Influence of Bacille Calmette-Guérin vaccination on size of tuberculin skin test reaction : to what size ?

RESUME Le diagnostic d'infection tuberculeuse repose essentiellement sur le test tuberculinique (test de Mantoux). Cependant, le résultat de ce dernier est également influencé par d'autres facteurs, le plus important étant la vaccination par le Bacille Calmette-Guérin (BCG), interaction connue depuis de nombreuses années. Il est généralement admis que l'effet de la vaccination peut entraîner des réactions positives jusqu'à un diamètre d'induration de 15 mm. Au-delà, la positivité du test est en général attribuée à une primo-infection tuberculeuse. Peu d'études se sont réellement penchées sur le sujet. Chez le personnel de soins soumis à des Mantoux répétés, cette notion revêt une importance particulière pour interpréter correctement une réaction fortement positive en l'absence de facteurs de risque tuberculeux, dans un pays à faible endémie tuberculeuse. Notre étude a cherché à déterminer si le diamètre transversal de l'induration du Mantoux était un critère fiable pour distinguer une positivité associée à une infection tuberculeuse de celle associée à une ancienne vaccination. Elle s'est attachée à rechercher un seuil au-delà duquel l'infection tuberculeuse pourrait être considérée comme probable. Entre janvier 1991 et mars 1998, tous les nouveaux employés du CHUV ont été invités à recevoir un test tuberculinique à l'occasion de leur visite d'entrée à la Médecine du personnel. En cas de réponse négative, un deuxième test a été pratiqué une semaine plus tard, pour détecter un éventuel effet booster. Lors de la première visite, l'infirmière a rempli un questionnaire comprenant les données démographiques usuelles, des informations concernant les facteurs pouvant influencer la positivité du test, notamment les antécédents de vaccination par le BCG, les expositions à la tuberculose et l'existence d'antécédents d'infection tuberculeuse. Parmi les 5117 sujets inclus dans l'étude, nous avons trouvé que l'influence de la vaccination variait en fonction de l'âge. Chez les sujets de moins de 40 ans, la vaccination par le BCG était le prédicteur le plus important d'un Mantoux positif inférieur à 18 mm, de loin supérieur aux facteurs de risque habituels pour une infection tuberculeuse, eux aussi significatifs. L'effet du BCG était présent pour des réactions allant jusqu'à 20 mm. Pour les Mantoux supérieurs à 20 mm, l'odds ratio (OR) relatif au BCG demeure clairement élevé (supérieur à 3,4) bien que non significatif. Par contre, pour les employés âgés de plus de 40 ans, le BCG est un facteur prédictif pour les tests supérieurs à 10 mm (OR 2.4) mais n'est plus un facteur significatif pour une taille supérieure à 15 mm. Ces résultats montrent que l'interprétation d'un test tuberculinique même fortement positif, doit être faite avec prudence et discernement. En effet, notre étude démontre que chez les sujets vaccinés de moins de 40 ans, dans les zones de faible endémie tuberculeuse particulièrement en l'absence de facteurs de risque pour une infection tuberculeuse, un Mantoux positif jusqu'à 18 mm est dû, le plus probablement, à une ancienne vaccination par le BCG, plutôt qu'à une infection par M tuberczilosis. L'interprétation des Mantoux de taille inférieure à 18 mm et les Mantoux effectués chez des sujets de moins de 40 ans, doit prendre en compte l'existence d'un BCG antérieur. En conséquence, la mise en évidence d'une réaction de Mantoux fortement positive ne devrait pas conduire systématiquement à un traitement préventif. L'absence de spécificité du test Mantoux, utilisé pour le dépistage de la tuberculose depuis bientôt une centaine d'année, est un problème connu. Nous démontrons que la taille de l'induration ne peut pas être utilisée de façon fiable comme critère pour identifier une infection tuberculeuse chez une personne vaccinée avec le BCG, avec le risque de sui-traiter un nombre important de sujets. Dans notre étude, 21% des sujets avaient un Mantoux supérieur ou égal à 15 mm et auraient dû être traités selon les recommandations en vigueur en Suisse si l'on ne tenait pas compte du BCG antérieur. Des tests plus spécifiques sont actuellement à l'étude et permettront vraisemblablement, à l'avenir, de palier au problème de l'absence de spécificité du test de Mantoux. Abstract : Background. Previous bacillus Calmette-Guerin (BCG) vaccination can confound the results of a tuberculin skin test (TST). We sought to determine a cutoff diameter of TST induration beyond which the influence of BCG vaccination was negligible in evaluating potential Mycobacterium tuberculosis infection in a population of health care workers with a high vaccination rate and low incidence of tuberculosis. Methods. From 1991 through 1998, all new employees at the University Hospital of Lausanne, Switzerland, underwent a 2-step TST at entry visit. We also gathered information on demographic characteristics, along with factors commonly associated with tuberculin positivity, including previous BCG vaccination, history of latent M. tuberculosis infection, and predictors for M. tuberculosis infection. Results. Among the 5117 investigated subjects, we found that influence of BCG vaccination on TST results varied across categories of age (likelihood ratio test, 0.0001). Prior BCG vaccination had a strong influence on skin test results of mm in diameter among persons <40 years old, compared with the influence of factors predictive of M. tuberculosis infection. Prior latent M. tuberculosis infection and travel or employment in a country in which tuberculosis is endemic also had significant influences. Conclusions. Interpretation of TST reactions of mm among BCG-vaccinated persons <40 years of age must be done with caution in areas with a low incidence of tuberculosis. In such a population, except for persons who have never been vaccinated, TST reactions of ---518 mm are more likely to be the result of prior vaccination than infection and should not systematically lead to preventive treatment.

Biochemical characterization of recombinant human telomerase

Résumé Les télomères sont les structures ADN-protéines des extrémités des chromosomes des eucaryotes. L'ADN télomérique est constitué de courtes séquences répétitives. L'intégrité des télomères est essentielle pour protéger les extrémités des chromosomes contre les systèmes de dégradations et pour les distinguer des cassures de l'ADN double brin. Parce que la machinerie de la réplication de l'ADN n'est pas capable de répliquer l'extrémité des chromosomes, les télomères raccourcissent au fur et à mesure des cycles de réplication. Dès que les télomères atteignent une longueur critique, leur structure protectrice est perdue. Cela induit un signal de dommage de l'ADN et l'arrêt du cycle cellulaire. Pour contrebalancer le raccourcissement des télomères, les cellules qui s'auto régénèrent, dont les cellules de la moelle osseuse, les lymphocytes activés et 80-90% des cellules cancéreuses, expriment la télomérase. C'est une ribonucléoprotéine qui a la capacité de synthétiser des séquences télomériques par transcription inverse d'une courte séquence contenue dans sa propre sous-unité ARN avec laquelle elle est associée. La télomérase humaine est une enzyme processive au niveau de l'addition des nucléotides et aussi des répétitions télomériques. La télomérase de levure et la télomérase humaine sont toutes deux dimériques et il a été montré que la télomérase humaine recombinante contient deux ARN qui coopèrent pour fonctionner ainsi que deux sous-unités catalytiques. Cependant, il n'a pas encore été montré quel est le rôle de la dimérisation dans l'activité de la télomérase. Afin d'élucider ce rôle, nous avons exprimé, reconstitué et purifié la télomérase humaine dimérique recombinante. Et pour étudier l'effet d'ARN mutants sur l'activité de la télomérase, nous avons développé une méthode pour reconstituer et enrichir en hétérodimères de télomérase. Les hétérodimères contiennent une sous-unité ARN sauvage et une sous-unité ARN mutée au niveau de la séquence de la matrice. Sur l'ARN muté nous avons introduit une étiquette aptamer ARN-S1 puis nous avons purifié la télomérase via l'etiquette Si. Nous avons montré que la dimérisation est essentielle pour l'activité de la télomérase. Nos données indiquent que chaque télomérase du dimère allonge leur substrat, l'ADN télomérique, indépendamment l'une de l'autre à chaque cycle d'élongation mais que l'addition itérative de répétitions télomériques nécessite une coopération entre les deux télomérases du dimère. Nous proposons donc un modèle dans lequel les deux télomérases du dimères se lient et allongent deux substrats télomères et que pendant l'élongation processive les deux enzymes subissent un changement de conformation de manière coordonnée, ce changement va permettre le repositionnement des substrats pour d'autres cycles d'additions de répétitions télomériques. Dyskeratosis congenita est une maladie mortelle due majoritairement au disfonctionnement de la moelle osseuse. Dans la forme autosomale de la maladie, l'ARN de la télomérase contient des mutations. En utilisant notre système de reconstitution, nous avons montré que ces ARN mutés, qui ont perdu leur activité enzymatique dans le cas d'un homodimère de mutants, sont dominant négatifs quand ils sont présents dans les hétérodimères sauvage/mutant. Cet effet trans-dominant négatif pourrait contribuer à la progression de la maladie. Abstract Telomeres are protein-DNA structures at the ends of linear eukaryotic chromosomes. The telomeric DNA consists of tandemly repeated sequences. Telomeric integrity is essential to protect chromosomal ends from nucleolytic degradation and to prevent their recognition as DNA double strand breaks. Due to the inability of the conventional DNA replication machinery to replicate terminal DNA stretches, telomeres shorten with continuous rounds of DNA replication. As soon as telomeres reach a critical length, their protective structure is lost and the deprotected telomeres will induce a DNA damage response leading to cell cycle arrest. To counteract telomere shortening, self-renewing cells, including bone marrow cells, activated lymphocytes and 80-90% of cancer cells express the cellular reverse transcriptase telomerase, which has the capacity to synthesize telomeric repeats by reverse transcription of a short template sequence encoded by its stably associated RNA subunit. Human telomerase is a processive enzyme for nucleotide as well as repeat addition. Both yeast and human telomerase are dimeric enzymes and recombinant human telomerase has been shown to contain two functionally cooperating RNAs and most probably also two protein subunits. However, it has remained unclear how dimerization may contribute to telomerase activity. To study the role of dimerization, we expressed, reconstituted and purified recombinant human telomerase. We also developed a new method to reconstitute and enrich for telomerase heterodimers containing wild-type (wt) and mutant telomerase RNA subunits. To this end we introduced an S1-RNA-aptamer tag into telomerase RNA and purified telomerase reconstituted with a mixture of untagged and tagged RNA via the S1-tag. Using this experimental system, we introduced template mutations in the tagged RNA subunit and examined the effect of mutant RNAs on wt telomerase activity in wt/mutant heterodimers. We obtained evidence that dimerization is essential for telomerase activity. Our data indicate that the two subunits elongate telomere substrates independently of each other during single rounds of elongation, but that iterative addition of telomeric repeats requires cooperation between the two subunits. We suggest a model, in which dimeric telomerases bind and elongate two telomere substrates and that the two subunits undergo coordinated conformational changes during processive elongation that enable repositioning the substrates for subsequent rounds of repeat addition. Dyskeratosis congenita is a multisystemic disease with bone marrow failure as the major cause of death. The autosomal form of this disease was found to harbor mutations in the telomerase RNA. Using our reconstitution system, we tested whether mutant dyskeratosis telomerase RNAs behaved in a dominant negative manner. We observed that dyskeratosis telomerase RNA mutants, which lacked enzymatic activity were dominant negative, when present in wt/ mutant heterodimers. The transdominant negative effect of these mutants may contribute to disease progression.

Use of fluorescent proteins to monitor the regulation of antifungal activity in root-associated Pseudomonas fluorescens CHA0

SUMMARY Roots of crop plants are the target of soil-borne pathogens, mainly fungi that cause considerable damage to plant health. By antagonizing these pathogens, some root-colonizing pseudomonads provide plants with efficient biological protection from disease. Pseudomonas fluorescens CHAO is a soil bacterium with the ability to suppress a considerable range of root diseases. A major characteristic conferring biocontrol capacity to this strain is the production of antifungal compounds, in particular 2,4-diacetyphloroglucinol (DAPG) and pyoluteorin (PLT). The regulation of the biosyntheses of these metabolites is complex and involves several regulatory systems responding to multiple environmental signals. In the present work, we have developed reporter systems based on green (GFP) and red fluorescent (DsRed) proteins to monitor regulation of antifungal gene expression in vitro and on plant roots. Stable and unstable GFP-based reporter fusions to the DAPG and PLT biosynthetic genes allowed us to demonstrate that P. fluorescens CHAO keeps the two antifungal compounds at a fine-tuned balance that can be affected by environmental signals. A GFP-based screening technique helped us to identify two novel regulators of balanced antibiotic production, i.e. MvaT and MvaV that are functionally and structurally related to the nucleoid-binding protein H-NS. They act in concert as global regulators of DAPG and PLT production and other biocontrol-related traits in P. fluorescens CHAO, and are essential for the bacterium's capacity to control a root disease caused by Pythium. The combined use of autofluorescent reporters, flow cytometry, and epifluorescence microscopy permitted us to visualize and quantify the expression of DAPG and PLT biosynthetic genes on roots. A GFP- and DsRed-based two-color approach was then developed to further improve the sensitivity of the flow cytometric quantitation method. The findings of this study shed more light on the complex regulatory mechanisms controlling antifungal activity of P. filuorescens in the rhizosphere. RESUME 4 e Les racines de plantes de culture sont la cible de divers pathogènes, principalement des champignons, qui nuisent gravement à la santé des plantes. Certains pseudomonades colonisant les racines peuvent avoir un effet antagoniste sur les pathogènes et protéger ainsi les plantes de manière efficace. Pseudomonas fluorescens CHAO est une bactérie du sol ayant la capacité de supprimer une gamme considérable de maladies racinaires. Une des caractéristiques principales conférant la capacité de biocontrôle à cette souche, est la production de composés antifongiques, en particulier le 2,4-diacétyphloroglucinol (DAPG) et la pyolutéorine (PLT). La régulation de la biosynthèse de ces métabolites est complexe et implique plusieurs systèmes régulateurs répondant à de multiples signaux environnementaux. Dans ce travail, nous avons développé des systèmes rapporteurs basés sur des protéines fluorescentes verte (GFP) et rouge (DsRed), afin d'étudier la régulation de l'expression des gènes d'antifongiques in vitro et sur les racines des plantes. Des fusions GFP stables et instables rapportrices de l'expression des gènes de biosynthèse du DAPG et de la PLT nous ont permis de démontrer que P. fluorescens CHAO gère les deux antifongiques dans une balance finement régulée pouvant être affectée par des signaux environnementaux. Une technique de criblage basée sur la GFP nous a permis d'identifier deux nouveaux régulateurs de la production d'antibiotiques, MvaT et MvaV, apparentés à la protéine H-NS liant l'ADN, Elles agissent de concert en tant que régulateurs globaux sur la production de DAPG et de PLT, ainsi que sur d'autres éléments relatifs au biocontrôle chez P. fluorescens CHAO. De plus, elles sont essentielles à la bactérie pour contrôler une maladie racinaire causée par Pythium. L'utilisation combinée de rapporteurs autofluorescents, de cytométrie de flux et de microscopie à épifluorescence nous a permis de visualiser et de quantifier l'expression des gènes de biosynthèse du DAPG et de la PLT sur les racines. Une approche utilisant simultanément la GFP et la DsRed a ensuite été développée afin d'améliorer la sensibilité de la méthode de quantification par cytométrie de flux. Les résultats de cette étude ont apporté plus de lumière sur les mécanismes régulateurs complexes contrôlant l'activité antifongique de P. fluorescens dans la rizosphère.

Pyochelin-mediated signalling in Pseudomonas aeruginosa

SUMMARY: Iron is an essential element for nearly all organisms but it is poorly available in most environments and not sufficient to support microbial growth. Bacteria have evolved a range of strategies to acquire this important metal, the most common of these being siderophore-mediated iron uptake. Siderophores are high-affinity iron chelators which are released to the extracellular environment where they complex iron and deliver it to the bacterial cell, via specific uptake systems. The Gram-negative bacterium Pseudomonas aeruginosa produces two siderophores, pyoverdine and pyochelin, which both contribute to the virulence of this opportunistic human pathogen. The genes responsible for pyochelin-mediated iron uptake are grouped in the P. aeruginosa chromosome. The pyochelin biosynthetic genes are organized in two divergent operons, pchDCBA and pchEFGHI, which flank the regulatory gene pchR. The fptA gene, encoding the ferric pyochelin outer membrane receptor, occurs immediately downstream of the pchEFGHI genes. The biosynthesis of the siderophore and its receptor is subjected to dual regulation enabling P. aeruginosa to respond not only to the intracellular iron level but also to the presence of the siderophore in the extracellular environment. Negative regulation is mediated by the widespread Fur protein which employs ferrous iron as a corepressor and binds to a consensus sequence in the promoter region of iron-regulated genes. Positive regulation occurs during iron starvation and requires the AraC-type transcriptional regulator PchR. This regulator, together with pyochelin, induces the expression of pyochelin biosynthesis and uptake genes via a mechanism which was partly unraveled during this thesis. A 32-bp conserved sequence element (PchR-box) was identified in promoter regions of pyochelin-controlled genes. The PchR-box in the pchR-pchDCBA intergenic region was found to be essential for the induction of the pchDCBA operon and for the repression of the divergently transcribed pchR gene. PchR was purified as a fusion with maltose-binding protein (MBP). Mobility shift assays demonstrated specific binding of MBP-PchR to the PchR-box in the presence, but not in the absence of pyochelin. PchR-box mutations which interfered with pyochelin-dependent regulation in vivo, also affected pyochelin-dependent PchR-box recognition in vitro. These results show that pyochelin is the intracellular effector required for PchR-mediated regulation. The fact that extracellular pyochelin triggers this regulation implies that the siderophore can enter the cytoplasm. This conclusion was corroborated by analysing the importance of known and putative pyochelin uptake genes for pyochelin-dependent gene regulation. The pyochelin receptor gene fptA is followed by three genes, fptB, fptC, and fptX, which were shown here to be co-transcribed with fPtA. While fPtX encodes an inner membrane pen-I-lease, the functions of FptB and FptC are currently unknown. FptA and FptX, which are both required for pyochelin-mediated iron uptake, were found to be also needed for pyochelin-dependent gene regulation. FptB and FptC however, were not required and their role, if any, in the uptake of the PchR effector pyochelin remains elusive. RESUME Le fer est un élément essentiel pour la quasi-totalité des organismes, mais dans la plupart des environnements, il est difficilement accessible et insuffisant à la croissance microbienne. Les bactéries ont développé de multiples stratégies pour acquérir ce précieux métal, la plus commune étant l'acquisition au moyen de sidérophores. Les sidérophores sont des petites molécules dotées d'une forte affinité pour le fer qui, une fois relâchées dans l'environnement extracellulaire, vont complexer le fer et le délivrer à la cellule bactérienne par l'intermédiaire de systèmes d'acquisition spécifiques. La bactérie Gram-négative Pseudomonas aeruginosa produit deux sidérophores, la pyoverdine et la pyochéline, qui contribuent également à la virulence de ce pathogène opportuniste. Les gènes impliqués dans l'acquisition du fer à l'aide de la pyochéline sont regroupés sur t. le chromosome de P. aeruginosa. Les gènes de biosynthèse de la pyochéline sont organisés en deux opérons divergents, pchDCBA et pchEFGHI, qui flanquent le gène régulateur pchR. Le gène fptA, codant pour le récepteur de la pyochéline dans la membrane externe, est situé immédiatement en aval des gènes pchEFGHL La biosynthèse du sidérophore et de son récepteur est soumise à une double régulation permettant à P. aeruginosa de réagir non seulement à la quantité de fer intracellulaire, mais également à la présence du sidérophore dans le milieu extracellulaire. La répression se fait par l'intermédiaire de la protéine Fur, qui nécessite le fer ferreux comme co-répresseur et se lie à une séquence consensus dans la région promotrice des gènes régulés par le fer. L'induction se produit lorsque le fer est limitant, et requiert PchR, un régulateur transcriptionnel de la famille AraC. En présence de pyochéline, ce régulateur induit l'expression des gènes de biosynthèse et du récepteur de la pyochéline par l'intermédiaire d'un mécanisme partiellement résolu dans ce travail. Une séquence conservée (PchR-box) a été identifiée dans la région promotrice des gènes régulés par la pyochéline. La PchR-box située dans la région intergénique pchR-pchDCBA s'est révélée être importante pour l'induction de l'opéron pchDCBA et la répression du gène divergent pchR. PchR a été purifiée en tant que protéine de fusion avec une protéine liant le maltose (MBP). Des expériences de gel retard ont démontré la liaison spécifique de la protéine MBP-PchR sur la PchR-box en présence, mais non en absence de pyochéline. Les mutations de la PchR-box qui ont affecté la régulation pyochéline-dépendante in vivo, ont également eu un effet sur la liaison de la protéine in vitro. Ces résultats démontrent que la pyochéline est l'effecteur intracellulaire nécessaire à la régulation par PchR. Le fait que la pyochéline extracellulaire soit capable d'activer cette régulation implique que le sidérophore entre dans le cytoplasme. Cette conclusion a été corroborée par l'évaluation du rôle des gènes connus ou putatifs de l'incorporation du fer via la pyochéline sur la régulation pyochéline-dépendente. Le gène fPtA, codant pour le récepteur de la pyochéline, est suivi de trois gènes, fptB,fptC, et fptX, co-transcrits avec,ffitA. Si sffitX code pour une perméase de la membrane interne, la fonction de FptB et FptC reste obscure. FptA et FptX, nécessaires à l'acquisition du fer par l'intermédiaire de la pyochéline, se sont également révélés être requis pour la régulation pyochéline-dépendante des gènes pchDCBA, pchEFGHI et fptABCX. FptB et FptC n'ont quant à eux vraisemblablement pas de rôle majeur à jouer, si ce n'est aucun, dans l'incorporation de la pyochéline.

Saccharomyces cerevisiae, a tool to study the β-oxidation through the synthesis of polyhydroxyalkanoates

Summary Polyhydroxyalkanoates (PHAs) represent a family of polyesters naturally synthesized by a wide variety of bacteria. Through their thermoplastic and elastomeric qualities, together with their biodegradable and renewable properties, they are predicted to be a good alternative to the petroleum- derived plastics. Nevertheless, as PHA production costs using bacteria fermentation are still too high, PHA synthesis within eukaryotic systems, such as plants, has been elaborated. Although the costs were then efficiently lowered, the yield of PHAs produced remained low. In this study, Saccharomyces cerevisae has been used as another eukaryotic model in order to reveal the steps which limit PHA production. These cells express the PHA synthase of Pseudomonas aeruginosa and the PHAs obtained were analyzed to understand the flux of fatty acids towards and through the peroxisomal β-oxidation core cycle, generating the main substrate of the PHA synthase. When S. cerevisiae wild-type cells are grown in a media containing glucose as carbon source as well as fatty acids, the PHA monomer composition is largely influenced by the nature of the external fatty acid used. Thus, even-chain PHA monomers are generated from oleic acid (18:1Δ9cis) and odd- chain PHA monomers are generated from heptadecenoic acid (17:1Δ. 10 cis). Moreover, PHA synthesis is dependent on the first two enzymes of the 0-oxidation core cycle, the acyl-CoA oxidase and the multifunctional enzyme enoyl-CoA hydratase II / R-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase. S. cerevisiae mutant cells growing on oleic or heptadecenoic acid and deficient in either the R-3- hydroxyacyl-CoA dehydrogenase or in the 3-ketothiolase activity, the last β-oxidation cycle steps, surprisingly contained PHAs of predominantly even-chain monomers. This is also noticed in wild- type and mutants grown on glucose or raffinose, indicating that the substrate used for PHA synthesis is generated from the degradation of intracellular short- and medium-chain fatty acids by the 3- oxidation cycle. Inhibition of fatty acid biosynthesis by cerulenin blocks the synthesis of PHAs from intracellular fatty acids but still enables the use of extracellular fatty acids for polymer production. Together, these results uncovered the existence of a substantial futile cycle whereby short- and medium-chain intermediates of the cytoplasmic fatty acid biosynthetic pathway are directed towards the peroxisomal β-oxidation pathway. In this thesis, no increase of the yield of PHA produced could be obtained. But the PHA synthesis confirmed the carbon flux into and through the β-oxidation core cycle and unveiled the existence of novel mechanisms. It is thus a good tool to study in vivo the flux of carbons in S. cerevisiae cells. Résumé Les polyhydroxyalkanoates (PHAs) sont une famille de polyesters naturellement synthétisés par un grand nombre de bactéries. Ayant des propriétés de thermoplastiques, d'élastomères et étant des ressources biodégradables et renouvelables, les PHAs représentent une bonne alternative aux plastiques dérivés du pétrole. Pour pallier aux coûts considérables de la production de PHAs par fermentation bactérienne, la synthèse de PHAs par des systèmes eucaryotes telles les plantes a été élaborée. Les coûts ont ainsi efficacement été diminués, mais le rendement de PHAs produits reste faible. Dans cette étude, Saccharomyces cerevisiae a été utilisé comme autre modèle eucaryote pour révéler les étapes limitantes de la production de PHAs. Les PHAs obtenus dans les cellules exprimant la F'HA synthase de Pseudomonas aeruginosa ont été analysés afin de comprendre le flux d'acides gras vers et à travers le cycle péroxisomal de la β-oxidation, principal producteur du substrat de la PHA synthase. Lorsque la souche S. cerevisiae de type sauvage se développe dans un milieu contenant du glucose et des acides gras, la composition des monomères de PHAs est influencée par la nature des acides gras extracellulaires. Ainsi, les monomères pairs sont générés par l'acide oléique (18:1Δ9cis), tandis que les impairs le sont par l'acide heptadécénoïque (17:1Δ10cis). La synthèse de PHAs est dépendante des deux premières enzymes de la β-oxidation; l'acyl-CoA oxidase et l'enzyme multifonctionnelle enoyl-CoA hydratase II / R-3-hydroxyacyl-CoA déshydrogénase. Les souches mutantes ne possédant pas les activités de la R-3-hydroxyacyl-CoA déshydrogénase ou de la 3- ketothiolase contiennent, en présence d'acide oléique ou heptadécénoïque, des PHAs composés essentiellement de monomères pairs. Cela a également été observé en présence de glucose ou de raffinose uniquement. Le substrat utilisé pour la synthèse de PHAs a ainsi été généré par la dégradation d'acides gras intracellulaires à chaîne courte et moyenne via le cycle de la β-oxidation. L'inhibition de la synthèse d'acides gras par la cérulénine a bloqué la synthèse de PHAs par les acides gras internes. Ces résultats ont révélés l'existence d'un cycle futile par lequel des intermédiaires à chaîne courte et moyenne de la synthèse cytoplasmique d'acides gras sont dirigés vers le cycle péroxisomal de la β-oxidation. Dans cette étude, le rendement de PHAs produits reste inchangé, mais l'analyse des PHAs permet de confirmer le flux de carbones vers et à travers le cycle péroxisomal de la β-oxidation et l'existence de nouveaux méchanismes a été dévoilée. Cette synthèse s'avère être un bon outil pour étudier in vivo le flux de carbones dans les cellules de S. cerevisiae.

Etude du respect des mesures de prévention de la transmission verticale du virus de l'hépatite B chez les enfants nés dans les maternités des hôpitaux publics du canton de Vaud

Actuellement, en Suisse, environ 1% des femmes en âge de procréer ont une hépatite B chronique(8). En l'absence de mesures de prévention, le risque de transmission du virus de l'hépatite B, de la mère à son enfant, est estimé à 40%(3,4,5) lors de l'accouchement. Ce risque s'étend bien au-delà de la période péri¬natale. Les enfants infectés dans ces circonstances ont une probabilité de 90% de développer une infection chronique(5,7) et un quart meurent prématurément de cirrhose ou d'hépatocarcinome(2). L'Office fédéral de la santé publique recommande d'effectuer un dépistage anténatal de l'antigène HBsAg lors de toute grossesse(1) et d'effectuer une vaccination passive et active chez tous les enfants naissant d'une mère avec une hépatite B chronique. Cette prophylaxie doit être effectuée comme suit : immunoglobuline spécifique et lere dose de vaccin dans les 12 heures suivant la naissance (en maternité) ; 2eme dose de vaccin à 1 mois, 3eme dose de vaccin à 6 mois et contrôle de la réponse immune entre le 7eme et le 12eme mois (par le médecin traitant). Cette étude vise à évaluer la compliance du système de soins envers ces recommandations qui exigent l'intervention des maternités et des médecins traitants et qui s'étalent dans le temps. Pour ce faire, un recensement rétrospectif des enfants nés de mère avec une hépatite B chronique, en 2005 et 2006 dans 4 maternités vaudoises, a été effectué. Les mesures appliquées par les maternités, les informations transmises aux médecins traitants et les mesures appliquées par ces derniers ont été évaluées. Sur un total de 10'412 parturientes testées, 70 présentent une infection chronique et 51 acceptent le recrutement dans l'étude (représentant un collectif de 54 enfants). En maternité, l'immunisation active et passive est effectuée chez tous les enfants. L'évidence qu'elle est effectuée dans les 12 heures suivant la naissance est fournie dans 61% des cas (mais dans 100% des dossiers dans lequel ce renseignement est consigné). La nécessité de poursuivre la vaccination n'est mentionné au médecin traitant que dans 15% des cas, et dans seulement 11% des cas les modalités du calendrier vaccinal sont précisées. La recommandation d'effectuer un contrôle sérologique n'apparaît dans aucun document de transmission. Chez les médecins traitants, la 2eme dose de vaccin est administrée à 100% des enfants, mais seulement dans 15% des cas dans les délais recommandés. La 3eme dose de vaccination est administrée à 98% des enfants, mais seulement dans 43% des cas dans les délais recommandés. La sérologie de contrôle n'est effectuée que chez 24% des enfants, et seulement dans 7% des cas dans les délais recommandés. Les maternités appliquent les mesures de prophylaxie dans le délai imparti, tout au moins quand l'heure d'intervention est indiquée. Les médecins traitants sont rarement informés de la nécessité de compléter la vaccination et jamais des modalités ni de la nécessité d'effectuer un contrôle sérologique. L'application des mesures de prévention par les médecins traitants est non conforme aux recommandations. Nous émettons l'hypothèse que cet état reflète la carence d'information de la part des maternités et nous proposons que celles-ci utilisent un document de transmission standardisé qui indique précisément aux médecins traitants ce qui reste à faire, et quand, en matière de prévention de l'hépatite B chez le nouveau-né/nourrisson.

Situation des personnes transgenres par rapport au VIH/IST en Suisse : rapid assessment

Ce rapport permet d'identifier le sous-groupe des personnes transgenres pratiquant ou ayant pratiqué le travail du sexe comme une population clairement exposée à un risque notoirement élevé d'infection par le VIH et les IST. L'ampleur rapportée du phénomène justifie pleinement l'inclusion de cette population dans le dispositif de surveillance comportementale du VIH et des autres IST, mais également la réalisation urgente d'actions de prévention communautaire. Par contre, il ne nous permet pas d'arriver à un consensus fort en ce qui concerne la situation des personnes transgenres non travailleuses du sexe par rapport au VIH et aux autres IST en Suisse. Les données internationales sont cependant suffisamment préoccupantes pour justifier la réalisation d'une recherche sur la santé sexuelle au sein de cette population. Cette recherche devra prendre en compte les contextes de vie souvent hostiles auxquels sont confrontées les personnes transgenres. Par ailleurs, les personnes transgenres devraient pouvoir être reconnues en tant que telles et enregistrées de manière systématique dans les systèmes de déclaration du VIH et des autres IST, dans les outils de suivi statistique des centres de dépistage et de conseil VIH/IST, ainsi que dans l'enquête suisse sur la santé.

Accompagnement thérapeutique : le chemin du suivi à long terme [Patient education: the way for long-term follow up]

L'éducation thérapeutique du patient est maintenant parfaitement intégrée dans les soins. Son champ d'application se situe essentiellement dans le domaine des maladies chroniques pour l'acquisition de compétences dans la gestion du traitement, en coopération avec les professionnels. En médecine ambulatoire, patients et soignants se heurtent actuellement aux difficultés du suivi avec sa part d'incertitude, lassitude et de pression économique. La médecine fondée sur les preuves (EBM) et les différents modèles en psychologie de la santé ne nous éclairent que partiellement le chemin. Un nouveau type de démarche réflexive est en train d'émerger. Cette réflexion devrait placer en son centre la notion de relation thérapeutique : entre science et existence. Nous résumons ici ce processus réflexif en cours d'une équipe interdisciplinaire regroupant sciences humaines, art et médecine. Therapeutic education is now perfectly integrated in caring and medicine. Its field of application is primarily in chronic diseases for the acquisition of competences in the management of treatments, in co-operation with health professionals. In ambulatory medicine, patients and health professionals are currently running up against the difficulties of the long-term follow-up with its part of uncertainty, lassitude and economic pressure. EBM and the various models of health psychology light us only partially the way. A new type of reflexive step is emerging. This way of thinking should place in its center the concept of therapeutic relation: between science and being. We summarize here our reflexive process in the course of an interdisciplinary team gathering social sciences, art and medicine

The quality of primary care in a country with universal health care coverage

Cet article a été réalisé dans le but d'évaluer la qualité des soins fournie à une population âgée de 50 à 80 ans suivie dans 4 policliniques médicales universitaires de Suisse, à savoir Bâle, Zurich, Genève et Lausanne. Nous avons sélectionné 37 indicateurs de qualité qui ont été développés et préalablement évalués au Etats-Unis. Ces indicateurs ont été divisés en 2 sous-groupes distincts : les indicateurs de prévention et les indicateurs concernant les facteurs de risque cardiovasculaires.¦L'étude a inclus des patients âgés de 50 à 80 ans avec un suivi d'un minimum de 1 an par un médecin dans l'une des policliniques de Suisse. Nous avons limité notre étude à ce groupe d'âge, afin d'avoir une prévalence élevée de facteur de risque cardiovasculaire et plus d'indications à des tests de dépistages. Les dossiers médicaux des patients ont été sélectionnés selon un mode aléatoire en prenant 250 dossiers par centre.¦L'enjeu principal de cette étude était de déterminer le niveau de soins fournis en Suisse dans les policliniques médicales universitaires. Il a été également possible de mettre en évidence les secteurs de prévention pour lesquels le taux d'application est encore insuffisant. Nous avons par la même occasion comparé nos résultats à ceux obtenus aux Etats-Unis, sachant que ce pays a un système d'évaluation de la qualité des soins qui fournit chaque années des statistiques à ce sujet.¦Les résultats de notre étude montrent qu'en Suisse les adultes reçoivent 69% des mesures de prévention recommandées mais que ces taux diffèrent d'un indicateur à l'autre. Les indicateurs à propos de la tension artérielle et de la mesure du poids (les 2 95%) ont plus souvent été réalisés durant les consultations que les indicateurs concernant l'arrêt du tabagisme (72%), les cancers du sein (40%), du colon (35%) et la vaccination annuelle contre la grippe (35.2% chez les patients de >65 ans et 29.3% chez les patient de <65 ans avec une maladie chronique). 83% des patients reçoivent les mesures préventives concernant les facteurs de risque cardiovasculaire, avec >75% pour l'hypertension, le diabète et la dyslipidémie. Cependant, l'examen des pieds est effectué chez seulement 50% des patients présentant un diabète.¦De même, nous avons pu démontrer que les femmes (65.3%) et les personnes âgées de plus de 65 ans (68.0%) reçoivent moins de mesures préventives que les hommes (72.2%) et les personnes plus jeunes (70.1%).¦Ce travail de recherche a donc permis de mettre en évidence les domaines de la prévention encore insuffisamment proposés aux patients et de rendre attentif le personnel médical sur le fait qu'il existe en Suisse des groupes de personnes qui reçoivent moins de prévention que d'autres groupes. Dans le futur, l'accent devrait être d'avantage mis durant les études de médecine et lors de la formation post-graduée sur les mesures préventives pas assez exploitées en Suisse en particulier le dépistage des cancers et la vaccination annuelle contre la grippe.

Vigilancia ambiental de casos esporádicos de legionelosis en el municipio de Córdoba (España), 2005-2010

We examined the information of legionellosis surveillance system in the municipality of Cordoba (Spain) as a preventive resource for environmental health management and describes the public health implications of sporadic cases investigations. A multidisciplinary team analyzed information on surveillance of water sites potentially contaminated by Legionella and clinical data of the patients classified like community case; mapping patient's home address using geographic information systems (GIS). Legionella pneumophila serogroup 1 was identified in 31 sporadic cases. 53 suspected sources, mainly cooling towers have been investigated. In no event is managed to locate infection source even if poorly maintained systems, structural deficiencies and operational failures were apparent. The use of GIS allowed us to identify two geographic areas where cases are concentrated within one radius of less than 500 meters. The finding of two suspected urban advised to reorient the preventive strategy in public health

Nouveautés en médecine interne hospitalière 2007: perspective des chefs de clinique [Highlights 2007 in hospital-based internal medicine: the point of view from the chief residents]

L'année 2007 a été marquée par la publication de plusieurs études internationales concernant directement le quotidien de l'interniste hospitalier. Un résumé de ces travaux ne saurait être qu'un extrait condensé et forcément subjectif d'une croissante et dynamique diversité. Au gré de leurs lectures, de leurs intérêts et de leurs interrogations, les chefs de clinique du Service de médecine interne vous proposent ainsi un parcours original revisitant les thèmes de l'insuffisance cardiaque, du diabète, de l'endocardite, de la BPCO ou de la qualité des soins. Cette variété de sujets illustre à la fois le vaste champ couvert par la médecine interne actuelle, ainsi que les nombreuses incertitudes liées à la pratique médicale moderne basée sur les preuves. In 2007, several international studies brought useful information for the daily work of internists in hospital settings. This summary is of course subjective but reflects the interests and questions of the chief residents of the Department of internal medicine who wrote this article like an original trip in medical literature. This trip will allow you to review some aspects of important fields such as heart failure, diabetes, endocarditis, COPD, and quality of care. Besides the growing diversity of the fields covered by internal medicine, these various topics underline also the uncertainty internists have to face in a practice directed towards evidence.

Le suicidant, sa famille et son médecin

Résumé : Le suicidant, sa famille et son médecin. - Dans une lignée systémique, nous avons à nous demander quelle représentation du suicide ont les suicidants par rapport à l'acte lui-même et par rapport à l'impact que ces mêmes actes ont sur leur famille. D'autre part, il convient de nous interroger sur les représentations que chaque membre de la famille peut construire de l'acte suicidaire lui-même, du sens qu'il revêt pour le jeune et les proches. Notre expérience de psychiatres dans un hôpital général nous amène à nous questionner aussi sur les représentations de cet acte chez les professionnels qui offrent des soins aigus somatiques et qui luttent pour la vie lorsque les patients eux ont opté pour la mort. Ce geste nous envoie un signal fort de perte d'espoir et d'absence de perspectives futures chez les suicidants. Il nous renvoie aussi à la question de la mort chez les médecins formés à lutter pour la vie. L'acte suicidaire est un geste violent qui renvoie aux soignants un sentiment d'impuissance et pour lequel ils se sentent démunis. Nous aborderons dans une première partie l'attitude adoptée dans le service de psychiatrie de liaison à Lausanne. Nous exposerons ensuite quelques pistes de réflexion sur la prise en charge des suicidants dans un effort de compréhension systémique. Une responsabilité majeure éthique et humaine nous incombe.Summary : The suicidal person, his family and his doctor. - In a systemic lineage, we have to ask ourselves what representation of suicide do people with suicidal tendencies have, and what is the impact of suicide on their families and their doctor. On the other hand, it is advisable to ask ourselves what does suicide mean to their relatives. Our practice as psychiatrists in a general hospital leads us also to try and understand the image and impact of suicide on the medical staff who constantly aims at saving lives, while patients opted for death. This act sends us a strong signal of loss of hope and the absence of prospects for suicidal people. It has also a strong emotional impact on health practitioners and frequently makes them feel helpless. It also sends back to us to the question of the image of death among doctors. We will discuss, in a first part, the adopted attitude in the service of liaison psychiatry in Lausanne. We will try and develop then a way of taking care of suicidal patients, their families and the medical staff, attending them in a systemic approach. This is a great ethical and human responsibility to all health practitioners.

Caractérisation des microparticules dans les concentrés érythrocytaires : une analyse des antigènes de groupe sanguins par cytométrie de flux

Cette thèse a pour but de caractériser les microparticules isolées à partir des concentrés érythrocytaires et plus précisément de déterminer la présence d'antigènes de groupes sanguins à leur surface. Elle est divisée en trois parties, sous forme d'articles publiés à partir d'un travail de recherche mené au Centre de Transfusion Sanguine d'Epalinges. Dans l'article « Microparticles in stored red blood cells : an approach using flow cytometry and proteomic tools » publié dans Vox Sanguinis en 2008, il est question de la lésion de stockage des globules rouges. Grâce à des techniques alliant la cytométrie de flux et la protéomique, il a été montré que la génération de microparticules augmente au cours du stockage des concentrés érythrocytaires et que leur composition se modifie au cours du temps. L'article de revue « Analysis and clinical relevance of microparticles from red blood cells » publié dans Current Opinion in Hematology en 2010, explique les mécanismes de formation et d'élimination des microparticules de globules rouges. Il fait une revue des implications cliniques liées à la génération de microparticules et discute leur conséquences potentielles dans le domaine de la médecine transfusionnelle. L'article « Red blood cell microparticles and blood group antigens : an analysis by flow cytometry » publié dans Blood Transfusion en 2012, décrit l'étude des antigènes de groupe sanguins à la surface des microparticules générées à partir de concentrés érythrocytaires après ajout de calcium ionophore. Les résultats de cette étude indiquent que les antigènes de groupes sanguins appartenant aux systèmes RH, KEL, JK, FY, MNS, LE et LU sont présents à la surface des microparticules. Ces antigènes pourraient potentiellement être source d'allo-immunisation après transfusion.

Quand la liturgie met en jeu des attitudes empruntées à la Bible

(Résumé de l'ouvrage) Quelle place pour la Bible dans la célébration liturgique? Catholiques et protestants sont marqués par des traditions différentes, biblistes et liturgistes divergent sur la question, les attentes des fidèles sont pratiques. Ce livre réunit des études dans différentes disciplines théologiques: Des exégètes exposent les découvertes sur la naissance de la Bible tant juive que chrétienne au début de notre ère, des historiens montrent l'utilisation de la Bible dans l'histoire de l'Église, des liturgistes comparent et évaluent les systèmes de lecture mis en vigueur par les récentes réformes liturgiques. Il en va de la réception de la divine Parole dans l'Eglise d'aujourd'hui. Le rituel de la proclamation a son importance. Informations et réflexions à ce propos se côtoient dans le présent volume. Une vingtaine d'auteur(e)s interpellent ceux et celles qui au culte ou à la messe reçoivent la Parole vivante.

Evaluation de l'efficacité clinique de la prise en charge pédopsychiatrique par l'Antenne d'Intervention dans le Milieu pour Adolescents (AIMA)

Contexte : Depuis les années 60, en lien avec la vague de désinstitutionalisation, un peu partout dans le monde, des équipes mobiles ont vu le jour. L'Antenne d'Intervention dans le Milieu pour Adolescents (AIMA) a été fondée en 2005, elle est destinée aux adolescents à haut risque psychopathologique qui échappent au système classique des soins pédopsychiatriques. Etant donné que ce dispositif est amené à se développer, il est souhaitable d'évaluer les résultats obtenus. Méthode : Etude ouverte prospective sur un échantillon comprenant 20 adolescents de 13 à 18 ans suivis par l'AIMA. Des données cliniques et sociodémographiques ont été collectées, différentes échelles ont été utilisées, dont l' « Health of Nation Outcome Scale for Children and Adolescents » (HoNOSCA) et la « Crisis Triage Rating Scale » en évaluation pré-­‐ et post-­‐suivi dans le milieu. L'effet de l'intervention est évalué à travers les données de l'HoNOSCA et de la « Crisis Triage Rating Scale » et nous avons également étudié l'effet dose-­‐réponse. Nous nous sommes intéressés à l'effet des événements de vie indésirables dans l'enfance sur les changements des scores de l'HoNOSCA. Résultats : On retrouve une nette amélioration clinique évaluée par l'HoNOSCA et de certains de ses sous-­‐scores (symptômes et contexte social). Par contre nous n'avons pas observé d'effet dose-­‐ réponse de l'intervention AIMA. L'amélioration de l'HoNOSCA est corrélée avec la diminution de la dangerosité et l'amélioration du réseau de soutien, mais pas avec la capacité à coopérer de l'adolescent. Les adolescents ayant subi plusieurs événements de vie indésirables pendant l'enfance bénéficient de manière significative de l'intervention de l'AIMA. Conclusion : Cette étude est en faveur de l'efficacité clinique de la prise en charge pédopsychiatrique par l'AIMA. Elle suggère que les adolescents ayant été confrontés à des événements de vie indésirables bénéficient grandement de ce type d'intervention. Ces conclusions mériteraient d'être confirmées par d'autres études (plus puissantes) et avec plus de sujets.