Algorithmen zur labelfreien quantitativen Proteomanalyse auf Basis datenunabhängig-akquirierter LC-MS-Daten

Moderne ESI-LC-MS/MS-Techniken erlauben in Verbindung mit Bottom-up-Ansätzen eine qualitative und quantitative Charakterisierung mehrerer tausend Proteine in einem einzigen Experiment. Für die labelfreie Proteinquantifizierung eignen sich besonders datenunabhängige Akquisitionsmethoden wie MSE und die IMS-Varianten HDMSE und UDMSE. Durch ihre hohe Komplexität stellen die so erfassten Daten besondere Anforderungen an die Analysesoftware. Eine quantitative Analyse der MSE/HDMSE/UDMSE-Daten blieb bislang wenigen kommerziellen Lösungen vorbehalten. rn| In der vorliegenden Arbeit wurden eine Strategie und eine Reihe neuer Methoden zur messungsübergreifenden, quantitativen Analyse labelfreier MSE/HDMSE/UDMSE-Daten entwickelt und als Software ISOQuant implementiert. Für die ersten Schritte der Datenanalyse (Featuredetektion, Peptid- und Proteinidentifikation) wird die kommerzielle Software PLGS verwendet. Anschließend werden die unabhängigen PLGS-Ergebnisse aller Messungen eines Experiments in einer relationalen Datenbank zusammengeführt und mit Hilfe der dedizierten Algorithmen (Retentionszeitalignment, Feature-Clustering, multidimensionale Normalisierung der Intensitäten, mehrstufige Datenfilterung, Proteininferenz, Umverteilung der Intensitäten geteilter Peptide, Proteinquantifizierung) überarbeitet. Durch diese Nachbearbeitung wird die Reproduzierbarkeit der qualitativen und quantitativen Ergebnisse signifikant gesteigert.rn| Um die Performance der quantitativen Datenanalyse zu evaluieren und mit anderen Lösungen zu vergleichen, wurde ein Satz von exakt definierten Hybridproteom-Proben entwickelt. Die Proben wurden mit den Methoden MSE und UDMSE erfasst, mit Progenesis QIP, synapter und ISOQuant analysiert und verglichen. Im Gegensatz zu synapter und Progenesis QIP konnte ISOQuant sowohl eine hohe Reproduzierbarkeit der Proteinidentifikation als auch eine hohe Präzision und Richtigkeit der Proteinquantifizierung erreichen.rn| Schlussfolgernd ermöglichen die vorgestellten Algorithmen und der Analyseworkflow zuverlässige und reproduzierbare quantitative Datenanalysen. Mit der Software ISOQuant wurde ein einfaches und effizientes Werkzeug für routinemäßige Hochdurchsatzanalysen labelfreier MSE/HDMSE/UDMSE-Daten entwickelt. Mit den Hybridproteom-Proben und den Bewertungsmetriken wurde ein umfassendes System zur Evaluierung quantitativer Akquisitions- und Datenanalysesysteme vorgestellt.

Comunicazione P2P tra smartphone attraverso tecnologia wi-fi direct: una valutazione sperimentale

Studio dello standard Wi-Fi Direct e realizzazione di applicativi per smartphone atti a sperimentarlo.

Tool a supporto della programmazione multi-piattaforma: Il caso di robovm e itucson

La tesi, che si colloca all'interno di un progetto di esplorazione degli approcci alla programmazione multi-piattaforma tra Java e iOS, mira a proseguire ed ampliare lo studio del tool RoboVM, in particolare grazie allo sviluppo dell'applicazione iTuCSoN, porting del Command Line Interpreter contenuto in TuCSoN (http://tucson.apice.unibo.it/)

Progettazione e realizzazione di un'applicazione per l'estrazione, l'analisi e l'integrazione di social data e linked open data.

Studio ed analisi delle principali tecniche in ambito di Social Data Analysis. Progettazione e Realizzazione di una soluzione software implementata con linguaggio Java in ambiente Eclipse. Il software realizzato permette di integrare differenti servizi di API REST, per l'estrazione di dati sociali da Twitter, la loro memorizzazione in un database non-relazionale (realizzato con MongoDB), e la loro gestione. Inoltre permette di effettuare operazioni di classificazione di topic, e di analizzare dati complessivi sulle collection di dati estratti. Infine permette di visualizzare un albero delle "ricondivisioni", partendo da singoli tweet selezionati, ed una mappa geo-localizzata, contenente gli utenti coinvolti nella catena di ricondivisioni, e i relativi archi di "retweet".

Sviluppo di una piattaforma software per acquisizione dati da un sistema di misura di impedenze

Il progetto è il proseguimento di una tesi di laurea1 in cui si è studiato un metodo di analisi della salute della pelle non invasivo. A tale scopo si è approfondito il tema della spettroscopia d'impedenza ed è stato realizzato un sistema per la loro misura. Questo sistema prevede l'utilizzo di una parte analogica formata da un generatore di segnale sinusoidale a frequenza variabile e la circuiteria per estrarre i valori efficaci di tensione e corrente e il valore di fase. La parte digitale, invece, condiziona il segnale del blocco analogico agendo su trimmer digitali, acquisisce i dati e li trasmette tramite la UART. Lo strumento effettuava le misurazioni ed inviava continuamente i dati grezzi al computer, tramite un convertitore UART/USB, risultando poco versatile. L'obiettivo del progetto è realizzare una piattaforma software che comunichi con l'hardware, permettendo la configurazione dello strumento e la manipolazione dei dati grezzi ricevuti, svincolando quindi l'utente dai problemi di basso livello. Si è studiato un protocollo di comunicazione che permette la trasmissione di maggiore informazione e sono stati scelti dei comandi mnemonici che lo strumento possa facilmente interpretare. Il progetto prevede quindi una prima fase di modifica del vecchio firmware, in modo che il microcontrollore possa leggere e comprendere i dati ricevuti tramite la UART. Nella seconda fase si è sviluppato il software utilizzando il linguaggio di programmazione Java. Lo sviluppo comprende lo studio delle librerie grafiche offerte da JavaFX (soprattutto per la rappresentazione dei dati grezzi in grafici a due assi), di un metodo di gestione e salvataggio su disco delle impostazioni del sistema, della comunicazione seriale e infine del sistema software nella sua completezza. Alcune prove sperimentali sono infine state svolte per verificare la funzionalità dei due sistemi, firmware e software.

Implementazione di una infrastruttura basata su Kafka e Storm per il Mobile Cloud computing

Lo scopo dell'elaborato di tesi è l'analisi, progettazione e sviluppo di un prototipo di una infrastruttura cloud in grado di gestire un grande flusso di eventi generati da dispositivi mobili. Questi utilizzano informazioni come la posizione assunta e il valore dei sensori locali di cui possono essere equipaggiati al fine di realizzare il proprio funzionamento. Le informazioni così ottenute vengono trasmesse in modo da ottenere una rete di device in grado di acquisire autonomamente informazioni sull'ambiente ed auto-organizzarsi. La costruzione di tale struttura si colloca in un più ampio ambito di ricerca che punta a integrare metodi per la comunicazione ravvicinata con il cloud al fine di permettere la comunicazione tra dispositivi vicini in qualsiasi situazione che si potrebbe presentare in una situazione reale. A definire le specifiche della infrastruttura e quindi a impersonare il ruolo di committente è stato il relatore, Prof. Mirko Viroli, mentre lo sviluppo è stato portato avanti da me e dal correlatore, Ing. Pietro Brunetti. Visti gli studi precedenti riguardanti il cloud computing nell'area dei sistemi complessi distribuiti, Brunetti ha dato il maggiore contributo nella fase di analisi del problema e di progettazione mentre la parte riguardante la effettiva gestione degli eventi, le computazioni in cloud e lo storage dei dati è stata maggiormente affrontata da me. In particolare mi sono occupato dello studio e della implementazione del backend computazionale, basato sulla tecnologia Apache Storm, della componente di storage dei dati, basata su Neo4j, e della costruzione di un pannello di visualizzazione basato su AJAX e Linkurious. A questo va aggiunto lo studio su Apache Kafka, utilizzato come tecnologia per realizzare la comunicazione asincrona ad alte performance tra le componenti. Si è reso necessario costruire un simulatore al fine di condurre i test per verificare il funzionamento della infrastruttura prototipale e per saggiarne l'effettiva scalabilità, considerato il potenziale numero di dispositivi da sostenere che può andare dalle decine alle migliaia. La sfida più importante riguarda la gestione della vicinanza tra dispositivi e la possibilità di scalare la computazione su più macchine. Per questo motivo è stato necessario far uso di tecnologie per l'esecuzione delle operazioni di memorizzazione, calcolo e trasmissione dei dati in grado di essere eseguite su un cluster e garantire una accettabile fault-tolerancy. Da questo punto di vista i lavori che hanno portato alla costruzione della infrastruttura sono risultati essere un'ottima occasione per prendere familiarità con tecnologie prima sconosciute. Quasi tutte le tecnologie utilizzate fanno parte dell'ecosistema Apache e, come esposto all'interno della tesi, stanno ricevendo una grande attenzione da importanti realtà proprio in questo periodo, specialmente Apache Storm e Kafka. Il software prodotto per la costruzione della infrastruttura è completamente sviluppato in Java a cui si aggiunge la componente web di visualizzazione sviluppata in Javascript.

Progetto di un circuito di condizionamento del segnale per sistemi di analisi reologica

L'elaborato riguarda il progetto di un circuito di condizionamento del segnale per sistemi di misura reologica. Il circuito è stato studiato per essere interfacciato con un sistema di misura in fase di studio all'Università di Bologna, sebbene il suo utilizzo nei sistemi di analisi nel dominio delle frequenze sia del tutto generale. Il sistema di misura esistente compie un'analisi chimico-fisica di alimenti, generalmente liquidi, in modo da caratterizzare nel dominio delle frequenze la risposta elettrica ad uno stimolo sinusoidale a frequenza variabile. In particolare, il sistema genera due segnali X(f) ed Y(f). Tuttavia, in molti casi di interesse la dinamica del segnale risulta molto piccola rispetto al range massimo del segnale. Lo scopo del circuito di condizionamento è quello di aumentare la dinamica dei segnali X(f) ed Y(f) in modo da rendere i grafici più leggibili. Tale obiettivo è stato ottenuto mediante la progettazione di un opportuno stadio di amplificazione a guadagno programmabile. Il sistema è controllato da un microcontrollore dotato di interfaccia USB con cui comunica con un PC. Le misure effettuate mostrano che il circuito progettato è in grado di amplificare correttamente la dinamica dei segnali acquisiti nel range 0-VDD.

Sviluppo applicazione mobile del gioco del Mahjong

L’obiettivo di questa tesi è la trasposizione del gioco da tavolo “Mahjong” su un’applicazione mobile. Essa è sviluppata in Android, ma l’idea è quella di estenderla anche alle altre piattaforme. Col passare del tempo il Mahjong si è diffuso in molti paesi e per questo ne sono nate molte varianti. In questo caso si adotta il regolamento ravennate 200-400, opportunamente modificato per adattarlo all’applicazione. Il nome dell’applicativo nasce dal fatto che esso dovrà gestire un numero molto elevato di lingue e che nessuno ha ancora sviluppato un gioco multiplayer sul Mahjong, per cui sarà il primo a livello mondiale. Nell’applicazione un utente dovrà creare il tavolo di gioco e solo allora gli altri potranno visualizzarlo. Dopo che tutti si saranno seduti, chiunque potrà chiedere di iniziare una partita, che comincerà non appena tutti avranno accettato la richiesta. È stato progettato un database, in modo da salvare lo stato attuale di tutti i tavoli. Le informazioni sullo stato di ogni partita, invece, sono salvate in un file diverso per ciascuna. L’architettura utilizzata per lo sviluppo dell’applicativo è del tipo client-server. Per la parte server dell’applicazione si è scelto di usare il linguaggio java, utilizzando le socket e instaurando connessioni SSL. Il server utilizza inoltre connessioni non persistenti. Tutte le richieste inviate e ricevute dal server sono create in un formato adatto all'interscambio di dati fra applicazioni client-server, chiamato JSON. Nel server si è creato, inoltre, un servizio di “caching” delle partite, in modo da incrementare le prestazioni e la velocità di elaborazione delle richieste. Per connettere in modo corretto il server al database si utilizza JDBC.

Tecniche di elaborazione di immagini tomografiche con raggi X finalizzate alla creazione di modelli virtuali 3D

In questo elaborato sono state messe a confronto differenti procedure per la creazione di file in formato STL a partire da dati tomografici. Questo tipo di formato di dati è attualmente molto richiesto in quanto è adottato dalle stampanti 3D. I tre software presi in analisi, nello specifico, sono: DEVIDE, un programma open source, compatibile sia con Windows che con Linux, sviluppato presso la Delft University of Technology, nei Paesi Bassi; Imagej, un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, accessibile a tutti, basato su Sun-Java e sviluppato dal National Institutes of Health negli Stati Uniti; e infine VGStudioMax, un software sviluppato in Germania dalla VolumeGraphics GmbH. Un confronto diretto di questi software ha portato ad evidenziare i pregi ed i difetti d’ognuno di questi programmi, prendendo come criteri svariati fattori, tra cui la possibilità di scelta di uno o più soglie per i livelli di grigio, la velocità di esecuzione, il fatto che sia open-source o meno, ecc. I risultati ottenuti tramite l’utilizzo di slice filtrate riguardanti una Cera Anatomica e un Feticcio Africano, sono stati molto soddisfacenti, in quanto hanno permesso la realizzazione di modelli virtuali 3D di entrambi i reperti nel formato richiesto.

Interfaccia utente in applicazione mobile con analisi dell'usability, dei workflow e del contesto operativo dell'utente

In questo lavoro di tesi verrà presentato un applicativo, sviluppato con l’azienda EBWorld, per dispositivi con sistema operativo Android. L’applicazione ha come destinatari i tecnici e gli operatori sul campo di aziende clienti di EBWorld. Nel dispositivo vengono caricati i dati estratti dal database (porzioni di mappe e informazioni ad esse correlate) che vengono lette e mostrate nello schermo. Le funzionalità fornite sono: utilizzo dello strumento trail, per effettuare misurazioni; creazione di progetti all’interno delle esportazioni; inserimento di sketch, definiti in accordo con l’azienda, all’interno dei progetti; selezione degli sketch e delle informazioni estratte dal database e visualizzazione delle relative informazioni / proprietà; eliminazione di sketch inseriti. È stato effettuato uno studio di progettazione dell’interfaccia per offrire un’ottima usabilità anche in situazioni critiche.

Sincronizzazione di una applicazione offline con i sistemi di back-end

L'obiettivo di questa tesi è lo sviluppo di due applicativi per l'azienda EBWorld. Il primo desktop, sviluppato in Java, è utilizzato per gestire la memoria interna di un dispositivo Android collegato al computer, installare l'applicazione mobile sviluppata a seguito ed esportare i progetti, creati dall'utente, durante l'utilizzo dell'applicativo mobile. Il secondo è un applicativo Android, utilizzato per la visualizzazione e l'interazione con dati georiferiti e permette all'utente di creare progetti inserendo ulteriori elementi georiferiti. Per la memorizzazione dei dati sono stati utilizzati diversi file XML e per la comunicazione tra l'applicativo Java ed un dispositivo Android, sono stati utilizzati la libreria JMTP in combinazione con i comandi ADB.

Find to play Android App

L’argomento centrale della tesi sono i centri sportivi, l’applicazione permette quindi all’utente di cercare un centro sportivo per nome, per città o per provincia. Consente inoltre di visualizzare la disponibilità per ogni campo offerto dalle strutture ed eventualmente di effettuare una prenotazione. Il centro sportivo renderà disponibili informazioni altrimenti difficilmente reperibili come gli orari, il numero telefonico, l’indirizzo, ecc.. Il progetto si compone di una parte front end e una parte back end. Il front consiste in un’applicazione android nativo (sviluppata in java). Il back-end invece vede un applicativo basato su ASP.NET Web API 2, con db Entity Framework Code First. Per la gestione degli user è stato scelto il framework ASP.NET Identity 2.1.