Inferring the mode of origin of polyploid species from next-generation sequence data.

Many eukaryote organisms are polyploid. However, despite their importance, evolutionary inference of polyploid origins and modes of inheritance has been limited by a need for analyses of allele segregation at multiple loci using crosses. The increasing availability of sequence data for nonmodel species now allows the application of established approaches for the analysis of genomic data in polyploids. Here, we ask whether approximate Bayesian computation (ABC), applied to realistic traditional and next-generation sequence data, allows correct inference of the evolutionary and demographic history of polyploids. Using simulations, we evaluate the robustness of evolutionary inference by ABC for tetraploid species as a function of the number of individuals and loci sampled, and the presence or absence of an outgroup. We find that ABC adequately retrieves the recent evolutionary history of polyploid species on the basis of both old and new sequencing technologies. The application of ABC to sequence data from diploid and polyploid species of the plant genus Capsella confirms its utility. Our analysis strongly supports an allopolyploid origin of C. bursa-pastoris about 80 000 years ago. This conclusion runs contrary to previous findings based on the same data set but using an alternative approach and is in agreement with recent findings based on whole-genome sequencing. Our results indicate that ABC is a promising and powerful method for revealing the evolution of polyploid species, without the need to attribute alleles to a homeologous chromosome pair. The approach can readily be extended to more complex scenarios involving higher ploidy levels.

Wheat alleles introgress into selfing wild relatives: empirical estimates from approximate Bayesian computation in Aegilops triuncialis.

Extensive gene flow between wheat (Triticum sp.) and several wild relatives of the genus Aegilops has recently been detected despite notoriously high levels of selfing in these species. Here, we assess and model the spread of wheat alleles into natural populations of the barbed goatgrass (Aegilops triuncialis), a wild wheat relative prevailing in the Mediterranean flora. Our sampling, based on an extensive survey of 31 Ae. triuncialis populations collected along a 60 km × 20 km area in southern Spain (Grazalema Mountain chain, Andalousia, totalling 458 specimens), is completed with 33 wheat cultivars representative of the European domesticated pool. All specimens were genotyped with amplified fragment length polymorphism with the aim of estimating wheat admixture levels in Ae. triuncialis populations. This survey first confirmed extensive hybridization and backcrossing of wheat into the wild species. We then used explicit modelling of populations and approximate Bayesian computation to estimate the selfing rate of Ae. triuncialis along with the magnitude, the tempo and the geographical distance over which wheat alleles introgress into Ae. triuncialis populations. These simulations confirmed that extensive introgression of wheat alleles (2.7 × 10(-4) wheat immigrants for each Ae. triuncialis resident, at each generation) into Ae. triuncialis occurs despite a high selfing rate (Fis ≈ 1 and selfing rate = 97%). These results are discussed in the light of risks associated with the release of genetically modified wheat cultivars in Mediterranean agrosystems.

The environmental effectiviness of alternative agri-environmental policy reforms : theoretical and empirical analysis

Selostus: Maatalouden ympäristöpolitiikan reformien tehokkuus ravinnepäästöjen vähentämisessä - teoreettinen ja empiirinen analyysi

Palvelukeskeinen verkonhallinta

Tietoliikennepalveluita tarjoavien operaattorien haasteena on hallita tietoverkkoja palvelukeskeisesti. Muutos- ja huoltotöiden vaikutuksia asiakkaiden palveluihin on vaikea arvioida isoissa ja monimutkaisissa verkkokokonaisuuksissa. Asiakkaiden palveluiden toiminta riippuu monista eri valmistajien verkkolaitteista ja siirtoyhteyksistä. Palveluiden toimivuutta tai toimimattomuutta on vaikea varmuudella todeta. Palveluntarjoajat haluavat hallita asiakkaiden palveluita paremmin. Tämä insinöörityö tehtiin Elisa Oyj:n toimeksiannosta. Työssä tarkastellaan palvelukeskeistä verkonhallintaa Elisassa. Tavoite liittyy kehitystehtävään, joka on luottamuksellinen, eikä siksi sisälly tähän julkiseen työhön. Työn teoriaosuus tehtiin kirjallisuustutkimuksena. Teoriaosuudessa tarkastellaan palvelukeskeisen verkonhallinnan perusajatusta, sen keskeisimpiä toimintoja, haasteita ja etuja. Työn loppuosassa käsitellään työn tavoitteisiin liittyvää kehitystehtävää, joka ei sisälly tähän julkiseen insinöörityöhön. Työ osoittaa että, palvelukeskeisen verkonhallinnan suurimmat haasteet ovat raskas suunnittelutyö, kalliit laitehankinnat ja muutosvastaisuus. Palvelukeskeinen verkonhallinta kuitenkin parantaa vaikutuksen arviointia, tiedottamista, muutoksenhallintaa sekä ennakoivaa analyysiä ja selkeyttää tukiryhmien vastuita. Nämä edut yhdessä antavat palveluntarjoajalle monia mahdollisuuksia ottaa asiakkaiden palvelut paremmin huomioon. Palvelukeskeinen verkonhallinta tarvitsee toimiakseen konfiguraatiotietokannan. Konfiguraatiotietokannan suunnittelu ei ole helppo tehtävä. Kaikkien ryhmien, jotka aikovat käyttää konfiguraatiotietokantaa, pitäisi osallistua sen suunnitteluun. Suunnittelun onnistuminen takaa sen, että odotetut edut voidaan saavuttaa. Koska kaikkien yritysten tietojärjestelmät ovat erilaiset, pitää konfiguraatiotietokannan yhdistäminen näihin järjestelmiin suunnitella aina erikseen.

Sihtirummun väsymisominaisuuksien määrittäminen

Diplomityössä tutkittiin sihtirummun väsymisominaisuuksia. Sihtirumpu on laite, jota käytetään paperin valmistuksessa kuitumassojen käsittelyssä. Työn tavoitteena oli määrittää profiililankatyypin ja tukirenkaan erilaisten valmistustapojen vaikutus sihtirummun väsymiskestävyyteen. Lisäksi tutkittiin vauriomuotoa, jossa yksittäinen profiililanka irtoaa tukilangasta. Sihtirummun väsymisominaisuuksia määritettiin käyttämällä perinteisiä lujuusopin menetelmiä sekä FE-analyysiä ja väsytyskokeita. Teoreettisilla menetelmillä, jotka perustuivat loven vaikutuksen arviointiin, pyrittiin määrittämään perusaineen väsymislujuutta, ja väsytyskokeilla määritettiin sihtirummun hitsien väsymislujuuksia ja yksittäisen langan irtoamista. Sihtirummun hitsit olivat väsymislujuudeltaan huomattavasti perusainetta heikompia, eikä profiililankatyyppi vaikuttanut merkittävästi sihtirummun väsymiskestävyyteen. Hitsaamattoman tukirenkaan ja tukilangan liitoksen havaittiin nostavan sihtirummun väsymiskestävyyttä, mutta silloin ongelmana ovat tukirenkaan ja tukilangan väliin pääsevät kuidut. Yksittäisen profiililangan irtoamisen ei pitäisi rajoittaa sihtirummun väsymiskestävyyttä.

Association of electrocardiogram abnormalities and incident heart failure events.

Unless effective preventive strategies are implemented, aging of the population will result in a significant worsening of the heart failure (HF) epidemic. Few data exist on whether baseline electrocardiographic (ECG) abnormalities can refine risk prediction for HF. METHODS: We examined a prospective cohort of 2,915 participants aged 70 to 79 years without preexisting HF, enrolled between April 1997 and June 1998 in the Health, Aging, and Body Composition (Health ABC) study. Minnesota Code was used to define major and minor ECG abnormalities at baseline and at year 4 follow-up. Using Cox models, we assessed (1) the association between ECG abnormalities and incident HF and (2) the incremental value of adding ECG to the Health ABC HF Risk Score using the net reclassification index. RESULTS: At baseline, 380 participants (13.0%) had minor, and 620 (21.3%) had major ECG abnormalities. During a median follow-up of 11.4 years, 485 participants (16.6%) developed incident HF. After adjusting for the Health ABC HF Risk Score variables, the hazard ratio (HR) was 1.27 (95% CI 0.96-1.68) for minor and 1.99 (95% CI 1.61-2.44) for major ECG abnormalities. At year 4, 263 participants developed new and 549 had persistent abnormalities; both were associated with increased subsequent HF risk (HR 1.94, 95% CI 1.38-2.72 for new and HR 2.35, 95% CI 1.82-3.02 for persistent ECG abnormalities). Baseline ECG correctly reclassified 10.5% of patients with HF events, 0.8% of those without HF events, and 1.4% of the overall population. The net reclassification index across the Health ABC HF risk categories was 0.11 (95% CI 0.03-0.19). CONCLUSIONS: Among older adults, baseline and new ECG abnormalities are independently associated with increased risk of HF. The contribution of ECG screening for targeted prevention of HF should be evaluated in clinical trials.

Vaatetus- ja tekstiilimateriaalien ekologinen elinjakson hallinta Talousvarikon toiminnoissa

Tämän case -tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa tekstiili- ja vaatetusmateriaalien ekologista elinjakson hallintaa Talousvarikon toiminnoissa ja tutkimalla mahdollisuuksia soveltaa saatuja tuloksia. Talousvarikko on Puolustusvoimien Materiaalilaitoksen alainen järjestelmävastuuvarikko, jonka tehtävänä on varusmiesten ja kadettien vaatetuksen hankinta- ja ylläpitotoiminnot. Talousvarikko jakautuu neljälle paikkakunnalle. Hämeenlinnassa on hankinta-, hallinto- ja materiaaliosasto. Säkylässä, Mikkelissä ja Sodankylässä ovat vaatetuskorjaamot. Tekstiilimateriaalien elinkaariajattelussa tarkastellaan raaka-aineiden jaottelua ja maailman kuitutuotantoa. Tekstiilikuidut jaotellaan luonnon- ja tekokuituihin. Luonnonkuidut ovat pääosin luonnon raaka-aineita ja tekokuidut ovat synteettisesti valmistettuja. Tekstiilikuitujen- ja materiaalien vaikutus ekologiseen elinjakson hallinnan vaiheisiin on riippuvainen raaka-aineidenalkuperästä. Vaatetus- ja tekstiilimateriaalin elinkaari muodostuu tuotekehityksestä, hankinnasta, valmistuksesta, käytöstä, huollosta ja hylkäyksestä. Ekologista elinjakson hallintaa tarkastellaan materiaalivirta- ja elinkaarianalyysien kautta. Elinkaarianalyysin tarkastelu painottuu vaikutusluokkien arvottamiseen ja materiaalivirta-analyysissä tarkastellaan ainevirtoja ja sitä kautta jätteiden määrän vähentämistä. Joutsenmerkin valintakriteerien pohjana on aina tuotteiden elinkaarianalyysi. Joutsenmerkin valintakriteerien soveltaminen Talousvarikon toimintoihin vaatetus- ja tekstiilimateriaalin elinkaaren jokaisessa vaiheessa antaa mahdollisuuden lisätä ekologista elinkaaren hallintaa Talousvarikon toiminnoissa. Ympäristönäkökohtien huomioiminen tuotekehityksessä ja hankinnoissa antaa mahdollisuuden tehdä tilauksia / sopimuksia yhteiskuntavastuullisilta yrityksiltä huomioiden valmistuksen yhdeksi osaksi hankinta ja logistiikka pääprosessia.