. This thesis provides a study of this application and a set of solutions and methods to address this kind of aerial mission by using a fleet of MUAVs. In particular, a set of algorithms are proposed for map-based sampling, and aerial coverage path planning (ACPP). Regarding to map-based sampling, the approaches proposed consider workspaces with different shapes and surface characteristics. The workspace is sampled considering the sensor characteristics and a set of mission requirements. The algorithm applies different computational geometry approaches, providing a unique way to deal with workspaces with different shape and surface characteristics in order to be surveyed by one or more MUAVs. This feature introduces a previous optimization step before path planning. After that, the ACPP problem is theorized and a set of ACPP algorithms to compute the MUAVs trajectories are proposed. The problem addressed herein is the problem to coverage a wide area by using MUAVs with limited autonomy. Therefore, the mission must be accomplished in the shortest amount of time. The aerial survey is usually subject to a set of workspace restrictions, such as the take-off and landing positions as well as a safety distance between elements of the fleet. Moreover, it has to avoid forbidden zones to y. Three different algorithms have been studied to address this problem. The approaches studied are based on graph searching, heuristic and meta-heuristic approaches, e.g., mimic, evolutionary. Finally, an extended survey of field experiments applying the previous methods, as well as the materials and methods adopted in outdoor missions is presented. The reported outcomes demonstrate that the findings attained from this thesis improve ACPP mission for mapping purpose in an efficient and safe manner.

Compromisos en la adaptación a distintos huéspedes en virus de plantas

Los patógenos han desarrollado estrategias para sobrevivir en su entorno, infectar a sus huéspedes, multiplicarse dentro de estos y posteriormente transmitirse a otros huéspedes. Todos estos componentes hacen parte de la eficacia biológica de los patógenos, y les permiten ser los causantes de enfermedades infecciosas tanto en hombres y animales, como en plantas. El proceso de infección produce efectos negativos en la eficacia biológica del huésped y la gravedad de los efectos, dependerá de la virulencia del patógeno. Por su parte, el huésped ha desarrollado mecanismos de respuesta en contra del patógeno, tales como la resistencia, por la que reduce la multiplicación del patógeno, o la tolerancia, por la que disminuye el efecto negativo de la infección. Estas respuestas del huésped a la infección producen efectos negativos en la eficacia biológica del patógeno, actuando como una presión selectiva sobre su población. Si la presión selectiva sobre el patógeno varía según el huésped, se predice que un mismo patógeno no podrá aumentar su eficacia biológica en distintos huéspedes y estará más adaptado a un huésped y menos a otro, disminuyendo su gama de huéspedes. Esto supone que la adaptación de un patógeno a distintos huéspedes estará a menudo dificultada por compromisos (trade-off) en diferentes componentes de la eficacia biológica del patógeno. Hasta el momento, la evidencia de compromisos de la adaptación del patógeno a distintos huéspedes no es muy abundante, en lo que se respecta a los virus de plantas. En las últimas décadas, se ha descrito un aumento en la incidencia de virus nuevos o previamente descritos que producen enfermedades infecciosas con mayor gravedad y/o diferente patogenicidad, como la infección de huéspedes previamente resistentes. Esto se conoce como la emergencia de enfermedades infecciosas y está causada por patógenos emergentes, que proceden de un huésped reservorio donde se encuentran adaptados. Los huéspedes que actúan como reservorios pueden ser plantas silvestres, que a menudo presentan pocos síntomas o muy leves a pesar de estar infectados con diferentes virus, y asimismo se encuentran en ecosistemas con ninguna o poca intervención humana. El estudio de los factores ecológicos y biológicos que actúan en el proceso de la emergencia de enfermedades infecciosas, ayudará a entender sus causas para crear estrategias de prevención y control. Los virus son los principales patógenos causales de la emergencia de enfermedades infecciosas en humanos, animales y plantas y un buen modelo para entender los procesos de la emergencia. Asimismo, las plantas a diferencia de los animales, son huéspedes fáciles de manipular y los virus que las afectan, más seguros para el trabajo en laboratorio que los virus de humanos y animales, otros modelos también usados en la investigación. Por lo tanto, la interacción virus – planta es un buen modelo experimental para el estudio de la emergencia de enfermedades infecciosas. El estudio de la emergencia de virus en plantas tiene también un interés particular, debido a que los virus pueden ocasionar pérdidas económicas en los cultivos agrícolas y poner en riesgo la durabilidad de la resistencia de plantas mejoradas, lo que supone un riesgo en la seguridad alimentaria con impactos importantes en la sociedad, comparables con las enfermedades infecciosas de humanos y animales domésticos. Para que un virus se convierta en un patógeno emergente debe primero saltar desde su huésped reservorio a un nuevo huésped, segundo adaptarse al nuevo huésped hasta que la infección dentro de la población de éste se vuelva independiente del reservorio y finalmente debe cambiar su epidemiología. En este estudio, se escogió la emergencia del virus del mosaico del pepino dulce (PepMV) en el tomate, como modelo experimental para estudiar la emergencia de un virus en una nueva especie de huésped, así como las infecciones de distintos genotipos del virus del moteado atenuado del pimiento (PMMoV) en pimiento, para estudiar la emergencia de un virus que aumenta su patogenicidad en un huésped previamente resistente. El estudio de ambos patosistemas nos permitió ampliar el conocimiento sobre los factores ecológicos y evolutivos en las dos primeras fases de la emergencia de enfermedades virales en plantas. El PepMV es un patógeno emergente en cultivos de tomate (Solanum lycopersicum) a nivel mundial, que se describió primero en 1980 infectando pepino dulce (Solanum muricatum L.) en Perú, y casi una década después causando una epidemia en cultivos de tomate en Holanda. La introducción a Europa posiblemente fue a través de semillas infectadas de tomate procedentes de Perú, y desde entonces se han descrito nuevos aislados que se agrupan en cuatro cepas (EU, LP, CH2, US1) que infectan a tomate. Sin embargo, el proceso de su emergencia desde pepino dulce hasta tomate es un interrogante de gran interés, porque es uno de los virus emergentes más recientes y de gran importancia económica. Para la emergencia de PepMV en tomate, se recolectaron muestras de tomate silvestre procedentes del sur de Perú, se analizó la presencia y diversidad de aislados de PepMV y se caracterizaron tanto biológicamente (gama de huéspedes), como genéticamente (secuencias genomicas). Se han descrito en diferentes regiones del mundo aislados de PMMoV que han adquirido la capacidad de infectar variedades previamente resistentes de pimiento (Capsicum spp), es decir, un típico caso de emergencia de virus que implica la ampliación de su gama de huéspedes y un aumento de patogenicidad. Esto tiene gran interés, ya que compromete el uso de variedades resistentes obtenidas por mejora genética, que es la forma de control de virus más eficaz que existe. Para estudiar la emergencia de genotipos altamente patogénicos de PMMoV, se analizaron clones biológicos de PMMoV procedentes de aislados de campo cuya patogenicidad era conocida (P1,2) y por mutagénesis se les aumentó la patogenicidad (P1,2,3 y P1,2,3,4), introduciendo las mutaciones descritas como responsables de estos fenotipos. Se analizó si el aumento de la patogenicidad conlleva un compromiso en la eficacia biológica de los genotipos de PMMoV. Para ello se evaluaron diferentes componentes de la eficacia biológica del virus en diferentes huéspedes con distintos alelos de resistencia. Los resultados de esta tesis demuestran: i). El potencial de las plantas silvestres como reservorios de virus emergentes, en este caso tomates silvestres del sur de Perú, así como la existencia en estas plantas de aislados de PepMV de una nueva cepa no descrita que llamamos PES. ii) El aumento de la gama de huéspedes no es una condición estricta para la emergencia de los virus de plantas. iii) La adaptación es el mecanismo más probable en la emergencia de PepMV en tomate cultivado. iv) El aumento de la patogenicidad tiene un efecto pleiotrópico en distintos componentes de la eficacia biológica, así mismo el signo y magnitud de este efecto dependerá del genotipo del virus, del huésped y de la interacción de estos factores. ABSTRACT host Pathogens have evolved strategies to survive in their environment, infecting their hosts, multiplying inside them and being transmitted to other hosts. All of these components form part of the pathogen fitness, and allow them to be the cause of infectious diseases in humans, animals, and plants. The infection process produces negative effects on the host fitness and the effects severity will depend on the pathogen virulence. On the other hand, hosts have developed response mechanisms against pathogens such as resistance, which reduces the growth of pathogens, or tolerance, which decreases the negative effects of infection. T he se responses of s to infection cause negative effects on the pathogen fitness, acting as a selective pressure on its population. If the selective pressures on pathogens va ry according to the host s , probably one pathogen cannot increase its fitness in different hosts and will be more adapted to one host and less to another, decreasing its host range. This means that the adaptation of one pathogen to different hosts , will be often limited by different trade - off components of biological effectiveness of pathogen. Nowadays , trade - off evidence of pathogen adaptation to different hosts is not extensive, in relation with plant viruses. In last decades, an increase in the incidence of new or previously detected viruses has been described, causing infectious diseases with increased severity and/or different pathogenicity, such as the hosts infection previously resistants. This is known as the emergence of infectious diseases and is caused by emerging pathogens that come from a reservoir host where they are adapted. The hosts which act as reservoirs can be wild plants, that often have few symptoms or very mild , despite of being infected with different viruses, and being found in ecosystems with little or any human intervention. The study of ecological and biological factors , acting in the process of the infectious diseases emergence will help to understand its causes to create strategies for its prevention and control. Viruses are the main causative pathogens of the infectious diseases emergence in humans, animals and plants, and a good model to understand the emergency processes. Likewise, plants in contrast to animals are easy host to handle and viruses that affect them, safer for laboratory work than viruses of humans and animals, another models used in research. Therefore, the interaction plant-virus is a good experimental model for the study of the infectious diseases emergence. The study of virus emergence in plants also has a particular interest, because the viruses can cause economic losses in agricultural crops and threaten the resistance durability of improved plants, it suppose a risk for food security with significant impacts on society, comparable with infectious diseases of humans and domestic animals. To become an emerging pathogen, a virus must jump first from its reservoir host to a new host, then adapt to a new host until the infection within the population becomes independent from the reservoir, and finally must change its epidemiology. In this study, the emergence of pepino mosaic virus (PepMV) in tomato, was selected as experimental model to study the emergence of a virus in a new host specie, as well as the infections of different genotypes of pepper mild mottle virus (PMMoV) in pepper, to study the emergence of a virus that increases its pathogenicity in a previously resistant host. The study of both Pathosystems increased our knowledge about the ecological and evolutionary factors in the two first phases of the emergence of viral diseases in plants. The PepMV is an emerging pathogen in tomato (Solanum lycopersicum L.) in the world, which was first described in 1980 by infecting pepino (Solanum muricatum L.) in Peru, and almost after a decade caused an epidemic in tomato crops in Netherlands. The introduction to Europe was possibly through infected tomato seeds from Peru, and from then have been described new isolates that are grouped in four strains (EU, LP, CH2, US1) that infect tomato. However, the process of its emergence from pepino up tomato is a very interesting question, because it is one of the newest emerging viruses and economically important. For the PepMV emergence in tomato, wild tomato samples from southern Peru were collected, and the presence and diversity of PepMV isolates were analyzed and characterized at biological (host range) and genetics (genomic sequences) levels. Isolates from PMMoV have been described in different world regions which have acquired the ability to infect pepper varieties that were previously resistants (Capsicum spp), it means, a typical case of virus emergence which involves the host range extension and an increased pathogenicity. This is of great interest due to involve the use of resistant varieties obtained by breeding, which is the most effective way to control virus. To study the emergence of highly pathogenic genotypes of PMMoV, biological clones from field isolates whose pathogenicity was known were analyzed (P1,2) and by mutagenesis we increased its pathogenicity (P1,2,3 and P1,2, 3,4), introducing the mutations described as responsible for these phenotypes. We analyzed whether the increased pathogenicity involves a trade-off in fitness of PMMoV genotypes. For this aim, different components of virus fitness in different hosts with several resistance alleles were evaluated. The results of this thesis show: i). The potential of wild plants as reservoirs of emerging viruses, in this case wild tomatoes in southern Peru, and the existence in these plants of PepMV isolates of a new undescribed strain that we call PES. ii) The host range expansion is not a strict condition for the plant virus emergence. iii) The adaptation is the most likely mechanism in the PepMV emergence in cultivated tomato. iv) The increased pathogenicity has a pleiotropic effect on several fitness components, besides the sign and magnitude of this effect depends on the virus genotype, the host and the interaction of both.

El convenio europeo del paisaje. Una propuesta metodológica para su implementación en el ámbito urbano

En la actualidad, existe la necesidad de vincular la práctica urbana y arquitectónica al pensamiento ecológico. Eso sucede porque el paisaje es el ámbito disciplinario que registra una mayor identidad contemporánea del lugar y el medio a través del cual asociar las estructuras urbanas a los procesos ecológicos. La amplitud conceptual del término paisaje, le otorga la capacidad para teorizar y proyectar sitios, territorios, ecosistemas, redes organizacionales complejas, infraestructuras, amplias superficies urbanas, y ser visto a la vez como una herramienta de negociación entre conflictos territoriales, diferentes escalas, cruces de fronteras administrativas y enfoques sectoriales. En esta tesis se presenta una propuesta metodológica para la implementación del Convenio Europeo del Paisaje (Consejo de Europa, 2000) en contextos urbanos y periurbanos. Para ello, la tesis aborda, desde una perspectiva aplicada a la planificación territorial, las relaciones espaciales de los diferentes elementos del sistema territorial que componen el mosaico paisajístico de una ciudad de rango medio, Segovia, y su entorno inmediato. El enfoque aplicado de la tesis se materializa a partir de una serie de propuestas de diseño, planificación, ordenación, gestión y protección del paisaje enfocadas a resolver problemas concretos detectados en la zona de estudio seleccionada. Para definir dichas propuestas,, la tesis adopta las bases teóricas o conceptuales de la Arquitectura del Paisaje, una disciplina de diseño aplicada, basada en significados sociales, ecológicos, económicos, culturales e históricos y en los valores visuales y estéticos. El resultado es la propuesta de una herramienta, el Plan de Paisaje de Segovia, cuyo objetivo es el de ofrecer una estrategia para el desarrollo a escala local basado en los procesos ecológicos y las estructuras del paisaje. La identificación y caracterización del paisaje, la definición de objetivos de calidad paisajística de protección, conservación, restauración y creación de nuevos paisajes, así como la propuesta de una estrategia de infraestructura verde para el municipio que promueva la conexión ecológica a escala regional, pretenden enriquecer y mejorar el proceso de planificación urbana y logran una ordenación territorial más integrada, más armónica y equilibrada. Los beneficios de incorporar un enfoque basado en el carácter del paisaje para asesorar en la toma de decisiones sobre el crecimiento urbano y los futuros desarrollos están cada vez mas demostrados y reconocidos. En el contexto europeo, los Planes de Paisaje están siendo incorporados como una nueva herramienta para hacer más efectivo el cumplimiento de los objetivos de desarrollo sostenible. ABSTRACT Nowadays, there is a need to link urban and architectural practice to ecological thinking, being landscape the disciplinary field which has the highest contemporary identity of the place, as well as the capacity to associate urban structures with ecological processes. The conceptual scope of the term landscape offers the ability to theorize and project sites, territories, ecosystems, complex organizational networks, infrastructures, large urban areas, and be seen as a tool to negotiate between territorial conflicts, different scales, administrative boundaries and sectoral approaches. A methodology for the implementation of the European Landscape Convention (Council of Europe, 2000) in urban and peri-urban contexts is presented in this thesis. To do this, the thesis examines, from an applied perspective to spatial planning, the spatial relationships of the different elements of the territorial system that make up the landscape mosaic of Segovia, a middle size city, and its immediate surroundings. The applied approach results in a series of proposals for design, planning, development, management and protection of the landscape focused on solving specific problems identified in the study area selected. To define these proposals, the thesis adopts the theoretical and conceptual foundations of Landscape Architecture, an applied design discipline, based on social, ecological, economic, cultural and historical meanings and visual and aesthetic values. The result is the proposal of a tool, the Landscape Plan of Segovia, whose aim is to provide a strategy for development at the local level, based on ecological processes and landscape structures. The identification and characterization of the landscape, the definition of landscape quality objectives for protection, conservation, restoration and creation of new landscapes as well as a proposed green infrastructure strategy for the town to promote ecological connectivity regionally, intend to enrich and improve the urban planning process and ensure a more integrated, harmonious and balanced territorial development. The benefits of incorporating an approach based on the character of the landscape to assist in the decision making processes on urban growth and future developments are increasingly recognized and proven. In the European context, Landscape Plans are being incorporated as a new tool for a more effective compliance with the objectives of sustainable development.

Plant development effects of biochars from different raw materials

Biochar can provide multiple benefits in the ecosystem. However, the presence of phytotoxic compounds in some biochars is an important concern that needs to be addressed and that depends on the raw material and the pyrolysis conditions used in biochar production. For example, sewage sludge biochars can have elevated heavy metal con- tents as they were present in the feedstock and were enriched during pyrolysis. Also during carbonization, some phytotoxic compounds such as polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), polyphenols or volatile organic com- pounds (VOCs) could be formed representing a risk of contamination to soils and crops. In this work we report the results from seed germination and plant development for three biochars prepared from wood, paper sludge plus wheat husks and sewage sludge. Five higher plant species (cress, lentils, cucumber, tomato and lettuce) were studied. Biochar from wood shows seed inhibition in several species and the paper sludge biochar on lettuce. For the rest, the effect on seed germination was positive. No inhibition of root growth was detected, but in some cases leaves and stems growth were inhibited. Our results are significant in terms of advancing or current understanding on the impacts of biochar on vegetative growth and linking those effects to biochar properties.

Aplicación de técnicas y procesos innovadores de microsegmentación de la demanda a los servicios públicos urbanos

El objetivo principal del trabajo es demostrar que la utilización y conjunción de técnicas como la micro-segmentación y los Sistemas de Información Geográfica (SIG) que hacen posible plasmar territorialmente los resultados de los análisis; pueden satisfacer de forma más equitativa y eficiente las necesidades de la demanda ciudadana en materia de equipamientos públicos, ayudando así a minimizar las disparidades entre oferta y demanda. En particular, se intenta demostrar que con la conjunción de las técnicas mencionadas es posible dar solución a la baja capacidad de las administraciones para atender las necesidades de equipamientos públicos, construyendo unos segmentos poblacionales diferenciados socio-espacialmente. Esos segmentos corresponden a unos perfiles o tipologías que clasifican a la población de manera más ajustada a la situación y condiciones actuales, en aspectos no solo sociodemográficos o económicos, sino también psicográficos (estilos de vida, motivaciones, gustos, etc). En ese sentido, se busca la viabilidad y aplicación de la conocida técnica de la micro-segmentación, utilizada con éxito en el análisis de mercados en la empresa pública, ahora en la provisión de equipamientos públicos. Lo anterior implica reconocer e interpretar hasta qué punto las dos tecnologías (microsegmentación y SIG) pueden resolver cuestiones en la implantación de servicios y/o equipamientos públicos, e involucra una reingeniería de los procesos operativos, un cambio de cultura y una modernización en la transferencia de los servicios públicos de las administraciones locales. Para validar las brechas existentes entre las necesidades heterogéneas de la demanda urbana y la provisión de equipamientos colectivos por parte de los organismos públicos; se incorpora una serie modelos, principios y técnicas conocidas y avanzadas, como la localización óptima de equipamientos, con el fin de analizar las capacidades que tienen dichos equipamientos para satisfacer la demanda actual. Por último y para profundizar en la investigación se realiza un contraste de las tipologías ciudadanas con los estilos de vida de la población, que busca incorporar la dimensión consumo en la validación de las brechas entre la demanda y la oferta. Con ello se reconoce la importancia que tiene para el estudio los resultados emanados a partir del producto Mosaic de la empresa Experian y la oportunidad de poder evidenciar, reconocer y complementar los resultados del ejercicio para hacer más fuerte la hipótesis planteada.

Lignin monomer composition is determined by the expression of a cytochrome P450-dependent monooxygenase in Arabidopsis

The phenylpropanoid pathway provides precursors for the biosynthesis of soluble secondary metabolites and lignin in plants. Ferulate-5-hydroxylase (F5H) catalyzes an irreversible hydroxylation step in this pathway that diverts ferulic acid away from guaiacyl lignin biosynthesis and toward sinapic acid and syringyl lignin. This fact led us to postulate that F5H was a potential regulatory step in the determination of lignin monomer composition. To test this hypothesis, we have used Arabidopsis to examine the impact of F5H overexpression. Arabidopsis is a useful model system in which to study lignification because in wild-type plants, guaiacyl and syringyl lignins are deposited in a tissue-specific fashion, while the F5H-deficient fah1 mutant accumulates only guaiacyl lignin. Here we show that ectopic overexpression of F5H in Arabidopsis abolishes tissue-specific lignin monomer accumulation. Surprisingly, overexpression of F5H under the control of the lignification-associated cinnamate-4-hydroxylase promoter, but not the commonly employed cauliflower mosaic virus 35S promoter, generates a lignin that is almost entirely comprised of syringylpropane units. These experiments demonstrate that modification of F5H expression may enable engineering of lignin monomer composition in agronomically important plant species.

Mitochondrial localization of a NADR-dependent isocitrate dehydrogenase isoenzyme by using the green fluorescent protein as a marker

In this work, we describe the isolation of a new cDNA encoding an NADP-dependent isocitrate dehydrogenase (ICDH). The nucleotide sequence in its 5′ region gives a deduced amino acid sequence indicative of a targeting peptide. However, even if this cDNA clearly encodes a noncytosolic ICDH, it is not possible to say from the targeting peptide sequence to which subcellular compartment the protein is addressed. To respond to this question, we have transformed tobacco plants with a construct containing the entire targeting signal-encoding sequence in front of a modified green fluorescent protein (GFP) gene. This construct was placed under the control of the cauliflower mosaic virus 35S promoter, and transgenic tobacco plants were regenerated. At the same time, and as a control, we also have transformed tobacco plants with the same construct but lacking the nucleotide sequence corresponding to the ICDH-targeting peptide, in which the GFP is retained in the cytoplasm. By optical and confocal microscopy of leaf epiderm and Western blot analyses, we show that the putative-targeting sequence encoded by the cDNA addresses the GFP exclusively into the mitochondria of plant cells. Therefore, we conclude that this cDNA encodes a mitochondrial ICDH.

NMR characterization of lignins in Arabidopsis altered in the activity of ferulate 5-hydroxylase

Nuclear magnetic resonance (NMR) of isolated lignins from an Arabidopsis mutant deficient in ferulate 5-hydroxylase (F5H) and transgenic plants derived from the mutant by overexpressing the F5H gene has provided detailed insight into the compositional and structural differences between these lignins. Wild-type Arabidopsis has a guaiacyl-rich, syringyl-guaiacyl lignin typical of other dicots, with prominent β-aryl ether (β–O–4), phenylcoumaran (β–5), resinol (β–β), biphenyl/dibenzodioxocin (5–5), and cinnamyl alcohol end-group structures. The lignin isolated from the F5H-deficient fah1–2 mutant contained only traces of syringyl units and consequently enhanced phenylcoumaran and dibenzodioxocin levels. In fah1–2 transgenics in which the F5H gene was overexpressed under the control of the cauliflower mosaic virus 35S promoter, a guaiacyl-rich, syringyl/guaiacyl lignin similar to the wild type was produced. In contrast, the isolated lignin from the fah1–2 transgenics in which F5H expression was driven by the cinnamate 4-hydroxylase promoter was almost entirely syringyl in nature. This simple lignin contained predominantly β-aryl ether units, mainly with erythro-stereochemistry, with some resinol structures. No phenylcoumaran or dibenzodioxocin structures (which require guaiacyl units) were detectable. The overexpression of syringyl units in this transgenic resulted in a lignin with a higher syringyl content than that in any other plant we have seen reported.

Sequence-specific recognition of a subgenomic RNA promoter by a viral RNA polymerase

RNA templates of 33 nucleotides containing the brome mosaic virus (BMV) core subgenomic promoter were used to determine the promoter elements recognized by the BMV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) to initiate RNA synthesis. Nucleotides at positions −17, −14, −13, and −11 relative to the subgenomic initiation site must be maintained for interaction with the RdRp. Changes to every other nucleotide at these four positions allow predictions for the base-specific functional groups required for RdRp recognition. RdRp contact of the nucleotide at position −17 was suggested with a template competition assay. Comparison of the BMV subgenomic promoter to those from other plant and animal alphaviruses shows a remarkable degree of conservation of the nucleotides required for BMV subgenomic RNA synthesis. We show that the RdRp of the plant-infecting BMV is capable of accurately, albeit inefficiently, initiating RNA synthesis from the subgenomic promoter of the animal-infecting Semliki Forest virus. The sequence-specific recognition of RNA by the BMV RdRp is analogous to the recognition of DNA promoters by DNA-dependent RNA polymerases.