Mesh traversal and sorting for efficient memory usage in scientific codes

Applications that operate on meshes are very popular in High Performance Computing (HPC) environments. In the past, many techniques have been developed in order to optimize the memory accesses for these datasets. Different loop transformations and domain decompositions are com- monly used for structured meshes. However, unstructured grids are more challenging. The memory accesses, based on the mesh connectivity, do not map well to the usual lin- ear memory model. This work presents a method to improve the memory performance which is suitable for HPC codes that operate on meshes. We develop a method to adjust the sequence in which the data are used inside the algorithm, by means of traversing and sorting the mesh. This sorted mesh can be transferred sequentially to the lower memory levels and allows for minimum data transfer requirements. The method also reduces the lower memory requirements dra- matically: up to 63% of the L1 cache misses are removed in a traditional cache system. We have obtained speedups of up to 2.58 on memory operations as measured in a general- purpose CPU. An improvement is also observed with se- quential access memories, where we have observed reduc- tions of up to 99% in the required low-level memory size.

A proposed two-stage two-tether scientific mission at Jupiter

A two-stage mission to place a spacecraft (SC) below the Jovian radiation belts, using a spinning bare tether with plasma contactors at both ends to provide propulsion and power,is proposed. Capture by Lorentz drag on the tether, at the periapsis of a barely hyperbolic equatorial orbit, is followed by a sequence of orbits at near-constant periapsis, drag finally bringing the SC down to a circular orbit below the halo ring. Although increasing both tether heating and bowing, retrograde motion can substantially reduce accumulated dose as compared with prograde motion, at equal tether-to-SC mass ratio. In the second stage,the tether is cut to a segment one order of magnitude smaller, with a single plasma contactor, making the SC to slowly spiral inward over severalmonths while generating large onboard power, which would allow multiple scientific applications, including in situ study of Jovian grains, auroral sounding of upper atmosphere, and space- and time-resolved observations of surface and subsurface.

Common motifs in scientific workflows: An empirical analysis

Workflow technology continues to play an important role as a means for specifying and enacting computational experiments in modern science. Reusing and re-purposing workflows allow scientists to do new experiments faster, since the workflows capture useful expertise from others. As workflow libraries grow, scientists face the challenge of finding workflows appropriate for their task, understanding what each workflow does, and reusing relevant portions of a given workflow.We believe that workflows would be easier to understand and reuse if high-level views (abstractions) of their activities were available in workflow libraries. As a first step towards obtaining these abstractions, we report in this paper on the results of a manual analysis performed over a set of real-world scientific workflows from Taverna, Wings, Galaxy and Vistrails. Our analysis has resulted in a set of scientific workflow motifs that outline (i) the kinds of data-intensive activities that are observed in workflows (Data-Operation motifs), and (ii) the different manners in which activities are implemented within workflows (Workflow-Oriented motifs). These motifs are helpful to identify the functionality of the steps in a given workflow, to develop best practices for workflow design, and to develop approaches for automated generation of workflow abstractions.

Frozen orbits for scientific missions using rotating tethers

We derive a semi-analytic formulation that permits to study the long-term dynamics of fast-rotating inert tethers around planetary satellites. Since space tethers are extensive bodies they generate non-keplerian gravitational forces which depend solely on their mass geometry and attitude, that can be exploited for controlling science orbits. We conclude that rotating tethers modify the geometry of frozen orbits, allowing for lower eccentricity frozen orbits for a wide range of orbital inclination, where the length of the tether becomes a new parameter that the mission analyst may use to shape frozen orbits to tighter operational constraints.

Entrevista a Eugene Garfield, director del Institute for Scientific Information (ISI) de Estados Unidos

El químico norteamericano Eugene Garfield es considerado por muchos investigadores como el "santón" de la documentación científica en el mundo. Bajo el prisma de Garfield y a través de publicaciones tan prestigiosas como "Current Contents" o "Science Citation Index", cualquier investigador puede conocer el índice de impacto que ha alcanzado su trabajo en la comunidad científica.

Vibrations loads in the process of designing scientific spacecraft payloads

Scientific missions constitute fundamental cornerstones of space agencies such as ESA and NASA. Modern astronomy could not be understood without the data provided by these missions. Scientists need to design very carefully onboard instruments. Payloads have to survive the crucial launch moment and later perform well in the really harsh space environ-ment. It is very important that the instrument conceptual idea can be engineered to sustain all those loads

Leveraging Semantics to Improve Reproducibility in Scientific Workflows

Reproducibility of published results is a cornerstone in scientific publishing and progress. Therefore, the scientific community has been encouraging authors and editors to publish their contributions in a verifiable and understandable way. Efforts such as the Reproducibility Initiative [1], or the Reproducibility Projects on Biology [2] and Psychology [3] domains, have been defining standards and patterns to assess whether an experimental result is reproducible.

Electrodynamic tether for scientific mission in low Jovian orbit

An electrodynamic bare tether is shown to allow carrying out scientific observations very close to Jupiter, for exploration of its surface and subsurface, and ionospheric and atmospheric in-situ measurements. Starting at a circular equatorial orbit of radius about 1.3/1.4 times the Jovian radius, continuous propellantless Lorentz drag on a thin-tape tether in the 1-5 km length range would make a spacecraft many times as heavy as the tape slowly spiral in, over a period of many months, while generating power at a load plugged in the tether circuit for powering instruments in science data acquisition and transmission. Lying under the Jovian radiation belts, the tape would avoid the most severe problem facing tethers in Jupiter, which are capable of producing both power and propulsion but, operating slowly, could otherwise accumulate too high a radiation dose . The tether would be made to spin in its orbit to keep taut; how to balance the Lorentz torque is discussed. Constraints on heating and bowing are also discussed, comparing conditions for prograde versus retrograde orbits. The system adapts well to the moderate changes in plasma density and motional electric field through the limited radial range in their steep gradients near Jupiter.

Experimental investigation of radio signal propagation in scientific facilities for telerobotic applications

Understanding the radio signal transmission characteristics in the environment where the telerobotic application is sought is a key part of achieving a reliable wireless communication link between a telerobot and a control station. In this paper, wireless communication requirements and a case study of a typical telerobotic application in an underground facility at CERN are presented. Then, the theoretical and experimental characteristics of radio propagation are investigated with respect to time, distance, location and surrounding objects. Based on analysis of the experimental findings, we show how a commercial wireless system, such as Wi-Fi, can be made suitable for a case study application at CERN.

Multidisciplinary Design Optimization Application to Conceptual Design of University-class Microsatellite Projects

Esta tesis se ha realizado en el contexto del proyecto UPMSat-2, que es un microsatélite diseñado, construido y operado por el Instituto Universitario de Microgravedad "Ignacio Da Riva" (IDR / UPM) de la Universidad Politécnica de Madrid. Aplicación de la metodología Ingeniería Concurrente (Concurrent Engineering: CE) en el marco de la aplicación de diseño multidisciplinar (Multidisciplinary Design Optimization: MDO) es uno de los principales objetivos del presente trabajo. En los últimos años, ha habido un interés continuo en la participación de los grupos de investigación de las universidades en los estudios de la tecnología espacial a través de sus propios microsatélites. La participación en este tipo de proyectos tiene algunos desafíos inherentes, tales como presupuestos y servicios limitados. Además, debido al hecho de que el objetivo principal de estos proyectos es fundamentalmente educativo, por lo general hay incertidumbres en cuanto a su misión en órbita y cargas útiles en las primeras fases del proyecto. Por otro lado, existen limitaciones predeterminadas para sus presupuestos de masa, volumen y energía, debido al hecho de que la mayoría de ellos están considerados como una carga útil auxiliar para el lanzamiento. De este modo, el costo de lanzamiento se reduce considerablemente. En este contexto, el subsistema estructural del satélite es uno de los más afectados por las restricciones que impone el lanzador. Esto puede afectar a diferentes aspectos, incluyendo las dimensiones, la resistencia y los requisitos de frecuencia. En la primera parte de esta tesis, la atención se centra en el desarrollo de una herramienta de diseño del subsistema estructural que evalúa, no sólo las propiedades de la estructura primaria como variables, sino también algunas variables de nivel de sistema del satélite, como la masa de la carga útil y la masa y las dimensiones extremas de satélite. Este enfoque permite que el equipo de diseño obtenga una mejor visión del diseño en un espacio de diseño extendido. La herramienta de diseño estructural se basa en las fórmulas y los supuestos apropiados, incluyendo los modelos estáticos y dinámicos del satélite. Un algoritmo genético (Genetic Algorithm: GA) se aplica al espacio de diseño para optimizaciones de objetivo único y también multiobjetivo. El resultado de la optimización multiobjetivo es un Pareto-optimal basado en dos objetivo, la masa total de satélites mínimo y el máximo presupuesto de masa de carga útil. Por otro lado, la aplicación de los microsatélites en misiones espaciales es de interés por su menor coste y tiempo de desarrollo. La gran necesidad de las aplicaciones de teledetección es un fuerte impulsor de su popularidad en este tipo de misiones espaciales. Las misiones de tele-observación por satélite son esenciales para la investigación de los recursos de la tierra y el medio ambiente. En estas misiones existen interrelaciones estrechas entre diferentes requisitos como la altitud orbital, tiempo de revisita, el ciclo de vida y la resolución. Además, todos estos requisitos puede afectar a toda las características de diseño. Durante los últimos años la aplicación de CE en las misiones espaciales ha demostrado una gran ventaja para llegar al diseño óptimo, teniendo en cuenta tanto el rendimiento y el costo del proyecto. Un ejemplo bien conocido de la aplicación de CE es la CDF (Facilidad Diseño Concurrente) de la ESA (Agencia Espacial Europea). Está claro que para los proyectos de microsatélites universitarios tener o desarrollar una instalación de este tipo parece estar más allá de las capacidades del proyecto. Sin embargo, la práctica de la CE a cualquier escala puede ser beneficiosa para los microsatélites universitarios también. En la segunda parte de esta tesis, la atención se centra en el desarrollo de una estructura de optimización de diseño multidisciplinar (Multidisciplinary Design Optimization: MDO) aplicable a la fase de diseño conceptual de microsatélites de teledetección. Este enfoque permite que el equipo de diseño conozca la interacción entre las diferentes variables de diseño. El esquema MDO presentado no sólo incluye variables de nivel de sistema, tales como la masa total del satélite y la potencia total, sino también los requisitos de la misión como la resolución y tiempo de revisita. El proceso de diseño de microsatélites se divide en tres disciplinas; a) diseño de órbita, b) diseño de carga útil y c) diseño de plataforma. En primer lugar, se calculan diferentes parámetros de misión para un rango práctico de órbitas helio-síncronas (sun-synchronous orbits: SS-Os). Luego, según los parámetros orbitales y los datos de un instrumento como referencia, se calcula la masa y la potencia de la carga útil. El diseño de la plataforma del satélite se estima a partir de los datos de la masa y potencia de los diferentes subsistemas utilizando relaciones empíricas de diseño. El diseño del subsistema de potencia se realiza teniendo en cuenta variables de diseño más detalladas, como el escenario de la misión y diferentes tipos de células solares y baterías. El escenario se selecciona, de modo de obtener una banda de cobertura sobre la superficie terrestre paralelo al Ecuador después de cada intervalo de revisita. Con el objetivo de evaluar las interrelaciones entre las diferentes variables en el espacio de diseño, todas las disciplinas de diseño mencionados se combinan en un código unificado. Por último, una forma básica de MDO se ajusta a la herramienta de diseño de sistema de satélite. La optimización del diseño se realiza por medio de un GA con el único objetivo de minimizar la masa total de microsatélite. Según los resultados obtenidos de la aplicación del MDO, existen diferentes puntos de diseños óptimos, pero con diferentes variables de misión. Este análisis demuestra la aplicabilidad de MDO para los estudios de ingeniería de sistema en la fase de diseño conceptual en este tipo de proyectos. La principal conclusión de esta tesis, es que el diseño clásico de los satélites que por lo general comienza con la definición de la misión y la carga útil no es necesariamente la mejor metodología para todos los proyectos de satélites. Un microsatélite universitario, es un ejemplo de este tipo de proyectos. Por eso, se han desarrollado un conjunto de herramientas de diseño para encarar los estudios de la fase inicial de diseño. Este conjunto de herramientas incluye diferentes disciplinas de diseño centrados en el subsistema estructural y teniendo en cuenta una carga útil desconocida a priori. Los resultados demuestran que la mínima masa total del satélite y la máxima masa disponible para una carga útil desconocida a priori, son objetivos conflictivos. En este contexto para encontrar un Pareto-optimal se ha aplicado una optimización multiobjetivo. Según los resultados se concluye que la selección de la masa total por satélite en el rango de 40-60 kg puede considerarse como óptima para un proyecto de microsatélites universitario con carga útil desconocida a priori. También la metodología CE se ha aplicado al proceso de diseño conceptual de microsatélites de teledetección. Los resultados de la aplicación del CE proporcionan una clara comprensión de la interacción entre los requisitos de diseño de sistemas de satélites, tales como la masa total del microsatélite y la potencia y los requisitos de la misión como la resolución y el tiempo de revisita. La aplicación de MDO se hace con la minimización de la masa total de microsatélite. Los resultados de la aplicación de MDO aclaran la relación clara entre los diferentes requisitos de diseño del sistema y de misión, así como que permiten seleccionar las líneas de base para el diseño óptimo con el objetivo seleccionado en las primeras fase de diseño. ABSTRACT This thesis is done in the context of UPMSat-2 project, which is a microsatellite under design and manufacturing at the Instituto Universitario de Microgravedad “Ignacio Da Riva” (IDR/UPM) of the Universidad Politécnica de Madrid. Application of Concurrent Engineering (CE) methodology in the framework of Multidisciplinary Design application (MDO) is one of the main objectives of the present work. In recent years, there has been continuing interest in the participation of university research groups in space technology studies by means of their own microsatellites. The involvement in such projects has some inherent challenges, such as limited budget and facilities. Also, due to the fact that the main objective of these projects is for educational purposes, usually there are uncertainties regarding their in orbit mission and scientific payloads at the early phases of the project. On the other hand, there are predetermined limitations for their mass and volume budgets owing to the fact that most of them are launched as an auxiliary payload in which the launch cost is reduced considerably. The satellite structure subsystem is the one which is most affected by the launcher constraints. This can affect different aspects, including dimensions, strength and frequency requirements. In the first part of this thesis, the main focus is on developing a structural design sizing tool containing not only the primary structures properties as variables but also the satellite system level variables such as payload mass budget and satellite total mass and dimensions. This approach enables the design team to obtain better insight into the design in an extended design envelope. The structural design sizing tool is based on the analytical structural design formulas and appropriate assumptions including both static and dynamic models of the satellite. A Genetic Algorithm (GA) is applied to the design space for both single and multiobejective optimizations. The result of the multiobjective optimization is a Pareto-optimal based on two objectives, minimum satellite total mass and maximum payload mass budget. On the other hand, the application of the microsatellites is of interest for their less cost and response time. The high need for the remote sensing applications is a strong driver of their popularity in space missions. The satellite remote sensing missions are essential for long term research around the condition of the earth resources and environment. In remote sensing missions there are tight interrelations between different requirements such as orbital altitude, revisit time, mission cycle life and spatial resolution. Also, all of these requirements can affect the whole design characteristics. During the last years application of the CE in the space missions has demonstrated a great advantage to reach the optimum design base lines considering both the performance and the cost of the project. A well-known example of CE application is ESA (European Space Agency) CDF (Concurrent Design Facility). It is clear that for the university-class microsatellite projects having or developing such a facility seems beyond the project capabilities. Nevertheless practicing CE at any scale can be beneficiary for the university-class microsatellite projects. In the second part of this thesis, the main focus is on developing a MDO framework applicable to the conceptual design phase of the remote sensing microsatellites. This approach enables the design team to evaluate the interaction between the different system design variables. The presented MDO framework contains not only the system level variables such as the satellite total mass and total power, but also the mission requirements like the spatial resolution and the revisit time. The microsatellite sizing process is divided into the three major design disciplines; a) orbit design, b) payload sizing and c) bus sizing. First, different mission parameters for a practical range of sun-synchronous orbits (SS-Os) are calculated. Then, according to the orbital parameters and a reference remote sensing instrument, mass and power of the payload are calculated. Satellite bus sizing is done based on mass and power calculation of the different subsystems using design estimation relationships. In the satellite bus sizing, the power subsystem design is realized by considering more detailed design variables including a mission scenario and different types of solar cells and batteries. The mission scenario is selected in order to obtain a coverage belt on the earth surface parallel to the earth equatorial after each revisit time. In order to evaluate the interrelations between the different variables inside the design space all the mentioned design disciplines are combined in a unified code. The integrated satellite system sizing tool developed in this section is considered as an application of the CE to the conceptual design of the remote sensing microsatellite projects. Finally, in order to apply the MDO methodology to the design problem, a basic MDO framework is adjusted to the developed satellite system design tool. Design optimization is done by means of a GA single objective algorithm with the objective function as minimizing the microsatellite total mass. According to the results of MDO application, there exist different optimum design points all with the minimum satellite total mass but with different mission variables. This output demonstrates the successful applicability of MDO approach for system engineering trade-off studies at the conceptual design phase of the design in such projects. The main conclusion of this thesis is that the classical design approach for the satellite design which usually starts with the mission and payload definition is not necessarily the best approach for all of the satellite projects. The university-class microsatellite is an example for such projects. Due to this fact an integrated satellite sizing tool including different design disciplines focusing on the structural subsystem and considering unknown payload is developed. According to the results the satellite total mass and available mass for the unknown payload are conflictive objectives. In order to find the Pareto-optimal a multiobjective GA optimization is conducted. Based on the optimization results it is concluded that selecting the satellite total mass in the range of 40-60 kg can be considered as an optimum approach for a university-class microsatellite project with unknown payload(s). Also, the CE methodology is applied to the remote sensing microsatellites conceptual design process. The results of CE application provide a clear understanding of the interaction between satellite system design requirements such as satellite total mass and power and the satellite mission variables such as revisit time and spatial resolution. The MDO application is done with the total mass minimization of a remote sensing satellite. The results from the MDO application clarify the unclear relationship between different system and mission design variables as well as the optimum design base lines according to the selected objective during the initial design phases.

Máquinas o atmósferas: La estética de la energía en la arquitectura, 1750-2000 = From Machines to Atmospheres: The Aesthetics of Energy in Architecture, 1750-2000

La energía es ya un tema arquitectónico, pero su incorporación al proyecto ha sido hasta ahora fundamentalmente técnica, dando pie a una especie de funcionalismo ecológico cuyo destino es acaso repetir los errores de los viejos funcionalismos en su confianza de encontrar modos ‘objetivos’ de transmutar la energía en forma construida, pero sin que en tal proceso parezca haber hueco para mediaciones de tipo estético. Sin embargo, son precisamente tales mediaciones las que necesitan analizarse para que la adopción de los temas energéticos resulte fructífera en la arquitectura, y asimismo para dar cuenta de otras perspectivas complementarias —filosóficas, científicas, artísticas— que hoy forman el complejo campo semántico de la energía. Partiendo de la fecha de 1750 —que da comienzo simbólicamente al proceso de contaminaciones ‘modernas’ entre la arquitectura y otras disciplinas—, esta tesis analiza los diferentes modos con los que proyectos y edificios han expresado literal y analógicamente ciertos temas o ideales energéticos, demostrando la existencia de una ‘estética de la energía’ en la arquitectura y también de una tradición proyectual e intelectual sostenida en ella. Con este fin, se han seleccionados siete metáforas que vinculan tanto técnica como ideológicamente a la arquitectura con la energía: la metáfora de la máquina, asociada al ideal de movimiento y la autorregulación; las metáforas del arabesco, del cristal y del organismo, afines entre sí en su modo de dar cuenta del principio de la morfogénesis o energía creadora de la naturaleza; la metáfora de la actividad interna de los materiales; la metáfora del gradiente, que expresa la condición térmica y climática de la arquitectura, y, finalmente, la de la atmósfera que, recogiendo los sentidos anteriores, los actualiza en el contexto de la estética contemporánea. La selección de estas siete metáforas se ha llevado a cabo después de un barrido exhaustivo de la bibliografía precedente, y ha estructurado un relato cuyo método combina la perspectiva general —que permite cartografiar las continuidades históricas— con la cercana —que atiende a las problemas específicos de cada tema o metáfora—, complementándolas con una aproximación de sesgo iconográfico cuyo propósito es incidir en los vínculos que se dan entre lo ideológico y lo morfológico. El análisis ha puesto de manifiesto cómo detrás de cada una de estas metáforas se oculta un principio ideológico común —la justificación de la arquitectura desde planteamientos externos procedentes de la ciencia, la filosofía y el arte—, y cómo en cada uno de los casos estudiados las asimilaciones más fructíferas de la energía se han producido según mecanismos de mímesis analógica que inciden más en los procesos que en las formas que estos generan, y que en último término son de índole estética, lo cual constituye un indicio de los métodos de la arquitectura por venir. ABSTRACT Although it is already an architectural theme, the matter of incorporating energy into projects has up to now been mainly technical, giving rise to a kind of ecological functionalism which may be bound to old funcionalist mistakes in hopes of finding “objective” ways of transmuting energy into built forms without aesthetic considerations. However, it is precisely such considerations that need to be analyzed if the adoption of energy issues in architecture is to bear fruit and also to account for other complementary perspectives – philosophical, scientific, artistic – which today form the complex fabric of the energy semantic field. Beginning in 1750 – symbolic start of ‘modern’ contaminations between architecture and other disciplines –, this thesis analyzes the different ways in which projects and buildings have literally and analogically expressed certain subjects or ideals on energy, and demonstrates the existence of an “aesthetics of energy” in architecture, as well as of an intellectual and design tradition based on such aesthetics. For this purpose, seven metaphors are selected to link energy to architecture both technically and ideologically: the machine’s metaphor, associated with the ideal of mouvement and self-regulation; the arabesque, glass and the organism’s metaphors, which account for the morphogenesis principle, i.e. creative energy of nature; the metaphor linked to matter and the ideal of internal activity; the gradient’s metaphor, which expressed the thermal and climatic condition of architecture, and, finally, that of the atmosphere which, collecting the above meanings, updates them in the context of contemporary aesthetics. The selection of these seven metaphors was carried out after a thorough scan of the preceding literature, and has structured a reasoning that combines the overview method – which accounts for historical continuities – with the nearby one – which meets the specifics problems of each theme or metaphor –, both supplemented with an iconographic bias, the purpose of which is to visually express the links existing between the ideological and the morphological. So presented, the analysis shows how, behind each of these metaphors, lies a common ideological principle – the justification of architecture from scientific, philosophical and artistic “external” angles –, and how in each of the studied cases the most successful assimilation of energy were those produced by aesthetic mechanisms of analogical mimesis not focused in forms but in processes that generate them: an indication of the methods of architecture to come.

Diseño de una metodología para la normalización del paisaje en España a partir del análisis de normas y de estudios cienciométricos: Aplicación al impacto paisajístico de las infraestructuras de transporte

La presente tesis se enmarca dentro de los trabajos realizados en el Proyecto CENIT OASIS (Operación de Autopistas Seguras Inteligentes y Sostenibles) sobre el impacto y la integración paisajística de las autopistas, y en los trabajos realizados por el grupo de trabajo GT 13 (paisaje) dentro del comité técnico nacional CTN 157 (proyectos) para normalización del Paisaje en España, del que la doctoranda es secretaria técnica. El objetivo principal de esta tesis es desarrollar una Metodología que permita la normalización del paisaje en España. Por ello, establece las bases para el desarrollo científico y profesional en el ámbito del paisaje, a través de la caracterización de la actividad científica y de la actividad normalizadora internacional. Para después elaborar una propuesta de documentos normativos para su regulación en España. Por último, se pone en práctica la única de las normas aplicables a un caso real, concretamente en la AP-7 a su paso por la provincia de Gerona. La caracterización de la actividad científica en el ámbito del paisaje proporciona una visión global que sirve de referencia a las futuras investigaciones en la materia, no existente hasta la fecha. Entre los múltiples resultados, se identifican las áreas de conocimiento y disciplinas afines desde las que se aborda el paisaje, se analiza la evolución de las temáticas y líneas de investigación en el campo, se determina la distribución e impacto de la producción científica, destacando los países y centros de investigación punteros y sus colaboraciones, y se determinan las publicaciones más destacadas en la materia. La caracterización de la actividad normativa internacional hasta la fecha supone un referente en este campo, habiendo traducido, analizado y clasificado decenas de documentos sobre temas como la terminología, la profesión de paisajista, las reglas generales para las intervenciones en el paisaje, las normas para la protección del paisaje y normas para la evaluación del impacto paisajístico. La tesis desarrolla tres documentos normativos, que se espera sean el germen de los futuros documentos legales para normalización del Paisaje en España. El principal objetivo de la normalización es dotar a los profesionales de las herramientas necesarias para desarrollar sus intervenciones en el paisaje. Para ello, se ha elaborado un documento normativo sobre terminología del concepto clave y los términos asociados en castellano, que sirva de referencia para un futuro documento normativo; un documento normativo que regule los estudios de integración e impacto paisajístico en España, definiendo una serie de pautas que ayuden a los profesionales a desarrollar los proyectos de intervención en el paisaje; un documento que regule y defina la profesión de arquitecto paisajista, identificando sus capacidades, formaciones y competencias. Por último, el documento de impacto e integración paisajística se aplica a un caso concreto de infraestructuras del transporte, dentro del proyecto OASIS, sirviendo como ejemplo a los profesionales de la materia para desarrollar futuras intervenciones. El enfoque de este documento coincide con el de paisaje ecológico, el análisis del paisaje se aborda desde lo visible (fenosistema) y desde los procesos que lo conforman (criptosistema). Y las medidas de integración pretenden conseguir que la infraestructura forme parte del paisaje y de los procesos que ocurren en él, lo que en la tesis se define como Infraestructuras Verdes. ABSTRACT The thesis is within the framework of the CENIT OASIS Project (Operation of Safe, Intelligent and Sustainable Highways) about the landscape impact and integration of highways, and the work done by the working group GT 13 (landscape) in the national technical committee CTN 157 (projects) for landscape standardization in Spain, of which the PhD is technical secretary. The main objective of this thesis is to develop a Methodology that allows the landscape standardization in Spain. Therefore, it establishes the basis for the scientific and professional development in the landscape field, through the characterization of scientific and international normalizing activity. It concludes with the proposal of regulatory documents for its use in Spain. Finally, it implements the only of the rules applicable to a real case, specifically in the AP- 7 passing through the Gerona province. The characterization of scientific activity in the landscape field provides an overview that is a reference in the researches in this field, non-existent to date. Among the many results, the areas of knowledge and related disciplines, from which the landscape is addressed, are identified; the evolution of topics and lines of research in the field are analyzed; the distribution and impact of scientific production is determined, highlighting the countries and leading research centers and collaborations; and the leading publications in the field are determined. The characterization of the international regulatory activity to date is a model in this field, having translated, analyzed and classified dozens of papers about terminology, the landscapist profession, general rules for intervention in the landscape, standards for the landscape protection and rules for the assessment of landscape impact. The thesis develops three normative documents, which are expected to be the germ of future legal documents for standardization landscape in Spain. The main objective of standardization is to provide the necessary tools for professionals who work developing interventions in the landscape. To do this, it has been developed a normative document about terminology on the key concept and the associated terms in Castilian, as a reference for a future normative document; a normative document that regulates studies of landscape integration and impact in Spain, defining a set of guidelines to help professionals to develop intervention projects in the landscape; a document to regulate and define the activities developed by the professionals, defining the profession of landscape architect, their capabilities and competencies. Finally, the document of landscape impact and integration is applied to a particular case of transport infrastructures within the OASIS project, serving as an example to professionals in the field to develop future interventions. The focus of this document coincides with the ecological landscape; the landscape analysis is approached from the visible (fenosystem) and from the processes that shape it (cryptosystem); and integration measures aim to achieve that the infrastructure take part of the landscape and its existing processes, which in this thesis is defined as Green Infrastructures.

Task-based telemanipulation for maintenance in large scientific facilities

This thesis presents a task-oriented approach to telemanipulation for maintenance in large scientific facilities, with specific focus on the particle accelerator facilities at European Organization for Nuclear Research (CERN) in Geneva, Switzerland and GSI Helmholtz Centre for Heavy Ion Research (GSI) in Darmstadt, Germany. It examines how telemanipulation can be used in these facilities and reviews how this differs from the representation of telemanipulation tasks within the literature. It provides methods to assess and compare telemanipulation procedures as well a test suite to compare telemanipulators themselves from a dexterity perspective. It presents a formalisation of telemanipulation procedures into a hierarchical model which can be then used as a basis to aid maintenance engineers in assessing tasks for telemanipulation, and as the basis for future research. The model introduces a new concept of Elemental Actions as the building block of telemanipulation movements and incorporates the dependent factors for procedures at a higher level of abstraction. In order to gain insight into realistic tasks performed by telemanipulation systems within both industrial and research environments a survey of teleoperation experts is presented. Analysis of the responses is performed from which it is concluded that there is a need within the robotics community for physical benchmarking tests which are geared towards evaluating the dexterity of telemanipulators for comparison of their dexterous abilities. A three stage test suite is presented which is designed to allow maintenance engineers to assess different telemanipulators for their dexterity. This incorporates general characteristics of the system, a method to compare kinematic reachability of multiple telemanipulators and physical test setups to assess dexterity from a both a qualitative perspective and measurably by using performance metrics. Finally, experimental results are provided for the application of the proposed test suite onto two telemanipulation systems, one from a research setting and the other within CERN. It describes the procedure performed and discusses comparisons between the two systems, as well as providing input from the expert operator of the CERN system.

Rocks are human beings: researching the humanizing metaphor in earth science scientific texts

This paper describes a corpus-based analysis of the humanizing metaphor and supports that constitutive metaphor in science and technology may be highly metaphorical and active. The study, grounded in Lakoff’s Theory of Metaphor and in Langacker’s relational networks, consists of two phases: firstly, Earth Science metaphorical terms were extracted from databases and dictionaries and, then, contextualized by means of the “Wordsmith” tool in a digitalized corpus created to establish their productivity. Secondly, the terms were classified to disclose the main conceptual metaphors underlying them; then, the mappings and the relational networks of the metaphor were described. Results confirm the systematicity and productivity of the metaphor in this field, show evidence that metaphoricity of scientific terms is gradable, and support that Earth Science metaphors are not only created in terms of their concrete salient properties and attributes, but also on abstract human anthropocentric projections.

Nanoinformatics approaches for information extraction and text mining in nanomedical research texts

La nanotecnología es un área de investigación de reciente creación que trata con la manipulación y el control de la materia con dimensiones comprendidas entre 1 y 100 nanómetros. A escala nanométrica, los materiales exhiben fenómenos físicos, químicos y biológicos singulares, muy distintos a los que manifiestan a escala convencional. En medicina, los compuestos miniaturizados a nanoescala y los materiales nanoestructurados ofrecen una mayor eficacia con respecto a las formulaciones químicas tradicionales, así como una mejora en la focalización del medicamento hacia la diana terapéutica, revelando así nuevas propiedades diagnósticas y terapéuticas. A su vez, la complejidad de la información a nivel nano es mucho mayor que en los niveles biológicos convencionales (desde el nivel de población hasta el nivel de célula) y, por tanto, cualquier flujo de trabajo en nanomedicina requiere, de forma inherente, estrategias de gestión de información avanzadas. Desafortunadamente, la informática biomédica todavía no ha proporcionado el marco de trabajo que permita lidiar con estos retos de la información a nivel nano, ni ha adaptado sus métodos y herramientas a este nuevo campo de investigación. En este contexto, la nueva área de la nanoinformática pretende detectar y establecer los vínculos existentes entre la medicina, la nanotecnología y la informática, fomentando así la aplicación de métodos computacionales para resolver las cuestiones y problemas que surgen con la información en la amplia intersección entre la biomedicina y la nanotecnología. Las observaciones expuestas previamente determinan el contexto de esta tesis doctoral, la cual se centra en analizar el dominio de la nanomedicina en profundidad, así como en el desarrollo de estrategias y herramientas para establecer correspondencias entre las distintas disciplinas, fuentes de datos, recursos computacionales y técnicas orientadas a la extracción de información y la minería de textos, con el objetivo final de hacer uso de los datos nanomédicos disponibles. El autor analiza, a través de casos reales, alguna de las tareas de investigación en nanomedicina que requieren o que pueden beneficiarse del uso de métodos y herramientas nanoinformáticas, ilustrando de esta forma los inconvenientes y limitaciones actuales de los enfoques de informática biomédica a la hora de tratar con datos pertenecientes al dominio nanomédico. Se discuten tres escenarios diferentes como ejemplos de actividades que los investigadores realizan mientras llevan a cabo su investigación, comparando los contextos biomédico y nanomédico: i) búsqueda en la Web de fuentes de datos y recursos computacionales que den soporte a su investigación; ii) búsqueda en la literatura científica de resultados experimentales y publicaciones relacionadas con su investigación; iii) búsqueda en registros de ensayos clínicos de resultados clínicos relacionados con su investigación. El desarrollo de estas actividades requiere el uso de herramientas y servicios informáticos, como exploradores Web, bases de datos de referencias bibliográficas indexando la literatura biomédica y registros online de ensayos clínicos, respectivamente. Para cada escenario, este documento proporciona un análisis detallado de los posibles obstáculos que pueden dificultar el desarrollo y el resultado de las diferentes tareas de investigación en cada uno de los dos campos citados (biomedicina y nanomedicina), poniendo especial énfasis en los retos existentes en la investigación nanomédica, campo en el que se han detectado las mayores dificultades. El autor ilustra cómo la aplicación de metodologías provenientes de la informática biomédica a estos escenarios resulta efectiva en el dominio biomédico, mientras que dichas metodologías presentan serias limitaciones cuando son aplicadas al contexto nanomédico. Para abordar dichas limitaciones, el autor propone un enfoque nanoinformático, original, diseñado específicamente para tratar con las características especiales que la información presenta a nivel nano. El enfoque consiste en un análisis en profundidad de la literatura científica y de los registros de ensayos clínicos disponibles para extraer información relevante sobre experimentos y resultados en nanomedicina —patrones textuales, vocabulario en común, descriptores de experimentos, parámetros de caracterización, etc.—, seguido del desarrollo de mecanismos para estructurar y analizar dicha información automáticamente. Este análisis concluye con la generación de un modelo de datos de referencia (gold standard) —un conjunto de datos de entrenamiento y de test anotados manualmente—, el cual ha sido aplicado a la clasificación de registros de ensayos clínicos, permitiendo distinguir automáticamente los estudios centrados en nanodrogas y nanodispositivos de aquellos enfocados a testear productos farmacéuticos tradicionales. El presente trabajo pretende proporcionar los métodos necesarios para organizar, depurar, filtrar y validar parte de los datos nanomédicos existentes en la actualidad a una escala adecuada para la toma de decisiones. Análisis similares para otras tareas de investigación en nanomedicina ayudarían a detectar qué recursos nanoinformáticos se requieren para cumplir los objetivos actuales en el área, así como a generar conjunto de datos de referencia, estructurados y densos en información, a partir de literatura y otros fuentes no estructuradas para poder aplicar nuevos algoritmos e inferir nueva información de valor para la investigación en nanomedicina. ABSTRACT Nanotechnology is a research area of recent development that deals with the manipulation and control of matter with dimensions ranging from 1 to 100 nanometers. At the nanoscale, materials exhibit singular physical, chemical and biological phenomena, very different from those manifested at the conventional scale. In medicine, nanosized compounds and nanostructured materials offer improved drug targeting and efficacy with respect to traditional formulations, and reveal novel diagnostic and therapeutic properties. Nevertheless, the complexity of information at the nano level is much higher than the complexity at the conventional biological levels (from populations to the cell). Thus, any nanomedical research workflow inherently demands advanced information management. Unfortunately, Biomedical Informatics (BMI) has not yet provided the necessary framework to deal with such information challenges, nor adapted its methods and tools to the new research field. In this context, the novel area of nanoinformatics aims to build new bridges between medicine, nanotechnology and informatics, allowing the application of computational methods to solve informational issues at the wide intersection between biomedicine and nanotechnology. The above observations determine the context of this doctoral dissertation, which is focused on analyzing the nanomedical domain in-depth, and developing nanoinformatics strategies and tools to map across disciplines, data sources, computational resources, and information extraction and text mining techniques, for leveraging available nanomedical data. The author analyzes, through real-life case studies, some research tasks in nanomedicine that would require or could benefit from the use of nanoinformatics methods and tools, illustrating present drawbacks and limitations of BMI approaches to deal with data belonging to the nanomedical domain. Three different scenarios, comparing both the biomedical and nanomedical contexts, are discussed as examples of activities that researchers would perform while conducting their research: i) searching over the Web for data sources and computational resources supporting their research; ii) searching the literature for experimental results and publications related to their research, and iii) searching clinical trial registries for clinical results related to their research. The development of these activities will depend on the use of informatics tools and services, such as web browsers, databases of citations and abstracts indexing the biomedical literature, and web-based clinical trial registries, respectively. For each scenario, this document provides a detailed analysis of the potential information barriers that could hamper the successful development of the different research tasks in both fields (biomedicine and nanomedicine), emphasizing the existing challenges for nanomedical research —where the major barriers have been found. The author illustrates how the application of BMI methodologies to these scenarios can be proven successful in the biomedical domain, whilst these methodologies present severe limitations when applied to the nanomedical context. To address such limitations, the author proposes an original nanoinformatics approach specifically designed to deal with the special characteristics of information at the nano level. This approach consists of an in-depth analysis of the scientific literature and available clinical trial registries to extract relevant information about experiments and results in nanomedicine —textual patterns, common vocabulary, experiment descriptors, characterization parameters, etc.—, followed by the development of mechanisms to automatically structure and analyze this information. This analysis resulted in the generation of a gold standard —a manually annotated training or reference set—, which was applied to the automatic classification of clinical trial summaries, distinguishing studies focused on nanodrugs and nanodevices from those aimed at testing traditional pharmaceuticals. The present work aims to provide the necessary methods for organizing, curating and validating existing nanomedical data on a scale suitable for decision-making. Similar analysis for different nanomedical research tasks would help to detect which nanoinformatics resources are required to meet current goals in the field, as well as to generate densely populated and machine-interpretable reference datasets from the literature and other unstructured sources for further testing novel algorithms and inferring new valuable information for nanomedicine.