Presence of alternative lengthening of telomeres mechanism in patients with glioblastoma identifies a less aggressive tumor type with longer survival.

Patients with glioblastoma (GBM) have variable clinical courses, but the factors that underlie this heterogeneity are not understood. To determine whether the presence of the telomerase-independent alternative lengthening of telomeres (ALTs) mechanism is a significant prognostic factor for survival, we performed a retrospective analysis of 573 GBM patients. The presence of ALT was identified in paraffin sections using a combination of immunofluorescence for promyelocytic leukemia body and telomere fluorescence in situ hybridization. Alternative lengthening of telomere was present in 15% of the GBM patients. Patients with ALT had longer survival that was independent of age, surgery, and other treatments. Mutations in isocitrate dehydrogenase (IDH1mut) 1 frequently accompanied ALT, and in the presence of both molecular events, there was significantly longer overall survival. These data suggest that most ALT+ tumors may be less aggressive proneural GBMs, and the better prognosis may relate to the set of genetic changes associated with this tumor subtype. Despite improved overall survival of patients treated with the addition of chemotherapy to radiotherapy and surgery, ALT and chemotherapy independently provided a survival advantage, but these factors were not found to be additive. These results suggest a critical need for developing new therapies to target these specific GBM subtypes.

Temporal changes in mRNA expression of the brain nutrient transporters in the lithium-pilocarpine model of epilepsy in the immature and adult rat.

The lithium-pilocarpine model mimics most features of human temporal lobe epilepsy. Following our prior studies of cerebral metabolic changes, here we explored the expression of transporters for glucose (GLUT1 and GLUT3) and monocarboxylates (MCT1 and MCT2) during and after status epilepticus (SE) induced by lithium-pilocarpine in PN10, PN21, and adult rats. In situ hybridization was used to study the expression of transporter mRNAs during the acute phase (1, 4, 12 and 24h of SE), the latent phase, and the early and late chronic phases. During SE, GLUT1 expression was increased throughout the brain between 1 and 12h of SE, more strongly in adult rats; GLUT3 increased only transiently, at 1 and 4h of SE and mainly in PN10 rats; MCT1 was increased at all ages but 5-10-fold more in adult than in immature rats; MCT2 expression increased mainly in adult rats. At all ages, MCT1 and MCT2 up-regulation was limited to the circuit of seizures while GLUT1 and GLUT3 changes were more widespread. During the latent and chronic phases, the expression of nutrient transporters was normal in PN10 rats. In PN21 rats, GLUT1 was up-regulated in all brain regions. In contrast, in adult rats GLUT1 expression was down-regulated in the piriform cortex, hilus and CA1 as a result of extensive neuronal death. The changes in nutrient transporter expression reported here further support previous findings in other experimental models demonstrating rapid transcriptional responses to marked changes in cerebral energetic/glucose demand.

Resultados preliminares de las mediciones de fuerza de blanco in situ de las principales especies pelágicas. Crucero BIC Humboldt 9803-05 de Tumbes a Tacna

Se han utilizado los resultados de 144 lances ejecutados en el transcurso del Crucero 9803-05. Se compararon los histogramas de TS y los de tallas en búsqueda de correlación entre ambas a fin de determinar el factor b20 de la Ecuación de Fuerza de Blanco (20 log (LT,cm) + b20). Se han determinado nuevas ecuaciones de TS para anchoveta (38 y 120 kHz), sardina (120 kHz), jurel (38 kHz) y caballa (38 y 120 kHz). Se deberá continuar con estas mediciones puesto que un cambio en las propuestas reflectivas de los peces puede afectar la correcta obtención de los estimados de biomasa.

Mediciones in situ de TS de diversas especies a finales del invierno de 1998. Crucero BIC Humboldt 9808-09

Se efectuaron mediciones de TS (Fuerza de Blanco, Target Strenght) durante los 108 lances de comprobación de ecotrazos realizados por el BIC Humboldt en el marco del Crucero 9808-09 de Evaluación Hidroacústica de Recursos Pelágicos. Se consideran para el análisis únicamente aquellos lances donde más del 90% de la captura perteneció a una sola especie. Los factores b20 de la ecuación de TS (TS=20 log L - b20) que han sido determinados, las cuales deberán ser considerados como provisionales, son las siguientes: Pez cinta (Trichiurus lepturus) = 70,95 (120 kHz); Vinciguerria o pez linterna (Vinciguerria lucetia pacifici) = 83,29 (120 kHz); Samasa (Anchoa nasus) = 86,57 (120 kHz); Caballa (Scomber japonicus) = 83,09 (120 kHz); Pez cinta (Trichiurus lepturus) = 71,41 (38 kHz); y Vinciguerria o pez linterna (Vinciguerria lucetia pacifici)= 82,04 (38kHz).

Mediciones in situ de TS para el krill (Euphasia superba) a 120 Khz. Verano austral 1998. Perú antar IX

Se realizaron mediciones de la Fuerza de Blanco (TS) del krill (Euphausia superba) durante los 29 lances efectuados en el Crucero de Evaluación Hidroacústica utilizando la ecosonda SIMRAD EK 500 a bordo del BIC Humboldt entre los días 12 y 24 de enero de 1998 a lo largo del Estrecho de Bransfield y alrededores de la Isla Elefante. Se derivaron los valores de b20 a partir de le ecuación de TS de FOOTE (1990), de las longitudes promedios de los individuos capturados durante cada uno de los lances y de las tablas de TS generadas por la ecosonda, determinándose una ecuación de TS para el krill en un rango de longitud comprendido entre 2,1 y 5,3 cm de la siguiente forma: TS = 20 log L - 89,26. Se discute el posible sesgo de la ecuación debido, entre otros aspectos a que no se consideraron los estadíos sexuales del krill.

Recurrent deletions and reciprocal duplications of 10q11.21q11.23 including CHAT and SLC18A3 are likely mediated by complex low-copy repeats.

We report 24 unrelated individuals with deletions and 17 additional cases with duplications at 10q11.21q21.1 identified by chromosomal microarray analysis. The rearrangements range in size from 0.3 to 12 Mb. Nineteen of the deletions and eight duplications are flanked by large, directly oriented segmental duplications of >98% sequence identity, suggesting that nonallelic homologous recombination (NAHR) caused these genomic rearrangements. Nine individuals with deletions and five with duplications have additional copy number changes. Detailed clinical evaluation of 20 patients with deletions revealed variable clinical features, with developmental delay (DD) and/or intellectual disability (ID) as the only features common to a majority of individuals. We suggest that some of the other features present in more than one patient with deletion, including hypotonia, sleep apnea, chronic constipation, gastroesophageal and vesicoureteral refluxes, epilepsy, ataxia, dysphagia, nystagmus, and ptosis may result from deletion of the CHAT gene, encoding choline acetyltransferase, and the SLC18A3 gene, mapping in the first intron of CHAT and encoding vesicular acetylcholine transporter. The phenotypic diversity and presence of the deletion in apparently normal carrier parents suggest that subjects carrying 10q11.21q11.23 deletions may exhibit variable phenotypic expressivity and incomplete penetrance influenced by additional genetic and nongenetic modifiers.

Continuous quantification of HER2 expression by microfluidic precision immunofluorescence estimates HER2 gene amplification in breast cancer.

Chromogenic immunohistochemistry (IHC) is omnipresent in cancer diagnosis, but has also been criticized for its technical limit in quantifying the level of protein expression on tissue sections, thus potentially masking clinically relevant data. Shifting from qualitative to quantitative, immunofluorescence (IF) has recently gained attention, yet the question of how precisely IF can quantify antigen expression remains unanswered, regarding in particular its technical limitations and applicability to multiple markers. Here we introduce microfluidic precision IF, which accurately quantifies the target expression level in a continuous scale based on microfluidic IF staining of standard tissue sections and low-complexity automated image analysis. We show that the level of HER2 protein expression, as continuously quantified using microfluidic precision IF in 25 breast cancer cases, including several cases with equivocal IHC result, can predict the number of HER2 gene copies as assessed by fluorescence in situ hybridization (FISH). Finally, we demonstrate that the working principle of this technology is not restricted to HER2 but can be extended to other biomarkers. We anticipate that our method has the potential of providing automated, fast and high-quality quantitative in situ biomarker data using low-cost immunofluorescence assays, as increasingly required in the era of individually tailored cancer therapy.

Identificación de alteraciones numéricas y estructurales de cromosomas sexuales mediante hibridación in situ fluorescente (FISH) y técnicas citogenéticas clásicas

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Biología Celular) UANL

Producción de materia seca y digestibilidad in situ del forraje de 85 genotipos del pasto Buffel ( Cenchrus Ciliaris L.)

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Recursos Alimenticios y Producción Agrícola) UANL

Análisis de la expresión de un nuevo gen aislado de la región mesencefálica de ratón mediante hibridación in situ

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Morfología) UANL

Implementación de la técnica de hibridación in situ con fluorescencia (fish) en el laboratorio de hematología clínica para el diagnóstico y seguimiento de pacientes con leucemia granulocítica crónica

Tesis (Especialidad en el Laboratorio de Hematología) UANL

Variación estacional del perfil nutritivo y digestibilidad in SITU de materia seca, proteína cruda y fibra detergente neutro, del follajede ocho especies arbustivas del noreste de México

Tesis (Doctorado en Ciencias Biológicas con Especialidad en Botánica) UANL

Generación in situ del ion ferrato [Fe (VI)] cía fotocatalítica y electroquímica para la degradación del ácido 2,4-diclorofenoxiacético.

Tesis (Doctor en Química Analítica Ambiental) UANL, 2011.

Les relations entre la scène et le cinéma dans le spectacle d'avant-garde : une étude intermédiale et in situ de Relâche de Picabia, Satie et Clair

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Caractérisation cytogénétique et moléculaire des translocations chromosomiques dans la phase blastique de la leucémie myéloïde chronique

La leucémie myéloïde chronique (LMC) est un modèle d’évolution tumorale dans les cancers humains. Le processus d’évolution de la LMC de la phase chronique (PC) à la phase blastique (PB) est caractérisé par un arrêt de différenciation et l’acquisition de la capacité d’autorenouvellement incontrôlé d’une cellule souche ou d’un progéniteur hématopoïétique. La LMC en PB est associée à la présence d’anomalies génétiques additionnelles à la fusion BCR-ABL1 qui résulte de la translocation chromosomique t(9;22). Contrairement aux patients en PC, les patients en PB de la LMC n’obtiennent pas une réponse moléculaire complète à long terme avec 1’Imatinib mesylate, un inhibiteur de la tyrosine kinase (ITK) BCR-ABL1. De plus, les ITKs de deuxième et troisième générations sont moins efficaces en PB de la LMC lorsque les cellules leucémiques ont acquis une résistance au traitement indépendante des mutations de BCR-ABL1. Les mécanismes moléculaires des voies de signalisation impliquées dans la progression de la LMC en PB ne sont pas entièrement élucidés. Le but de notre travail est de caractériser de nouvelles anomalies génétiques dans la PB de la LMC. Nous avons identifié en cytogénétique, quatre nouvelles translocations chromosomiques : t(1;21)(p36;q22), t(7;17)(p15;q22), t(8;17)(q11;q22) et t(2;12)(q31;p13) dans les cellules leucémiques de patients en PB de la LMC résistants au traitement. En utilisant des techniques d'hybridation in situ en fluorescence, de RT-PCR et de séquençage, nous avons délimité les régions à investiguer au niveau des points de cassure et identifié un réarrangement de plusieurs gènes codant pour des facteurs de transcription importants lors de l’hématopoïèse tels que RUNX1, ETV6, PRDM16 et HOXA. L’altération de ces gènes pourrait expliquer l’arrêt de différenciation et/ou l’acquisition de la capacité d’autorenouvellement caractéristiques de la LMC en PB. Nous avons identifié les fusions RUNX1-PRDM16, MSI2-HOXA, MSI2-SOX17 et ETV6-HOXD11, respectivement associées aux translocations chromosomiques t(1;21), t(7;17), t(8;17) et t(2;12). Ces fusions génèrent différents transcrits alternatifs qui maintiennent et altèrent le cadre ouvert de lecture. L’analyse des séquences des transcrits chimériques identifiés dans ce projet, incluant RUNX1-PRDM16, MSI2-HOXA9, MSI2-HOXA10, MSI2-HOXA11 et ETV6-HOXD11, nous a permis de prédire les domaines fonctionnels potentiellement présents au niveau des protéines chimériques prédites. Les transcrits de fusion qui respectent le cadre ouvert de lecture peuvent générer des domaines fonctionnels des deux partenaires. C’est le cas des deux transcrits identifiés pour la fusion RUNX1-PRDM16 où le domaine de liaison à l’ADN RHD (Runt homology domain) de RUNX1 est fusionné avec la quasi-totalité des domaines de PRDM16. Les transcrits de fusion qui ne respectent pas le cadre ouvert de lecture donnent des formes tronquées des transcrits RUNX1, MSI2 et ETV6. La juxtaposition des régions promotrices de ces derniers en 5’ de leurs partenaires entraîne l’activation de la forme courte oncogénique de PRDM16 dans la t(1;21) ou de différents gènes HOXA/D dans les t(7;17) et t(2;12), ainsi que l’expression aberrante d’un nouveau transcrit alternatif de SOX17 dans la t(8;17). Notre étude nous a permis d’identifier de nouveaux gènes de fusion et/ou une activation de gènes qui pourraient coopérer avec la fusion BCR-ABL1 dans la progression de la LMC et être impliqués dans la résistance au traitement de la LMC en phase avancée. La caractérisation des événements génétiques associés à la transformation blastique de la LMC est essentielle pour l’investigation des voies moléculaires impliquées dans cette phase de la maladie. Investiguer la résistance au traitement de ces patients pourrait aussi contribuer à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans cette leucémie.