Un modèle à criticalité auto-régulée de la magnétosphère terrestre

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Un calcul algébrique détaillé de la fonction de partition du modèle d'Ising bidimensionnel

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Désendothélialisation des anévrismes lors du traitement endovasculaire : une nouvelle approche pour prévenir les endofuites

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Différences marquées dans le remodelage génomique au niveau de l'oreillette et du ventricule dans un modèle canin d'insuffisance cardiaque induit par tachystimulation ventriculaire

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Modèle d'organisation des concepts clés de la traductologie : conception d'un didacticiel d'application

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Modèle bayésien pour les prêts investisseurs

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Évaluation du prix et de la variance de produits dérivés de taux d'intérêt dans un modèle de Vasiček

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Modélisation bayésienne des changements aux niches écologiques causés par le réchauffement climatique

Cette thèse présente des méthodes de traitement de données de comptage en particulier et des données discrètes en général. Il s'inscrit dans le cadre d'un projet stratégique du CRNSG, nommé CC-Bio, dont l'objectif est d'évaluer l'impact des changements climatiques sur la répartition des espèces animales et végétales. Après une brève introduction aux notions de biogéographie et aux modèles linéaires mixtes généralisés aux chapitres 1 et 2 respectivement, ma thèse s'articulera autour de trois idées majeures. Premièrement, nous introduisons au chapitre 3 une nouvelle forme de distribution dont les composantes ont pour distributions marginales des lois de Poisson ou des lois de Skellam. Cette nouvelle spécification permet d'incorporer de l'information pertinente sur la nature des corrélations entre toutes les composantes. De plus, nous présentons certaines propriétés de ladite distribution. Contrairement à la distribution multidimensionnelle de Poisson qu'elle généralise, celle-ci permet de traiter les variables avec des corrélations positives et/ou négatives. Une simulation permet d'illustrer les méthodes d'estimation dans le cas bidimensionnel. Les résultats obtenus par les méthodes bayésiennes par les chaînes de Markov par Monte Carlo (CMMC) indiquent un biais relatif assez faible de moins de 5% pour les coefficients de régression des moyennes contrairement à ceux du terme de covariance qui semblent un peu plus volatils. Deuxièmement, le chapitre 4 présente une extension de la régression multidimensionnelle de Poisson avec des effets aléatoires ayant une densité gamma. En effet, conscients du fait que les données d'abondance des espèces présentent une forte dispersion, ce qui rendrait fallacieux les estimateurs et écarts types obtenus, nous privilégions une approche basée sur l'intégration par Monte Carlo grâce à l'échantillonnage préférentiel. L'approche demeure la même qu'au chapitre précédent, c'est-à-dire que l'idée est de simuler des variables latentes indépendantes et de se retrouver dans le cadre d'un modèle linéaire mixte généralisé (GLMM) conventionnel avec des effets aléatoires de densité gamma. Même si l'hypothèse d'une connaissance a priori des paramètres de dispersion semble trop forte, une analyse de sensibilité basée sur la qualité de l'ajustement permet de démontrer la robustesse de notre méthode. Troisièmement, dans le dernier chapitre, nous nous intéressons à la définition et à la construction d'une mesure de concordance donc de corrélation pour les données augmentées en zéro par la modélisation de copules gaussiennes. Contrairement au tau de Kendall dont les valeurs se situent dans un intervalle dont les bornes varient selon la fréquence d'observations d'égalité entre les paires, cette mesure a pour avantage de prendre ses valeurs sur (-1;1). Initialement introduite pour modéliser les corrélations entre des variables continues, son extension au cas discret implique certaines restrictions. En effet, la nouvelle mesure pourrait être interprétée comme la corrélation entre les variables aléatoires continues dont la discrétisation constitue nos observations discrètes non négatives. Deux méthodes d'estimation des modèles augmentés en zéro seront présentées dans les contextes fréquentiste et bayésien basées respectivement sur le maximum de vraisemblance et l'intégration de Gauss-Hermite. Enfin, une étude de simulation permet de montrer la robustesse et les limites de notre approche.

Élaboration d’un modèle d’article de dictionnaire de collocations du lexique scientifique transdisciplinaire pour l’aide à la rédaction de textes scientifiques

Cette recherche constitue une première étape dans l’élaboration d’un dictionnaire de collocations du lexique scientifique transdisciplinaire (LST), conçu pour aider des étudiants ou des chercheurs dans la rédaction de discours scientifiques ou universitaires, quel que soit leur domaine d’études. Elle a permis de concevoir deux modèles originaux d’articles de dictionnaire donnant accès aux collocations de termes nominaux et verbaux caractéristiques du LST. Les modèles d’articles sont ensuite appliqués à la description d’un échantillon de termes nominaux : analyse, caractéristique, figure, hypothèse, rapport et résultat; et verbaux : décrire et étudier. Les articles conçus dans ce mémoire offrent un accès convivial aux collocations du LST en situation de rédaction. Ils ont l’avantage de proposer une organisation cohérente de ce lexique sur les plans syntaxique et sémantique. En outre, ils permettent de présenter les termes du LST dans des contextes variés, ce qui peut contribuer au développement de la compétence lexicale.

Développement, mise à l'essai et évaluation d'une intervention de pratique réflexive avec des infirmières oeuvrant auprès de personnes âgées hospitalisées

Cette recherche visait à développer, mettre à l’essai et évaluer les effets d’une intervention de pratique réflexive (IPR) avec des infirmières œuvrant auprès d’aînés hospitalisés. Fondée sur la théorie du Human Caring de Watson (1979) et sur le modèle de réflexion structurée de Johns (2006), l’étude a été réalisée au moyen d’un devis mixte. Le développement et la mise à l’essai de l’IPR ont été réalisés au moyen d’une approche qualitative de type recherche-action. L’évaluation de l’intervention a été effectuée à l’aide d’une approche qualitative et d’une approche quantitative de type quasi-expérimental avec groupe de comparaison (GC). Au terme de l’IPR, les infirmières étaient invitées à décrire les retombées perçues de cette intervention, soit les habiletés et les savoirs infirmiers développés suite à une pratique réflexive (PR), ainsi que leur perception de la PR comme moyen d’amélioration de leur pratique professionnelle. De plus, comparativement à un GC, trois hypothèses étaient formulées : les infirmières du groupe expérimental (GE) ayant bénéficié d’une IPR amélioreraient significativement leurs attitudes et leurs connaissances à l’égard des aînés; identifieraient davantage d’interventions infirmières adaptées à la clientèle âgée hospitalisée, et obtiendraient un niveau de réflexion supérieur. L’étude a été effectuée auprès de 43 infirmières (GE = 22; GC = 21) travaillant dans un centre hospitalier universitaire. L’IPR s’est déroulée sur une période de 22 semaines. Elle comprenait huit ateliers thématiques d’une durée de 75 minutes chacun, dispensés aux trois semaines, combinés à des lectures et à des exercices individuels. L’IPR portait sur trois thèmes centraux du séjour hospitalier des aînés : la médication, la mobilisation et la planification du congé. Des données qualitatives et quantitatives ont été colligées par le biais de questionnaires ouverts (vignettes, écrit réflexif) et standardisés (Kogan’s Attitudes Toward Old People Scale, Palmore’s Facts on Aging Quiz) pré et post intervention pour les deux groupes. Les infirmières du GE ont également complété un questionnaire sur l’expérience de la PR et certaines d’entre elles ont participé à des groupes de discussion focalisée. Une analyse de contenu thématique, selon l’approche de Miles et Huberman (2003), a été réalisée sur les données qualitatives, alors que des tests de classement de Wilcoxon ont été effectués sur les données quantitatives. Les résultats soulignent que les infirmières ont développé différentes habiletés nécessaires à une PR telles que l’introspection, l’ouverture aux autres et l’analyse critique. Les participantes reconnaissent que l’IPR leur a notamment permis de développer des savoirs empirique, éthique, esthétique, personnel et émancipatoire. De plus, elles perçoivent que l’IPR est un moyen d’amélioration de la pratique professionnelle puisqu’elle peut, entre autres, contrer la routinisation des soins. Par ailleurs, comparativement au GC, les infirmières du GE ont amélioré significativement leurs attitudes et leurs connaissances à l’égard des aînés. Cependant, aucune différence significative entre le GE et le GC n’a été révélée suite à l’IPR quant au nombre d’interventions adaptées aux situations vécues par les aînés hospitalisés et au niveau de réflexion atteint. Les hypothèses de recherche ont ainsi été partiellement soutenues. Cette étude démontre le potentiel d’une IPR comme approche de développement professionnel novateur qui valorise l’expérience des infirmières, tout en leur permettant de modifier positivement leurs attitudes à l’égard des aînés et d’ajuster leurs connaissances aux besoins de cette clientèle hautement fragile et vulnérable.

Le modèle antarctique

Il existe actuellement des différends frontaliers entre les États circumpolaires-Nord qui entravent la bonne gouvernance de la région. Afin d'identifier des pistes de solution pour améliorer la gouvernance en Arctique et faciliter la coopération, nous analysons le processus qui a mené, à l'autre pôle, à la création du Traité sur l’Antarctique de 1959. Nous utilisons une approche néolibérale institutionnelle comme cadre théorique ainsi qu’une méthodologie basée sur le traçage de processus. Nous avons identifié quatre variables (les intérêts des États, le contexte politique, le leadership, et l’Année géophysique internationale [AGI]) que nous avons étudiés au cours de trois périodes historiques et dont l’évolution a contribué à la formation du régime antarctique. Les étapes menant à l'élaboration d'un régime identifié dans la théorie institutionnaliste dynamique de Frischmann s'appliquent aux différentes périodes que nous avons déterminées. La première période historique correspond à l'identification du problème d'interdépendance. Les États ont d’abord tenté d’assouvir leurs intérêts particuliers envers le continent antarctique par l’intermédiaire de stratégies individuelles. Le statut imprécis du continent antarctique caractérisé par des revendications territoriales conflictuelles, la volonté des superpuissances d’effectuer d’éventuelles revendications territoriales et le leadership exercé par les États-Unis ont toutefois permis de faire évoluer les États vers des stratégies coopératives. La deuxième période historique correspond à l'étape de la négociation de l’entente. Le leadership d’un groupe de scientifiques et des États-Unis ainsi que le contexte politique de la Guerre froide ont favorisé la cohésion des États intéressés par les affaires antarctiques et leur investissement dans une coopération multilatérale souple dans le cadre d’un événement ponctuel, l’AGI. La troisième période correspond à la mise en oeuvre de l’entente, soit l’AGI. Lors de cet événement, une entente tacite, un engagement d’honneur, qui suspendait les considérations territoriales en Antarctique, a été respectée par les parties. La coopération dans le cadre de l’AGI s’est avérée un succès. Les États se sont montrés satisfaits des gains que comportait la coopération scientifique dans un environnement pacifique. L’AGI a permis aux États d’expérimenter la coopération multilatérale et d’observer le comportement des autres participants au sein de l’institution. En raison de la satisfaction des États vis-à-vis la coopération dans le cadre de l'entente souple, l'élaboration du traité de 1959 a été facilitée. Notre étude nous a permis d’identifier des éléments clefs qui ont favorisé la formation du régime antarctique et qui pourraient servir d’inspiration pour l'élaboration de futurs régimes. La présence d’un leadership tout au long du processus a permis de promouvoir les avantages de la coopération sous différentes formes et de renforcer les relations entre les États présents dans les affaires antarctiques. La réalisation d'une entente souple dans le cadre de l'AGI, centrée autour des intérêts communs aux parties, comprenant un engagement d’honneur, permettant de mettre de côté les points de discorde, ont aussi été des points centraux dans la réussite et la poursuite de la coopération au-delà de l’AGI. Cette approche graduelle allant du droit souple vers le droit contraignant est sans aucun doute l’élément le plus important ayant facilité le rapprochement des différentes parties et éventuellement la création du Traité sur l’Antarctique.

Malformation Chiari-Like : l’investigation d’une maladie complexe par l’utilisation d’un modèle canin

La malformation de Chiari type 1 (MCI) est une anomalie congénitale de la jonction cranio-cérébrale fréquente avec une incidence de 1:1280. MCI est caractérisée par la descente des amygdales cérébelleuses à travers le foramen magnum et est souvent associée à la syringomyélie. Les causes de cette maladie semblent être multifactorielles incluant des facteurs génétiques. La MCI est similaire à une malformation fréquente chez la race des Griffon Bruxellois (GB) connue sous le nom de Malformation Chiari-like (MCL). Le modèle canin offre l’avantage d’une forte homogénéité génétique réduisant ainsi la complexité de la maladie et facilitant l’identification d’un locus causatif. Une étude d’association du génome entier sur une cohorte de 56 GB suivie d’une cartographie fine sur une cohorte de 217 GB a identifié un locus fortement associé à la MCL sur le chromosome 2 (22 SNPs, valeur P= 7 x 10-8) avec un haplotype de 1.9 Mb plus fréquent chez les non affectés. Une seconde étude d’association du génome entier sur une cohorte de 113 GB a permis d’identifier un 2 ème locus fortement associé à la MCL sur le chromosome 13 (25 SNPs , valeur P= 3 x 10 -7) avec un haplotype de 4 Mb surreprésenté chez les non affectés. Ces régions candidates constituent la première étape vers l’identification de gènes causatifs pour la MCL. Notre étude offre un point d’entrée vers une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires sous-tendant la pathogénèse de la MCI humaine.

Reconstruction des structures magnéto-convectives solaires sous une région active, par l’utilisation conjointe d’un modèle de convection anélastique et d’une méthode d’assimilation de données.

L’utilisation d’une méthode d’assimilation de données, associée à un modèle de convection anélastique, nous permet la reconstruction des structures physiques d’une partie de la zone convective située en dessous d’une région solaire active. Les résultats obtenus nous informent sur les processus d’émergence des tubes de champ magnétique au travers de la zone convective ainsi que sur les mécanismes de formation des régions actives. Les données solaires utilisées proviennent de l’instrument MDI à bord de l’observatoire spatial SOHO et concernent principalement la région active AR9077 lors de l’ ́évènement du “jour de la Bastille”, le 14 juillet 2000. Cet évènement a conduit à l’avènement d’une éruption solaire, suivie par une importante éjection de masse coronale. Les données assimilées (magnétogrammes, cartes de températures et de vitesses verticales) couvrent une surface de 175 méga-mètres de coté acquises au niveau photosphérique. La méthode d’assimilation de données employée est le “coup de coude direct et rétrograde”, une méthode de relaxation Newtonienne similaire à la méthode “quasi-linéaire inverse 3D”. Elle présente l’originalité de ne pas nécessiter le calcul des équations adjointes au modèle physique. Aussi, la simplicité de la méthode est un avantage numérique conséquent. Notre étude montre au travers d’un test simple l’applicabilité de cette méthode à un modèle de convection utilisé dans le cadre de l’approximation anélastique. Nous montrons ainsi l’efficacité de cette méthode et révélons son potentiel pour l’assimilation de données solaires. Afin d’assurer l’unicité mathématique de la solution obtenue nous imposons une régularisation dans tout le domaine simulé. Nous montrons enfin que l’intérêt de la méthode employée ne se limite pas à la reconstruction des structures convectives, mais qu’elle permet également l’interpolation optimale des magnétogrammes photosphériques, voir même la prédiction de leur évolution temporelle.

Syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) : étude de mécanismes impliqués dans la phase exsudative

Le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) se développe suite à une atteinte pulmonaire lésionnelle, induisant un œdème et une inflammation excessive, généralement suivis d’une réparation atypique menant à la fibrose. Malgré de signifiants progrès dans les traitements, la mortalité reste élevée : ~ 40 %. Mon hypothèse de travail est que l’atténuation de l’œdème ou de la réponse inflammatoire pourrait freiner le développement ou la sévérité de la phase exsudative. Nous avons évalué cette hypothèse à l’aide d’un modèle de phase exsudative du SDRA, i.e. instillation intra-trachéale de bléomycine, chez les souris.  La modulation des fluides alvéolaires est étudiée avec des souris transgénique (Tg) pour le canal ENaC, qui sont sensibles à la formation d’un œdème. Cependant, ces souris Tg ne sont pas plus sensibles au développement de la phase exsudative en condition lésionnelle (bléomycine). Nous avons déterminé par une étude électrophysiologique des cellules épithéliales alvéolaires de type II (AT II) que ce n’est pas lié à une inhibition par la bléomycine de la fonction du canal ENaC.  Le traitement de la réponse inflammatoire associée au SDRA par des glucocorticoïdes est une thérapie potentielle mais controversée. Les glucocorticoïdes dans notre modèle murin ne réduisent pas la sévérité des lésions. Nous avons pu déterminé lors d’expériences in vitro que ce serait dû à une réduction de la capacité de réparation des AT II. En résumé :  La modulation du canal ENaC ne modifie pas le développement de la phase exsudative, suggérant que la régulation de l’œdème n’est pas suffisante pour modifier l’évolution du SDRA.  La modulation de l’inflammation par les glucocorticoïdes est ineffective, possiblement à cause d’une altération de la réparation. Mon étude suggère que le traitement de la phase exsudative du SDRA est complexe. En effet, la régulation de l’œdème ou de l’inflammation de façon isolée ne peut pas modifier l’évolution du SDRA. L'hétérogénéité des sources du SDRA et la redondance des mécanismes cellulaires impliqués dans l’évolution des lésions pulmonaires suggèrent que le traitement nécessitera une approche visant plusieurs cibles mécanistiques afin d’en accélérer la résolution.

Organisation et modulation du réseau neuronal de la respiration chez la lamproie.

Les mécanismes neuronaux contrôlant la respiration sont présentement explorés à l’aide de plusieurs modèles animaux incluant le rat et la grenouille. Nous avons utilisé la lamproie comme modèle animal nous permettant de caractériser les réseaux de neurones du tronc cérébral qui génèrent et modulent le rythme respiratoire. Nous avons d’abord caractérisé une nouvelle population de neurones, dans le groupe respiratoire paratrigéminal (pTRG), une région du tronc cérébral essentielle à la genèse du rythme respiratoire chez la lamproie. Les neurones de cette région sont actifs en phase avec le rythme respiratoire. Nous avons montré que ces neurones possèdent une arborisation axonale complexe, incluant des projections bilatérales vers les groupes de motoneurones du tronc cérébral qui activent les branchies ainsi que des connexions reliant les pTRG de chaque côté du tronc cérébral. Ces résultats montrent que le pTRG contient un groupe de cellules qui active les motoneurones respiratoires des deux côtés et qui pourrait être impliqué dans la synchronisation bilatérale du rythme respiratoire. Nous avons ensuite étudié les mécanismes neuronaux par lesquels le rythme respiratoire est augmenté en lien avec l’effort physique. Nous avons montré que la région locomotrice du mésencéphale (MLR), en plus de son rôle dans la locomotion, active les centres respiratoires pendant la nage, et même en anticipation. Les neurones de la MLR projetant vers les centres locomoteurs et respiratoires sont ségrégés anatomiquement, les neurones localisés plus dorsalement étant ceux qui possèdent des projections vers les centres respiratoires. Nous avons aboli la contribution de la partie dorsale de la MLR aux changements respiratoires en injectant des bloqueurs des récepteurs glutamatergiques localement, sur des préparations semi-intactes. Nous avons montré que lors d’épisodes de nage, une majeure partie de l’effet respiratoire est abolie par ces injections, suggérant un rôle prépondérant des neurones de cette région dans l’augmentation respiratoire pendant la locomotion. Nos résultats confirment que le rythme respiratoire est généré par une région rostrolatérale du pons de la lamproie et montrent que des connexions des centres locomoteurs arrivent directement à cette région et pourraient être impliquées dans l’augmentation respiratoire reliée à l’effort physique.