Genetic association analysis of miRNA SNPs implicates MIR145 in breast cancer susceptibility

Background MicroRNAs (miRNAs) are important small non-coding RNA molecules that regulate gene expression in cellular processes related to the pathogenesis of cancer. Genetic variation in miRNA genes could impact their synthesis and cellular effects and single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one example of genetic variants studied in relation to breast cancer. Studies aimed at identifying miRNA SNPs (miR-SNPs) associated with breast malignancies could lead towards further understanding of the disease and to develop clinical applications for early diagnosis and treatment. Methods We genotyped a panel of 24 miR-SNPs using multiplex PCR and chip-based matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) analysis in two Caucasian breast cancer case control populations (Primary population: 173 cases and 187 controls and secondary population: 679 cases and 301 controls). Association to breast cancer susceptibility was determined using chi-square (X 2 ) and odds ratio (OR) analysis. Results Statistical analysis showed six miR-SNPs to be non-polymorphic and twelve of our selected miR-SNPs to have no association with breast cancer risk. However, we were able to show association between rs353291 (located in MIR145) and the risk of developing breast cancer in two independent case control cohorts (p = 0.041 and p = 0.023). Conclusions Our study is the first to report an association between a miR-SNP in MIR145 and breast cancer risk in individuals of Caucasian background. This finding requires further validation through genotyping of larger cohorts or in individuals of different ethnicities to determine the potential significance of this finding as well as studies aimed to determine functional significance. Keywords: Association analysis; Breast cancer; microRNA; miR-SNPs; MIR145

Association of the microRNA-Single Nucleotide Polymorphism rs2910164 in miR146a with sporadic breast cancer susceptibility: A case control study

Background Breast cancer (BC) is primarily considered a genetic disorder with a complex interplay of factors including age, gender, ethnicity, family history, personal history and lifestyle with associated hormonal and non-hormonal risk factors. The SNP rs2910164 in miR146a (a G to C polymorphism) was previously associated with increased risk of BC in cases with at least a single copy of the C allele in breast cancer, though results in other cancers and populations have shown significant variation. Methods In this study, we examined this SNP in an Australian sporadic breast cancer population of 160 cases and matched controls, with a replicate population of 403 breast cancer cases using High Resolution Melting. Results Our analysis indicated that the rs2910164 polymorphism is associated with breast cancer risk in both primary and replicate populations (p = 0.03 and 0.0013, respectively). In contrast to the results of familial breast cancer studies, however, we found that the presence of the G allele of rs2910164 is associated with increased cancer risk, with an OR of 1.77 (95% CI 1.40–2.23). Conclusions The microRNA miR146a has a potential role in the development of breast cancer and the effects of its SNPs require further inquiry to determine the nature of their influence on breast tissue and cancer.

Expected Performance of the ATLAS Experiment - Detector, Trigger and Physics

A detailed study is presented of the expected performance of the ATLAS detector. The reconstruction of tracks, leptons, photons, missing energy and jets is investigated, together with the performance of b-tagging and the trigger. The physics potential for a variety of interesting physics processes, within the Standard Model and beyond, is examined. The study comprises a series of notes based on simulations of the detector and physics processes, with particular emphasis given to the data expected from the first years of operation of the LHC at CERN.

Genomic mapping of cAMP receptor protein (CRPMt) in Mycobacterium tuberculosis: relation to transcriptional start sites and the role of CRPMt as a transcription factor

Chromatin immunoprecipitation identified 191 binding sites of Mycobacterium tuberculosis cAMP receptor protein (CRPMt) at endogenous expression levels using a specific alpha-CRPMt antibody. Under these native conditions an equal distribution between intragenic and intergenic locations was observed. CRPMt binding overlapped a palindromic consensus sequence. Analysis by RNA sequencing revealed widespread changes in transcriptional profile in a mutant strain lacking CRPMt during exponential growth, and in response to nutrient starvation. Differential expression of genes with a CRPMt-binding site represented only a minor portion of this transcriptional reprogramming with similar to 19% of those representing transcriptional regulators potentially controlled by CRPMt. The subset of genes that are differentially expressed in the deletion mutant under both culture conditions conformed to a pattern resembling canonical CRP regulation in Escherichia coli, with binding close to the transcriptional start site associated with repression and upstream binding with activation. CRPMt can function as a classical transcription factor in M. tuberculosis, though this occurs at only a subset of CRPMt-binding sites.

Evaluación de tres densidades de siembra de Clitoria spp. en la producción de biomasa forrajera en base a materia seca

El presente trabajo preliminar tuvo como objetivo evaluar, el efecto de tres densidades de siembra, sobre la producción de biomasa forrajera en base a materia seca de Clitoria spp. bajo riego en época seca y su valor económico. El estudio se llevó a cabo en la Hacienda "Santa Rosa", ubicada al norte de la comunidad de Sabana Grande, Municipio de Managua. Se utilizó un diseño de bloques completos al azar (BCA), en un arreglo sencillo de tres densidades de siembra, con 42, 63 y 84 kg/ha. Se realizaron dos cortes; el primero, a los 57 días después de su establecimiento y, el segundo, 57 días después de realizado el primer corte. Los resultados mostraron que, las densidades de siembra sobre la producción de biomasa en base a materia seca total por hectárea (PBMSTH}, para cada momento de corte realizado, reflejó su mayor valor en la densidad de 84 kg/ha, con 3.153 y 4.433 ton/MS/há para el 1 10 y 2do corte, sin embargo, estos no tuvieron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades (42 y 63 kg/ha), respectivamente. Por otra parte, las variables altura (ALT) y cobertura (COB) mostraron su mayor valor para la densidad (84 kg/ha), con 59.87 cm y 93.33 o/o respectivamente, pero estos no presentaron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades. La prueba de rangos múltiples de Tukey, para los efectos de densidad de siembra sobre la PBMSTH, ALT y COB, no presentaron diferencias significativas. (P> 0.05; P> 0.01). De todas las densidades evaluadas, los menores costos de producción de forraje fueron para la densidad 42 kg/ha con C$ 4127.00.

Valor nutritivo del pasto pangola (Digitaria decumbens stent.) vr. transvala a distintos niveles de fertilización y diversas edades de corte

Este estudio Se desarrolló en el periodo de julio a diciembre de 1990 en el Centro de Investigación Zootecnia “La Polvosa” de la UCA (Universidad Centroamericana), situada en el km 23 112 de la carretera nueva a León, depto. de Managua. El centro se ubica a una elevación de 40 msnrn a 1 2 grados 12 minutos, Latitud norte y 86 grados 22 minutos, longitud oeste registra temperaturas promedio anuales de 32 grados centígrados los y unos 8OO mm de precipitación media por año, por lo cual, es posible calificar su zona agroecológica como de trópico seco se evaluó la respuesta en términos de valor nutritivo del pasto Pangola (Digitaria decumbens Stent.) vr. Transvala, utilizándose un diseño experimental en bloques completos al azar (BCA) con arreglo factorial, se estudió el efecto de dos factores (Niveles de fertilizantes-edades de cortes) con cuatro repeticiones, formándose un total de 16 tratamientos El ensayo contó con un área experimental total de 357.75 mt2 para la toma de muestras, se empleó el método del metro cuadrado realizándose en las parcelas un muestreo sin reemplazo para cada frecuencia en estudio. Previo al momento experimental, se efectúo una poda de control procediéndose después a aplicar de una sola vez los respectivos niveles de fertizante. El estudio estadístico contempló el uso del análisis de varianza (ANDEVA), se hizo una separción de medias por Tukey, y se midió la influencia porcentual (Individual y asociada) de 4 niveles de fertilizante (0, 50,100 y150 kg urea (46%N2) / mz) y 4 edades de corte (15, 30.. 45y 60 días), sobre nueve variables o componentes bromatológicos (MS, PB,FC, ELN, EE, EB (Kcal/ 100g), Cz, Ca y P). Todos los componentes bromatológicos evaluados excepto el EE.. presentaron una variación significativa (P<0.05), bajo el efecto de los factores en estudio. Los niveles de fertilizante influyeron ios valores de mayor mérito con la dosis •150 kg urea / rnz, observando la PB.. 9.76% ;el ELN, 56.54 y la EB,190.97 Kcal ,' 100 g. En tanto que los 50 kg1mz mostraron !os mayores índices en FC (28.88), EE (2.75) y Cz. (11.:39) las parcelas no fertilizadas brindaron los porcentajes más altos de MS (23.78) y Ca (0.60),y el nivel 100 kg/ mz El mejor en P (0.39) y el más bajo en FC (26.61). A su vez con O kg / mz_. Observaron sus níveles minimos la PB (6.91), el ELN (53.58). el valor energético (175.45 Kcal/ 100 g) y el P (O.28), y con 100 kg/ mz los menores en MS y Cz (25.08 y 10.38 respectivamente), a. los 150kg/mz el EE (2.29) y el Ca (0.49), rindieron sus índices más bajos. En cuanto a la frecuencia de corte, la edad 15 días presentó los máximos contenidos en PH (11.95), ELN (56.45),EB (202.40 Kcal/ 100g), EE (2.65) y el mínimo en FC (27.09). Observando el corte a los 60 días, las mayores proporciones en MS (30.91) Cz (12.43) )'Ca (0.58),en tanto que con 30 y 45 días se dieron los más altos valores de P (0.34) FC (28.55) respectivamente los índices más bajos de PB (6.48),ELN (52.63), Ca (0.47)y P (0.30), se obtuvieron a los 45 días de madurez mientras que la MS (22.88) y la Cz (9.56),alcanzaron sus valores más pequeños con 15 días de corte a los 60 días, la EB (175. 42 Kcal ./ 100g) y el EE (2.20) respondieron con sus por cientos más bajos. Para los tratamientos resultantes de la combinación de un nivel de fertilizante y una edad de corte, la interacción 50 kg/mz-60 días reportó el mayor contenido en MS (32.72), sobresaliendo el tratamiento 150 kg / mz-15 días al presentar los valores más altos en EB (214.39 Kcal/100g), PB (14.30) y ELN (59.02), aunque la combinación 50 kg/mz-30 días brindó igual valor en ELN y el máximo en Cz (13.10) con aplicaciones de 100 kg/mz y frecuencia de 15 días se obtuvieron los menores índices en FC (24.82) y Cz (9.37). Consiguiéndose en O kg / mz-15 días el valor más alto en Ca (0.76) y el menor en P (0.22), observando la MS su índice más bajo (18.37) con el tratamiento 100 kg / mz-15 días. Finalmente, en las interacciones que incluyen la frecuencia 45 días, se encontró que las parcelas no fertilizadas presentaron los menores contenidos en PB (5.02), ELN (48.95) y EB (165.44 Kcal/ 1oo g). en cambio al aplicar 100 kg /rnz, se obtuvieron (para la misma interacción) los valores más bajos en EE (1.72), Ca (0.43) y el mayor en P (0.44),en tanto los niveles 50 y 150 kg / mz influyeron los índices más altos en EE (3.85) y FC (30.75) respectivamente.

Efecto de diferentes niveles de energía conservando la relación energía-proteína en piensos de inicio y finalización en pollos de engorde

En el presente estudio se compararon cuatro dietas con diferentes niveles de energía 2,940, 3,040, 3,140 y 3,240 (Kcal EM/Kg de alimento), los cuales fueron ajustados a los requerimientos nutricionales en cuanto a la relación caloría proteína recomendados por la Hubbard Farm, Inc. (1991). Durante un periodo de 56 días los broilers fueron evaluados en la granja avícola "Buenos Aires" que pertenece a la Tip Top Industrial S.A. se utilizaron 803 pollos de engorde de un día de nacidos de la línea Hubbard, los que fueron distribuidos aleatoriamente en tres unidades experimentales proporcionales a los cuatro tratamientos existentes, estos distribuidos en un diseño completamente al azar y sometidos a la prueba de Tukey el que proporciona la superioridad existente entre tratamientos. Se encontraron diferencias significativas (P<0.05) entre tratamientos en las variables peso vivo, ganancia de peso y conversión alimenticia pero no así para el consumo alimenticio. Los tratamientos T1 T2, T3 y T4 presentaron mortalidad al final del periodo de 2.57, 4.41, 7.88 y 10.89 (%) respectivamente y rendimiento en la canal del 84.45 % para todos los tratamientos. Se concluyó que las dietas más energéticas proporcionaban las mejores conversiones alimenticias y las mayores ganancias de peso. Y a medida que se incrementaba el nivel energético en las dietas los costos alimenticios también se incrementaban. La fórmula más económica es el T1 (2940 Kcal EM/Kg de alimento, 21.63 y 18.89 % de proteína para inicio y finalización) durante todas las semanas de estudio. El momento óptimo para la matanza es la sexta semana para el T 1 (2940 Kcal EM/Kg de alimento, 21.63 y 18.89 % de proteínas) y T2 (3040 Kcal EM/Kg de alimento, 22.36 y 19.15 % de proteínas) por efecto de los costos alimenticios.

Producción y calidad de la materia seca del pasto estrella (Cynodon niemfuensis L. pers), durante la época de verano, en el departamento de Boaco, Nicaragua

El presente ensayo se realizó en la finca "La Camorra" propiedad del Señor Rodolfo Blandón Luquez. Entre octubre/97 abril/98, en el departamento de Boaco. Se utilizó un diseño experimental de bloques completamente al azar, se evaluaron los efectos de tres frecuencias de corte (21, 24, 27 días) sobre la producción y calidad de la materia seca del pasto Estrella (Cynodon nlemfuensis), durante la época de verano, sin fertilizar, como una forma de generar información a los ganaderos que manejan sus pasturas en todo el pais. Los resultados de los análisis de varianza y prueba de rangos múltiples (Duncan) determinaron que las frecuencias de cortes tuvieron diferencias significativas (p<0.05) sobre la producción de materia seca y materia verde. El mayor rendimiento de materia seca/corte se obtuvo en la frecuencia de 27 días con 1569.47 kg/ha y, la menor producción correspondió a 21 días (869.27 kg/ha). Los resultados del análisis realizados determinaron que existe diferencias significativa (p<0.05) de las frecuencias de corte sobre los porcentajes de proteína bruta. y fibra cruda encontrándose el mejor porcentaje de proteína a los 24 días con 10.8 y, el menor valor a los 27 días con 9.6. Con respecto a fibra cruda el mayor valor porcentual fue a los 27 días con 37.1 y, el menor a los 21 días con 32.7 El análisis económico determino que, para los tratamientos avaluados se obtuvieron ganancias, alcanzando mayor relación B/C para el tratamiento de 27 días de C$1.56.

Producción de biomasa de Moringa oleifera bajo diferentes densidades de siembra y frecuencias de corte en el trópico seco de Nicaragua

El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar el efecto de tres densidades de siembra y frecuencias de corte sobre la producción de Moringa Oleífera. El ensayo se llevó a cabo en la hacienda "Santa Rosa", localizada geográficamente a 12°08'15" de latitud Norte y 86°09'36" de longitud Este, Municipio de Managua, de Octubre 2001 a Noviembre 2002. Se utilizó un diseño de BCA, en un arreglo de parcelas divididas donde las densidades de siembras (25, 50 y 75 plantas/m2) eran para las parcelas grandes y las frecuencias de cortes (45, 60 y 75 días) eran para las parcelas pequeñas. Las variables de estudio fueron: porcentaje de la materia seca (% MS), porcentaje de Ceniza(% Ceniza), Altura promedio, Tasa de Crecimiento (TC), Rendimiento de materia fresca total (RMFT), Rendimiento de materia fresca fracción fina (RMFFF), Rendimiento de la materia fresca fracción gruesa (RMFFG), Rendimiento de Materia Seca Total (RMST) y Rendimiento de Materia Seca Fracción Fina (RMSFF). Se realizó análisis de varianza y comparaciones con la Prueba de Tukey utilizando MINITAB, versión 13.0. Los resultados en el análisis de varianza mostraron que las densidades de siembras no presentaron efecto significativo (P<0,05) sobre las variables evaluadas, no así las frecuencias de corte que si presentaron efecto significativo (P<0,05) para la mayoría de las variables, excepto para RMFFF y la RMSFF, la frecuencia de corte a los 75 días presentó los mejores resultados para las variables %MS (17.97%), % Ceniza (9.15%), Altura (149.78cm), TC (34.70 kg MS/ha/día), RMFT (81.03 ton/ha/año), RMFFF (34.34 ton/ha/año), RMFFG (43.68 ton/ha/año), RMST (14.44 ton/ha/año) y RMSFF (6.13 ton/ha/año) respectivamente. Con relación a las épocas, durante la lluvia se obtuvieron los mejores valores (P<0,05) en Altura (148.57 cm), TC (44.23 kg MS/ha/día), RMFT (53.75 ton/ha/año), RMFFF (28.80 ton/ha/año), RMFFG (22.82 ton/ha/año), RMST (8.68 ton/ha/año) y RMSFF (4.58 ton/ha/año), excepto para %MS (18.21%) y % Ceniza (9.12%) cuyos mejores resultados fueron en la época seca.

Disponibilidad y composición botánica de dos cultivares (La Libertad y Mulato) de pasto Brachiaria brizantha, Hacienda Las Mercedes, UNA, Managua, Nicaragua

Con el objeto de determinar la producción de biomasa forrajera, la composición botánica, su calidad nutritiva (proteína) y analizar el uso y la proyección de uso de dos cultivares del pasto de Brachiaria hrízantha, durante el periodo lluvioso del año 2005. Se llevo a acabo el presente estudio en la finca las Mercedes propiedad de la Universidad Nacional Agraria, la cual se ubica en el Km 1O de la carretera norte. Una de las actividades productivas de la finca es la explotación lechera con un área aproximada de 30 manzanas de pasto. Se utilizó las aras de pasto Brachiaria con dos cultivares (la Libertad y Multo),donde se realizaron cortes cada 15 días, se determinó la producción de biomasa total fresca y seca, así como la producción de la fracción de la planta hoja y tallo, así mismo se determinó la relación entre estos para cada uno de los cultivares evaluados, así como entre ellos, además se realizó análisis de calidad (nitrógeno - proteína), en el laboratorio de suelo de la UNA Para la determinación de la biomas se utilizó parte del programa Rotanal, en la toma de datos de campo se empleó el método de doble muestreo, al igual que para la determinación de la composición botánica. Finalmente se realizó un análisis sobre el uso de las pastura de Brachiaria en estudio y la proyección de futuro de su uso, Se encontró que la producción de biomasa fresca y seca del Cv mulato supero a la Libertad, la producción de hojas también fue mayor en el Cv mulato y la relación hoja tallo, los contenidos de nitrógeno también resultaron ser superiores en el Cv mulato. La composición botánica fue dominada en rangos mayores de 95% por la especies de pasto en estudio, el restante por algunas especies de leguminosas como Mimosa púdica (dormilona) y de malezas como Sida Spp (escoba lisa). El análisis de uso permitió determinar que las pasto Brachiaria brizantha Cvs la Libertad y mulato han sido subutilizado, manteniéndose cargas que pueden ser duplicadas con el rendimiento que este pasto presenta en ambos cultivares, además de que la producción de estos cultivares podrían mejorar si se les proporciona un mejor manejo de fertilización.

Producción de biomasa de "Panicum maximum" cv Mombaza a tres frecuencias de corte y dos condiciones ambientales (con y sin árboles), en la Hacienda "Las Mercedes", UNA, Managua, Nicaragua

Con el objeto de evaluar el pasto “Panicum maximum” cv Mombaza bajo tres frecuencias de cortes (15, 22 y 30 días) y su efecto sobre la producción de materia verde y materia seca en condiciones con y sin árboles, se realizó un estudio en la Hacienda Las Mercedes propiedad de la Universidad Nacional Agraria, ubicada en la ciudad de Managua kilómetro 11 a 2 Km hacia el lago de la carretera norte, , entrada al CARNIC. Se evaluó además la producción de proteína, altura de la macolla, largo de la hoja, ancho de la misma y la relación hoja–tallo en cada uno de las frecuencias utilizadas. El estudio se realizó en la época de lluvia del 2005, comprendida entre el 25 de julio al 24 de noviembre, durante el experimento no se aplicó ningún tipo de manejo agronómico (fertilización, riego etc.), para la realización del experimento se selecciono un área de 100 m2, para cada condición, se uso el método de análisis descriptivo y los resultados obtenidos muestran que a medida que los cortes son continuos la producción de materia fresca y seca va disminuyendo. Encontrándose mayores caídas en la frecuencia de corte de 30 días para la producción de materia fresca y seca en ambas condiciones; siendo la condición sin árboles donde se presentaron caídas más drásticas, que con árboles, pero con mayores producciones de materia verde y seca en las tres frecuencias de cortes. En cortes cada 15 días, la condición sin árboles produjo en promedio 1,481 kg ha-1 de materia verde y 105 kg ha-1 seca; en cortes cada 22 días se obtuvo mayor producción en el orden de 3,771 Kg ha-1 de materia verde y 843 Kg ha-1 de materia seca, para la condición sin árboles; terminando en los cortes de 30 días en la que obtuvo en promedio 5,925 Kg ha-1 de materia verde y 1,775 Kg ha-1 de materia seca, para una mayor producción en la condición sin árboles. Para las variables: altura de la macolla, largo de la hoja, ancho y relación hoja – tallo no se tuvo mayores variaciones teniendo tendencias ascendentes similares en las dos condiciones (con y sin árboles). Los mayores contenidos de proteína cruda (%), se obtuvieron en cortes de 15 días para ambas condición seguida de la condición 22 y 30 días.

Determinación de la calidad de la carne bovina mediante inspección sanitaria (ISC) en el matadero PROINCASA

La carne bovina hoy en día se considera un producto de exportación y Nicaragua es el mayor exporta dor de este producto en Centroamérica, es así que la carne bovina en conjunto con el café son los productos de exportación que aportan los ingresos mas altos del país (Schütz et al., 2004). Conociéndose que el bovino en el matadero sufre una transformación a materia prima, donde los principales productos y subproductos obtenidos de la matanza son los cortes selectos, cortes industriales, víscera s comestibles y otros. Con base en la importancia que representa la producción de carne bovina para el país, se decidió realizar el presente estudio que tiene por titulo “Determinación de la Calidad de la Carne Bovina mediante Inspección Sanitaria (ISC) en el matadero PROINCASA”, con el objetivo de determinar la calidad de la carne bovina la cual se obtuvo mediante revisión de los registros del matadero para el año 2005 e Inspección Sanitaria de la Carne (ISC) directo para el primer semestre del año 2006, donde identificamos las patologías mas frecuentes en glándulas mamarias (ubres) con un 1.11% cueros 0.59% e hígados 0.50%. Así como también se lograron determinar perdidas económicas las cuales reflejan C$ 965 367.00 Córdobas. Con este trabajo de investigación se concluye que no se alcanza el aprovechamiento completo de los animales debido al alto porcentaje de afecciones patológicas que se diagnostican mediante Inspección Sanitaria de la Carne(ISC).