Nuclear and mitochondrial DNA markers in traceability of retail beef samples

Several characteristics are important in a traceability system of animal products, such as age at slaughter, breed composition, besides information of the productive chain. In general, the certification agent records information about the animals and the system which it came from, although cannot guarantee that the slaughtering, meat processing and distribution are error proof. Besides, there is a differential price, at least at the international market, based on sex and breed composition of the animals. Genetic markers allow identification of characteristics controlled in the beef cattle traceability program, as sex and breed composition, in order to correctly identify and appraise the final product for the consumer. The hypothesis of this study was that the majority beef samples retailed in the local market originate from female with a great participation of zebu breeds. Therefore, the objective of this work was to characterize retail beef samples with DNA markers that identify cattle sex and breed composition. Within 10 beef shops localized in Pirassununga, SP, Brazil, 61 samples were collected, all were genotyped as harboring Bos taurus mitochondrial DNA and 18 were positive for the Y chromosome amplification (male). For the marker sat1711b-Msp I the frequency of the allele A was 0.278 and for the marker Lhr-Hha I the frequency of the allele T was 0.417. The results of sat1711b-Msp I and Lhr-Hha I allelic frequencies are suggestive that the proportion of indicus genome compared with the taurine genome in the market meat is smaller than the observed in the Nellore breed. The procedure described in this study identified sex and subspecies characteristics of beef meat samples, with potential application in meat products certification in special as an auxiliary tool in beef cattle traceability programs.

Evaluation of DNA extraction protocols for Brucella abortus pcr detection in aborted fetuses or calves born from cows experimentally infected with strain 2308

The objective of the present study was to improve the detection of B. abortus by PCR in organs of aborted fetuses from infected cows, an important mechanism to find infected herds on the eradication phase of the program. So, different DNA extraction protocols were compared, focusing the PCR detection of B. abortus in clinical samples collected from aborted fetuses or calves born from cows challenged with the 2308 B. abortus strain. Therefore, two gold standard groups were built based on classical bacteriology, formed from: 32 lungs (17 positives), 26 spleens (11 positives), 23 livers (8 positives) and 22 bronchial lymph nodes (7 positives). All samples were submitted to three DNA extraction protocols, followed by the same amplification process with the primers B4 and B5. From the accumulated results for organ, the proportion of positives for the lungs was higher than the livers (p=0.04) or bronchial lymph nodes (p=0.004) and equal to the spleens (p=0.18). From the accumulated results for DNA extraction protocol, the proportion of positives for the Boom protocol was bigger than the PK (p<0.0001) and GT (p=0.0004). There was no difference between the PK and GT protocols (p=0.5). Some positive samples from the classical bacteriology were negative to the PCR and viceversa. Therefore, the best strategy for B. abortus detection in the organs of aborted fetuses or calves born from infected cows is the use, in parallel, of isolation by classical bacteriology and the PCR, with the DNA extraction performed by the Boom protocol.

Prótese implantável de condução óssea (BAHA): relato de caso

INTRODUÇÃO: A Prótese Implantável de Condução Óssea (BAHA) consiste em uma excelente opção na reabilitação auditiva de pacientes com perda auditiva condutiva e mista uni ou bilateral, e sensorioneural unilateral. Tem sido uma alternativa vantajosa sobre os aparelhos de condução óssea convencionais e os aparelhos de amplificação sonora individuais (AASI) quando o uso dos mesmos fica impossibilitado pela presença de otite externa crônica de difícil controle clínico. OBJETIVO: Apresentar o primeiro caso de BAHA realizado no Brasil, após a autorização da ANVISA, para a reabilitação da perda auditiva mista com episódios de otite externa crônica. MÉTODO: Paciente do sexo feminino, 50 anos, com perda auditiva de grau moderado à direita e severo à esquerda, zumbido bilateral, decorrente de otosclerose, submetida a quatro cirurgias de estapedotomia e com impossibilidade de uso de AASI devido a otorreia e otalgia bilateral. A avaliação médica e audiológica indicaram o benefício do BAHA. Realizada a cirurgia e implantação do sistema BAHA, a paciente apresentou melhora significativa nos limiares audiométricos, na percepção e discriminação da fala, além de relatar extrema satisfação relacionada ao fator estético. COMENTÁRIOS FINAIS: O processo cirúrgico do BAHA é seguro, simples e rápido, proporcionando excelentes resultados audiológicos e alto grau de satisfação por parte dos pacientes.

Análise de um ciclone semi-estacionário na costa sul do Brasil associado a bloqueio atmosférico

Na primeira semana de maio de 2008, durante quatro dias, um ciclone em superfície permaneceu semi-estacionário na costa da região sul do Brasil. Este sistema foi responsável por chuvas e ventos fortes no Rio Grande do Sul e Santa Catarina, os quais causaram muitos danos (queda de árvores, enchentes e desabamentos). O objetivo deste trabalho é avaliar o processo de formação e entender os mecanismos responsáveis pelo lento deslocamento do ciclone, já que a maioria dos ciclones nesta região possui deslocamento mais rápido. A equação de desenvolvimento de Sutcliffe mostrou que a advecção de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e a advecção de ar quente na camada entre 1000-500 hPa foram mecanismos importantes para a ciclogênese. Neste período, o intenso aquecimento diabático também contribuiu para a ciclogênese, à medida que se contrapôs ao intenso resfriamento adiabático devido aos movimentos verticais ascendentes. A advecção de vorticidade absoluta ciclônica que favoreceu a ciclogênese esteve associada a um Vórtice Ciclônico em Altos Níveis (VCAN), que se formou numa região de anomalia de vorticidade potencial. O VCAN se manteve semi-estacionário e compôs o setor norte de um bloqueio do tipo dipolo. Tal bloqueio intensificou um anticiclone em superfície, situado a sul/leste do ciclone, o que contribuiu para o ciclone se manter semi-estacionário. O movimento atípico e lento do ciclone para sul, e em alguns períodos para sudoeste, esteve associado com advecções de vorticidade absoluta ciclônica na média troposfera e de ar quente no seu setor sul. Somente quando o bloqueio em níveis médios e a anomalia de vorticidade potencial em níveis médios/altos se enfraqueceram, o ciclone em superfície se afastou da costa sul do Brasil.

Study of the equatorial Atlantic Ocean mixing layer using a one-dimensional turbulence model

The General Ocean Turbulence Model (GOTM) is applied to the diagnostic turbulence field of the mixing layer (ML) over the equatorial region of the Atlantic Ocean. Two situations were investigated: rainy and dry seasons, defined, respectively, by the presence of the intertropical convergence zone and by its northward displacement. Simulations were carried out using data from a PIRATA buoy located on the equator at 23º W to compute surface turbulent fluxes and from the NASA/GEWEX Surface Radiation Budget Project to close the surface radiation balance. A data assimilation scheme was used as a surrogate for the physical effects not present in the one-dimensional model. In the rainy season, results show that the ML is shallower due to the weaker surface stress and stronger stable stratification; the maximum ML depth reached during this season is around 15 m, with an averaged diurnal variation of 7 m depth. In the dry season, the stronger surface stress and the enhanced surface heat balance components enable higher mechanical production of turbulent kinetic energy and, at night, the buoyancy acts also enhancing turbulence in the first meters of depth, characterizing a deeper ML, reaching around 60 m and presenting an average diurnal variation of 30 m.

Estudo de caso de uma situação atmosférica entre 12 e 19 de setembro de 2008, com algumas características semelhantes ao evento Catarina

Este trabalho apresenta uma análise das condições sinótica e dinâmica associadas ao desenvolvimento do ciclone ocorrido entre 12 e 19 de setembro de 2008, com o objetivo de destacar diferenças e semelhanças com o ambiente em que se inseriu o evento Catarina em março de 2004. As principais semelhanças foram encontradas no padrão sinótico geral: a ocorrência de um padrão típico de bloqueio do tipo dipolo associado à anomalia de vorticidade potencial em altos níveis; cavado em níveis médios com inclinação para oeste; a presença de uma coluna de vorticidade ciclônica desde a superfície até a baixa estratosfera; e, em superfície, o padrão de uma alta ao sul de uma baixa pressão. Apesar das semelhanças no padrão geral, diferenças ocorreram entre os dois eventos que influenciaram na intensidade dos sistemas: o Catarina ocorreu em latitudes mais baixas em relação ao caso de setembro de 2008; o padrão típico de bloqueio associado ao caso de setembro de 2008 durou um dia e meio, enquanto no evento Catarina foi de três dias; a configuração da advecção de temperatura na camada entre 1000-500 hPa favoreceu o deslocamento do evento de setembro de 2008 para leste/sudeste, ao contrário do Catarina, a advecção de ar quente a leste do ciclone foi praticamente suprimida e a tendência de altura geopotencial passou a ser positiva, padrões que impedem o deslocamento do sistema para leste; no caso de setembro de 2008 o padrão da inversão do gradiente meridional de temperatura potencial na superfície de -2,0 unidade de vorticidade potencial (UVP) foi caracterizado pela incursão de uma região alongada de ar quente vinda do equador em direção ao sul e ar frio vinda do sul em direção ao equador, enquanto no caso Catarina a inversão ocorre pelo isolamento de uma bolha de ar frio ao norte e uma bolha de ar quente ao sul, o que pode ter contribuído para maior duração do padrão de bloqueio, pois a dissipação neste caso é dificultada. Sistemas como o Catarina podem ser raros no Atlântico Sul, mas isso não ocorre em relação ao ambiente sinótico em que se formou o Catarina. Para melhor entender o processo atmosférico que levou à formação do Catarina, é necessário realizar experimentos numéricos de sensibilidade para o caso de setembro de 2008 com o objetivo de verificar a possibilidade do ciclone extratropical se tornar um ciclone tropical.

Comparative analysis of microsatellite variability in five macaw species (Psittaciformes, Psittacidae): application for conservation

Cross-amplification was tested and variability in microsatellite primers (designed for Neotropical parrots) compared, in five macaw species, viz., three endangered blue macaws (Cyanopsitta spixii [extinct in the wild], Anodorhynchus leari [endangered] and Anodorhynchus hyacinthinus [vulnerable]), and two unthreatened red macaws (Ara chloropterus and Ara macao). Among the primers tested, 84.6% successfully amplified products in C. spixii, 83.3% in A. leari, 76.4% in A. hyacinthinus, 78.6% in A. chloropterus and 71.4% in A. macao. The mean expected heterozygosity estimated for each species, and based on loci analyzed in all the five, ranged from 0.33 (A. hyacinthinus) to 0.85 (A. macao). As expected, the results revealed lower levels of genetic variability in threatened macaw species than in unthreatened. The low combined probability of genetic identity and the moderate to high potential for paternity exclusion, indicate the utility of the microsatellite loci set selected for each macaw species in kinship and population studies, thus constituting an aid in planning in-situ and ex-situ conservation.

Numerical investigation of the three-dimensional secondary instabilities in the time-developing compressible mixing layer

Mixing layers are present in very different types of physical situations such as atmospheric flows, aerodynamics and combustion. It is, therefore, a well researched subject, but there are aspects that require further studies. Here the instability of two-and three-dimensional perturbations in the compressible mixing layer was investigated by numerical simulations. In the numerical code, the derivatives were discretized using high-order compact finite-difference schemes. A stretching in the normal direction was implemented with both the objective of reducing the sound waves generated by the shear region and improving the resolution near the center. The compact schemes were modified to work with non-uniform grids. Numerical tests started with an analysis of the growth rate in the linear regime to verify the code implementation. Tests were also performed in the non-linear regime and it was possible to reproduce the vortex roll-up and pairing, both in two-and three-dimensional situations. Amplification rate analysis was also performed for the secondary instability of this flow. It was found that, for essentially incompressible flow, maximum growth rates occurred for a spanwise wavelength of approximately 2/3 of the streamwise spacing of the vortices. The result demonstrated the applicability of the theory developed by Pierrehumbet and Widnall. Compressibility effects were then considered and the maximum growth rates obtained for relatively high Mach numbers (typically under 0.8) were also presented.

Estratégias de pré-concentração em eletroforese capilar (CE): parte 1. Manipulação da velocidade eletroforética do analito

Capillary electrophoresis has become a well-established and routine-based separation technique. It is based on the differences between charged analyte mobility in aqueous or organic electrolytes. Its major limitation is the sensitivity due to small sample injection volumes and the narrow diameter of the capillaries, especially when UV detection is used. There are a number of ways to increase the concentration sensitivity. This report shows some on-line preconcentration strategies to perform it in free solution capillary electrophoresis that are based on manipulation of the analyte electrophoretic velocity during the sample introduction (stacking, field amplification and transient isotachophoresis).

Oxidative DNA damage induced by S(IV) in the presence of Cu(II) and Cu(I) complexes

The DNA damage induced by S(IV) in the presence of some Cu(II) complexes in air saturated solution was investigated. The addition of S(IV) to an air saturated solution containing CuII GGA (GGA = glycylglycyl-L-alanine), CuII G3 (G3 = triglycine) or CuII G4 (G4 = tetraglycine) and Ni(II) traces, causes rapid formation of the respective Cu(III) complex, with simultaneous O2 uptake and S(IV) oxidation. SO3•- and HO• were detected by EPR-spin trapping experiments. The DNA strand breaks were attributed to the oxysulfur radicals formed. In the reduction of Cu(II)/BCA (BCA = 4,4' dicarboxy-2-2'-biquinoline) by S(IV), with CuI BCA complex formation, there is the possible formation of carbon centered radical of BCA or peroxyl radical (ROO•) capable of oxidizing DNA bases. The intensity of DNA damage in the presence of these Cu(II) complexes and S(IV) (10-300 µmol L-1) followed the order: CuII BCA ∼ CuII G4 ∼ Cu(II) (added as Cu(NO3)2) > CuII G3 ∼ CuII GGA. Specifically for CuII BCA the damage occurred even at lower S(IV) concentration (0.1 µmol L-1). For the Cu(II) complexes with glycylglycylhistidine, glycylhistidylglycine, glycylhistidyllysine and glycylglycyltyrosylarginine the Cu(III) formation and the DNA damage was not observed.

Paleoproductivity changes during the Late Quaternary in the southeastern Brazilian upper continental margin of the Southwestern Atlantic

Changes in the Brazilian continental margins oceanic productivity and circulation over the last 27,000 years were reconstructed based on sedimentological and microfaunal analyses. Our results suggest that oceanic paleoproductivity and the supply of terrigenous sediments to the Brazilian continental margin were higher during the Last Glacial Maximum (LGM) than during the Holocene. These changes may have been primarily influenced by significant sea level fluctuations that have occurred since the late Pleistocene. During the LGM, the lower sea level, higher productivity and lower sea-surface paleotemperatures may have been the result of the offshore displacement of the main flow of the Brazil Current. However, during the Holocene, the warm waters of the Brazil Current were displaced toward the coast. This displacement contributed to the increase in water temperature and prevented an increase in oceanic productivity. The decrease in terrigenous supply since the LGM could be related to the increase of the extension of the continental shelf and/or drier climatic conditions.

Histórias de vida de moradores de rua, situações de exclusão social e encontros transformadores

Este trabalho apresenta, a partir de histórias de vida, características do processo de "encontro transformador" entre dois moradores de rua e uma professora, que foi "ponto de apoio" positivo em suas vidas. O "encontro transformador" é interação entre os seres humanos que possibilita a transformação dos envolvidos, no sentido de despertar suas potencialidades, a retomada do sentido da vida, promovendo-lhes a resiliência, que é a capacidade humana de fazer frente às adversidades da vida, superá-las e sair delas fortalecidos e, inclusive, transformados. O estudo longitudinal realizado envolveu o resgate de histórias de vida, através de entrevistas abertas, fotografias, registros em Diário de Campo e desenhos feitos pelos sujeitos de observação. Na interpretação dos dados contemplou-se o emprego de conceitos de determinadas teorias de: Psicologia, Geografia, Sociologia, Direito, Ciências da Educação, Complexidade e Sistêmica, em diálogo entre diferentes disciplinas. A análise do fenômeno - em que o morar na rua surgiu como situação existencial excludente - revelou nova configuração nas psiques dos moradores de rua, em movimento de transformação. No fenômeno observado - complexo - desvelou-se a dificuldade dos moradores de rua estudados de se manterem no processo resiliente sem o apoio efetivo da Sociedade Civil e do Estado, a partir de políticas públicas voltadas para esse tipo de população. Conclui-se pela importância dos resultados deste trabalho como contribuição para a ampliação de processos de formação, não só de profissionais que atuam com moradores de rua como de integrantes da sociedade em geral, norteados por uma visão solidária de busca de cidadania para todos.

Prevalence of ehrlichial infection among dogs and ticks in Northeastern Brazil

This study investigated the epidemiology of canine ehrlichiosis in Northeastern Brazil, focusing the identification of the Ehrlichia species and vectors involved. Samples were collected from 472 domestic dogs residing in the health districts of Cajazeiras and Itapuã of Salvador city. The average prevalence of antibodies reactive to E. canis by immunofluorescent antibody test (IFAT) (titer > 1:80) was 35.6% (168/472). Blood samples from the E. canis-seropositive animals were tested by nested PCR in order to identify the Ehrlichia species responsible for the infection. Among the seropositives, 58 (34.5%) were found to be PCR-positive for E. canis. Ticks were found in 32 dogs. Nested-PCR analysis showed that 21.9% (7/32) of the Rhipicephalus sanguineus were infected by E. canis. In both dogs and Rhipicephalus sanguineus, nested-PCR for E. ewingii and E. chaffeensis was negative, with no amplification of DNA fragment.