Probabilité et statistique pour les sciences de la santé : apprentissage au moyen du logiciel Stata

Cet ouvrage non seulement présente, de façon rigoureuse, les concepts et méthodes statistiques, mais aussi utilise des exemples concrets pour illustrer chaque concept théorique nouvellement introduit. Il présente de façon méticuleuse les notions fondamentales de la théorie des probabilités et de la statistique: bref rappel de l'histoire de la statistique, la statistique descriptive, les distributions discrètes et continues, estimation, tests d'hypothèses, l'analyse de corrélation, l'analyse de régression linéaire simple et multiple, et le modèle d'analyse de variance. Au moyen des exemples et exercices, le lecteur est guidé tout au long de la réalisation du problème. En même temps, l'apprentissage de l'utilisation de Stata se fait progressivement au fil des chapitres. La dernière partie de l'ouvrage propose une introduction à l'utilisation de Stata. Les corrections des exercices figurent à la fin de l'ouvrage, permettant au lecteur de vérifier le niveau de compréhension atteint après chaque étape.

Analyse des modifications de la chromatine impliquées dans l'effet barrière de CTF1 aux télomères humains

Eukaryotic genomes are compartmentalized in different structural domains that can affect positively or negatively gene expression. These regions of euchromatin and heterochromatin are characterized by distinct histones marks which can facilitate or repress gene transcription. The chromatin environment represents thus one of the main problems to control gene expression in biotechnological applications or gene therapy, since its expression is affected by the chromatin neighboring its locus of insertion. Some chromatin regions like telomeres are composed of constitutive heterochromatin which leads to the telomeric position effect (TPE) that silences genes adjacent to the telomere. TPE is known to spread by the selfrecruitment of the SIR histone deacetylase complex from the telomere in S.cerevisiae, but the histone marks that are associated to telomeric chromatin in mammalian cells remain mostly unknown. The transcription factor CTF1 has shown antisilencing properties in mammalian cells and also a boundary activity against TPE in yeast cells when fused to the yeast Gal4 DNA binding domain. In the work presented here, we describe a dual-reporter system to assess the boundary activity of proteins such as CTF1 at human telomeres. When located between the two reporter genes, CTF1 shields the telomere distal gene from TPE, while the telomereproximal gene remains silenced by telomeric heterochromatin. The boundary activity of CTF1 is shown to act regardless its function of transcriptional activator, by opposition to the transcriptional activator VP16 which activates indifferently both transgenes. Moreover, this study shows that CTF1 boundary activity is linked to its H3 binding function, as expected from a chromatin remodeler. ChIP experiments showed that histone deacetylation is the main histone modification involved in gene silencing at mammalian cell telomeres. Distinctly to yeast cells, the histone deacetylation signal in human cells extented over a short range along the chromosome. CTF1 may help to block this propagation and therefore to restore histones acetylation level on telomere protected locus. Surprisingly, other histone marks such as trimethyl-H3K9 or trimethyl-H4K20 were found on telomere protected locus, while in another clone, unsilencing of telomere distal transgene was associated with recruitment of the histone variant H2A.Z. Thus, I conclude that CTF1 displays a chromatin boundary function which is independent of its transcriptional activity and therefore exhibit features required for use as chromatin insulator in biotechnological applications. RESUME Les génomes eucaryotes sont compartementalisés en domaines structurels qui peuvent affecter positivement ou négativement l'expression des gènes avoisinants. Ces régions dites d'euchromatine ou d'hétérochromatine sont caractérisées par des modifications posttraductionnelles des histones qui peuvent faciliter ou au contraire inhiber la transcription des gènes qui s'y trouvent. Ainsi, isoler un gène de son environnement chromatinien est problème fréquent lorsqu'il s'agit de contrôler son expression dans le cadre d'applications en biotechnologie ou encore en thérapie génique. Certaines régions de chromatine telles que les télomères sont composées d'hétérochromatine constitutive qui mène au silençage des gènes avoisinants. Cet effet de position télomérique (TPE) est connu dans la levure S.cerevisiae comme se propageant par auto-recrutement du complexe de déacétylation d'histone SIR, alors que peu de modifications de chromatine ont pu être associées à ce phénomène dans les cellules de mammifères. Le facteur de transcription CTF1 a montré des propriétés d'anti-silençage dans les cellules de mammifères, ainsi qu'une activité barrière contre le silençage télomérique dans les cellules de levures lorsqu'il est fusionné au domaine de liaison à l'ADN de la protéine de levure Gal4. Dans le travail présenté ci-après est décrit un système à deux gènes rapporteurs permettant de mesurer l'activité barrière de protéines telles que CTF1 aux télomères humains, et les modifications de chromatine qui y sont associées. Lorsque CTF1 est placé entre les deux gènes rapporteurs, le gène distant du télomère est protégé du silençage qui lui est associé, alors que le gène proche du télomère reste soumis à ce silençage induit par l'hétérochromatine télomérique. L'activité barrière de CTF1 est montrée ici comme agissant indépendamment de son activité transcriptionnelle, par opposition à l'activateur transcriptionnel VP16 qui active indifféremment les deux transgènes. En outre, cette étude appuie l'hypothèse stipulant que CTF1 agisse comme remodeleur chromatinien puisqu'elle démontre que son activité barrière est directement dépendante de son activité de liaison avec l'histone H3. De plus, des expériences d'immuno-précipitation de la chromatine démontrent que la déacétylation des histones est le majeur phénomène intervenant dans le silençage télomérique. Par opposition à la levure, ce signal de déacétylation ne se propage dans les cellules humaines que sur une courte distance le long du chromosome. CTF1 agit ainsi en bloquant cette propagation et en restaurant le niveau d'acétylation des histones sur le locus protégé du télomère. De manière surprenante et inattendue, d'autres modifications d'histones telles que 4 les H3K9 et H4K20 triméthylées sont aussi observées à ce locus, tandis le recrutement du variant H2A.Z peut aussi être suffisant à restaurer l'expression du gène distant du télomère. En terme de cette analyse, CTF1 exhibe ainsi une fonction de barrière chromatinienne qui exclue une activité transcriptionnelle non désirée - propriété qui est requise dans l'établissement des isolateurs visant à permettre le contrôle d'un transgène dans le cadre d'applications en biotechnologies.

Analyse des résultats du dépistage systématique de la syphilis effectué dans le cadre de l'Etude Suisse de Cohorte VIH

L'Etude Suisse de Cohorte VIH a été mise en place en 1988. Plusieurs centres participent à cette étude : les hôpitaux universitaires de Zurich, Berne, Bâle, Genève et Lausanne, les hôpitaux cantonaux de Saint-Gall et du Tessin, 14 hôpitaux régionaux, ainsi que 35 praticiens privés. Cette étude a collecté des données de plus de 16500 personnes infectées par le VIH, de 1981 jusqu'aujourd'hui.¦Actuellement, plus de 7000 patients sont suivis tous les 6 mois. Parmi les analyses demandées au cours de ce suivi figure un test annuel de dépistage de la syphilis. Ce dépistage consiste en un test TPHA (Treponema Pallidum Haemagglutination Assay) où l'on observe l'hémagglutination de globules rouges qui ont absorbé des antigènes du tréponème, ou ses équivalents LIAISON et ARCHITECT.¦Si ce test TPHA est positif, un test VDRL, qui détecte des anticorps dirigés contre la cardiolipine, est effectué.¦Pour des raisons économiques, ce dépistage annuel systématique de la syphilis est remis en question par l'un des médecins praticiens participant à l'Etude Suisse de Cohorte VIH, estimant que ce dépistage ne devrait être demandé chaque année que chez les personnes étant identifiées comme à risque.¦Notre objectif est d'évaluer la nécessité de faire un dépistage de la syphilis annuel chez tous les patients de la Cohorte en comparaison à un dépistage annuel seulement chez le groupe jugé à risque.¦Pour pouvoir répondre à cette question, nous allons dans un premier temps faire une analyse descriptive : nous allons analyser quels patients ont développé une séroconversion en fonction de l'âge, du sexe et de la voie d'infection du VIH la plus probable (voie homosexuelle, hétérosexuelle ou consommation de drogues).¦Une conversion du test TPHA de négatif à positif n'est pas toujours synonyme d'infection à treponema pallidum. Une infection diagnostiquée au stade primaire et traitée efficacement ne provoque pas nécessairement des anticorps. A l'inverse, le test TPHA peut être faussement positif dû à une réaction croisée (p.ex. framboesie) ou non-spécifique (maladies auto-immunes). Pour l'analyse descriptive nous devons toutefois nous limiter à la séroconversion.¦Pour pouvoir faire cette analyse nous devons extraire certaines données, et procéder à un « nettoyage » de celles-ci : en effet, nous ne pouvons garder que les données des 700 patients ayant au moins un test initial de TPHA négatif, suivi d'un test TPHA positif avec un VDRL positif.¦Puis nous allons faire une étude « cas-témoins » pour comparer l'anamnèse sexuelle des patients présentant une séroconversion avec celle des patients qui n'ont pas développé d'anticorps, afin d'évaluer si nous pouvons définir, d'après l'anamnèse sexuelle, un groupe de sujets plus à risque de développer une syphilis. Cas et témoins seront stratifiés selon l'âge, le sexe et le mode d'infection du VIH.¦Comme troisième étape nous allons définir, pour un sous-échantillon, si le résultat positif du dépistage a permis de diagnostiquer la syphilis ou si le diagnostique avait déjà été établi grâce à la présence de symptômes.¦Etant donné que ce dépistage systématique est remis en cause pour des raisons financières, nous allons finalement, au cours de cette étude, estimer le coût des différentes options.¦Notre hypothèse, tirée d'après les déclarations de cas de syphilis de l'OFSP (Office Fédéral de la Santé Publique) et l'expérience des cliniciens, est que l'on trouve en effet que les homosexuels de moins de 50 ans représentent un grand pourcentage des personnes infectées par la syphilis. Cependant, nous ne savons pas si la fréquence d'infection des autres groupes de patients est suffisamment élevée pour justifier ce dépistage systématique.

Le dispositif mythico-rituel comme opérateur efficace (techniques magico-religieuses d'arrêt, figuration et résolution des états critiques : analyse de cas)

(Résumé de l'ouvrage) Dans cet ouvrage réunissant théologiens et philosophes, le corps contemporain est pensé par rapport à ce qui l'excède, ce qui le met en scène, ce qui le reprend, ce qui le transforme aujourd'hui. Dans une première partie, l'ouvrage propose des éclairages sur le corps à partir de ce qui met en question sa vision strictement rationnelle. Puis, trois auteurs évoquent les différentes manières dont la Bible, la philosophie et la littérature contemporaine mettent en scène les corps. Dans une troisième partie, sont abordées des questions plus spécifiquement reliées à la tradition catholique, au christianisme primitif et à la pratique de l'ascèse. Enfin, quatre contributions explorent le défi posé par la déréalisation du corps dans nos sociétés d'aujourd'hui, avec, pour clore l'ensemble, une réflexion sur le dualisme qui traverse le questionnement sur le corps.

Détermination des précipitations extrêmes en Suisse à l'aide d'analyse statistiques et augmentation des valeurs extrêmes durant le 20ème siècle

Les précipitations journalières extrêmes ont été estimées pour un temps de retour de 500 ans à partir d'analyses de Gumbel effectuées sur des séries de mesures pluviométriques à 429 endroits de la Suisse pour la période 1961-2010. Ces estimations aboutissent à de bons résultats pour la plupart des stations dans ce pays. Les précipitations cincentennales ainsi déterminées sont en moyenne 15% plus élevées que celles obtenues à partir d'analyses semblables faites sur des séries de mesures pour la période 1901-1970. Ceci confirme que les précipitations extrêmes tendent à augmenter durant le 20ème siècle en Suisse comme ailleurs.

Vers une gestion de la nature en termes d'action publique : analyse d'une dynamique d'appropriation des ressources végétales à Tobré, Nord Bénin

Cette étude se fonde sur des recherches ethnographiques menées autour de la mise en oeuvre d'une politique publique de gestion de la nature à Tobré, une région baatonu au Bénin. L'étude se place dans une dynamique d'appropriation des ressources naturelles en rapport avec l'entrée en jeu de multiples acteurs publics et privés dans l'arène locale de gestion de la nature. En effet, ces acteurs ont acquis ces dernières années de l'expérience et de l'efficacité à la faveur des changements institutionnels et politiques et s'incluent davantage dans le processus de décision au point de suppléer l'Etat dans les actions qui étaient ses prérogatives. L'étude met en lumière les rapports de conflits, de compétitions, de concurrence ou de compromis autour des enjeux sociaux, politiques et économiques de protection de la nature. Elle décrit et analyse les formes d'interactions entre les différents acteurs individuels, collectifs et institutionnels, afin de voir en quoi ces interactions participent du processus de mobilisation d'acteurs locaux et de confrontation de vision, qui finalement définit et oriente les politiques locales de protection de la nature. Pour atteindre cet objectif, l'étude mobilise des apports théoriques de plusieurs disciplines, notamment de la socio- anthropologie du développement, de l'histoire et de la sociologie politique. Elle repose également sur des données empiriques collectées à partir d'une combinaison d'outils techniques, des entretiens et des observations jusqu'au dépouillement de presse et des études de cas. Les principaux résultats montrent que les acteurs locaux, particulièrement les comités de gestion sont parvenus à inscrire la gestion des ressources naturelles dans l'espace public à travers les débats dans les médias, les forums, les marches de protestation, etc. De fait, ils ont été capables d'influer sur le processus de définition et de mise en oeuvre des politiques locales de protection de la nature et donc de reconfigurer l'arène locale de gestion des ressources naturelles. Ce qui amène l'Etat et ses services déconcentrés, en premier lieu les services des Eaux et Forêts et la mairie à pactiser avec ces différents comités, sans pour autant perdre de leur notoriété. Au contraire, ils participent de la gouvernance de l'ensemble des actions et permettent de mettre en place des formes de gestion négociée. - This is an ethnographic research on the implementation of a public policy for the management of natural resources in Tobre, a baatonu village in Benin. The study focuses on the dynamic of natural resources ownership in a context of multiple stakeholders in the public and private sectors. In recent years, these stakeholders have become more experienced and efficient as a result of several institutional and policy changes. The stakeholders are more involved in the decision making process to the point that they can complement the role of the State in natural resources management. This study highlights the conflicts, competition, or compromise associated with the social, political and economic constraints of nature conservation. The interactions between individual, collective and institutional stakeholders were analyzed, to understand their role in the process of mobilizing local stakeholders and confronting their visions. This process ultimately defines and guides local policies on the management of nature. To achieve this goal, this study combined theoretical approaches from developmental socio-anthropology, history and political sociology with empirical data collected using interviews, observations, newspapers analysis and case studies. The results show that local stakeholders, particularly the management committees, were successful at introducing the need for sustainable natural resource management in the mainstream public discourse through the media, forums, and demonstrations. They were able to influence the process of identifying and implementing local policies on nature conservancy. This has encouraged the State, through its forestry services, and the district mayors to collaborate with these committees in the shared governance of natural resources.

Les migrations internationales des médecins d'Afrique : entre stratégies d'acteurs, politiques nationales et débats internationaux : les cas du Royaume-Uni, de la France et de la Suisse

Résumé Le débat sur la migration des professionnels de santé issus des pays pauvres, et particulièrement des pays africains, date principalement des années 90. La mise sur agenda international du problème est liée d'une part aux inquiétudes vis-à-vis de la détérioration globale des conditions de santé en Afrique et à la péjoration du ratio personnel qualifié/population et d'autre part aux effets des politiques volontaristes d'appel aux spécialistes des pays en développement de la part de plusieurs pays du nord. Les experts soulignent le contraste entre le recrutement croissant de personnels de santé qualifiés (infirmières, médecins) par les pays riches et le déficit de personnels de santé dans les pays du sud et principalement en Afrique subsaharienne. Le discours dominant s'écrit sous le mode de la dramatisation. L'ampleur de l'exode du personnel de santé et ses conséquences pour l'Afrique suscitent un nouvel intérêt pour la recherche sur le « brain drain » dans le secteur de la santé. Un grand nombre d'analyse cherche à mieux comprendre les rapports entre le « push » (les motifs qui poussent les professionnels de santé à vouloir partir) et le « pull » (la demande des pays développés). Notre travail de recherche, suscité par les interrogations internationales vise également à mesurer et à comprendre les facteurs de la migration des médecins africains. Toutefois, il se distingue de la littérature dominante en accordant une place particulière aux arrangements institutionnels des pays d'accueil et à la manière dont ils régulent l'accueil des médecins africains. Après avoir analysé d'un point de vue statistique les flux migratoires des médecins et avoir approfondi par des entretiens les raisons qui poussent au départ, notre thèse vise à mettre en évidence l'importance considérable de l'héritage et des arrangements institutionnels dans la place accordée aux médecins africains dans la profession médicale des pays d'accueil. Pour approfondir le second aspect, notre thèse a opté pour la comparaison de trois cas de figures nationaux offrant des contrastes importants: le Royaume-Uni, la France et la Suisse. Les trois pays diffèrent de manière flagrante par la place qu'occupent les médecins étrangers dans le secteur de la santé et plus spécifiquement des médecins d'origine africaine. L'analyse des conditions de recrutement et de la place qui est accordé aux médecins africains dans les pays européens révèle que les migrations des professionnels de santé et l'insertion professionnelle des médecins africains sont avant tout déterminées par les arrangements institutionnels instaurés par les différents pays au cours de leur histoire. Chacun des trois pays a construit de manière spécifique sa relation avec les médecins formés à l'étranger et avec les médecins africains. Les trois pays choisis illustrent trois modèles d'emploi des médecins africains : un modèle libéral de recrutement (UK), un modèle corporatiste (France) et un modèle « conservateur » (Suisse). L'européanisation exerce des effets différents dans les trois systèmes. Le recrutement européen devient la règle privilégiée du recrutement qui renforce les tendances à l' « exclusion » en France et en Suisse et conforte un retournement de politiques publiques amorcé depuis plusieurs années au Royaume-Uni. L'analyse des trajectoires globales et des spécificités nationales d'emploi révèle également le caractère fortement réducteur du discours global sur les migrations internationales des médecins et les possibles contradictions entre une éthique dite du développement (« hostile aux migrations des médecins en provenance des pays pauvres ») et une éthique du droit de la personne (« le droit universel de migrer »).

Canal lombaire étroit. Corrélation entre imagerie et mobilité chez des sujets présentant une sténose canalaire lombaire

La sténose du canal médullaire lombaire peut aujourd'hui se traiter de deux façons différentes à savoir le traitement non- chirurgical (physiothérapie, AINS, infiltrations de corticostéroïdes) pour les patients souffrant de symptômes modérés et le traitement chirurgical (décompression canalaire) pour les patients avec des symptômes graves et des déficits fonctionnels. Plusieurs études ont tenté de comparer ces deux approches thérapeutiques. Pour ce faire, on se servit de questionnaires d'évaluation subjective des capacités fonctionnelles (Oswestry Disability Index) souvent associés à des mesures des capacités de marche en laboratoire.¦Notre étude utilise des capteurs gyroscopiques placés sur le corps des sujets afin de mesurer des paramètres de positions, de transferts de position et de la marche pendant 5 jours consécutifs. Cette méthode nous permet d'effectuer ces mesures objectives dans le cadre de vie des patients, dans leurs activités quotidiennes. Nous espérons ainsi obtenir des résultats qui soient plus représentatifs de leur mobilité.¦Dans le cadre de mon travail de master, je me suis concentré sur la phase pilote d'une étude du Dr Schizas. Cette phase ne regroupe qu'un nombre limité de sujets (14) répartis en deux groupes de 7 suivant le traitement reçu (chir. contre non-chir). Nous avons alors émis trois hypothèses. La première dit que, avant traitement, les patients non-opérés marchent mieux que les patients destinés à la chirurgie (symptômes moins intenses). La deuxième postule que le traitement chirurgical permet d'atténuer suffisamment les symptômes pour que les capacités de marche se rapprochent de celles des patients non opérés avant traitement (efficacité de la chirurgie). Pour finir, notre dernière hypothèse prétend que, après la chirurgie, les patients opérés voient une amélioration de leur capacité de marche par rapport à celles qu'ils avaient avant l'intervention. 4 paramètres ont été retenus afin de caractériser la marche: la longueur des pas, la vitesse, la cadence des pas et la distance parcourue. C'est à partir des moyennes et des coefficients de variabilité de ces paramètres que nous avons effectué nos comparaisons.¦Après l'analyse de nos résultats, il s'avère que nos valeurs tendent à valider nos trois hypothèses à quelques exceptions près. Hypothèse n°1: avant traitement, les patients non destinés à la chirurgie marchent plus vite (2.96 contre 2.87 P 0.84) et avec une cadence des pas plus importante (101.78 contre 94.59 P 0.047). Seule la longueur des pas est plus importante chez les futurs opérés (1.01 contre 0.96 P 0.72). Les coefficients de variabilité (CV) sont tous plus faibles chez les non-opérés (marche plus homogène). Concernant notre 2ème hypothèse, nous sommes plutôt satisfaits des résultats. A 3 mois après la chirurgie, les patients opérés, comparés aux non-opérés avant traitement ont une longueur de pas similaire (1.02 contre 0.96 P 0.70) et une vitesse plus importante (3.08 contre 2.96 P 0.83). Seule la cadence des pas est plus élevée chez les non-opérés (101.78 contre 100.23 P 0.72). Les CV confirment également un rapprochement des capacités de marche de nos patients opérés de celles des non-opérés. Pour la troisième hypothèse, nous sommes heureux de constater que les moyennes et les CV sont tous en accord avec l'idée de base. A trois mois post-traitement les patients opérés font des pas de longueur similaire (1.02 contre 1.01 P 0.93), marchent plus vite (3.08 contre 2.89 P 0.52) et à une cadence plus importante (100.23 contre 94.59 P 0.19).¦Avec seulement 14 patients, il est bien clair que ces résultats n'ont que peu de valeur statistique. Cependant, ces résultats nous encouragent à poursuivre cette étude sur un collectif de patients plus important dans le but de mieux comprendre les troubles de la mobilité des personnes atteintes de canal lombaire étroit.

Le Traité d'Utrecht réclamé par la France ou Coup d'oeil sur le systême maritime de Napoléon Bonaparte et analyse du rapport de son ministre des relations extérieures ([Reprod.]) / communiqué au Sénat de France dans sa séance du 10 mars 1812

Comprend : Dépêche de Lord Whitworth, ambassadeur d'Angleterre en France, au cabinet britannique (Lord Hawkesbury) ; Déclaration adressée au ministre des Etats-Unis, ainsi qu'aux autres ministres et agens de puissances neutres, près le Gouvernement britannique ; Décret de Berlin, en notre camp impérial de Berlin ; Ordre du Conseil britannique ; Ordre du Conseil britannique ; Décret de Milan, en notre palais royal de Milan ; Ordre du Conseil britannique ; Ordre du Conseil britannique ; Rapport adressé à l'Empereur Napoléon par son ministre des relations extérieures / et communiqué au Sénat françois, dans la séance du 10 mars 1812 ; Déclaration du Gouvernement britannique ; Extrait du Traité de navigation et de commerce ; Extrait du Traité maritime conclu entre la Russie et l'Angleterre ; Déclaration de S. M. l'Impératrice de toutes les Russies aux Cours de Londres, de Versailles, et de Madrid ; Extrait de la déclaration de S. M. l'Empereur de toutes les Russies, publiée à St. Petersbourg