Systematic characterization of mutations in yeast acetohydroxyacid synthase: Interpretation of herbicide-resistance data

Acetohydroxyacid synthase (AHAS, EC 4.1.3.18) catalyses the first step in branched-chain amino acid biosynthesis and is the target for sulfonylurea and imidazolinone herbicides, which act as potent and specific inhibitors. Mutants of the enzyme have been identified that are resistant to particular herbicides. However, the selectivity of these mutants towards various sulfonylureas and imidazolinones has not been determined systematically. Now that the structure of the yeast enzyme is known, both in the absence and presence of a bound herbicide, a detailed understanding of the molecular interactions between the enzyme and its inhibitors becomes possible. Here we construct 10 active mutants of yeast AHAS, purify the enzymes and determine their sensitivity to six sulfonylureas and three imidazolinones. An additional three active mutants were constructed with a view to increasing imidazolinone sensitivity. These three variants were purified and tested for their sensitivity to the imidazolinones only. Substantial differences are observed in the sensitivity of the 13 mutants to the various inhibitors and these differences are interpreted in terms of the structure of the herbicide-binding site on the enzyme.

Detection of West Nile Virus Infection in birds in the United States by blocking ELISA and immunohistochemistry

A blocking ELISA targeting an immunodominant West Nile epitope on the West Nile Virus NS1 protein was assessed for the detection of West Nile-specific antibodies in blood samples collected from 584 sentinel chickens and 238 wild birds collected in-New Jersey from May-December 2000. Ten mallard ducks (Anas platyrhynchos) experimentally infected with West Nile virus and six uninfected controls were also tested. The ELISA proved specific in detecting WNV antibodies in 9/10 chickens and 4/4 wild birds previously confirmed as positive by Plaque Reduction Neutralization test (PRNT) at the Center for Disease Control, Division of Vector Borne Diseases, Fort Collins, CO, USA (CDC). Nine out of the ten experimentally infected mallard ducks also tested positive for WN antibodies in the blocking ELISA, while 6/6 uninfected controls did not. Additionally, 1705 wild birds, collected in New Jersey from December 2000-November 2001 and Long Island, New York between November 1999 and August 2001 were also tested for WN antibodies by the blocking ELISA. These tests identified 30 positive specimens, 12 of which had formalin-fixed tissues available to allow detection of WN specific viral antigen in various tissues by WNV-specific immunohistochemistry. Our results indicate that rapid and specific detection of antibodies to WN virus in sera from a range of avian species by blocking ELISA is an effective strategy for WN Virus surveillance in avian hosts. In combination with detection of WN-specific antigens in tissues by immunohistochemistry (IHC) the blocking ELISA will also be useful for confirming WN infection in diseased birds.

New fluorescence parameters for monitoring photosynthesis in plants - 1. The effect of illumination on the fluorescence parameters of the JIP-test

Chlorophyll fluorescence measurements have a wide range of applications from basic understanding of photosynthesis functioning to plant environmental stress responses and direct assessments of plant health. The measured signal is the fluorescence intensity (expressed in relative units) and the most meaningful data are derived from the time dependent increase in fluorescence intensity achieved upon application of continuous bright light to a previously dark adapted sample. The fluorescence response changes over time and is termed the Kautsky curve or chlorophyll fluorescence transient. Recently, Strasser and Strasser (1995) formulated a group of fluorescence parameters, called the JIP-test, that quantify the stepwise flow of energy through Photosystem II, using input data from the fluorescence transient. The purpose of this study was to establish relationships between the biochemical reactions occurring in PS II and specific JIP-test parameters. This was approached using isolated systems that facilitated the addition of modifying agents, a PS II electron transport inhibitor, an electron acceptor and an uncoupler, whose effects on PS II activity are well documented in the literature. The alteration to PS II activity caused by each of these compounds could then be monitored through the JIP-test parameters and compared and contrasted with the literature. The known alteration in PS II activity of Chenopodium album atrazine resistant and sensitive biotypes was also used to gauge the effectiveness and sensitivity of the JIP-test. The information gained from the in vitro study was successfully applied to an in situ study. This is the first in a series of four papers. It shows that the trapping parameters of the JIP-test were most affected by illumination and that the reduction in trapping had a run-on effect to inhibit electron transport. When irradiance exposure proceeded to photoinhibition, the electron transport probability parameter was greatly reduced and dissipation significantly increased. These results illustrate the advantage of monitoring a number of fluorescence parameters over the use of just one, which is often the case when the F-V/F-M ratio is used.

The characteristics of six species of living hollow-bearing trees and their importance for arboreal marsupials in the dry sclerophyll forests of southeast Queensland, Australia

Six species of trees located in the dry sclerophyll forests of southeast Queensland were studied to ascertain which was most suitable to be retained as hollow-bearing trees for nesting and denning by arboreal marsupials. Generally for all tree species, the number of entrances to hollows was positively correlated with the diameter at breast height (DBH) and the growth stage, and entrance diameters also increased in trees with a larger DBH. However, there were differences between the species; Corymbia citriodora had few hollows until the individuals were very large while Eucalyptus crebra had low numbers of hollows throughout its entire size range. It was concluded that a mixture of tree species provided a range of hollow sizes and positions that would be suitable for nesting and denning by arboreal marsupials in those forests. There were large differences between tree species in the relationship between tree size and estimated age. Five of the tree species took between 186 and 230 years to begin to produce hollows while E. crebra took up to 324 years. This suggests that tree species other than E. crebra may be the most preferred for retention in areas where hollow-bearing tree densities are lower than the prescribed level. Other data also suggests there are likely to be enough trees in larger size classes that would begin to form hollows within the next 50 years to compensate for an expected loss of hollow-bearing stags during that same period. In terms of forest operation, the retention of six hollow-bearing trees/ha would represent an estimated loss of 7.3-15% wood production. (C) 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

A comparison of two methods for the calculation of accumulated oxygen deficit

The aim of this study was to compare accumulated oxygen deficit data derived using two different exercise protocols with the aim of producing a less time-consuming test specifically for use with athletes. Six road and four track male endurance cyclists performed two series of cycle ergometer tests. The first series involved five 10 min sub-maximal cycle exercise bouts, a (V) over dotO(2peak) test and a 115% (V) over dotO(2peak) test. Data from these tests were used to estimate the accumulated oxygen deficit according to the calculations of Medbo et al. (1988). In the second series of tests, participants performed a 15 min incremental cycle ergometer test followed, 2 min later, by a 2 min variable resistance test in which they completed as much work as possible while pedalling at a constant rate. Analysis revealed that the accumulated oxygen deficit calculated from the first series of tests was higher (P< 0.02) than that calculated from the second series: 52.3 +/- 11.7 and 43.9 +/- 6.4 ml . kg(-1), respectively (mean +/- s). Other significant differences between the two protocols were observed for (V) over dot O-2peak, total work and maximal heart rate; all were higher during the modified protocol (P

A practical method of estimating energy expenditure during tennis play

This study aimed to develop a practical method of estimating energy expenditure (EE) during tennis. Twenty-four elite female tennis players first completed a tennis-specific graded test in which five different intensity levels were applied randomly. Each intensity level was intended to simulate a game of singles tennis and comprised six 14 s periods of activity alternated with 20 s of active rest. Oxygen consumption (VO2) and heart rate (HR) were measured continuously and each player's rate of perceived exertion (RPE) was recorded at the end of each intensity level. Rate of energy expenditure (EEVO2) during the test was calculated using the sum of VO2 during play and the 'O-2 debt' during recovery, divided by the duration of the activity. There were significant individual linear relationships between EEVO2 and RPE, EEVO2 and HR, (rgreater than or equal to0.89 rgreater than or equal to0.93; p

High rate of detection of primary aldosteronism, including surgically treatable forms, after 'non-selective' screening of hypertensive patients

Background Wide testing of the aldosterone: renin ratio among hypertensive individuals has revealed primary aldosteronism to be common, with most patients normokalaemic. Some investigators, however, have reported aldosterone-producing adenoma to be rare among patients so detected. Objective To test the hypothesis that differences among reported studies in the rate of detection of aldosterone-producing adenoma (as opposed to bilateral adrenal hyperplasia) reflect differences in the procedures used for diagnosis of primary aldosteronism, and the methods used to identify aldosterone-producing adenomas. Methods In the newly established Princess Alexandra Hospital Hypertension Unit (PAHHU), we used procedures developed by Greenslopes Hospital Hypertension Unit (which reports that more than 30% of patients with primary aldosteronism have aldosterone-producing adenomas) to diagnose primary aldosteronism and determine the subtype. All patients with an increased aldosterone: renin ratio (measured after correction for hypokalaemia and while the patient was not receiving interfering medications) underwent fludrocortisone suppression testing to confirm or exclude primary aldosteronism; if they were positive, they underwent genetic testing to exclude glucocorticoid-remediable aldosteronism before adrenal venous sampling was used to differentiate lateralizing from bilateral primary aldosteronism. Results This approach allowed PAHHU to diagnose, within 2 years, 54 patients [only seven (13%) hypokalaemic] with primary aldosteronism. All tested negative for glucocorticoid-remediable aldosteronism. Aldosterone production was lateralized to one adrenal in 15 patients (31%; only six hypokalaemic) and was bilateral in 34 (69%; all normokalaemic) of 49 patients who underwent adrenal venous sampling. Among patients with lateralizing adrenal hyperplasia, computed tomography revealed an ipsilateral mass in only six and a contralateral lesion in one. Fourteen patients underwent unilateral adrenalectomy, which cured the hypertension in seven and improved it in the remainder. In patients with bilateral primary aldlosteronism, hypertension responded to spironolactone (112.5-50 mg/ day) or amiloride (2.5-10 mg/day). Conclusion When performed with careful regard to confounding factors, measurement of the aldosterone: renin ratio in all hypertensive individuals, followed by fludrocortisone suppression testing to confirm or exclude primary aldosteronism and adrenal venous sampling to determine the subtype, can result in the detection of significant numbers of patients with specifically treatable or potentially curable hypertension. (C) 2003 Lippincott Williams Wilkins.

Transient evoked otoacoustic emissions in adults: a comparison between two test protocols

This study compares the performance of the Quickscreen and Default protocols of the ILO-96 Otodynamics Analyzer in recording transient evoked otoacoustic emissions (TEOAEs) from adults using clinical decision analysis. Data were collected from 25 males (mean age = 29.0 years, SD = 6.8) and 35 females (mean age = 28.1 years, SD = 9.6). The results showed that the mean signal-to-noise ratios obtained from the Quickscreen were significantly greater than those from the Default protocol at 1,2, and 4 kHz. The comparison of the performance of the two protocols, based on the results using receiver operating characteristics curves, revealed a higher performance of the Quickscreen than the Default protocol at 1 and 4 kHz but not at 2 kHz. In view of the enhanced performance of the Quickscreen over the Default protocol in general, the routine use of the Default protocol for testing adults in audiology clinics should be reconsidered.

Efeitos agudos do alongamento estático no desempenho da força dinâmica em homens jovens

Introdução: O alongamento muscular é frequentemente utilizado nas práticas desportivas, com o objetivo de aumentar a flexibilidade muscular e amplitude articular, assim como diminuir o risco de lesões e melhorar o desempenho atlético. Objetivo: Analisar o efeito agudo do alongamento com diferentes tempos no desempenho da força dinâmica de membros superiores e inferiores em homens jovens. Métodos: Participaram da amostra 14 voluntários do sexo masculino com idade de 23 ± 2 anos, peso corporal de 84 ± 10kg, estatura de178 ± 7cm, IMC de 26 ± 2kg/m2 e percentual de gordura de 11 ± 3%. Eles foram avaliados com o teste de 10RM em três situações distintas: condição sem alongamento (SA), aquecimento especifico seguido do teste de 10-RM; condição com oito minutos de alongamento (AL-8), uma sessão de alongamento estático com oito minutos de duração, seguido do aquecimento e teste de 10RM; e a condição alongamento 16 minutos (AL-16), 16 minutos de alongamento seguidos dos procedimentos descritos anteriormente. Os testes foram feitos no supino reto e leg-press 45º; os alongamentos foram selecionados de forma a atingir as musculaturas solicitadas nos respectivos exercícios. Resultados: Houve redução de 9,2% da força muscular dinâmica de membros superiores em comparação dos grupos SA e AL16, e entre os grupos AL8 e AL16 (p < 0,001). Em membros inferiores essa redução de força (p < 0,001) foi de 4,8% para AL-8 e de 14,3% para AL-16 em comparação com o grupo SA. Conclusão: Sessões de alongamentos estáticos efetuados antes de atividades que envolvam força dinâmica possuem a capacidade de alterar negativamente o desempenho dessa qualidade física, acarretando pior rendimento em longos períodos de alongamento.

Acessibilidade e longitudinalidade no pré-natal : análise de um grupo de puérperas atendidas no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes

A atenção primária visa garantir cobertura e acesso a cuidados de saúde abrangentes e aceitáveis pela população enfatizando a prevenção e a educação (STARFIELD, 2004). No Brasil a Estratégia Saúde da Família (ESF) é o modelo implantado pelo Ministério da Saúde (MS) com a finalidade de reestruturação da atenção primária e já abrange cerca de 50% da população. Segundo Starfield (2004) a atenção primária pode ser avaliada através de seus atributos essenciais: atenção de primeiro contato (utilização e acessibilidade), longitudinalidade, integralidade e coordenação de cuidados. No contexto da atenção à saúde brasileira, a mortalidade infantil é fato preocupante, principalmente a mortalidade que ocorre nos primeiros dias de vida. Este componente da mortalidade é intimamente relacionado à qualidade da atenção recebida no período gestacional. A atenção pré-natal deve incluir ações organizadas, amplas, integradas e com cobertura abrangente de promoção e prevenção da saúde, além de diagnóstico e tratamento adequado dos problemas que possam vir a ocorrer nesse período. O objetivo do presente estudo foi analisar o pré-natal de um grupo de puérperas quanto aos atributos da atenção primária acessibilidade e longitudinalidade. Para alcançar este objetivo foram realizadas 80 entrevistas com mulheres que realizaram pré-natal na atenção primária e 19 mulheres que realizaram pré-natal no Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM). Utilizou-se parcialmente o questionário de avaliação da atenção primária PCATool. As puérperas também foram questionadas quanto à percepção da adequação do pré-natal realizado. A acessibilidade foi baixa para a maioria das entrevistadas. Nas puérperas que realizaram o pré-natal na Atenção primária a acessibilidade foi estatisticamente maior naquelas que realizaram pré-natal na ESF e naquelas que utilizaram as unidades de saúde do município de Vitória (ES). A longitudinalidade se relacionou ao tipo de unidade de saúde do pré-natal, ao número de consultas realizadas e ao índice de Ápgar no primeiro minuto. A percepção de um pré-natal adequado se relacionou com a utilização da ESF como serviço de pré-natal e à realização de seis ou mais consultas. Apesar de as puérperas do grupo que realizou o pré-natal no HUCAM perceberem o atendimento pré-natal como adequado, algumas questões revelaram fragilidades na assistência, principalmente quanto ao acesso ao serviço. A impossibilidade de receber atendimento pela equipe fora dos horários de funcionamento do ambulatório, a falta de um número de telefone no qual possam sanar dúvidas ou falar com o médico responsável pelo pré-natal, a percepção de dificuldade na marcação de consultas e a espera prolongada no dia do atendimento são pontos que devem ser melhorados nessa assistência.

Complicações perinatais no Hospital Universitário Cassiano Antonio de Moraes: uma questão de idade?

A população brasileira vem passando por uma transição demográfica e epidemiológica, caracterizadas por aumento na expectativa de vida, diminuições nas taxas de mortalidade, natalidade e fecundidade, aumento da escolaridade, diminuição do desemprego, aumento das enfermidades crônico-degenerativas e diminuição das enfermidades infectocontagiosas. Tais transições vêm afetando também a perinatologia, com aumento proporcional e absoluto das gestações tardias tanto no Espírito Santo quanto no Brasil. Este estudo realizou uma análise retrospectiva das gestações tardias no HUCAM, comparando as mesmas com as gestações de mulheres adolescentes e adultas jovens quanto aos seguintes desfechos perinatais: anomalia fetal, hipóxia no primeiro e quinto minuto de vida, duração da gestação, peso ao nascer e tipo de parto. As variáveis foram analisadas categoricamente, e comparadas através de análise bivariada, utilizando-se o Teste Exato de Fisher, e através de regressão logística. Na análise bivariada, foi encontrada apenas associação entre a idade materna e o tipo de parto, mas esta associação não foi confirmada na regressão logística. Analisando outros fatores relativos à gestação, restou evidenciado uma associação positiva entre um menor número de consultas pré-natais e uma maior frequência de hipóxia no recém-nascido e de prematuridade (odds ratio de 2,9 e 5,7, respectivamente). Ao final deste trabalho são elaboradas propostas para aprimoramento da coleta e do armazenamento de dados acerca da gestação no HUCAM, e para otimização da assistência pré-natal das gestantes atendidas pelo hospital, visando melhorar os desfechos perinatais encontrados.

Detecção e caracterização de patotipos diarreiogênicos de Escherichia coli por métodos fenotípicos e genotípicos em indivíduos de todas as idades atendidos nas unidades de saúde de Vitória-ES

A diarreia é a segunda causa de mortalidade em <5 anos e é responsável pela diminuição da produtividade na população economicamente ativa. Dentre os agentes infecciosos envolvidos, seis patotipos diarreiogênicos de Escherichia coli (DEC) merecem destaque: E. coli enteropatogênica (EPEC), E.coli enteroinvasora (EIEC), E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteroemorrágica ou produtora de toxina de Shiga (EHEC/STEC), E. coli enteroagregativa (EAEC) e E. coli de aderência difusa (DAEC). O objetivo deste estudo foi determinar a frequência dos patotipos de DEC e caracterizar fenotípica e genotipicamente EAEC, DAEC, aEPEC e E. coli chain-like adhesion (CLA) isolados de fezes indivíduos de todas as idades atendidos nas Unidades de Saúde do município de Vitória, ES, entre janeiro de 2008 e junho de 2011. Os isolados de E. coli foram submetidos à: (i) PCR para detecção dos genes eae, bfpA, aat, lt, st, ipaH, stx1 e stx2; (ii) hibridização de colônia com as sondas eae, aat e daaC; (iii) adesão em cultura de células HEp-2 para evidenciar padrão de aderência agregativa (AA), difusa (DA) e chain-like adhesion (CLA). PCR para detecção de genes de virulência foi realizado em isolados de EAEC, CLA, DAEC e aEPEC. Isolados de EAEC e CLA, foram submetidos a testes de formação de biofilme e de película. Foram obtidos 328 espécimes fecais e E. coli foi isolada de 85,7%. Os seguintes patotipos foram identificados: EAEC (18,3%), DAEC (11%), aEPEC (2,6%), ETEC (0,7%). CLA foi identificada em 4,9% e EIEC, tEPEC e STEC não foram detectados. Dos 60 isolados de EAEC (AA) (25% aat+ por PCR e 35% por hibridização), fímbrias de aderência agregativa foram evidenciadas em baixa frequência (aggA- 1,7%, aafA- 0%, agg3A- 11,7%, hdA- 8,3%). EAEC típica correspondeu a 31,7% dos isolados de EAEC (aggR+), e foram significantes nestas a formação de biofilme, escore 3+ de produção de película e presença dos genes aat, agg3A, hdA, aap, sat, pet, set1A e iucA. Todos os isolados CLA apresentaram o gene pet, 87,5%, foram aggR-, formaram película e nenhum produziu biofilme. Dentre dos 42 isolados de DAEC (DA), a sonda daaC detectou 52,4%. PCR evidenciou adesinas afa/Dr (daaD e afa) em 59,5% e adesina AIDA-I não foi encontrada, sugerindo que outras adesinas estejam envolvidas na adesão da DAEC. Isolados de DAEC afa/Dr + foram estatisticamente mais isolados de <5 anos. Em aEPEC, os genes da ilha de patogenicidade OI-122 pesquisados, nleE, efa1/lifA e paa foram evidenciados em 30% dos isolados, todos provenientes de <5 anos. Características de virulência de tEAEC e DAEC Afa/Dr sugerem que sejam subpopulações relacionadas com diarreia. CLA não parece ser variante de EAEC.

Elaboração e análise de extrato hidrossolúvel de gergelim (Sesamum indicum)

O objetivo do presente estudo foi elaborar e caracterizar um extrato hidrossolúvel à base de gergelim para ser usado como possível substituto do leite de vaca e extrato de soja. Foi proposto um modelo de cinética de absorção de água durante a etapa de maceração no qual estimou o tempo ideal de batimento do gergelim macerado e se essa etapa influencia no rendimento do produto. Posteriormente com o objetivo de saber a influência do tempo de batimento (0,45 min a 14,55 min) e a concentração do extrato (1,925% a 23,07%) foram avaliadas através de um delineamento composto central rotacional (DCCR), ou seja, um delineamento 22 incluindo 4 ensaios nas condições axiais e 5 repetições no ponto central, totalizando 13 experimentos. Para todos os ensaios do delineamento realizou-se análises de viscosidade, cor, sólidos solúveis totais e rendimento. As mesmas análises foram realizadas em amostras comerciais de leite de vaca e extrato hidrossolúvel de soja com o intuito de comparação. Após a realização dessa etapa foi possível à seleção de algumas amostras para elaboração do extrato hidrossolúvel de gergelim e então realizou-se análises físico-químicas (proteína, cinzas, lipídios, carboidratos) e determinou-se a capacidade antioxidante por ABTS e teor de compostos fenólicos de tais amostras. Quanto à análise de rendimento não houve diferença significativa da quantidade de extrato obtido em diferentes temperaturas de maceração pelo teste de Tukey (p> 0,05). O DCCR foi realizado no programa Statistica e selecionaram-se os ensaios 1, 2, 6, 7, PC (ponto central) que foram as amostras que mais se assemelharam com as amostras comerciais estudadas. Nessas amostras realizou-se as análises físico-químicas além de capacidade antioxidante e compostos fenólicos. O conteúdo de sólidos totais na amostra 6 foi superior as demais amostras, diferindo estatisticamente das demais amostras (p> 0,05). Já para o teor de lipídios, cinzas e proteínas encontrados nas amostras 6 e PC foram maiores que as demais amostras, enquanto a amostra 7 exibiu o menor teor de lipídios e proteínas, considerando que o teor de cinzas das amostras 1, 2 e 7 foram estatisticamente iguais. O teor de carboidratos calculado por diferença foi superior nas amostras 1, 2 e 7 e com o menor valor na amostra 6. Os valores de capacidade antioxidante e compostos fenólicos não se diferenciaram estatisticamente entre si ao nível de 5% de probabilidade. Concluiu-se portanto que a etapa de maceração não influenciou no rendimento do produto final. A partir das análises físico-químicas pode-se concluir que o extrato hidrossolúvel de gergelim em determinadas amostras apresentou um melhor desempenho quanto ao valor nutricional comparado ao extrato de soja.

Caracterização de isolados de Corynespora cassiicola e avaliação da sensibilidade in vitro a fungicidas

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015.

Virtual simulation of the postsurgical cosmetic outcome in patientswith pectus excavatum

Pectus excavatum is the most common congenital deformity of the anterior chest wall, in which several ribs and the sternum grow abnormally. Nowadays, the surgical correction is carried out in children and adults through Nuss technic. This technic has been shown to be safe with major drivers as cosmesis and the prevention of psychological problems and social stress. Nowadays, no application is known to predict the cosmetic outcome of the pectus excavatum surgical correction. Such tool could be used to help the surgeon and the patient in the moment of deciding the need for surgery correction. This work is a first step to predict postsurgical outcome in pectus excavatum surgery correction. Facing this goal, it was firstly determined a point cloud of the skin surface along the thoracic wall using Computed Tomography (before surgical correction) and the Polhemus FastSCAN (after the surgical correction). Then, a surface mesh was reconstructed from the two point clouds using a Radial Basis Function algorithm for further affine registration between the meshes. After registration, one studied the surgical correction influence area (SCIA) of the thoracic wall. This SCIA was used to train, test and validate artificial neural networks in order to predict the surgical outcome of pectus excavatum correction and to determine the degree of convergence of SCIA in different patients. Often, ANN did not converge to a satisfactory solution (each patient had its own deformity characteristics), thus invalidating the creation of a mathematical model capable of estimating, with satisfactory results, the postsurgical outcome