Régulation du métabolisme des ARNm par les voies de signalisation MAPK et mTOR

Il est à ce jour bien établi que la régulation de l’expression génique dépend en grande partie des évènements post-transcriptionnels et que la traduction des ARNm tient un rôle de premier plan dans ces processus. Elle est particulièrement importante pour définir le protéome, maintenir l’homéostasie et contrôler la croissance et la prolifération cellulaire. De nombreuses pathologies humaines telles que le cancer découlent de dérèglements de la synthèse protéique. Ceci souligne l’importance d’une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires contribuant au contrôle de la traduction des ARNm. Le facteur d’initiation eIF4E est essentiel à la traduction et son activité est régulée par ses partenaires protéiques dont font partie les protéines 4E-BP et 4E-T. Les voies de signalisation PI3K/mTOR et MAPK qui sont fortement impliquées dans l’étiologie du cancer, contrôlent la traduction en modulant l’activité d’eIF4E via l’inhibition des protéines 4E-BP et la localisation de 4E-T. Afin d’améliorer notre compréhension des mécanismes régulant la traduction des ARNm, nous avons utilisé plusieurs approches. Tout d’abord, nous avons caractérisé les mécanismes par lesquels le complexe mTORC1 est activé en réponse aux facteurs de croissance et avons déterminé que la kinase RSK, en aval de la voie Ras/ERK, contrôle directement l’activité de mTORC1 en phosphorylant Raptor, la sous-unité régulatrice du complexe mTORC1. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés au rôle joué par mTORC1 dans l’initiation de la traduction. Pour cela, nous avons réalisé un criblage protéomique dans le but d’identifier de nouveaux facteurs sous le contrôle de mTORC1 qui participent activement à la traduction. Ces travaux ont ainsi permis l’identification de la protéine de liaison à l’ARN LARP1 comme effecteur majeur de la traduction des ARNm et de la croissance cellulaire en aval de mTORC1. Finalement, notre étude de l’effet du stress oxydant dans la répression de la traduction nous a permis de montrer que la kinase JNK contrôle la localisation du répresseur 4E-T au sein des P-bodies, qui sont des granules cytoplasmiques concentrant des ARNm non traduits et des facteurs de la dégradation des ARNm. Nos travaux ont donc abouti à la découverte de mécanismes moléculaires cruciaux impliqués dans la régulation de la traduction des ARNm et de la synthèse protéique. Ces derniers étant largement impliqués dans la prolifération cellulaire et la croissance tumorale, nos recherches ouvrent sur un champ d’investigation plus large pour le développement de nouvelles molécules anti-cancéreuses.

Strategies for revascularizing the ischemic retina

Les rétinopathies ischémiques (RI) sont la cause majeure de cécité chez les personnes âgées de moins de 65 ans. Il existe deux types de RIs soit la rétinopathie du prématuré (ROP) ainsi que la rétinopathie diabétique (RD). Les RIs sont décrites en deux phases soit la phase de vasooblitération, marquée par une perte importante de vaisseaux sanguins, et une phase de néovascularisation secondaire à lʼischémie menant à une croissance pathologique de vaisseaux. Cette seconde phase peut générer des complications cliniques telles quʼun oedème dans lʼhumeur vitré ainsi que le détachement de la rétine chez les patients déjà atteints dʼune RI. Les traitements approuvés pour les RIs visent à réduire la formation des vaisseaux pathologiques ou lʼoedème; mais ceux-ci malheureusement ne règlent pas les problèmes sous-jacents tels que la perte vasculaire et lʼischémie. La rétine est un tissu hautement vascularisé qui contribue à lʼirrigation et à lʼhoméostasie des neurones. Lʼinteraction neurovasculaire, comprenant de neurones, vaisseaux et cellules gliales, contribue au maintien de cette homéostasie. Durant le développement, les neurones et les cellules gliales jouent un rôle important dans la vascularisation de la rétine en sécrétant des facteurs qui stimulent l'angiogenèse. Cependant, nos connaissances sur lʼinteraction neurovasculaire dans les RIs sont limitées. En identifiant les interactions importantes entre les cellules composant cette unité neurovasculaire dans la rétine, nous pourrons viser des cibles qui engendreront une revascularisation seine afin de diminuer les signes pathologiques chez les patients atteints dʼune RI. Les travaux présentés dans cette thèse visent à mieux expliquer cette interaction neurovasculaire en soulignant des concepts importants propres aux RIs. En utilisant un modèle de rétinopathie induite par lʼoxygène chez la souris, qui reproduit les caractéristiques importantes de la ROP (et en certaines instances, la RD), nous identifions quelques molécules clés jouant un rôle significatif dans les RIs soit la sémaphorine 3A (sema3A), lʼIL-1β, ainsi que le récepteur PAR2. Nos résultats démontrent que Sema3A, sécrétée par les cellules ganglionnaires rétiniennes (CGRs) durant une ischémie, empêche la revascularisation normale et que cette expression est induite par lʼIL-1β provenant des microglies activées. En bloquant Sema3A directement ou via lʼinhibition de lʼIL- 1β, nous remarquons une revascularisation seine ainsi quʼune diminution importante des vaisseaux pathologiques. Cela nous indique que Sema3A est impliquée dans la guidance vasculaire et quʼelle contribue à la pathogenèse des RIs. Lʼactivation de façon exogène de PAR2, identifié aussi comme régulateur du récepteur de lʼIL-1β (IL- 1RI) sur les CGRs, se traduit par une diminution séquentielle de lʼIL-1RI et de Sema3A ce qui mène également à une revascularisation seine. En conclusion, ces travaux soulignent lʼimportance de lʼinteraction neurovasculaire ainsi que la guidance vasculaire dans les RIs. Ils renforcent lʼimportance de la communication entre neurone, vaisseau et microglie dans la pathogenèse des RIs. Finalement, nous identifions quelques molécules clés qui pourront servir comme cibles afin de lutter contre lʼischémie qui cause des problèmes vasculaires chez les patients atteints dʼune RI.

Modélisation de l'irradiance solaire totale et spectrale et applications à la chimie stratosphérique terrestre

Cette thèse présente des reconstructions de l'irradiance totale et spectrale durant les 400 dernières années à l'aide des modèles pour l'irradiance totale et l'irradiance spectrale dans l'ultraviolet développés à l'Université de Montréal. Tous deux sont basés sur la simulation de l'émergence, de la fragmentation et de l'érosion des taches solaires, qui permet d'obtenir une distribution de l'aire des taches sombres et des facules brillantes en fonction du temps. Ces deux composantes sont principalement responsables de la variation de l'irradiance sur l'échelle de temps de la décennie, qui peut être calculée en sommant leur émissivité à celle de la photosphère inactive. La version améliorée du modèle d'irradiance solaire spectrale MOCASSIM inclut une extension de son domaine spectral entre 150 et 400 nm ainsi que de son domaine temporel, débutant originalement en 1874 et couvrant maintenant la période débutant en 1610 jusqu'au présent. Cela permet de reconstruire le spectre ultraviolet durant le minimum de Maunder et de le comparer à celui du minimum de 2009. Les conclusions tirées de cette étude spécifient que l'émissivité dans l'ultraviolet était plus élevée en 2009 que durant le minimum de Maunder, que le niveau de base de la photosphère non magnétisée contribuait pour environ les deux tiers de cette différence et que les structures magnétiques restantes étaient responsables pour le tiers restant. Le modèle d'irradiance totale a vu son domaine temporel étendu sur la même période et une composante représentant le réseau magnétique de façon réaliste y a été ajoutée. Il a été démontré que les observations des 30 dernières années ne sont bien reproduites qu'en incluant la composante du Soleil non magnétisé variable à long terme. Le processus d'optimisation des paramètres libres du modèle a été effectué en minimisant le carré de la somme de l'écart journalier entre les résultats des calculs et les données observées. Les trois composites disponibles, soit celui du PMOD (Physikalisch Meteorologisches Observatorium Davos), d'ACRIM (ACtive Radiometer Irradiance Monitor) et du IRMB (Institut Royal Météorologique de Belgique), ne sont pas en accord entre eux, en particulier au niveau des minima du cycle d'activité, et le modèle permet seulement de reproduire celui du PMOD avec exactitude lorsque la composante variable à long terme est proportionnelle au flux radio à 10.7 cm. Toutefois, en utilisant des polynômes de Lagrange pour représenter la variation du Soleil inactif, l'accord est amélioré pour les trois composites durant les minima, bien que les relations entre le niveau minimal de l'irradiance et la longueur du cycle précédent varient d'un cas à l'autre. Les résultats obtenus avec le modèle d'irradiance spectrale ont été utilisés dans une étude d'intercomparaison de la réponse de la photochimie stratosphérique à différentes représentations du spectre solaire. Les simulations en mode transitoire d'une durée de 10 jours ont été effectuées avec un spectre solaire constant correspondant soit à une période d'activité minimale ou à une période d'activité maximale. Ceci a permis d'évaluer la réponse de la concentration d'ozone à la variabilité solaire au cours d'un cycle et la différence entre deux minima. En plus de ceux de MOCASSIM, les spectres produits par deux modèles ont été utilisés (NRLSSI et MGNM) ainsi que les données de SIM et SOLSTICE/SORCE. La variabilité spectrale de chacun a été extraite et multipliée à un spectre de base représentant le minimum d'activité afin de simuler le spectre au maximum d'activité. Cela a été effectué dans le but d'isoler l'effet de la variabilité seule et d'exclure celui de la valeur absolue du spectre. La variabilité spectrale d'amplitude relativement élevée des observations de SORCE n'a pas provoqué l'inversion de la réponse de l'ozone à hautes altitudes obtenues par d'autres études, ce qui peut être expliqué par la nature même du modèle utilisé ainsi que par sa limite supérieure en altitude. Finalement, la réponse de l'ozone semble être à peu près proportionnelle à la variabilité de l'intégrale du flux pour lambda<241 nm. La comparaison des concentrations d'ozone obtenues avec les spectres originaux au minimum d'activité démontre que leur différence est du même ordre de grandeur que la variabilité entre le minimum et le maximum d'un cycle typique. Le problème du choix de la reconstruction de l'irradiance à utiliser pour les simulations climatiques dans le passé demeure non résolu.

Désintégration du faux vide médiée par des kinks en 1+1 dimensions

Dans ce mémoire, on étudie la désintégration d’un faux vide, c’est-à-dire un vide qui est un minimum relatif d’un potentiel scalaire par effet tunnel. Des défauts topologiques en 1+1 dimension, appelés kinks, apparaissent lorsque le potentiel possède un minimum qui brise spontanément une symétrie discrète. En 3+1 dimensions, ces kinks deviennent des murs de domaine. Ils apparaissent par exemple dans les matériaux magnétiques en matière condensée. Un modèle à deux champs scalaires couplés sera étudié ainsi que les solutions aux équations du mouvement qui en découlent. Ce faisant, on analysera comment l’existence et l’énergie des solutions statiques dépend des paramètres du modèle. Un balayage numérique de l’espace des paramètres révèle que les solutions stables se trouvent entre les zones de dissociation, des régions dans l’espace des paramètres où les solutions stables n’existent plus. Le comportement des solutions instables dans les zones de dissociation peut être très différent selon la zone de dissociation dans laquelle une solution se trouve. Le potentiel consiste, dans un premier temps, en un polynôme d’ordre six, auquel on y rajoute, dans un deuxième temps, un polynôme quartique multiplié par un terme de couplage, et est choisi tel que les extrémités du kink soient à des faux vides distincts. Le taux de désintégration a été estimé par une approximation semi-classique pour montrer l’impact des défauts topologiques sur la stabilité du faux vide. Le projet consiste à déterminer les conditions qui permettent aux kinks de catalyser la désintégration du faux vide. Il appert qu’on a trouvé une expression pour déterminer la densité critique de kinks et qu’on comprend ce qui se passe avec la plupart des termes.

Évolution à fine échelle des sites d'épissage des introns dans les gènes des oomycètes

Les introns sont des portions de gènes transcrites dans l’ARN messager, mais retirées pendant l’épissage avant la synthèse des produits du gène. Chez les eucaryotes, on rencontre les introns splicéosomaux, qui sont retirés de l’ARN messager par des splicéosomes. Les introns permettent plusieurs processus importants, tels que l'épissage alternatif, la dégradation des ARNs messagers non-sens, et l'encodage d'ARNs fonctionnels. Leurs rôles nous interrogent sur l'influence de la sélection naturelle sur leur évolution. Nous nous intéressons aux mutations qui peuvent modifier les produits d'un gène en changeant les sites d'épissage des introns. Ces mutations peuvent influencer le fonctionnement d'un organisme, et constituent donc un sujet d'étude intéressant, mais il n'existe actuellement pas de logiciels permettant de les étudier convenablement. Le but de notre projet était donc de concevoir une méthode pour détecter et analyser les changements des sites d'épissage des introns splicéosomaux. Nous avons finalement développé une méthode qui repère les évènements évolutifs qui affectent les introns splicéosomaux dans un jeu d'espèces données. La méthode a été exécutée sur un ensemble d'espèces d'oomycètes. Plusieurs évènements détectés ont changé les sites d’épissage et les protéines, mais de nombreux évènements trouvés ont modifié les introns sans affecter les produits des gènes. Il manque à notre méthode une étape finale d'analyse approfondie des données récoltées. Cependant, la méthode actuelle est facilement reproductible et automatise l'analyse des génomes pour la détection des évènements. Les fichiers produits peuvent ensuite être analysés dans chaque étude pour répondre à des questions spécifiques.

Acetalization of ketones on K-10 clay and rare earth exchanged HFAU-Y zeolites: A mild and facile procedure for the synthesis of dimethylacetals

Dimethylacetals of ketones; cyclohexanone, acetophenone, and benzophenone have been prepared by reacting ketones with methanol under mild reaction conditions. Large pore zeolites (H-Y and its rare earth metal, Ce3+, La3+, and RE3+ modified forms), and mesoporous clay (K-10 montmorillonite and its cerium exchanged counterpart) with regular pore structure, silica and silica-alumina have been used as catalysts. Clay catalysts are found to be much more active than zeolites, thanks to slightly bigger pore size. The nature of the pores of the solid acid catalysts determine acetalization efficiency of a particular catalyst. As evidenced by the reaction time studies, the catalyst decay is greater over the zeolites than over the clays. Carrying out the reaction with ketones of different molecular sizes it is shown that K-10 clays and rare earth exchanged H-Y zeolites are promising environmentally friendly catalysts for their use in the production fine chemicals.

Effect of pore size on the catalytic activities of K-I 0 clay and H-zeolites for the acetalization of ketones with methanol

One-pot acetalizations of cyclohexanone. acetophenone and benzophenone were carried out using methanol over H-montmorillonite clay (a mesoporous material). silica, alumina, and different zeolites such as HFAU-Y.HBeta, H-ZSM-5, and H-mordenite. In all the cases a single product-the corresponding dimethylacetal-was obtained in high yields. Hemiacetal formation was not observed with any catalyst. A comparison of catalytic activity indicated that montmorillonite K-10 is the most active catalyst for the reaction. As evidenced by the reaction time studies, the catalyst decay is greater over the zeolite catalyst than over the clay.

Photoconductivity studies on some semiconducting thin films for photovoltaic applications

Photoconductivity (PC) processes may be the most suitable technique for obtaining information about the states in the gap. It finds applications in photovoItaics, photo detection and radiation measurements. The main task in the area of photovoltaics, is to increase the efficiency of the device and also to develop new materials with good optoelectronic properties useful for energy conversion, keeping the idea of cost effectiveness. Photoconduction includes generation and recombination of carriers and their transport to the electrodes. So thermal relaxation process, charge carrier statistics, effects of electrodes and several mechanisms of recombination are involved in photoconductivity.A major effect of trapping is to make the experimentally observed decay time of photocurrent, longer than carrier lifetime. If no trapping centers are present, then observed photocurrent will decay in the same way as the density of free carriers and the observed decay time will be equal to carrier lifetime. If the density of free carriers is much less than density of trapped carriers, the entire decay of photocurrent is effectively dominated by the rate of trap emptying rather than by the rate of recombination.In the present study, the decay time of carriers was measured using photoconductive decay (PCD) technique. For the measurements, the film was loaded in a liquid Helium cryostat and the temperature was controlled using Lakshore Auto tuning temperature controller (Model 321). White light was used to illuminate the required area of the sample. Heat radiation from the light source was avoided by passing the light beam through a water filter. The decay current. after switching off the illumination. was measured using a Kiethely 2000 multi meter. Sets of PCD measurements were taken varying sample temperature, sample preparation temperature, thickness of the film, partial pressure of Oxygen and concentration of a particular element in a compound. Decay times were calculated using the rate window technique, which is a decay sampling technique particularly suited to computerized analysis. For PCD curves with two well-defined regions, two windows were chosen, one at the fast decay region and the other at the slow decay region. The curves in a particular window were exponentially fitted using Microsoft Excel 2000 programme. These decay times were plotted against sample temperature and sample preparation temperature to study the effect of various defects in the film. These studies were done in order to optimize conditions of preparation technique so as to get good photosensitive samples. useful for photovoltaic applications.Materials selected for the study were CdS, In2Se3, CuIn2Se3 and CuInS2• Photoconductivity studies done on these samples are organised in six chapters including introduction and conclusion.

Studies on Pseudoscalar Meson Bound States and Semileptonic Decays in a Relativistic Potential Model

In this thesis quark-antiquark bound states are considered using a relativistic two-body equation for Dirac particles. The mass spectrum of mesons includes bound states involving two heavy quarks or one heavy and one light quark. In order to analyse these states within a unified formalism, it is desirable to have a two-fermion equation that limits to one body Dirac equation with a static interaction for the light quark when the other particle's mass tends to infinity. A suitable two-body equation has been developed by Mandelzweig and Wallace. This equation is solved in momentum space and is used to describe the complete spectrum of mesons. The potential used in this work contains a short range one-gluon exchange interaction and a long range linear confining and constant potential terms. This model is used to investigate the decay processes of heavy mesons. Semileptonic decays are more tractable since there is no final state interactions between the leptons and hadrons that would otherwise complicate the situation. Studies on B and D meson decays are helpful to understand the nonperturbative strong interactions of heavy mesons, which in turn is useful to extract the details of weak interaction process. Calculation of form factors of these semileptonic decays of pseudo scalar mesons are also presented.

Optical studies of phthalocyanine molecules in PVA film

Optical absorption and emission spectral studies of various phthalocyanine (Pc) molecules in PVA matrix have been reported for the first time. The recorded spectra are analyzed to get the important spectral parameters, such as optical absorption cross-section (σa), emission cross-section (σe), oscillator strength (f), fluorescence bandwidth (Δλ), emission wavelength (λ), radiative decay time (τ) and optical gain (G). Analysis shows that the emission cross-section and optical gain are maximum in the NdHPc2-doped PVA matrix. However, a comparison of the calculated emission parameters with that of borate glass matrix show that they are many times smaller in the present matrix.

Time evolution of Nd:YAG laser-induced plasma from GdBa2Cu3O7 high-Tc superconductor

In order to characterise the laser ablation process from high-Tc superconductors, the time evolution of plasma produced by a Q-switching Nd:YAG laser from a GdBa2Cu3O7 superconducting sample has been studied using spectroscopic and ion-probe techniques. It has been observed that there is a fairly large delay for the onset of the emission from oxide species in comparison with those from atoms and ions of the constituent elements present in the plasma. Faster decay occurs for emission from oxides and ions compared with that from neutral atoms. These observations support the view that oxides are not directly produced from the target, but are formed by the recombination process while the plasma cools down. Plasma parameters such as temperature and velocity are also evaluated.

Optical properties of phthalocyanine molecules in cyano acrylate polymer matrix

Optical absorption and emission spectral studies of various phthalocyanine molecules, viz., LaPc, NdPc, SmPc, EuPc, CuPc and ZnPc in a polymer matrix of cyano acrylate are reported for the first time. All the absorption spectra show an intense B band (Soret) in the UV region followed by a weaker Q band in the visible region. The positions of the Q and B bands are found to have dependence on the metallic substitution. Values of the important spectral parameters, viz., molar extinction coefficient (ϵ), oscillator strength (f), radiative transition rate and decay time of the excited singlet state are also presented and compared with other solid matrices. The recorded fluorescence spectrum shows two broad emission bands in the case of NdPc, whereas for ZnPc only a very weak band is observed. The absence of emission bands for the other metallated phthalocyanines is attributed to increased spin orbit interaction and intersystem crossing.

Optical limiting and thermal lensing studies in C60

Optical limiting and thermo-optic properties of C60 in toluene are studied using 532 nm, 9 ns pulses from a frequency-doubled Nd:YAG laser. Optical limiting studies in these fullerene molecules lead to the conclusion that reverse saturable absorption is the major mechanism for limiting properties in these molecules. Thermal lensing measurements are also performed in fullerene solutions. The quadratic dependence of thermal lens signal on incident energy confirms that enhanced optical absorption by the sample via excited triplet state absorption may play a leading role in the limiting property.

Optical properties of porphyrins in borate glassy matrix

Optical properties of free and substituted porphyrins (PP) doped borate glass matrix are reported for the first time. Absorption spectral measurements of H2TPP, CdTPP, MgTPP and ZnTPP doped borate glass matrix have been made in the 200–1100 nm region and the spectra obtained are analyzed to obtain the optical bandgap (Eg) and other important spectral parameters viz. oscillator strength (f), molar extinction coefficient (ε), electric dipole strength (q2), absorption cross-section (σa) and molecular concentration (N). Intense fluorescence was observed in the region 668–685 nm for CdTPP, ZnTPP and MgTPP doped matrices, whereas no such fluorescence was observed in H2TPP doped matrix. Fluorescence intensity was observed to be almost similar in all the metallated porphyrine matrices. Fluorescence bandwidth (Δλ), decay time (τ), stimulated emission cross-section (σ) and optical gain (G) of the principal fluorescence transitions corresponding to the Q-band excitation were also evaluated and discussed.

On the luminescence characteristics of cerium and copper doped barium sulphide phosphor

Photoluminescence, thermoluminescence and phosphorescence studies of cerium and copper doped BaS phosphors are attempted. Cu+ centres in BaS lattice activate red emission while Ce3+ sensitize the blue emission. Results are explained on the basis of superposition theory involving monomolecular kinetics. In Randall and Wilkins model, the decay and TL studies are found to corelate each other.