Kravsammanställning samt utvärdering avbildvisningsprogramför diagnostik inom telepatologi : En fallstudiemed SIV-metoden som tillvägagångssätt

De flesta har i sin närhet någon som drabbats av cancer och sjukdomsfallen har ökat genom åren. Den yrkesgrupp som ställer diagnos av denna sjukdom är patologer. Bristen på patologer är idagsläget stor och det finns därför ett behov av att finna effektiva lösningar för att möta denna brist och en ökande mängd patienter. För att digitalisera vävnadsproven som diagnostiseras, scannas dessa in med en glasscanner. Dessa digitala bildfiler kan sedan visas i ett bildvisningsprogram och delas digitalt mellan patologer på distans. Detta begrepp kallas för telepatologi. Studien utgår utifrån följande frågeställningar: Vilka krav är väsentliga och bör ingå i en utvärdering för bildvisningsprogram avsedda för diagnostik inom telepatologi? Vilket bildvisningsprogram är mest lämpat att implementeras i ett webbaserat system baserat på dessa väsentliga krav? Syftet med studien är att undersöka vilka krav som är väsentliga och bör ingå i en utvärdering av bildvisningsprogram avsedda för diagnostik inom telepatologi, samt att utföra en utvärdering av ett urval bildvisningsprogramvaror med hjälp av dessa krav. En fallstudie genomfördes med datainsamlingsmetoderna: intervjuer med två personer från studiens samarbetspartner CGM, Frågeformulär där Sveriges patologer var respondenter samt dokumentstudier för att samla in information gällande bildvisningsprogrammen. Studien tillämpar utvalda delar ur Anders G. Nilssons SIV-metod som tillvägagångsätt för att samla in krav samt för att göra ett urval av bildvisningsprogram som sedan utvärderas gentemot dessa krav. Resultaten av datainsamlingarna analyserades och ledde till ett kravdokument med väsentliga krav.Tre så kallade utslagsgivande faktorer bland dessa krav var att bildvisningsprogrammet måste vara webbaserat utan installation på klient, funktioner för in- och ut-zoomning samt panorering måste finnas. Utvärderingen av utvalda bildvisningsprogram visade slutligen att OpenSlide var mest lämpad att implementeras i ett webbaserat system.

Genetic heterogeneity of residual variance : estimation of variance components using double hierarchical generalized linear models

Background: The sensitivity to microenvironmental changes varies among animals and may be under genetic control. It is essential to take this element into account when aiming at breeding robust farm animals. Here, linear mixed models with genetic effects in the residual variance part of the model can be used. Such models have previously been fitted using EM and MCMC algorithms. Results: We propose the use of double hierarchical generalized linear models (DHGLM), where the squared residuals are assumed to be gamma distributed and the residual variance is fitted using a generalized linear model. The algorithm iterates between two sets of mixed model equations, one on the level of observations and one on the level of variances. The method was validated using simulations and also by re-analyzing a data set on pig litter size that was previously analyzed using a Bayesian approach. The pig litter size data contained 10,060 records from 4,149 sows. The DHGLM was implemented using the ASReml software and the algorithm converged within three minutes on a Linux server. The estimates were similar to those previously obtained using Bayesian methodology, especially the variance components in the residual variance part of the model. Conclusions: We have shown that variance components in the residual variance part of a linear mixed model can be estimated using a DHGLM approach. The method enables analyses of animal models with large numbers of observations. An important future development of the DHGLM methodology is to include the genetic correlation between the random effects in the mean and residual variance parts of the model as a parameter of the DHGLM.

Semantic Distributed Messaging Middleware

Messaging middleware provides asynchronous communication between services in distributed environments. However, security, reliability and performance issues compel such middleware to be distributed, and distribution throws up its own problems such as identifying messaging channels which could then be subscribed to. In particular, interested parties need to identify channels defined in remote locations while not knowing details of how they are defined. A common vocabulary using semantic descriptions offers a solution to this problem. In this paper, we describe the design and implementation of federated messaging middleware using semantic description of channels.

Chained Negotiation for Distributed Notification Services

Distributed notification services allow consumers and publishers of notifications to interact with different notification services. However, such a distributed infrastructure makes it difficult to share notifications between consumers when consumers are allowed to specify Quality of Service levels. In this paper, we present a chained negotiation engine, enabling distributed notification services to support negotiation and to reuse existing subscriptions. We demonstrate the benefit to the system as a whole by reducing load on service providers and enabling content to be shared.